]> Creatis software - bbtk.git/blobdiff - kernel/doc/bbtkUsersGuide/bbtkUsersGuide.tex
Some fixes
[bbtk.git] / kernel / doc / bbtkUsersGuide / bbtkUsersGuide.tex
index 8e539ee7f304ea7e427511a47dd5038a41b4b12a..796f86c8e0fa22a3b0284297f9bb2307049e343d 100644 (file)
@@ -3,65 +3,6 @@
 \input{config.tex}
 
 
-\def\todo{\scriptsize\fbox{\bf TODO !!}\normalsize}
-\def\x{\bm{x}}
-\def\BBTK{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit} }
-\def\bbtk{{\xspace}$\texttt{bbtk}$ }
-\def\bbi{{\xspace}$\texttt{bbi}$ }
-\def\bbStudio{{\xspace}$\texttt{bbStudio}$ }
-\def\bbfy{{\xspace}$\texttt{bbfy}$ }
-\def\bbdoc{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$ }
-\def\bbCreatePackage{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$ }
-
-\def\bb{{\xspace}$\texttt{bb}$ }
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmake{{\xspace}$\texttt{cmake}$ }
-
-\def\C{{\xspace}$\texttt{C}$ }
-\def\CPP{{\xspace}$\texttt{C++}$ }
-
-\def\xml{{\xspace}$\texttt{xml}$ }
-
-\def\itk{{\xspace}$\texttt{itk}$ }
-\def\vtk{{\xspace}$\texttt{vtk}$ }
-\def\gdcm{{\xspace}$\texttt{gdcm}$ }
-\def\gsmis{{\xspace}$\texttt{gsmis}$ }
-\def\wx{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$ }
-
-\def\lin{{\xspace}\textit{Linux} }
-\def\win{{\xspace}\textit{Windows} }
-
-% the same macros with no space at the end
-
-\def\BBTKns{{\xspace}The {\bf Black Box Toolkit}}
-\def\bbtkns{{\xspace}$\texttt{bbtk}$}
-\def\bbins{{\xspace}$\texttt{bbi}$}
-\def\bbfyns{{\xspace}$\texttt{bbfy}$}
-\def\bbdocns{{\xspace}$\texttt{bbdoc}$}
-\def\bbCreatePackagens{{\xspace}$\texttt{bbCreatePackage}$}
-
-\def\bbns{{\xspace}$\texttt{bb}$}
-%\def\bbp{{\xspace}$\texttt{bbp}$\xspace}
-
-\def\cmakens{{\xspace}$\texttt{cmake}$}
-
-\def\Cns{{\xspace}$\texttt{C}$}
-\def\CPPns{{\xspace}$\texttt{C++}$}
-
-\def\xmlns{{\xspace}$\texttt{xml}$}
-
-\def\itkns{{\xspace}$\texttt{itk}$}
-\def\vtkns{{\xspace}$\texttt{vtk}$}
-\def\gdcmns{{\xspace}$\texttt{gdcm}$}
-\def\gsmisns{{\xspace}$\texttt{gsmis}$}
-\def\wxns{{\xspace}$\texttt{wxWidgets}$}
-
-\def\linns{{\xspace}\textit{Linux}}
-\def\winns{{\xspace}\textit{Windows}}
-
-
-
 
 \begin{document}
 \begin{center}
 {\Huge User's Guide}
 \vspace{1cm}
 
-\bbtk version 1.0
+\bbtk version \bbtkVersion
 \vspace{0.5cm}
 
 
-Last modified on : September 16, 2008 \\
+Last modified on : October 12, 2008 \\
 Generated on : \today 
 \vspace{0.5cm}
 
-Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
+
+Creatis CNRS 5220, INSERM U620
 \end{center}
 
