// gdcmFile.cxx #include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. * \Note the in-memory representation of all available tags found in * the DICOM header is post-poned to first header information access. * This avoid a double parsing of public part of the header when * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be * seen as a side effect). * * @param filename file to be opened for parsing * * @return */ gdcmFile::gdcmFile(string & filename) :gdcmHeader(filename.c_str()) { } ///////////////////////////////////////////////////////////////// // FIXME JPR: comments in English please ! /** * \ingroup gdcmFile * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image * ou DES images dans le cas d'un multiframe * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). * * @return longueur a allouer */ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb; string str_nbFrames, str_nb; // Nombre de Lignes nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); // Nombre de Colonnes nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); // Nombre de Frames str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { nbFrames = 1; } else { nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); } // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); return (lgrTotale); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief TODO * \warning WARNING * */ void * gdcmFile::GetImageData (void) { char * _Pixels; // Longueur en Octets des Pixels a lire size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? _Pixels = (char *) malloc(taille); GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); // On l'affecte à un champ du dcmFile Pixels = _Pixels; lgrTotale = taille; // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça return(_Pixels); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image * * @param destination * @param MaxSize * * @return TODO JPR */ int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { // Question : // dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? // que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? // que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; // Longueur en Octets des Pixels a lire size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb // -> on résoud à la goret if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; GetPixels(MaxSize, destination); // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); } // Nombre de Bits Utilises str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { nbu = nb; } else { nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); } // Position du Bit de Poids Fort str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { highBit = nb - 1; } else { highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); } // Signe des Pixels str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { signe = 1; } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est // // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits // avec moins de 32 bits utilises // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader return 1; } // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) { guint32 s32; guint16 fort,faible; int i; if(nb == 16) switch(swap) { case 0: case 12: case 1234: break; case 21: case 3412: case 2143: case 4321: for(i=0;i>8) | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8); break; default: printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap); } if( nb == 32 ) switch (swap) { case 0: case 1234: break; case 4321: for(i=0;i>16; fort= (fort>>8) | (fort<<8); faible=(faible>>8) | (faible<<8); s32=faible; ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; } break; case 2143: for(i=0;i>16; fort= (fort>>8) | (fort<<8); faible=(faible>>8) | (faible<<8); s32=fort; ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible; } break; case 3412: for(i=0;i>16; s32=faible; ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; } break; default: printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap); } return; } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief TODO JPR * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR * * @param Data TODO JPR * @param ExpectedSize TODO JPR * * @return TODO JPR */ int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { SetImageDataSize(ExpectedSize); Pixels = Data; lgrTotale = ExpectedSize; return(1); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief TODO JPR * \ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR * * @param ImageDataSize TODO JPR * */ void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { string content1; string content2; char car[20]; sprintf(car,"%d",ImageDataSize); content2=car; SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); ImageDataSize+=8; sprintf(car,"%d",ImageDataSize); content1=car; SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR * * @param nomFichier TODO JPR * * @return TODO JPR */ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { FILE * fp1; fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); if (fp1 == NULL) { printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); return (0); } fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR * * @param nomFichier TODO JPR * * @return TODO JPR */ int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) FILE * fp1; char* filePreamble; fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); if (fp1 == NULL) { printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); return (0); } // Ecriture Dicom File Preamble filePreamble=(char*)calloc(128,1); fwrite(filePreamble,128,1,fp1); fwrite("DICM",4,1,fp1); // un accesseur de + est obligatoire ??? // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) GetPubElVals().Write(fp1); fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); } ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA * (a l'attention des logiciels cliniques * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... * si un header DICOM est fourni en entree, * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel * (Equivalent a IdDcmWrite) * * @param nomFichier TODO JPR * * @return TODO JPR */ int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) FILE * fp1; fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); if (fp1 == NULL) { printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); return (0); } // un accesseur de + est obligatoire ??? // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) GetPubElVals().WriteAcr(fp1); fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); fclose (fp1); return(1); }