vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24
  25 #include <QFileDialog>
  26 #include <QMessageBox>
  27 #include <QColorDialog>
  28
  29 #include <vtkLookupTable.h>
  30 #include <vtkRenderWindow.h>
  31
  32 //------------------------------------------------------------------------------
  33 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  34 // the main window menu.
  35 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  36 //------------------------------------------------------------------------------
  37
  38 //------------------------------------------------------------------------------
  39 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  40   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  41    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  42    Ui::vvToolStructureSetManager() {
  43   // Setup the UI
  44   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  45   mTree->clear();
  46   mCurrentStructureSet = NULL;
  47   mCurrentStructureSetIndex = -1;
  48   mGroupBoxROI->setEnabled(false);
  49   mCurrentROIActor = NULL;
  50
  51   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  52   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  53     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  54     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  55     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  56     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  57     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  58   }
  59   #include "vvDefaultLut.h"
  60
  61   // Add input selector
  62   AddInputSelector("Select image");
  63 }
  64 //------------------------------------------------------------------------------
  65
  66
  67 //------------------------------------------------------------------------------
  68 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager() {
  69   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  70 }
  71 //------------------------------------------------------------------------------
  72
  73
  74 //------------------------------------------------------------------------------
  75 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
  76   SetToolName("StructureSetManager");
  77   SetToolMenuName("StructureSet");
  78   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  79   SetToolTip("Display Structure Set.");
  80   SetToolExperimental(true);
  81 }
  82 //------------------------------------------------------------------------------
  83
  84
  85 //------------------------------------------------------------------------------
  86 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m) {
  87   // Hide the input selector
  88   QList<int> s;
  89   s.push_back(0);
  90   s.push_back(1);
  91   splitter->setSizes(s);
  92   // Connect open menus
  93   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  94
  95   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(openBinaryImage()));
  96
  97   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
  98
  99   // Seems that the following is not needed to refresh ...
 100   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
 101
 102   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(selectedItemChangedInTree()));
 103   connect(mCheckBoxShow, SIGNAL(toggled(bool)), this, SLOT(visibleROIToggled(bool)));
 104   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)), this, SLOT(opacityChanged(int)));
 105   connect(mChangeColorButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(changeColor()));
 106 }
 107 //------------------------------------------------------------------------------
 108
 109
 110 //------------------------------------------------------------------------------
 111 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer) {
 112   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 113   //DD(slicer);
 114   //DD(view);
 115   //DD(slices);
 116   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 117     if (i != slicer);
 118     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 119   }
 120 }
 121 //------------------------------------------------------------------------------
 122
 123
 124 //------------------------------------------------------------------------------
 125 void vvToolStructureSetManager::open(int type) {
 126   DD(type);
 127   switch (type) {
 128   case 0: openBinaryImage(); return; // Open binary image;
 129   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 130   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 131   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 132   }
 133 }
 134 //------------------------------------------------------------------------------
 135
 136
 137 //------------------------------------------------------------------------------
 138 void vvToolStructureSetManager::addRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidgetItem * ww) {
 139   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 140   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 141   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 142   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 143   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 144   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 145     w->setBackground(i, brush);
 146   }
 147   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 148   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 149   // Connect ROI TreeWidget
 150   // TODO
 151 }
 152 //------------------------------------------------------------------------------
 153
 154
 155 //------------------------------------------------------------------------------
 156 void vvToolStructureSetManager::updateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 157   QTreeWidgetItem * ss;
 158   if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 159     // Main row item
 160     ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 161     //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 162     ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 163     ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 164     // Insert in list
 165     mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 166
 167     // Connect Structure TreeWidget
 168     // TODO
 169   }
 170   else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 171
 172   // Insert ROI
 173   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 174   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 175     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 176       addRoiInTreeWidget(rois[i], ss);
 177   }
 178 }
 179 //------------------------------------------------------------------------------
 180
 181
 182 //------------------------------------------------------------------------------
 183 int vvToolStructureSetManager::addStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 184
 185   // Create actor for this SS
 186   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 187   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 188   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 189
 190   // Insert in lists and get index
 191   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 192   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 193   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 194
 195   // Return index
 196   return index;
 197 }
 198 //------------------------------------------------------------------------------
 199
 200
 201 //------------------------------------------------------------------------------
 202 void vvToolStructureSetManager::openBinaryImage() {
 203   DD("openBinaryImage");
 204   // Select current StructureSet (or create)
 205   int index;
 206   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 207   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 208     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 209       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 210       index = addStructureSet(mStructureSet);
 211       DD(index);
 212     }
 213     else { // Get first SS
 214       index = 0;
 215     }
 216   }
 217   else {
 218     index = mCurrentStructureSetIndex;
 219   }