 % ==========================================
@@ -99,7 +42,7 @@ Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
 \newpage
 % ==========================================
 \hrule
-\section{What is {\bf bbtk} ?}
+\section{What is bbtk ?}
 % ==========================================
 \BBTK(\bbtkns) is a set of tools 
 (\CPP libraries and executables) 
@@ -113,10 +56,11 @@ It's a part of the \texttt{Creatools suite} composed mainly of :
  creaContours
  creaImageIO
  creaLib
- gdcm 
 \end{verbatim}
 which depend on the OpenSource libraries: 
 \begin{verbatim}
+ gdcm 
  itk
  vtk
  wxWidgets
@@ -157,7 +101,7 @@ One can use a black box in a purely abstract way.
 \item{\bf symbolic} means that a particular 
 input or output is referenced by a 'name', that is by a symbol 
 which identifies the input or output. 
-It also means that symbolic information (text!) is 
+It also means that symbolic information (text) is 
 attached to a box: description of the box, author, 
 description of its inputs and outputs, etc.
 \end{itemize}
@@ -216,7 +160,7 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
       \item {\bf\emph{std}} : the 'standard' package including basic useful boxes.
       \item {\bf\emph{wx}} : basic graphical interface elements (widgets : sliders, buttons, etc. based on the \texttt{wxWidgets} library).  
       \item {\bf\emph{itk}} : the basic image processing package, based on the \itk library.
-      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and vizualization package, based on the \vtk library.
+      \item {\bf\emph{vtk}} : the basic images and surfaces processing and visualization package, based on the \vtk library.
       \item {\bf\emph{wxvtk}} : widget boxes based on the \vtk library (2D and 3D vizualization and
       interaction).
       %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
@@ -225,7 +169,7 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
   \item A {\bf\emph{Developement environment}}, called \bbStudio, which provides
     \begin{itemize}
       \item An online {\bf\emph{script editor and interpretor}}
-      \item A powerfull html {\bf\emph{Help environment}},whith integrated :       
+      \item A powerful html {\bf\emph{Help environment}}, integrating :       
         \begin{itemize}
           \item Online documentation scaning
           \item Retreiving boxes on various criterions
@@ -244,11 +188,15 @@ have been written by different persons, using different libraries, etc.
                 %author, description, inputs, outputs, and so on).
             \item \bbCreatePackage allows to create the basic file architecture 
                to start the development of a new black box package.
+            \item \text{bbCreateBlackbox} allows to create the basic file architecture 
+               to start the development of a new black box, that will be included in an already existing package.             
             \item \texttt{bbs2cpp} translates a \texttt{.bbs} script into a \CPP file.
-            \item \texttt{bbc} that              
+            \item \texttt{bbc} that interprets (i.e. : executes) a \texttt{.bbs} script.                 
          \end{itemize}
-      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html), queryable thru keywords.         
+      \item A full {\bf\emph{documentation}} printable (pdf), browsable (html),
+      queryable throught keywords.       
 \end{itemize}
+
 The general architecture of \BBTK 
 is shown in figure \ref{bb-architecture}.
 
@@ -323,7 +271,8 @@ Let's have a look at the resized window :
 You can see four parts : \texttt{Files}, \texttt{Messages},
  \texttt{Command}, \texttt{Help}.\\
 
-The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets,
+The stuff is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets
+(a.k.a. AUI),
 whose 'docking manager' allows windows and toolbars to be floated/docked 
 onto a frame.\\
 Please don't use this feature at learning time (the snapshots of this document
@@ -340,20 +289,20 @@ lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbar})
 \begin{figure}[!ht]
 \caption{\label{lowertoolbar}The lower tool bar}
 \begin{center}
-\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar.png}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar2.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
 
- \begin{itemize}
-   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
-   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
-   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
-   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
-   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
-   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
-   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
- \end{itemize}
+% \begin{itemize}
+%   \item {\bf\emph{New file}} : Create a new file to hold a script
+%   \item {\bf\emph{Open file}} : Open an already existing file holding a script 
+%   \item {\bf\emph{Close file}} : Close a file holding a script
+%   \item {\bf\emph{Save file}} : Save he current file (if modified)
+%   \item {\bf\emph{Save file as}} : Save he current file under a different name
+%   \item {\bf\emph{Run file}} : Execute the script you just loaded/modified/written
+%   \item {\bf\emph{cursor position}} : column number : line number   
+% \end{itemize}
 
 
 \subsubsection{'Messages' part}
@@ -389,21 +338,21 @@ All the entries of the starting page are self-explanatory :
      application, just using already existing boxes.
      \item {\bf\emph{Package Developper's Guide}} : Step to step How-to for user who wants to create his own
      black boxes.
-     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : Sorry, not yet written.
-     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum. Sorry, not yet written.    
+     \item {\bf\emph{Developper's Guide}} : For bbtk kernel developpers. .
+     \item {\bf\emph{Reference Manual}} : 
+     \item {\bf\emph{Booklet}} : Vade mecum.    
      \item {\bf\emph{Doxygen Documentation}} : Doxygen source browser.
    \end{itemize}
         
    \item {\bf\emph{Boxes}} : Box retrieving on various criterions :
    \begin{itemize} 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{By name}}} (Alphabetical list), 
-    \item {\bf\emph{    \texttt{{By package}}}, 
-     \item {\bf\emph{   \texttt{{By category}}}.
+    \item {\bf\emph{ \texttt{By name}}} (Alphabetical list), 
+    \item {\bf\emph{    \texttt{By package}}}, 
+     \item {\bf\emph{   \texttt{By category}}}.
    \end{itemize} 
    
         A special hidden Box category, called \texttt{{Adaptors}} exists. \\ 
-       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, an aware user may query them.     
+       They are used internaly to perform type conversions. Thought there are not end user intended, you may query them.     
 
