]> Creatis software - bbtk.git/blobdiff - kernel/doc/bbtkUsersGuide/bbtkUsersGuide.tex
connecting boxes
[bbtk.git] / kernel / doc / bbtkUsersGuide / bbtkUsersGuide.tex
index 3192e9b517189bc5a826cf8c2b57fc10845b0130..2bb41debb295de8c1e40a173cfffd3547fa0b900 100644 (file)
@@ -1,62 +1,22 @@
 % ==========================================
 \documentclass[11pt,final,a4paper]{article}
 \input{config.tex}
-
-
-
 \begin{document}
-
-\begin{center}
-
-{\Large \BBTK}
-\vspace{1cm}
-
-{\Huge User's Guide}
-\vspace{1cm}
-
-\bbtk version \bbtkVersion
-\vspace{0.5cm}
-
-
-Last modified on : October 16, 2008 \\
-Generated on : \today 
-\vspace{0.5cm}
-\end{center}
-\begin{center}
-Eduardo D\'avila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux 
-\end{center}
-\begin{center}
-CREATIS-LRMN, Centre de Recherche en Imagerie Medicale \\ CNRS UMR 5220, INSERM U620\\
-INSA Lyon\\
-Universit\'e Claude-Bernard Lyon 1\\
-
-http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/bbtk 
-
-\end{center}
-
+\bbtkGuide[User's Guide]
 % ==========================================
-\tableofcontents
-% ==========================================
-
-\listoftables
-
-\listoffigures
-
 
 
-% ==========================================
-%\section*{Abstract}
 % ==========================================
 \newpage
-% ==========================================
 \hrule
-\section{What is bbtk ?}
+\section{Introduction}
+Note: pdf version of this User's Guide can be retrieved from the following URL:\\
+\url{http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/documentation}
 % ==========================================
-\BBTK(\bbtkns) is a set of tools 
-(\CPP libraries and executables) 
-providing a \CPP framework for the definition 
-of elementary processing \emph{units}, called {\bf black boxes}, 
-and the definition and execution of processing \emph{chains} 
+\subsection{What is bbtk?}
+% ==========================================
+\BBTK(\bbtkns) is a set of tools (\CPP libraries and executables) 
+providing a \CPP framework for the definition of elementary processing \emph{units}, called {\bf black boxes}, and the definition and execution of processing \emph{chains} 
 made up of these black boxes. \\
 
 %It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
@@ -76,7 +36,7 @@ made up of these black boxes. \\
 %\end{verbatim}
 
 % ==========================================
-\subsection{The black box philosophy}
+\subsubsection{The black box philosophy}
 % ==========================================
 
 \href{http://www.answers.com/topic/black-box-theater}{The Answers Dictionary} defines a {\bf black box} as 
@@ -87,9 +47,9 @@ defines a {\bf black box} as
 \emph{``any component in a system in which only the input and output 
 characteristics are of interest, without regard to its internal mechanism 
 or structure''}. \\
-We should merge these definitions
+We should merge these definitions: 
 not only the inputs and outputs are of interest but also 
-\emph{what the box does} !
+\emph{what the box does!}
 Hence, we would say that a black box is any \emph{\bf documented} 
 component of a system, letting the user know  
 \emph{\bf what} the box is supposed to do and 
@@ -119,110 +79,122 @@ description of its inputs and outputs, etc.
 We let you think about this\dots)
 
 Of course, symbolic data attached to a box may be 
-{\bf queried} : what are the inputs/outputs of the box 
-what are their type ? their description ? etc.
+{\bf queried}: what are the inputs/outputs of the box
+what are their type? their description? etc.
 This allows {\bf automatic documentation} of boxes. 
 
 The abstract definition of black boxes is the most basic 
 aspect of \BBTK architecture. 
-Another key aspect is the groupement of black boxes into 
+Another key aspect is the grouping of black boxes into 
 so called {\bf packages}, 
-which are \emph{dynamic libraries} which can also 
+which are \emph{dynamic libraries} that can also 
 be queried, in particular about the boxes they provide. 
-The package structure then offers a mechanism which 
-is like a \emph{'plug-in'} mechanism.
+The package structure then offers a mechanism similar to \emph{'plug-in'} mechanism.
 \BBTK provides the methods to load a package at run-time, 
 and create instances of the boxes it contains. 
 
 These two mechanisms (black boxes and packages) 
-then gives the way to:
+then give the way to:
 
 \begin{itemize}
 \item The definition of an {\bf interpreted script language}, 
 which allows to manipulate packages and boxes very easily in symbolic way. 
-\BBTK provides one :  \bbs (the Black Box Script language) and its interpreter
+\BBTK provides one:  \bbs (the Black Box Script language) and its interpreter
 \bbi (the Black Box Interpreter). 
 \item {\bf Automatic documentation} of existing packages. 
 \texttt{html} documentation of packages is proposed by 
 \bbStudions.
 \end{itemize}
 
-Finally, these different components allow {\bf efficient} :
+Finally, these different components allow {\bf efficient}:
 
 \begin{itemize}
 \item {\bf capitalization and reuse} of existing processing units, 
 including {\bf documentation} 
 \item {\bf testing, prototyping} in a very simple script language
-\item {\bf inter-operability} between atomic processings which 
+\item {\bf inter-operability} between atomic processings that 
 have been written by different persons, using different libraries, etc. 
 \end{itemize}
 
 % ==========================================
-\subsection{\bbtk components}
+\subsubsection{\bbtk components}
 % ==========================================
-\BBTK includes :
+\BBTK includes:
 \begin{itemize}
   \item A \CPP {\bf\emph{library}} - called \bbtk - which defines a framework 
     (abstract classes) to develop black boxes and store them into 
     dynamic libraries, called black box \emph{packages}.
-  \item Different {\bf\emph{"core" black box packages}} :
+  \item Different {\bf\emph{"core" black box packages}}:
     \begin{itemize}
-      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
-      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
-      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and visualization package, based on the \vtk library.
-      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
+      \item {\bf\emph{std}}: the 'standard' package including basic useful boxes.
+      \item {\bf\emph{wx}}: basic graphical interface elements (widgets: sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
+      \item {\bf\emph{itk}}: the basic image processing package, based on the \itk library.
+      \item {\bf\emph{vtk}}: the basic images and surfaces processing and visualization package, based on the \vtk library.
+      \item {\bf\emph{wxvtk}}: widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D visualization and
       interaction).
-      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development.     
+      %\item {\bf\emph{creaImageIO}}: Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
+      \item {\bf\emph{toolsbbtk}}: Tools for bbtk administration and package development.     
     \end{itemize}
-  \item A {\bf\emph{Developement environment}}, called \bbStudio, which provides
+  \item A {\bf\emph{development environment}}, called \bbStudio, which provides:
     \begin{itemize}
-      \item An online {\bf\emph{script editor and interpretor}}
-      \item A powerful html {\bf\emph{Help environment}}, integrating :       
+      \item An online {\bf\emph{script editor and interpreter}}
+      \item A powerful html {\bf\emph{help environment}}, integrating:       
         \begin{itemize}
-          \item Online documentation scaning
-          \item Retreiving boxes on various criterions
-          \item Checking Demo and examples
+          \item Online documentation scanning
+          \item Retrieving boxes on various criteria
+          \item Checking demos and examples
         \end{itemize}
       \end{itemize}
-      \item An standalone {\bf\emph{interpreter}}, called \bbins, which allows to 
+      \item A standalone {\bf\emph{interpreter}}, called \bbins, which allows to 
            execute \bbs scripts or commands.
-      \item {\bf\emph{Various Development Utilities}} :
+      \item {\bf\emph{Various development utilities}}:
          \begin{itemize}
             \item \bbfy generates the \CPP code of a black box from a 
                description file written in \texttt{xml}.
                 %\item \bbdoc generates the html documentation of a black box package 
                 %(author, description, description of its black boxes : 
                 %author, description, inputs, outputs, and so on).
-            \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture. 
+            \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture 
                to start the development of a new black box package.
-            \item \bbCreateBlackBox allows to create the basic file architecture. 
+            \item \bbCreateBlackBox allows to create the basic file architecture 
                to start the development of a new black box, that will be included in an already existing package.             
-            \item \bbs2cpp translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
-            \item \bbc (sorry : Linux Only, for the moment) that compiles \texttt{.bbs} scripts into executables.
+            \item \texttt{bbs2cpp} translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
+            \item \bbc (sorry: Linux only, for the moment) that compiles \texttt{.bbs} scripts into executables.
             \item \bbRegeneratePackageDoc which creates the html documentation of the Package.
            \item \bbRegenerateBoxesLists which creates the html pages of the various lists of all the currenly installed boxes.
            \item \bbPlugPackage which automatically incorporates a new package.                  
          \end{itemize}
-      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html),
-      queryable throught keywords.       
+      \item A full {\bf\emph{documentation}} that can be printed (pdf), browsed (html) and
+      queried through keywords.          
 \end{itemize}
 
 The general architecture of \BBTK 
 is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-architecture}\BBTK architecture}
+\caption{\BBTK architecture}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.6\textwidth]{bb-architecture.png}
 \end{center}
+\label{bb-architecture}
 \end{figure}
 
-\newpage
+%%\newpage
+
+% ==========================================
+\subsection{Content of this guide}
+% ==========================================
+
+Read this \texttt{Users' Guide} if you want to learn how to use 
+\bbtk development environnement (\bbStudions) and how to write black box scripts.\\
+If your aim is to write your own Packages and Black Boxes, you have to read the
+\texttt{Package Developper's Guide}.
 
 % ==========================================
+\newpage
+\hrule
 \section{Getting started with bbStudio}
+\label{bbStudio}
 % ==========================================
 
 
@@ -237,71 +209,69 @@ is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
 Just run it, typing in a console \bbStudio 
 or clicking on its icon or its menu entry.
-
 You'll get something like in figure 
-\ref{bbi-fig-bbStudio-gui-start}
-(the exact appearance of \bbStudio is Operating System and \bbtk version dependent)
-At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. \\
-Don't forget to read it : it will vanish at the first mouse click. \
-
-
-\newpage
-
-
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-bbStudio-gui-start}The bbStudio Development environment interface at start time}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPageStart.png}
-\end{center}
-\end{figure}
+\ref{bbi-fig-bbStudio-gui}
+(the exact appearance of \bbStudio is Operating System and \bbtk version dependent).
 
+%At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. 
+%Don't forget to read it: it will vanish at the first mouse click. 
 
-Feel free to resize any part you want.
-Your preferences will be kept next time you run again \bbStudio. \\
 
-Let's have a look at the resized window :
+%\begin{figure}[!ht]
+%\caption{The bbStudio Development environment interface at start time}
+%\begin{center}
+%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPageStart.png}
+%\end{center}
+%\label{bbi-fig-bbStudio-gui-start}
+%\end{figure}
 
+%Let's have a look at the resized window :
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-bbStudio-gui}The bbStudio Development environment interface}
+\caption{The bbStudio Development environment interface}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPage.png}
 \end{center}
+\label{bbi-fig-bbStudio-gui}
 \end{figure}
 
-You can see four parts : \texttt{Files}, \texttt{Messages},
- \texttt{Command}, \texttt{Help}.\\
-
-The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets
+The interface is divided into four parts: \texttt{Files}, \texttt{Messages},
+ \texttt{Command}, \texttt{Help}.
+It is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets
 (a.k.a. AUI),
 whose 'docking manager' allows windows and toolbars to be floated/docked 
-onto a frame.\\
-Please don't use this feature at learning time (the snapshots of this document
- wouldn't match with your screen ...)
+onto a frame.
+Feel free to resize/reposition any part you want.
+Your preferences will be kept next time you run again \bbStudions. 
+
+%Please don't use this feature at learning time 
+%(the snapshots of this document wouldn't match with your screen ...)
 
 \subsubsection{'Files' part}
 \label{bbi-FilesPart}
 
-It's the .bbs script editor.\\
-If you load a file holding a script, it will be displayed here, and you'll be
-able to modify it, to save it, to save-as it, to run it, using the
-lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar})
+It is the \bbs script editor (see section \ref{Scripting} to learn about scripting).
+
+If you load a file holding a script, it will be displayed in this area, and you will be
+able to modify it, to save it, to save-as it and to run it, using the respective
+lower-toolbar buttons (see figure \ref{lowertoolbar})
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{lowertoolbar}The lower tool bar}
+\caption{The 'Files' lower toolbar}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar2.png}
 \end{center}
+\label{lowertoolbar}
 \end{figure}
 
 
 % \begin{itemize}
-%   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
-%   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
-%   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
-%   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
-%   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
-%   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
-%   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
+%   \item {\bf\emph{New file}}: Create a new file to hold a script
+%   \item {\bf\emph{Open file}}: Open an already existing file holding a script 
+%   \item {\bf\emph{Close file}}: Close a file holding a script
+%   \item {\bf\emph{Save file}}: Save he current file (if modified)
+%   \item {\bf\emph{Save file as}}: Save he current file under a different name
+%   \item {\bf\emph{Run file}}: Execute the script you just loaded/modified/written
+%   \item {\bf\emph{cursor position}}: column number : line number   
 % \end{itemize}
 
 
@@ -309,98 +279,209 @@ lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar})
 \label{bbi-MessagesPart}
 
 Two kinds of messages will be output here:\\
-System messages : produced by the kernel, in case of a user mistyping, or an execution error\\
-Script messages : produced by the \bbtk equivalent of \texttt{printf} 
-or \texttt{std::cout} in user programs
+\begin{itemize}
+\item {\bf\emph{System messages:}} produced by the kernel, in case of a user mistyping, or an execution error.\\
+\item {\bf\emph{Script messages:}} produced by the \bbtk equivalent of \texttt{printf} 
+or \texttt{std::cout} in user programs.
+\end{itemize}
+
 
 \subsubsection{'Command' part}
 \label{bbi-CommandPart}
 
-This is where user will type \bbs commands which are executed on the fly..
+You can type here \bbs commands which are executed on the fly.
+The buttons are shortcuts to the most frequently used commands.
+The command (or button) \texttt{help} permits to print in the \texttt{Message} zone the list of all recognized commands, while the command \texttt{help} \emph{command\_name} provides the help on the selected command.
 
