]> Creatis software - bbtk.git/blobdiff - kernel/doc/bbtkUsersGuide/bbtkUsersGuide.tex
nexs
[bbtk.git] / kernel / doc / bbtkUsersGuide / bbtkUsersGuide.tex
index 8e539ee7f304ea7e427511a47dd5038a41b4b12a..3192e9b517189bc5a826cf8c2b57fc10845b0130 100644 (file)
@@ -3,67 +3,9 @@
 \input{config.tex}
 
 
-\def\todo{\scriptsize\fbox{\bf TODO !!}\normalsize}
-\def\x{\bm{x}}
-\def\BBTK{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit} }
-\def\bbtk{{\xspace}$\texttt{bbtk}$ }
-\def\bbi{{\xspace}$\texttt{bbi}$ }
-\def\bbStudio{{\xspace}$\texttt{bbStudio}$ }
-\def\bbfy{{\xspace}$\texttt{bbfy}$ }
-\def\bbdoc{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$ }
-\def\bbCreatePackage{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$ }
-
-\def\bb{{\xspace}$\texttt{bb}$ }
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmake{{\xspace}$\texttt{cmake}$ }
-
-\def\C{{\xspace}$\texttt{C}$ }
-\def\CPP{{\xspace}$\texttt{C++}$ }
-
-\def\xml{{\xspace}$\texttt{xml}$ }
-
-\def\itk{{\xspace}$\texttt{itk}$ }
-\def\vtk{{\xspace}$\texttt{vtk}$ }
-\def\gdcm{{\xspace}$\texttt{gdcm}$ }
-\def\gsmis{{\xspace}$\texttt{gsmis}$ }
-\def\wx{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$ }
-
-\def\lin{{\xspace}\textit{Linux} }
-\def\win{{\xspace}\textit{Windows} }
-
-% the same macros with no space at the end
-
-\def\BBTKns{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit}}
-\def\bbtkns{{\xspace}$\texttt{bbtk}$}
-\def\bbins{{\xspace}$\texttt{bbi}$}
-\def\bbfyns{{\xspace}$\texttt{bbfy}$}
-\def\bbdocns{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$}
-\def\bbCreatePackagens{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$}
-
-\def\bbns{{\xspace}$\texttt{bb}$}
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmakens{{\xspace}$\texttt{cmake}$}
-
-\def\Cns{{\xspace}$\texttt{C}$}
-\def\CPPns{{\xspace}$\texttt{C++}$}
-
-\def\xmlns{{\xspace}$\texttt{xml}$}
-
-\def\itkns{{\xspace}$\texttt{itk}$}
-\def\vtkns{{\xspace}$\texttt{vtk}$}
-\def\gdcmns{{\xspace}$\texttt{gdcm}$}
-\def\gsmisns{{\xspace}$\texttt{gsmis}$}
-\def\wxns{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$}
-
-\def\linns{{\xspace}\textit{Linux}}
-\def\winns{{\xspace}\textit{Windows}}
-
-
-
 
 \begin{document}
+
 \begin{center}
 
 {\Large \BBTK}
 {\Huge User's Guide}
 \vspace{1cm}
 
-\bbtk version 1.0
+\bbtk version \bbtkVersion
 \vspace{0.5cm}
 
 
-Last modified on : September 16, 2008 \\
+Last modified on : October 16, 2008 \\
 Generated on : \today 
 \vspace{0.5cm}
+\end{center}
+\begin{center}
+Eduardo D\'avila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux 
+\end{center}
+\begin{center}
+CREATIS-LRMN, Centre de Recherche en Imagerie Medicale \\ CNRS UMR 5220, INSERM U620\\
+INSA Lyon\\
+Universit\'e Claude-Bernard Lyon 1\\
+
+http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/bbtk 
 
-Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
 \end{center}
 
 % ==========================================
@@ -99,7 +50,7 @@ Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
 \newpage
 % ==========================================
 \hrule
-\section{What is {\bf bbtk} ?}
+\section{What is bbtk ?}
 % ==========================================
 \BBTK(\bbtkns) is a set of tools 
 (\CPP libraries and executables) 
@@ -107,20 +58,22 @@ providing a \CPP framework for the definition
 of elementary processing \emph{units}, called {\bf black boxes}, 
 and the definition and execution of processing \emph{chains} 
 made up of these black boxes. \\
-It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
-\begin{verbatim}
- bbtk
- creaContours
- creaImageIO
- creaLib
- gdcm 
-\end{verbatim}
-which depend on the OpenSource libraries: 
-\begin{verbatim}
- itk
- vtk
- wxWidgets
-\end{verbatim}
+
+%It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
+%\begin{verbatim}
+% bbtk
+% creaContours
+% creaImageIO
+% creaLib
+%\end{verbatim}
+%which depend on the OpenSource libraries: 
+%\begin{verbatim}
+% gdcm 
+% itk
+% vtk
+% wxWidgets
+%\end{verbatim}
 
 % ==========================================
 \subsection{The black box philosophy}
@@ -134,10 +87,10 @@ defines a {\bf black box} as
 \emph{``any component in a system in which only the input and output 
 characteristics are of interest, without regard to its internal mechanism 
 or structure''}. \\
-We should merge theese definitions. : 
+We should merge these definitions. : 
 not only the inputs and outputs are of interest but also 
 \emph{what the box does} !
-Hence, I would say that a black box is any \emph{\bf documented} 
+Hence, we would say that a black box is any \emph{\bf documented} 
 component of a system, letting the user know  
 \emph{\bf what} the box is supposed to do and 
 \emph{\bf how to use it}
@@ -157,7 +110,7 @@ One can use a black box in a purely abstract way.
 \item{\bf symbolic} means that a particular 
 input or output is referenced by a 'name', that is by a symbol 
 which identifies the input or output. 
-It also means that symbolic information (text!) is 
+It also means that symbolic information (text) is 
 attached to a box: description of the box, author, 
 description of its inputs and outputs, etc.
 \end{itemize}
@@ -187,7 +140,8 @@ then gives the way to:
 \begin{itemize}
 \item The definition of an {\bf interpreted script language}, 
 which allows to manipulate packages and boxes very easily in symbolic way. 
-\BBTK provides one : \bbi (the Black Box Interpreter). 
+\BBTK provides one :  \bbs (the Black Box Script language) and its interpreter
+\bbi (the Black Box Interpreter). 
 \item {\bf Automatic documentation} of existing packages. 
 \texttt{html} documentation of packages is proposed by 
 \bbStudions.
@@ -211,21 +165,21 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
   \item A \CPP {\bf\emph{library}} - called \bbtk - which defines a framework 
     (abstract classes) to develop black boxes and store them into 
     dynamic libraries, called black box \emph{packages}.
-  \item Different {\bf\emph{black box packages}} :
+  \item Different {\bf\emph{"core" black box packages}} :
     \begin{itemize}
       \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
       \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
       \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
+      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and visualization package, based on the \vtk library.
       \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
       interaction).
       %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development.     
+      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development.     
     \end{itemize}
   \item A {\bf\emph{Developement environment}}, called \bbStudio, which provides
     \begin{itemize}
       \item An online {\bf\emph{script editor and interpretor}}
-      \item A powerfull html {\bf\emph{Help environment}},whith integrated :       
+      \item A powerful html {\bf\emph{Help environment}}, integrating :       
         \begin{itemize}
           \item Online documentation scaning
           \item Retreiving boxes on various criterions
@@ -233,8 +187,7 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
         \end{itemize}
       \end{itemize}
       \item An standalone {\bf\emph{interpreter}}, called \bbins, which allows to 
-          load black box packages and to define and execute 
-          processing chains by connecting various black boxes.
+           execute \bbs scripts or commands.
       \item {\bf\emph{Various Development Utilities}} :
          \begin{itemize}
             \item \bbfy generates the \CPP code of a black box from a 
@@ -242,13 +195,20 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
                 %\item \bbdoc generates the html documentation of a black box package 
                 %(author, description, description of its black boxes : 
                 %author, description, inputs, outputs, and so on).
-            \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture 
+            \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture. 
                to start the development of a new black box package.
-            \item \texttt{bbs2cpp} translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
-            \item \texttt{bbc} that              
+            \item \bbCreateBlackBox allows to create the basic file architecture. 
+               to start the development of a new black box, that will be included in an already existing package.             
+            \item \bbs2cpp translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
+            \item \bbc (sorry : Linux Only, for the moment) that compiles \texttt{.bbs} scripts into executables.
+            \item \bbRegeneratePackageDoc which creates the html documentation of the Package.
+           \item \bbRegenerateBoxesLists which creates the html pages of the various lists of all the currenly installed boxes.
+           \item \bbPlugPackage which automatically incorporates a new package.                  
          \end{itemize}
-      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html), queryable thru keywords.         
+      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html),
+      queryable throught keywords.       
 \end{itemize}
+
 The general architecture of \BBTK 
 is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
@@ -265,12 +225,6 @@ is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 \section{Getting started with bbStudio}
 % ==========================================
 
