]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - ChangeLog
* src/gdcmDocEntry.[h|cxx] : now the ReadLength is the length of the datas
[gdcm.git] / ChangeLog
index ce610cb82bbcdb15917e543ebaf237cba47fc36d..f16b09603e24ff9f4575c72f25de8023dd4df4e0 100644 (file)
--- a/ChangeLog
+++ b/ChangeLog
@@ -1,5 +1,366 @@
+2005-01-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocEntry.[h|cxx] : now the ReadLength is the length of the datas
+     to read in the file... and only it ! Length is the efective length of the
+     datas in the DocEntry structure
+
+2005-01-07 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Change the gdcmDebug approach. Remov the global static debug 'dbg'.
+     And now use a static function call instead, with a global variable. i
+     This is much closer to the VTK approach. Hopefully should be bulletproof
+     and easier to use...hopefully
+
+2005-01-06 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Adding GetMACAddres very alpha for now. This is tricky to be cross plateform.
+
+2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : remove all copy of DocEntry when parsing a file
+
+2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.[h|cxx] : amelioration of
+     ValEntry, BinEntry, SeqEntry creation or replace
+
+2005-01-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDictEntry.h : now, the IsVRUnknown is correct
+   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : simplify the search of VR value when parsing
+     a file
+   * src/gdcmDocEntrySet.cxx : now the created DocEntry without values is good
+     when specifying the VR
+   * src/gdcmVR.[h|cxx] : add usefull method to test the validity of a VR
+   * src/gdcmDocEntry.cxx : amelioration of print
+
+2005-01-05 Jean-Pierre Roux <jpr@creatis.univ-lyon1.fr
+   * ADD : Add the method Util::IsCurrentProcessorBigEndian
+          (we'll need it for 'Explicit VR Big Endian' Transfert Syntax)
+       * ADD  Method Document::ComputeGroupLength
+       * ENH : now  parsing creates a Vitual DictEntry for Pixels Element,
+           in order to allow further VR modification by user
+   * REM : removal of once-called method File::WriteBase       
+               integration of its code in formerly one-line method File::Write
+
+2005-01-05 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmCommon.h : add the GDCM_UNKNOWN constant. This constant is to
+     replace the different values "??", "Unkn", "Unknown".
+   * src/gdcmDicomDirElement.h, gdcmDictEntry.h, gdcmDictSet.h,
+     gdcmDocEntry.cxx, gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.h, gdcmSQItem.cxx,
+     gdcmVR.cxx : use the GDCM_UNKNOWN constant.
+   * Appears a bug in gdcmDictEntry : IsVRUnknown always returns false... bad
+
+2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmBase.[h|cxx] : new base class. Contains the PrintLevel and an
+     empty Print Method
+   * Set the gdcm::Base class to some Printable classes
+
+2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : add the Print method
+   * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : add the generalized Print method
+   * src/gdcmDocEntrySet.h : generalize the Print with the PrintLevel
+   * src/gdcmDocument.h : remove the PrintLevel informations
+   * Example/PrintFile.cxx : use the new gdcm::File::Print
+
+2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.cxx : Add the code of ReplaceOrCreateByNumber to not have
+     problems when compiling with the python wrapping
+
+2004-12-16 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
+     writting in ImplicitVR
+
+2004-12-12 Jean-Michel Rouet <jm.rouet@noos.fr>
+   * src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx], src/gdcmJpeg*.cxx : new handling of
+     JPEG decompression, especially when dicom frames are split into several
+     JPEG Fragments. This makes use of jpeg decompression from memory buffer.
+     This solves reading for example gdcm-JPEG-Lossless_Thoravision.dcm.
+
+2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmHeader.cxx : change the initialisation of default header.
+     Now, this header is readable by gdm, e-film, DicomWorks
+
+2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.[h|cxx], gdcmPixelReadConvert.[h|cxx] : change the API.
+     Rename Decompressed to Raw
+   * Use the API changes in gdcm::File.
+   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add the possibility to write in other modes
+     Memory leaks fixed
+
+2004-12-10 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmWriter.cxx, Example/WriteDicomSimple.cxx : add comments for
+     each added entry in the header. Replace the 'Planes' field by the 'Number
+     of Frames' field
+
+2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : now can write stack of images.
