]> Creatis software - bbtk.git/blobdiff - kernel/doc/bbtkUsersGuide/bbtkUsersGuide.tex
complex boxes
[bbtk.git] / kernel / doc / bbtkUsersGuide / bbtkUsersGuide.tex
index 9ca82e5cff2e4cb6e766b26a263af20f604db3a6..7644a1f2c757d07db3c028cc979f658e52420a4b 100644 (file)
 % ==========================================
 \documentclass[11pt,final,a4paper]{article}
 \input{config.tex}
-
-
-\def\todo{\scriptsize\fbox{\bf TODO !!}\normalsize}
-\def\x{\bm{x}}
-\def\BBTK{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit} }
-\def\bbtk{{\xspace}$\texttt{bbtk}$ }
-\def\bbi{{\xspace}$\texttt{bbi}$ }
-\def\bbStudio{{\xspace}$\texttt{bbStudio}$ }
-\def\bbfy{{\xspace}$\texttt{bbfy}$ }
-\def\bbdoc{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$ }
-\def\bbCreatePackage{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$ }
-
-\def\bb{{\xspace}$\texttt{bb}$ }
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmake{{\xspace}$\texttt{cmake}$ }
-
-\def\C{{\xspace}$\texttt{C}$ }
-\def\CPP{{\xspace}$\texttt{C++}$ }
-
-\def\xml{{\xspace}$\texttt{xml}$ }
-
-\def\itk{{\xspace}$\texttt{itk}$ }
-\def\vtk{{\xspace}$\texttt{vtk}$ }
-\def\gdcm{{\xspace}$\texttt{gdcm}$ }
-\def\gsmis{{\xspace}$\texttt{gsmis}$ }
-\def\wx{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$ }
-
-\def\lin{{\xspace}\textit{Linux} }
-\def\win{{\xspace}\textit{Windows} }
-
-% the same macros with no space at the end
-
-\def\BBTKns{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit}}
-\def\bbtkns{{\xspace}$\texttt{bbtk}$}
-\def\bbins{{\xspace}$\texttt{bbi}$}
-\def\bbfyns{{\xspace}$\texttt{bbfy}$}
-\def\bbdocns{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$}
-\def\bbCreatePackagens{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$}
-
-\def\bbns{{\xspace}$\texttt{bb}$}
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmakens{{\xspace}$\texttt{cmake}$}
-
-\def\Cns{{\xspace}$\texttt{C}$}
-\def\CPPns{{\xspace}$\texttt{C++}$}
-
-\def\xmlns{{\xspace}$\texttt{xml}$}
-
-\def\itkns{{\xspace}$\texttt{itk}$}
-\def\vtkns{{\xspace}$\texttt{vtk}$}
-\def\gdcmns{{\xspace}$\texttt{gdcm}$}
-\def\gsmisns{{\xspace}$\texttt{gsmis}$}
-\def\wxns{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$}
-
-\def\linns{{\xspace}\textit{Linux}}
-\def\winns{{\xspace}\textit{Windows}}
-
-
-
-
 \begin{document}
-\begin{center}
-
-{\Large \BBTK}
-\vspace{1cm}
-
-{\Huge User's Guide}
-\vspace{1cm}
-
-\bbtk version 1.0
-\vspace{0.5cm}
-
-
-Last modified on : September 16, 2008 \\
-Generated on : \today 
-\vspace{0.5cm}
-
-Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
-\end{center}
-
-% ==========================================
-\tableofcontents
+\bbtkGuide[User's Guide]
 % ==========================================
 
-\listoftables
-
-\listoffigures
-
 
-
-% ==========================================
-%\section*{Abstract}
 % ==========================================
 \newpage
-% ==========================================
 \hrule
-\section{What is {\bf bbtk} ?}
+\section{Introduction}
+Note: pdf version of this User's Guide can be retrieved from the following URL:\\
+\url{http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/documentation}
+% ==========================================
+\subsection{What is bbtk?}
 % ==========================================
-\BBTK(\bbtkns) is a set of tools 
-(\CPP libraries and executables) 
-providing a \CPP framework for the definition 
-of elementary processing \emph{units}, called {\bf black boxes}, 
-and the definition and execution of processing \emph{chains} 
+\BBTK(\bbtkns) is a set of tools (\CPP libraries and executables) 
+providing a \CPP framework for the definition of elementary processing \emph{units}, called {\bf black boxes}, and the definition and execution of processing \emph{chains} 
 made up of these black boxes. \\
-It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
-\begin{verbatim}
- bbtk
- creaContours
- creaImageIO
- creaLib
- gdcm 
-\end{verbatim}
-which depend on the OpenSource libraries: 
-\begin{verbatim}
- itk
- vtk
- wxWidgets
-\end{verbatim}
+
+%It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
+%\begin{verbatim}
+% bbtk
+% creaContours
+% creaImageIO
+% creaLib
+%\end{verbatim}
+%which depend on the OpenSource libraries: 
+%\begin{verbatim}
+% gdcm 
+% itk
+% vtk
+% wxWidgets
+%\end{verbatim}
 
 % ==========================================
-\subsection{The black box philosophy}
+\subsubsection{The black box philosophy}
 % ==========================================
 
 \href{http://www.answers.com/topic/black-box-theater}{The Answers Dictionary} defines a {\bf black box} as 
@@ -134,10 +47,10 @@ defines a {\bf black box} as
 \emph{``any component in a system in which only the input and output 
 characteristics are of interest, without regard to its internal mechanism 
 or structure''}. \\
-We should merge theese definitions. 
+We should merge these definitions
 not only the inputs and outputs are of interest but also 
-\emph{what the box does} !
-Hence, I would say that a black box is any \emph{\bf documented} 
+\emph{what the box does!}
+Hence, we would say that a black box is any \emph{\bf documented} 
 component of a system, letting the user know  
 \emph{\bf what} the box is supposed to do and 
 \emph{\bf how to use it}
@@ -157,7 +70,7 @@ One can use a black box in a purely abstract way.
 \item{\bf symbolic} means that a particular 
 input or output is referenced by a 'name', that is by a symbol 
 which identifies the input or output. 
-It also means that symbolic information (text!) is 
+It also means that symbolic information (text) is 
 attached to a box: description of the box, author, 
 description of its inputs and outputs, etc.
 \end{itemize}
@@ -166,77 +79,75 @@ description of its inputs and outputs, etc.
 We let you think about this\dots)
 
 Of course, symbolic data attached to a box may be 
-{\bf queried} : what are the inputs/outputs of the box 
-what are their type ? their description ? etc.
+{\bf queried}: what are the inputs/outputs of the box
+what are their type? their description? etc.
 This allows {\bf automatic documentation} of boxes. 
 
 The abstract definition of black boxes is the most basic 
 aspect of \BBTK architecture. 
-Another key aspect is the groupement of black boxes into 
+Another key aspect is the grouping of black boxes into 
 so called {\bf packages}, 
-which are \emph{dynamic libraries} which can also 
+which are \emph{dynamic libraries} that can also 
 be queried, in particular about the boxes they provide. 
-The package structure then offers a mechanism which 
-is like a \emph{'plug-in'} mechanism.
+The package structure then offers a mechanism similar to \emph{'plug-in'} mechanism.
 \BBTK provides the methods to load a package at run-time, 
 and create instances of the boxes it contains. 
 
 These two mechanisms (black boxes and packages) 
-then gives the way to:
+then give the way to:
 
 \begin{itemize}
 \item The definition of an {\bf interpreted script language}, 
 which allows to manipulate packages and boxes very easily in symbolic way. 
-\BBTK provides one : \bbi (the Black Box Interpreter). 
+\BBTK provides one:  \bbs (the Black Box Script language) and its interpreter
+\bbi (the Black Box Interpreter). 
 \item {\bf Automatic documentation} of existing packages. 
 \texttt{html} documentation of packages is proposed by 
 \bbStudions.
 \end{itemize}
 
-Finally, these different components allow {\bf efficient} :
+Finally, these different components allow {\bf efficient}:
 
 \begin{itemize}
 \item {\bf capitalization and reuse} of existing processing units, 
 including {\bf documentation} 
 \item {\bf testing, prototyping} in a very simple script language
-\item {\bf inter-operability} between atomic processings which 
+\item {\bf inter-operability} between atomic processings that 
 have been written by different persons, using different libraries, etc. 
 \end{itemize}
 
 % ==========================================
-\subsection{\bbtk components}
+\subsubsection{\bbtk components}
 % ==========================================
-\BBTK includes :
+\BBTK includes:
 \begin{itemize}
   \item A \CPP {\bf\emph{library}} - called \bbtk - which defines a framework 
     (abstract classes) to develop black boxes and store them into 
     dynamic libraries, called black box \emph{packages}.
-  \item Different {\bf\emph{black box packages}} :
+  \item Different {\bf\emph{"core" black box packages}}:
     \begin{itemize}
-      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
-      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
-      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
-      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
+      \item {\bf\emph{std}}: the 'standard' package including basic useful boxes.
+      \item {\bf\emph{wx}}: basic graphical interface elements (widgets: sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
+      \item {\bf\emph{itk}}: the basic image processing package, based on the \itk library.
+      \item {\bf\emph{vtk}}: the basic images and surfaces processing and visualization package, based on the \vtk library.
+      \item {\bf\emph{wxvtk}}: widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D visualization and
       interaction).
-      \item {\bf\emph{itkvtk}} : special boxes (adaptors) to convert \itk structures into \vtk structures and conversally.
-      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development..      
+      %\item {\bf\emph{creaImageIO}}: Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
+      \item {\bf\emph{toolsbbtk}}: Tools for bbtk administration and package development.     
     \end{itemize}
-  \item A {\bf\emph{Developement environment}}, called \bbStudio, which provides
+  \item A {\bf\emph{development environment}}, called \bbStudio, which provides:
     \begin{itemize}
-      \item An online {\bf\emph{script editor and interpretor}}
-      \item A powerfull html {\bf\emph{Help environment}},whith integrated :       
+      \item An online {\bf\emph{script editor and interpreter}}
+      \item A powerful html {\bf\emph{help environment}}, integrating:       
         \begin{itemize}
-          \item Online documentation scaning
-          \item Retreiving boxes on various criterions
-          \item Checking Demo and examples
+          \item Online documentation scanning
+          \item Retrieving boxes on various criteria
+          \item Checking demos and examples
         \end{itemize}
       \end{itemize}
-      \item An standalone {\bf\emph{interpreter}}, called \bbins, which allows to 
-          load black box packages and to define and execute 
-          processing chains by connecting various black boxes.
-      \item {\bf\emph{Various Development Utilities}} :
+      \item A standalone {\bf\emph{interpreter}}, called \bbins, which allows to 
+           execute \bbs scripts or commands.
+      \item {\bf\emph{Various development utilities}}:
          \begin{itemize}
             \item \bbfy generates the \CPP code of a black box from a 
                description file written in \texttt{xml}.
@@ -245,33 +156,47 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
                 %author, description, inputs, outputs, and so on).
             \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture 
                to start the development of a new black box package.
+            \item \bbCreateBlackBox allows to create the basic file architecture 
+               to start the development of a new black box, that will be included in an already existing package.             
             \item \texttt{bbs2cpp} translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
-            \item \texttt{bbc} that              
+            \item \bbc (sorry: Linux only, for the moment) that compiles \texttt{.bbs} scripts into executables.
+            \item \bbRegeneratePackageDoc which creates the html documentation of the Package.
+           \item \bbRegenerateBoxesLists which creates the html pages of the various lists of all the currenly installed boxes.
+           \item \bbPlugPackage which automatically incorporates a new package.                  
          \end{itemize}
-      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html), queryable thru keywords.         
+      \item A full {\bf\emph{documentation}} that can be printed (pdf), browsed (html) and
+      queried through keywords.          
 \end{itemize}
+
 The general architecture of \BBTK 
 is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-architecture}\BBTK architecture}
+\caption{\BBTK architecture}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.6\textwidth]{bb-architecture.png}
 \end{center}
+\label{bb-architecture}
 \end{figure}
 
-\newpage
+%%\newpage
 
 % ==========================================
-\section{Getting started with bbStudio}
+\subsection{Content of this guide}
 % ==========================================
 
+Read this \texttt{Users' Guide} if you want to learn how to use 
+\bbtk development environnement (\bbStudions) and how to write black box scripts.\\
+If your aim is to write your own Packages and Black Boxes, you have to read the
+\texttt{Package Developper's Guide}.
+
 % ==========================================
+\newpage
+\hrule
+\section{Getting started with bbStudio}
+\label{bbStudio}
 % ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
-% ==========================================
+
 
 % ==========================================
 \subsection{The interface}
@@ -284,130 +209,94 @@ is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
 Just run it, typing in a console \bbStudio 
 or clicking on its icon or its menu entry.
-At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. \\
-Don't forget to read it : it will vanish at the first mouse click. \\
-\begin{verbatim}
-1) Click on the 'Demo' or 'Examples' link.
-2) Select a Demo or an Example
-3) Click on the [Source] link : the source file is loaded in bbStudio
-4) Click on the 'Run button' (the down arrow at the bottom right
-   of the source file).
-\end{verbatim}
-
 You'll get something like in figure 
-\ref{bbi-fig-bbStudio-gui-start}
-(the exact appearance of \bbStudio is Operating System and \bbtk version dependent)
-
-\newpage
-
+\ref{bbi-fig-bbStudio-gui}
+(the exact appearance of \bbStudio is Operating System and \bbtk version dependent).
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-bbStudio-gui-start}The bbStudio Development environment interface at start time}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPageStart.png}
-\end{center}
-\end{figure}
+%At start, \bbStudio opens with a very minimal 'How to use' in the middle. 
+%Don't forget to read it: it will vanish at the first mouse click. 
 
 
-Feel free to resize any part you want.
-Your preferences will be kept next time you run again \bbStudio. \\
-
-Let's have a look at the resized window :
+%\begin{figure}[!ht]
+%\caption{The bbStudio Development environment interface at start time}
+%\begin{center}
+%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPageStart.png}
+%\end{center}
+%\label{bbi-fig-bbStudio-gui-start}
+%\end{figure}
 
+%Let's have a look at the resized window :
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-bbStudio-gui}The bbStudio Development environment interface}
+\caption{The bbStudio Development environment interface}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{bbStudioMainPage.png}
 \end{center}
+\label{bbi-fig-bbStudio-gui}
 \end{figure}
 
-You can see four parts : \texttt{Files}, \texttt{Messages},
- \texttt{Command}, \texttt{Help}.\\
-
-The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets,
+The interface is divided into four parts: \texttt{Files}, \texttt{Messages},
+ \texttt{Command}, \texttt{Help}.
+It is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets
+(a.k.a. AUI),
 whose 'docking manager' allows windows and toolbars to be floated/docked 
-onto a frame.\\
-Please don't use this feature at learning time (the snapshots of this document
- wouldn't match with your screen ...)
+onto a frame.
+Feel free to resize/reposition any part you want.
+Your preferences will be kept next time you run again \bbStudions. 
+
+%Please don't use this feature at learning time 
+%(the snapshots of this document wouldn't match with your screen ...)
 
