Program: gdcm
Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $
Language: C++
- Date: $Date: 2004/11/03 20:52:13 $
- Version: $Revision: 1.77 $
+ Date: $Date: 2004/12/07 13:39:33 $
+ Version: $Revision: 1.88 $
Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
#include "gdcmDicomDirStudy.h"
#include "gdcmDicomDirSerie.h"
#include "gdcmDicomDirImage.h"
+#include "gdcmDicomDirPatient.h"
+#include "gdcmDicomDirMeta.h"
+#include "gdcmDicomDirElement.h"
#include "gdcmDirList.h"
#include "gdcmUtil.h"
#include "gdcmDebug.h"
#include <algorithm>
#include <sys/types.h>
-#ifdef _MSC_VER
+#ifdef _MSC_VER
+#define getcwd _getcwd
+#endif
+
+#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__)
#include <direct.h>
#else
#include <unistd.h>
#endif
+
namespace gdcm
{
:Document( )
{
Initialize(); // sets all private fields to NULL
- std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ...
MetaElems = NewMeta();
}
Initialize(); // sets all private fields to NULL
// if user passed a root directory, sure we didn't get anything
-
if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse
{
dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty");
/// \todo FIXME : what do we do when the parsed file IS NOT a
/// DICOMDIR file ?
}
- CreateDicomDir();
+ else
+ CreateDicomDir();
}
}
SetStartMethod(NULL);
SetProgressMethod(NULL);
SetEndMethod(NULL);
+
for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin();
cc!= Patients.end();
++cc)
Progress = 0.0;
Abort = false;
- MetaElems = 0;
+ MetaElems = NULL;
}
/**
* \ingroup DicomDir
- * \brief Set the start method to call when the parsing of the directory starts
+ * \brief Set the start method to call when the parsing of the
+ * directory starts.
* @param method Method to call
* @param arg Argument to pass to the method
* @param argDelete Argument
* \warning In python : the arg parameter isn't considered
*/
-void DicomDir::SetStartMethod(Method* method, void* arg,
- Method* argDelete )
+void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg,
+ DicomDir::Method* argDelete )
{
if( StartArg && StartMethodArgDelete )
{
* class is destroyed
* @param method Method to call to delete the argument
*/
-void DicomDir::SetStartMethodArgDelete(Method* method)
+void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method )
{
StartMethodArgDelete = method;
}
/**
* \ingroup DicomDir
- * \brief Set the progress method to call when the parsing of the directory progress
+ * \brief Set the progress method to call when the parsing of the
+ * directory progress
* @param method Method to call
* @param arg Argument to pass to the method
* @param argDelete Argument
* \warning In python : the arg parameter isn't considered
*/
-void DicomDir::SetProgressMethod(Method* method, void* arg,
- Method* argDelete )
+void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg,
+ DicomDir::Method* argDelete )
{
if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete )
{
* class is destroyed
* @param method Method to call to delete the argument
*/
-void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete(Method* method)
+void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method )
{
ProgressMethodArgDelete = method;
}
* @param argDelete Argument
* \warning In python : the arg parameter isn't considered
*/
-void DicomDir::SetEndMethod(Method* method, void* arg,
- Method* argDelete )
+void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg,
+ DicomDir::Method* argDelete )
{
if( EndArg && EndMethodArgDelete )
{
/**
* \ingroup DicomDir
* \brief Set the method to delete the argument
- * The argument is destroyed when the method is changed or when the class
- * is destroyed
+ * The argument is destroyed when the method is changed or when
+ * the class is destroyed
* @param method Method to call to delete the argument
*/
-void DicomDir::SetEndMethodArgDelete(Method* method)
+void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method )
{
EndMethodArgDelete = method;
}
/**
* \ingroup DicomDir
- * \brief writes on disc a DICOMDIR
+ * \brief writes on disc a DICOMDIR
* \ warning does NOT add the missing elements in the header :
* it's up to the user doing it !