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
 
 % ==========================================
 \subsection{The interface}
@@ -283,19 +237,13 @@ is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
 Just run it, typing in a console \bbStudio 
 or clicking on its icon or its menu entry.
-At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. \\
-Don't forget to read it : it will vanish at the first mouse click. \\
-\begin{verbatim}
-1) Click on the 'Demo' or 'Examples' link.
-2) Select a Demo or an Example
-3) Click on the [Source] link : the source file is loaded in bbStudio
-4) Click on the 'Run button' (the down arrow at the bottom right
-   of the source file).
-\end{verbatim}
 
 You'll get something like in figure 
 \ref{bbi-fig-bbStudio-gui-start}
 (the exact appearance of \bbStudio is Operating System and \bbtk version dependent)
+At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. \\
+Don't forget to read it : it will vanish at the first mouse click. \
+
 
 \newpage
 
@@ -323,7 +271,8 @@ Let's have a look at the resized window :
 You can see four parts : \texttt{Files}, \texttt{Messages},
  \texttt{Command}, \texttt{Help}.\\
 
-The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets,
+The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets
+(a.k.a. AUI),
 whose 'docking manager' allows windows and toolbars to be floated/docked 
 onto a frame.\\
 Please don't use this feature at learning time (the snapshots of this document
@@ -340,20 +289,20 @@ lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar})
 \begin{figure}[!ht]
 \caption{\label{lowertoolbar}The lower tool bar}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar2.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
 
- \begin{itemize}
-   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
-   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
-   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
-   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
-   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
-   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
-   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
- \end{itemize}
+% \begin{itemize}
+%   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
+%   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
+%   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
+%   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
+%   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
+%   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
+%   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
+% \end{itemize}
 
 
 \subsubsection{'Messages' part}
@@ -367,12 +316,12 @@ or \texttt{std::cout} in user programs
 \subsubsection{'Command' part}
 \label{bbi-CommandPart}
 
-This is where user will type his requirements.
+This is where user will type \bbs commands which are executed on the fly..
 
-\subsubsection{'Help Contents' part}
+\subsubsection{'Help' part}
 \label{bbi-HelpContentsPart}
 
-The 'Help Contents' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTK.
+The 'Help' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTK.
 All the entries of the starting page are self-explanatory :
  \begin{itemize}
    \item {\bf\emph{Help Contents}}
@@ -385,26 +334,26 @@ All the entries of the starting page are self-explanatory :
    
    \item {\bf\emph{Guides}}   
    \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     application, just using already existing boxes.
+     \item {\bf\emph{User's Guide}} : This Guide.
      \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
      black boxes.
-     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum. Sorry, not yet written.    
+    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. .
+    %\item {\bf\emph{Reference Manual}} : 
+    % \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.    
      \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.
    \end{itemize}
         
-   \item {\bf\emph{Boxes}} : Box retrieving on various criterions :
+   \item {\bf\emph{Boxes}} : Lists of currently available Boxes :
    \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{By name}}} (Alphabetical list), 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{{By package}}}, 
-     \item {\bf\emph{   \texttt{{By category}}}.
+    \item {\bf\emph{ Alphabetical list}}, 
+    \item {\bf\emph{ List by package}}, 
+     \item {\bf\emph{ List by category}} : Each box is indexed by a list of keywords, called 'categrories', such as 'read/write',
+     'filter' 'viewer', ...
+      \item {\bf\emph{ List of adaptors}}  : A special hidden Box category, called \texttt{{Adaptors}} exists. \\ 
+       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, you may see them.  
    \end{itemize} 
    
-        A special hidden Box category, called \texttt{{Adaptors}} exists. \\ 
-       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, an aware user may query them.     
-
       
  \end{itemize}
 
@@ -431,11 +380,10 @@ All the entries of the starting page are self-explanatory :
 \subsection{Running Demo and Examples}
 % ==============================================
 
-Run \bbStudio the way you need. \\
-In the part 'Help contents' (See figure \ref{HelpContents}), select \texttt{Examples} link.
+In the part 'Help' (See figure \ref{HelpContents}), select \texttt{Examples} link.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{HelpContents}Help Contents}
+\caption{\label{HelpContents}Help}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpContents.png}
 \end{center}
@@ -443,18 +391,10 @@ In the part 'Help contents' (See figure \ref{HelpContents}), select \texttt{Exam
 
 \newpage
 
-You will be asked to select a Box category (See figure \ref{BoxCategories}); \\ 
-Select \texttt{example}.
+You will get a list of examples (See figure \ref{example}).
 
+Due to an unfixed bug in Linux, you will have to click on 'reload' to get it. \\ 
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{BoxCategories}Box Categories}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{BoxCategories.png}
-\end{center}
-\end{figure} 
-
-You will be asked to choose a script (See figure \ref{example}).
 
 \begin{figure}[!ht]
 \caption{\label{example}example list}
@@ -464,6 +404,13 @@ You will be asked to choose a script (See figure \ref{example}).
 \end{figure}
 
 
+%\begin{figure}[!ht]
+%\caption{\label{BoxCategories}Box Categories}
+%\begin{center}
+%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{BoxCategories.png}
+%\end{center}
+%\end{figure} 
+
 
 Select \texttt{wx::exampleSlider} (See figure \ref{exampleSlider});
  
@@ -476,7 +423,7 @@ Select \texttt{wx::exampleSlider} (See figure \ref{exampleSlider});
 
 You can see the graphical summary representation of the current script (the elementary boxes that compose it, and their
 connections) \\
-Click on \texttt{source}, and you'll be able to see the (very simple) script, 
+Click on \texttt{source}, it will be loaded
 in the 'Files' part, within the script editor (See figure \ref{exampleSliderSource});
 
 \begin{figure}[!ht]
@@ -505,62 +452,67 @@ Just a few words on what you saw :
 \begin{itemize}
 \item{in the File part} \\
 The source code of the script
+\begin{verbatim}
+   load std
+   load wx
+\end{verbatim}
+We load the packages std and wx
 \begin{verbatim}
    new Slider     slider
      set slider.ReactiveOnTrack 1
 \end{verbatim}
 We create a \texttt{Slider} called \emph{slider}\\
 We tell it to inform anybody that's interested in, that the cursor moved, each time it moved. \\
-The standard behaviour is to inform, only when cursor is released.
+The default behaviour is to inform, only when cursor is released.
 \begin{verbatim}
    new OutputText text
 \end{verbatim}
-We create a \texttt{OutputText} called \emph{text} 
+We create an \texttt{OutputText} called \emph{text} 
 (in which slider value will be displayed)
 
 \begin{verbatim}
-new LayoutLine layout
+   new LayoutLine layout
 \end{verbatim}
 We create a \texttt{LayoutLine} called \emph{layout},
-a \emph{container} widget, designed to embed other wigets (say, a main window)
+a widget designed to embed other wigets (say, a main window)
 \begin{verbatim}
-connect slider.Widget    layout.Widget1
-connect text.Widget      layout.Widget2
+   connect slider.Widget    layout.Widget1
+   connect text.Widget      layout.Widget2
 \end{verbatim}
 We embed \emph{slider} and \emph{text} into  \emph{layout}.
 \begin{verbatim}
-connect slider.BoxChange text.BoxExecute
-connect slider.Out       text.In
+   connect slider.BoxChange text.BoxExecute
+   connect slider.Out       text.In
 \end{verbatim}
 We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.\\
-We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out} to \emph{text}  input value (\testtt{In})
+We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out}) to \emph{text}  input value (\texttt{In})
 \begin{verbatim}
-exec layout
+   exec layout
 \end{verbatim}
 We tell \emph{layout} to process itself (it will do it only if it's warned 
-that one of its entries was modified since its (own) last processing.
+that one of its entries was modified since its (own) last processing).
 
 \item{in the Help part}
 
-You can see the graphical representation of the script, as in figure \ref{SmallGraph}.
+You can see the graphical representation of the workflow (pipeline) of the script, as in figure \ref{SmallGraph}.
 