 \subsubsection{'Files' part}
 \label{bbi-FilesPart}
 
-It's the .bbs script editor.\\
-If you load a file holding a script, it will be displayed here, and you'll be
-able to modify it, to save it, to save-as it, to run it, using the
-lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar})
+It is the \bbs script editor (see section \ref{Scripting} to learn about scripting).
+
+If you load a file holding a script, it will be displayed in this area, and you will be
+able to modify it, to save it, to save-as it and to run it, using the respective
+lower-toolbar buttons (see figure \ref{lowertoolbar})
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{lowertoolbar}The lower tool bar}
+\caption{The 'Files' lower toolbar}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar2.png}
 \end{center}
+\label{lowertoolbar}
 \end{figure}
 
 
- \begin{itemize}
-   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
-   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
-   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
-   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
-   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
-   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
-   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
- \end{itemize}
+% \begin{itemize}
+%   \item {\bf\emph{New file}}: Create a new file to hold a script
+%   \item {\bf\emph{Open file}}: Open an already existing file holding a script 
+%   \item {\bf\emph{Close file}}: Close a file holding a script
+%   \item {\bf\emph{Save file}}: Save he current file (if modified)
+%   \item {\bf\emph{Save file as}}: Save he current file under a different name
+%   \item {\bf\emph{Run file}}: Execute the script you just loaded/modified/written
+%   \item {\bf\emph{cursor position}}: column number : line number   
+% \end{itemize}
 
 
 \subsubsection{'Messages' part}
 \label{bbi-MessagesPart}
 
 Two kinds of messages will be output here:\\
-System messages : produced by the kernel, in case of a user mistyping, or an execution error\\
-Script messages : produced by the \bbtk equivalent of \texttt{printf} 
-or \texttt{std::cout} in user programs
+\begin{itemize}
+\item {\bf\emph{System messages:}} produced by the kernel, in case of a user mistyping, or an execution error.\\
+\item {\bf\emph{Script messages:}} produced by the \bbtk equivalent of \texttt{printf} 
+or \texttt{std::cout} in user programs.
+\end{itemize}
+
 
 \subsubsection{'Command' part}
 \label{bbi-CommandPart}
 
-This is where user will type his requirements.
+You can type here \bbs commands which are executed on the fly.
+The buttons are shortcuts to the most frequently used commands.
+The command (or button) \texttt{help} permits to print in the \texttt{Message} zone the list of all recognized commands, while the command \texttt{help} \emph{command\_name} provides the help on the selected command.
 
-\subsubsection{'Help Contents' part}
+\subsubsection{'Help' part}
 \label{bbi-HelpContentsPart}
 
-The 'Help Contents' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTK.
-All the entries of the starting page are self-explanatory :
- \begin{itemize}
-   \item {\bf\emph{Help Contents}}
-   \begin{itemize}
-     %\item {\bf\emph{Wiki}} : Direct link to the bbtk Wiki (intranet only, right now, www
-     %later).
-     \item {\bf\emph{Demo}} : Link to some 'sophisticated' demonstrations.
-     \item {\bf\emph{Examples}} : Link to some detailed 'How to use' examples
-   \end{itemize}
-   
-   \item {\bf\emph{Guides}}   
-   \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     application, just using already existing boxes.
-     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     black boxes.
-     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum. Sorry, not yet written.    
-     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.
-   \end{itemize}
-        
-   \item {\bf\emph{Boxes}} : Box retrieving on various criterions :
-   \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{By name}}} (Alphabetical list), 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{{By package}}}, 
-     \item {\bf\emph{   \texttt{{By category}}}.
-   \end{itemize} 
-   
-        A special hidden Box category, called \texttt{{Adaptors}} exists. \\ 
-       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, an aware user may query them.     
-
-      
- \end{itemize}
+The 'Help' part of \bbStudio is used to browse the html help of \BBTKns. You can find there various guides (see section~\ref{sec:guides}) and detailed information about each black box available (see section~\ref{sec:boxes_help}). They can be browsed alphabetically, by package and by category. Two special categories, demos and examples, are available via direct links (see section~\ref{sec:demos_examples}).
 
 
 % ==========================================
@@ -423,176 +312,397 @@ All the entries of the starting page are self-explanatory :
 
 
 
+% ==============================================
+\subsection{Online Help}
+% ==============================================
+
+Various levels of help are supplied by \bbStudions.
 
 % ==========================================
+\subsubsection{Command-line help}
+% ==========================================
 
-\newpage
 
-% ==============================================
-\subsection{Running Demo and Examples}
-% ==============================================
+The 'working' area (the left one, as opposed to the (\texttt{Help}) area, on the right side) is composed of: 
+one single line area (\texttt{Command}), at the bottom, in which you can enter your commands, and 
+a multiple line zone (\texttt{Messages}) in which the command interpreter prints out the result of your commands.
+%The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it.
+Command-line help for the black box scripting language \bbsns (see \ref{Scripting}) can be obtained in this zone. \par
+As mentioned above, the command (or button) \texttt{help} permits to print in the \texttt{Message} zone the list of all recognized commands, while the command \texttt{help} \emph{command\_name} displays in this zone the help about the selected command.\par
+The command \texttt{help} \emph{package\_name} displays in the \texttt{Message} zone a short information about the selected package, provided that this package was previously loaded (Note that you can know which packages were loaded by executing the command \texttt{help packages}). Furthermore, it simultaneously displays in the right zone (\texttt{Help}) the corresponding full html help available.\par
+In a similar way, one can obtain the information about any box from the loaded packages, by executing the command \texttt{help} \emph{box\_name}. Note that some boxes may be unavailable if the command \texttt{load} was used to load the package, since this command only loads the boxes in binary. Some boxes are defined in script files. To be sure that all the boxes from the package are loaded the command \texttt{include} is to be preferred.\par
+You can also get the list of the objects currently present in the workspace, by executing the command \texttt{help workspace}.
+
+% ==========================================
+\subsubsection{Guides}
+\label{sec:guides}
+% ==========================================
+
+All the guides can be browsed in html version in the \texttt{Help} part of \bbStudions. Their pdf versions (except Doxygen documentation) can be retrieved from:\\
+\url{http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/documentation}
+
+ \begin{itemize}      
+     \item {\bf\emph{User's Guide}}: This guide!
+     \item {\bf\emph{Package Developer's Guide}}: Step-by-step "How-to" for programmers who want to create their own
+     black boxes/packages.
+    % \item {\bf\emph{Developper's Guide}}: For bbtk kernel developpers only. (This one is probably not very much
+    %  up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
+    % \item {\bf\emph{Reference Manual}}: Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
+    %\item {\bf\emph{Booklet}}: Vade mecum.     
+     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}}: Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source files. Should only concern the kernel developers.
+   \end{itemize}
+        
+
+  
+
+% ==========================================
+\subsubsection{Boxes Help}
+\label{sec:boxes_help}
+% ==========================================
+ Lists of currently available boxes from installed packages, sorted according to the following criteria:
+   \begin{itemize} 
+    \item {\bf\emph{Alphabetical list}}%: This is the 'zero-level' of retrieving.
+    \item {\bf\emph{List by package}}%: The boxes are indexed by package they belong to
+    \item {\bf\emph{List by category}}:
+     Each box is indexed by a list of keywords, called 'categories', such as '\texttt{read/write}',
+     '\texttt{filter}', '\texttt{viewer}', ...
+    A given box may belong to more than one \texttt{category}, however some categories are mutually exclusive.
+    Standard categories are:
+    \begin {itemize}
+       \item\texttt{atomic box}/\texttt{complex box}\\
+       Any box is either atomic or complex.\\
+       The former are 'atomic' units written in C++ and available in binary form.\\
+       Any pipeline built up as an assembly of several black boxes (atomic or complex), and described in \bbs script language is itself viewed as a complex black box, and hence tagged as belonging to the latter category.
+       \item\texttt{example} / \texttt{demo} / \texttt{application} (see \ref{sec:demos_examples})\\
+         These ones are scripts that produce a result when executed (i.e. they
+         execute a pipeline), as opposed to the scripts that only define complex boxes but do not instanciate and execute boxes. 
+          \begin {itemize}
+             \item\texttt{example}: It is just a (simple) example, for programmers, of how to use a given feature. The \texttt{Examples} link on the starting page links to the list of the boxes of this category.
+             \item\texttt{demo}: It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example of some sophisticated work, done only by using \texttt{bbtk}. The \texttt{Demos} link on the starting page links to the list of the boxes of this category.
+             \item\texttt{application}: It is a final application, end-user intended (e.g. association of a DICOM image browser, reader, viewer with some interaction and processing)   
+          \end {itemize}
+        \item\texttt{widget}: A piece of graphical interface (based on \texttt{wxWidgets}).
+        \item\texttt{dicom}: A box related to medical images in Dicom format.
+        \item\texttt{viewer}: A box allowing to view something (e.g. an image).
+        \item\texttt{read/write}: An I/O-related box.
+        \item\texttt{mesh}: A mesh-related box.
+        \item\texttt{filter}: A filter, mainly image filters.
+        \item\texttt{image}: An image-related box.
+        \item\texttt{3D object creator}: A box which creates a 3D object to be injected into a 3D view (e.g. a plane, a surface).
+        \item\texttt{math}: Maths of course.
+        \item\texttt{misc}: Miscellaneous...       
+    \end {itemize}
+  Remark that the list of categories is 'auto-extensible': each time a new box is created which belongs to a new category and the boxes list is regenerated, the new category appears in the list, holding the new box. The above list only contains the categories used in the packages provided with current \bbtk release.
+    \item {\bf\emph{ List of adaptors}}: The adaptors are a special type of black boxes that are used internally to perform type conversions. Although they are not end user intended, you may see their list. Adaptors belong to the \texttt{adaptor} category.
+  \end {itemize}
+  For each box, the html \texttt{Help} provides the informations necessary to use it: its name, its purpose, the descriptions of its inputs/outputs and the name of the package (or script file) that is to be loaded. Additionally, for all boxes but the atomic ones (i.e. for all boxes defined in \bbs script language), the corresponding script is available via [\texttt{source}] link. Actually, by clicking on this link, one loads the script into the \texttt{Files} area where it can be analyzed, edited and executed.
+  
+% ==========================================      
+\subsubsection{The Package Browser}
+\label{Package_Browser}
+% ==========================================
 
-Run \bbStudio the way you need. \\
-In the part 'Help contents' (See figure \ref{HelpContents}), select \texttt{Examples} link.
+The package browser is a standalone application \texttt{bbPackageBrowser}, which 
+dynamically loads and queries the available packages. 
+It is thus a smarter tool than the static html documentation.
+You can run it independently or from \bbStudio using either the button labeled \texttt{Start Package Browser} of the 'Command' part or the corresponding entry in the menu 'Windows'. 
+Note that it may take some time to start because it loads all available 
+packages at start.
+Its appearance is reproduced in figure \ref{imPackage_Browser}.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{HelpContents}Help Contents}
+\caption{The Package Browser}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpContents.png}
+\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
 \end{center}
+\label{imPackage_Browser}
 \end{figure}
 
-\newpage
+It allows you to find boxes by use of a multi-criteria filtering principle: 
+the boxes listed are the ones the attributes of which match \emph{all} the 
+words entered in the 'Filter' part.
+You can get the whole description of a given box by clicking on its name.
+\\
+Warnings: 
+
+\begin{itemize}
+\item It is case sensitive, i.e '\texttt{Button}' 
+will give different results than '\texttt{button}'.
+\item After typing a filtering string, you have to validate it by pressing the 'Enter' key, in order to update the display of the boxes list.
+\item A filtering string only needs to match a subpart of the related attribute of a box.
+For example, entering 'utt' in the 'Name' attribute will match a box called 'Button'.
+\end{itemize}
+
+Attributes:
+
+\begin {itemize}
+\item \texttt{Package}: The name of the package to which the box belongs (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}).
+\item \texttt{Name}: The name of a box or an application (e.g. \texttt{Reader}, \texttt{example}).
+\item \texttt{Description}: A part of the description of a box (e.g. \texttt{3D}, \texttt{image}).
+\item \texttt{Category}: The categories of the box (e.g. \texttt{demo}).
+\item \texttt{Input/Output Type}: The \CPP type of an input or output (e.g. \texttt{vtkImageData*}, \texttt{std::string}).
+\item \texttt{Input/Output Nature}: The \texttt{nature} of an input or output (e.g. \texttt{file name}, \texttt{signal}).
+\end {itemize}
+
+%If 'Show widgets' is selected then 
+
+
+%%\newpage 
+
 
-You will be asked to select a Box category (See figure \ref{BoxCategories}); \\ 
-Select \texttt{example}.
 
+% ==========================================
+
+%\newpage
+
+% ==============================================
+\subsection{Running Demos and Examples}
+\label{sec:demos_examples}
+% ==============================================
+
+As previously mentioned, the links \texttt{Demos} and \texttt{Examples} in the 'Help' part (See figure \ref{HelpContents}), give access to special complex boxes from the respective categories. Here, we use an example, both to illustrate the use of this help and to explain a short \bbs script.\\
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{BoxCategories}Box Categories}
+\caption{\bbStudio 'Help' panel}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{BoxCategories.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpContents.png}
 \end{center}
-\end{figure} 
+\label{HelpContents}
+\end{figure}
+
+%\newpage
+Select \texttt{Examples} link. You will get a list of examples (See figure \ref{example}).
+
+Note: due to an unfixed bug in Linux, you have to click on 'reload' to get it. \\ 
 
-You will be asked to choose a script (See figure \ref{example}).
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{example}example list}
+\caption{Examples list}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{example.png}
 \end{center}
+\label{example}
 \end{figure}
 
 
+%\begin{figure}[!ht]
+%\caption{\label{BoxCategories}Box Categories}
+%\begin{center}
+%\includegraphics[width=0.7\textwidth]{BoxCategories.png}
+%\end{center}
+%\end{figure} 
+
 
-Select \texttt{wx::exampleSlider} (See figure \ref{exampleSlider});
+Select \texttt{wx::exampleSlider}.
  
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{exampleSlider}example 'exampleSlider'}
+\caption{Html documentation of example 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{exampleSlider.png}
 \end{center}
+\label{exampleSlider}
 \end{figure}
 
-You can see the graphical summary representation of the current script (the elementary boxes that compose it, and their
-connections) \\
-Click on \texttt{source}, and you'll be able to see the (very simple) script, 
+You can see information about the example and 
+the graphical representation of the workflow defined by the script
+(the elementary boxes that compose it, and their connections, see figure \ref{exampleSlider}).
+
+Click on \texttt{[source]}, it will be loaded
 in the 'Files' part, within the script editor (See figure \ref{exampleSliderSource});
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{exampleSliderSource}source code of 'exampleSlider'}
+\caption{Source code of 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{exampleSliderSource.png}
 \end{center}
+\label{exampleSliderSource}
 \end{figure}
 
-Run it, using the lower toolbar  (see figure : \ref{lowertoolbar})
+Run it, using the 'Files' toolbar (see figure \ref{lowertoolbar})
 
 You'll get something like in figure \ref{execSliderSource}.
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{execSliderSource}execution of 'exampleSlider'}
+\caption{\label{execSliderSource}Execution of 'exampleSlider'}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{execSliderSource.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
-Feel free to move the slider, to check it actually works...
+Feel free to move the slider, to check whether it actually works...
 
