vv/vvWipeImage.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18
  19 // vv
  20 #include "vvWipeImage.h"
  21 #include "vvSlicer.h"
  22
  23 // clitk
  24 #include "clitkCropImage_ggo.h"
  25 #include "clitkCropImageGenericFilter.h"
  26 #include "clitkExceptionObject.h"
  27
  28 // qt
  29 #include <QComboBox>
  30 #include <QCursor>
  31 #include <QApplication>
  32 #include <QMessageBox>
  33 #include <QSignalMapper>
  34
  35 // vtk
  36 #include <vtkVersion.h>
  37 #include <vtkStreamingDemandDrivenPipeline.h>
  38 #include <vtkInformation.h>
  39 #include <vtkImageData.h>
  40 #include <vtkSmartPointer.h>
  41 #include <vtkImageRectilinearWipe.h>
  42
  43 //------------------------------------------------------------------------------
  44 // Create the tool and automagically (I like this word) insert it in
  45 // the main window menu.
  46 ADD_TOOL(vvWipeImage);
  47 //------------------------------------------------------------------------------
  48
  49 //------------------------------------------------------------------------------
  50 vvWipeImage::vvWipeImage(vvMainWindowBase * parent, Qt::WindowFlags f):
  51   vvToolWidgetBase(parent, f),
  52   vvToolBase<vvWipeImage>(parent),
  53   Ui::vvWipeImage()
  54 {
  55     vtkSmartPointer<vtkImageRectilinearWipe> mWipe = vtkSmartPointer<vtkImageRectilinearWipe>::New();
  56 }
  57 //------------------------------------------------------------------------------
  58
  59
  60 //------------------------------------------------------------------------------
  61 vvWipeImage::~vvWipeImage()
  62 {
  63   delete [] mReducedExtent;
  64   delete [] mInitialExtent;
  65 }
  66 //------------------------------------------------------------------------------
  67
  68 void vvWipeImage::setInput(int number, )
  69 {
  70   mWipe->SetInputConnection(0,reader1->GetOutputPort());
  71 }
  72   wipe->SetInputConnection(0,reader1->GetOutputPort());
  73   wipe->SetInputConnection(1,reader2->GetOutputPort());
  74 //------------------------------------------------------------------------------
  75 void vvWipeImage::closeEvent(QCloseEvent *event)
  76 {
  77   if(mCurrentSlicerManager){
  78 //     Reset extends
  79     for(int i=0; i<6; i++){
  80       mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
  81     }
  82     for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
  83       mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
  84     UpdateExtent();
  85   }
  86   mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetTransform()[0]->SetMatrix(mConcatenedTransform);
  87   for (int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
  88     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ResetCamera();
  89     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
  90     mCurrentSlicerManager->UpdateLinkedNavigation( mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i) );
  91   }
  92   vvToolWidgetBase::closeEvent(event);
  93 }
  94 //------------------------------------------------------------------------------
  95
  96
  97 //------------------------------------------------------------------------------
  98 bool vvWipeImage::close()
  99 {
 100   return vvToolWidgetBase::close();
 101 }
 102 //------------------------------------------------------------------------------
 103
 104
 105 //------------------------------------------------------------------------------
 106 void vvWipeImage::reject()
 107 {
 108   for(int i=0; i<mExtentSize; i++)
 109     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 110   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++)
 111     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(false);
 112   UpdateExtent();
 113   return vvToolWidgetBase::reject();
 114 }
 115 //------------------------------------------------------------------------------
 116
 117
 118 //------------------------------------------------------------------------------
 119 void vvWipeImage::crossPointerChanged()
 120 {
 121   int dimMin = dim;
 122   if(dim%2==0){//case we are minimum
 123     mSliders[dim+1]->setMinimum(mSliders[dim]->value());
 124   }else {
 125     mSliders[--dimMin]->setMaximum(mSliders[dim]->value());
 126   }
 127   mReducedExtent[dim] = mSliders[dim]->value() + mInitialExtent[dimMin];
 128   UpdateWipe();
 129 }
 130 //------------------------------------------------------------------------------
 131
 132
 133 //------------------------------------------------------------------------------
 134 void vvWipeImage::UpdateWipe()
 135 {
 136   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 137     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mReducedExtent);
 138     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ForceUpdateDisplayExtent();
 139     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 140   }
 141 }
 142 //------------------------------------------------------------------------------
 143
 144
 145 //------------------------------------------------------------------------------
 146 void vvWipeImage::InputIsSelected(vvSlicerManager * slicer)
 147 {
 148   //Save the current transformation
 149   mConcatenedTransform = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 150   mConcatenedTransform->DeepCopy(slicer->GetSlicer(0)->GetConcatenatedTransform()->GetMatrix());
 151   vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4> matrix = vtkSmartPointer<vtkMatrix4x4>::New();
 152   matrix->Identity();
 153   mCurrentSlicerManager->GetImage()->GetTransform()[0]->SetMatrix(matrix);