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{SmallGraph}Graphical representation of a script}
+\caption{\label{SmallGraph}Graphical representation of a pipeline}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{SmallGraph.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
-Both graphical pipe line (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
- and processing pipe line (\emph{slider} warns \emph{text} immedialtely when it's modified, \emph{slider} passed \emph{text} its new value).\\
- Yes, we know : all the arrows (pipe line arrows and processing arrows) are blue; we are sorry about that...\\
+Both graphical interface pipeline (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
+ and processing pipeline (\emph{slider} warns \emph{text} immedialtely when it's modified, \emph{slider} passed \emph{text} its new value).\\
+ Yes, we know : all the arrows (graphical interface pipeline arrows and processing arrows) are blue; we are sorry about that...\\
  
- You could get a much more detailled graph, just clicking on the button \\ \texttt{graph (detailled)} in the toolbar of the \texttt{Command} part, like in
+ You can get a much more detailled graph, just clicking on the button \\ \texttt{graph (detailled)} in the toolbar of the \texttt{Command} part, like in
  figure  \ref{LargeGraph}.
  
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{LargeGraph}Detailled graphical representation of a script}
+\caption{\label{LargeGraph}Detailled graphical representation of a pipeline}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.75\textwidth]{LargeGraph.png}
 \end{center}
@@ -581,7 +533,7 @@ Various levels or help are suplied by \bbStudions.
 
 
 The 'working' area (the left one, as opposed to the 'help' area, on the right side) is composed of : 
-one single line zone (Command), at the bottom in which you can enter your commands and 
+one single line area (\texttt{Command}), at the bottom, in which you can enter your commands and 
 a multiple line zone in which the Command interpreter prints out the result of your commands.
 The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it
 
@@ -625,7 +577,7 @@ Available commands :
 \end{verbatim}
 
 To get help on a particular command type \texttt{help <command-name>},
-for example :
+for example:
 \begin{verbatim}
 > help author
 \end{verbatim}
@@ -637,7 +589,7 @@ gives :
 \end{verbatim}
 
 The \texttt{help} command has multiple usages. 
-It is used to get help about almost anything in the interpretor!
+It is used to get help about almost anything in the interpreter!
 Type \texttt{'help help'} to get help on the \texttt{help} command itself :
 \begin{verbatim}
 > help help
@@ -660,7 +612,212 @@ Type \texttt{'help help'} to get help on the \texttt{help} command itself :
             of a black box instance.
 \end{verbatim}
 
-At start the interpretor does not know any black box. 
+
+More information about what is a 'box' will be given in the 'Scripting' part of this manual.
+
+% ==========================================
+\subsubsection{Guides}
+% ==========================================
+
+An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbStudions.
+ \begin{itemize}      
+     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
+     application, just using already existing boxes.
+     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for programmer who wants to create his own
+     black boxes/packages.
+    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers only. (This one is probably not very much
+    %  up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
+    % \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
+    %\item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.     
+     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source file
+     headers. Should concern only the kernel developpers (i.e. : us).
+   \end{itemize}
+        
+
+   
+% ==========================================
+\subsubsection{Boxes Help}
+% ==========================================
+ Box retrieving on various criteria :
+   \begin{itemize} 
+    \item {\bf\emph{Alphabetical list}} \\ This is the 'zero-level' of retrieving.
+    \item {\bf\emph{List by package}} \\ Several packages are supplied with bbtk :
+    \begin{itemize}
+      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
+      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
+      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
+      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
+      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
+      interaction).
+      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
+      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development:
+        % \begin{itemize}
+       % \item{\texttt{GUICreateBlackBox}} For creating the XML or C++ code for a new black box 
+       % \item{\texttt{GUICreatePackage}} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
+       % \item{\texttt{MakePackageDoc}} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.        
+        % \end{itemize}                     
+    \end{itemize}
+    \item {\bf\emph{List by category}}.
+    
+    
+    A given box may belong to more than one \texttt{category}.\\
+    You have to consider categories like keywords to index black boxes.\\
+    Some of them are mutually exclusive.
+    A black box may be :
+    \begin {itemize}
+       \item{atomic box / complex box}\\
+       Whether it's written is C++ or it's an assembly of several black boxes (atomic or complex).\\
+       Any box is either atomic ou complex.
+       \item{example / demo / application}\\
+           These ones are always complex black boxes. 
+          \begin {itemize}
+             \item{example}\\
+            It's just a (simple) example, for programmers, on how to use a given feature.
+             \item{demo}\\
+            It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example on some sophisticated work, done only by using \texttt{bbtk} 
+            boxes.      
+             \item{application}\\
+            It's a Final application, end user intended (e.g. Subscale a huge volume witout loading it in memory, Crop a DICOM image, etc)      
+          \end {itemize}
+        \item{widget}\\
+        Piece of graphical interface (based on \texttt{wxWidgets})
+        \item{Dicom}\\
+        Dicom medical image related box.
+        \item{viewer}
+        \item{read/write}
+        \item{mesh}
+        \item{3D Object creator}
+        \item{math}
+        \item{misc}              
+    \end {itemize}
+  \end {itemize}
+  
+% ==========================================      
+\subsubsection{The Package Browser}
+\label{Package_Browser}
+% ==========================================
+
+You can run it using the tool bar of the 'Command' part. See figure \ref{imPackage_Browser}.
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{\label{imPackage_Browser}The Package Browser}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
+\end{center}
+\end{figure}
+
+It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
+(warning : it's case sensitive, i.e '\texttt{Button}' will give different results than '\texttt{button}' ...)
+\begin {itemize}
+\item Packages :\\
+All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
+\item Name :\\
+You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
+\item Description :\\
+You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
+the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
+\item Category :\\
+You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
+\item Input Type :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
+\item Output Type :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
+\item Input Nature :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
+\item Output Nature :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
+\texttt{signal},\texttt{file name})
+\end {itemize}
+
+
+All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
+You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
+
+\newpage 
+
+% ==============================================
+\subsection{The Menu}
+% ==============================================
+
+At last, let's have a look at \bbStudio menu.(See figure \ref{themenu})
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{\label{themenu}The bbStudio menu}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{themenu.png}
+\end{center}
+\end{figure}
+
+\begin {itemize}
+  \item{\texttt{File}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Open the bbtk configuration file}}
+        \item{\texttt{Quit}}
+     \end {itemize}       
+  \item{\texttt{Tools}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Create package}} :
+       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty package.
+        \item{\texttt{Create black box}}
+       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty black box, and add it to an already existing package.   
+        \item{\texttt{Plug Package}}
+       Incorporates a package into the list of known packages. Updates the html documentation.
+        \item{\texttt{Regenerate package doc}} :
+       if user was supplied new black boxes, and added them to an already existing package, he can update the package documentation, in order to benefit all the features of the Help mechanisms.      
+        \item{\texttt{Regenerate boxes list}} :
+       if user wants to update only boxes list (quicker)
+        \item{\texttt{Regenerate all}}
+       
+       \item{\texttt{Show last image graph}}
+       User wants to rebuild the whole documentation.     
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Options}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Reset before running}} Before running a script, all the already created boxes are destroyed, 
+       all the already loaded packages are unloaded (this is the recomended option).   
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Windows}}
+  User may decide, for any reason of his own, to hide one or more pannels:
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Show 'Files' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Help' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Command' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Messages' panel}}
+        \item{\texttt{Launch Package browser}} The package browser is a stand alone application. This can be achieved, too,
+        using the lower tool bar : button \texttt{Start Package Browser}.      
+        \item{}     
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{About}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{About}} : Info about \texttt{bbStudio}.       
+     \end {itemize}     
+\end {itemize}
+% ==========================================
+\section{bbs scripting}
+% ==========================================
+
+% ==========================================
+\subsection{Using an already existing script}
+% ==========================================
+
+Using the lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar}), open the file
+holding the script.
+
+ You'll see it, in the '\texttt{Files}' part.\\ \\
+ You may run it, using the lower toolbar. \\ 
+ %\texttt{WARNING :} if the script contains one or more \texttt{LayoutSplit}
+% object, you will have to resize the sub windows. \\ \\
+ You may modify, save or save-as the current script, using the lower toolbar.\\ \\
+ You may have a look at the graphical representation of the pipeline (sorry,
+ right now, to modify the pipeline, you have to modify the script; 
+ you cannot modify grapically the pipeline; Work in progress...)
+  
+
+% ==========================================
+\subsection{Inside black boxes}
+% ==========================================
+
+At start the interpreter does not know any black box. 
 If you type \texttt{'help packages'}, which is 
 the third form of the \texttt{help} command, you get :
 \begin{verbatim}
@@ -745,7 +902,7 @@ you get something like :
 \end{verbatim}
 
 Now the interpreter knows the package \texttt{std} and the black boxes it provides,
-such as the \texttt{'Add'} box, the \texttt{'ConcatStrings'} box, and so on. Remark that the 
+such as the \texttt{Add} box, the \texttt{ConcatStrings} box, and so on. Remark that the 
 content of \texttt{std} may vary from one version to another 
 as new black boxes might be added to it. 
 If you type :  
@@ -755,7 +912,7 @@ If you type :
 