+   * vtk/vtkWriteDicom.cxx : can write 2D stack or 3D image
+
+2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Example/WriteDicomSimple.cxx : example to write a dicom file from nothing.
+     At this time, this image isn't readable by e-film... waiting JPR help to
+     solve it.
+
+2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmPixelReadConvert.cxx : bug fix when would forcing load of a
+     DocEntry. Now use methods of the Document !
+
+2004-12-09 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/ShowDicomSeq.cxx : bug fix
+2004-12-08 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmReader.[h|cxx] : bug fix. Plane order isn't inverted
+   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : correctly write images (the Y axis is inverted)
+   * Test/ShowDicomSeq.cxx : new test to verify the use of AddFileName method
+   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : set the threshold of regression
+     test to 0.0
+   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : remove unused variable
+   * Test/CMakeLists.txt : add the creation of the gdcmDataSeqImages.h file
+     containing found sequences
+
+2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/ShowDicom.cxx, TestWriteWithVTK.cxx : bug fix, now this test pass
+     not at all time
+   * Test/TestCopyRescaleDicom.cxx : rearrange the test to correctly pass...
+     Some fields in BinEntry must be copied to not seg fault when making the :
+              gdcm::File *copy     = new gdcm::File( copyH );
+     and tests are now made on good variables
+
+2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmWriter.[h|cxx] : add a first version of vtkGdcmWriter
+   * src/gdcmValEntry.cxx : bug fix when setting the value. Problems of odd
+     length
+   * src/gdcmHeader.cxx : Remove a useless call to Util::DicomString
+   * Add vtkGdcmWriter example and test
+
+2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
+   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove and change prints
+   * src/gdcmValEntry.[cxx|h] : now set the length of the value when calling
+     SetValue
+   * src/gdcmBinEntry.[cxx|h] : SetValue method don't set the length
+   * src/*.cxx : remove all useless call to SetLength of a ValEntry object
+
+2004-12-07 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : ficnished this class
+   * src/gdcmFile.cxx : finished the correctly use of PixelWriteConvert
+
+2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocument.cxx : bug fix when opening the file. All read is followed
+     by an eof to prevent all bad read of the file... and in this case, the
+     file isn't readable. 
+
+2004-12-06 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Example/Volume2Dicom.cxx : comment unused variables
+   * Test/PrintDicomDir.cxx : comment unused variables
+   * Test/BuildUpDicomDir.cxx : remove dbg.Verbose. Remove the FIXME.
+   * src/SQItem.[h|cxx] : remove the PtagHT variable. Remove the AddDocEntry
+     method that is redondant with AddEntry.
+   * src/gdcmDocEntrySet.h : add pure virtual methods common to ElementSet and
+     SQItem
+
+2004-12-04 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Bug fix due my last commit (compilation under Windows).
+   * Example/Volume2Dicom : bug fix in the file and reformatting source code
+   * src/gdcmFile.h : bug fix. Variable type and variable name had same name
+
+2004-12-03 Mathieu Malaterre  <Mathieu.Malaterre@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Huge cleanup:
+     - Remove printf / sprintf
+     - include iostream AFTER gdcm so we don't get warnings
+     - GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM shouldn't be used explitely ouside of gdcm 
+       source
+     - Also remove tons of include from header files, hopefully this should 
+       speeup the compilation time, since it was becoming a dog slow.
+     - Remove gdcm.h as it include way too many files and slow down compilation 
+       (plus it is not up to date)
+     - remove 'using namespace std' this is BAD !
+
+2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Remove memory leaks on the DicomDir
+   * Remove some useless datas in DicomDirObject
+   * Add usefull methods in SQItem, to be complient withe the ElementSet
+
+2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : now use FileType instead of TWriteType.
+
+2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmPixelWriteConvert.[h|cxx] : new class to write datas (and in the
+     future, with convertion)
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : the PixelWriteConverter instance replace Pixel_Data
+     and ImageDataSize values. Remove the method to get the PixelReadConverter
+     from the output of the class
+
+2004-12-03 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Rename src/gdcmPixelConvert.[h|cxx] to src/gdcmPixelReadConvert.[h|cxx]
+
+2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : correct error in vtkDebugMacro, vtkWarningMacro
+     and vtkErrorMacro use.