* \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure
binary_write( *fp, "DICM");
DicomDirMeta *ptrMeta = GetDicomDirMeta();
- ptrMeta->Write(fp, ExplicitVR);
+ ptrMeta->WriteContent(fp, ExplicitVR);
// force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within DicomDirMeta
for(i=0;i<4;++i)
cc != Patients.end();
++cc )
{
- (*cc)->Write( fp, ExplicitVR );
+ (*cc)->WriteContent( fp, ExplicitVR );
}
// force writing Sequence Delimitation Item
}
fp->close();
+ delete fp;
+
return true;
}
VectDocument list;
Header *header;
- TagHT.clear();
- Patients.clear();
-
for( DirList::iterator it = fileList.begin();
it != fileList.end();
++it )
break;
}
+std::cerr<<"File : "<<it->c_str()<<std::endl;
header = new Header( it->c_str() );
if( !header )
{
"DicomDir::CreateDicomDirChainedList: "
"failure in new Header ",
it->c_str() );
+ continue;
}
if( header->IsReadable() )
dbg.Verbose( 1,
"DicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ",
it->c_str() );
-
}
else
{
//for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info
SetElements(tmp, list);
CallEndMethod();
+
+ for(VectDocument::iterator itDoc=list.begin();
+ itDoc!=list.end();
+ ++itDoc)
+ {
+ delete dynamic_cast<Header *>(*itDoc);
+ }
}
/**
DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta()
{
- DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta( &TagHT );
+ DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta();
if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing
{
cc != lastOneButSequence;
++cc)
{
- m->AddDocEntry( cc->second );
+ m->AddEntry( cc->second );
}
}
else // after root directory parsing
ListDicomDirPatientElem const & elemList =
Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
- SQItem *s = new SQItem(0);
+ DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient();
// for all the DicomDirPatient Elements
for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it )
entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
entry->SetValue( it->Value );
- // dealing with value length ...
-
- if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe)
- {
- entry->SetLength(entry->GetValue().length());
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" )
- {
- entry->SetLength( 4 );
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" )
- {
- entry->SetLength(2);
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" )
- {
- entry->SetLength( 0xffffffff );
- }
- else
- {
- entry->SetLength( entry->GetValue().length() );
- }
- s->AddDocEntry( entry );
+ p->AddEntry( entry );
}
- DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(s, &TagHT);
Patients.push_front( p );
- return p;
+ return p;
}
/**
DictEntry *dictEntry;
ValEntry *entry;
std::string val;
- SQItem *si = new SQItem(0); // all the items will be at level 1
+ SQItem *si;
+
switch( type )
{
case GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements();
+ si = new DicomDirImage();
+ if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast<DicomDirImage *>(si)) )
+ {
+ dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:",
+ "Add DicomDirImageToEnd failed");
+ }
break;
-
case GDCM_DICOMDIR_SERIE:
elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements();
+ si = new DicomDirSerie();
+ if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast<DicomDirSerie *>(si)) )
+ {
+ dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:",
+ "Add DicomDirSerieToEnd failed");
+ }
break;
-
case GDCM_DICOMDIR_STUDY:
elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements();
+ si = new DicomDirStudy();
+ if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast<DicomDirStudy *>(si)) )
+ {
+ dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:",
+ "Add DicomDirStudyToEnd failed");
+ }
break;
-
case GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements();
+ si = new DicomDirPatient();
+ if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast<DicomDirPatient *>(si)) )
+ {
+ dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:",
+ "Add DicomDirPatientToEnd failed");
+ }
break;
-
case GDCM_DICOMDIR_META:
elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements();
+ si = new DicomDirMeta();
+ if( MetaElems )
+ {
+ dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:",
+ "MetaElements already exist, they will be destroyed");
+ delete MetaElems;
+ }
+ MetaElems = static_cast<DicomDirMeta *>(si);
break;
-
default:
return;
}
entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry !
entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting
- entry->SetLength(0); // just to avoid further missprinting
if( header )
{
val = it->Value;
}
- // GDCM_UNFOUND or not !
-
entry->SetValue( val ); // troubles expected when vr=SQ ...
- if( dictEntry )
- {
- if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe )
- {
- entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); // FIXME
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" )
- {
- entry->SetLength(4);
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" )
- {
- entry->SetLength(2);
- }
- else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" )
- {
- entry->SetLength( 0xffffffff );
- }
- else
- {
- entry->SetLength( entry->GetValue().length() );
- }
- }
-
if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print !