-\newpage
+%\newpage
 
-Just a few words on what you saw :
+Just a few words on what you saw:
 \begin{itemize}
-\item{in the File part} \\
-The source code of the script
-\begin{verbatim}
+\item{In the source code of the script}:
+       \begin{verbatim}
+   load std
+   load wx
+       \end{verbatim}
+       These \bbs commands load the packages \texttt{std} and \texttt{wx}
+       \begin{verbatim}
    new Slider     slider
-     set slider.ReactiveOnTrack 1
-\end{verbatim}
-We create a \texttt{Slider} called \emph{slider}\\
-We tell it to inform anybody that's interested in, that the cursor moved, each time it moved. \\
-The standard behaviour is to inform, only when cursor is released.
-\begin{verbatim}
+   set slider.ReactiveOnTrack 1
+       \end{verbatim}
+       We create a \texttt{Slider} box called \emph{slider}.
+
+       We tell it to inform anybody that's interested in, that the cursor moved, each time it moved. 
+       The default behaviour is to inform only when cursor is released.
+       \begin{verbatim}
    new OutputText text
-\end{verbatim}
-We create a \texttt{OutputText} called \emph{text} 
-(in which slider value will be displayed)
+       \end{verbatim}
+       We create an \texttt{OutputText} box called \emph{text} 
+       (in which slider value will be displayed)
+
+       \begin{verbatim}
+   new LayoutLine layout
+       \end{verbatim}
+       We create a \texttt{LayoutLine} box called \emph{layout},
+       a widget box designed to embed other widgets (say, a main window)
+       \begin{verbatim}
+   connect slider.Widget    layout.Widget1
+   connect text.Widget      layout.Widget2
+       \end{verbatim}
+       We embed \emph{slider} and \emph{text} into  \emph{layout}.
+       \begin{verbatim}
+   connect slider.BoxChange text.BoxExecute
+   connect slider.Out       text.In
+       \end{verbatim}
+       We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.
+
+       We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out}) 
+       to \emph{text}  input value (\texttt{In})
+       \begin{verbatim}
+   exec layout
+       \end{verbatim}
+       We tell \emph{layout} to process itself. 
+       This also produces the execution of the boxes connected to it (the slider, the text).
+
+\item{In the Help part}
+
+       You can see the graphical representation of the workflow (pipeline) created by the script, 
+       as in figure \ref{SmallGraph}.
+
+
+       \begin{figure}[!ht]
+       \caption{Graphical representation of a pipeline}
+       \begin{center}
+       \includegraphics[width=0.7\textwidth]{SmallGraph.png}
+       \end{center}
+       \label{SmallGraph}
+       \end{figure}
+
+       The representation includes 
+       both the graphical interface-related pipeline 
+       (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
+        and the data processing-related pipeline 
+       (\emph{slider} warns \emph{text} immediately when it's modified, 
+       \emph{slider} passes \emph{text} its output value)\footnote{Yes, we know : all the arrows                       (graphical interface pipeline arrows and data processing arrows) 
+       are blue; using different colors is planned for next release...}.
+       You can get a much more detailed graph, 
+       like in figure  \ref{LargeGraph}, 
+       just clicking on the button 
+       '\texttt{graph (detailed)}' in the toolbar of the \texttt{Command} part. 
 
-\begin{verbatim}
-new LayoutLine layout
-\end{verbatim}
-We create a \texttt{LayoutLine} called \emph{layout},
-a \emph{container} widget, designed to embed other wigets (say, a main window)
-\begin{verbatim}
-connect slider.Widget    layout.Widget1
-connect text.Widget      layout.Widget2
-\end{verbatim}
-We embed \emph{slider} and \emph{text} into  \emph{layout}.
-\begin{verbatim}
-connect slider.BoxChange text.BoxExecute
-connect slider.Out       text.In
-\end{verbatim}
-We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.\\
-We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out} to \emph{text}  input value (\testtt{In})
-\begin{verbatim}
-exec layout
-\end{verbatim}
-We tell \emph{layout} to process itself (it will do it only if it's warned 
-that one of its entries was modified since its (own) last processing.
+       \begin{figure}[!ht]
+       \caption{Detailed graphical representation of a pipeline}
+       \begin{center}
+       \includegraphics[width=0.75\textwidth]{LargeGraph.png}
+       \end{center}
+       \label{LargeGraph}
+       \end{figure} 
 
-\item{in the Help part}
+\end{itemize}
+%\newpage
 
-You can see the graphical representation of the script, as in figure \ref{SmallGraph}.
+% ==============================================
+\subsection{The Menu}
+% ==============================================
 
+At last, let us have a look at \bbStudio menu (see figure \ref{themenu}).
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{SmallGraph}Graphical representation of a script}
+\caption{The bbStudio menu}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{SmallGraph.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{themenu.png}
 \end{center}
+\label{themenu}
 \end{figure}
 
-Both graphical pipe line (\emph{slider} and \emph{text} are embedded into \emph{layout})
- and processing pipe line (\emph{slider} warns \emph{text} immedialtely when it's modified, \emph{slider} passed \emph{text} its new value).\\
- Yes, we know : all the arrows (pipe line arrows and processing arrows) are blue; we are sorry about that...\\
- You could get a much more detailled graph, just clicking on the button \\ \texttt{graph (detailled)} in the toolbar of the \texttt{Command} part, like in
- figure  \ref{LargeGraph}.
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{LargeGraph}Detailled graphical representation of a script}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.75\textwidth]{LargeGraph.png}
-\end{center}
-\end{figure} 
+\begin {itemize}
+  \item{\texttt{File}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Open the bbtk configuration file}}
+        \item{\texttt{Quit}}
+     \end {itemize}       
+  \item{\texttt{Tools}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Create package}}:
+       Provides a graphical interface to help package developers to create a new empty package.
+        \item{\texttt{Create black box}}:
+       Provides a graphical interface to help package developers to create a new empty black box, and add it to an already existing package.   
+        \item{\texttt{Plug Package}}:
+       Incorporates a package into the list of known packages. Updates the html documentation.
+        \item{\texttt{Regenerate package doc}}:
+       If a package has changed (e.g. new boxes) this updates the package html documentation.
+        \item{\texttt{Regenerate boxes list}}:
+       Updates the boxes lists (alphabetical, by package, ...)
+        \item{\texttt{Regenerate all}}:
+       Regenerates all the packages documentations and the boxes lists (may be long...).
+       \item{\texttt{Show last graph}}:
+       Shows the last pipeline graph that was generated
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Options}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Reset before running}}: Before running a script, all the already created boxes are destroyed, 
+       all the already loaded packages are unloaded (this is the recommended option).   
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{Windows}}
+  User may decide, for any reason of his own, to hide one or more panels:
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{Show 'Files' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Help' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Command' panel}}
+        \item{\texttt{Show 'Messages' panel}}
+        \item{\texttt{Start Package browser}}: starts the package browser (see \ref{Package_Browser}).
+     \end {itemize}     
+  \item{\texttt{About}}
+     \begin {itemize}
+        \item{\texttt{About}}: Info about \texttt{bbStudio}.       
+     \end {itemize}     
+\end {itemize}
 
-\end{itemize}
-\newpage
 
-% ==============================================
-\subsection{Online Help}
-% ==============================================
 
-Various levels or help are supllid by \bbStudions.
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Command line help}
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+\newpage
+\hrule
+\section{Writing black box scripts (\bbsns)}
+\label{Scripting}
+% ==========================================
+% ==========================================
 % ==========================================
 
+This section introduces how to write down black box scripts (\bbsns) 
+to create and execute pipelines. 
 
-The 'working' area (the left one, as opposed to the 'help' area, on the right side) is composed of : 
-one single line zone (Command), at the bottom in which you can enter your commands and 
-a multiple line zone in which the Command interpreter prints out the result of your commands.
-The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it
-
-Try typing in the \texttt{Command} area (in this manual, 
-the commands entered by the user will be preceded by a prompt \textgreater) :
+% ==========================================
+\subsection{The commands}
+% ==========================================
+In the sequel the commands entered by the user will be preceded by a prompt (\texttt{>}).
+To get started, type in the \texttt{Command} area:
 \begin{verbatim}
 > help 
 \end{verbatim}
 
-you get the list of the commands of the interpreter :
+you get the following list of the commands recognized by the interpreter:
 \begin{verbatim}
 Available commands :
  author
@@ -625,74 +735,84 @@ Available commands :
  unload
 \end{verbatim}
 
-To get help on a particular command type \texttt{help <command-name>},
-for example :
+To get the help on a particular command, type \texttt{help <command name>}, e.g.:
 \begin{verbatim}
 > help author
 \end{verbatim}
 
-gives :
+gives:
 \begin{verbatim}
  usage : author <string>
-  Adds the string <string> to the author information of the black box being defined
+  Adds the string <string> to the author information 
+of the black box being defined
 \end{verbatim}
 
 The \texttt{help} command has multiple usages. 
-It is used to get help about almost anything in the interpretor!
-Type \texttt{'help help'} to get help on the \texttt{help} command itself :
+It is used to get help about almost anything in the interpreter, including the \texttt{help} command itself! Indeed:
 \begin{verbatim}
 > help help
+\end{verbatim}
+
+gives:
+\begin{verbatim}
  usage : 
-         (1) help 
-         (2) help <command name> 
-         (3) help packages [all]
-         (4) help <package name> [all]
-         (5) help <black box type> 
-         (6) help <black box name>
+        (1) help 
+        (2) help <command name> 
+        (3) help packages [all]
+        (4) help <package name> [all]
+        (5) help <black box type> 
+        (6) help <black box name>
   Effect :
-         (1) Lists all available commands;
-         (2) Prints help on a particular command; 
-         (3) Lists the packages loaded and their black boxes.
-             Add 'all' to list adaptors; 
-         (4) Prints short help on the black boxes of a package.
-             Add 'all' to include adaptors; 
-         (5) Prints full help on a black box type; 
-         (6) Prints information on the inputs, outputs and connectionns
+        (1) Lists all available commands;
+        (2) Prints help on a particular command; 
+        (3) Lists the packages loaded and their black boxes.
+            Add 'all' to list adaptors; 
+        (4) Prints short help on the black boxes of a package.
+            Add 'all' to include adaptors; 
+        (5) Prints full help on a black box type; 
+        (6) Prints information on the inputs, outputs and connections
             of a black box instance.
 \end{verbatim}
 
-At start the interpretor does not know any black box. 
+%More information about what is a 'box' will be given in the 'Scripting' part of this manual.
+
+
+% ==========================================
+\subsection{Creating and executing black boxes}
+% ==========================================
+
+At start the interpreter does not know any black box. 
 If you type \texttt{'help packages'}, which is 
-the third form of the \texttt{help} command, you get :
+the third form of the \texttt{help} command, you get:
 \begin{verbatim}
 > help packages
 user
   workspace
 \end{verbatim}
 
-which means that the interpretor only knows one package 
+which means that the interpreter only knows one package 
 (library of black boxes) called \texttt{user}
 and which contains a black box called \texttt{workspace}.
 The \texttt{user} package is an internal package of the interpreter, 
 which stores user-defined black box types. 
 At start, it already contains 
-one box, called \texttt{workspace}.
-\texttt{workspace} is a special type of black box, 
-called complex black box, whose purpose is 
+one box, called \texttt{workspace},
+which is a special type of black box, 
+called complex black box, the purpose of which is 
 to store other black boxes. 
 Any black box you create in \bbStudio is stored 
 in \texttt{workspace}  
 (this will be explained in details in sections 
 \ref{bbi-writing-scripts} and 
-\ref{bbi-more-on-complex-black-boxes}). 
+\ref{bbi-command-line-app}).
 
-If you type \texttt{'help workspace'}, you get :
+If you type \texttt{'help workspace'}, you get:
 \begin{verbatim}
 > help workspace
  Complex Black Box <user::workspace>
   User's workspace
   By : bbtk
-  Category(s) : complex box;
+  Category(s): complex box;
   * No inputs
   * No outputs
   * No boxes
@@ -711,170 +831,128 @@ you must load another package.
 The \texttt{std} package is the ``standard'' package, 
 which contains basic useful black boxes. 
 
-To load it, type :
+To load it, type:
 \begin{verbatim}
 > include std
 \end{verbatim}
 
-Then if you type :
+Then if you type:
 \begin{verbatim}
 > help packages
 \end{verbatim}
 
-you get something like :
+you get something like:
 
 \begin{verbatim}
-
  std
-   ASCII                   : ascii codes sequence to string - string to ascii...
-   Add                     : Adds its inputs
-   ConcatStrings           : String concatenation
-   Configuration           : Gets configuration informations
-   Div                     : Divides its inputs
-   ExecBbiCommand          : Executes bbi commands
-   ExecSystemCommand       : Executes system (O.S.) commands
-   GetVectorCharElement    : Gets the i-th element from the input vector (std...
+   ASCII                   
+   Add                     
+   ConcatStrings           
+   Configuration           
+   Div                     
+   ExecBbiCommand          
+   ExecSystemCommand       
+   GetVectorCharElement    
      ...
-   MagicBox                : Takes *any kind* of data and copies it to its ou...
-   MakeFileName            : Makes a kosher file name
-   Mul                     : Multiplies its inputs
-   MultipleInputs          : This box has multiple Void inputs and one Void o...
-   StringRelay             : Just copies the value of its input to its output...
-   StringSelect            : Outputs the string set to the ith input Ini (In0...
+   MagicBox                
+   MakeFileName            
+   Mul                     
+   MultipleInputs          
+   StringRelay             
+   StringSelect            
  user
    workspace 
 \end{verbatim}
 
 Now the interpreter knows the package \texttt{std} and the black boxes it provides,
-such as the \texttt{'Add'} box, the \texttt{'ConcatStrings'} box, and so on. Remark that the 
+such as the \texttt{Add} box, the \texttt{ConcatStrings} box, and so on. Remark that the 
 content of \texttt{std} may vary from one version to another 
-as new black boxes might be added to it. 
-If you type :  
+as new black boxes might be added to it. Note that you will get a more detailed information about the package loaded (here \texttt{std}) if you type: 
+\begin{verbatim}
+> help std
+\end{verbatim}
+
+Indeed, each of the items listed is followed by its short description:
+\begin{verbatim}
+ Package std v1.0.0- laurent.guigues at creatis.insa-lyon.fr
+ Basic useful boxes
+ Black boxes : 
+   ASCII                   : ascii codes sequence to string - ...
+   Add                     : Adds its inputs
+   ConcatStrings           : String concatenation
+   Configuration           : Gets configuration informations
+        ...
+\end{verbatim}
+Additionally, in the right part of the screen ('Help' zone) the corresponding html page is displayed.
+
+Now, if you type:  
 \begin{verbatim}
 > help Add
 \end{verbatim}
 
-You'll get a text help, in the 'Message' part :
+{\bbStudions} displays the appropriate html page in the 'Help' part (see figure : \ref{HelpAdd}), and the following text in the 'Message' part:
 \begin{verbatim}
 Black Box <std::Add>
 Adds its inputs
 By : laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
 Categories : atomic box;math;
 * Inputs : 
-     'BoxExecute'     <bbtk::Void> [signal] : Any signal received by this input 
+ Adds its inputs
+ By : laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
+ Categories : atomic box;math;
+ * Inputs : 
+   'BoxExecute'     <bbtk::Void> [signal] : Any signal received...
                                               executes the box
-     'BoxProcessMode' <String>     []       : Sets the processing mode of the box 
-                                              (Pipeline | Always | Reactive)
-     'In1'            <Double>     []       : First number to add
-     'In2'            <Double>     []       : Second number to add
 * Outputs : 
-     'BoxChange'      <bbtk::Void> [signal] : Signals modifications of the box
-     'Out'            <Double>     []       : Result
+   'BoxProcessMode' <String>     []       : Sets the processing mode...
+                                              (Pipeline | Always |...
+   'In1'            <Double>     []       : First number to add
+   'In2'            <Double>     []       : Second number to add
+ * Outputs : 
+   'BoxChange'      <bbtk::VoidS> [signal]: Signals modifications...
+   'Out'            <Double>     []       : Result
 \end{verbatim}
 