+   * gdcmPython/gdcm.i : corrections to avoid warnings at compilation
+
+2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/TestCopyDicom.cxx : the new dicom created is created empty, without
+     file name in input
+   * src/gdcmSeqEntry.cxx : bug fix in destruction of an element
+   * src/gdcmHeader.cxx : bug fix. Keep the string, otherwise it is destroyed.
+     The string leaves only in the fonction. So when we make a .c_str(), we
+     get the pointeur on the first element, element that will be destroyed 
+     immediately after thee instruction.
+   * src/gdcmDocument.cxx : remove memory leaks. Bug fix when testing if the
+     file has been opened : the test must be made on the content of the 
+     pointer and not directly on the pointer !
+     Code formatting
+
+2004-12-02 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * gdcmPython/gdcm.i : change gdcmHeaderHelper to gdcmSerieHeader. Now,
+     the python part recompiles
+
+2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/ShowDicom.cxx : Change the test to only open one vtkImageViewer.
+     Otherwise, under linux (Graphic card : NVidia / SE : FedoraCore 1) the
+     X session is killed (for my computer... it seems to not be identic on
+     all linux)
+
+2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Test/ShowDicom.cxx : now can be used with an off-screen rendering to
+     avoid problems (otherwise, the difference test between the visible image
+     and the reference is incorrect. If the reference is greater than the
+     screen resolution, it's produce errors).
+     Can be used for only one image. Can be used with a visible flag.
+   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : remove commented codes.
+   * vtk/vtkGdcmReader.h : add the gdcmCommon.h include file to avoid warnings
+     under windows at compilation
+   * vtk/vtkgdcmViewer.cxx : reformat the file. Apply a default window/level
+     for grayscale images
+   * vtk/GdcmToBaseline.cxx : new program to easy create the reference image
+
+2004-11-30 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : bug fix for ACR-LIBIDO files when writting the file
+   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : add
+     tests on the image size X, Y, Z
+
+2004-11-26 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Remove some useless methods in gdcm::Document, gdcm::Header and gdcm::File
+   * Rename gdcmHeaderHelper.[h|cxx] to gdcmSerieHeader.[h|cxx] to be coherent
+     between the class name and the file name
+
+2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/ : fix compilation warnings for the Write method (2 different
+     proto). So Rename 'Write(ifstream* fp' into 'WriteContent(ifstream* fp'
+     fix compilation warnings for the gdcm::Document::TransferSyntaxStrings
+     variable... create a static method in gdcm::Document to access to
+     this variable content.
+
+2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocument.[h|cxx] : set the Transfert Syntax values to the header
+     file, to be accessed by other files (like gdcmFile). Remove commented
+     code. Move the change of the header to the gdcmFile, using the
+     DocEntryArchive
+   * src/gdcmHeader.[h|cxx] : the write is completely made in the Header.
+     To be sure of that (and simplify calls), the Write of the header now
+     gets a file name and not a file pointer (std::ifstream).
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : apply the write file type to the header, using the
+     DocEntryArchive. Remove all open of the written file
+
+2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * vtk/vtkGdcmReader.cxx : compilation bug fix for the vtk part
+
+2004-11-25 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocument.cxx : fix bug... test if the fp is opened to use it
+   * src/gdcmPixelConvert.cxx : calculate the image size when while the grab of
+     the header.
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove PixelRead and ImageDataSizeRaw variables and
+     some corresponding methods. Write correctly the file and check before
+     write
+   * Test/TestCopyDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx,
+     TestAllReadCompareDicom.cxx : pass the write of images to RGB and test
+     is now on RGB datas (as before my last commit
+   * Example/PrintHeader.cxx, PrintFile.cxx : repad files.
+
+2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmBinEntry.cxx, gdcmSeqEntry.cxx, gdcmSQItem.cxx, gdcmValEntry.cxx :
+     Add a print information of the type of the entry
+   * src/gdcmDocument.cxx : add the write of the preambule of a Dicom file.
+     It was in the gdcmFile, and all write have been regrouped
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : add methods to get the Raw data elements and size.
+     Write correctly all dicom files (in decompressed mode only at this time)
+   * Test/ : test on files are now made using Raw datas and not color datas if
+     any.