 \subsubsection{'Help' part}
 \label{bbi-HelpContentsPart}
 
-The 'Help' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTK.
-All the entries of the starting page are self-explanatory :
- \begin{itemize}
-   \item {\bf\emph{Help Contents}}
-   \begin{itemize}
-     %\item {\bf\emph{Wiki}} : Direct link to the bbtk Wiki (intranet only, right now, www
-     %later).
-     \item {\bf\emph{Demo}} : Link to some 'sophisticated' demonstrations.
-     \item {\bf\emph{Examples}} : Link to some detailed 'How to use' examples
-   \end{itemize}
-   
-   \item {\bf\emph{Guides}}   
-   \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : This Guide.
-     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     black boxes.
-    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. .
-    %\item {\bf\emph{Reference Manual}} : 
-    % \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.    
-     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.
-   \end{itemize}
-        
-   \item {\bf\emph{Boxes}} : Lists of currently available Boxes :
-   \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{ Alphabetical list}}, 
-    \item {\bf\emph{ List by package}}, 
-     \item {\bf\emph{ List by category}} : Each box is indexed by a list of keywords, called 'categrories', such as 'read/write',
-     'filter' 'viewer', ...
-      \item {\bf\emph{ List of adaptors}}  : A special hidden Box category, called \texttt{{Adaptors}} exists. \\ 
-       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, you may see them.  
-   \end{itemize} 
-   
-      
- \end{itemize}
+The 'Help' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTKns. You can find there various guides (see section~\ref{sec:guides}) and detailed information about each black box available (see section~\ref{sec:boxes_help}). They can be browsed alphabetically, by package and by category. Two special categories, demos and examples, are available via direct links (see section~\ref{sec:demos_examples}).
+
+
+% ==========================================
+
 
 
+
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
 % ==========================================
+% ==========================================
+
+
+
+% ==============================================
+\subsection{Online Help}
+% ==============================================
+
+Various levels of help are supplied by \bbStudions.
 
+% ==========================================
+\subsubsection{Command-line help}
+% ==========================================
 
 
+The 'working' area (the left one, as opposed to the (\texttt{Help}) area, on the right side) is composed of: 
+one single line area (\texttt{Command}), at the bottom, in which you can enter your commands, and 
+a multiple line zone (\texttt{Messages}) in which the command interpreter prints out the result of your commands.
+%The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it.
+Command-line help for the black box scripting language \bbsns (see \ref{Scripting}) can be obtained in this zone. \par
+As mentioned above, the command (or button) \texttt{help} permits to print in the \texttt{Message} zone the list of all recognized commands, while the command \texttt{help} \emph{command\_name} displays in this zone the help about the selected command.\par
+The command \texttt{help} \emph{package\_name} displays in the \texttt{Message} zone a short information about the selected package, provided that this package was previously loaded (Note that you can know which packages were loaded by executing the command \texttt{help packages}). Furthermore, it simultaneously displays in the right zone (\texttt{Help}) the corresponding full html help available.\par
+In a similar way, one can obtain the information about any box from the loaded packages, by executing the command \texttt{help} \emph{box\_name}. Note that some boxes may be unavailable if the command \texttt{load} was used to load the package, since this command only loads the boxes in binary. Some boxes are defined in script files. To be sure that all the boxes from the package are loaded the command \texttt{include} is to be preferred.\par
+You can also get the list of the objects currently present in the workspace, by executing the command \texttt{help workspace}.
 
 % ==========================================
+\subsubsection{Guides}
+\label{sec:guides}
 % ==========================================
+
+All the guides can be browsed in html version in the \texttt{Help} part of \bbStudions. Their pdf versions (except Doxygen documentation) can be retrieved from:\\
+\url{http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/documentation}
+
+ \begin{itemize}      
+     \item {\bf\emph{User's Guide}}: This guide!
+     \item {\bf\emph{Package Developer's Guide}}: Step-by-step "How-to" for programmers who want to create their own
+     black boxes/packages.
+    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}}: For bbtk kernel developpers only. (This one is probably not very much
+    %  up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
+    % \item {\bf\emph{Reference Manual}}: Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
+    %\item {\bf\emph{Booklet}}: Vade mecum.     
+     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}}: Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source files. Should only concern the kernel developers.
+   \end{itemize}
+        
+
+  
+
 % ==========================================
+\subsubsection{Boxes Help}
+\label{sec:boxes_help}
 % ==========================================
+ Lists of currently available boxes from installed packages, sorted according to the following criteria:
+   \begin{itemize} 
+    \item {\bf\emph{Alphabetical list}}%: This is the 'zero-level' of retrieving.
+    \item {\bf\emph{List by package}}%: The boxes are indexed by package they belong to
+    \item {\bf\emph{List by category}}:
+     Each box is indexed by a list of keywords, called 'categories', such as '\texttt{read/write}',
+     '\texttt{filter}', '\texttt{viewer}', ...
+    A given box may belong to more than one \texttt{category}, however some categories are mutually exclusive.
+    Standard categories are:
+    \begin {itemize}
+       \item\texttt{atomic box}/\texttt{complex box}\\
+       Any box is either atomic or complex.\\
+       The former are 'atomic' units written in C++ and available in binary form.\\
+       Any pipeline built up as an assembly of several black boxes (atomic or complex), and described in \bbs script language is itself viewed as a complex black box, and hence tagged as belonging to the latter category.
+       \item\texttt{example} / \texttt{demo} / \texttt{application} (see \ref{sec:demos_examples})\\
+         These ones are scripts that produce a result when executed (i.e. they
+         execute a pipeline), as opposed to the scripts that only define complex boxes but do not instanciate and execute boxes. 
+          \begin {itemize}
+             \item\texttt{example}: It is just a (simple) example, for programmers, of how to use a given feature. The \texttt{Examples} link on the starting page links to the list of the boxes of this category.
+             \item\texttt{demo}: It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example of some sophisticated work, done only by using \texttt{bbtk}. The \texttt{Demos} link on the starting page links to the list of the boxes of this category.
+             \item\texttt{application}: It is a final application, end-user intended (e.g. association of a DICOM image browser, reader, viewer with some interaction and processing)   
+          \end {itemize}
+        \item\texttt{widget}: A piece of graphical interface (based on \texttt{wxWidgets}).
+        \item\texttt{dicom}: A box related to medical images in Dicom format.
+        \item\texttt{viewer}: A box allowing to view something (e.g. an image).
+        \item\texttt{read/write}: An I/O-related box.
+        \item\texttt{mesh}: A mesh-related box.
+        \item\texttt{filter}: A filter, mainly image filters.
+        \item\texttt{image}: An image-related box.
+        \item\texttt{3D object creator}: A box which creates a 3D object to be injected into a 3D view (e.g. a plane, a surface).
+        \item\texttt{math}: Maths of course.
+        \item\texttt{misc}: Miscellaneous...       
+    \end {itemize}
+  Remark that the list of categories is 'auto-extensible': each time a new box is created which belongs to a new category and the boxes list is regenerated, the new category appears in the list, holding the new box. The above list only contains the categories used in the packages provided with current \bbtk release.
+    \item {\bf\emph{ List of adaptors}}: The adaptors are a special type of black boxes that are used internally to perform type conversions. Although they are not end user intended, you may see their list. Adaptors belong to the \texttt{adaptor} category.
+  \end {itemize}
+  For each box, the html \texttt{Help} provides the informations necessary to use it: its name, its purpose, the descriptions of its inputs/outputs and the name of the package (or script file) that is to be loaded. Additionally, for all boxes but the atomic ones (i.e. for all boxes defined in \bbs script language), the corresponding script is available via [\texttt{source}] link. Actually, by clicking on this link, one loads the script into the \texttt{Files} area where it can be analyzed, edited and executed.
+  
+% ==========================================      
+\subsubsection{The Package Browser}
+\label{Package_Browser}
 % ==========================================
 
+The package browser is a standalone application \texttt{bbPackageBrowser}, which 
+dynamically loads and queries the available packages. 
+It is thus a smarter tool than the static html documentation.
+You can run it independently or from \bbStudio using either the button labeled \texttt{Start Package Browser} of the 'Command' part or the corresponding entry in the menu 'Windows'. 
+Note that it may take some time to start because it loads all available 
+packages at start.
+Its appearance is reproduced in figure \ref{imPackage_Browser}.
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{The Package Browser}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
+\end{center}
+\label{imPackage_Browser}
+\end{figure}
+
+It allows you to find boxes by use of a multi-criteria filtering principle: 
+the boxes listed are the ones the attributes of which match \emph{all} the 
+words entered in the 'Filter' part.
+You can get the whole description of a given box by clicking on its name.
+\\
+Warnings: 
+
+\begin{itemize}
+\item It is case sensitive, i.e '\texttt{Button}' 
+will give different results than '\texttt{button}'.
+\item After typing a filtering string, you have to validate it by pressing the 'Enter' key, in order to update the display of the boxes list.
+\item A filtering string only needs to match a subpart of the related attribute of a box.
+For example, entering 'utt' in the 'Name' attribute will match a box called 'Button'.
+\end{itemize}
+
+Attributes:
+
+\begin {itemize}
+\item \texttt{Package}: The name of the package to which the box belongs (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}).
+\item \texttt{Name}: The name of a box or an application (e.g. \texttt{Reader}, \texttt{example}).
+\item \texttt{Description}: A part of the description of a box (e.g. \texttt{3D}, \texttt{image}).
+\item \texttt{Category}: The categories of the box (e.g. \texttt{demo}).
+\item \texttt{Input/Output Type}: The \CPP type of an input or output (e.g. \texttt{vtkImageData*}, \texttt{std::string}).
+\item \texttt{Input/Output Nature}: The \texttt{nature} of an input or output (e.g. \texttt{file name}, \texttt{signal}).
+\end {itemize}
+
+%If 'Show widgets' is selected then 
+
+
+%%\newpage 
 
 
 
 % ==========================================
 
-\newpage
+%\newpage
 
 % ==============================================
-\subsection{Running Demo and Examples}
+\subsection{Running Demos and Examples}
+\label{sec:demos_examples}
 % ==============================================
 
-In the part 'Help' (See figure \ref{HelpContents}), select \texttt{Examples} link.
+As previously mentioned, the links \texttt{Demos} and \texttt{Examples} in the 'Help' part (See figure \ref{HelpContents}), give access to special complex boxes from the respective categories. Here, we use an example, both to illustrate the use of this help and to explain a short \bbs script.\\
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{HelpContents}Help}
+\caption{\bbStudio 'Help' panel}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpContents.png}
 \end{center}
+\label{HelpContents}
 \end{figure}
 
-\newpage
-
-You will get a list of examples (See figure \ref{example}).
+%\newpage
+Select \texttt{Examples} link. You will get a list of examples (See figure \ref{example}).
 
-Due to an unfixed bug in Linux, you will have to click on 'reload' to get it. \\ 
+Note: due to an unfixed bug in Linux, you have to click on 'reload' to get it. \\ 
 
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{example}example list}
+\caption{Examples list}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{example.png}
 \end{center}
+\label{example}
 \end{figure}
 
 
@@ -412,138 +493,216 @@ Due to an unfixed bug in Linux, you will have to click on 'reload' to get it. \\
 %\end{figure} 
 
 
-Select \texttt{wx::exampleSlider} (See figure \ref{exampleSlider});
+Select \texttt{wx::exampleSlider}.
  
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{exampleSlider}example 'exampleSlider'}
+\caption{Html documentation of example 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{exampleSlider.png}
 \end{center}
+\label{exampleSlider}
 \end{figure}
 
-You can see the graphical summary representation of the current script (the elementary boxes that compose it, and their
-connections) \\
-Click on \texttt{source}, it will be loaded
+You can see information about the example and 
+the graphical representation of the workflow defined by the script
+(the elementary boxes that compose it, and their connections, see figure \ref{exampleSlider}).
+
+Click on \texttt{[source]}, it will be loaded
 in the 'Files' part, within the script editor (See figure \ref{exampleSliderSource});
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{exampleSliderSource}source code of 'exampleSlider'}
+\caption{Source code of 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{exampleSliderSource.png}
 \end{center}
+\label{exampleSliderSource}
 \end{figure}
 
-Run it, using the lower toolbar  (see figure : \ref{lowertoolbar})
+Run it, using the 'Files' toolbar (see figure \ref{lowertoolbar})
 
 You'll get something like in figure \ref{execSliderSource}.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{execSliderSource}execution of 'exampleSlider'}
+\caption{\label{execSliderSource}Execution of 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{execSliderSource.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
-Feel free to move the slider, to check it actually works...
+Feel free to move the slider, to check whether it actually works...
 