 154   for (int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 155     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->ResetCamera();
 156     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->Render();
 157     mCurrentSlicerManager->UpdateLinkedNavigation( mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i) );
 158   }
 159
 160   // Change interface according to number of dimension
 161   mExtentSize = 2*slicer->GetDimension();
 162    if (slicer->GetDimension()<4) {
 163      mTLabel1->setHidden(true);
 164      mTLabel2->setHidden(true);
 165      tminSlider->setHidden(true);
 166      tmaxSlider->setHidden(true);
 167      spin_tmin->setHidden(true);
 168      spin_tmax->setHidden(true);
 169      mLabelTimeCropping->setHidden(true);
 170    }
 171   if (slicer->GetDimension()<3) {
 172     mZLabel1->setHidden(true);
 173     mZLabel2->setHidden(true);
 174     zminSlider->setHidden(true);
 175     zmaxSlider->setHidden(true);
 176     spin_zmin->setHidden(true);
 177     spin_zmax->setHidden(true);
 178   }
 179 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 180   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetWholeExtent();
 181 #else
 182   int *a = mCurrentImage->GetFirstVTKImageData()->GetInformation()->Get(vtkDataObject::DATA_EXTENT());
 183 #endif
 184   for(int i=0; i<6; i++){
 185     mInitialExtent[i] = a[i];
 186     mReducedExtent[i] = a[i];
 187   }
 188   for(int i=0; i<mCurrentSlicerManager->GetNumberOfSlicers(); i++) {
 189     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->EnableReducedExtent(true);
 190     mCurrentSlicerManager->GetSlicer(i)->SetReducedExtent(mInitialExtent);
 191   }
 192
 193 //   Set initial sliders values
 194   int w_ext[6], imsize[3];
 195   mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetRegisterExtent(w_ext);
 196   for(int dim=0; dim<slicer->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 197     imsize[dim] = w_ext[2*dim+1] - w_ext[2*dim] +1;
 198     mSliders[dim*2]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 199     mSliders[dim*2+1]->setMaximum(imsize[dim]-1);
 200     mSliders[dim*2+1]->setValue(imsize[dim]-1);
 201   }
 202   spin_xmin->setMaximum(imsize[0]-1);
 203   spin_xmax->setMaximum(imsize[0]-1);
 204   spin_xmax->setValue(imsize[0]-1);
 205
 206   spin_ymin->setMaximum(imsize[1]-1);
 207   spin_ymax->setMaximum(imsize[1]-1);
 208   spin_ymax->setValue(imsize[1]-1);
 209
 210   if (slicer->GetDimension() >2) {
 211     spin_zmin->setMaximum(imsize[2]-1);
 212     spin_zmax->setMaximum(imsize[2]-1);
 213     spin_zmax->setValue(imsize[2]-1);
 214   }
 215
 216   if (slicer->GetDimension() >3) {
 217     spin_tmin->setMaximum(imsize[3]-1);
 218     spin_tmax->setMaximum(imsize[3]-1);
 219     spin_tmax->setValue(imsize[3]-1);
 220   }
 221
 222   QSignalMapper* signalMapper = new QSignalMapper(this);
 223   connect(signalMapper, SIGNAL(mapped(int)), this, SLOT(sliderValueChanged(int)));
 224   for(unsigned int i=0; i<mSliders.size(); ++i){
 225     signalMapper->setMapping(mSliders[i], i);
 226     connect(mSliders[i], SIGNAL(valueChanged(int)), signalMapper, SLOT(map()));
 227   }
 228   UpdateExtent();
 229 }
 230 //------------------------------------------------------------------------------
 231
 232
 233 //------------------------------------------------------------------------------
 234 void vvWipeImage::apply()
 235 {
 236   if (!mCurrentSlicerManager) close();
 237   QApplication::setOverrideCursor(QCursor(Qt::WaitCursor));
 238
 239   // Typedef
 240   typedef args_info_clitkCropImage ArgsInfoType;
 241   typedef clitk::CropImageGenericFilter CropFilterType;
 242
 243   // Get options
 244   ArgsInfoType mArgsInfo;
 245   cmdline_parser_clitkCropImage_init(&mArgsInfo); // Initialisation to default
 246   int n = mCurrentSlicerManager->GetDimension()*2;  // 2D and 3D only
 247   mArgsInfo.boundingBox_given = n;
 248   mArgsInfo.boundingBox_arg = new int[n];
 249
 250   for(int dim=0; dim<mCurrentSlicerManager->GetDimension() && dim<3; ++dim){
 251     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2] = mSliders[dim*2]->value();
 252     mArgsInfo.boundingBox_arg[dim*2+1] = mSliders[dim*2+1]->value();
 253   }
 254   if (n>6) { // 4D
 255     mArgsInfo.boundingBox_arg[6] = 0;
 256     mArgsInfo.boundingBox_arg[7] = mCurrentImage->GetSize()[3]-1;
 257   }
 258   // We MUST reset initial extend to input image before using the
 259   // filter to retrieve the correct image size
 260   for(int i=0; i<6; i++) {
 261     mReducedExtent[i] = mInitialExtent[i];
 262   }
 263
 264   UpdateExtent();
 265   // Main filter
 266   CropFilterType::Pointer filter = CropFilterType::New();
 267   filter->SetInputVVImage(mCurrentImage);
 268   filter->SetArgsInfo(mArgsInfo);
 269
 270   // Go ! (not threaded)
 271   try{
 272     filter->Update();
 273   }
 274   catch(clitk::ExceptionObject & e) {
 275     DD(e.what());
 276     QApplication::restoreOverrideCursor();
 277     delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 278     close();
 279   }
 280   std::ostringstream croppedImageName;
 281   croppedImageName << "Cropped_" << mCurrentSlicerManager->GetSlicer(0)->GetFileName() << ".mhd";
 282   // Retrieve result and display it
 283   vvImage::Pointer output = filter->GetOutputVVImage();
 284
 285   output->GetTransform()[0]->SetMatrix(mConcatenedTransform);
 286
 287   AddImage(output,croppedImageName.str());
 288
 289   // End
 290   QApplication::restoreOverrideCursor();
 291   delete [] mArgsInfo.boundingBox_arg;
 292   close();
 293 }
 294 //------------------------------------------------------------------------------
 295