+   * Example/PrintFile.cxx : add more printings
+
+2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * Amelioration of code, remove some code copy. For the loading of
+     BinEntry (in gdcmDocument), add the test to verify if the file is already
+     opened or not.
+
+2004-11-24 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : bug fix and add a method to temporary
+     remove a DocEntry in the header (push an empty DocEntry)
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove some useless variables, methods and code
+     lines. Bug fix in the initialization of the PixelConvert and the 
+     DocEntryArchive
+   * src/gdcmElementSet.[h|cxx] : add methods Initialize and GetNext to
+     use in TestCopyDicom (now this test can run under windows... but fails)
+   * Test/TestCopyDicom.cxx : amelioration of the test :
+     - test the pixels written
+     - add test points to quickly find where is the error
+     - can set a file name input and output in arguments
+   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx, TestReadWriteReadCompare.cxx : 
+     amelioration of the test output
+
+2004-11-23 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocEntryArchive.cxx : complete the print function, that prints
+     all replaced DocEntry's
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : remove all changes of the header when getting datas.
+     Now, each needed DocEntry to modify is duplicated, modified and inserted
+     to the header using DocEntryArchive. Thus, after save, we can restore the
+     header initial state.
+
+2004-11-22 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmFile.h : fix compilation errors on zorglub linuc computer
+
+2004-11-19 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocEntry.cxx : remove the copy of the DictEntry... there isn't
+     correct to copy it. The DictEntry is specified at the DocEntry creation,
+     then, it musn't change in the time.
+   * src/gdcmDocEntryArchive.[h|cxx] : new class. It's goal is to change the
+     header correctly. At this time, the change is only made for the first
+     level of the Document. In the future, it might consider sequences.
+     The change is made by replacing a DocEntry by an other that is created
+     outside the class. The old value is kept. When we restore the header
+     status, the added DocEntry is deleted and replaced by the old value.
+   * src/gdcmElementSet.h : Set the DocEntryArchive like friend.
+   * src/gdcmFile.[h|cxx] : Use the gdcmDocEntryArchive. Add methods to
+     set the write type to explicit VR, implicit VR or ACR. Add methods to set
+     the write mode to native, decompressed or RGB (but not used at this time)
+
+2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmSeqEntry.cxx : add initialisation of variable SeqTerm
+   * src/gdcmDocument.cxx : add delete of DocEntry's to remove some memory leaks
+
+2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * src/gdcmDocument.cxx : now, when using the ReplaceOrCreateByNumber to
+     set a BinEntry, the binArea is copied (like to set a ValEntry, the string
+     is copied).
+   * Test/TestCopyDicom.cxx, Example/TestCopyDicom.cxx : the image data isn't 
+     set because already copied when copying the BinEntry's of the header
+   * Test/TestAllReadCompareDicom.cxx : remove warnings
+
+2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
+   * FIX : now, the DocEntries are all deleted in the gdcmElementSet.
+     Two problems appear when doing it :
+      - with the gdcmFile : when the GetImageData method is called, the pixels
+        are stored in the gdcmPixelConvert, but a gdcmBinEntry link to these
+        datas (pixels). And each structure destruct the datas when it's
+        destructed. So we have two destructions for the same datas. To solve it,
+        a flag is added in the gdcmBinEntry to indicate if the BinEntry owns the
+        datas or not. If it doesn't own datas, then they will not destroyed by
+        the gdcmBinEntry.
+      - with the gdcmDicomDir : the sequences (gdcmSQItem) contain DocEntry
+        elements. The DicomDir* (DicomDirPatient, etc.) inherit from SQItem.
+        Thus destruct the DicomDir* elements and the TagHT of the ElementSet 
+        create a double destruction of the same DocEntry's. So, to solve it, 
+        the TagHT is simply cleared and the DicomDir* elements are destroyed.
+   * TODO : add an entry concerning memory leaks in the DicomDir
+
 2004-11-15 Benoit Regrain <Benoit.Regrain@creatis.insa-lyon.fr>
-   * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor 
+   * FIX : src/gdcmDocument.cxx Remove obvious code in the destructor
    * FIX : src/gdcmPixelConvert : Set to NULL the deleted structures in the
      squeeze method