-\newpage
+%\newpage
 
-Just a few words on what you saw :
+Just a few words on what you saw:
 \begin{itemize}
-\item{in the File part} \\
-The source code of the script
-\begin{verbatim}
+\item{In the source code of the script}:
+       \begin{verbatim}
    load std
    load wx
-\end{verbatim}
-We load the packages std and wx
-\begin{verbatim}
+       \end{verbatim}
+       These \bbs commands load the packages \texttt{std} and \texttt{wx}
+       \begin{verbatim}
    new Slider     slider
-     set slider.ReactiveOnTrack 1
-\end{verbatim}
-We create a \texttt{Slider} called \emph{slider}\\
-We tell it to inform anybody that's interested in, that the cursor moved, each time it moved. \\
-The default behaviour is to inform, only when cursor is released.
-\begin{verbatim}
+   set slider.ReactiveOnTrack 1
+       \end{verbatim}
+       We create a \texttt{Slider} box called \emph{slider}.
+
+       We tell it to inform anybody that's interested in, that the cursor moved, each time it moved. 
+       The default behaviour is to inform only when cursor is released.
+       \begin{verbatim}
    new OutputText text
-\end{verbatim}
-We create an \texttt{OutputText} called \emph{text} 
-(in which slider value will be displayed)
+       \end{verbatim}
+       We create an \texttt{OutputText} box called \emph{text} 
+       (in which slider value will be displayed)
 
-\begin{verbatim}
+       \begin{verbatim}
    new LayoutLine layout
-\end{verbatim}
-We create a \texttt{LayoutLine} called \emph{layout},
-a widget designed to embed other wigets (say, a main window)
-\begin{verbatim}
+       \end{verbatim}
+       We create a \texttt{LayoutLine} box called \emph{layout},
+       a widget box designed to embed other widgets (say, a main window)
+       \begin{verbatim}
    connect slider.Widget    layout.Widget1
    connect text.Widget      layout.Widget2
-\end{verbatim}
-We embed \emph{slider} and \emph{text} into  \emph{layout}.
-\begin{verbatim}
+       \end{verbatim}
+       We embed \emph{slider} and \emph{text} into  \emph{layout}.
+       \begin{verbatim}
    connect slider.BoxChange text.BoxExecute
    connect slider.Out       text.In
-\end{verbatim}
-We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.\\
-We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out}) to \emph{text}  input value (\texttt{In})
-\begin{verbatim}
+       \end{verbatim}
+       We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.
+
+       We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out}) 
+       to \emph{text}  input value (\texttt{In})
+       \begin{verbatim}
    exec layout
-\end{verbatim}
-We tell \emph{layout} to process itself (it will do it only if it's warned 
-that one of its entries was modified since its (own) last processing).
+       \end{verbatim}
+       We tell \emph{layout} to process itself. 
+       This also produces the execution of the boxes connected to it (the slider, the text).
+
+\item{In the Help part}
+
+       You can see the graphical representation of the workflow (pipeline) created by the script, 
+       as in figure \ref{SmallGraph}.
+
+
+       \begin{figure}[!ht]
+       \caption{Graphical representation of a pipeline}
+       \begin{center}
+       \includegraphics[width=0.7\textwidth]{SmallGraph.png}
+       \end{center}
+       \label{SmallGraph}
+       \end{figure}
+
+       The representation includes 
+       both the graphical interface-related pipeline 
+       (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
+        and the data processing-related pipeline 
+       (\emph{slider} warns \emph{text} immediately when it's modified, 
+       \emph{slider} passes \emph{text} its output value)\footnote{Yes, we know : all the arrows                       (graphical interface pipeline arrows and data processing arrows) 
+       are blue; using different colors is planned for next release...}.
+       You can get a much more detailed graph, 
+       like in figure  \ref{LargeGraph}, 
+       just clicking on the button 
+       '\texttt{graph (detailed)}' in the toolbar of the \texttt{Command} part. 
 
-\item{in the Help part}
+       \begin{figure}[!ht]
+       \caption{Detailed graphical representation of a pipeline}
+       \begin{center}
+       \includegraphics[width=0.75\textwidth]{LargeGraph.png}
+       \end{center}
+       \label{LargeGraph}
+       \end{figure} 
+
+\end{itemize}
+%\newpage
 
-You can see the graphical representation of the workflow (pipeline) of the script, as in figure \ref{SmallGraph}.
+% ==============================================
+\subsection{The Menu}
+% ==============================================
 
+At last, let us have a look at \bbStudio menu (see figure \ref{themenu}).
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{SmallGraph}Graphical representation of a pipeline}
+\caption{The bbStudio menu}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{SmallGraph.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{themenu.png}
 \end{center}
+\label{themenu}
 \end{figure}
 
-Both graphical interface pipeline (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
- and processing pipeline (\emph{slider} warns \emph{text} immedialtely when it's modified, \emph{slider} passed \emph{text} its new value).\\
- Yes, we know : all the arrows (graphical interface pipeline arrows and processing arrows) are blue; we are sorry about that...\\
- You can get a much more detailled graph, just clicking on the button \\ \texttt{graph (detailled)} in the toolbar of the \texttt{Command} part, like in
- figure  \ref{LargeGraph}.
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{LargeGraph}Detailled graphical representation of a pipeline}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.75\textwidth]{LargeGraph.png}
-\end{center}
-\end{figure} 
+\begin {itemize}
+  \item{\texttt{File}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Open the bbtk configuration file}}
+        \item{\texttt{Quit}}
+     \end {itemize}       
+  \item{\texttt{Tools}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Create package}}:
+       Provides a graphical interface to help package developers to create a new empty package.
+        \item{\texttt{Create black box}}:
+       Provides a graphical interface to help package developers to create a new empty black box, and add it to an already existing package.   
+        \item{\texttt{Plug Package}}:
+       Incorporates a package into the list of known packages. Updates the html documentation.
+        \item{\texttt{Regenerate package doc}}:
+       If a package has changed (e.g. new boxes) this updates the package html documentation.
+        \item{\texttt{Regenerate boxes list}}:
+       Updates the boxes lists (alphabetical, by package, ...)
+        \item{\texttt{Regenerate all}}:
+       Regenerates all the packages documentations and the boxes lists (may be long...).
+       \item{\texttt{Show last graph}}:
+       Shows the last pipeline graph that was generated
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Options}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Reset before running}}: Before running a script, all the already created boxes are destroyed, 
+       all the already loaded packages are unloaded (this is the recommended option).   
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Windows}}
+  User may decide, for any reason of his own, to hide one or more panels:
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Show 'Files' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Help' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Command' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Messages' panel}}
+        \item{\texttt{Start Package browser}}: starts the package browser (see \ref{Package_Browser}).
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{About}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{About}}: Info about \texttt{bbStudio}.       
+     \end {itemize}     
+\end {itemize}
 
-\end{itemize}
-\newpage
 
-% ==============================================
-\subsection{Online Help}
-% ==============================================
 
-Various levels or help are suplied by \bbStudions.
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Command line help}
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+\newpage
+\hrule
+\section{Writing black box scripts (\bbsns)}
+\label{Scripting}
+% ==========================================
+% ==========================================
 % ==========================================
 
+This section introduces how to write down black box scripts (\bbsns) 
+to create and execute pipelines. 
 
-The 'working' area (the left one, as opposed to the 'help' area, on the right side) is composed of : 
-one single line area (\texttt{Command}), at the bottom, in which you can enter your commands and 
-a multiple line zone in which the Command interpreter prints out the result of your commands.
-The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it
-
-Try typing in the \texttt{Command} area (in this manual, 
-the commands entered by the user will be preceded by a prompt \textgreater) :
+% ==========================================
+\subsection{The commands}
+% ==========================================
+In the sequel the commands entered by the user will be preceded by a prompt (\texttt{>}).
+To get started, type in the \texttt{Command} area:
 \begin{verbatim}
 > help 
 \end{verbatim}
 
-you get the list of the commands of the interpreter :
+you get the following list of the commands recognized by the interpreter:
 \begin{verbatim}
 Available commands :
  author
@@ -576,327 +735,131 @@ Available commands :
  unload
 \end{verbatim}
 
-To get help on a particular command type \texttt{help <command-name>},
-for example:
+To get the help on a particular command, type \texttt{help <command name>}, e.g.:
 \begin{verbatim}
 > help author
 \end{verbatim}
 
-gives :
+gives:
 \begin{verbatim}
  usage : author <string>
-  Adds the string <string> to the author information of the black box being defined
+  Adds the string <string> to the author information 
+of the black box being defined
 \end{verbatim}
 
 The \texttt{help} command has multiple usages. 
-It is used to get help about almost anything in the interpreter!
-Type \texttt{'help help'} to get help on the \texttt{help} command itself :
+It is used to get help about almost anything in the interpreter, including the \texttt{help} command itself! Indeed:
 \begin{verbatim}
 > help help
+\end{verbatim}
+
+gives:
+\begin{verbatim}
  usage : 
-         (1) help 
-         (2) help <command name> 
-         (3) help packages [all]
-         (4) help <package name> [all]
-         (5) help <black box type> 
-         (6) help <black box name>
+        (1) help 
+        (2) help <command name> 
+        (3) help packages [all]
+        (4) help <package name> [all]
+        (5) help <black box type> 
+        (6) help <black box name>
   Effect :
-         (1) Lists all available commands;
-         (2) Prints help on a particular command; 
-         (3) Lists the packages loaded and their black boxes.
-             Add 'all' to list adaptors; 
-         (4) Prints short help on the black boxes of a package.
-             Add 'all' to include adaptors; 
-         (5) Prints full help on a black box type; 
-         (6) Prints information on the inputs, outputs and connectionns
+        (1) Lists all available commands;
+        (2) Prints help on a particular command; 
+        (3) Lists the packages loaded and their black boxes.
+            Add 'all' to list adaptors; 
+        (4) Prints short help on the black boxes of a package.
+            Add 'all' to include adaptors; 
+        (5) Prints full help on a black box type; 
+        (6) Prints information on the inputs, outputs and connections
             of a black box instance.
 \end{verbatim}
 
+%More information about what is a 'box' will be given in the 'Scripting' part of this manual.
 
-More information about what is a 'box' will be given in the 'Scripting' part of this manual.
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Guides}
+\subsection{Creating and executing black boxes}
 % ==========================================
 
-An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbStudions.
- \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     application, just using already existing boxes.
-     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for programmer who wants to create his own
-     black boxes/packages.
-    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers only. (This one is probably not very much
-    %  up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
-    % \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
-    %\item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.     
-     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source file
-     headers. Should concern only the kernel developpers (i.e. : us).
-   \end{itemize}
-        
+At start the interpreter does not know any black box. 
+If you type \texttt{'help packages'}, which is 
+the third form of the \texttt{help} command, you get:
+\begin{verbatim}
+> help packages
+user
+  workspace
+\end{verbatim}
 
-   
-% ==========================================
-\subsubsection{Boxes Help}
-% ==========================================
- Box retrieving on various criteria :
-   \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{Alphabetical list}} \\ This is the 'zero-level' of retrieving.
-    \item {\bf\emph{List by package}} \\ Several packages are supplied with bbtk :
-    \begin{itemize}
-      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
-      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
-      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
-      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
-      interaction).
-      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development:
-        % \begin{itemize}
-       % \item{\texttt{GUICreateBlackBox}} For creating the XML or C++ code for a new black box 
-       % \item{\texttt{GUICreatePackage}} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
-       % \item{\texttt{MakePackageDoc}} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.        
-        % \end{itemize}                     
-    \end{itemize}
-    \item {\bf\emph{List by category}}.
-    
-    
-    A given box may belong to more than one \texttt{category}.\\
-    You have to consider categories like keywords to index black boxes.\\
-    Some of them are mutually exclusive.
-    A black box may be :
-    \begin {itemize}
-       \item{atomic box / complex box}\\
-       Whether it's written is C++ or it's an assembly of several black boxes (atomic or complex).\\
-       Any box is either atomic ou complex.
-       \item{example / demo / application}\\
-           These ones are always complex black boxes. 
-          \begin {itemize}
-             \item{example}\\
-            It's just a (simple) example, for programmers, on how to use a given feature.
-             \item{demo}\\
-            It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example on some sophisticated work, done only by using \texttt{bbtk} 
-            boxes.      
-             \item{application}\\
-            It's a Final application, end user intended (e.g. Subscale a huge volume witout loading it in memory, Crop a DICOM image, etc)      
-          \end {itemize}
-        \item{widget}\\
-        Piece of graphical interface (based on \texttt{wxWidgets})
-        \item{Dicom}\\
-        Dicom medical image related box.
-        \item{viewer}
-        \item{read/write}
-        \item{mesh}
-        \item{3D Object creator}
-        \item{math}
-        \item{misc}              
-    \end {itemize}
-  \end {itemize}
-  
-% ==========================================      
-\subsubsection{The Package Browser}
-\label{Package_Browser}
-% ==========================================
+which means that the interpreter only knows one package 
+(library of black boxes) called \texttt{user}
+and which contains a black box called \texttt{workspace}.
+The \texttt{user} package is an internal package of the interpreter, 
+which stores user-defined black box types. 
+At start, it already contains 
+one box, called \texttt{workspace},
+which is a special type of black box, 
+called complex black box, the purpose of which is 
+to store other black boxes. 
+Any black box you create in \bbStudio is stored 
+in \texttt{workspace}  
+(this will be explained in details in sections 
+\ref{bbi-writing-scripts} and 
+\ref{bbi-command-line-app}).
 