       
  \end{itemize}
@@ -533,7 +482,7 @@ connect slider.BoxChange text.BoxExecute
 connect slider.Out       text.In
 \end{verbatim}
 We tell  \emph{slider} to inform \emph{text} every time it's modified.\\
-We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out} to \emph{text}  input value (\testtt{In})
+We tell  \emph{slider} to pass its output value (\texttt{Out} to \emph{text}  input value (\texttt{In})
 \begin{verbatim}
 exec layout
 \end{verbatim}
@@ -581,7 +530,7 @@ Various levels or help are suplied by \bbStudions.
 
 
 The 'working' area (the left one, as opposed to the 'help' area, on the right side) is composed of : 
-one single line zone (Command), at the bottom in which you can enter your commands and 
+one single line area (\texttt{Command}), at the bottom in which you can enter your commands and 
 a multiple line zone in which the Command interpreter prints out the result of your commands.
 The upper part contains the script editor; we shall not use it right now, you may reduce it
 
@@ -771,7 +720,7 @@ Black Box <std::Add>S
      'Out'            <Double>     []       : Result
 \end{verbatim}
 
-More information about what is a 'box' will be given in the 'Scriptting' part of this manual.
+More information about what is a 'box' will be given in the 'Scripting' part of this manual.
 
 % ==========================================
 \subsubsection{Guides}
@@ -792,12 +741,11 @@ An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbS
    \end{itemize}
         
 
-   \end{itemize} 
    
 % ==========================================
 \subsubsection{Boxes Help}
 % ==========================================
- Box retrieving on various criterions :
+ Box retrieving on various criteria :
    \begin{itemize} 
     \item {\bf\emph{Alphabetical list}} \\ This is the 'zero-level' of retrieving.
     \item {\bf\emph{List by package}} \\ Several packages are supplied with bbtk :
@@ -811,9 +759,9 @@ An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbS
       %\item {\bf\emph{creaImageIO}} : Provides hight level widgets to read images, including DICOM.
       \item {\bf\emph{toolsbbtk}} : Tools for bbtk administration and package development, such as :
          \begin{itemize}
-        \item{GUICreateBlackBox} For creating the XML or C++ code for a new black box 
-        \item{GUICreatePackage} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
-        \item{MakePackageDoc} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.  
+        \item{\texttt{GUICreateBlackBox}} For creating the XML or C++ code for a new black box 
+        \item{\texttt{GUICreatePackage}} For creating a new bbtk package file structure on disk (Graphical user interface for the shell script bbCreatePackage)
+        \item{\texttt{MakePackageDoc}} For creating the html documentation of a package. The doc is generated at the 'canonical' location. Works both for a build tree or an installed toolkit.         
          \end{itemize}              
     \end{itemize}
     \item {\bf\emph{List by category}}.
@@ -828,10 +776,10 @@ An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbS
        Whether it's written is C++ or it's an assembly of several black boxes (atomic or complex).\\
        Any box is either atomic ou complex.
        \item{example / demo / application}\\
-           Theese ones are always complex black boxes. 
+           These ones are always complex black boxes. 
           \begin {itemize}
              \item{example}\\
-            It's just a (simple) example on how to use a given feature.
+            It's just a (simple) example, for programmers, on how to use a given feature.
              \item{demo}\\
             It can be a 'good looking' (a.k.a 'sexy') example on some sophisticated work.       
              \item{application}\\
@@ -849,25 +797,162 @@ An html version of all the guides is browsable in the \texttt{Help} part of \bbS
         \item{misc}              
     \end {itemize}
   \end {itemize}
+  
+% ==========================================      
+\subsubsection{The Package Browser}
+\label{Package_Browser}
+% ==========================================
+
+
+You can run it using the tool bar of the 'Command' part. See figure \ref{imPackage_Browser}.
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{\label{imPackage_Browser}The Package Browser}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
+\end{center}
+\end{figure}
+
+It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
+(warning : it's case sensitive, i.e '\texttt{Button}' will give different results than '\texttt{button}' ...)
+\begin {itemize}
+\item Packages :\\
+All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
+\item Name :\\
+You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
+\item Description :\\
+You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
+the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
+\item Category :\\
+You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
+\item Input Type :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
+\item Output Type :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
+\item Input Nature :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
+\item Output Nature :\\
+You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
+\texttt{signal},\texttt{file name})
+\end {itemize}
+
+
+All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
+You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
+
+\newpage 
+
 % ==============================================
 \subsection{The Menu}
 % ==============================================
-TODO
 
+At last, let's have a look at \bbStudio menu.(See figure \ref{themenu})
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{\label{themenu}The bbStudio menu}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{themenu.png}
+\end{center}
+\end{figure}
 