 You'll get a text help, in the 'Message' part :
 \begin{verbatim}
-Black Box <std::Add>S
+Black Box <std::Add>
   Adds its inputs
   By : laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
   Categories : atomic box;math;
@@ -771,104 +928,53 @@ Black Box <std::Add>S
      'Out'            <Double>     []       : Result
 \end{verbatim}
 
-More information about what is a 'box' will be given in the 'Scriptting' part of this manual.
+After loading the package it belongs to, you can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
+the command \texttt{new} :
 
-% ==========================================
-\subsubsection{Guides}
-% ==========================================
+\begin{verbatim}
+> new Add a
+\end{verbatim}
 
-An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbStudions.
- \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     application, just using already existing boxes.
-     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for programmer who wants to create his own
-     black boxes/packages.
-     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers only. (This one is probabely not very much
-     up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
-     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
-     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.     
-     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source file
-     headers. Should concern only the kernel developpers (i.e. : us).
-   \end{itemize}
-        
+The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
+which will be used to reference it later. 
+It is important to distinguish a box \emph{type} 
+and an \emph{instance} of a box type. 
+The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
+a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
+in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
+an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
+a \texttt{C} code declares a variable of type \texttt{int} whose 
+name is \texttt{i}. 
+Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
+same type in \bbi. \\
 
-   \end{itemize} 
-   
-% ==========================================
-\subsubsection{Boxes Help}
-% ==========================================
- Box retrieving on various criterions :
-   \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{Alphabetical list}} \\ This is the 'zero-level' of retrieving.
-    \item {\bf\emph{List by package}} \\ Several packages are supplied with bbtk :
-    \begin{itemize}
-      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
-      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
-      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
-      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
-      interaction).
-      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development, such as :
-         \begin{itemize}
-        \item{GUICreateBlackBox} For creating the XML or C++ code for a new black box 
-        \item{GUICreatePackage} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
-        \item{MakePackageDoc} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.  
-         \end{itemize}              
-    \end{itemize}
-    \item {\bf\emph{List by category}}.
-    
-    
-    A given box may belong to more than one \texttt{category}.\\
-    You have to consider categories like keywords to index black boxes.\\
-    Some of them are mutually exclusive.
-    A black box may be :
-    \begin {itemize}
-       \item{atomic box / complex box}\\
-       Whether it's written is C++ or it's an assembly of several black boxes (atomic or complex).\\
-       Any box is either atomic ou complex.
-       \item{example / demo / application}\\
-           Theese ones are always complex black boxes. 
-          \begin {itemize}
-             \item{example}\\
-            It's just a (simple) example on how to use a given feature.
-             \item{demo}\\
-            It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example on some sophisticated work.       
-             \item{application}\\
-            It's a Final application, end user intended (e.g. Subscale a huge volume, Crop a DICOM image, etc)  
-          \end {itemize}
-        \item{widget}\\
-        Piece of graphical interface (based on \texttt{wxWidgets})
-        \item{Dicom}\\
-        Dicom medical image related box.
-        \item{viewer}\\
-        \item{read/write}
-        \item{mesh}
-        \item{3D Object creator}
-        \item{math}
-        \item{misc}              
-    \end {itemize}
-  \end {itemize}
-% ==============================================
-\subsection{The Menu}
-% ==============================================
-TODO
-
-
-% ==========================================
-\section{bbs scripting}
-% ==========================================
+After the creation of the box \texttt{a}, type :
+\begin{verbatim}
+> help workspace
+\end{verbatim}
 
-% ==========================================
-\subsection{Using an already existing}
-% ==========================================
+you get :
+\begin{verbatim}
+Complex Black Box <user::workspace>
+ User's workspace
+ By : bbtk
+ Category(s) : complex box;
+ * No inputs
+ * No outputs
+ * Boxes : 
+    'a' <std::Add>
+\end{verbatim}
 
-% ==========================================
-\subsection{Creating and executing black boxes}
-% ==========================================
+which means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
+of type \texttt{std::Add}.
 
-You'll get as well the same information in the 'Help' Part, in html format (see figure : \ref{HelpAdd}) :
 
+Type 
+\begin{verbatim}
+Help Add
+\end{verbatim}
+ and have a look to the 'Help' Part (see figure : \ref{HelpAdd})
+  
 \begin{figure}[!ht]
 \caption{\label{HelpAdd}The html Help}
 \begin{center}
@@ -876,64 +982,21 @@ You'll get as well the same information in the 'Help' Part, in html format (see
 \end{center}
 \end{figure}
 
-Like previously, 
-the \texttt{std::} prepended to the name \texttt{Add} 
-means that the box \texttt{Add} 
-belongs to the \texttt{std} package. 
-Then comes a description 
+
+You can see a description 
 (the one which was provided by the author of the box), 
 the author(s) of the box (usually e-mail adress(es)) and 
 the categories to which the box belongs. 
 Finally comes the lists of inputs and outputs of the box.
 For each input or output, \bbi provides 
-its \emph{name} (between quotes, e.g. \texttt{'ProcessMode'})
+its \emph{name} , 
 its \emph{type} (between \texttt{<} and  \texttt{>}, e.g. \texttt{<Int>})
 and a description.    
 Remark that the box \texttt{Add} is not a 'complex' black box 
 but an 'atomic' box, hence its help does not 
-mention any information concerning possible internal boxes.
+include a pipeline graph. 
 
-You can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
-the command \texttt{new} :
-\begin{verbatim}
-> new Add a
-\end{verbatim}
-
-The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
-which will be used to reference it later. 
-It is important to distinguish a box \emph{type} 
-and an \emph{instance} of a box type. 
-The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
-a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
-in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
-an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
-a \texttt{C} code, it declares a variable of type \texttt{int} whose 
-name is \texttt{i}. 
-Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
-same type in \bbi. 
-
-After the creation of the box \texttt{a}, type :
-\begin{verbatim}
-> help workspace
-\end{verbatim}
-
-you get :
-\begin{verbatim}
-Complex Black Box <user::workspace>
- User's workspace
- By : bbtk
- Category(s) : complex box;
- * No inputs
- * No outputs
- * Boxes : 
-    'a' <std::Add>
-\end{verbatim}
-
-which means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
-of type \texttt{std::Add}.
-
-Now look back at the help on \texttt{Add} boxes : 
-you can see that this type of box has two inputs, 
+You can see that  \texttt{Add} boxes have two inputs, 
 with name \texttt{In1} and \texttt{In2},
 and an output, with name \texttt{Out}.
 
@@ -978,7 +1041,7 @@ Box processing is needed if :
 \texttt{'Always'}, which forces box reprocessing. 
 \end{itemize}
 
-Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.\\ 
+Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.
 
 Another way to process the box \texttt{a} is to issue the command :
 \begin{verbatim}
@@ -990,7 +1053,7 @@ box itself displays something in its processing).
 It just processes the box if needed. 
 This command is used to execute boxes that do not have any output,  
 such as boxes that write something to a file or, display a 
-graphical interface, and so on. \\
+graphical interface, and so on. \newline
 
 %To exit \bbi, type :
 %\begin{verbatim}
@@ -998,6 +1061,8 @@ graphical interface, and so on. \\
 %Good bye !
 %\end{verbatim}
 
+
+
 % ==========================================
 \hrule
 
@@ -1089,13 +1154,13 @@ You will see the (very expected) result :
 
 The first three commands build the pipeline, 
 the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes inputs and the last one 
-prints \texttt{b} black boxe output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
-whose output is requested, is not up to date.
+prints \texttt{b} black box output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
+whose output is requested, is not up to date).
  
 The command \texttt{'connect a.Out b.In1'} ``plugs'' the output 
 \texttt{Out} of the box \texttt{a} into the input \texttt{In1} of the 
 box \texttt{b}. 
-Once the boxes connected, the processing of the two boxes are chained :
+Once the boxes are connected, the processing of the two boxes are chained :
 getting the output of \texttt{b} requires getting its inputs, 
 hence getting the output of \texttt{a} which is connected to it. 
 This pipeline mechanism can recurse into arbitrary long 
@@ -1126,15 +1191,16 @@ Lets' consider an other, more image oriented, example :
 
 Some explainations : the \texttt{include} instructions load the necessary packages. \\
 
-\texttt{new FileSelector} will pop a File Selector, at run time, that will out the user chosen file name. \\
-\texttt{new Slider} will pop a Slider, at run time, that will out an integer, used later as a slice number.\\ 
-\texttt{new ImageReader} will read any itk readable file, whose name is passed as a std::string, and return a itk::ImagePointer.\\
-\texttt{new Viewer2D} display a plane, whose number id specified by an integer.\\
+\texttt{FileSelector} will pop a File Selector, at run time, that will out the user chosen file name. \\
+\texttt{Slider} will pop a Slider, at run time, that will out an integer, used later as a slice number.\\ 
+\texttt{ImageReader} will read any itk readable file, whose name is passed as a std::string, and return a pointer on an itk image.\\
+\texttt{Viewer2D} displays a plane, whose number is specified by an integer.\\
 \\
 \texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a std::string) to the input of the reader (a std::string, too).\\
-\texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader (an itk::ImagePointer) to the input of the Viewer (a vtkImageData *)\\
+\texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader (an bbtk::any<bbitk::ImagePointer> which is a type defined by the
+itk package which can hold any itk image pointer) to the input of the Viewer (a vtkImageData *)\\
 \texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an int) to an other output (named Slide) of the viewer.\\
-\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer it must re process itself any time the slider is modified.\\
+\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer that it must re process itself any time the slider is modified.\\
 \\
 \texttt{exec viewer} processes the viewer.
 