-More information about what is a 'box' will be given in the 'Scriptting' part of this manual.
-
-% ==========================================
-\subsubsection{Guides}
-% ==========================================
-
-An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbStudions.
- \begin{itemize}      
-     \item {\bf\emph{User's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
-     application, just using already existing boxes.
-     \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for programmer who wants to create his own
-     black boxes/packages.
-     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers only. (This one is probabely not very much
-     up-to-date, since we spend more time in developping than writing documentation that's not of user concern).
-     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Contains a exaustive description of all the features for all the commands.
-     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.     
-     \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.\\ Automatically generated from source file
-     headers. Should concern only the kernel developpers (i.e. : us).
-   \end{itemize}
-        
-
-   \end{itemize} 
-   
-% ==========================================
-\subsubsection{Boxes Help}
-% ==========================================
- Box retrieving on various criterions :
-   \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{Alphabetical list}} \\ This is the 'zero-level' of retrieving.
-    \item {\bf\emph{List by package}} \\ Several packages are supplied with bbtk :
-    \begin{itemize}
-      \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
-      \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
-      \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
-      \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
-      interaction).
-      \item {\bf\emph{itkvtk}} : special boxes (adaptors) to convert \itk structures into \vtk structures and conversally.
-      %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
-      \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development, such as :
-         \begin{itemize}
-        \item{GUICreateBlackBox} For creating the XML or C++ code for a new black box 
-        \item{GUICreatePackage} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
-        \item{MakePackageDoc} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.  
-         \end{itemize}              
-    \end{itemize}
-    \item {\bf\emph{{List by category}}.
-% ==========================================
-\subsection{Creating and executing black boxes}
-% ==========================================
-TODO
-% ==============================================
-\subsection{The Menu}
-% ==============================================
-TODO
-
-
-You'll get as well the same information in the 'Help' Part, in html format (see figure : \ref{HelpAdd}) :
-
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{HelpAdd}The html Help}
+\caption{The html Help}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.7\textwidth]{HelpAdd.png}
 \end{center}
+\label{HelpAdd}
 \end{figure}
 
-Like previously, 
-the \texttt{std::} prepended to the name \texttt{Add} 
-means that the box \texttt{Add} 
-belongs to the \texttt{std} package. 
-Then comes a description 
-(the one which was provided by the author of the box), 
-the author(s) of the box (usually e-mail adress(es)) and 
-the categories to which the box belongs. 
-Finally comes the lists of inputs and outputs of the box.
+These descriptions 
+(provided by the author of the box) include: 
+the author(s) of the box (usually e-mail address(es)) and 
+the categories to which the box belongs, 
+the lists of inputs and outputs of the box.
 For each input or output, \bbi provides 
-its \emph{name} (between quotes, e.g. \texttt{'ProcessMode'})
+its \emph{name} , 
 its \emph{type} (between \texttt{<} and  \texttt{>}, e.g. \texttt{<Int>})
 and a description.    
 Remark that the box \texttt{Add} is not a 'complex' black box 
 but an 'atomic' box, hence its help does not 
-mention any information concerning possible internal boxes.
+include a pipeline graph. 
+
+You can see that  \texttt{Add} boxes have two inputs, 
+with name \texttt{In1} and \texttt{In2},
+and an output, named \texttt{Out}.
+
+After loading the package it belongs to, you can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box, by use of the command \texttt{new}:
 
-You can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
-the command \texttt{new} :
 \begin{verbatim}
 > new Add a
 \end{verbatim}
 
-The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
+Here \texttt{'a'} is the \emph{name} of the instance, 
 which will be used to reference it later. 
 It is important to distinguish a box \emph{type} 
 and an \emph{instance} of a box type. 
 The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
-a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
-in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
+a \emph{box type}, like \texttt{int} is a data type 
+in \texttt{C} language. The \texttt{new} command allows to create 
 an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
-a \texttt{C} code, it declares a variable of type \texttt{int} whos
-name is \texttt{i}. 
+a \texttt{C} code declares a variable of type \texttt{int}, th
+name of which is \texttt{i}. 
 Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
-same type in \bbi. 
+same type in \bbs.
 
-After the creation of the box \texttt{a}, type :
+After the creation of the box \texttt{a}, type:
 \begin{verbatim}
 > help workspace
 \end{verbatim}
@@ -884,44 +962,81 @@ you get :
 Complex Black Box <user::workspace>
  User's workspace
  By : bbtk
- Category(s) : complex box;
+ Category(s): complex box;
  * No inputs
  * No outputs
  * Boxes : 
     'a' <std::Add>
 \end{verbatim}
 
-which means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
-of type \texttt{std::Add}.
-
-Now look back at the help on \texttt{Add} boxes : 
-you can see that this type of box has two inputs, 
-with name \texttt{In1} and \texttt{In2},
-and an output, with name \texttt{Out}.
-
-You can set the input \texttt{In1} 
-of the \texttt{Add} box \texttt{a} to the value $1$ 
-by the command :
+This means that \bbi workspace now contains a black box named \texttt{a},
+of type \texttt{std::Add}. If you type:
 \begin{verbatim}
-> set a.In1 1 
+> help workspace
 \end{verbatim}
 
-Similarly, setting the input \texttt{In2} of \texttt{a} to the value $2$
-is done with :
+You get information about the actual instance \texttt{a} of the box type \texttt{std::Add}. It gives something like this:
 \begin{verbatim}
-> set a.In2 2
+> help a
+ Black Box 'a' <std::Add>
+  * Inputs : 
+     'BoxExecute'     = '? (no adaptor found)'  [Modified]
+     'BoxProcessMode' = 'Pipeline'              [Modified]
+     'In1'            = '0'                     [Modified]
+     'In2'            = '0'                     [Modified]
+  * Outputs : 
+     'BoxChange'      = '? (no adaptor found)'  [Out-of-date]
+     'Out'            = '0'                     [Out-of-date]
+\end{verbatim}
+Note that the inputs appear as \texttt{[Modified]}, since the code defining the box type includes an initialization of the inputs. On the other hand, the outputs appear as \texttt{[Out-of-date]}, as the box has not yet been executed and therefore its outputs have not been updated. See the second part of this section to learn more about the updating. For a moment, just note that one way to process the box \texttt{a} is to use the command:
+\begin{verbatim}
+> exec a
+\end{verbatim}
+
+This command does not display anything (except if the 
+box itself displays something in its processing).
+It just processes the box if needed. In our case, the result can be seen as follows:
+\begin{verbatim}
+> exec a
+> help a
+ Black Box 'a' <std::Add>
+  * Inputs : 
+     'BoxExecute'     = '? (no adaptor found)'  [Up-to-date]
+     'BoxProcessMode' = 'Pipeline'              [Up-to-date]
+     'In1'            = '0'                     [Up-to-date]
+     'In2'            = '0'                     [Up-to-date]
+  * Outputs : 
+     'BoxChange'      = '? (no adaptor found)'  [Up-to-date]
+     'Out'            = '0'                     [Up-to-date]
+\end{verbatim}
+Note the change of status of all the inputs and outputs (\texttt{[Up-to-date]}).
+In practice, the command \texttt{exec} is useful to execute boxes that do not have any output,  
+such as boxes that write something to a file or, display a 
+graphical interface, and so on.
+
+Now, let us set the input \texttt{In1} 
+of the \texttt{Add} box \texttt{a} to the value $3.5$ 
+by the command:
+\begin{verbatim}
+> set a.In1 3.5 
+\end{verbatim}
+
+Similarly, setting the input \texttt{In2} of \texttt{a} to the value $4.3$
+is done with:
+\begin{verbatim}
+> set a.In2 4.3
 \end{verbatim}
  
-And you print the output \texttt{Out} of the box \texttt{a} with :
+And you print the output \texttt{Out} of the box \texttt{a} with:
 \begin{verbatim}
 > print "result=$a.Out$"
-result=3
+result=7.8
 \end{verbatim}
 
 In the string passed to the \texttt{print} command, 
 each substring enclosed between a couple of \$ is considered 
 as the name of an output of a box. 
-To process this special substrings, the interpretor :
+To process these special substrings, the interpreter:
 \begin{enumerate}
 \item Processes the box if needed (see below)
 \item Converts the output of the box to a string if possible 
@@ -932,27 +1047,15 @@ To process this special substrings, the interpretor :
 
 %\paragraph
 
-Box processing is needed if :
+Box processing is needed if:
 
 \begin{itemize}
-\item either at least input has changed since last processing 
+\item either at least one input has changed since last processing 
 \item or the input \texttt{'BoxProcessMode'} of the box is set to 
 \texttt{'Always'}, which forces box reprocessing. 
 \end{itemize}
 
-Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.\\ 
-
-Another way to process the box \texttt{a} is to issue the command :
-\begin{verbatim}
-> exec a
-\end{verbatim}
-
-however this command does not display anything (except if the 
-box itself displays something in its processing).
-It just processes the box if needed. 
-This command is used to execute boxes that do not have any output,  
-such as boxes that write something to a file or, display a 
-graphical interface, and so on. \\
+Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}. \newline
 
 %To exit \bbi, type :
 %\begin{verbatim}
@@ -960,37 +1063,40 @@ graphical interface, and so on. \\
 %Good bye !
 %\end{verbatim}
 
+
+
 % ==========================================
 \hrule
 
 \paragraph{Summary}
 %\hrule
 \begin{itemize}
-\item The \texttt{include} command allows to load a package, and the complex black boxes that come with it..
-\item \texttt{help} gives help on :
+\item The \texttt{include} command allows to load a package, and the complex black boxes that come with it.
+\item \texttt{help} gives help on:
 \begin{itemize} 
 \item Available commands if you just type \texttt{help}.
 \item A particular command if you type \texttt{help <command-name>}.
 \item All available packages and their boxes (without description) if you type \texttt{help packages}.
 \item A particular package and its boxes (with brief description) if you type \texttt{help <package-name>}.
 \item A particular black box type (with full description) if you type \texttt{help <box-type-name>}. In particular, \texttt{help workspace} displays information on the content of the \texttt{'workspace'} black box, which stores the boxes created by the user (by \texttt{new}).
+\item A particular black box instance (with full description, as well as the values and the status of the inputs/outputs) if you type \texttt{help <box-name>}.
 \end{itemize}
 %\item \texttt{list} displays the list of black box instances created so far (by \texttt{new}).
-\item \texttt{new} : creates an instance of a black box. 
-\item \texttt{set} : sets the value of an input of a black box. 
+\item \texttt{new}: creates an instance of a black box. 
+\item \texttt{set}: sets the value of an input of a black box. 
 \item Under any component of  \bbStudions, to reference the input called \texttt{i} 
 of a black box called \texttt{b} you must type \texttt{'b.i'}. 
 The same syntax holds for outputs.
-\item \texttt{print} : prints a string, substituting each substring of the form \$b.o\$ by the value of the output \texttt{o} of the black box \texttt{b}. Note that an
+\item \texttt{print}: prints a string, substituting each substring of the form \$b.o\$ by the value of the output \texttt{o} of the black box \texttt{b}. Note that an
 implicit trailing 'new line character' is added at the final string.
-\item \texttt{exec} : runs, if needed, the process of a box. 
-%\item \texttt{quit} : quits \bbi.
+\item \texttt{exec}: runs, if needed, the process of a box. 
+%\item \texttt{quit}: quits \bbi.
 \end{itemize}
 \hrule
 
 %\paragraph{Note :}
 %A more 'modern' way to proceed is to run \texttt{bbStudio}, drag and drop the  \texttt{Command} bookmark to the lower \texttt{Welcome to bbStudio!} bar.
-%Wou'll get something like in figure \ref{bbCommandPlusHelp} :
+%Wou'll get something like in figure \ref{bbCommandPlusHelp}:
 
 %\begin{figure}[!ht]
 %\caption{\label{bbCommandPlusHelp}
@@ -1003,7 +1109,7 @@ implicit trailing 'new line character' is added at the final string.
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Connecting black boxes}
+\subsection{Connecting black boxes}
 \label{bbi-connecting-black-boxes}
 % ==========================================
 
@@ -1012,28 +1118,27 @@ and execute processing chains,
 also called \emph{pipelines}, 
 by connecting black boxes.
 This section explains how to do it with examples. 
-Read section \ref{bbi-more-on-pipeline-processing} to get 
+Read section \ref{bbi-deep-box} to get 
 more information on pipeline processing.
 
-First start \bbStudio and load the package \texttt{std}, typing :
+First start \bbStudio and load the package \texttt{std}, i.e. type in the 'Command' part the following command:
 \begin{verbatim}
 > include std
 \end{verbatim}
-in the 'Command' part.
 
-Assume you want to compute $1+2+3$. You can do it by 
+Assume you want to compute a sum of three numbers (e.g. $1+2+3$). You can do it by 
 chaining two \texttt{Add} boxes, as shown in figure 
 \ref{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}. 
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bbi-fig-connecting-black-boxes-1} A simple pipeline which adds 3 numbers}
+\caption{ A simple pipeline that adds 3 numbers}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.5\textwidth]{1plus2plus3.png}
 \end{center}
+\label{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}
 \end{figure}
 
-
-The \bbi instructions to create and execute this pipeline are :
+The \bbs instructions to create and execute this pipeline are :
 \begin{verbatim}
 > new Add a
 > new Add b
@@ -1044,28 +1149,21 @@ The \bbi instructions to create and execute this pipeline are :
 > print $b.Out$
 \end{verbatim}
 
-You will see the (very expected) result :
-\begin{verbatim}
-6
-\end{verbatim}
-
 The first three commands build the pipeline, 
-the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes inputs and the last one 
-prints \texttt{b} black boxe output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
-whose output is requested, is not up to date.
+the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes' inputs and the last one 
+prints the output of the black box \texttt{b}. The pipeline is executed before printing, because the interpreter 'knows' that the box \texttt{b}, the output of which is requested, is not up to date.
  
 The command \texttt{'connect a.Out b.In1'} ``plugs'' the output 
 \texttt{Out} of the box \texttt{a} into the input \texttt{In1} of the 
 box \texttt{b}. 
-Once the boxes connected, the processing of the two boxes are chained :
+Once the boxes are connected, the processings of the two boxes are chained:
 getting the output of \texttt{b} requires getting its inputs, 
 hence getting the output of \texttt{a} which is connected to it. 
-This pipeline mechanism can recurse into arbitrary long 
-chains of boxes (see \ref{bbi-more-on-pipeline-processing
+This pipeline mechanism can recurse into arbitrarily long 
+chains of boxes (see \ref{bbi-deep-box
 for details).
 