+\begin {itemize}
+  \item{File}
+     \begin {itemize}
+        \item{Open the bbtk configuration file}
+        \item{Quit}
+     \end {itemize}       
+  \item{Tools}
+     \begin {itemize}
+        \item{Create package} :
+       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty package.
+        \item{Create black box}
+       Provides a graphical interface to help Package developper to create a new empty black box, and add it to an already existing package.   
+        \item{Show last image graph}
+        \item{Regenerate package doc} :
+       if user was supplied new black boxes, and added them to an already existing package, he can update the package documentation, in order to benefit all the features of the Help mechanisms.      
+        \item{Regenerate boxes list} :
+       if user wants to update only boxes list (quicker)
+        \item{Regenerate all}
+       User wants to rebuild the whole documentation.     
+     \end {itemize}     
+  \item{Options}
+     \begin {itemize}
+        \item{Reset before running} Before running, all the already boxes are destroyed, all the already loaded packages are unloaded (this is the recomended option).   
+     \end {itemize}     
+  \item{Windows}
+  User may decide, for any reason of his own, to hide one or more pannels:
+     \begin {itemize}
+        \item{Show 'Files' panel}
+        \item{Show 'Help' panel}
+        \item{Show 'Command' panel}
+        \item{Show 'Messages' panel}
+        \item{Launch Package browser} The package browser is a stand alone application. This can be achieved, too, using the lower tool bar, button 'Start Package Browser'    
+        \item{}     
+     \end {itemize}     
+  \item{About}
+     \begin {itemize}
+        \item{About} Info about \texttt{bbStudio}.       
+     \end {itemize}     
+\end {itemize}
 % ==========================================
 \section{bbs scripting}
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsection{Using an already existing}
+\subsection{Using an already existing script}
 % ==========================================
 
+Using the lower toolbar (see figure : \ref{lowertoolbarsmall}), open the file
+holding the script.
+
+\begin{figure}[!ht]
+\caption{\label{lowertoolbarsmall}The lower tool bar}
+\begin{center}
+\includegraphics[width=0.7\textwidth]{lowertoolbar.png}
+\end{center}
+\end{figure}
+
+ You'll see it, in the '\texttt{Files}' part.\\ \\
+ You may run it, using the lower toolbar. \\ 
+ \texttt{WARNING :} if the script contains one or more \texttt{LayoutSplit}
+ object, you will have to resize the sub windows. \\ \\
+ You may modify, save or save-as the current script, using the lower toolbar.\\ \\
+ You may have a look at the graphical representation of the pipeline (sorry,
+ right now, to modify the pipeline, you have to modify the script; 
+ you cannot modify grapically the pipeline; Work in progress...)
+  
+
 % ==========================================
-\subsection{Creating and executing black boxes}
+\subsection{Inside black boxes}
 % ==========================================
 
-You'll get as well the same information in the 'Help' Part, in html format (see figure : \ref{HelpAdd}) :
+After loading the package it belongs to, you can You can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
+the command \texttt{new} :
+
+\begin{verbatim}
+> new Add a
+\end{verbatim}
+
+The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
+which will be used to reference it later. 
+It is important to distinguish a box \emph{type} 
+and an \emph{instance} of a box type. 
+The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
+a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
+in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
+an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
+a \texttt{C} code, it declares a variable of type \texttt{int} whose 
+name is \texttt{i}. 
+Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
+same type in \bbi. \\
+
+You can ask information about a given black box :\\
+In the \texttt{Command part}, type \texttt{help} + black box name, e.g. \\
+
+\begin{verbatim}
+> help Add a
+\end{verbatim}
+Have a look to the 'Help' Part (see figure : \ref{HelpAdd}) :
 
 \begin{figure}[!ht]
 \caption{\label{HelpAdd}The html Help}
@@ -876,8 +961,7 @@ You'll get as well the same information in the 'Help' Part, in html format (see
 \end{center}
 \end{figure}
 
-Like previously, 
-the \texttt{std::} prepended to the name \texttt{Add} 
+The \texttt{std::} prepended to the name \texttt{Add} 
 means that the box \texttt{Add} 
 belongs to the \texttt{std} package. 
 Then comes a description 
@@ -891,26 +975,7 @@ its \emph{type} (between \texttt{<} and  \texttt{>}, e.g. \texttt{<Int>})
 and a description.    
 Remark that the box \texttt{Add} is not a 'complex' black box 
 but an 'atomic' box, hence its help does not 
-mention any information concerning possible internal boxes.
-
-You can create an \emph{instance} of an \texttt{Add} box by 
-the command \texttt{new} :
-\begin{verbatim}
-> new Add a
-\end{verbatim}
-
-The \texttt{'a'} at the end is the \emph{name} of the instance, 
-which will be used to reference it later. 
-It is important to distinguish a box \emph{type} 
-and an \emph{instance} of a box type. 
-The \texttt{Add} box of the package \texttt{std} is actually 
-a \emph{box type} , like \texttt{int} is a data type 
-in \texttt{C} langage. The \texttt{new} command allows to create 
-an instance of a box type, exactly like \texttt{int i;} in 
-a \texttt{C} code, it declares a variable of type \texttt{int} whose 
-name is \texttt{i}. 
-Of course, like in \texttt{C} Language, you can declare multiple boxes of the 
-same type in \bbi. 
+mention any information concerning possible internal boxes. 
 