-You can run it using the tool bar of the 'Command' part. See figure \ref{imPackage_Browser}.
+If you type \texttt{'help workspace'}, you get:
+\begin{verbatim}
+> help workspace
+ Complex Black Box <user::workspace>
+  User's workspace
+  By : bbtk
+  Category(s): complex box;
+  * No inputs
+  * No outputs
+  * No boxes
+\end{verbatim}
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{imPackage_Browser}The Package Browser}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
-\end{center}
-\end{figure}
-
-It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
-(warning : it's case sensitive, i.e '\texttt{Button}' will give different results than '\texttt{button}' ...)
-\begin {itemize}
-\item Packages :\\
-All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
-\item Name :\\
-You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
-\item Description :\\
-You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
-the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
-\item Category :\\
-You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
-\item Input Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Output Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Input Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
-\item Output Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
-\texttt{signal},\texttt{file name})
-\end {itemize}
-
-
-All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
-You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
-
-\newpage 
-
-% ==============================================
-\subsection{The Menu}
-% ==============================================
-
-At last, let's have a look at \bbStudio menu.(See figure \ref{themenu})
-
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{themenu}The bbStudio menu}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{themenu.png}
-\end{center}
-\end{figure}
-
-\begin {itemize}
-  \item{\texttt{File}}
-     \begin {itemize}
-        \item{\texttt{Open the bbtk configuration file}}
-        \item{\texttt{Quit}}
-     \end {itemize}       
-  \item{\texttt{Tools}}
-     \begin {itemize}
-        \item{\texttt{Create package}} :
-       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty package.
-        \item{\texttt{Create black box}}
-       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty black box, and add it to an already existing package.   
-        \item{\texttt{Plug Package}}
-       Incorporates a package into the list of known packages. Updates the html documentation.
-        \item{\texttt{Regenerate package doc}} :
-       if user was supplied new black boxes, and added them to an already existing package, he can update the package documentation, in order to benefit all the features of the Help mechanisms.      
-        \item{\texttt{Regenerate boxes list}} :
-       if user wants to update only boxes list (quicker)
-        \item{\texttt{Regenerate all}}
-       
-       \item{\texttt{Show last image graph}}
-       User wants to rebuild the whole documentation.     
-     \end {itemize}     
-  \item{\texttt{Options}}
-     \begin {itemize}
-        \item{\texttt{Reset before running}} Before running a script, all the already created boxes are destroyed, 
-       all the already loaded packages are unloaded (this is the recomended option).   
-     \end {itemize}     
-  \item{\texttt{Windows}}
-  User may decide, for any reason of his own, to hide one or more pannels:
-     \begin {itemize}
-        \item{\texttt{Show 'Files' panel}}
-        \item{\texttt{Show 'Help' panel}}
-        \item{\texttt{Show 'Command' panel}}
-        \item{\texttt{Show 'Messages' panel}}
-        \item{\texttt{Launch Package browser}} The package browser is a stand alone application. This can be achieved, too,
-        using the lower tool bar : button \texttt{Start Package Browser}.      
-        \item{}     
-     \end {itemize}     
-  \item{\texttt{About}}
-     \begin {itemize}
-        \item{\texttt{About}} : Info about \texttt{bbStudio}.       
-     \end {itemize}     
-\end {itemize}
-% ==========================================
-\section{bbs scripting}
-% ==========================================
-
-% ==========================================
-\subsection{Using an already existing script}
-% ==========================================
-
-Using the lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar}), open the file
-holding the script.
-
- You'll see it, in the '\texttt{Files}' part.\\ \\
- You may run it, using the lower toolbar. \\ 
- %\texttt{WARNING :} if the script contains one or more \texttt{LayoutSplit}
-% object, you will have to resize the sub windows. \\ \\
- You may modify, save or save-as the current script, using the lower toolbar.\\ \\
- You may have a look at the graphical representation of the pipeline (sorry,
- right now, to modify the pipeline, you have to modify the script; 
- you cannot modify grapically the pipeline; Work in progress...)
-  
-
-% ==========================================
-\subsection{Inside black boxes}
-% ==========================================
-
-At start the interpreter does not know any black box. 
-If you type \texttt{'help packages'}, which is 
-the third form of the \texttt{help} command, you get :
-\begin{verbatim}
-> help packages
-user
-  workspace
-\end{verbatim}
-
-which means that the interpretor only knows one package 
-(library of black boxes) called \texttt{user}
-and which contains a black box called \texttt{workspace}.
-The \texttt{user} package is an internal package of the interpreter, 
-which stores user-defined black box types. 
-At start, it already contains 
-one box, called \texttt{workspace}.
-\texttt{workspace} is a special type of black box, 
-called complex black box, whose purpose is 
-to store other black boxes. 
-Any black box you create in \bbStudio is stored 
-in \texttt{workspace}  
-(this will be explained in details in sections 
-\ref{bbi-writing-scripts} and 
-\ref{bbi-more-on-complex-black-boxes}). 
-
-If you type \texttt{'help workspace'}, you get :
-\begin{verbatim}
-> help workspace
- Complex Black Box <user::workspace>
-  User's workspace
-  By : bbtk
-  Category(s) : complex box;
-  * No inputs
-  * No outputs
-  * No boxes
-\end{verbatim}
-
-In the text displayed, 
-the \texttt{user::} prepended to the name \texttt{workspace} 
-means that the box \texttt{workspace} 
-belongs to the \texttt{user} package. 
-Then comes a description and three lines which 
-tell that \texttt{workspace} does not have any input 
-nor output nor boxes yet.
+In the text displayed, 
+the \texttt{user::} prepended to the name \texttt{workspace} 
+means that the box \texttt{workspace} 
+belongs to the \texttt{user} package. 
+Then comes a description and three lines which 
+tell that \texttt{workspace} does not have any input 
+nor output nor boxes yet.
 
 In order to let the interpreter know of some black boxes, 
 you must load another package. 
 The \texttt{std} package is the ``standard'' package, 
 which contains basic useful black boxes. 
 
-To load it, type :
+To load it, type:
 \begin{verbatim}
 > include std
 \end{verbatim}
 
-Then if you type :
+Then if you type:
 \begin{verbatim}
 > help packages
 \end{verbatim}
 
-you get something like :
+you get something like:
 
 \begin{verbatim}
-
  std
-   ASCII                   : ascii codes sequence to string - string to ascii...
-   Add                     : Adds its inputs
-   ConcatStrings           : String concatenation
-   Configuration           : Gets configuration informations
-   Div                     : Divides its inputs
-   ExecBbiCommand          : Executes bbi commands
-   ExecSystemCommand       : Executes system (O.S.) commands
-   GetVectorCharElement    : Gets the i-th element from the input vector (std...
+   ASCII                   
+   Add                     
+   ConcatStrings           
+   Configuration           
+   Div                     
+   ExecBbiCommand          
+   ExecSystemCommand       
+   GetVectorCharElement    
      ...
-   MagicBox                : Takes *any kind* of data and copies it to its ou...
-   MakeFileName            : Makes a kosher file name
-   Mul                     : Multiplies its inputs
-   MultipleInputs          : This box has multiple Void inputs and one Void o...
-   StringRelay             : Just copies the value of its input to its output...
-   StringSelect            : Outputs the string set to the ith input Ini (In0...
+   MagicBox                
+   MakeFileName            
+   Mul                     
+   MultipleInputs          
+   StringRelay             
+   StringSelect            
  user
    workspace 
 \end{verbatim}
@@ -904,51 +867,92 @@ you get something like :
 Now the interpreter knows the package \texttt{std} and the black boxes it provides,
 such as the \texttt{Add} box, the \texttt{ConcatStrings} box, and so on. Remark that the 
 content of \texttt{std} may vary from one version to another 
-as new black boxes might be added to it. 
-If you type :  
+as new black boxes might be added to it. Note that you will get a more detailed information about the package loaded (here \texttt{std}) if you type: 
+\begin{verbatim}
+> help std
+\end{verbatim}
+
+Indeed, each of the items listed is followed by its short description:
+\begin{verbatim}
+ Package std v1.0.0- laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr
+ Basic useful boxes
+ Black boxes : 
+   ASCII                   : ascii codes sequence to string - ...
+   Add                     : Adds its inputs
+   ConcatStrings           : String concatenation
+   Configuration           : Gets configuration informations
+        ...
+\end{verbatim}
+Additionally, in the right part of the screen ('Help' zone) the corresponding html page is displayed.
+
+Now, if you type:  
 \begin{verbatim}
 > help Add
 \end{verbatim}
 
-You'll get a text help, in the 'Message' part :
+{\bbStudions} displays the appropriate html page in the 'Help' part (see figure : \ref{HelpAdd}), and the following text in the 'Message' part:
 \begin{verbatim}
 Black Box <std::Add>
 Adds its inputs
 By : laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
 Categories : atomic box;math;
 * Inputs : 
-     'BoxExecute'     <bbtk::Void> [signal] : Any signal received by this input 
+ Adds its inputs
+ By : laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
+ Categories : atomic box;math;
+ * Inputs : 
+   'BoxExecute'     <bbtk::Void> [signal] : Any signal received...
                                               executes the box
-     'BoxProcessMode' <String>     []       : Sets the processing mode of the box 
-                                              (Pipeline | Always | Reactive)
-     'In1'            <Double>     []       : First number to add
-     'In2'            <Double>     []       : Second number to add
 * Outputs : 
-     'BoxChange'      <bbtk::VoidS> [signal] : Signals modifications of the box
-     'Out'            <Double>     []       : Result
+   'BoxProcessMode' <String>     []       : Sets the processing mode...
+                                              (Pipeline | Always |...
+   'In1'            <Double>     []       : First number to add
+   'In2'            <Double>     []       : Second number to add
+ * Outputs : 
+   'BoxChange'      <bbtk::VoidS> [signal]: Signals modifications...
+   'Out'            <Double>     []       : Result
 \end{verbatim}
 
-After loading the package it belongs to, you can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
-the command \texttt{new} :
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{The html Help}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpAdd.png}
+\end{center}
+\label{HelpAdd}
+\end{figure}
+
+These descriptions 
+(provided by the author of the box) include: 
+the author(s) of the box (usually e-mail address(es)) and 
+the categories to which the box belongs, 
+the lists of inputs and outputs of the box.
+For each input or output, \bbi provides 
+its \emph{name} , 
+its \emph{type} (between \texttt{<} and  \texttt{>}, e.g. \texttt{<Int>})
+and a description.    
+Remark that the box \texttt{Add} is not a 'complex' black box 
+but an 'atomic' box, hence its help does not 
+include a pipeline graph. 
+
+You can see that  \texttt{Add} boxes have two inputs, 
+with name \texttt{In1} and \texttt{In2},
+and an output, named \texttt{Out}.
+
+After loading the package it belongs to, you can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box, by use of the command \texttt{new}:
 
 \begin{verbatim}
 > new Add a
 \end{verbatim}
 
-The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
+Here \texttt{'a'} is the \emph{name} of the instance, 
 which will be used to reference it later. 
 It is important to distinguish a box \emph{type} 
 and an \emph{instance} of a box type. 
 The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
-a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
-in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
+a \emph{box type}, like \texttt{int} is a data type 
+in \texttt{C} language. The \texttt{new} command allows to create 
 an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
-a \texttt{C} code declares a variable of type \texttt{int} whos
-name is \texttt{i}. 
+a \texttt{C} code declares a variable of type \texttt{int}, th
+name of which is \texttt{i}. 
 Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
-same type in \bbi. \\
+same type in \bbi.
 
-After the creation of the box \texttt{a}, type :
+After the creation of the box \texttt{a}, type:
 \begin{verbatim}
 > help workspace
 \end{verbatim}
@@ -958,71 +962,81 @@ you get :
 Complex Black Box <user::workspace>
  User's workspace
  By : bbtk
- Category(s) : complex box;
+ Category(s): complex box;
  * No inputs
  * No outputs
  * Boxes : 
     'a' <std::Add>
 \end{verbatim}
 
-which means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
-of type \texttt{std::Add}.
-
-
-Type 
+This means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
+of type \texttt{std::Add}. If you type:
 \begin{verbatim}
-Help Add
+> help workspace
 \end{verbatim}
- and have a look to the 'Help' Part (see figure : \ref{HelpAdd})
-  
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{HelpAdd}The html Help}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpAdd.png}
-\end{center}
-\end{figure}
 
+You get information about the actual instance \texttt{a} of the box type \texttt{std::Add}. It gives something like this:
+\begin{verbatim}
+> help a
+ Black Box 'a' <std::Add>
+  * Inputs : 
+     'BoxExecute'     = '? (no adaptor found)'  [Modified]
+     'BoxProcessMode' = 'Pipeline'              [Modified]
+     'In1'            = '0'                     [Modified]
+     'In2'            = '0'                     [Modified]
+  * Outputs : 
+     'BoxChange'      = '? (no adaptor found)'  [Out-of-date]
+     'Out'            = '0'                     [Out-of-date]
+\end{verbatim}
+Note that the inputs appear as \texttt{[Modified]}, since the code defining the box type includes an initialization of the inputs. On the other hand, the outputs appear as \texttt{[Out-of-date]}, as the box has not yet been executed and therefore its outputs have not been updated. See the second part of this section to learn more about the updating. For a moment, just note that one way to process the box \texttt{a} is to use the command:
+\begin{verbatim}
+> exec a
+\end{verbatim}
 
-You can see a description 
-(the one which was provided by the author of the box), 
-the author(s) of the box (usually e-mail adress(es)) and 
-the categories to which the box belongs. 
-Finally comes the lists of inputs and outputs of the box.
-For each input or output, \bbi provides 
-its \emph{name} , 
-its \emph{type} (between \texttt{<} and  \texttt{>}, e.g. \texttt{<Int>})
-and a description.    
-Remark that the box \texttt{Add} is not a 'complex' black box 
-but an 'atomic' box, hence its help does not 
-include a pipeline graph. 
-
-You can see that  \texttt{Add} boxes have two inputs, 
-with name \texttt{In1} and \texttt{In2},
-and an output, with name \texttt{Out}.
+This command does not display anything (except if the 
+box itself displays something in its processing).
+It just processes the box if needed. In our case, the result can be seen as follows:
+\begin{verbatim}
+> exec a
+> help a
+ Black Box 'a' <std::Add>
+  * Inputs : 
+     'BoxExecute'     = '? (no adaptor found)'  [Up-to-date]
+     'BoxProcessMode' = 'Pipeline'              [Up-to-date]
+     'In1'            = '0'                     [Up-to-date]
+     'In2'            = '0'                     [Up-to-date]
+  * Outputs : 
+     'BoxChange'      = '? (no adaptor found)'  [Up-to-date]
+     'Out'            = '0'                     [Up-to-date]
+\end{verbatim}
+Note the change of status of all the inputs and outputs (\texttt{[Up-to-date]}).
+In practice, the command \texttt{exec} is useful to execute boxes that do not have any output,  
+such as boxes that write something to a file or, display a 
+graphical interface, and so on.
 