@@ -1158,7 +1224,7 @@ An adaptor is a black box which has at least one input, called \texttt{In},
 and at least one ouput called \texttt{Out} and whose role is to convert 
 a data of the type of \texttt{In} 
 into a data of the type of \texttt{Out} (other inputs or outputs may serve 
-to parameter the adaptor or retreive other usefull information).
+to parameter the adaptor or retreive other useful information).
 
 Under \bbStudions, if you type :
 \begin{verbatim}
@@ -1203,7 +1269,9 @@ adaptor converts the output data into the required input type,
 in a totally transparent way.
 In our example, the \texttt{CastUCharToDouble} adaptor 
 would simply cast the value of the \texttt{char} into a \texttt{double}, 
-however arbitrarily complex type conversion may be done.
+however arbitrarily complex type conversion may be done.\\
+\texttt{WARNING} : these adaptors are \texttt{C++ static cast}, i.e., there is, right now,
+ no 'intelligent' conversion (only truncation) e.g. think to \texttt{CastDoubleToUChar}!
 
 %\begin{verbatim}
 %Question (for info-dev): 
@@ -1248,7 +1316,7 @@ including adaptors
 
 Remember the pipeline of figure 
 \ref{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}, which 
-computed the sum of three doubles?
+computed the sum of three doubles.
 You can consider it as a whole and define 
 a new black box type, which will be a \emph{complex black box}, 
 having three inputs and one output, 
@@ -1367,8 +1435,9 @@ and you can use it like any other box, for example type :
 As a side note, we can say that, for consistency reasons, it would have been better to name  
 \texttt{In1}, \texttt{In2} and \texttt{In3} the inputs of the black box \texttt{Add3}, 
 since all the 'natural entry' of a box is named \texttt{In}, or \texttt{In}\emph{x} if there are more than one  'natural
-entry'.
-
+entry'
+.
+\newline
 % ==========================================
 \hrule
 \paragraph{Summary}
@@ -1393,7 +1462,7 @@ of internal boxes they correspond.
 Once you have defined a new type of complex box, you 
 may like to reuse it. To do this, you can simply 
 write the \bbi commands defining the new box 
-into a text file and afterwards include that file in \bbi. 
+into a text file and afterwards include that file in \bbins
 Doing this, you start writing \bbi scripts.
 The conventionnal (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
 (black box script).
@@ -1481,6 +1550,15 @@ endefine
 \end{file}
 
 
+The inner boxes have they own entries (In1, In2, In3 for box a, In1, In2 for box b )\\
+Only the inputs In1, In2, In3 of box a and the input In2 of box b is of interest for the end user, but he dosn't want to have to
+care neither about the inner boxes name, nor about the names of their Inputs.\\
+The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningfull name !
+\begin{verbatim}
+  input In3 a.In3 "third double to add"
+  input In4 b.In2 "fourth double to add"
+\end{verbatim}
+
 
 \subsubsection{Naming Conventions}
 \label{bbi-Naming Conventions}
@@ -1503,8 +1581,8 @@ For example, the \texttt{Add3} complex box we previously worked on
 can be defined in the \texttt{bbAdd3.bbs} file.
 \item
 Search Paths :
-For consistency reasons, the names of dynamic libraries holding the packages must start by \texttt{libbb}.
-For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{libbbwx.dll} (Windows) or \texttt{libbbwx.so}
+For consistency reasons, the names of dynamic libraries holding the packages start by \texttt{bb}.
+For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{bbwx.dll} (Windows) or \texttt{libbbwx.so}
 (Linux).
 
 
@@ -1517,7 +1595,7 @@ For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{libbbwx.dll
 \begin{itemize}
 \item The \texttt{include} command tells the interpreter to include a script file.
 \item Lines starting with a \texttt{\#} or with a \texttt{\//\//} are considered as comments by the interpreter.
-\item Lines between a line starting with a \texttt{\//*} an a line starting with a \texttt{*\//} are considered as comments by the interpreter.
+\item Lines between a line starting with a \texttt{\//*} an a line ending with a \texttt{*\//} are considered as comments by the interpreter.
 \end{itemize}
 
 \hrule
@@ -1662,15 +1740,11 @@ between double quotes, e.g. \texttt{"parameter with white spaces = gnu's not uni
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Overwiew}
+\subsubsection{Overview}
 \label{bbi-overview}
 % ==========================================
-
-\bbStudio is always compiled in graphical mode 
-(option \texttt{BUILD\_bbi\_GRAPHICAL} of \cmakens, requires \wxns),
-then you can use special black boxes which are 
-graphical interface components (widgets). 
-Basic components are provided in the package \texttt{wx}, 
+. 
+Basic graphical interface components are provided in the package \texttt{wx}, 
 such as buttons, sliders, file open/save dialogs, etc.
 
 As first example, type the following commands in \bbi :
@@ -1705,13 +1779,14 @@ Type \texttt{help wx}, you get something like :
 \end{verbatim}
 
 You can reproduce the same experiment as above using a 
-\texttt{Slider} or a \texttt{FileDialog} rather than a \texttt{InputText}.
-See the files \texttt{test*.bbs} in the \texttt{scripts/test} directory.
+\texttt{Slider} or a \texttt{FileDialog} rather than a \texttt{InputText}..
 
-There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
-The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
-are ``terminal'' widgets. 
-``container'' widgets are of another kind : they are designed to 
+
+%There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
+%The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
+%are ``terminal'' widgets. 
+%``container'' widgets are of another kind : they are 
+There is a special kind of widget, called '\texttt{Layout}', designed to  
 contain other widgets in order to build larger dialog boxes. 
 For example, the \texttt{LayoutSplit} widget is a container which 
 ``splits'' horizontally a window into two parts, 
@@ -1719,11 +1794,10 @@ each part including another widget.
 The size of the two parts can be adjusted by the user thanks 
 to a ``handle''.
 
-The script \texttt{scripts/test/testSplit.bbs} demonstrate its use. 
+The example \texttt{exampleLayoutSplit} demonstrates its use. 
 Run it : it displays a window with two sliders. 
 Move the sliders and close the window. 
-The final positions of the sliders are printed out. 
-Now edit the file to see how this is done :
+Now look at the source file to see how this is done :
 
 \begin{file}{scripts/test/testSplit.bbs}
 \begin{verbatim}
@@ -1737,46 +1811,45 @@ new LayoutSplit s
 connect  s1.Widget s.Widget1
 connect  s2.Widget s.Widget2
 
-print s1=$s1.Out$\\n
-print s2=$s2.Out$\\n
+exec s
 \end{verbatim}
 \end{file}
 
 First, the two sliders \texttt{s1} and \texttt{s2} are created.
 A \texttt{LayoutSplit} box \texttt{s} is also created. 
 The \texttt{connect} commands then ``includes'' the sliders in the 
-split ``container''
+split widget
 The input \texttt{Widget} is common to all widget boxes : 
 every widget can be inserted into another widget. 
-The outputs \texttt{Widget1},\texttt{Widget2}  are specific of \emph{container
+The outputs \texttt{Widget1},\texttt{Widget2}  are specific of \emph{layout
 widgets 
 (in \bbi type \texttt{help Slider} : 
 you will see the output \texttt{Widget}; 
 type \texttt{help LayoutSplit} : 
 you will see the inputs \texttt{Widget1} and \texttt{Widget2} 
 and the output \texttt{Widget}). 
-When you connect the \texttt{Widget} output of a container 
-to the \texttt{Widget}i input of a widget, 
-you order to include the widget in the container.
+When you connect the \texttt{Widget} output of a box  
+to the \texttt{Widget}i input of a layout widget, 
+you order to include the widget in the layout.
 Of course, the order of connection is important. 
 In our case, the slider \texttt{s1} is included first, 
 then the slider \texttt{s2} : \texttt{s1} will be placed 
 on top of \texttt{s2} (the \texttt{LayoutSplit} box is 
 implemented that way, but this is arbitrary choice).
 