 After the creation of the box \texttt{a}, type :
 \begin{verbatim}
@@ -978,7 +1043,7 @@ Box processing is needed if :
 \texttt{'Always'}, which forces box reprocessing. 
 \end{itemize}
 
-Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.\\ 
+Note that all boxes have an input named \texttt{'BoxProcessMode'}.
 
 Another way to process the box \texttt{a} is to issue the command :
 \begin{verbatim}
@@ -990,7 +1055,7 @@ box itself displays something in its processing).
 It just processes the box if needed. 
 This command is used to execute boxes that do not have any output,  
 such as boxes that write something to a file or, display a 
-graphical interface, and so on. \\
+graphical interface, and so on. 
 
 %To exit \bbi, type :
 %\begin{verbatim}
@@ -1089,13 +1154,13 @@ You will see the (very expected) result :
 
 The first three commands build the pipeline, 
 the next three set \texttt{a} and \texttt{b} black boxes inputs and the last one 
-prints \texttt{b} black boxe output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
+prints \texttt{b} black box output (the pipeline is executed before printing, because the interpretor 'knows' the box  \texttt{b}, 
 whose output is requested, is not up to date.
  
 The command \texttt{'connect a.Out b.In1'} ``plugs'' the output 
 \texttt{Out} of the box \texttt{a} into the input \texttt{In1} of the 
 box \texttt{b}. 
-Once the boxes connected, the processing of the two boxes are chained :
+Once the boxes are connected, the processing of the two boxes are chained :
 getting the output of \texttt{b} requires getting its inputs, 
 hence getting the output of \texttt{a} which is connected to it. 
 This pipeline mechanism can recurse into arbitrary long 
@@ -1134,7 +1199,7 @@ Some explainations : the \texttt{include} instructions load the necessary packag
 \texttt{connect fileDialog.Out   reader.In} plugs the output of the File Selector (a std::string) to the input of the reader (a std::string, too).\\
 \texttt{connect reader.Out       viewer.In} plugs the output of the reader (an itk::ImagePointer) to the input of the Viewer (a vtkImageData *)\\
 \texttt{connect slider.Out       viewer.Slice} plugs the output of the slider (an int) to an other output (named Slide) of the viewer.\\
-\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer it must re process itself any time the slider is modified.\\
+\texttt{connect slider.BoxChange viewer.BoxExecute} says the viewer that it must re process itself any time the slider is modified.\\
 \\
 \texttt{exec viewer} processes the viewer.
 
@@ -1158,7 +1223,7 @@ An adaptor is a black box which has at least one input, called \texttt{In},
 and at least one ouput called \texttt{Out} and whose role is to convert 
 a data of the type of \texttt{In} 
 into a data of the type of \texttt{Out} (other inputs or outputs may serve 
-to parameter the adaptor or retreive other usefull information).
+to parameter the adaptor or retreive other useful information).
 
 Under \bbStudions, if you type :
 \begin{verbatim}
@@ -1203,7 +1268,9 @@ adaptor converts the output data into the required input type,
 in a totally transparent way.
 In our example, the \texttt{CastUCharToDouble} adaptor 
 would simply cast the value of the \texttt{char} into a \texttt{double}, 
-however arbitrarily complex type conversion may be done.
+however arbitrarily complex type conversion may be done.\\
+\texttt{WARNING} : these adaptors are \texttt{C++ static cast}, i.e., there is, right now',
+ no 'intelligent' conversion (only truncation) e.g. think to \texttt{CastDoubleToUChar}!
 
 %\begin{verbatim}
 %Question (for info-dev): 
@@ -1248,7 +1315,7 @@ including adaptors
 
 Remember the pipeline of figure 
 \ref{bbi-fig-connecting-black-boxes-1}, which 
-computed the sum of three doubles?
+computed the sum of three doubles.
 You can consider it as a whole and define 
 a new black box type, which will be a \emph{complex black box}, 
 having three inputs and one output, 
@@ -1393,7 +1460,7 @@ of internal boxes they correspond.
 Once you have defined a new type of complex box, you 
 may like to reuse it. To do this, you can simply 
 write the \bbi commands defining the new box 
-into a text file and afterwards include that file in \bbi. 
+into a text file and afterwards include that file in \bbins
 Doing this, you start writing \bbi scripts.
 The conventionnal (and mandatory) extension for such scripts is \texttt{bbs} 
 (black box script).
@@ -1708,10 +1775,12 @@ You can reproduce the same experiment as above using a
 \texttt{Slider} or a \texttt{FileDialog} rather than a \texttt{InputText}.
 See the files \texttt{test*.bbs} in the \texttt{scripts/test} directory.
 