-You can set the input \texttt{In1} 
-of the \texttt{Add} box \texttt{a} to the value $1
-by the command :
+Now, let us set the input \texttt{In1} 
+of the \texttt{Add} box \texttt{a} to the value $3.5
+by the command:
 \begin{verbatim}
-> set a.In1 1 
+> set a.In1 3.5 
 \end{verbatim}
 
-Similarly, setting the input \texttt{In2} of \texttt{a} to the value $2$
-is done with :
+Similarly, setting the input \texttt{In2} of \texttt{a} to the value $4.3$
+is done with:
 \begin{verbatim}
-> set a.In2 2
+> set a.In2 4.3
 \end{verbatim}
  
-And you print the output \texttt{Out} of the box \texttt{a} with :
+And you print the output \texttt{Out} of the box \texttt{a} with:
 \begin{verbatim}
 > print "result=$a.Out$"
-result=3
+result=7.8
 \end{verbatim}
 
 In the string passed to the \texttt{print} command, 
 each substring enclosed between a couple of \$ is considered 
 as the name of an output of a box. 
-To process this special substrings, the interpretor :
+To process these special substrings, the interpreter:
 \begin{enumerate}
 \item Processes the box if needed (see below)
 \item Converts the output of the box to a string if possible 
@@ -1033,27 +1047,15 @@ To process this special substrings, the interpretor :
 
 %\paragraph
 
-Box processing is needed if :
+Box processing is needed if:
 
 \begin{itemize}
-\item either at least input has changed since last processing 
+\item either at least one input has changed since last processing 
 \item or the input \texttt{'BoxProcessMode'} of the box is set to 
 \texttt{'Always'}, which forces box reprocessing. 
 \end{itemize}
 
-Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.
-
-Another way to process the box \texttt{a} is to issue the command :
-\begin{verbatim}
-> exec a
-\end{verbatim}
-
-however this command does not display anything (except if the 
-box itself displays something in its processing).
-It just processes the box if needed. 
-This command is used to execute boxes that do not have any output,  
-such as boxes that write something to a file or, display a 
-graphical interface, and so on. \newline
+Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}. \newline
 
 %To exit \bbi, type :
 %\begin{verbatim}
@@ -1069,31 +1071,32 @@ graphical interface, and so on. \newline
 \paragraph{Summary}
 %\hrule
 \begin{itemize}
-\item The \texttt{include} command allows to load a package, and the complex black boxes that come with it..
-\item \texttt{help} gives help on :
+\item The \texttt{include} command allows to load a package, and the complex black boxes that come with it.
+\item \texttt{help} gives help on:
 \begin{itemize} 
 \item Available commands if you just type \texttt{help}.
 \item A particular command if you type \texttt{help <command-name>}.
 \item All available packages and their boxes (without description) if you type \texttt{help packages}.
 \item A particular package and its boxes (with brief description) if you type \texttt{help <package-name>}.
 \item A particular black box type (with full description) if you type \texttt{help <box-type-name>}. In particular, \texttt{help workspace} displays information on the content of the \texttt{'workspace'} black box, which stores the boxes created by the user (by \texttt{new}).
+\item A particular black box instance (with full description, as well as the values and the status of the inputs/outputs) if you type \texttt{help <box-name>}.
 \end{itemize}
 %\item \texttt{list} displays the list of black box instances created so far (by \texttt{new}).
-\item \texttt{new} : creates an instance of a black box. 
-\item \texttt{set} : sets the value of an input of a black box. 
+\item \texttt{new}: creates an instance of a black box. 
+\item \texttt{set}: sets the value of an input of a black box. 
 \item Under any component of  \bbStudions, to reference the input called \texttt{i} 
 of a black box called \texttt{b} you must type \texttt{'b.i'}. 
 The same syntax holds for outputs.
-\item \texttt{print} : prints a string, substituting each substring of the form \$b.o\$ by the value of the output \texttt{o} of the black box \texttt{b}. Note that an
+\item \texttt{print}: prints a string, substituting each substring of the form \$b.o\$ by the value of the output \texttt{o} of the black box \texttt{b}. Note that an
 implicit trailing 'new line character' is added at the final string.
-\item \texttt{exec} : runs, if needed, the process of a box. 
-%\item \texttt{quit} : quits \bbi.
+\item \texttt{exec}: runs, if needed, the process of a box. 
+%\item \texttt{quit}: quits \bbi.
 \end{itemize}
 \hrule
 
 %\paragraph{Note :}
 %A more 'modern' way to proceed is to run \texttt{bbStudio}, drag and drop the  \texttt{Command} bookmark to the lower \texttt{Welcome to bbStudio!} bar.
-%Wou'll get something like in figure \ref{bbCommandPlusHelp} :
+%Wou'll get something like in figure \ref{bbCommandPlusHelp}:
 
 %\begin{figure}[!ht]
 %\caption{\label{bbCommandPlusHelp}
@@ -1106,7 +1109,7 @@ implicit trailing 'new line character' is added at the final string.
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Connecting black boxes}
+\subsection{Connecting black boxes}
 \label{bbi-connecting-black-boxes}
 % ==========================================
 
@@ -1115,27 +1118,26 @@ and execute processing chains,
 also called \emph{pipelines}, 
 by connecting black boxes.
 This section explains how to do it with examples. 
-Read section \ref{bbi-more-on-pipeline-processing} to get 
+Read section \ref{bbi-deep-box} to get 
 more information on pipeline processing.
 
-First start \bbStudio and load the package \texttt{std}, typing :
+First start \bbStudio and load the package \texttt{std}, i.e. type in the 'Command' part the following command:
 \begin{verbatim}
 > include std
 \end{verbatim}
-in the 'Command' part.
 
-Assume you want to compute $1+2+3$. You can do it by 
+Assume you want to compute a sum of three numbers (e.g. $1+2+3$). You can do it by 
 chaining two \texttt{Add} boxes, as shown in figure 
 \ref{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}. 
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-connecting-black-boxes-1} A simple pipeline which adds 3 numbers}
+\caption{ A simple pipeline that adds 3 numbers}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.5\textwidth]{1plus2plus3.png}
 \end{center}
+\label{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}
 \end{figure}
 
-
 The \bbi instructions to create and execute this pipeline are :
 \begin{verbatim}
 > new Add a
@@ -1153,22 +1155,20 @@ You will see the (very expected) result :
 \end{verbatim}
 
 The first three commands build the pipeline, 
-the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes inputs and the last one 
-prints \texttt{b} black box output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
-whose output is requested, is not up to date).
+the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes' inputs and the last one 
+prints the output of the black box \texttt{b}. The pipeline is executed before printing, because the interpreter 'knows' that the box \texttt{b}, the output of which is requested, is not up to date.
  
 The command \texttt{'connect a.Out b.In1'} ``plugs'' the output 
 \texttt{Out} of the box \texttt{a} into the input \texttt{In1} of the 
 box \texttt{b}. 
-Once the boxes are connected, the processing of the two boxes are chained :
+Once the boxes are connected, the processings of the two boxes are chained:
 getting the output of \texttt{b} requires getting its inputs, 
 hence getting the output of \texttt{a} which is connected to it. 
-This pipeline mechanism can recurse into arbitrary long 
-chains of boxes (see \ref{bbi-more-on-pipeline-processing
+This pipeline mechanism can recurse into arbitrarily long 
+chains of boxes (see \ref{bbi-deep-box
 for details).
 
-
-Lets' consider an other, more image oriented, example :
+Let us consider another, more image-oriented, example :
 
 \begin{verbatim}
 > include vtk
@@ -1189,21 +1189,20 @@ Lets' consider an other, more image oriented, example :
 > exec viewer
 \end{verbatim}
 
-Some explainations : the \texttt{include} instructions load the necessary packages. \\
-
-\texttt{FileSelector} will pop a File Selector, at run time, that will out the user chosen file name. \\
-\texttt{Slider} will pop a Slider, at run time, that will out an integer, used later as a slice number.\\ 
-\texttt{ImageReader} will read any itk readable file, whose name is passed as a std::string, and return a pointer on an itk image.\\
-\texttt{Viewer2D} displays a plane, whose number is specified by an integer.\\
-\\
-\texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a std::string) to the input of the reader (a std::string, too).\\
-\texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader (an bbtk::any<bbitk::ImagePointer> which is a type defined by the
-itk package which can hold any itk image pointer) to the input of the Viewer (a vtkImageData *)\\
-\texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an int) to an other output (named Slide) of the viewer.\\
-\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer that it must re process itself any time the slider is modified.\\
-\\
-\texttt{exec viewer} processes the viewer.
-
+Some explanations: 
+\begin{itemize}
+       \item The \texttt{include} instructions load the necessary packages.
+       \item \texttt{FileSelector} will pop, at run time, a File Selector dialog box that will output the user-selected file name.
+       \item \texttt{ImageReader} will read any itk readable file, the name of which is passed as a std::string, and return a pointer on an itk image.
+       \item \texttt{Slider} will pop, at run time, a Slider widget that will output an integer number, used later as a slice number.
+       \item \texttt{Viewer2D} displays a plane, the number of which is specified by an integer.
+       \item \texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a \texttt{std::string}) to the input of the reader (a \texttt{std::string}, too).
+       \item \texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader \\(a \texttt{bbtk::any<bbitk::ImagePointer>} which is a type defined by the
+itk package, and which can hold any itk image pointer) to the input of the Viewer (a \texttt{vtkImageData *})
+\item \texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an \texttt{int}) to an other output (named Slide) of the viewer.
+       \item \texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer that it must re process itself any time the slider is modified.
+\item \texttt{exec viewer} processes the viewer.
+\end{itemize}
 
 This would correspond to the graph in figure \ref{bbi-simplegraph}
 
@@ -1216,15 +1215,15 @@ This would correspond to the graph in figure \ref{bbi-simplegraph}
 \end{figure}
    
 Of course, to be able to connect two boxes, 
-the output and the input must be compatibles
+the output and the input must be compatible. 
 You can always connect an output to an input of the \emph{same} type, 
 but you can do more, thanks to particular (hidden) black boxes called {\bf adaptors}.
 
-An adaptor is a black box which has at least one input, called \texttt{In}, 
-and at least one ouput called \texttt{Out} and whose role is to convert 
+An adaptor is a black box that has at least one input, called \texttt{In}, 
+and at least one output called \texttt{Out} and the role of which is to convert 
 a data of the type of \texttt{In} 
 into a data of the type of \texttt{Out} (other inputs or outputs may serve 
-to parameter the adaptor or retreive other useful information).
+to parameter the adaptor or retrieve other useful information).
 
 Under \bbStudions, if you type :
 \begin{verbatim}
@@ -1270,7 +1269,7 @@ in a totally transparent way.
 In our example, the \texttt{CastUCharToDouble} adaptor 
 would simply cast the value of the \texttt{char} into a \texttt{double}, 
 however arbitrarily complex type conversion may be done.\\
-\texttt{WARNING} : these adaptors are \texttt{C++ static cast}, i.e., there is, right now,
+\texttt{WARNING}: these adaptors are \texttt{C++ static cast}, i.e., there is, right now,
  no 'intelligent' conversion (only truncation) e.g. think to \texttt{CastDoubleToUChar}!
 
 %\begin{verbatim}
@@ -1297,7 +1296,7 @@ adaptors must be available in the packages currently loaded. \\
 %\hrule
 \begin{itemize}
 \item The \texttt{connect} command allows to connect two black boxes
-\item You can connect two black boxes if (and only if) 
+\item You can connect two black boxes if (and only if): 
 \begin{itemize}
 \item The output and the input are of the same type, or
 \item There is an adaptor black box in the packages loaded which 
@@ -1310,7 +1309,7 @@ including adaptors
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating complex black boxes}
+\subsection{Creating complex black boxes}
 \label{bbi-complex-black-boxes}
 % ==========================================
 
@@ -1351,7 +1350,7 @@ the following :
 > endefine
 \end{verbatim}
 
-Explainations :
+Explanations :
 
 As we will use \texttt{Add} boxes, we need to load the package \texttt{std}, which is done in first line.
 
@@ -1455,16 +1454,16 @@ of internal boxes they correspond.
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Writing scripts}
+\subsection{Writing scripts files}
 \label{bbi-writing-scripts}
 % ==========================================
 
 Once you have defined a new type of complex box, you 
 may like to reuse it. To do this, you can simply 
-write the \bbi commands defining the new box 
+write the \bbs commands defining the new box 
 into a text file and afterwards include that file in \bbins. 
-Doing this, you start writing \bbi scripts.
-The conventionnal (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
+Doing this, you start writing \bbs scripts.
+The conventional (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
 (black box script).
 For consistency reasons, you are requested to prepend \texttt{bb} to the name.
 