-Right now, there are only \emph{three} container widgets in the \texttt{wx} package : 
+Right now, there are only \emph{three} layout widgets in the \texttt{wx} package : 
 \begin{itemize} 
 \item {the \texttt{LayoutSplit} widget} we just described, the \texttt{LayoutLine} , and the \texttt{LayoutTab}
 widget. 
 
-\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children and 
+\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children (Widgeti inputs) and 
 divides its window into as much parts as children, 
 each part of equal size. 
 The orientation of the \texttt{LayoutSplit} or of the \texttt{LayoutLine}  can be changed by the input \texttt{Orientation}.
-See the example \texttt{test/testSizer.bbs}.
-With only those two containers you can already create 
-complex dialog boxes (of course containers can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). 
-See the script \texttt{bbtk/share/bbtk/bbs/wx/appli/ExampleLayoutSplit.bbs} for an example.
+%See the example \texttt{example}.
+With only those two layout widgets you can already create 
+complex dialog boxes (of course layouts can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). \\
+See the script \texttt{exampleComplexLayoutSplit\_In\_LayoutSplit} for an example.
 
 \item {The \texttt{LayoutTab}  widget} is based on the \texttt{wxNotebook.}\\
 The label of each 'note book' is the name of the object it contains.
@@ -1794,18 +1867,20 @@ The label of each 'note book' is the name of the object it contains.
 \label{bbi-deep-box}
 % ==========================================
 
-Any widget box has two mandatory Inputs :
+Any box has three mandatory Inputs :
 \begin{itemize}
   \item {\bf\emph{BoxExecute}}     : Any signal received by this input executes the box
+  \item {\bf\emph{Boxchange}}  : Signals any modification of the box. This output may be connected if necessary to the \emph{BoxExecute} 
+  input of an other box, further within the execution pipeline.
   \item {\bf\emph{BoxProcessMode}} : Sets the processing mode of the box :
   \begin{itemize}
-    \item {\bf\emph{Pipeline}} : bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
-                                 The box executes itself only when an entry was changed (normal pipeline processing).
-    \item {\bf\emph{Reactive}} : bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
-                                 Warning : Re-processed immediately when \emph{any entry} changed.\\
+    \item {\bf\emph{Pipeline}} :% bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
+                                 The box executes itself only when an input was changed (normal pipeline processing).
+    \item {\bf\emph{Reactive}} : %bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
+                                 Re-processes immediately when \emph{any input} changes.\\
                                 To be more selective, better use \texttt{connect A.BoxChange \emph{currentBox}.BoxExecute}.    
-    \item {\bf\emph{Always}}   : bbUpdate() always calls Process. \\
-                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no entry changed (e.g. : FileSelector, ColorSelector)\\
+    \item {\bf\emph{Always}}   :% bbUpdate() always calls Process. \\
+                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no input changed (e.g. : FileSelector, ColorSelector)\\
                                 This one is not end user intended (for Package developer only)
   \end{itemize}   
 \end{itemize}
@@ -1821,7 +1896,7 @@ Any widget box has five Inputs, that will be dealt with only if the box is not c
 \end{itemize}
 
 
-Any \emph{Layout box} (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has at one or more mandatory Inputs :
+Any \emph{Layout box} (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has one or more mandatory Inputs :
 \begin{itemize}
   \item {\bf\emph{Widget}}\texttt{i} : e.g. a \emph{LayoutSplit} box (Widget which splits a window in two resizeable parts) 
        has two Input parameters \emph{Widget1} and \emph{Widget2}, used to embed the child windows.\\
@@ -1829,13 +1904,13 @@ Any \emph{Layout box} (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{Layou
 \end{itemize} 
 
 
-Any widget box has two mandatory Outputs  :
+Any widget box has one mandatory Output  :
 
 \begin{itemize}
   \item {\bf\emph{Widget}} : that is the \texttt{wxWindow} itself. If it's not connected to the \texttt{Widget}\emph{i} of any \emph{Layout box}, it
-     will popup. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of any \texttt{Layout box}, it will be embedded in its parent window.
-  \item {\bf\emph{Boxchange}}  : Signals any modification of the box. This output may be connect if necessary to the \emph{BoxExecute} entry of an other box,
-   further within the execution pipeline.
+     will popup. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of any \texttt{Layout box}, 
+     it will be embedded in its parent window.
+
 \end{itemize}    
 
 
@@ -1846,21 +1921,21 @@ Any widget box has two mandatory Outputs  :
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Black box packages}
-\label{bbi-more-on-packages}
+%\subsubsection{Black box packages}
+%\label{bbi-more-on-packages}
 % ==========================================
-There are various others user-intended packages :
+%There are various others user-intended packages :
 
-\begin{verbatim}
----> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
----> Any suggestion welcome!
-\end{verbatim}
+%\begin{verbatim}
+%---> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
+%---> Any suggestion welcome!
+%\end{verbatim}
 
-\begin{itemize}
-\item{vtk} \\
-\item{itk} \\
-\item{...} \\
-\end{itemize}
+%\begin{itemize}
+%\item{vtk} \\
+%\item{itk} \\
+%\item{...} \\
+%\end{itemize}
 % ==========================================
 \subsubsection{Pipeline processing}
 \label{bbi-more-on-pipeline-processing}
@@ -1871,50 +1946,16 @@ There are various others user-intended packages :
 When a box is requested to update itself, it asks (recursively) each one of its inputs if it was modified.\\
 In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs was actually modified, as the output of a previous box.
 
-(switch exec commands, e.g. Button)
+%(switch exec commands, e.g. Button)
 \item the role of ProcessMode to update widgets.
 \end{itemize}
-% ==========================================
-\subsubsection{Complex black boxes}
-\label{bbi-more-on-complex-black-boxes}
-Creation of complex widgets (containers, contained...)
-
-You can include script files in other script files, 
-like in the following example :
-
-
-\begin{verbatim}
-# Defines the Add4 black box which adds 4 doubles 
-include Add3
-define Add4
-  author "myself"
-  description "adds 4 doubles"
-  new Add3 a
-  new Add b
-  connect a.Out b.In1
-  input In1 a.In1 "first double to add"
-  input In2 a.In2 "second double to add"
-  input In3 a.In3 "third double to add"
-  input In4 b.In2 "fourth double to add"
-  output Out b.Out "output"
-endefine
-\end{verbatim}
-
-The inner boxes have they own entries (In1, In2, In3 for box a, In1, In2 for box b )\\
-Only the inputs In1, In2, In3 of box a and the input In2 of box b is of interest for the end user, but he dosn't want to have to
-care neither about the inner boxes name, nor about the names of their Inputs.\\
-The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningfull name !
-\begin{verbatim}
-  input In3 a.In3 "third double to add"
-  input In4 b.In2 "fourth double to add"
-\end{verbatim}
 
 %\subsubsection{Advanced issues}
 %\paragraph{Reducing the number of inputs of a box}
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Errors}
-\label{bbi-more-on-errors}
+%\subsubsection{Errors}
+%\label{bbi-more-on-errors}
 
 % ==========================================
 \subsubsection{Creating and using your own uninstalled version of bbStudio}
@@ -1944,27 +1985,26 @@ cd buildBBTK
 ccmake ../bbtk
 \end{verbatim}
 
-Don't forget to switch ON the flag \textttBBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE \\
+Don't forget to switch ON the flag \texttt{BBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE} \\
 (see figure : \ref{bb-ccmake})
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-ccmake}\Running ccmake}
+\caption{\label{bb-ccmake}Running ccmake}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.6\textwidth]{ccmake.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
-\item As usual, type \texttt{c} untill there is no longer any area quoted with a * (or enlighted in red)\\
+\item As usual, type \texttt{c} until there is no longer any area quoted with a * (or highlighted in red)\\
 Ask for generation (type \texttt{g} -once is always enough-)
 
 \item Ask for compilation and link.
 \begin{verbatim}
 make
 \end{verbatim}
-For some strange reasons (?!?), you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
-Take it easy, \texttt{make} again!\\
 
-The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \testtt{bin}
+
+The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \texttt{bin}
 directory of the built tree.
 