-There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
-The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
-are ``terminal'' widgets. 
-``container'' widgets are of another kind : they are designed to 
+
+%There are two kinds of widgets : ``terminal'' widgets and ``container'' widgets.
+%The \texttt{InputText}, \texttt{FileDialog} or \texttt{Slider} widgets 
+%are ``terminal'' widgets. 
+%``container'' widgets are of another kind : they are 
+There is a special kind of widget, called '\texttt{Layout}', designed to  
 contain other widgets in order to build larger dialog boxes. 
 For example, the \texttt{LayoutSplit} widget is a container which 
 ``splits'' horizontally a window into two parts, 
@@ -1775,7 +1844,7 @@ each part of equal size.
 The orientation of the \texttt{LayoutSplit} or of the \texttt{LayoutLine}  can be changed by the input \texttt{Orientation}.
 See the example \texttt{test/testSizer.bbs}.
 With only those two containers you can already create 
-complex dialog boxes (of course containers can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). 
+complex dialog boxes (of course containers can be nested, which leads to tree-like structures of widgets). \\
 See the script \texttt{bbtk/share/bbtk/bbs/wx/appli/ExampleLayoutSplit.bbs} for an example.
 
 \item {The \texttt{LayoutTab}  widget} is based on the \texttt{wxNotebook.}\\
@@ -1846,21 +1915,21 @@ Any widget box has two mandatory Outputs  :
 % ==========================================
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Black box packages}
-\label{bbi-more-on-packages}
+%\subsubsection{Black box packages}
+%\label{bbi-more-on-packages}
 % ==========================================
-There are various others user-intended packages :
+%There are various others user-intended packages :
 
-\begin{verbatim}
----> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
----> Any suggestion welcome!
-\end{verbatim}
+%\begin{verbatim}
+%---> Were moved in a 'Reference Manual' ?\\
+%---> Any suggestion welcome!
+%\end{verbatim}
 
-\begin{itemize}
-\item{vtk} \\
-\item{itk} \\
-\item{...} \\
-\end{itemize}
+%\begin{itemize}
+%\item{vtk} \\
+%\item{itk} \\
+%\item{...} \\
+%\end{itemize}
 % ==========================================
 \subsubsection{Pipeline processing}
 \label{bbi-more-on-pipeline-processing}
@@ -1913,8 +1982,8 @@ The writer of the complex box has the ability to give these inputs a meaningfull
 %\paragraph{Reducing the number of inputs of a box}
 
 % ==========================================
-\subsubsection{Errors}
-\label{bbi-more-on-errors}
+%\subsubsection{Errors}
+%\label{bbi-more-on-errors}
 
 % ==========================================
 \subsubsection{Creating and using your own uninstalled version of bbStudio}
@@ -1944,27 +2013,26 @@ cd buildBBTK
 ccmake ../bbtk
 \end{verbatim}
 
-Don't forget to switch ON the flag \textttBBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE \\
+Don't forget to switch ON the flag \texttt{BBTK\_COMPILE\_DEBUG\_MESSAGE} \\
 (see figure : \ref{bb-ccmake})
 
 \begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{bb-ccmake}\Running ccmake}
+\caption{\label{bb-ccmake}Running ccmake}
 \begin{center}
 \includegraphics[width=0.6\textwidth]{ccmake.png}
 \end{center}
 \end{figure}
 
-\item As usual, type \texttt{c} untill there is no longer any area quoted with a * (or enlighted in red)\\
+\item As usual, type \texttt{c} until there is no longer any area quoted with a * (or highlighted in red)\\
 Ask for generation (type \texttt{g} -once is always enough-)
 
 \item Ask for compilation and link.
 \begin{verbatim}
 make
 \end{verbatim}
-For some strange reasons (?!?), you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
-Take it easy, \texttt{make} again!\\
 
-The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \testtt{bin}
+
+The dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so} and the executable programs will be created in the \texttt{bin}
 directory of the built tree.
 
 \item choose to install or not your own version.
@@ -1974,7 +2042,7 @@ make install
 Linux users : Don't forget to \texttt{sudo} before.
 \end{itemize}
 % ==========================================
-\subsubsection{\bbtk configuration file and search pathes}
+\subsubsection{\bbtk configuration file and search paths}
 \label{bbi-more-on-configuration}
 
 At start, \bbi tries to open an \texttt{xml} 
@@ -1992,7 +2060,7 @@ the user's profile directory stored by the environnement
 variable \texttt{USERPROFILE}, 
 typically \texttt{C:\\...}.
 \end{itemize}
-\item If none of these two pathes contains the file then it creates 
+\item If none of these two paths contains the file then it creates 
 a new one in the \texttt{.bbtk} directory. 
 \end{enumerate}
 