-
-Lets' consider an other, more image oriented, example :
+Let us consider another, more image-oriented, example :
 
 \begin{verbatim}
 > include vtk
@@ -1086,20 +1184,20 @@ Lets' consider an other, more image oriented, example :
 > exec viewer
 \end{verbatim}
 
-Some explainations : the \texttt{include} instructions load the necessary packages. \\
-
-\texttt{new FileSelector} will pop a File Selector, at run time, that will out the user chosen file name. \\
-\texttt{new Slider} will pop a Slider, at run time, that will out an integer, used later as a slice number.\\ 
-\texttt{new ImageReader} will read any itk readable file, whose name is passed as a std::string, and return a itk::ImagePointer.\\
-\texttt{new Viewer2D} display a plane, whose number id specified by an integer.\\
-\\
-\texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a std::string) to the input of the reader (a std::string, too).\\
-\texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader (an itk::ImagePointer) to the input of the Viewer (a vtkImageData *)\\
-\texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an int) to an other output (named Slide) of the viewer.\\
-\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer it must re process itself any time the slider is modified.\\
-\\
-\texttt{exec viewer} processes the viewer.
-
+Some explanations: 
+\begin{itemize}
+       \item The \texttt{include} instructions load the necessary packages.
+       \item \texttt{FileSelector} will pop, at run time, a File Selector dialog box that will output the user-selected file name.
+       \item \texttt{ImageReader} will read any itk readable file, the name of which is passed as a std::string, and return a pointer on an itk image.
+       \item \texttt{Slider} will pop, at run time, a Slider widget that will output an integer number, used later as a slice number.
+       \item \texttt{Viewer2D} displays a plane, the number of which is specified by an integer.
+       \item \texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a \texttt{std::string}) to the input of the reader (a \texttt{std::string}, too).
+       \item \texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader \\(a \texttt{bbtk::any<bbitk::ImagePointer>} which is a type defined by the
+itk package, and which can hold any itk image pointer) to the input of the Viewer (a \texttt{vtkImageData *})
+\item \texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an \texttt{int}) to an other output (named Slide) of the viewer.
+       \item \texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer that it must re process itself any time the slider is modified.
+\item \texttt{exec viewer} processes the viewer.
+\end{itemize}
 
 This would correspond to the graph in figure \ref{bbi-simplegraph}
 
@@ -1112,15 +1210,15 @@ This would correspond to the graph in figure \ref{bbi-simplegraph}
 \end{figure}
    
 Of course, to be able to connect two boxes, 
-the output and the input must be compatibles
+the output and the input must be compatible. 
 You can always connect an output to an input of the \emph{same} type, 
 but you can do more, thanks to particular (hidden) black boxes called {\bf adaptors}.
 
-An adaptor is a black box which has at least one input, called \texttt{In}, 
-and at least one ouput called \texttt{Out} and whose role is to convert 
+An adaptor is a black box that has at least one input, called \texttt{In}, 
+and at least one output called \texttt{Out} and the role of which is to convert 
 a data of the type of \texttt{In} 
 into a data of the type of \texttt{Out} (other inputs or outputs may serve 
-to parameter the adaptor or retreive other usefull information).
+to parameter the adaptor or retrieve other useful information).
 
 Under \bbStudions, if you type :
 \begin{verbatim}
@@ -1132,22 +1230,23 @@ you get :
  Package std v1.0.0 - laurent.guigues@creatis.insa-lyon.fr
  Basic useful black boxes
  Black boxes : 
-      ...
+   ASCII                     : ascii codes sequence to string - ...
+   Add                       : Adds its inputs
    BoolToString        [DA]  : Converts a Bool (bool) into a string
-   CastBoolToChar      [DA]  : Static cast from Bool (bool) to Char (signed c...
-   CastBoolToDouble    [DA]  : Static cast from Bool (bool) to Double (double...
+   CastBoolToChar      [DA]  : Static cast from Bool (bool) to ...
+   CastBoolToDouble    [DA]  : Static cast from Bool (bool) to ...
       ...
-   CastBoolToUChar     [DA]  : Static cast from Bool (bool) to UChar (unsigne...
-   CastBoolToUInt      [DA]  : Static cast from Bool (bool) to UInt (unsigned...
+   CastBoolToUChar     [DA]  : Static cast from Bool (bool) to ...
+   CastBoolToUInt      [DA]  : Static cast from Bool (bool) to ...
       ...
-   CastUIntToBool      [DA]  : Static cast from UInt (unsigned int) to Bool (...
-   CastUIntToChar      [DA]  : Static cast from UInt (unsigned int) to Char (...
-   CastUIntToDouble    [DA]  : Static cast from UInt (unsigned int) to Double...
+   CastUIntToBool      [DA]  : Static cast from UInt (unsigned ...
+   CastUIntToChar      [DA]  : Static cast from UInt (unsigned ...
+   CastUIntToDouble    [DA]  : Static cast from UInt (unsigned ...
       ...      
 
 \end{verbatim}
 
-\texttt{[DA]}  stands for \emph{default adaptor}.
+In this long list you find many items marked \texttt{[DA]}, which stands for \emph{default adaptor}.
 
 Once you have loaded the package \texttt{std}, you can 
 plug an output of type \texttt{char} into an input of type \texttt{double}. 
@@ -1155,7 +1254,7 @@ When the interpreter encounters the \texttt{connect} command,
 it looks for an adequate \emph{adaptor} in the  loaded packages. 
 In our case, as the package \texttt{std} provides the 
 \texttt{CastUCharToDouble} adaptor, the interpreter automatically creates an 
-instance of this adaptor and place it \emph{between} 
+instance of this adaptor and places it \emph{between} 
 the output and the input you want to connect 
 (however this adaptor is hidden to you, 
 it is embedded into the created connection and does not appear 
@@ -1165,7 +1264,9 @@ adaptor converts the output data into the required input type,
 in a totally transparent way.
 In our example, the \texttt{CastUCharToDouble} adaptor 
 would simply cast the value of the \texttt{char} into a \texttt{double}, 
-however arbitrarily complex type conversion may be done.
+however arbitrarily complex type conversion may be done.\\
+\texttt{WARNING}: these adaptors are \texttt{C++ static cast}, i.e., there is, right now,
+ no 'intelligent' conversion (only truncation) e.g. think of \texttt{CastDoubleToUChar}!
 
 %\begin{verbatim}
 %Question (for info-dev): 
@@ -1191,26 +1292,26 @@ adaptors must be available in the packages currently loaded. \\
 %\hrule
 \begin{itemize}
 \item The \texttt{connect} command allows to connect two black boxes
-\item You can connect two black boxes if (and only if) 
+\item You can connect two black boxes if (and only if): 
 \begin{itemize}
 \item The output and the input are of the same type, or
 \item There is an adaptor black box in the packages loaded which 
 converts data of the output type into data of the input type
 \end{itemize}
-\item \texttt{help <package name>} does not display the adaptors of the package. To see them use : \texttt{help <package name> all}.
-including adaptors
+\item \texttt{help <package name>} does not display the adaptors of the package. To see them use: \texttt{help <package name> all}
+including adaptors.
 \end{itemize}
 \hrule
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating complex black boxes}
+\subsection{Creating complex black boxes}
 \label{bbi-complex-black-boxes}
 % ==========================================
 
-Remember the pipeline of figure 
+Remind the pipeline of figure 
 \ref{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}, which 
-computed the sum of three doubles?
+computed the sum of three doubles.
 You can consider it as a whole and define 
 a new black box type, which will be a \emph{complex black box}, 
 having three inputs and one output, 
@@ -1223,53 +1324,44 @@ as shown in figure \ref{bbi-fig-complex-black-box-1}.
 \end{center}
 \end{figure}
 
-The \bbi commands to define this complex black box are 
-the following :
+The \bbs commands to define this complex black box are 
+the following:
 
 \begin{verbatim}
 > load std
->
 > define Add3
->
 > new Add a
 > new Add b
 > connect a.Out b.In1
->
 > author "myself"
 > description "adds 3 doubles"
 > input x a.In1 "first double to add"
 > input y a.In2 "second double to add"
 > input z b.In2 "third double to add"
 > output result b.Out "output"
->
 > endefine
 \end{verbatim}
 
-Explainations :
-
-As we will use \texttt{Add} boxes, we need to load the package \texttt{std}, which is done in first line.
-
-The command \texttt{define} then starts the definition 
-of the complex box type, which will be called \texttt{Add3}. 
-
-The next three lines define the pipeline, 
-exactly in the same way than outside a complex box definition. 
-
-The commands \texttt{author}, \texttt{description}, \texttt{input} 
-and \texttt{output} are commands specific to complex boxes definition :
-
-\texttt{author} and \texttt{description} are used for the documentation 
+Explanations:
+\begin{itemize}
+       \item As we will use \texttt{Add} boxes, we need to load the package \texttt{std}, which is done in the first line.
+       \item The command \texttt{define} then starts the definition 
+of the complex box type that will be called \texttt{Add3}. 
+       \item The next three lines define the pipeline, 
+exactly in the same way as outside a complex box definition. 
+       \item The commands \texttt{author}, \texttt{description}, \texttt{input} 
+and \texttt{output} are specific to complex boxes definition:
+       \begin{itemize}
+               \item \texttt{author} and \texttt{description} are used for the documentation 
 of the new box. You can provide multiple \texttt{author} or 
 \texttt{description} commands, the arguments of the commands will 
 be concatenated to produce the final author and description strings.
-
-\texttt{input} and \texttt{output} are used to define the inputs and outputs 
-of the new complex box. 
-Their syntax is the same : for each new input/output you need to say 
+               \item \texttt{input} and \texttt{output} are used to define the inputs and outputs 
+of the new complex box. Their syntax is the same: for each new input/output you need to say 
 to which internal input/output it corresponds and to provide 
 a help string documenting the input/output.
 In our example, we define that the box \texttt{Add3} has 
-three inputs : \texttt{x}, \texttt{y} and \texttt{z}. 
+three inputs: \texttt{x}, \texttt{y} and \texttt{z}. 
 The input \texttt{x} corresponds to the input \texttt{In1} of the 
 internal box \texttt{a}. 
 In the same way, the external input \texttt{y} 
@@ -1280,12 +1372,13 @@ and corresponds to \texttt{b.Out}.
 The figure \ref{bbi-fig-complex-black-box-1} 
 illustrates the external to internal 
 input/output correspondence.
-
-Finally, the \texttt{endefine} command ends the definition of the 
+       \end{itemize}
+       \item Finally, the \texttt{endefine} command ends the definition of the 
 new box type.
+\end{itemize}
 
 After this definition, if you ask for help 
-on packages, you get :
+on packages, you get:
 \begin{verbatim}
 > help packages
 std
@@ -1297,24 +1390,24 @@ user
 \end{verbatim}
 
 The \texttt{user} package now contains a new black box type, called 
-\texttt{Add3}. If you ask for help on this type of box, you get :
+\texttt{Add3}. If you ask for help on this type of box, you get:
 \begin{verbatim}
 > help Add3
 Complex Black Box <user::Add3>
  adds 3 doubles
  By : myself
  * Inputs : 
-    'x'      <double> : first double to add
-    'y'      <double> : second double to add
-    'z'      <double> : third double to add
+    'x'      <double> [] : first double to add
+    'y'      <double> [] : second double to add
+    'z'      <double> [] : third double to add
  * Outputs : 
-    'result' <double> : output
+    'result' <double> [] : output
  * Boxes : 
     'a' <std::Add>
     'b' <std::Add>
 \end{verbatim}
 
-and you can use it like any other box, for example type :
+and you can use it like any other box, for example:
 
 \begin{verbatim}
 > new Add3 a
@@ -1325,18 +1418,16 @@ and you can use it like any other box, for example type :
 6
 \end{verbatim}
 
-
 As a side note, we can say that, for consistency reasons, it would have been better to name  
-\texttt{In1}, \texttt{In2} and \texttt{In3} the inputs of the black box \texttt{Add3}, 
-since all the 'natural entry' of a box is named \texttt{In}, or \texttt{In}\emph{x} if there are more than one  'natural
-entry'.
-
+\texttt{In1}, \texttt{In2} and \texttt{In3} the inputs of the black box \texttt{Add3}. Indeed, 
+by convention all the 'natural entries' of a box are named \texttt{In}, or \texttt{In}\emph{x} if there is more than one 'natural entry'.
+\newline
 % ==========================================
 \hrule
 \paragraph{Summary}
 %\hrule
 \begin{itemize}
-\item The \texttt{define/endefine} commands allows to define complex black box types, i.e. types of black boxes made up of other black boxes. 
+\item The \texttt{define/endefine} commands allow to define complex black box types, i.e. types of black boxes made up of other black boxes. 
 Inside a \texttt{define/endefine} block :
 \begin{itemize}
 \item The \texttt{author} and \texttt{description} commands allow to document the new type of box
@@ -1348,21 +1439,21 @@ of internal boxes they correspond.
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Writing scripts}
+\subsection{Writing scripts files}
 \label{bbi-writing-scripts}
 % ==========================================
 
 Once you have defined a new type of complex box, you 
 may like to reuse it. To do this, you can simply 
-write the \bbi commands defining the new box 
-into a text file and afterwards include that file in \bbi. 
-Doing this, you start writing \bbi scripts.
-The conventionnal (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
+write the \bbs commands defining the new box 
+into a text file and afterwards include that file in \bbins
+Doing this, you start writing \bbs scripts.
+The conventional (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
 (black box script).
 For consistency reasons, you are requested to prepend \texttt{bb} to the name.
 
 For example, the \texttt{Add3} complex box we previously worked on 
-can be defined in the \texttt{bbAdd3.bbs} file :
+can be defined in the \texttt{bbAdd3.bbs} file:
 
 \begin{file}{bbAdd3.bbs}
 \begin{verbatim}
@@ -1398,29 +1489,29 @@ Complex Black Box <user::Add3>
  adds 3 doubles
  By : myself
  * Inputs : 
-    'x'      <double> : first double to add
-    'y'      <double> : second double to add
-    'z'      <double> : third double to add
+    'x'      <double> [] : first double to add
+    'y'      <double> [] : second double to add
+    'z'      <double> [] : third double to add
  * Outputs : 
-    'result' <double> : output
+    'result' <double> [] : output
  * Boxes : 
     'a' <std::Add>
     'b' <std::Add>
->
-and so on ...
 \end{verbatim}
 
-If the file has the \texttt{bbs} extension, you can ommit it and just type :
+If the file has the \texttt{bbs} extension, you can omit it and just type:
 \begin{verbatim}
 > include Add3
 \end{verbatim}
+provided that {\bbStudions} knows the path to the desired \texttt{bbs} file.
+See the section \ref{The_configuration_file} to learn about the configuration file and the way to add a new path to it. Note that, if you modify the configuration file, you will have to close {\bbStudions} and run it again, so that the new configuration be taken into account.
 
-\subsubsection{Creating complex black boxes that use complex black boxes}
+\subsection{Creating complex black boxes that use complex black boxes}
 \label{bbi-complex-complex-black-boxes}
 
 
 Of course, you can include script files in other script files, 
-like in the following example :
+like in the following example:
 
 \begin{file}{bbAdd4.bbs}
 \begin{verbatim}
@@ -1432,19 +1523,21 @@ define Add4
   description "adds 4 doubles"
   new Add3 a
   new Add b
-  connect a.Out b.In1
-  input In1 a.In1 "first double to add
-  input In2 a.In2 "second double to add
-  input In3 a.In3 "third double to add"
+  connect a.result b.In1
+  input In1 a.x "first double to add
+  input In2 a.y "second double to add
+  input In3 a.z "third double to add"
   input In4 b.In2 "fourth double to add"
   output Out b.Out "output"
 endefine
 \end{verbatim}
 \end{file}
 
+Here we kept the \texttt{bbAdd3.bbs} file unchanged, so the inner box of type \texttt{Add3} \texttt{a} has the entries \texttt{x, y, z}, while the entries of the inner box \texttt{b} of type \texttt{Add} are \texttt{In1, In2}.\\
+Only the inputs \texttt{x, y, z} of box the \texttt{a} and the input \texttt{In2} of the box \texttt{b} are of interest for the end user, but he/she does not need to care neither about the inner boxes name, nor about the names of their inputs.\\
+The author of the complex box has the ability to give these inputs meaningful names (here \texttt{In1, In2, In3, In4}) and to properly document them.
 