 220   DD(index);
 221   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 222   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 223   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 224   mCurrentStructureSetIndex = index;
 225   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 226   DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 227
 228   // Open images
 229   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 230   Extensions += ";;All Files (*)";
 231   QStringList filename =
 232     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 233                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 234   if (filename.size() == 0) return;
 235
 236   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 237   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 238     DD(filename[i].toStdString());
 239
 240     // Open Image
 241     //init the progress events
 242     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 243     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 244     std::vector<std::string> filenames;
 245     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 246     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 247     mReader->Update(IMAGE);
 248     QApplication::restoreOverrideCursor();
 249
 250     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 251       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 252       QString error = "Cannot open file \n";
 253       error += mReader->GetLastError().c_str();
 254       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 255       delete mReader;
 256       return;
 257     }
 258     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 259     //  delete mReader;
 260
 261     // Check Dimension
 262     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 263     DD(dim);
 264     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 265     DD(bin_dim);
 266     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 267       std::ostringstream os;
 268       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 269          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 270       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 271       return;
 272     }
 273
 274     // Add a new roi to the structure
 275     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 276     //DD(n);
 277     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 278
 279     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 280
 281     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 282     DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 283     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 284       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 285       DD(color[0]);
 286       DD(color[1]);
 287       DD(color[2]);
 288       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 289     }
 290
 291     // Add a new roi actor
 292     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 293   } // end loop on n selected filenames
 294
 295   // Update the TreeWidget
 296   updateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 297
 298   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 299   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 300     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 301   }
 302   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 303     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 304   }
 305 }
 306 //------------------------------------------------------------------------------
 307
 308
 309 //------------------------------------------------------------------------------
 310 void vvToolStructureSetManager::apply() {
 311   close();
 312 }
 313 //------------------------------------------------------------------------------
 314
 315
 316
 317 //------------------------------------------------------------------------------
 318 // CURRENT ROI INTERACTION
 319 //------------------------------------------------------------------------------
 320
 321
 322 //------------------------------------------------------------------------------
 323 void vvToolStructureSetManager::selectedItemChangedInTree() {
 324   DD("selectedItemChangedInTree");
 325
 326   // Search which roi is selected
 327   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 328   DD(l.size());
 329   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 330   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) {
 331     mCurrentROIActor = NULL;
 332     mCurrentROI = NULL;
 333     mGroupBoxROI->setEnabled(false);
 334     return; // Search for SS (first)
 335   }
 336   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 337   //  DD(roi->GetName());
 338
 339   // Get selected roi actor
 340   if (mCurrentROIActor != NULL) {
 341     mCurrentROIActor->SetSelected(false);
 342     mCurrentROIActor->Update();
 343   }
 344
 345   vvROIActor * actor = mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(roi->GetROINumber());
 346   mCurrentROI = roi;
 347   mCurrentROIActor = actor;
 348
 349   // Update GUI
 350   mGroupBoxROI->setEnabled(true);
 351   mROInameLabel->setText(roi->GetName().c_str());
 352   mCheckBoxShow->setChecked(actor->IsVisible());
 353
 354   // Warning -> avoir unuseful Render here by disconnect slider
 355   //
 356   disconnect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 357              this, SLOT(opacityChanged(int)));
 358   mOpacitySlider->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 359   mOpacitySpinBox->setValue((int)lrint(actor->GetOpacity()*100));
 360   connect(mOpacitySlider, SIGNAL(valueChanged(int)),
 361           this, SLOT(opacityChanged(int)));
 362
 363   actor->SetSelected(true); // remove old selection
 364   // The following must not render !!
 365   DD("before update");
 366   actor->Update(); // To change in UpdateSelecte
 367   DD("after update");
 368
 369   mCurrentSlicerManager->Render();
 370 }
 371 //------------------------------------------------------------------------------
 372
 373
 374 //------------------------------------------------------------------------------
 375 void vvToolStructureSetManager::visibleROIToggled(bool b) {
 376   mCurrentROIActor->SetVisible(b);
 377 }
 378 //------------------------------------------------------------------------------
 379
 380
 381 //------------------------------------------------------------------------------
 382 void vvToolStructureSetManager::opacityChanged(int v) {
 383   mCurrentROIActor->SetOpacity((double)v/100.0);
 384   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 385   mCurrentSlicerManager->Render();
 386 }
 387 //------------------------------------------------------------------------------
 388
 389
 390 //------------------------------------------------------------------------------
 391 void vvToolStructureSetManager::changeColor() {
 392   QColor color;
 393   color.setRgbF(mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[0],
 394                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[1],
 395                 mCurrentROIActor->GetROI()->GetDisplayColor()[2]);
 396   QColor c = QColorDialog::getColor(color, this, "Choose the ROI color");
 397   mCurrentROIActor->GetROI()->SetDisplayColor(c.redF(), c.greenF(), c.blueF());
 398   mCurrentROIActor->UpdateColor();
 399
 400   QTreeWidgetItem * w = mMapROIToTreeWidget[mCurrentROI];
 401   QBrush brush(QColor(mCurrentROI->GetDisplayColor()[0]*255,
 402                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[1]*255,
 403                       mCurrentROI->GetDisplayColor()[2]*255));
 404   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 405   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 406     w->setBackground(i, brush);
 407   }
 408 }
 409 //------------------------------------------------------------------------------
 410
 411
 412
 413 //------------------------------------------------------------------------------
 414 //void vvToolStructureSetManager::getActorFromROI() {
 415 //  mStructureSetActorsList[mCurrentStructureSetIndex]->GetROIActor(n);
 416 //}
 417 //------------------------------------------------------------------------------
 418
 419