@@ -2032,10 +2100,10 @@ You can add pathes to
 
 
 % ==========================================
-\subsubsection{pipeline creation and execution related commands}
+\subsubsection{Pipeline creation and execution related commands}
 \label{bbi-reference-creation-execution}
 % ==========================================
-
+ See table \ref{bbi-reference-box}
 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
@@ -2092,10 +2160,10 @@ are also processed recursively (pipeline processing).\\ \hline
 \subsubsection{Interpreter related commands}
 \label{bbi-reference-interpreter}
 % ==========================================
-
+See table \ref{tabbbi-reference-interpreter_1} and \ref{tabbbi-reference-interpreter_2}
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
-\caption{\label{bbi-reference-interpreter}\bbi intepreter related commands.}
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_1}\bbi intepreter related commands (part 1).}
 \small
 \begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
 \hline
@@ -2146,7 +2214,19 @@ Loads the package \texttt{package-name} and includes all the complex black boxes
 
 \texttt{kind} & \texttt{<box kind>} & 
 Specifies the \texttt{kind} of the complex black boxes you are describing \\ \hline 
+\end{tabular}
+\end{table}
+
+%
+% This arbitrary part1/part2 is to avoid to have all the tables at the end of the docoment ...
+%
 
+\begin{table}[!ht]
+\caption{\label{tabbbi-reference-interpreter_2}\bbi intepreter related commands (part 2).}
+\small
+\begin{tabular}{|lcm{6cm}|}
+\hline
+Command & Parameters & Effect \\ \hline
 \texttt{unload} & \texttt{<package-name>}& 
 Unloads the package \texttt{package-name}. 
 The package must have been previously loaded. 
@@ -2155,7 +2235,7 @@ No box of a type defined in this package must still exist.\\ \hline
 \texttt{message} & \texttt{<category>} \texttt{<level>} & 
 Sets the level of verbosity of \bbi for the category of messages 
 \texttt{category} to \texttt{level}.\\ \hline 
-%See \ref{verbosity}. 
+%See \ref{verbosity}.
 
 \texttt{config} & - & Displays the Configuration parameters\\ \hline 
 
@@ -2168,13 +2248,14 @@ that \bbi gets back to its initial state \\ \hline
 \end{table}
 % ==========================================
 
-
+\newpage
 
 % ==========================================
-\subsubsection{complex black box definition related commands}
+\subsubsection{Complex black box definition related commands}
 \label{bbi-reference-black-box-definition}
 % ==========================================
 
+See table \ref{bbi-reference-complex-box} 
 % ==========================================
 \begin{table}[!ht]
 \caption{\label{bbi-reference-complex-box} \bbi complex black box definition related commands.}
@@ -2223,59 +2304,23 @@ The box \texttt{box} must already have been created in the complex box and of co
 \newpage
 
 % ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
-\section{The Package Browser}
-\label{Package_Browser}
-% ==========================================
-
-
-You can run it using the tool bar of the 'Command' part.
+%\vspace{0.5cm}\hrule \\
 
-See figure \ref{Package_Browser}.
-
-\begin{figure}[!ht]
-\caption{\label{Package_Browser}The Package Browser}
-\begin{center}
-\includegraphics[width=0.6\textwidth]{Package_Browser.png}
-\end{center}
-\end{figure}
-
-It allows you to query informations about what you can find in the packages (boxes and applications), using several criterions
-(warning : it's case sensitive, i.e \texttt{Button} will give different results thn \texttt{button} ...)
-\begin {itemize}
-\item Pakages :\\
-All the boxes and applications held in a given package (e.g. \texttt{wxvtk}, \texttt{std}, ...)
-\item Name :\\
-You can query on a subpart of the name of a box or an application (e.g. \texttt{DICOM})
-\item Description :\\
-You can query on a substring of the description of a box or an application (e.g. \texttt{utton} : user wants to get all
-the\texttt{Button} as well as the \texttt{button} )
-\item Category :\\
-You can query on a sub part of the category name of a box or an application (e.g. \texttt{3D})
-\item Input Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Output Type :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given type (e.g. \texttt{int})
-\item Input Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Input entry of the given nature (e.g. \texttt{signal})
-\item Output Nature :\\
-You can query all the boxes or applications that have at least one Output entry of the given nature (e.g.
-\texttt{signal},\texttt{file name})
-\end {itemize}
-
-
-All these criterions are \emph{AND}ed while the query process.\\
-You can get the whole description of a given box or application clicking on its name.
 
 
 % ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
+%\vspace{0.5cm}\hrule \\
+
 \section{Using third party Package}
 \label{Third_Party_Package}
 % ==========================================
 
-You will have to update the \emph{bbtk\_config.xml} file.\\
-To know where it is stored, just click on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
+% ==========================================
+\subsection{The configuration file}
+\label{The_configuration_file}
+% ==========================================
+
+First, have a glance at the Configuration,  just clicking on \texttt{Config} button of the \texttt{Command} part toolbar.
 