@@ -1522,7 +1521,7 @@ If the file has the \texttt{bbs} extension, you can ommit it and just type :
 > include Add3
 \end{verbatim}
 
-\subsubsection{Creating complex black boxes that use complex black boxes}
+\subsection{Creating complex black boxes that use complex black boxes}
 \label{bbi-complex-complex-black-boxes}
 
 
@@ -1551,16 +1550,16 @@ endefine
 
 
 The inner boxes have they own entries (In1, In2, In3 for box a, In1, In2 for box b )\\
-Only the inputs In1, In2, In3 of box a and the input In2 of box b is of interest for the end user, but he dosn't want to have to
+Only the inputs In1, In2, In3 of box a and the input In2 of box b is of interest for the end user, but he does not want to have to
 care neither about the inner boxes name, nor about the names of their Inputs.\\
-The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningfull name !
+The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningful name !
 \begin{verbatim}
   input In3 a.In3 "third double to add"
   input In4 b.In2 "fourth double to add"
 \end{verbatim}
 
 
-\subsubsection{Naming Conventions}
+\subsection{Naming Conventions}
 \label{bbi-Naming Conventions}
 
 
@@ -1602,7 +1601,7 @@ For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{bbwx.dll} (
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating command line applications}
+\subsection{Creating command line applications}
 \label{bbi-command-line-app}
 % ==========================================
 
@@ -1701,8 +1700,7 @@ y=[the program waits for user answer]5
 x+y=7
 \end{verbatim}
 
-\bbStudio is always compiled in graphical mode (with \wx), therefore
-you can also use the \texttt{-g} commutator. 
+You can also use the \texttt{-g} commutator. 
 \bbi then prompts the user in graphical mode, 
 displaying a dialog box for each input,
 like in fig. \ref{bb-input-dialog-box}.
@@ -1714,6 +1712,11 @@ like in fig. \ref{bb-input-dialog-box}.
 \end{center}
 \end{figure}
 
+Note that for both \texttt{-t} and \texttt{-g} options, 
+the input from the user is a \texttt{string} and 
+\bbi converts it to the right input type using 
+an \texttt{adaptor}, hence the right adaptors must be loaded.
+
 % ==========================================
 \hrule
 \paragraph{Summary}
@@ -1735,15 +1738,15 @@ between double quotes, e.g. \texttt{"parameter with white spaces = gnu's not uni
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Using graphical interface boxes (widget boxes)}
+\subsection{Using graphical interface boxes (widget boxes)}
 \label{bbi-widget}
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Overview}
-\label{bbi-overview}
+%\subsubsection{Overview}
+%\label{bbi-overview}
 % ==========================================
-. 
+
 Basic graphical interface components are provided in the package \texttt{wx}, 
 such as buttons, sliders, file open/save dialogs, etc.
 
@@ -1786,13 +1789,19 @@ You can reproduce the same experiment as above using a
 %The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
 %are ``terminal'' widgets. 
 %``container'' widgets are of another kind : they are 
+% ==========================================
+%\subsubsection{Layout widgets}
+%\label{bbi-layout-widgets}
+% ==========================================
+
 There is a special kind of widget, called '\texttt{Layout}', designed to  
 contain other widgets in order to build larger dialog boxes. 
+
 For example, the \texttt{LayoutSplit} widget is a container which 
-``splits'' horizontally a window into two parts
+``splits'' a window into two parts, either horizontally or vertically
 each part including another widget. 
-The size of the two parts can be adjusted by the user thanks 
-to a ``handle''.
+The initial size of the two parts can be fixed by the input 'Proportion' 
+and be adjusted by the user thanks to a ``handle''.
 
 The example \texttt{exampleLayoutSplit} demonstrates its use. 
 Run it : it displays a window with two sliders. 
@@ -1801,7 +1810,6 @@ Now look at the source file to see how this is done :
 
 \begin{file}{scripts/test/testSplit.bbs}
 \begin{verbatim}
-load std
 load wx
 
 new Slider s1
@@ -1823,9 +1831,9 @@ The input \texttt{Widget} is common to all widget boxes :
 every widget can be inserted into another widget. 
 The outputs \texttt{Widget1},\texttt{Widget2}  are specific of \emph{layout} 
 widgets 
-(in \bbi type \texttt{help Slider} 
+(in \bbi type \texttt{help Slider}: 
 you will see the output \texttt{Widget}; 
-type \texttt{help LayoutSplit} 
+type \texttt{help LayoutSplit}: 
 you will see the inputs \texttt{Widget1} and \texttt{Widget2} 
 and the output \texttt{Widget}). 
 When you connect the \texttt{Widget} output of a box  
@@ -1833,91 +1841,108 @@ to the \texttt{Widget}i input of a layout widget,
 you order to include the widget in the layout.
 Of course, the order of connection is important. 
 In our case, the slider \texttt{s1} is included first, 
-then the slider \texttt{s2} : \texttt{s1} will be placed 
+then the slider \texttt{s2}: \texttt{s1} will be placed 
 on top of \texttt{s2} (the \texttt{LayoutSplit} box is 
 implemented that way, but this is arbitrary choice).
 
 Right now, there are only \emph{three} layout widgets in the \texttt{wx} package : 
 \begin{itemize} 
-\item {the \texttt{LayoutSplit} widget} we just described, the \texttt{LayoutLine} , and the \texttt{LayoutTab}
-widget. 
+\item {the \texttt{LayoutSplit} widget} we just described
 
-\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children (Widgeti inputs) and 
+\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children 
+(\texttt{Widget1}, \texttt{Widget2},\dots \texttt{Widget9} inputs) and 
 divides its window into as much parts as children, 
 each part of equal size. 
 The orientation of the \texttt{LayoutSplit} or of the \texttt{LayoutLine}  can be changed by the input \texttt{Orientation}.
-%See the example \texttt{example}.
 With only those two layout widgets you can already create 
-complex dialog boxes (of course layouts can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). \\
+complex dialog boxes 
+(of course layouts can be nested, which leads to tree-like 
+structures of widgets). \\
 See the script \texttt{exampleComplexLayoutSplit\_In\_LayoutSplit} for an example.
 
-\item {The \texttt{LayoutTab}  widget} is based on the \texttt{wxNotebook.}\\
-The label of each 'note book' is the name of the object it contains.
+\item {The \texttt{LayoutTab}  widget} arranges its children 
+in different pages or 'tabs' (\texttt{wxNotebook}-based).
+The label of each page is the name of the widget it contains.
+
 \end{itemize}
 
 
 %=====> TODO \\
 
 
-%One word about a special widget in the package \texttt{wx} 
+%One word about a special widget in the package \texttt{wx}: 
 %the \texttt{Button}... to be continued.
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Deeper in the boxes}
+\subsection{Deeper in the boxes}
 \label{bbi-deep-box}
 % ==========================================
 
-Any box has three mandatory Inputs :
+\subsubsection{Default and mandatory inputs and outputs}
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{BoxExecute}}     : Any signal received by this input executes the box
-  \item {\bf\emph{Boxchange}}  : Signals any modification of the box. This output may be connected if necessary to the \emph{BoxExecute} 
-  input of an other box, further within the execution pipeline.
-  \item {\bf\emph{BoxProcessMode}} : Sets the processing mode of the box :
+\item Any \texttt{atomic} black box has two default Inputs, which are created by the system :
+\begin{itemize}
+  \item {\bf\emph{BoxExecute}}    : Any signal received by this input executes the box
+  \item {\bf\emph{BoxProcessMode}}: Sets the processing mode of the box :
   \begin{itemize}
-    \item {\bf\emph{Pipeline}} :% bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
+    \item {\bf\emph{Pipeline}}:% bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
                                  The box executes itself only when an input was changed (normal pipeline processing).
-    \item {\bf\emph{Reactive}} : %bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
+    \item {\bf\emph{Reactive}}: %bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
                                  Re-processes immediately when \emph{any input} changes.\\
-                                To be more selective, better use \texttt{connect A.BoxChange \emph{currentBox}.BoxExecute}.    
-    \item {\bf\emph{Always}}   :% bbUpdate() always calls Process. \\
-                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no input changed (e.g. : FileSelector, ColorSelector)\\
+                                To be more selective, better use 
+       '\texttt{connect A.BoxChange B.BoxExecute}'.    
+    \item {\bf\emph{Always}}  :% bbUpdate() always calls Process. \\
+                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no input changed (e.g.: FileSelector, ColorSelector)\\
                                 This one is not end user intended (for Package developer only)
   \end{itemize}   
 \end{itemize}
-
-Any widget box has five Inputs, that will be dealt with only if the box is not connected to the \emph{Widget}i of any \emph{Layout box} :  
+\item And one default output :
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{WinHeight}} : Height of the window 
-  \item {\bf\emph{WinWidth}}  : Width of the window  
-  \item {\bf\emph{WinTitle}}  : Title of the window
-  \item {\bf\emph{WinClose}}  : Any received signal closes the window
-  \item {\bf\emph{WinHide}}   : Any received signal hides the window
-  \item {\bf\emph{WinDialog}} : When set to 'true', creates a \emph{dialog window}, that blocks the pipeline until it is closed (\emph{modal})   
+  \item {\bf\emph{BoxChange}} : Signals any modification of the box. This output may be connected if necessary to the \emph{BoxExecute} 
+  input of an other box : each time the boxes changes (e.g. a Slider is moved) the box it is connected to will be forced to update.
 \end{itemize}
 
+If you create complex boxes, it is a good idea to define those inputs and outputs to be able 
+to force the execution of your complex box or be aware of its changes...
 
-Any \emph{Layout box} (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has one or more mandatory Inputs :
+\item Any {\bf widget} box has five Inputs, that will be dealt with only if the box is not connected to the \emph{Widget}i of any \emph{Layout} box :  
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{Widget}}\texttt{i} : e.g. a \emph{LayoutSplit} box (Widget which splits a window in two resizeable parts) 
-       has two Input parameters \emph{Widget1} and \emph{Widget2}, used to embed the child windows.\\
-       e.g. a  \emph{LayoutLine} divides the window in up to 9 (depending on the number of inputs \emph{Widget}i) fixed size parts.  
-\end{itemize} 
+  \item {\bf\emph{WinHeight}}: Height of the window 
+  \item {\bf\emph{WinWidth}} : Width of the window  
+  \item {\bf\emph{WinTitle}} : Title of the window
+  \item {\bf\emph{WinClose}} : Any received signal closes the window
+  \item {\bf\emph{WinHide}}  : Any received signal hides the window
+  \item {\bf\emph{WinDialog}}: When set to 'true', creates a \emph{dialog window}, that blocks the pipeline until it is closed (\emph{modal})   
+\end{itemize}
 
+If you define a complex widget box, it is a good idea to define these inputs to be able 
+to customize your window settings.
 
-Any widget box has one mandatory Output  :
+\item Any {\bf widget} box has one mandatory Output :
 
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{Widget}} : that is the \texttt{wxWindow} itself. If it's not connected to the \texttt{Widget}\emph{i} of any \emph{Layout box}, it
-     will popup. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of any \texttt{Layout box}, 
+  \item {\bf\emph{Widget}}: that is the \texttt{wxWindow} itself. If it's not connected to the \texttt{Widget}\emph{i} of any \emph{Layout box}, then the box  will create its own window (frame or dialog) on execution. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of a \texttt{Layout box}, 
      it will be embedded in its parent window.
-
 \end{itemize}    
 
+If you define a complex widget box, it is a good idea to use this standard name for your window output
+
+\item Any {\bf Layout} box (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has one or more mandatory Inputs :
+\begin{itemize}
+  \item {\bf\emph{Widget}}\texttt{i}: e.g. a \emph{LayoutSplit} box (Widget which splits a window in two resizeable parts) 
+       has two Input parameters \emph{Widget1} and \emph{Widget2}, used to embed the child windows.\\
+       e.g. a  \emph{LayoutLine} divides the window in up to 9 (depending on the number of inputs \emph{Widget}i) fixed size parts.  
+\end{itemize} 
+
+If you define a complex layout box, it is a good idea to use these standard names for your 
+sub-windows inputs.
+
+\end{itemize}
 
 
 % ==========================================
-\subsection{More on ...}
-\label{bbi-more-on}
+%\subsection{More on ...}
+%\label{bbi-more-on}
 % ==========================================
 
 % ==========================================
@@ -1937,18 +1962,18 @@ Any widget box has one mandatory Output  :
 %\item{...} \\
 %\end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{Pipeline processing}
-\label{bbi-more-on-pipeline-processing}
+%\subsubsection{Pipeline processing}
+%\label{bbi-more-on-pipeline-processing}
 % ==========================================
-\begin{itemize}
-\item the ``control'' mechanism in bbi.
+%\begin{itemize}
+%\item the ``control'' mechanism in bbi.
 
-When a box is requested to update itself, it asks (recursively) each one of its inputs if it was modified.\\
-In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs was actually modified, as the output of a previous box.
+%When a box is requested to update itself, it asks (recursively) each one of its inputs if it was modified.\\
+%In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs was actually modified, as the output of a previous box.
 