 \item choose to install or not your own version.
@@ -1974,8 +2014,81 @@ make install
 Linux users : Don't forget to \texttt{sudo} before.
 \end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{\bbtk configuration file and search pathes}
-\label{bbi-more-on-configuration}
+
+
+\newpage
+
+
+
+% ==========================================
+%\vspace{0.5cm}\hrule \\
+
+\section{Using third party Package}
+\label{Third_Party_Package}
+% ==========================================
+% ==========================================
+\subsection{Plugging in a Package}
+\label{Plugging_in_a_Package}
+% ==========================================
+
+\bbStudio makes it easy for you : in the menu \texttt{Tools} just click on the 
+option \texttt{Plug Package}. You will be asked to  to '\texttt{Select
+package directory}'. Browse untill you find the the install tree, or the the build tree,
+depending whether you installed the package or not.\\
+
+\bbStudio will update the Configuration file, generate the 'Package
+documentaion', and update the 'Box List'.\\
+You will be able to use the new package just as you did for any other \bbtk
+canonical Package.
+
+% ==========================================
+\subsection{Hard incorporating of a Package}
+\label{Hard_incorporating_of_a_Package}
+% ==========================================
+
+If the Package you want to use is supplied in a non standard way (e.g. : you
+where given one ore more dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}), and
+one or more directories containing \bbtk scripts (\texttt{.bbs}), you will have
+to proceed to some (simple) manual operations.\\
+\texttt{Nota bene} : This way is hightly discouraged !
+
+% ==========================================
+\subsubsection{More on the configuration file}
+\label{The_configuration_file}
+% ==========================================
+
+First, have a glance at the Configuration,  just clicking on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
+
+You'll get something like :
+
+\begin{verbatim}
+=============
+ Configuration
+ =============
+ bbtk_config.xml    : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/bbtk_config.xml]
+ Documentation Path : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/doc]
+ Data Path          : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/data]
+ Temp Directory     : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN]
+ File Separator     : [/]
+ BBS Paths   
+ --- [.]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/bbs]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs]
+ PACKAGE Paths : 
+ --- [.]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../lib]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug]
+ --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release] 
+\end{verbatim}
+
+(depending on who you are, and whether \texttt{bbStudio} is installed or not.)\\
+
+Note the two main parts : \texttt{BBS Paths} and \texttt{PACKAGE Paths}
+\subsubsection{How bbStudio uses the Configuration file}
+\label{How_bbStudio_uses_the_Configuration_file}
+
 
 At start, \bbi tries to open an \texttt{xml} 
 configuration file named \texttt{bbtk\_config.xml}. 
@@ -1992,50 +2105,220 @@ the user's profile directory stored by the environnement
 variable \texttt{USERPROFILE}, 
 typically \texttt{C:\\...}.
 \end{itemize}
-\item If none of these two pathes contains the file then it creates 
+\item If none of these two paths contains the file then it creates 
 a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
 \end{enumerate}
 
-Once created, you can edit the \texttt{bbtk\_config.xml} file located 
-in your \texttt{.bbtk} directory. It contains :
 
-\begin{file}{bbtk\_config.xml}
+To use a third party Package, you will have to update it.\\
+
+\subsubsection{Modifying the Configuration file}
+\label{Modifying_the_Configuration_file}
+
+Just use the \texttt{Open bbtk Config file} option of the \texttt{Files} of the \bbStudio menu.
+
+You will get something like :
 \begin{verbatim}
-<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
 <config>
-   <description>  </description>
-   <bbs_path>     </bbs_path>
-   <package_path> 
-      /usr/local/lib
-   </package_path>
-   <data_path> </data_path>
-   <default_temp_dir>$</default_temp_dir>
+  <description> Sets the search directories in the build tree </description>
+  <url> </url>
+  <bbs_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs </bbs_path>
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin </package_path> 
+# For windows
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug </package_path> 
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release </package_path> 
+#
+  <data_path> </data_path>
+# 
+  <default_temp_dir>  /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN </default_temp_dir>   
 </config>
 \end{verbatim}
-\end{file}
 
-You can add pathes to 
+To use a new Package :
 \begin{itemize}
-\item A custom folder in which to search for \texttt{.bbs} scripts (\texttt{include} command of \bbi) by adding an \texttt{xml} tag : 
-\texttt{<bbs\_path>complete\_path\_to\_folder<\/bbs\_path>}.
-\item A custom folder in which to search for packages (\texttt{load} command of \bbi) by adding an \texttt{xml} tag : 
-\texttt{<package\_path>complete\_path\_to\_folder<\/package\_path>}.
+\item {}
+After the already existing \texttt{xml} tags 
+\texttt{bbs\_path}
+ (i.e. the lines begining by 
+ \texttt{<bbs\_path>} 
+ %bbs_path
+and ending by 
+\texttt{</bbs\_path>}), 
+you can add paths to :
+\begin{itemize}
+\item A custom folder in which to search for \texttt{.bbs} scripts (\texttt{include} command of \bbins) by adding
+ an \texttt{xml} tag:\\ 
+ \texttt{<bbs\_path>} 
+\emph{complete\_path\_to\_scripts\_folder}
+\texttt{<\/bbs\_path>}.
 \end{itemize}
 
+\item {}
+After the already existing tags 
+\texttt{package\_path}
+ (i.e. the lines begining by 
+ \texttt{package\_path} 
+ %bbs_path
+and ending by 
+\texttt{/package\_path}), 
+you can add paths to :
+\begin{itemize}
+\item A custom folder in which to search for packages (the dynamic libraries
+ (\texttt{.dll} or \texttt{.so}, called with the \texttt{load} command of \bbins) by adding an \texttt{xml} tag :\\ 
+\texttt{<package\_path>} 
+\emph{complete\_path\_to\_dynamic\_library\_folder}
+\texttt{<\/package\_path>}.
+\end{itemize}
+\end{itemize}
+
+
+%\end{itemize}
+% ==========================================
+\subsection{Updating the documentation}
+\label{Updating_the_documentation}
+% ==========================================
+You may add your own boxes (simple boxes, if you are aware enough in \CPP
+language), or complex boxes if you are aware enough in bbtk scripting).
+
+To be able to use the Help tools as well as the features provided by this package,
+ you must use the
+option \texttt{Regenerate package doc}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
+You'll be prompted for the Package name. Avoid using the \texttt{-a} option (Regenerate all), since it's time consumming.
+
+To benefit the features of Box indexing you must use the
+option \texttt{Regenerate Boxes Lists}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
+
+
+% ==========================================
+\subsection{Using the package}
+\label{Using_the_package}
+% ==========================================
+
+The only thing you have to do is to \texttt{load} the package, within the script, or from the
+\texttt{Command} part, and enjoy the black boxes it contains.
+
+% ==========================================
+\subsection{Packages you'll probably want to use }
+\label{Packages_you_ll_want_to_use}
+% ==========================================
+\begin {itemize}
+\item{\texttt{creaLib}} \\
+a.k.a \texttt{crea}. It's a set of 'low level' utilities, needed by other
+packages (an, sure,  useful as well for people that doesn't use bbtkns.
+
+\item{\texttt{creaContours}} \\
+Provides sophisticated widgets for managing 3D R.O.I. (Regions of interest)
+\item{\texttt{creaImageIO}} \\
+Allows browsing, selectionning, ordering directories containing images of almost any type
+(including DICOM)
+\end {itemize}
 
 \newpage
+% ==========================================
+%\vspace{0.5cm}\hrule \\
+\section{Using black boxes in \CPP programs}
+\label{cpp}
+% ==========================================
+
+A very useful feature is that you may use any black box within a \CPP program without worrying about \texttt{wxWigets} main window.\\
+
+Let's look a the following bbs script :
+
+\begin{verbatim}
+# Load the packages
+load std
+load wx
+
+# Create the Objects
+new Slider     slider
+new OutputText text
+new LayoutLine layout
+
+# Graphical pipeline
+connect slider.Widget    layout.Widget1
+connect text.Widget      layout.Widget2
+
+# Execution pipeline
+connect slider.BoxChange text.BoxExecute
+connect slider.Out       text.In
+
+# Go!
+exec layout
+\end{verbatim}
+
+User wants to create a slider and an output text, within a LayoutLine, and display the slider value in the output text.\\ 
+Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.\\
+
+Using the standalone application \texttt{bbc} you just 'convert' the script.
+
+\begin{verbatim}
+#include <bbwxSlider.h>
+#include <bbwxOutputText.h>
+#include <bbtkFactory.h>
+#include <bbwxLayoutLine.h>
+
+int main(int argv, char* argc[])
+{
+      // we need to intanciate a bbtk::Factory to be aware of the adaptors
+      bbtk::Factory::Pointer factory = bbtk::Factory::New();
+      
+      // Load the packages
+      // ----------------  
+      factory->LoadPackage("std");
+      factory->LoadPackage("wx");
+      
+      // Create the Objects
+      // ------------------      
+      bbwx::Slider::Pointer     slider   = bbwx::Slider::New("slider");
+      bbwx::OutputText::Pointer text     = bbwx::OutputText::New("text");
+      bbwx::LayoutLine::Pointer layout   = bbwx::LayoutLine::New("layout");
+      
+      // Graphical pipeline
+      bbtk::Connection::Pointer c1       = bbtk::Connection::New(slider,"Widget",
+                                                          layout,"Widget1");
+                                                          
+      bbtk::Connection::Pointer c2       = bbtk::Connection::New(text,"Widget",
+                                                          layout,"Widget2");
+                                                                                                                                                                          
+      // Execution pipeline
+      // ------------------
+      
+      // We have to pass the 'factory', in order to call automatically an adaptor,
+      // if necessary.
+      bbtk::Connection::Pointer s2t      = bbtk::Connection::New(slider,"Out",
+                                                           text,"In",
+                                                           factory);      
+       bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
+                                                            text,"BoxExecute");      
+      layout->bbSetInputWinDialog(true);
+      
+      // Go!
+      // ---     
+      layout->bbExecute();
+
+    }
+  catch (bbtk::Exception e)
+    {
+      bbtk::MessageManager::SetMessageLevel("Error",1);
+      e.Print();
+    }
+}
+\end{verbatim}
+
+%\bibliography{all}
 
