vv/vvToolStructureSetManager.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  19 #include "vvToolStructureSetManager.h"
  20 #include "vvImageReader.h"
  21 #include "vvStructureSetActor.h"
  22 #include "vvSlicer.h"
  23 #include "vvROIActor.h"
  24 #include <QFileDialog>
  25 #include <QMessageBox>
  26 #include <vtkLookupTable.h>
  27 #include <vtkRenderWindow.h>
  28
  29 //------------------------------------------------------------------------------
  30 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  31 // the main window menu.
  32 ADD_TOOL(vvToolStructureSetManager);
  33 //------------------------------------------------------------------------------
  34
  35 //------------------------------------------------------------------------------
  36 vvToolStructureSetManager::vvToolStructureSetManager(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f)
  37   :vvToolWidgetBase(parent, f),
  38    vvToolBase<vvToolStructureSetManager>(parent),
  39    Ui::vvToolStructureSetManager() {
  40   // Setup the UI
  41   Ui_vvToolStructureSetManager::setupUi(mToolWidget);
  42   mTree->clear();
  43   mCurrentStructureSet = NULL;
  44
  45   mDefaultLUTColor = vtkLookupTable::New();
  46   for(unsigned int i=0; i<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues(); i++) {
  47     double r = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  48     double v = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  49     double b = (rand()/(RAND_MAX+1.0));
  50     mDefaultLUTColor->SetTableValue(i, r, v, b);
  51     //    std::cout << "mDefaultLUTColor->SetTableValue(" << i << ", " << r << ", " << v << ", " << b << ");" << std::endl;
  52   }
  53   #include "vvDefaultLut.h"
  54
  55   // Add input selector
  56   AddInputSelector("Select image");
  57 }
  58 //------------------------------------------------------------------------------
  59
  60
  61 //------------------------------------------------------------------------------
  62 vvToolStructureSetManager::~vvToolStructureSetManager() {
  63   DD("vvToolStructureSetManager DESTRUCTOR");
  64 }
  65 //------------------------------------------------------------------------------
  66
  67
  68 //------------------------------------------------------------------------------
  69 void vvToolStructureSetManager::Initialize() {
  70   SetToolName("StructureSetManager");
  71   SetToolMenuName("StructureSet");
  72   SetToolIconFilename(":/common/icons/ducky.png");
  73   SetToolTip("Display Structure Set.");
  74   SetToolExperimental(true);
  75 }
  76 //------------------------------------------------------------------------------
  77
  78
  79 //------------------------------------------------------------------------------
  80 void vvToolStructureSetManager::InputIsSelected(vvSlicerManager *m) {
  81   // Hide the input selector
  82   QList<int> s;
  83   s.push_back(0);
  84   s.push_back(1);
  85   splitter->setSizes(s);
  86   // Connect open menus
  87   //  connect(mOpenComboBox, SIGNAL(activated(int)), this, SLOT(open(int)));
  88
  89   connect(mOpenBinaryButton, SIGNAL(clicked()), this, SLOT(openBinaryImage()));
  90
  91   DD(mCurrentImage->GetNumberOfDimensions());
  92
  93   // Seems that the following is not needed to refresh ...