-
-\subsubsection{Naming Conventions}
+\subsection{Naming Conventions}
 \label{bbi-Naming Conventions}
 
 
@@ -1465,8 +1558,8 @@ For example, the \texttt{Add3} complex box we previously worked on
 can be defined in the \texttt{bbAdd3.bbs} file.
 \item
 Search Paths :
-For consistency reasons, the names of dynamic libraries holding the packages must start by \texttt{libbb}.
-For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{libbbwx.dll} (Windows) or \texttt{libbbwx.so}
+For consistency reasons, the names of dynamic libraries holding the packages start by \texttt{bb}.
+For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{bbwx.dll} (Windows) or \texttt{libbbwx.so}
 (Linux).
 
 
@@ -1479,14 +1572,14 @@ For instance, the package \texttt{wx} will be in the library \texttt{libbbwx.dll
 \begin{itemize}
 \item The \texttt{include} command tells the interpreter to include a script file.
 \item Lines starting with a \texttt{\#} or with a \texttt{\//\//} are considered as comments by the interpreter.
-\item Lines between a line starting with a \texttt{\//*} an a line starting with a \texttt{*\//} are considered as comments by the interpreter.
+\item Lines between a line starting with a \texttt{\//*} an a line ending with a \texttt{*\//} are considered as comments by the interpreter.
 \end{itemize}
 
 \hrule
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating command line applications}
+\subsection{Creating command line applications}
 \label{bbi-command-line-app}
 % ==========================================
 
@@ -1585,8 +1678,7 @@ y=[the program waits for user answer]5
 x+y=7
 \end{verbatim}
 
-\bbStudio is always compiled in graphical mode (with \wx), therefore
-you can also use the \texttt{-g} commutator. 
+You can also use the \texttt{-g} commutator. 
 \bbi then prompts the user in graphical mode, 
 displaying a dialog box for each input,
 like in fig. \ref{bb-input-dialog-box}.
@@ -1598,6 +1690,11 @@ like in fig. \ref{bb-input-dialog-box}.
 \end{center}
 \end{figure}
 
+Note that for both \texttt{-t} and \texttt{-g} options, 
+the input from the user is a \texttt{string} and 
+\bbi converts it to the right input type using 
+an \texttt{adaptor}, hence the right adaptors must be loaded.
+
 % ==========================================
 \hrule
 \paragraph{Summary}
@@ -1619,20 +1716,16 @@ between double quotes, e.g. \texttt{"parameter with white spaces = gnu's not uni
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Using graphical interface boxes (widget boxes)}
+\subsection{Using graphical interface boxes (widget boxes)}
 \label{bbi-widget}
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Overwiew}
-\label{bbi-overview}
+%\subsubsection{Overview}
+%\label{bbi-overview}
 % ==========================================
 
-\bbStudio is always compiled in graphical mode 
-(option \texttt{BUILD\_bbi\_GRAPHICAL} of \cmakens, requires \wxns),
-then you can use special black boxes which are 
-graphical interface components (widgets). 
-Basic components are provided in the package \texttt{wx}, 
+Basic graphical interface components are provided in the package \texttt{wx}, 
 such as buttons, sliders, file open/save dialogs, etc.
 
 As first example, type the following commands in \bbi :
@@ -1667,29 +1760,34 @@ Type \texttt{help wx}, you get something like :
 \end{verbatim}
 
 You can reproduce the same experiment as above using a 
-\texttt{Slider} or a \texttt{FileDialog} rather than a \texttt{InputText}.
-See the files \texttt{test*.bbs} in the \texttt{scripts/test} directory.
+\texttt{Slider} or a \texttt{FileDialog} rather than a \texttt{InputText}..
 
-There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
-The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
-are ``terminal'' widgets. 
-``container'' widgets are of another kind : they are designed to 
+
+%There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
+%The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
+%are ``terminal'' widgets. 
+%``container'' widgets are of another kind : they are 
+% ==========================================
+%\subsubsection{Layout widgets}
+%\label{bbi-layout-widgets}
+% ==========================================
+
+There is a special kind of widget, called '\texttt{Layout}', designed to  
 contain other widgets in order to build larger dialog boxes. 
+
 For example, the \texttt{LayoutSplit} widget is a container which 
-``splits'' horizontally a window into two parts
+``splits'' a window into two parts, either horizontally or vertically
 each part including another widget. 
-The size of the two parts can be adjusted by the user thanks 
-to a ``handle''.
+The initial size of the two parts can be fixed by the input 'Proportion' 
+and be adjusted by the user thanks to a ``handle''.
 
-The script \texttt{scripts/test/testSplit.bbs} demonstrate its use. 
+The example \texttt{exampleLayoutSplit} demonstrates its use. 
 Run it : it displays a window with two sliders. 
 Move the sliders and close the window. 
-The final positions of the sliders are printed out. 
-Now edit the file to see how this is done :
+Now look at the source file to see how this is done :
 
 \begin{file}{scripts/test/testSplit.bbs}
 \begin{verbatim}
-load std
 load wx
 
 new Slider s1
@@ -1699,320 +1797,422 @@ new LayoutSplit s
 connect  s1.Widget s.Widget1
 connect  s2.Widget s.Widget2
 
-print s1=$s1.Out$\\n
-print s2=$s2.Out$\\n
+exec s
 \end{verbatim}
 \end{file}
 
 First, the two sliders \texttt{s1} and \texttt{s2} are created.
 A \texttt{LayoutSplit} box \texttt{s} is also created. 
 The \texttt{connect} commands then ``includes'' the sliders in the 
-split ``container''
+split widget
 The input \texttt{Widget} is common to all widget boxes : 
 every widget can be inserted into another widget. 
-The outputs \texttt{Widget1},\texttt{Widget2}  are specific of \emph{container
+The outputs \texttt{Widget1},\texttt{Widget2}  are specific of \emph{layout
 widgets 
-(in \bbi type \texttt{help Slider} 
+(in \bbi type \texttt{help Slider}: 
 you will see the output \texttt{Widget}; 
-type \texttt{help LayoutSplit} 
+type \texttt{help LayoutSplit}: 
 you will see the inputs \texttt{Widget1} and \texttt{Widget2} 
 and the output \texttt{Widget}). 
-When you connect the \texttt{Widget} output of a container 
-to the \texttt{Widget}i input of a widget, 
-you order to include the widget in the container.
+When you connect the \texttt{Widget} output of a box  
+to the \texttt{Widget}i input of a layout widget, 
+you order to include the widget in the layout.
 Of course, the order of connection is important. 
 In our case, the slider \texttt{s1} is included first, 
-then the slider \texttt{s2} : \texttt{s1} will be placed 
+then the slider \texttt{s2}: \texttt{s1} will be placed 
 on top of \texttt{s2} (the \texttt{LayoutSplit} box is 
 implemented that way, but this is arbitrary choice).
 
-Right now, there are only \emph{three} container widgets in the \texttt{wx} package : 
+Right now, there are only \emph{three} layout widgets in the \texttt{wx} package : 
 \begin{itemize} 
-\item {the \texttt{LayoutSplit} widget} we just described, the \texttt{LayoutLine} , and the \texttt{LayoutTab}
-widget. 
+\item {the \texttt{LayoutSplit} widget} we just described
 
-\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children and 
+\item {the \texttt{LayoutLine} widget} can have multiple children 
+(\texttt{Widget1}, \texttt{Widget2},\dots \texttt{Widget9} inputs) and 
 divides its window into as much parts as children, 
 each part of equal size. 
 The orientation of the \texttt{LayoutSplit} or of the \texttt{LayoutLine}  can be changed by the input \texttt{Orientation}.
-See the example \texttt{test/testSizer.bbs}.
-With only those two containers you can already create 
-complex dialog boxes (of course containers can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). 
-See the script \texttt{bbtk/share/bbtk/bbs/wx/appli/ExampleLayoutSplit.bbs} for an example.
+With only those two layout widgets you can already create 
+complex dialog boxes 
+(of course layouts can be nested, which leads to tree-like 
+structures of widgets). \\
+See the script \texttt{exampleComplexLayoutSplit\_In\_LayoutSplit} for an example.
+
+\item {The \texttt{LayoutTab}  widget} arranges its children 
+in different pages or 'tabs' (\texttt{wxNotebook}-based).
+The label of each page is the name of the widget it contains.
 
-\item {The \texttt{LayoutTab}  widget} is based on the \texttt{wxNotebook.}\\
-The label of each 'note book' is the name of the object it contains.
 \end{itemize}
 
 
 %=====> TODO \\
 
 
-%One word about a special widget in the package \texttt{wx} 
+%One word about a special widget in the package \texttt{wx}: 
 %the \texttt{Button}... to be continued.
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Deeper in the boxes}
+\subsection{Deeper in the boxes}
 \label{bbi-deep-box}
 % ==========================================
 
-Any widget box has two mandatory Inputs :
+\subsubsection{Default and mandatory inputs and outputs}
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{BoxExecute}}     : Any signal received by this input executes the box
-  \item {\bf\emph{BoxProcessMode}} : Sets the processing mode of the box :
+\item Any \texttt{atomic} black box has two default Inputs, which are created by the system :
+\begin{itemize}
+  \item {\bf\emph{BoxExecute}}    : Any signal received by this input executes the box
+  \item {\bf\emph{BoxProcessMode}}: Sets the processing mode of the box :
   \begin{itemize}
-    \item {\bf\emph{Pipeline}} : bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
-                                 The box executes itself only when an entry was changed (normal pipeline processing).
-    \item {\bf\emph{Reactive}} : bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
-                                 Warning : Re-processed immediately when \emph{any entry} changed.\\
-                                To be more selective, better use \texttt{connect A.BoxChange \emph{currentBox}.BoxExecute}.    
-    \item {\bf\emph{Always}}   : bbUpdate() always calls Process. \\
-                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no entry changed (e.g. : FileSelector, ColorSelector)\\
+    \item {\bf\emph{Pipeline}}:% bbBackwardUpdate() calls Process() only if Status == MODIFIED \\
+                                 The box executes itself only when an input was changed (normal pipeline processing).
+    \item {\bf\emph{Reactive}}: %bbSetModifiedStatus() calls bbUpdate() \\
+                                 Re-processes immediately when \emph{any input} changes.\\
+                                To be more selective, better use 
+       '\texttt{connect A.BoxChange B.BoxExecute}'.    
+    \item {\bf\emph{Always}}  :% bbUpdate() always calls Process. \\
+                                 Usefull for 'sources', that must be processed, even when no input changed (e.g.: FileSelector, ColorSelector)\\
                                 This one is not end user intended (for Package developer only)
   \end{itemize}   
 \end{itemize}
+\item And one default output :
+\begin{itemize}
+  \item {\bf\emph{BoxChange}} : Signals any modification of the box. This output may be connected if necessary to the \emph{BoxExecute} 
+  input of an other box : each time the boxes changes (e.g. a Slider is moved) the box it is connected to will be forced to update.
+\end{itemize}
+
+If you create complex boxes, it is a good idea to define those inputs and outputs to be able 
+to force the execution of your complex box or be aware of its changes...
 
-Any widget box has five Inputs, that will be dealt with only if the box is not connected to the \emph{Widget}i of any \emph{Layout box} :  
+\item Any {\bf widget} box has five Inputs, that will be dealt with only if the box is not connected to the \emph{Widget}i of any \emph{Layout} box :  
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{WinHeight}} : Height of the window 
-  \item {\bf\emph{WinWidth}}  : Width of the window  
-  \item {\bf\emph{WinTitle}}  : Title of the window
-  \item {\bf\emph{WinClose}}  : Any received signal closes the window
-  \item {\bf\emph{WinHide}}   : Any received signal hides the window
-  \item {\bf\emph{WinDialog}} : When set to 'true', creates a \emph{dialog window}, that blocks the pipeline until it is closed (\emph{modal})   
+  \item {\bf\emph{WinHeight}}: Height of the window 
+  \item {\bf\emph{WinWidth}} : Width of the window  
+  \item {\bf\emph{WinTitle}} : Title of the window
+  \item {\bf\emph{WinClose}} : Any received signal closes the window
+  \item {\bf\emph{WinHide}}  : Any received signal hides the window
+  \item {\bf\emph{WinDialog}}: When set to 'true', creates a \emph{dialog window}, that blocks the pipeline until it is closed (\emph{modal})   
 \end{itemize}
 
+If you define a complex widget box, it is a good idea to define these inputs to be able 
+to customize your window settings.
+
+\item Any {\bf widget} box has one mandatory Output :
 
-Any \emph{Layout box} (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has at one or more mandatory Inputs :
 \begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{Widget}}\texttt{i} : e.g. a \emph{LayoutSplit} box (Widget which splits a window in two resizeable parts) 
+  \item {\bf\emph{Widget}}: that is the \texttt{wxWindow} itself. If it's not connected to the \texttt{Widget}\emph{i} of any \emph{Layout box}, then the box  will create its own window (frame or dialog) on execution. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of a \texttt{Layout box}, 
+     it will be embedded in its parent window.
+\end{itemize}    
+
+If you define a complex widget box, it is a good idea to use this standard name for your window output
+
+\item Any {\bf Layout} box (i.e. \emph{LayoutLine}, \emph{LayoutSplit} or \emph{LayoutTab}) has one or more mandatory Inputs :
+\begin{itemize}
+  \item {\bf\emph{Widget}}\texttt{i}: e.g. a \emph{LayoutSplit} box (Widget which splits a window in two resizeable parts) 
        has two Input parameters \emph{Widget1} and \emph{Widget2}, used to embed the child windows.\\
        e.g. a  \emph{LayoutLine} divides the window in up to 9 (depending on the number of inputs \emph{Widget}i) fixed size parts.  
 \end{itemize} 
 
+If you define a complex layout box, it is a good idea to use these standard names for your 
+sub-windows inputs.
 
-Any widget box has two mandatory Outputs  :
-
-\begin{itemize}
-  \item {\bf\emph{Widget}} : that is the \texttt{wxWindow} itself. If it's not connected to the \texttt{Widget}\emph{i} of any \emph{Layout box}, it
-     will popup. If it's connected to the \texttt{Widget}\texttt{\emph{i}} of any \texttt{Layout box}, it will be embedded in its parent window.
-  \item {\bf\emph{Boxchange}}  : Signals any modification of the box. This output may be connect if necessary to the \emph{BoxExecute} entry of an other box,
-   further within the execution pipeline.
-\end{itemize}    
+\end{itemize}
 
 
+% ==========================================
+%\subsection{More on ...}
+%\label{bbi-more-on}
+% ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsection{More on ...}
-\label{bbi-more-on}
+%\subsubsection{Black box packages}
+%\label{bbi-more-on-packages}
 % ==========================================
+%There are various others user-intended packages :
 
+%\begin{verbatim}
+%---> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
+%---> Any suggestion welcome!
+%\end{verbatim}
+
+%\begin{itemize}
+%\item{vtk} \\
+%\item{itk} \\
+%\item{...} \\
+%\end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{Black box packages}
-\label{bbi-more-on-packages}
+%\subsubsection{Pipeline processing}
+%\label{bbi-more-on-pipeline-processing}
 % ==========================================
-There are various others user-intended packages :
+%\begin{itemize}
+%\item the ``control'' mechanism in bbi.
 
-\begin{verbatim}
----> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
----> Any suggestion welcome!
-\end{verbatim}
+%When a box is requested to update itself, it asks (recursively) each one of its inputs if it was modified.\\
+%In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs was actually modified, as the output of a previous box.
+
+%(switch exec commands, e.g. Button)
+%\item the role of ProcessMode to update widgets.
+%\end{itemize}
+
+%\subsubsection{Advanced issues}
+%\paragraph{Reducing the number of inputs of a box}
 
-\begin{itemize}
-\item{vtk} \\
-\item{itk} \\
-\item{...} \\
-\end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{Pipeline processing}
-\label{bbi-more-on-pipeline-processing}
+%\subsubsection{Errors}
+%\label{bbi-more-on-errors}
+
 % ==========================================
-\begin{itemize}
-\item the ``control'' mechanism in bbi.
 