 %(switch exec commands, e.g. Button)
-\item the role of ProcessMode to update widgets.
-\end{itemize}
+%\item the role of ProcessMode to update widgets.
+%\end{itemize}
 
 %\subsubsection{Advanced issues}
 %\paragraph{Reducing the number of inputs of a box}
@@ -1958,86 +1983,67 @@ In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs
 %\label{bbi-more-on-errors}
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating and using your own uninstalled version of bbStudio}
-\label{bbi-more-on-your_own_version}
 
-Suppose you want to run your own uninstalled version (say : you downloaded and compiled the
-cvs version in order to use a recently commited patch, but you want to be able
-to still use the standard version).
-You have to :
-\begin{itemize} 
-\item cvs checkout the sources :
-\begin{verbatim}
-cvs checkout bbtk
-\end{verbatim}
-\item 
-create a build directory
-\begin{verbatim}
-mkdir buildBBTK
-\end{verbatim}
-\item cd in the build directory:
-\begin{verbatim}
-cd buildBBTK
-\end{verbatim}
-\item run ccmake.
-\begin{verbatim}
-ccmake ../bbtk
-\end{verbatim}
-
-Don't forget to switch ON the flag \texttt{BBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE} \\
-(see figure : \ref{bb-ccmake})
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-ccmake}Running ccmake}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{ccmake.png}
-\end{center}
-\end{figure}
+% ==========================================
+%\vspace{0.5cm}
+\hrule 
+\newpage
+\section{Using third party Package}
+\label{Third_Party_Package}
+% ==========================================
+% ==========================================
+\subsection{Installing a Package}
+\label{Installing_a_Package}
 
-\item As usual, type \texttt{c} until there is no longer any area quoted with a * (or highlighted in red)\\
-Ask for generation (type \texttt{g} -once is always enough-)
+% ==========================================
+\subsubsection{Linux users}
+\label{Installing_a_Package_for_Linux_users}
 
-\item Ask for compilation and link.
-\begin{verbatim}
-make
+After compiling a Package, at install time, think of using :
+\begin {verbatim}
+su - 
+make install
 \end{verbatim}
 
-
-The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \texttt{bin}
-directory of the built tree.
-
-\item choose to install or not your own version.
-\begin{verbatim}
+and neither :
+\begin {verbatim}
+su 
 make install
 \end{verbatim}
-Linux users : Don't forget to \texttt{sudo} before.
-\end{itemize}
-% ==========================================
 
+nor :
+\begin {verbatim}
+sudo make install
+\end{verbatim}
 
-\newpage
+otherwise package documentation will not be generated. \\
 
+Think of updating your environment variable LD\_LIBRARY\_PATH (in .bashrc in
+you're using bash), to add the path to the shared library
+libbb\emph{YourNewPackageName}.so
 
 
 % ==========================================
-%\vspace{0.5cm}\hrule \\
-
-\section{Using third party Package}
-\label{Third_Party_Package}
+\subsubsection{Windows users}
+\label{Installing_a_Package_for_Windows_users}
 % ==========================================
+Think of updating your environment variable LD\_LIBRARY\_PATH to add the path to the dynamic library
+bb\emph{YourNewPackageName}.dll
+
 % ==========================================
 \subsection{Plugging in a Package}
 \label{Plugging_in_a_Package}
 % ==========================================
 
 \bbStudio makes it easy for you : in the menu \texttt{Tools} just click on the 
-option \texttt{Plug Package}. You will be asked to  to '\texttt{Select
-package directory}'. Browse untill you find the the install tree, or the the build tree,
-depending whether you installed the package or not.\\
+option \texttt{Plug Package}. You will be asked to '\texttt{Select
+package directory}'. Browse untill you find the install or the build directory,
+depending whether you installed the package or not.
+
+\bbStudio will update the configuration file, generate the 'Package
+documentation', and update the 'Boxes Lists'.
 
-\bbStudio will update the Configuration file, generate the 'Package
-documentaion', and update the 'Box List'.\\
 You will be able to use the new package just as you did for any other \bbtk
 canonical Package.
 
@@ -2046,131 +2052,11 @@ canonical Package.
 \label{Hard_incorporating_of_a_Package}
 % ==========================================
 
-If the Package you want to use is supplied in a non standard way (e.g. : you
-where given one ore more dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}), and
-one or more directories containing \bbtk scripts (\texttt{.bbs}), you will have
-to proceed to some (simple) manual operations.\\
-\texttt{Nota bene} : This way is hightly discouraged !
-
-% ==========================================
-\subsubsection{More on the configuration file}
-\label{The_configuration_file}
-% ==========================================
-
-First, have a glance at the Configuration,  just clicking on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
-
-You'll get something like :
-
-\begin{verbatim}
-=============
- Configuration
- =============
- bbtk_config.xml    : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/bbtk_config.xml]
- Documentation Path : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/doc]
- Data Path          : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/data]
- Temp Directory     : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN]
- File Separator     : [/]
- BBS Paths   
- --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/bbs]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs]
- PACKAGE Paths : 
- --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../lib]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release] 
-\end{verbatim}
-
-(depending on who you are, and whether \texttt{bbStudio} is installed or not.)\\
-
-Note the two main parts : \texttt{BBS Paths} and \texttt{PACKAGE Paths}
-\subsubsection{How bbStudio uses the Configuration file}
-\label{How_bbStudio_uses_the_Configuration_file}
-
-
-At start, \bbi tries to open an \texttt{xml} 
-configuration file named \texttt{bbtk\_config.xml}. 
-The search order is 
-\begin{enumerate}
-\item The current directory
-\item The subdir \texttt{.bbtk} of the user's home directory. 
-\begin{itemize} 
-\item On \texttt{Unix}, the home directory is the
-one stored by the environnement variable \texttt{HOME}, 
-typically \texttt{/home/username}.
-\item On \texttt{Windows}, the home directory is 
-the user's profile directory stored by the environnement 
-variable \texttt{USERPROFILE}, 
-typically \texttt{C:\\...}.
-\end{itemize}
-\item If none of these two paths contains the file then it creates 
-a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
-\end{enumerate}
-
-
-To use a third party Package, you will have to update it.\\
-
-\subsubsection{Modifying the Configuration file}
-\label{Modifying_the_Configuration_file}
-
-Just use the \texttt{Open bbtk Config file} option of the \texttt{Files} of the \bbStudio menu.
-
-You will get something like :
-\begin{verbatim}
-<config>
-  <description> Sets the search directories in the build tree </description>
-  <url> </url>
-  <bbs_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs </bbs_path>
-  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin </package_path> 
-# For windows
-  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug </package_path> 
-  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release </package_path> 
-#
-  <data_path> </data_path>
-# 
-  <default_temp_dir>  /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN </default_temp_dir>   
-</config>
-\end{verbatim}
-
-To use a new Package :
-\begin{itemize}
-\item {}
-After the already existing \texttt{xml} tags 
-\texttt{bbs\_path}
- (i.e. the lines begining by 
- \texttt{<bbs\_path>} 
- %bbs_path
-and ending by 
-\texttt{</bbs\_path>}), 
-you can add paths to :
-\begin{itemize}
-\item A custom folder in which to search for \texttt{.bbs} scripts (\texttt{include} command of \bbins) by adding
- an \texttt{xml} tag:\\ 
- \texttt{<bbs\_path>} 
-\emph{complete\_path\_to\_scripts\_folder}
-\texttt{<\/bbs\_path>}.
-\end{itemize}
-
-\item {}
-After the already existing tags 
-\texttt{package\_path}
- (i.e. the lines begining by 
- \texttt{package\_path} 
- %bbs_path
-and ending by 
-\texttt{/package\_path}), 
-you can add paths to :
-\begin{itemize}
-\item A custom folder in which to search for packages (the dynamic libraries
- (\texttt{.dll} or \texttt{.so}, called with the \texttt{load} command of \bbins) by adding an \texttt{xml} tag :\\ 
-\texttt{<package\_path>} 
-\emph{complete\_path\_to\_dynamic\_library\_folder}
-\texttt{<\/package\_path>}.
-\end{itemize}
-\end{itemize}
-
+If the Package you want to use is supplied in a non standard way (e.g.: you
+where given one ore more dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}), and/or
+one or more directories containing \bbtk scripts (\texttt{.bbs})
+you can edit your \bbtk configuration and add the appropriate 
+paths, see \ref{The_configuration_file}.
 
 %\end{itemize}
 % ==========================================
@@ -2178,50 +2064,53 @@ you can add paths to :
 \label{Updating_the_documentation}
 % ==========================================
 You may add your own boxes (simple boxes, if you are aware enough in \CPP
-language), or complex boxes if you are aware enough in bbtk scripting).
-
-To be able to use the Help tools as well as the features provided by this package,
- you must use the
-option \texttt{Regenerate package doc}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
-You'll be prompted for the Package name. Avoid using the \texttt{-a} option (Regenerate all), since it's time consumming.
+language, or complex boxes if you are aware enough in bbtk scripting).
 
-To benefit the features of Box indexing you must use the
-option \texttt{Regenerate Boxes Lists}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
+To update the html help of this package,
+use the option \texttt{Regenerate package doc} 
+in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.
+You'll be prompted for the Package name. 
+Avoid using the \texttt{-a} option (Regenerate all), since it's time consumming.
 
+To update html boxes lists with the new boxes,
+use the option \texttt{Regenerate Boxes Lists} 
+in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.
 
 % ==========================================
 \subsection{Using the package}
 \label{Using_the_package}
 % ==========================================
 
-The only thing you have to do is to \texttt{load} the package, within the script, or from the
-\texttt{Command} part, and enjoy the black boxes it contains.
-
-% ==========================================
-\subsection{Packages you'll probably want to use }
-\label{Packages_you_ll_want_to_use}
-% ==========================================
-\begin {itemize}
-\item{\texttt{creaLib}} \\
-a.k.a \texttt{crea}. It's a set of 'low level' utilities, needed by other
-packages (an, sure,  useful as well for people that doesn't use bbtkns.
-
-\item{\texttt{creaContours}} \\
-Provides sophisticated widgets for managing 3D R.O.I. (Regions of interest)
-\item{\texttt{creaImageIO}} \\
-Allows browsing, selectionning, ordering directories containing images of almost any type
-(including DICOM)
-\end {itemize}
-
-\newpage
+The only thing you have to do is to \texttt{include} or \texttt{load} the package, 
+within a script, or from the \texttt{Command} part, 
+and enjoy the black boxes it contains.
+
+% ==========================================%\subsection{Packages you'll probably want to use }
+%\label{Packages_you_ll_want_to_use}
+% ==========================================
+%\begin {itemize}
+%\item{\texttt{creaLib}} \\
+%a.k.a \texttt{crea}. It's a set of 'low level' utilities, needed by other
+%packages (an, sure,  useful as well for people that doesn't use bbtkns.
+%\item{\texttt{creaContours}} \\
+%Provides sophisticated widgets for managing 3D R.O.I. (Regions of interest)
+%\item{\texttt{creaImageIO}} \\
+%Allows browsing, selectionning, ordering directories containing images of almost any type
+%(including DICOM)
+%\end {itemize}
+%\newpage
  
 % ==========================================
-%\vspace{0.5cm}\hrule \\
+%\vspace{0.5cm}
+\hrule
+\newpage
 \section{Using black boxes in \CPP programs}
 \label{cpp}
 % ==========================================
 
-A very useful feature is that you may use any black box within a \CPP program without worrying about \texttt{wxWigets} main window.\\
+A very useful feature is that you may use any widget 
+black box within a \CPP program 
+without worrying about writing a \wx main application.\\
 
 Let's look a the following bbs script :
 
@@ -2247,19 +2136,22 @@ connect slider.Out       text.In
 exec layout
 \end{verbatim}
 
-User wants to create a slider and an output text, within a LayoutLine, and display the slider value in the output text.\\ 
-Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.\\
+User wants to create a slider and an output text, within a LayoutLine, 
+and display the slider value in the output text.
+Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.
 
-Using the standalone application \texttt{bbc} you just 'convert' the script.
+The following \CPP code does the same :
 
 \begin{verbatim}
+#include <bbtkFactory.h>
 #include <bbwxSlider.h>
 #include <bbwxOutputText.h>
-#include <bbtkFactory.h>
 #include <bbwxLayoutLine.h>
 
 int main(int argv, char* argc[])
 {
+  try
+    {
       // we need to intanciate a bbtk::Factory to be aware of the adaptors
       bbtk::Factory::Pointer factory = bbtk::Factory::New();
       
@@ -2276,10 +2168,10 @@ int main(int argv, char* argc[])
       
       // Graphical pipeline
       bbtk::Connection::Pointer c1       = bbtk::Connection::New(slider,"Widget",
-                                                          layout,"Widget1");
+                                                                layout,"Widget1");
                                                           
       bbtk::Connection::Pointer c2       = bbtk::Connection::New(text,"Widget",
-                                                          layout,"Widget2");
+                                                                layout,"Widget2");
                                                                                                                                                                           
       // Execution pipeline
       // ------------------
@@ -2287,10 +2179,10 @@ int main(int argv, char* argc[])
       // We have to pass the 'factory', in order to call automatically an adaptor,
       // if necessary.
       bbtk::Connection::Pointer s2t      = bbtk::Connection::New(slider,"Out",
-                                                           text,"In",
-                                                           factory);      
-       bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
-                                                            text,"BoxExecute");      
+                                                                text,"In",
+                                                                factory);      
+      bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
+                                                                 text,"BoxExecute");      
       layout->bbSetInputWinDialog(true);
       
       // Go!
@@ -2304,36 +2196,45 @@ int main(int argv, char* argc[])
       e.Print();
     }
 }
-\end{verbatim}
 
-%\bibliography{all}
+In this code, we use the headers of the \texttt{bbwx} \CPP library, 
+which define the black boxes of the \texttt{wx} package. 
+
+to be continued ...
+
+\end{verbatim}
 
 % ==========================================
-\section{Language reference}
+\hrule
+\newpage
+\section{\bbs language reference}
 \label{bbi-reference}
 % ==========================================
 
-
 % ==========================================
 \subsection{Pipeline creation and execution related commands}
 \label{bbi-reference-creation-execution}
 % ==========================================
- See table \ref{bbi-reference-box}
+% See table \ref{bbi-reference-box}
 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-box} \bbi pipeline creation and execution related commands.}
+\caption{\label{bbi-reference-box} \bbs pipeline creation and execution related commands.}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
-\texttt{new} & \texttt{<boxtype>} \texttt{<box-name>}& 
-Creates a box of type \texttt{boxtype} and name  
+\texttt{new} & \texttt{<box-type>} \texttt{<box-name>}& 
+Creates a box of type \texttt{box-type} and name  
 \texttt{box-name}.\\ \hline
 
+\texttt{newgui} & \texttt{<box-name>} \texttt{<gui-box-name>} &
+Automatically creates a graphical user interface with name \texttt{gui-box-name}
+for the black box \texttt{box-name} and connects it to the box inputs\\ \hline 
+
 \texttt{delete} & \texttt{<box-name>} & 
-Destroys the box named \texttt{box-name}.\\ \hline 
+Destroys the box named \texttt{box-name}\\ \hline 
 
 \texttt{connect} & \texttt{<box1.output>} \texttt{<box2.input>} & 
 Connects the output 
@@ -2347,48 +2248,75 @@ An \texttt{adaptor} must exist
 in the packages loaded which converts a \texttt{std::string} 
 to the type of the input \texttt{input}. \\ \hline 
 
-\texttt{print} & \texttt{<string>} & 
-Prints the string after substituting each token of the form \texttt{\$box.output\$} by the adaptation to string of the value of the 
-output \texttt{output} of the box named \texttt{box}. 
-An \texttt{adaptor} must exist
-in the packages loaded which converts 
-the type of the output \texttt{output}
-to a \texttt{std::string}.
-\\ \hline 
-
 \texttt{exec} & \texttt{<box-name>} & 
 Executes the box named \texttt{box-name}.
 If needed the boxes 
 connected to its inputs 
 are also processed recursively (pipeline processing).\\ \hline 
-\texttt{exec} & \texttt{freeze} & 
- Allows to block execution commands while keeping definition commands active.(This one is not for end user)\\ \hline 
-\texttt{exec} & \texttt{unfreeze} & 
- Turns back to 'normal' mode (This one is not for end user).\\ \hline 
+& \texttt{freeze} & 
+ Allows to block execution commands while keeping definition commands active (this one is not for end user)\\ \hline 
+& \texttt{unfreeze} & 
+ Turns back to 'normal' mode (this one is not for end user).\\ \hline 
 \end{tabular}
 \end{table}
 % ==========================================
 
 \newpage
 
+% ==========================================
+\subsection{Package related commands}
+\label{bbi-reference-package}
+
+\begin{table}[!ht]
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbs package related commands. }% (part 1).}
+\small
+\begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
+\hline
+Command & Parameters & Effect \\ \hline
+
+
+\texttt{include} & \texttt{<package-name>} & 
+Loads the package \texttt{package-name} and includes all its complex box definition scripts. \\ \hline 
+
+\texttt{load} & \texttt{<package-name>} & 
+Loads the atomic black boxes of package \texttt{package-name}.
+Loads the dynamic library but not the complex boxes defined in the scripts shipped with the package. 
+Use it only if you know that you won't work with its complex black boxes \\ \hline 
+
+\texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
+Unloads the package \texttt{package-name}. 
+The package must have been previously loaded. 
+No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline 
+
+\texttt{reset} & - & Deletes all boxes and unloads all packages so 
+that the interpreter gets back to its initial state \\ \hline 
+
+
+\texttt{package} &  \texttt{<package-name>} &  
+All complex black boxes definitions until the next \texttt{endpackage} 
+will be stored into the package \texttt{package-name}  \\ \hline 
+
+\texttt{endpackage} & - & 
+Closes a \texttt{package} command  \\ \hline 
+
+
+\end{tabular}
+\end{table}
+\newpage
+
 % ==========================================
 \subsection{Interpreter related commands}
 \label{bbi-reference-interpreter}
 % ==========================================
-See table \ref{tabbbi-reference-interpreter_1} and \ref{tabbbi-reference-interpreter_2}
+%See table \ref{tabbbi-reference-interpreter_1} and \ref{tabbbi-reference-interpreter_2}
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbi intepreter related commands (part 1).}
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbs intepreter related commands. }% (part 1).}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
-\texttt{author} &  \texttt{<author-name>} & 
-Adds the string \texttt{<author-name>} to the author information of the black box being defined \\ \hline 
-
-\texttt{category} & \texttt{<category-name>} & 
-  Adds the string \texttt{<category-name>} to the category information of the black box being defined \\ \hline 
 
 \texttt{help} & - & 
 Prints help on available commands \\ \hline 
@@ -2410,54 +2338,45 @@ Prints help (with full description) on the type of box
 \texttt{box-type}. 
 The box type must belong to a package which has been previously loaded \\ \hline 
 
-& \texttt{<debug-directive>} & 
-[expr|-C|-D] 
-  Prints debug info on living bbtk objects containing the string \texttt{expr} (default expr=''). 
-         \texttt{-C} checks the factory integrity.
-        \texttt{-D} turns on objects debug info after main ends\\ \hline 
+\texttt{message}
+& - & 
+Prints information on available kinds of messages and their current level\\ \hline 
+
+ & \texttt{<kind>} \texttt{<level>} & 
+Sets the level of verbosity of the interpreter for the kind of messages 
+\texttt{kind} to \texttt{level}.\\ \hline 
+
 
 \texttt{include} & \texttt{<file-name>} & 
 Includes and executes the content of the file named \texttt{file-name} 
 exactly like if you were typing its content at the place were the 
 \texttt{include} command is. \\ \hline 
 
-\texttt{load} & \texttt{<package-name>} & 
-Loads the package \texttt{package-name} (use it only if you know that you won't work with complex black boxes) \\ \hline 
-
-\texttt{include} & \texttt{<package-name>} & 
-Loads the package \texttt{package-name} and includes all the complex black boxes that comes with it \\ \hline 
-
-\texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
-Specifies the \texttt{kind} of the complex black boxes you are describing \\ \hline 
-\end{tabular}
-\end{table}
+\texttt{print} & \texttt{<string>} & 
+Prints the string after substituting each token of the form \texttt{\$box.output\$} by the adaptation to string of the value of the 
+output \texttt{output} of the box named \texttt{box}. 
+An \texttt{adaptor} must exist
+in the packages loaded which converts 
+the type of the output \texttt{output}
+to a \texttt{std::string}.
+\\ \hline 
 
-%
-% This arbitrary part1/part2 is to avoid to have all the tables at the end of the docoment ...
-%
+\texttt{graph} & ... & 
+Generates the html doc including the pipeline graph for a given complex box \\ \hline
 
-\begin{table}[!ht]
-\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_2}\bbi intepreter related commands (part 2).}
-\small
-\begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
-\hline
-Command & Parameters & Effect \\ \hline
-\texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
-Unloads the package \texttt{package-name}. 
-The package must have been previously loaded. 
-No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline 
+\texttt{index} & ... & 
+Generates the html index of currently loaded boxes types \\ \hline
 
-\texttt{message} & \texttt{<category>} \texttt{<level>} & 
-Sets the level of verbosity of \bbi for the category of messages 
-\texttt{category} to \texttt{level}.\\ \hline 
-%See \ref{verbosity}.
+\texttt{config} & - & Displays the configuration parameters\\ \hline 
 
-\texttt{config} & - & Displays the Configuration parameters\\ \hline 
 
-\texttt{reset} & - & Deletes all boxes and unloads all packages so 
-that \bbi gets back to its initial state \\ \hline 
+\texttt{debug} & \texttt{<debug-directive>} & 
+[expr|-C|-D] 
+  Prints debug info on living bbtk objects containing the string \texttt{expr} (default expr=''). 
+         \texttt{-C} checks the factory integrity.
+        \texttt{-D} turns on objects debug info after main ends\\ \hline 
 
-\texttt{quit} & - & Exits the interpreter (Don't use it under \bbStudions)\\ \hline 
+\texttt{quit} & - & Exits the interpreter\\ \hline 
 
 \end{tabular}
 \end{table}
@@ -2470,28 +2389,40 @@ that \bbi gets back to its initial state \\ \hline
 \label{bbi-reference-black-box-definition}
 % ==========================================
 
-See table \ref{bbi-reference-complex-box} 
+%See table \ref{bbi-reference-complex-box} 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbi complex black box definition related commands.}
+\caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbs complex black box definition related commands.}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
 
-\texttt{define} & \texttt{<box-type>} & 
-Starts the definition of a complex black box of type  
-\texttt{box-type}\\ \hline 
+\texttt{define} & \texttt{<box-type>} [\texttt{<package-name>}] & 
+Starts the definition of a complex black box of type
+\texttt{box-type}. If \texttt{<package-name>} is provided then includes the 
+box in the given package (otherwise it is defined in the current package, 
+i.e. \texttt{user} if outside a \texttt{package/endpackage} block). \\ \hline 
 
 \texttt{endefine} & - & 
 Ends the definition of a complex black box type\\ \hline 
 
 \texttt{author} & \texttt{<string>} & 
-Sets the author(s) of the complex black box currently being defined \\ \hline 
+Concatenate the string to the author string 
+of the current complex black box.\\ \hline 
 
 \texttt{description} & \texttt{<string>} & 
-Sets the description of the complex black box currently being defined \\ \hline 
+Concatenate the string to the description of the current complex black box. 
+\\ \hline 
+
+\texttt{category} & \texttt{<string>} & 
+Specifies the \texttt{categories} of the current complex black box. 
+The categories must be separated by semicolons, e.g. "\texttt{widget;image}"\\ \hline 
+
+\texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
+Specifies the \texttt{kind} of the current complex black box 
+( ADAPTOR, DEFAULT\_ADAPTOR, WIDGET\_ADAPTOR, DEFAULT\_WIDGET\_ADAPTOR )\\ \hline 
 
 \texttt{input} & \texttt{<name>} \texttt{<box.input>} \texttt{<help>} & 
 Defines a new input for the current complex black box, 
@@ -2511,19 +2442,150 @@ the output \texttt{output} of the box \texttt{box}.
 \texttt{<help>} is the help string for the new output.
 The box \texttt{box} must already have been created in the complex box and of course have an output named \texttt{output}. \\ \hline 
 
-
 \end{tabular}
 \end{table}
-% ==========================================
 
-\newpage
+%\newpage
+Note : if outside a \texttt{define/endefine} block then the current complex black box 
+is '\texttt{user::workspace}', that is the main program equivalent 
+(this is how applications are documented).
+This remark holds for all complex black box related commands.
+
+
+
+
+
+
+
 
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+%\hrule
+\newpage
 \section{Install and run time issues}
+% ==========================================
+
 
+
+
+%%==============================================================================================
+%%==============================================================================================
+\subsection{\bbtk configuration file}
+\label{The_configuration_file}
+%%==============================================================================================
+%%==============================================================================================
+
+At start, \bbtk applications (\bbStudio, \bbi) try 
+to open an \texttt{xml} 
+configuration file named \texttt{bbtk\_config.xml}. 
+The search order is 
+\begin{enumerate}
+\item The current directory
+\item The subdir \texttt{.bbtk} of the user's home directory. 
+\begin{itemize} 
+\item On \texttt{Unix}, the home directory is the
+one stored by the environnement variable \texttt{HOME}, 
+typically \texttt{/home/username}.
+\item On \texttt{Windows}, the home directory is 
+the user's profile directory stored by the environnement 
+variable \texttt{USERPROFILE}, 
+typically \texttt{C:$\backslash$ Documents and Settings$\backslash$ username}.
+\end{itemize}
+\item If none of these two paths contains the file then it creates 
+a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
+\end{enumerate}
+
+
+Information on \bbtk configuration is 
+obtained in \bbStudio by clicking on the 
+\texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
+
+If you did not installed other packages than the ones 
+provided by \bbtk, you get something like :
+
+\begin{verbatim}
+ =============
+ Configuration
+ =============
+ bbtk_config.xml    : [/home/guigues/.bbtk/bbtk_config.xml]
+ Documentation Path : [/usr/local/bin/../share/bbtk/doc]
+ Data Path          : [/usr/local/bin/../share/bbtk/data]
+ Temp Directory     : []
+ File Separator     : [/]
+ BBS Paths   
+ --- [.]
+ --- [/usr/local/bin/../share/bbtk/bbs]
+ PACKAGE Paths : 
+ --- [.]
+ --- [/usr/local/bin/../lib]
+\end{verbatim}
+
+The first line let you know which configuration file is currently used.
+
+You can open this file using \bbStudio menu \texttt{Files$>$Open bbtk Config file}.
+
+You will get something like :
+
+\begin{verbatim}
+<?xml version=\"1.0\" encoding=\"iso-8859-1\"?>
+<config>
+  <bbs_path>     </bbs_path>
+  <package_path> </package_path>
+  <default_temp_dir> $ </default_temp_dir>
+</config>
+\end{verbatim}
+
+The \texttt{xml} tags \texttt{bbs\_path} and \texttt{package\_path} 
+allow to set additionnal directories in which to search 
+for \bbs files and packages dynamic libraries.
+
+For example, if you add the line :
+\begin{verbatim}
+  <bbs_path> /home/guigues/bbs </bbs_path>
+\end{verbatim}
+
+Then the interpreter will search for \bbs in the folder \texttt{/home/guigues/bbs}, 
+which allows a command like \texttt{'include bbMyBox.bbs'} to work if 
+the folder \texttt{/home/guigues/bbs} contains the file \texttt{bbMyBox.bbs}.
+
+The same, the \texttt{xml} tag \texttt{<package\_path>} let you 
+set additional path in which to find a package dynamic library, 
+hence allowing to load additionnal packages with the \texttt{'load'} command.
+
+All \bbs and package paths are summmarized in the 
+information output when pressing 'Config' in \bbStudio. 
+You can see that two \bbs paths are always set :
+\begin{itemize}
+\item The current directory (\texttt{.})
+\item The \bbs folder of \bbtk 
+\end{itemize}
+Also, two package paths are always set :
+\begin{itemize}
+\item The current directory (\texttt{.})
+\item The libraries folder of \bbtk 
+\end{itemize}
+
+Additional paths set in your \texttt{bbtk\_config.xml} are added after those standard paths.
+Note that the order displayed is the one in which the folders are searched when 
+\texttt{include} or \texttt{load} commands are issued.
+
+
+%%==============================================================================================
+
+\subsection{Misc}
 \begin {itemize}
-\item{make} \\
-For some strange reasons (?!?), at \texttt{cmake} time, you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
-Take it easy, \texttt{make} again!\\
+%\item{make} \\
+%For some strange reasons (?!?), at \texttt{cmake} time, 
+%you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
+%Take it easy, \texttt{make} again!\\
 
 \item{\bbStudio} is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets.
 If, after some hazardous floating/docking operations onto the frame, you feel
@@ -2533,8 +2595,8 @@ very unhappy with the result, just remove from the hidden directory
  
 \end {itemize}
 
-%\section{Conclusion}
 
 
 \end{document}
 
+