  94   //  connect(m, SIGNAL(LeftButtonReleaseSignal(int)), SLOT(LeftButtonReleaseEvent(int)));
  95
  96   connect(mTree, SIGNAL(itemSelectionChanged()), this, SLOT(selectedItemChangedInTree()));
  97 }
  98 //------------------------------------------------------------------------------
  99
 100
 101 //------------------------------------------------------------------------------
 102 void vvToolStructureSetManager::selectedItemChangedInTree() {
 103   DD("selectedItemChangedInTree");
 104   QList<QTreeWidgetItem *> l = mTree->selectedItems();
 105   DD(l.size());
 106   QTreeWidgetItem * w = l[0];
 107   if (mMapTreeWidgetToROI.find(w) == mMapTreeWidgetToROI.end()) return; // Search for SS (first)
 108   clitk::DicomRT_ROI * roi = mMapTreeWidgetToROI[w];
 109   DD(roi->GetName());
 110   setCurrentSelectedROI(roi);
 111 }
 112 //------------------------------------------------------------------------------
 113
 114
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116 void vvToolStructureSetManager::setCurrentSelectedROI(clitk::DicomRT_ROI * roi) {
 117   //  mCheckBoxShow = // get roi actor .../
 118
 119 }
 120 //------------------------------------------------------------------------------
 121
 122
 123 //------------------------------------------------------------------------------
 124 void vvToolStructureSetManager::LeftButtonReleaseEvent(int slicer) {
 125   DD("vvToolStructureSetManager::UpdateSlice");
 126   //DD(slicer);
 127   //DD(view);
 128   //DD(slices);
 129   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 130     if (i != slicer);
 131     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->GetRenderWindow()->Render();
 132   }
 133 }
 134 //------------------------------------------------------------------------------
 135
 136
 137 //------------------------------------------------------------------------------
 138 void vvToolStructureSetManager::open(int type) {
 139   DD(type);
 140   switch (type) {
 141   case 0: openBinaryImage(); return; // Open binary image;
 142   case 1: DD("TODO"); return; // Open DICOM RT
 143   case 2: DD("TODO"); return; // Open mesh
 144   default: std::cerr << "Error ????" << std::endl; exit(0);
 145   }
 146 }
 147 //------------------------------------------------------------------------------
 148
 149
 150 //------------------------------------------------------------------------------
 151 void vvToolStructureSetManager::addRoiInTreeWidget(clitk::DicomRT_ROI * roi, QTreeWidgetItem * ww) {
 152   QTreeWidgetItem * w = new QTreeWidgetItem(ww);
 153   w->setText(0, QString("%1").arg(roi->GetROINumber()));
 154   w->setText(1, QString("%1").arg(roi->GetName().c_str()));
 155   QBrush brush(QColor(roi->GetDisplayColor()[0]*255, roi->GetDisplayColor()[1]*255, roi->GetDisplayColor()[2]*255));
 156   brush.setStyle(Qt::SolidPattern);
 157   for(int i=0; i<w->columnCount (); i++) {
 158     w->setBackground(i, brush);
 159   }
 160   mMapROIToTreeWidget[roi] = w;
 161   mMapTreeWidgetToROI[w] = roi;
 162   // Connect ROI TreeWidget
 163   // TODO
 164 }
 165 //------------------------------------------------------------------------------
 166
 167
 168 //------------------------------------------------------------------------------
 169 void vvToolStructureSetManager::updateStructureSetInTreeWidget(int index, clitk::DicomRT_StructureSet * s) {
 170   QTreeWidgetItem * ss;
 171   if (mMapStructureSetIndexToTreeWidget.find(index) == mMapStructureSetIndexToTreeWidget.end()) {
 172     // Main row item
 173     ss = new QTreeWidgetItem(mTree);
 174     //  ss->setFlags(Qt::ItemIsSelectable|Qt::ItemIsUserCheckable|Qt::ItemIsEnabled|Qt::ItemIsTristate);
 175     ss->setText(0, QString("S%1").arg(index));
 176     ss->setText(1, QString("%1").arg(s->GetLabel().c_str()));
 177     // Insert in list
 178     mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index] = ss;
 179
 180     // Connect Structure TreeWidget
 181     // TODO
 182   }
 183   else ss = mMapStructureSetIndexToTreeWidget[index];
 184
 185   // Insert ROI
 186   const std::vector<clitk::DicomRT_ROI*> & rois = s->GetListOfROI();
 187   for(unsigned int i=0; i<rois.size(); i++) {
 188     if (mMapROIToTreeWidget.find(rois[i]) == mMapROIToTreeWidget.end())
 189       addRoiInTreeWidget(rois[i], ss);
 190   }
 191 }
 192 //------------------------------------------------------------------------------
 193
 194
 195 //------------------------------------------------------------------------------
 196 int vvToolStructureSetManager::addStructureSet(clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet) {
 197
 198   // Create actor for this SS
 199   vvStructureSetActor * mStructureSetActor = new vvStructureSetActor;
 200   mStructureSetActor->SetStructureSet(mStructureSet);
 201   mStructureSetActor->SetSlicerManager(mCurrentSlicerManager);
 202
 203   // Insert in lists and get index
 204   mStructureSetsList.push_back(mStructureSet);