 % ==========================================
-\subsection{Language reference}
+\section{Language reference}
 \label{bbi-reference}
 % ==========================================
 
 
 % ==========================================
-\subsubsection{pipeline creation and execution related commands}
+\subsection{Pipeline creation and execution related commands}
 \label{bbi-reference-creation-execution}
 % ==========================================
-
+ See table \ref{bbi-reference-box}
 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
@@ -2089,13 +2372,13 @@ are also processed recursively (pipeline processing).\\ \hline
 \newpage
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Interpreter related commands}
+\subsection{Interpreter related commands}
 \label{bbi-reference-interpreter}
 % ==========================================
-
+See table \ref{tabbbi-reference-interpreter_1} and \ref{tabbbi-reference-interpreter_2}
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-interpreter}\bbi intepreter related commands.}
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbi intepreter related commands (part 1).}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
@@ -2146,7 +2429,19 @@ Loads the package \texttt{package-name} and includes all the complex black boxes
 
 \texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
 Specifies the \texttt{kind} of the complex black boxes you are describing \\ \hline 
+\end{tabular}
+\end{table}
 
+%
+% This arbitrary part1/part2 is to avoid to have all the tables at the end of the docoment ...
+%
+
+\begin{table}[!ht]
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_2}\bbi intepreter related commands (part 2).}
+\small
+\begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
+\hline
+Command & Parameters & Effect \\ \hline
 \texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
 Unloads the package \texttt{package-name}. 
 The package must have been previously loaded. 
@@ -2155,7 +2450,7 @@ No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline
 \texttt{message} & \texttt{<category>} \texttt{<level>} & 
 Sets the level of verbosity of \bbi for the category of messages 
 \texttt{category} to \texttt{level}.\\ \hline 
-%See \ref{verbosity}. 
+%See \ref{verbosity}.
 
 \texttt{config} & - & Displays the Configuration parameters\\ \hline 
 
@@ -2168,13 +2463,14 @@ that \bbi gets back to its initial state \\ \hline
 \end{table}
 % ==========================================
 
-
+\newpage
 
 % ==========================================
-\subsubsection{complex black box definition related commands}
+\subsection{Complex black box definition related commands}
 \label{bbi-reference-black-box-definition}
 % ==========================================
 
+See table \ref{bbi-reference-complex-box} 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
 \caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbi complex black box definition related commands.}
@@ -2222,193 +2518,20 @@ The box \texttt{box} must already have been created in the complex box and of co
 
 \newpage
 
-% ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{The Package Browser}
-\label{Package_Browser}
-% ==========================================
-
-
-You can run it using the tool bar of the 'Command' part.
+\section{Install and run time issues}
 
-See figure \ref{Package_Browser}.
-
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{Package_Browser}The Package Browser}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
-\end{center}
-\end{figure}
-
-It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
-(warning : it's case sensitive, i.e \texttt{Button} will give different results thn \texttt{button} ...)
 \begin {itemize}
-\item Pakages :\\
-All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
-\item Name :\\
-You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
-\item Description :\\
-You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
-the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
-\item Category :\\
-You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
-\item Input Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Output Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Input Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
-\item Output Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
-\texttt{signal},\texttt{file name})
-\end {itemize}
-
-
-All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
-You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
-
-
-% ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{Using third party Package}
-\label{Third_Party_Package}
-% ==========================================
-
-You will have to update the \emph{bbtk\_config.xml} file.\\
-To know where it is stored, just click on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
-
-You'll get something like :
-
-\begin{verbatim}
-=============
- Configuration
- =============
- bbtk_config.xml    : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/bbtk_config.xml]
- Documentation Path : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/doc]
- Data Path          : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/data]
- Temp Directory     : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN]
- File Separator     : [/]
- BBS Paths   
- --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/bbs]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs]
- PACKAGE Paths : 
- --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../lib]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release] 
-\end{verbatim}
-
-(depending on who you are, and whether \texttt{bbStudio} is installed or not.)\\
-
-Just use your favourite text editor to add :
-\begin{itemize}
-\item
- at the end of the \texttt{BBS Paths} part 
- the name of the directory that contains the \texttt{.bbs} scripts of the package you
-want to use,
-\item at the end of the \texttt{PACKAGE Paths} part
- the name of the directory that contains the dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}) of the package
-\end{itemize}
-
-If you want (and sure you will) to be able to use the Help tools as well on the features provided by this package, you must use the
-option \texttt{Generate index}  in the menu \texttt{Tools} of the \texttt{Files} part toolbar.  
-% ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{Using black boxes in \CPP programs}
-\label{cpp}
-% ==========================================
-
-A very usefull feature is that you may use any black box within a \CPP program witout worrying about wxWigets main window.\\
-
-Let's look a the following bbs script :
-
-\begin{verbatim}
-# Load the packages
-load std
-load wx
-
-# Create the Objects
-new Slider     slider
-new OutputText text
-new LayoutLine layout
-
-# Graphical pipeline
-connect slider.Widget    layout.Widget1
-connect text.Widget      layout.Widget2
-
-# Execution pipeline
-connect slider.BoxChange text.BoxExecute
-connect slider.Out       text.In
-
-# Go!
-exec layout
-\end{verbatim}
-
-User wants to create a slider and an output text, within a layoutline, and display the slider value in the output text.\\ 
-Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.\\
-
-Using \bbtk you just 'convert' the script :
-\begin{verbatim}
-
-#include <bbwxSlider.h>
-#include <bbwxOutputText.h>
-#include <bbtkFactory.h>
-#include <bbwxLayoutLine.h>
-
-int main(int argv, char* argc[])
-{
-      // we need to intanciate a bbtk::Factory to be aware of the adaptors
-      bbtk::Factory::Pointer factory = bbtk::Factory::New();
-      
-      // Load the packages
-      // ----------------  
-      factory->LoadPackage("std");
-      factory->LoadPackage("wx");
-      
-      // Create the Objects
-      // ------------------      
-      bbwx::Slider::Pointer     slider   = bbwx::Slider::New("slider");
-      bbwx::OutputText::Pointer text     = bbwx::OutputText::New("text");
-      bbwx::LayoutLine::Pointer layout   = bbwx::LayoutLine::New("layout");
-      
-      // Graphical pipeline
-      bbtk::Connection::Pointer c1       = bbtk::Connection::New(slider,"Widget",
-                                                          layout,"Widget1");
-                                                          
-      bbtk::Connection::Pointer c2       = bbtk::Connection::New(text,"Widget",
-                                                          layout,"Widget2");
-                                                                                                                                                                          
-      // Execution pipeline
-      // ------------------
-      
-      // We have to pass the 'factory', in order to call automatically an adaptor,
-      // if necessary.
-      bbtk::Connection::Pointer s2t      = bbtk::Connection::New(slider,"Out",
-                                                           text,"In",
-                                                           factory);      
-       bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
-                                                            text,"BoxExecute");      
-      layout->bbSetInputWinDialog(true);
-      
-      // Go!
-      // ---     
-      layout->bbExecute();
-
-    }
-  catch (bbtk::Exception e)
-    {
-      bbtk::MessageManager::SetMessageLevel("Error",1);
-      e.Print();
-    }
-}
-\end{verbatim}
-
-%\bibliography{all}
+\item{make} \\
+For some strange reasons (?!?), at \texttt{cmake} time, you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
+Take it easy, \texttt{make} again!\\
 
+\item{\bbStudio} is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets.
+If, after some hazardous floating/docking operations onto the frame, you feel
+very unhappy with the result, just remove from the hidden directory
+\texttt{.bbtk} the file named \texttt{bbStudio.aui}. \\ 
 
+\end {itemize}
 
 %\section{Conclusion}