-When a box is requested to update itself, it asks (recursively) each one of its inputs if it was modified.\\
-In normal pipe-line mode, it will be re-processed if at least one of its imputs was actually modified, as the output of a previous box.
 
-(switch exec commands, e.g. Button)
-\item the role of ProcessMode to update widgets.
-\end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{Complex black boxes}
-\label{bbi-more-on-complex-black-boxes}
-Creation of complex widgets (containers, contained...)
+%\vspace{0.5cm}
+\hrule 
+\newpage
+\section{Using third party Package}
+\label{Third_Party_Package}
+% ==========================================
+% ==========================================
+\subsection{Installing a Package}
+\label{Installing_a_Package}
 
-You can include script files in other script files, 
-like in the following example :
+% ==========================================
+\subsubsection{Linux users}
+\label{Installing_a_Package_for_Linux_users}
 
+After compiling a Package, at install time, think of using :
+\begin {verbatim}
+su - 
+make install
+\end{verbatim}
 
-\begin{verbatim}
-# Defines the Add4 black box which adds 4 doubles 
-include Add3
-define Add4
-  author "myself"
-  description "adds 4 doubles"
-  new Add3 a
-  new Add b
-  connect a.Out b.In1
-  input In1 a.In1 "first double to add"
-  input In2 a.In2 "second double to add"
-  input In3 a.In3 "third double to add"
-  input In4 b.In2 "fourth double to add"
-  output Out b.Out "output"
-endefine
+and neither :
+\begin {verbatim}
+su 
+make install
 \end{verbatim}
 
-The inner boxes have they own entries (In1, In2, In3 for box a, In1, In2 for box b )\\
-Only the inputs In1, In2, In3 of box a and the input In2 of box b is of interest for the end user, but he dosn't want to have to
-care neither about the inner boxes name, nor about the names of their Inputs.\\
-The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningfull name !
-\begin{verbatim}
-  input In3 a.In3 "third double to add"
-  input In4 b.In2 "fourth double to add"
+nor :
+\begin {verbatim}
+sudo make install
 \end{verbatim}
 
-%\subsubsection{Advanced issues}
-%\paragraph{Reducing the number of inputs of a box}
+otherwise package documentation will not be generated. \\
+
+Think of updating your environment variable LD\_LIBRARY\_PATH (in .bashrc in
+you're using bash), to add the path to the shared library
+libbb\emph{YourNewPackageName}.so
 
+
+% ==========================================
+\subsubsection{Windows users}
+\label{Installing_a_Package_for_Windows_users}
 % ==========================================
-\subsubsection{Errors}
-\label{bbi-more-on-errors}
+Think of updating your environment variable LD\_LIBRARY\_PATH to add the path to the dynamic library
+bb\emph{YourNewPackageName}.dll
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Creating and using your own uninstalled version of bbStudio}
-\label{bbi-more-on-your_own_version}
+\subsection{Plugging in a Package}
+\label{Plugging_in_a_Package}
+% ==========================================
 
-Suppose you want to run your own uninstalled version (say : you downloaded and compiled the
-cvs version in order to use a recently commited patch, but you want to be able
-to still use the standard version).
-You have to :
-\begin{itemize} 
-\item cvs checkout the sources :
-\begin{verbatim}
-cvs checkout bbtk
-\end{verbatim}
-\item 
-create a build directory
-\begin{verbatim}
-mkdir buildBBTK
-\end{verbatim}
-\item cd in the build directory:
-\begin{verbatim}
-cd buildBBTK
-\end{verbatim}
-\item run ccmake.
-\begin{verbatim}
-ccmake ../bbtk
-\end{verbatim}
+\bbStudio makes it easy for you : in the menu \texttt{Tools} just click on the 
+option \texttt{Plug Package}. You will be asked to '\texttt{Select
+package directory}'. Browse untill you find the install or the build directory,
+depending whether you installed the package or not.
 
-Don't forget to switch ON the flag \textttBBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE \\
-(see figure : \ref{bb-ccmake})
+\bbStudio will update the configuration file, generate the 'Package
+documentation', and update the 'Boxes Lists'.
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-ccmake}\Running ccmake}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{ccmake.png}
-\end{center}
-\end{figure}
+You will be able to use the new package just as you did for any other \bbtk
+canonical Package.
 
-\item As usual, type \texttt{c} untill there is no longer any area quoted with a * (or enlighted in red)\\
-Ask for generation (type \texttt{g} -once is always enough-)
+% ==========================================
+\subsection{Hard incorporating of a Package}
+\label{Hard_incorporating_of_a_Package}
+% ==========================================
 
-\item Ask for compilation and link.
-\begin{verbatim}
-make
-\end{verbatim}
-For some strange reasons (?!?), you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
-Take it easy, \texttt{make} again!\\
+If the Package you want to use is supplied in a non standard way (e.g.: you
+where given one ore more dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}), and/or
+one or more directories containing \bbtk scripts (\texttt{.bbs})
+you can edit your \bbtk configuration and add the appropriate 
+paths, see \ref{The_configuration_file}.
+
+%\end{itemize}
+% ==========================================
+\subsection{Updating the documentation}
+\label{Updating_the_documentation}
+% ==========================================
+You may add your own boxes (simple boxes, if you are aware enough in \CPP
+language, or complex boxes if you are aware enough in bbtk scripting).
 
-The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \testtt{bin}
-directory of the built tree.
+To update the html help of this package,
+use the option \texttt{Regenerate package doc} 
+in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.
+You'll be prompted for the Package name. 
+Avoid using the \texttt{-a} option (Regenerate all), since it's time consumming.
+
+To update html boxes lists with the new boxes,
+use the option \texttt{Regenerate Boxes Lists} 
+in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.
 
-\item choose to install or not your own version.
-\begin{verbatim}
-make install
-\end{verbatim}
-Linux users : Don't forget to \texttt{sudo} before.
-\end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{\bbtk configuration file and search pathes}
-\label{bbi-more-on-configuration}
+\subsection{Using the package}
+\label{Using_the_package}
+% ==========================================
 
-At start, \bbi tries to open an \texttt{xml} 
-configuration file named \texttt{bbtk\_config.xml}. 
-The search order is 
-\begin{enumerate}
-\item The current directory
-\item The subdir \texttt{.bbtk} of the user's home directory. 
-\begin{itemize} 
-\item On \texttt{Unix}, the home directory is the
-one stored by the environnement variable \texttt{HOME}, 
-typically \texttt{/home/username}.
-\item On \texttt{Windows}, the home directory is 
-the user's profile directory stored by the environnement 
-variable \texttt{USERPROFILE}, 
-typically \texttt{C:\\...}.
-\end{itemize}
-\item If none of these two pathes contains the file then it creates 
-a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
-\end{enumerate}
+The only thing you have to do is to \texttt{include} or \texttt{load} the package, 
+within a script, or from the \texttt{Command} part, 
+and enjoy the black boxes it contains.
+
+% ==========================================%\subsection{Packages you'll probably want to use }
+%\label{Packages_you_ll_want_to_use}
+% ==========================================
+%\begin {itemize}
+%\item{\texttt{creaLib}} \\
+%a.k.a \texttt{crea}. It's a set of 'low level' utilities, needed by other
+%packages (an, sure,  useful as well for people that doesn't use bbtkns.
+%\item{\texttt{creaContours}} \\
+%Provides sophisticated widgets for managing 3D R.O.I. (Regions of interest)
+%\item{\texttt{creaImageIO}} \\
+%Allows browsing, selectionning, ordering directories containing images of almost any type
+%(including DICOM)
+%\end {itemize}
+%\newpage
+% ==========================================
+%\vspace{0.5cm}
+\hrule
+\newpage
+\section{Using black boxes in \CPP programs}
+\label{cpp}
+% ==========================================
 
-Once created, you can edit the \texttt{bbtk\_config.xml} file located 
-in your \texttt{.bbtk} directory. It contains :
+A very useful feature is that you may use any widget 
+black box within a \CPP program 
+without worrying about writing a \wx main application.\\
+
+Let's look a the following bbs script :
 
-\begin{file}{bbtk\_config.xml}
 \begin{verbatim}
-<?xml version="1.0" encoding="iso-8859-1"?>
-<config>
-   <description>  </description>
-   <bbs_path>     </bbs_path>
-   <package_path> 
-      /usr/local/lib
-   </package_path>
-   <data_path> </data_path>
-   <default_temp_dir>$</default_temp_dir>
-</config>
+# Load the packages
+load std
+load wx
+
+# Create the Objects
+new Slider     slider
+new OutputText text
+new LayoutLine layout
+
+# Graphical pipeline
+connect slider.Widget    layout.Widget1
+connect text.Widget      layout.Widget2
+
+# Execution pipeline
+connect slider.BoxChange text.BoxExecute
+connect slider.Out       text.In
+
+# Go!
+exec layout
 \end{verbatim}
-\end{file}
 
-You can add pathes to 
-\begin{itemize}
-\item A custom folder in which to search for \texttt{.bbs} scripts (\texttt{include} command of \bbi) by adding an \texttt{xml} tag : 
-\texttt{<bbs\_path>complete\_path\_to\_folder<\/bbs\_path>}.
-\item A custom folder in which to search for packages (\texttt{load} command of \bbi) by adding an \texttt{xml} tag : 
-\texttt{<package\_path>complete\_path\_to\_folder<\/package\_path>}.
-\end{itemize}
+User wants to create a slider and an output text, within a LayoutLine, 
+and display the slider value in the output text.
+Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.
 
+The following \CPP code does the same :
 
-\newpage
+\begin{verbatim}
+#include <bbtkFactory.h>
+#include <bbwxSlider.h>
+#include <bbwxOutputText.h>
+#include <bbwxLayoutLine.h>
+
+int main(int argv, char* argc[])
+{
+  try
+    {
+      // we need to intanciate a bbtk::Factory to be aware of the adaptors
+      bbtk::Factory::Pointer factory = bbtk::Factory::New();
+      
+      // Load the packages
+      // ----------------  
+      factory->LoadPackage("std");
+      factory->LoadPackage("wx");
+      
+      // Create the Objects
+      // ------------------      
+      bbwx::Slider::Pointer     slider   = bbwx::Slider::New("slider");
+      bbwx::OutputText::Pointer text     = bbwx::OutputText::New("text");
+      bbwx::LayoutLine::Pointer layout   = bbwx::LayoutLine::New("layout");
+      
+      // Graphical pipeline
+      bbtk::Connection::Pointer c1       = bbtk::Connection::New(slider,"Widget",
+                                                                layout,"Widget1");
+                                                          
+      bbtk::Connection::Pointer c2       = bbtk::Connection::New(text,"Widget",
+                                                                layout,"Widget2");
+                                                                                                                                                                          
+      // Execution pipeline
+      // ------------------
+      
+      // We have to pass the 'factory', in order to call automatically an adaptor,
+      // if necessary.
+      bbtk::Connection::Pointer s2t      = bbtk::Connection::New(slider,"Out",
+                                                                text,"In",
+                                                                factory);      
+      bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
+                                                                 text,"BoxExecute");      
+      layout->bbSetInputWinDialog(true);
+      
+      // Go!
+      // ---     
+      layout->bbExecute();
+
+    }
+  catch (bbtk::Exception e)
+    {
+      bbtk::MessageManager::SetMessageLevel("Error",1);
+      e.Print();
+    }
+}
+
+In this code, we use the headers of the \texttt{bbwx} \CPP library, 
+which define the black boxes of the \texttt{wx} package. 
+
+to be continued ...
+
+\end{verbatim}
 
 % ==========================================
-\subsection{Language reference}
+\hrule
+\newpage
+\section{\bbs language reference}
 \label{bbi-reference}
 % ==========================================
 
-
 % ==========================================
-\subsubsection{pipeline creation and execution related commands}
+\subsection{Pipeline creation and execution related commands}
 \label{bbi-reference-creation-execution}
 % ==========================================
-
+% See table \ref{bbi-reference-box}
 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-box} \bbi pipeline creation and execution related commands.}
+\caption{\label{bbi-reference-box} \bbs pipeline creation and execution related commands.}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
-\texttt{new} & \texttt{<boxtype>} \texttt{<box-name>}& 
-Creates a box of type \texttt{boxtype} and name  
+\texttt{new} & \texttt{<box-type>} \texttt{<box-name>}& 
+Creates a box of type \texttt{box-type} and name  
 \texttt{box-name}.\\ \hline
 
+\texttt{newgui} & \texttt{<box-name>} \texttt{<gui-box-name>} &
+Automatically creates a graphical user interface with name \texttt{gui-box-name}
+for the black box \texttt{box-name} and connects it to the box inputs\\ \hline 
+
 \texttt{delete} & \texttt{<box-name>} & 
-Destroys the box named \texttt{box-name}.\\ \hline 
+Destroys the box named \texttt{box-name}\\ \hline 
 
 \texttt{connect} & \texttt{<box1.output>} \texttt{<box2.input>} & 
 Connects the output 
@@ -2026,24 +2226,15 @@ An \texttt{adaptor} must exist
 in the packages loaded which converts a \texttt{std::string} 
 to the type of the input \texttt{input}. \\ \hline 
 
-\texttt{print} & \texttt{<string>} & 
-Prints the string after substituting each token of the form \texttt{\$box.output\$} by the adaptation to string of the value of the 
-output \texttt{output} of the box named \texttt{box}. 
-An \texttt{adaptor} must exist
-in the packages loaded which converts 
-the type of the output \texttt{output}
-to a \texttt{std::string}.
-\\ \hline 
-
 \texttt{exec} & \texttt{<box-name>} & 
 Executes the box named \texttt{box-name}.
 If needed the boxes 
 connected to its inputs 
 are also processed recursively (pipeline processing).\\ \hline 
-\texttt{exec} & \texttt{freeze} & 
- Allows to block execution commands while keeping definition commands active.(This one is not for end user)\\ \hline 
-\texttt{exec} & \texttt{unfreeze} & 
- Turns back to 'normal' mode (This one is not for end user).\\ \hline 
+& \texttt{freeze} & 
+ Allows to block execution commands while keeping definition commands active (this one is not for end user)\\ \hline 
+& \texttt{unfreeze} & 
+ Turns back to 'normal' mode (this one is not for end user).\\ \hline 
 \end{tabular}
 \end{table}
 % ==========================================
@@ -2051,23 +2242,59 @@ are also processed recursively (pipeline processing).\\ \hline
 \newpage
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Interpreter related commands}
+\subsection{Package related commands}
+\label{bbi-reference-package}
+
+\begin{table}[!ht]
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbs package related commands. }% (part 1).}
+\small
+\begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
+\hline
+Command & Parameters & Effect \\ \hline
+
+
+\texttt{include} & \texttt{<package-name>} & 
+Loads the package \texttt{package-name} and includes all its complex box definition scripts. \\ \hline 
+
+\texttt{load} & \texttt{<package-name>} & 
+Loads the atomic black boxes of package \texttt{package-name}.
+Loads the dynamic library but not the complex boxes defined in the scripts shipped with the package. 
+Use it only if you know that you won't work with its complex black boxes \\ \hline 
+
+\texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
+Unloads the package \texttt{package-name}. 
+The package must have been previously loaded. 
+No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline 
+
+\texttt{reset} & - & Deletes all boxes and unloads all packages so 
+that the interpreter gets back to its initial state \\ \hline 
+
+
+\texttt{package} &  \texttt{<package-name>} &  
+All complex black boxes definitions until the next \texttt{endpackage} 
+will be stored into the package \texttt{package-name}  \\ \hline 
+
+\texttt{endpackage} & - & 
+Closes a \texttt{package} command  \\ \hline 
+
+
+\end{tabular}
+\end{table}
+\newpage
+
+% ==========================================
+\subsection{Interpreter related commands}
 \label{bbi-reference-interpreter}
 % ==========================================
-
+%See table \ref{tabbbi-reference-interpreter_1} and \ref{tabbbi-reference-interpreter_2}
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-interpreter}\bbi intepreter related commands.}
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbs intepreter related commands. }% (part 1).}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
-\texttt{author} &  \texttt{<author-name>} & 
-Adds the string \texttt{<author-name>} to the author information of the black box being defined \\ \hline 
-
-\texttt{category} & \texttt{<category-name>} & 
-  Adds the string \texttt{<category-name>} to the category information of the black box being defined \\ \hline 
 
 \texttt{help} & - & 
 Prints help on available commands \\ \hline 
@@ -2089,75 +2316,91 @@ Prints help (with full description) on the type of box
 \texttt{box-type}. 
 The box type must belong to a package which has been previously loaded \\ \hline 
 
-& \texttt{<debug-directive>} & 
-[expr|-C|-D] 
-  Prints debug info on living bbtk objects containing the string \texttt{expr} (default expr=''). 
-         \texttt{-C} checks the factory integrity.
-        \texttt{-D} turns on objects debug info after main ends\\ \hline 
+\texttt{message}
+& - & 
+Prints information on available kinds of messages and their current level\\ \hline 
+
+ & \texttt{<kind>} \texttt{<level>} & 
+Sets the level of verbosity of the interpreter for the kind of messages 
+\texttt{kind} to \texttt{level}.\\ \hline 
+
 
 \texttt{include} & \texttt{<file-name>} & 
 Includes and executes the content of the file named \texttt{file-name} 
 exactly like if you were typing its content at the place were the 
 \texttt{include} command is. \\ \hline 
 
-\texttt{load} & \texttt{<package-name>} & 
-Loads the package \texttt{package-name} (use it only if you know that you won't work with complex black boxes) \\ \hline 
-
-\texttt{include} & \texttt{<package-name>} & 
-Loads the package \texttt{package-name} and includes all the complex black boxes that comes with it \\ \hline 
+\texttt{print} & \texttt{<string>} & 
+Prints the string after substituting each token of the form \texttt{\$box.output\$} by the adaptation to string of the value of the 
+output \texttt{output} of the box named \texttt{box}. 
+An \texttt{adaptor} must exist
+in the packages loaded which converts 
+the type of the output \texttt{output}
+to a \texttt{std::string}.
+\\ \hline 
 
-\texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
-Specifies the \texttt{kind} of the complex black boxes you are describing \\ \hline 
+\texttt{graph} & ... & 
+Generates the html doc including the pipeline graph for a given complex box \\ \hline
 
-\texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
-Unloads the package \texttt{package-name}. 
-The package must have been previously loaded. 
-No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline 
+\texttt{index} & ... & 
+Generates the html index of currently loaded boxes types \\ \hline
 
-\texttt{message} & \texttt{<category>} \texttt{<level>} & 
-Sets the level of verbosity of \bbi for the category of messages 
-\texttt{category} to \texttt{level}.\\ \hline 
-%See \ref{verbosity}. 
+\texttt{config} & - & Displays the configuration parameters\\ \hline 
 
-\texttt{config} & - & Displays the Configuration parameters\\ \hline 
 
-\texttt{reset} & - & Deletes all boxes and unloads all packages so 
-that \bbi gets back to its initial state \\ \hline 
+\texttt{debug} & \texttt{<debug-directive>} & 
+[expr|-C|-D] 
+  Prints debug info on living bbtk objects containing the string \texttt{expr} (default expr=''). 
+         \texttt{-C} checks the factory integrity.
+        \texttt{-D} turns on objects debug info after main ends\\ \hline 
 
-\texttt{quit} & - & Exits the interpreter (Don't use it under \bbStudions)\\ \hline 
+\texttt{quit} & - & Exits the interpreter\\ \hline 
 
 \end{tabular}
 \end{table}
 % ==========================================
 
-
+\newpage
 
 % ==========================================
-\subsubsection{complex black box definition related commands}
+\subsection{Complex black box definition related commands}
 \label{bbi-reference-black-box-definition}
 % ==========================================
 
+%See table \ref{bbi-reference-complex-box} 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbi complex black box definition related commands.}
+\caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbs complex black box definition related commands.}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
 Command & Parameters & Effect \\ \hline
 
 
-\texttt{define} & \texttt{<box-type>} & 
-Starts the definition of a complex black box of type  
-\texttt{box-type}\\ \hline 
+\texttt{define} & \texttt{<box-type>} [\texttt{<package-name>}] & 
+Starts the definition of a complex black box of type
+\texttt{box-type}. If \texttt{<package-name>} is provided then includes the 
+box in the given package (otherwise it is defined in the current package, 
+i.e. \texttt{user} if outside a \texttt{package/endpackage} block). \\ \hline 
 
 \texttt{endefine} & - & 
 Ends the definition of a complex black box type\\ \hline 
 
 \texttt{author} & \texttt{<string>} & 
-Sets the author(s) of the complex black box currently being defined \\ \hline 
+Concatenate the string to the author string 
+of the current complex black box.\\ \hline 
 
 \texttt{description} & \texttt{<string>} & 
-Sets the description of the complex black box currently being defined \\ \hline 
+Concatenate the string to the description of the current complex black box. 
+\\ \hline 
+
+\texttt{category} & \texttt{<string>} & 
+Specifies the \texttt{categories} of the current complex black box. 
+The categories must be separated by semicolons, e.g. "\texttt{widget;image}"\\ \hline 
+
+\texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
+Specifies the \texttt{kind} of the current complex black box 
+( ADAPTOR, DEFAULT\_ADAPTOR, WIDGET\_ADAPTOR, DEFAULT\_WIDGET\_ADAPTOR )\\ \hline 
 
 \texttt{input} & \texttt{<name>} \texttt{<box.input>} \texttt{<help>} & 
 Defines a new input for the current complex black box, 
@@ -2177,203 +2420,161 @@ the output \texttt{output} of the box \texttt{box}.
 \texttt{<help>} is the help string for the new output.
 The box \texttt{box} must already have been created in the complex box and of course have an output named \texttt{output}. \\ \hline 
 
-
 \end{tabular}
 \end{table}
-% ==========================================
-
-\newpage
-
-% ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{The Package Browser}
-\label{Package_Browser}
-% ==========================================
 
+%\newpage
+Note : if outside a \texttt{define/endefine} block then the current complex black box 
+is '\texttt{user::workspace}', that is the main program equivalent 
+(this is how applications are documented).
+This remark holds for all complex black box related commands.
 
-You can run it using the tool bar of the 'Command' part.
 
-See figure \ref{Package_Browser}.
 
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{Package_Browser}The Package Browser}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
-\end{center}
-\end{figure}
 
-It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
-(warning : it's case sensitive, i.e \texttt{Button} will give different results thn \texttt{button} ...)
-\begin {itemize}
-\item Pakages :\\
-All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
-\item Name :\\
-You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
-\item Description :\\
-You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
-the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
-\item Category :\\
-You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
-\item Input Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Output Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Input Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
-\item Output Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
-\texttt{signal},\texttt{file name})
-\end {itemize}
 
 
-All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
-You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
 
 
 % ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{Using third party Package}
-\label{Third_Party_Package}
 % ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+% ==========================================
+%\hrule
+\newpage
+\section{Install and run time issues}
+% ==========================================
+
 
-You will have to update the \emph{bbtk\_config.xml} file.\\
-To know where it is stored, just click on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
 
-You'll get something like :
+
+%%==============================================================================================
+%%==============================================================================================
+\subsection{\bbtk configuration file}
+\label{The_configuration_file}
+%%==============================================================================================
+%%==============================================================================================
+
+At start, \bbtk applications (\bbStudio, \bbi) try 
+to open an \texttt{xml} 
+configuration file named \texttt{bbtk\_config.xml}. 
+The search order is 
+\begin{enumerate}
+\item The current directory
+\item The subdir \texttt{.bbtk} of the user's home directory. 
+\begin{itemize} 
+\item On \texttt{Unix}, the home directory is the
+one stored by the environnement variable \texttt{HOME}, 
+typically \texttt{/home/username}.
+\item On \texttt{Windows}, the home directory is 
+the user's profile directory stored by the environnement 
+variable \texttt{USERPROFILE}, 
+typically \texttt{C:$\backslash$ Documents and Settings$\backslash$ username}.
+\end{itemize}
+\item If none of these two paths contains the file then it creates 
+a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
+\end{enumerate}
+
+
+Information on \bbtk configuration is 
+obtained in \bbStudio by clicking on the 
+\texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
+
+If you did not installed other packages than the ones 
+provided by \bbtk, you get something like :
 
 \begin{verbatim}
-=============
+ =============
  Configuration
  =============
- bbtk_config.xml    : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/bbtk_config.xml]
- Documentation Path : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/doc]
- Data Path          : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/data]
- Temp Directory     : [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN]
+ bbtk_config.xml    : [/home/guigues/.bbtk/bbtk_config.xml]
+ Documentation Path : [/usr/local/bin/../share/bbtk/doc]
+ Data Path          : [/usr/local/bin/../share/bbtk/data]
+ Temp Directory     : []
  File Separator     : [/]
  BBS Paths   
  --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../share/bbtk/bbs]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs]
+ --- [/usr/local/bin/../share/bbtk/bbs]
  PACKAGE Paths : 
  --- [.]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin/../lib]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug]
- --- [/home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release] 
+ --- [/usr/local/bin/../lib]
 \end{verbatim}
 
-(depending on who you are, and whether \texttt{bbStudio} is installed or not.)\\
+The first line let you know which configuration file is currently used.
 
-Just use your favourite text editor to add :
-\begin{itemize}
-\item
- at the end of the \texttt{BBS Paths} part 
- the name of the directory that contains the \texttt{.bbs} scripts of the package you
-want to use,
-\item at the end of the \texttt{PACKAGE Paths} part
- the name of the directory that contains the dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}) of the package
-\end{itemize}
-
-If you want (and sure you will) to be able to use the Help tools as well on the features provided by this package, you must use the
-option \texttt{Generate index}  in the menu \texttt{Tools} of the \texttt{Files} part toolbar.  
-% ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{Using black boxes in \CPP programs}
-\label{cpp}
-% ==========================================
-
-A very usefull feature is that you may use any black box within a \CPP program witout worrying about wxWigets main window.\\
+You can open this file using \bbStudio menu \texttt{Files$>$Open bbtk Config file}.
 
-Let's look a the following bbs script :
+You will get something like :
 
 \begin{verbatim}
-# Load the packages
-load std
-load wx
-
-# Create the Objects
-new Slider     slider
-new OutputText text
-new LayoutLine layout
-
-# Graphical pipeline
-connect slider.Widget    layout.Widget1
-connect text.Widget      layout.Widget2
+<?xml version=\"1.0\" encoding=\"iso-8859-1\"?>
+<config>
+  <bbs_path>     </bbs_path>
+  <package_path> </package_path>
+  <default_temp_dir> $ </default_temp_dir>
+</config>
+\end{verbatim}
 
-# Execution pipeline
-connect slider.BoxChange text.BoxExecute
-connect slider.Out       text.In
+The \texttt{xml} tags \texttt{bbs\_path} and \texttt{package\_path} 
+allow to set additionnal directories in which to search 
+for \bbs files and packages dynamic libraries.
 
-# Go!
-exec layout
+For example, if you add the line :
+\begin{verbatim}
+  <bbs_path> /home/guigues/bbs </bbs_path>
 \end{verbatim}
 
-User wants to create a slider and an output text, within a layoutline, and display the slider value in the output text.\\ 
-Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.\\
+Then the interpreter will search for \bbs in the folder \texttt{/home/guigues/bbs}, 
+which allows a command like \texttt{'include bbMyBox.bbs'} to work if 
+the folder \texttt{/home/guigues/bbs} contains the file \texttt{bbMyBox.bbs}.
 
-Using \bbtk you just 'convert' the script :
-\begin{verbatim}
+The same, the \texttt{xml} tag \texttt{<package\_path>} let you 
+set additional path in which to find a package dynamic library, 
+hence allowing to load additionnal packages with the \texttt{'load'} command.
 
-#include <bbwxSlider.h>
-#include <bbwxOutputText.h>
-#include <bbtkFactory.h>
-#include <bbwxLayoutLine.h>
+All \bbs and package paths are summmarized in the 
+information output when pressing 'Config' in \bbStudio. 
+You can see that two \bbs paths are always set :
+\begin{itemize}
+\item The current directory (\texttt{.})
+\item The \bbs folder of \bbtk 
+\end{itemize}
+Also, two package paths are always set :
+\begin{itemize}
+\item The current directory (\texttt{.})
+\item The libraries folder of \bbtk 
+\end{itemize}
 
-int main(int argv, char* argc[])
-{
-      // we need to intanciate a bbtk::Factory to be aware of the adaptors
-      bbtk::Factory::Pointer factory = bbtk::Factory::New();
-      
-      // Load the packages
-      // ----------------  
-      factory->LoadPackage("std");
-      factory->LoadPackage("wx");
-      
-      // Create the Objects
-      // ------------------      
-      bbwx::Slider::Pointer     slider   = bbwx::Slider::New("slider");
-      bbwx::OutputText::Pointer text     = bbwx::OutputText::New("text");
-      bbwx::LayoutLine::Pointer layout   = bbwx::LayoutLine::New("layout");
-      
-      // Graphical pipeline
-      bbtk::Connection::Pointer c1       = bbtk::Connection::New(slider,"Widget",
-                                                          layout,"Widget1");
-                                                          
-      bbtk::Connection::Pointer c2       = bbtk::Connection::New(text,"Widget",
-                                                          layout,"Widget2");
-                                                                                                                                                                          
-      // Execution pipeline
-      // ------------------
-      
-      // We have to pass the 'factory', in order to call automatically an adaptor,
-      // if necessary.
-      bbtk::Connection::Pointer s2t      = bbtk::Connection::New(slider,"Out",
-                                                           text,"In",
-                                                           factory);      
-       bbtk::Connection::Pointer c3       = bbtk::Connection::New(slider,"BoxChange",
-                                                            text,"BoxExecute");      
-      layout->bbSetInputWinDialog(true);
-      
-      // Go!
-      // ---     
-      layout->bbExecute();
+Additional paths set in your \texttt{bbtk\_config.xml} are added after those standard paths.
+Note that the order displayed is the one in which the folders are searched when 
+\texttt{include} or \texttt{load} commands are issued.
 
-    }
-  catch (bbtk::Exception e)
-    {
-      bbtk::MessageManager::SetMessageLevel("Error",1);
-      e.Print();
-    }
-}
-\end{verbatim}
 
-%\bibliography{all}
+%%==============================================================================================
 
+\subsection{Misc}
+\begin {itemize}
+%\item{make} \\
+%For some strange reasons (?!?), at \texttt{cmake} time, 
+%you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
+%Take it easy, \texttt{make} again!\\
 
+\item{\bbStudio} is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets.
+If, after some hazardous floating/docking operations onto the frame, you feel
+very unhappy with the result, just remove from the hidden directory
+\texttt{.bbtk} the file named \texttt{bbStudio.aui}. \\ 
+
+\end {itemize}
 
-%\section{Conclusion}
 
 
 \end{document}
 
+