 205   mStructureSetActorsList.push_back(mStructureSetActor);
 206   int index = mStructureSetsList.size()-1;
 207
 208   // Return index
 209   return index;
 210 }
 211 //------------------------------------------------------------------------------
 212
 213
 214 //------------------------------------------------------------------------------
 215 void vvToolStructureSetManager::openBinaryImage() {
 216   DD("openBinaryImage");
 217   // Select current StructureSet (or create)
 218   int index;
 219   DD(mCurrentStructureSetIndex);
 220   if (mCurrentStructureSet == NULL) {
 221     if (mStructureSetsList.size() == 0) { // Create a default SS
 222       clitk::DicomRT_StructureSet * mStructureSet = new clitk::DicomRT_StructureSet;
 223       index = addStructureSet(mStructureSet);
 224       DD(index);
 225     }
 226     else { // Get first SS
 227       index = 0;
 228     }
 229   }
 230   else {
 231     index = mCurrentStructureSetIndex;
 232   }
 233   DD(index);
 234   // TODO -> SET THIS SS AS CURRENT
 235   mCurrentStructureSet = mStructureSetsList[index];
 236   mCurrentStructureSetActor = mStructureSetActorsList[index];
 237   mCurrentStructureSetIndex = index;
 238   DD(mCurrentStructureSet->GetName());
 239
 240   // Open images
 241   QString Extensions = "Images files ( *.mhd *.hdr *.his)";
 242   Extensions += ";;All Files (*)";
 243   QStringList filename =
 244     QFileDialog::getOpenFileNames(this,tr("Open binary image"),
 245                                  mMainWindowBase->GetInputPathName(),Extensions);
 246   if (filename.size() == 0) return;
 247
 248   std::vector<int> mLoadedROIIndex;
 249   for(int i=0; i<filename.size(); i++) {
 250     DD(filename[i].toStdString());
 251
 252     // Open Image
 253     //init the progress events
 254     QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 255     vvImageReader * mReader = new vvImageReader;
 256     std::vector<std::string> filenames;
 257     filenames.push_back(filename[i].toStdString());
 258     mReader->SetInputFilenames(filenames);
 259     mReader->Update(IMAGE);
 260     QApplication::restoreOverrideCursor();
 261
 262     if (mReader->GetLastError().size() != 0) {
 263       std::cerr << "Error while reading " << filename[i].toStdString() << std::endl;
 264       QString error = "Cannot open file \n";
 265       error += mReader->GetLastError().c_str();
 266       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),error);
 267       delete mReader;
 268       return;
 269     }
 270     vvImage::Pointer binaryImage = mReader->GetOutput();
 271     //  delete mReader;
 272
 273     // Check Dimension
 274     int dim = mCurrentImage->GetNumberOfDimensions();
 275     DD(dim);
 276     int bin_dim = binaryImage->GetNumberOfDimensions();
 277     DD(bin_dim);
 278     if (dim < bin_dim) {  ////////// TO CHANGE FOR 3D/4D
 279       std::ostringstream os;
 280       os << "Error. Loaded binary image is " << bin_dim
 281          << "D while selected image is " << dim << "D" << std::endl;
 282       QMessageBox::information(this,tr("Reading problem"),os.str().c_str());
 283       return;
 284     }
 285
 286     // Add a new roi to the structure
 287     int n = mCurrentStructureSet->AddBinaryImageAsNewROI(binaryImage, filename[i].toStdString());
 288     //DD(n);
 289     mLoadedROIIndex.push_back(n);
 290
 291     mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetBackgroundValueLabelImage(mBackgroundValueSpinBox->value());
 292
 293     // Change color NEED DEFAULT COLOR LIST
 294     DD(mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 295     if (n<mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ()) {
 296       double * color = mDefaultLUTColor->GetTableValue(n % mDefaultLUTColor->GetNumberOfTableValues ());
 297       DD(color[0]);
 298       DD(color[1]);
 299       DD(color[2]);
 300       mCurrentStructureSet->GetROI(n)->SetDisplayColor(color[0], color[1], color[2]);
 301     }
 302
 303     // Add a new roi actor
 304     mCurrentStructureSetActor->CreateNewROIActor(n);
 305   } // end loop on n selected filenames
 306
 307   // Update the TreeWidget
 308   updateStructureSetInTreeWidget(index, mCurrentStructureSet);
 309
 310   // Render loaded ROIs (the first is sufficient)
 311   for(unsigned int i=0; i<mLoadedROIIndex.size(); i++) {
 312     mCurrentStructureSetActor->GetROIActor(mLoadedROIIndex[i])->Update();
 313   }
 314   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->NumberOfSlicers(); i++) {
 315     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 316   }
 317 }
 318 //------------------------------------------------------------------------------
 319
 320
 321 //------------------------------------------------------------------------------
 322 void vvToolStructureSetManager::apply() {
 323   close();
 324 }
 325 //------------------------------------------------------------------------------