 You'll get something like :
 
@@ -2303,25 +2348,81 @@ You'll get something like :
 
 (depending on who you are, and whether \texttt{bbStudio} is installed or not.)\\
 
-Just use your favourite text editor to add :
-\begin{itemize}
-\item
- at the end of the \texttt{BBS Paths} part 
- the name of the directory that contains the \texttt{.bbs} scripts of the package you
-want to use,
-\item at the end of the \texttt{PACKAGE Paths} part
- the name of the directory that contains the dynamic libraries (\texttt{.dll} or \texttt{.so}) of the package
-\end{itemize}
+Note the two main parts : \texttt{BBS Paths} and \texttt{PACKAGE Paths}
+
+To use a third party Package, you will have to update the \emph{bbtk\_config.xml} file.\\
+
+Just use the \texttt{Open bbtk Config file} option of the \texttt{Files} of the \bbStudio menu.
+
+You will get something like :
+\begin{verbatim}
+<config>
+  <description> Sets the search directories in the build tree </description>
+  <url> </url>
+  <bbs_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/share/bbtk/bbs </bbs_path>
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin </package_path> 
+# For windows
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Debug </package_path> 
+  <package_path> /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN/bin\Release </package_path> 
+#
+  <data_path> </data_path>
+# 
+  <default_temp_dir>  /home/jpr/Creatis/bbtk/binLIN </default_temp_dir>   
+</config>
+\end{verbatim}
+
+%\begin{itemize}
+%\item {
+After the already existing tags 
+%bbs\_path
+\texttt{bbs\_path}
+ (i.e. the lines begining by 
+ \texttt{bbs\_path} 
+ %bbs_path
+and ending by 
+\texttt{/bbs\_path})
+
+%/bbs_path})
+ add a new one with the name of the directory that contains the 
+ \texttt{.bbs} scripts of the package you
+want to use.\\
+x
+%\item {
+After the already existing tags \texttt{package\_path} (i.e. the lines begining by \texttt{package\_path}
+ and ending by \texttt{/package\_path})
+ add a new one with the name of the directory that contains the the dynamic libraries
+ (\texttt{.dll} or \texttt{.so}) of the package you want to use.
+
+%\end{itemize}
+% ==========================================
+\subsection{Updating the documentation}
+\label{Updating_the_documentation}
+% ==========================================
+If you want (and sure you will) to be able to use the Help tools as well as the features provided by this package,
+ you must use the
+option \texttt{Regenerate package doc}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
+You'll be prompted for the Package name. Avoid using the \texttt{-a} option (Regenerate all), since it's time consumming.
+
+If you want (and sure you will) to benefit the features of Box indexing
+ you must use the
+option \texttt{Regenerate Boxes Lists}  in the menu \texttt{Tools} of \texttt{bbStudio}.\\
+
 
-If you want (and sure you will) to be able to use the Help tools as well on the features provided by this package, you must use the
-option \texttt{Generate index}  in the menu \texttt{Tools} of the \texttt{Files} part toolbar.  
 % ==========================================
-\vspace{0.5cm}\hrule \\
+\subsection{Using the package}
+\label{Using_the_package}
+% ==========================================
+
+The only thing you have to do is to \texttt{load} the package, within the script, or from the
+\texttt{Command} part, and enjoy the black boxes it contains.
+  
+% ==========================================
+%\vspace{0.5cm}\hrule \\
 \section{Using black boxes in \CPP programs}
 \label{cpp}
 % ==========================================
 
-A very usefull feature is that you may use any black box within a \CPP program witout worrying about wxWigets main window.\\
+A very useful feature is that you may use any black box within a \CPP program without worrying about \texttt{wxWigets} main window.\\
 
 Let's look a the following bbs script :
 
@@ -2347,10 +2448,11 @@ connect slider.Out       text.In
 exec layout
 \end{verbatim}
 
-User wants to create a slider and an output text, within a layoutline, and display the slider value in the output text.\\ 
+User wants to create a slider and an output text, within a LayoutLine, and display the slider value in the output text.\\ 
 Think about the (little!) nightmare to code the same, in 'raw C++', using wxWidgets.\\
 
-Using \bbtk you just 'convert' the script :
+Using the standalone application \text{bbc} you just 'convert' the script.
+
 \begin{verbatim}
 
 #include <bbwxSlider.h>
@@ -2408,8 +2510,24 @@ int main(int argv, char* argc[])
 
 %\bibliography{all}
 
+\section{Install and run time issues}
+
+\begin {itemize}
+\item{make} \\
+For some strange reasons (?!?), you may be warned that an error occured while documentation generation.\\
+Take it easy, \texttt{make} again!\\
+
+\item{\bbStudio} is written using the Advanced User Interface library of wxWidgets.
+If, after some hazardous floating/docking operations onto the frame, you feel
+very unhappy with the result, just remove from the hidden directory
+\texttt{.bbtk} the file named \texttt{bbStudio.aui}. \\ 
 
 
+\item{ \texttt{WARNING}} : if the script contains one or more \texttt{LayoutSplit}
+ object, you will have to resize the subwindows. \\ 
+\end {itemize}
+
 %\section{Conclusion}