{
std::cout << "GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that"
}
si->AddEntry(entry);
}
- switch( type )
- {
- case GDCM_DICOMDIR_IMAGE:
- AddDicomDirImageToEnd(si);
- break;
-
- case GDCM_DICOMDIR_SERIE:
- AddDicomDirSerieToEnd(si);
- break;
-
- case GDCM_DICOMDIR_STUDY:
- AddDicomDirStudyToEnd(si);
- break;
-
- case GDCM_DICOMDIR_PATIENT:
- AddDicomDirPatientToEnd(si);
- break;
-
- default:
- return;
- }
- //int count=1; // find a trick to increment
- //s->AddEntry(si, count); // Seg Faults
-
}
//-----------------------------------------------------------------------------
return;
}
- DicomDirType type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META;
+ DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META;
MetaElems = NewMeta();
ListSQItem listItems = s->GetSQItems();
DocEntry * d;
std::string v;
+ SQItem * si;
for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin();
i !=listItems.end(); ++i )
{
if( v == "PATIENT " )
{
- AddDicomDirPatientToEnd( *i );
+ si = new DicomDirPatient();
+ AddDicomDirPatientToEnd( static_cast<DicomDirPatient *>(si) );
type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT;
}
else if( v == "STUDY " )
{
- AddDicomDirStudyToEnd( *i );
+ si = new DicomDirStudy();
+ AddDicomDirStudyToEnd( static_cast<DicomDirStudy *>(si) );
type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY;
}
else if( v == "SERIES" )
{
- AddDicomDirSerieToEnd( *i );
+ si = new DicomDirSerie();
+ AddDicomDirSerieToEnd( static_cast<DicomDirSerie *>(si) );
type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE;
}
else if( v == "IMAGE " )
{
- AddDicomDirImageToEnd( *i );
+ si = new DicomDirImage();
+ AddDicomDirImageToEnd( static_cast<DicomDirImage *>(si) );
type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE;
}
else
// neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item.
continue;
}
+ MoveSQItem(si,*i);
}
+ TagHT.clear();
}
/**
* \ingroup DicomDir
* \brief Well ... there is only one occurence
*/
-void DicomDir::AddDicomDirMeta()
+bool DicomDir::AddDicomDirMeta()
{
if( MetaElems )
{
delete MetaElems;
}
- MetaElems = new DicomDirMeta( &TagHT );
+ MetaElems = new DicomDirMeta();
+ return true;
}
/**
* \brief AddDicomDirPatientToEnd
* @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List
*/
-void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s)
+bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd)
{
- Patients.push_back(new DicomDirPatient(s, &TagHT));
+ Patients.push_back(dd);
+ return true;
}
/**
* \brief AddDicomDirStudyToEnd
* @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List
*/
- void DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(SQItem *s)
+bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd)
{
if( Patients.size() > 0 )
{
ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end();
itp--;
- (*itp)->AddDicomDirStudy(new DicomDirStudy(s, &TagHT));
+ (*itp)->AddDicomDirStudy(dd);
+ return true;
}
+ return false;
}
/**
* \brief AddDicomDirSerieToEnd
* @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List
*/
-void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s)
+bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd)
{
if( Patients.size() > 0 )
{
ListDicomDirStudy::const_iterator itst =
(*itp)->GetDicomDirStudies().end();
itst--;
- (*itst)->AddDicomDirSerie(new DicomDirSerie(s, &TagHT));
+ (*itst)->AddDicomDirSerie(dd);
+ return true;
}
}
+ return false;
}
/**
* \brief AddDicomDirImageToEnd
* @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List
*/
- void DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(SQItem *s)
+bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd)
{
if( Patients.size() > 0 )
{
{
ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end();
its--;
- (*its)->AddDicomDirImage(new DicomDirImage(s, &TagHT));
+ (*its)->AddDicomDirImage(dd);
+ return true;
}
}
}
+ return false;
}
/**
*/
void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list)
{
+ TagHT.clear();
+ Patients.clear();
+
std::string patPrevName = "", patPrevID = "";
std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = "";
std::string serPrevInstanceUID = "", serPrevID = "";
std::string studCurInstanceUID, studCurID;
std::string serCurInstanceUID, serCurID;
+ bool first = true;
for( VectDocument::const_iterator it = list.begin();
it != list.end(); ++it )
{
// get the current file characteristics
- patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
- patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
- studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
- studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
- serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
+ patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
+ patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011);
+ studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
+ studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010);
+ serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011);
- if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID)
+ if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first )
{
SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it);
+ first = true;
}
// if new Study Deal with 'STUDY' Elements
- if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID )
+ if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID
+ || first )
{
SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it);
+ first = true;
}
// if new Serie Deal with 'SERIE' Elements
- if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID )
+ if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID
+ || first )
{
SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it);
+ first = true;
}
// Always Deal with 'IMAGE' Elements
studPrevID = studCurID;
serPrevInstanceUID = serCurInstanceUID;
serPrevID = serCurID;
+ first = false;
+ }
+}
+
+/**
+ * \ingroup DicomDir
+ * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem
+ * Only DocEntry's are moved
+ *
+ */
+void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src)
+{
+ DocEntry *entry;
+
+ src->Initialize();
+ entry = src->GetNextEntry();
+ while(entry)
+ {
+ src->RemoveEntryNoDestroy(entry);
+ dst->AddEntry(entry);
+
+ src->Initialize();
+ entry = src->GetNextEntry();
}
}
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff