]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmDocEntry.cxx
Port Mathieu's modif for writting JPEG2000
[gdcm.git] / src / gdcmDocEntry.cxx
index 2da966c81b10ac832565766456be6e02adfd72b3..4391cd064a62c6ca6064f94e21c294c6b8ebb970 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmDocEntry.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2005/09/21 09:44:59 $
-  Version:   $Revision: 1.69 $
+  Date:      $Date: 2006/07/06 12:38:06 $
+  Version:   $Revision: 1.85 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 =========================================================================*/
 
 #include "gdcmDocEntry.h"
+#include "gdcmDataEntry.h"
 #include "gdcmTS.h"
 #include "gdcmVR.h"
 #include "gdcmGlobal.h"
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmDebug.h"
-
+#include "gdcmDictSet.h"
 #include <iomanip> // for std::ios::left, ...
 #include <fstream>
 
@@ -33,24 +34,40 @@ namespace gdcm
 // Constructor / Destructor
 /**
  * \brief   Constructor from a given DictEntry
- * @param   in Pointer to existing dictionary entry
+ * @param   group Group number
+ * @param   elem Element number
+ * @param   vr VR 
  */
-DocEntry::DocEntry(DictEntry *in)
+DocEntry::DocEntry(uint16_t group, uint16_t elem, VRKey const &vr)
 {
    ImplicitVR = false;
-   DicomDict  = in;
-   SetKey( in->GetKey( ) );
+   DicomDict  = 0;   
    Offset     = 0 ; // To avoid further missprinting
 
    // init some variables
    ReadLength = 0;
    Length = 0;
+
+   VR = vr;
+   Key.SetGroupElem(group,elem);
+}
+
+/**
+ * \brief   Destructor from a given DictEntry
+ */
+DocEntry::~DocEntry()
+{
+   if (DicomDict)
+   {
+      gdcmAssertMacro(DicomDict);
+      DicomDict->Unregister();
+   }
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Public
 /**
- * \brief   Writes the common part of any ValEntry, BinEntry, SeqEntry
+ * \brief   Writes the common part of any DataEntry, SeqEntry
  * @param fp already open ofstream pointer
  * @param filetype type of the file (ACR, ImplicitVR, ExplicitVR, ...)
  */
@@ -58,29 +75,41 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
 {
    uint32_t ffff  = 0xffffffff;
    uint16_t group = GetGroup();
+
+   ///\todo allow skipping Shadow groups 
    VRKey vr       = GetVR();
-   uint16_t el    = GetElement();
+   uint16_t elem  = GetElement();
    uint32_t lgth  = GetLength();
-
-   if ( group == 0xfffe && el == 0x0000 )
+  
+   if ( group == 0xfffe && elem == 0x0000 )
    {
      // Fix in order to make some MR PHILIPS images e-film readable
      // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm:
      // we just *always* ignore spurious fffe|0000 tag !   
       return;
    }
+
    //
    // ----------- Writes the common part
    //
+    // To avoid gdcm to propagate oddities.
+    // --> Don't forget to *write* an even length value   
+   if (lgth%2)
+      lgth ++;
+   
+ // ----------- Writes the common part : the Tag   
    binary_write( *fp, group); //group number
-   binary_write( *fp, el);    //element number
+   binary_write( *fp, elem);  //element number
 
    // Dicom V3 group 0x0002 is *always* Explicit VR !
-   if ( filetype == ExplicitVR || group == 0x0002 )
+   if ( filetype == ExplicitVR || filetype == JPEG || filetype == JPEG2000 || group == 0x0002 )
    {
+// ----------- Writes the common part : the VR + the length 
+  
       // Special case of delimiters:
       if (group == 0xfffe)
-      {
+      {   
          // Delimiters have NO Value Representation
          // Hence we skip writing the VR.
          //
@@ -93,33 +122,29 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
          binary_write(*fp, ff);
          return;
       }
-
       uint16_t zero = 0;
       uint16_t shortLgr = (uint16_t)lgth;
 
-      if (vr == GDCM_UNKNOWN)
+      if( IsVRUnknown() )
       {
-         // GDCM_UNKNOWN was stored in the Entry VR;
+         // GDCM_VRUNKNOWN was stored in the Entry VR;
          // deal with Entry as if TS were Implicit VR
-         // FIXME : troubles expected on big endian processors :
-         // let lgth = 0x00001234
-         // we write 34 12 00 00 on little endian proc (OK)
-         // we write 12 34 00 00 on big endian proc (KO)          
-         //binary_write(*fp, shortLgr);
-         //binary_write(*fp, zero);
-
          binary_write(*fp, lgth);
       }
       else
       {
-         binary_write(*fp, vr);
-         gdcmAssertMacro( vr.size() == 2 );
-                  
-         if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") /*|| (vr == "UN")*/ )
+         binary_write(*fp, vr.str());
+         // See PS 3.5-2004 page 33, 36                  
+         if ( (vr == "SQ") || (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "OF") 
+          ||  (vr == "UN") || (vr == "UT") )
          {
             binary_write(*fp, zero);
-            if (vr == "SQ")
+           if ( (filetype == JPEG || filetype == JPEG2000) && group == 0x7fe0 && elem == 0x0010)
+            {
+               gdcmAssertMacro( GetVR() == "OW" );
+               binary_write(*fp, ffff);
+            }  
+            else if (vr == "SQ")
             {
                // we set SQ length to ffffffff
                // and  we shall write a Sequence Delimitor Item 
@@ -139,6 +164,7 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
    } 
    else // IMPLICIT VR 
    { 
+// ----------- Writes the common part : the VR  
       if (vr == "SQ")
       {
          binary_write(*fp, ffff);
@@ -150,6 +176,39 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
    }
 }
 
+/// \brief Returns the 'Name' '(e.g. "Patient's Name") found in the Dicom
+/// Dictionnary of the current Dicom Header Entry
+std::string const &DocEntry::GetName() 
+{ 
+   if (DicomDict == 0)
+      DicomDict =
+                 Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(Key[0],Key[1]);
+   if (DicomDict == 0)
+      return GDCM_UNKNOWN;
+   else
+   {
+      DicomDict->Register();
+      return DicomDict->GetName();
+   }
+}
+
+   /// \brief Returns the 'Value Multiplicity' (e.g. "1", "6", "1-n", "3-n"),
+   /// found in the Dicom entry or in the Dicom Dictionnary
+   /// of the current Dicom entry
+std::string const &DocEntry::GetVM()
+{
+   if (DicomDict == 0)
+      DicomDict =
+                 Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(Key[0],Key[1]);
+   if (DicomDict == 0)
+      return GDCM_UNKNOWN;
+   else
+   {
+      DicomDict->Register();
+      return DicomDict->GetVM();
+   }
+}
+
 /**
  * \brief   Gets the full length of the elementary DocEntry (not only value
  *          length) depending on the VR.
@@ -203,7 +262,7 @@ bool DocEntry::IsSequenceDelimitor()
 }
 
 /**
- * \brief   Copies all the attributes from an other DocEntry 
+ * \brief Copies all the attributes from an other DocEntry 
  * @param doc entry to copy from
  */
 void DocEntry::Copy(DocEntry *doc)
@@ -223,7 +282,7 @@ void DocEntry::Copy(DocEntry *doc)
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Print
 /**
- * \brief   Prints the common part of ValEntry, BinEntry, SeqEntry
+ * \brief   Prints the common part of DataEntry, SeqEntry
  * @param   os ostream we want to print in
  * @param indent Indentation string to be prepended during printing
  */
@@ -232,14 +291,15 @@ void DocEntry::Print(std::ostream &os, std::string const & )
    size_t o;
    std::string st;
    TSKey v;
-   std::string d2, vr;
+   std::string d2;
+   VRKey vr;
    std::ostringstream s;
    uint32_t lgth;
 
    o  = GetOffset();
    vr = GetVR();
-   if ( vr==GDCM_UNKNOWN )
-      vr="  ";
+   if ( vr == GDCM_VRUNKNOWN )
+      vr = "  ";
 
    s << DictEntry::TranslateToKey(GetGroup(),GetElement());