vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17   ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24
  25 #include <QFileDialog>
  26 #include <QMessageBox>
  27 #include <QColorDialog>
  28
  29 #include <vtkLookupTable.h>
  30 #include <vtkRenderWindow.h>
  31
  32 //------------------------------------------------------------------------------
  33 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  34 // the main window menu.
  35 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  40   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  41    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  42    Ui::vvToolStructureSetManager()
  43 {
  44   // Setup the UI
  45   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  46   mTree->clear();
  47   mCurrentStructureSet = NULL;
  48   mCurrentStructureSetIndex = -1;
  49   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  50   mCurrentROIActor = NULL;
  51   mIsAllVisibleEnabled = false;
  52   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  53   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  54     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  55     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  56     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  57     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  58     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  59   }
  60 #include "vvDefaultLut.h"
  61
  62   // Add input selector
  63   AddInputSelector("Select image");
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager()
  70 {
  71   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  72 }
  73 //------------------------------------------------------------------------------
  74
  75
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
  78   SetToolName("ROIManager");
  79   SetToolMenuName("Display ROI");
  80   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  81   SetToolTip("Display ROI from label image.");
  82   SetToolExperimental(true);
  83 }
  84 //------------------------------------------------------------------------------
  85
  86
  87 //------------------------------------------------------------------------------
  88 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m)
  89 {
  90   // Hide the input selector
  91   QList<int> s;
  92   s.push_back(0);
  93   s.push_back(1);
  94   splitter->setSizes(s);
  95   // Connect open menus
  96   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  97   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(OpenBinaryImage()));
  98   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
  99
 100   // Seems that the following is not needed to refresh ...
 101   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
 102
 103   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(SelectedItemChangedInTree()));
 104   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleROIToggled(bool)));
 105   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 106   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeColor()));
 107   connect(mContourCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(VisibleContourROIToggled(bool)));
 108   connect(mChangeContourColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(ChangeContourColor()));
 109   connect(mContourWidthSpinBox, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(ChangeContourWidth(int)));
 110
 111   connect(mCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleROIToggled(bool)));
 112   connect(mOpacitySliderAll, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(AllOpacityChanged(int)));
 113   connect(mContourCheckBoxShowAll, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(AllVisibleContourROIToggled(bool)));
 114 }
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer)
 120 {
 121   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 122   //DD(slicer);
 123   //DD(view);
 124   //DD(slices);
 125   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 126     if (i != slicer);
 127     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 128   }
 129 }
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134 void vvToolStructureSetManager::Open(int type) {
 135   switch (type) {
 136   case 0: OpenBinaryImage(); return; // Open binary image;
 137   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 138   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 139   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 140   }
 141 }
 142 //------------------------------------------------------------------------------
 143
 144
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146 void vvToolStructureSetManager::AddRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidget * ww) {
 147   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 148   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 149   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 150   //  w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 151   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 152   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 153   //  for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 154   w->setBackground(2, brush);
 155   //}
 156   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 157   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 158   // Connect ROI TreeWidget
 159   // TODO
 160 }
 161 //------------------------------------------------------------------------------
 162
 163
 164 //------------------------------------------------------------------------------
 165 void vvToolStructureSetManager::UpdateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 166
 167   /* ==> Please, keep this comment (if need several SS)
 168      QTreeWidgetItem * ss;
 169      if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 170      // Main row item
 171      ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 172      //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 173      ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 174      ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 175      // Insert in list
 176      mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 177
 178      // Connect Structure TreeWidget
 179      // TODO
 180      }
 181      else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 182   */
 183
 184   // Insert ROI
 185   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 186   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 187     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 188       AddRoiInTreeWidget(rois[i], mTree); // replace mTree with ss if several SS
 189   }
 190 }
 191 //------------------------------------------------------------------------------
 192
 193
 194 //------------------------------------------------------------------------------
 195 int vvToolStructureSetManager::AddStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 196
 197   // Create actor for this SS
 198   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 199   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 200   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 201
 202   // Insert in lists and get index
 203   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 204   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 205   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 206
 207   // Return index
 208   return index;
 209 }
 210 //------------------------------------------------------------------------------
 211
 212
 213 //------------------------------------------------------------------------------
 214 void vvToolStructureSetManager::OpenBinaryImage() {
 215   //  DD("openBinaryImage");
 216   // Select current StructureSet (or create)
 217   int index;
 218   //  DD(mCurrentStructureSetIndex);
 219   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 220     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 221       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 222       index = AddStructureSet(mStructureSet);
 223       //DD(index);
 224     }
 225     else { // Get first SS
 226       index = 0;
 227     }
 228   } else {
 229     index = mCurrentStructureSetIndex;
 230   }
 231   //  DD(index);
 232   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 233   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 234   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 235   mCurrentStructureSetIndex = index;
 236   //  DD(mCurrentStructureSetIndex);
 237   //DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 238
 239   // Open images
 240   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 241   Extensions += ";;All Files (*)";
 242   QStringList filename =
 243     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 244                                   mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 245   if (filename.size() == 0) return;
 246
 247   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 248   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 249     //DD(filename[i].toStdString());
 250
 251     // Open Image
 252     //init the progress events
 253     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 254     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 255     std::vector<std::string> filenames;
 256     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 257     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 258     mReader->Update(IMAGE);
 259     QApplication::restoreOverrideCursor();
 260
 261     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 262       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 263       QString error = "Cannot open file \n";
 264       error += mReader->GetLastError().c_str();
 265       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 266       delete mReader;
 267       return;
 268     }
 269     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 270     //  delete mReader;
 271
 272     // Check Dimension
 273     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 274     //DD(dim);
 275     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 276     //DD(bin_dim);
 277     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 278       std::ostringstream os;
 279       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 280          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 281       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 282       return;
 283     }
 284
 285     // Add a new roi to the structure
 286     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 287     //DD(n);
 288     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 289
 290     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 291
 292     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 293     //DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 294     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 295       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 296       //DD(color[0]);
 297       //DD(color[1]);
 298       //DD(color[2]);
 299       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 300     }
 301
 302     // Add a new roi actor
 303     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 304
 305     // CheckBox for "All"
 306     if (mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(n)->IsVisible())
 307       mNumberOfVisibleROI++;
 308   } // end loop on n selected filenames
 309
 310   // Update the TreeWidget
 311   UpdateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 312   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 313   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 314     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 315   }
 316   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 317     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 318   }
 319
 320 }
 321 //------------------------------------------------------------------------------
 322
 323
 324 //------------------------------------------------------------------------------
 325 void vvToolStructureSetManager::apply() {
 326   close();
 327 }
 328 //------------------------------------------------------------------------------
 329
 330
 331 //------------------------------------------------------------------------------
 332 // CURRENT ROI INTERACTION
 333 //------------------------------------------------------------------------------
 334
 335
 336 //------------------------------------------------------------------------------
 337 void vvToolStructureSetManager::SelectedItemChangedInTree() {
 338   // Search which roi is selected
 339   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 340   if (l.size() == 0) return;
 341   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 342   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 343     mCurrentROIActor = NULL;
 344     mCurrentROI = NULL;
 345     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 346     return; // Search for SS (first)
 347   }
 348   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 349   //  DD(roi->GetName());
 350
 351   // Get selected roi actor
 352   if (mCurrentROIActor != NULL) {
 353     mCurrentROIActor->SetSelected(false);
 354     mCurrentROIActor->Update();
 355   }
 356
 357   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 358   mCurrentROI = roi;
 359   mCurrentROIActor = actor;
 360
 361   // Update GUI
 362   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 363   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 364   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 365   mContourCheckBoxShow->setChecked(actor->IsContourVisible());
 366   mContourWidthSpinBox->setValue(actor->GetContourWidth());
 367
 368   // Warning -> avoir unuseful Render here by disconnect slider
 369   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 370              this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 371   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 372   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 373   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 374           this, SLOT(OpacityChanged(int)));
 375
 376   // Temporary disable selection
 377   //  actor->SetSelected(true); // remove old selection
 378
 379   // The following must not render !!
 380   //  DD("before update");
 381   actor->Update(); // To change in UpdateSelecte
 382   //DD("after update");
 383
 384   mCurrentSlicerManager->Render();
 385 }
 386 //------------------------------------------------------------------------------
 387
 388
 389 //------------------------------------------------------------------------------
 390 void vvToolStructureSetManager::VisibleROIToggled(bool b) {
 391   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 392   if (b) mNumberOfVisibleROI++;
 393   else mNumberOfVisibleROI--;
 394   //mNumberOfVisibleROI;
 395   //  if (mNumberOfVisibleROI == mCurrentStructureSetIndex
 396 }
 397 //------------------------------------------------------------------------------
 398
 399
 400 //------------------------------------------------------------------------------
 401 void vvToolStructureSetManager::VisibleContourROIToggled(bool b) {
 402   mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 403   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 404   mCurrentSlicerManager->Render();
 405 }
 406 //------------------------------------------------------------------------------
 407
 408
 409 //------------------------------------------------------------------------------
 410 void vvToolStructureSetManager::OpacityChanged(int v) {
 411   if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 412   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 413   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 414   mCurrentSlicerManager->Render();
 415 }
 416 //------------------------------------------------------------------------------
 417
 418
 419 //------------------------------------------------------------------------------
 420 void vvToolStructureSetManager::AllVisibleROIToggled(bool b) {
 421   DD(b);
 422   DD(mIsAllVisibleEnabled);
 423   DD(mNumberOfVisibleROI);
 424   if (b == mIsAllVisibleEnabled) return;
 425   if (b) mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Checked);
 426   else mCheckBoxShowAll->setCheckState(Qt::Unchecked);
 427   mIsAllVisibleEnabled = b;
 428   for(int i=0; i<mCurrentStructureSetActor->GetNumberOfROIs(); i++) {
 429     mCurrentStructureSetActor->GetROIList()[i]->SetVisible(b);
 430   }
 431   // Update current selection
 432   mCheckBoxShow->setChecked(b);
 433 }
 434 //------------------------------------------------------------------------------
 435
 436
 437 //------------------------------------------------------------------------------
 438 void vvToolStructureSetManager::AllVisibleContourROIToggled(bool b) {
 439   /*mCurrentROIActor->SetContourVisible(b);
 440     mCurrentROIActor->UpdateColor();
 441     mCurrentSlicerManager->Render();
 442   */
 443 }
 444 //------------------------------------------------------------------------------
 445
 446
 447 //------------------------------------------------------------------------------
 448 void vvToolStructureSetManager::AllOpacityChanged(int v) {
 449   /*if (mCurrentROIActor == NULL) return;
 450     mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 451     mCurrentROIActor->UpdateColor();
 452     mCurrentSlicerManager->Render();
 453   */
 454 }
 455 //------------------------------------------------------------------------------
 456
 457
 458 //------------------------------------------------------------------------------
 459 void vvToolStructureSetManager::ChangeColor() {
 460   QColor color;
 461   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 462                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 463                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 464   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 465   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 466   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 467
 468   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 469   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 470                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 471                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 472   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 473   //  for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 474   w->setBackground(2, brush);
 475   //}
 476
 477   // Render
 478   mCurrentSlicerManager->Render();
 479 }
 480 //------------------------------------------------------------------------------
 481
 482
 483 //------------------------------------------------------------------------------
 484 void vvToolStructureSetManager::ChangeContourColor() {
 485   QColor color;
 486   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetContourColor()[0],
 487                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[1],
 488                 mCurrentROIActor->GetContourColor()[2]);
 489   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the contour color");
 490   mCurrentROIActor->SetContourColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 491   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 492   mCurrentSlicerManager->Render();
 493 }
 494 //------------------------------------------------------------------------------
 495
 496
 497 //------------------------------------------------------------------------------
 498 void vvToolStructureSetManager::ChangeContourWidth(int n) {
 499   mCurrentROIActor->SetContourWidth(n);
 500   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 501   mCurrentSlicerManager->Render();
 502 }
 503 //------------------------------------------------------------------------------
 504
 505
 506 //------------------------------------------------------------------------------
 507 //void vvToolStructureSetManager::getActorFromROI() {
 508 //  mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(n);
 509 //}
 510 //------------------------------------------------------------------------------
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