]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmDocEntry.cxx
BUG: Newer version of the software on Siemens MR write proper lenght.
[gdcm.git] / src / gdcmDocEntry.cxx
index d2f9a0c6aa768ef068ba71b690bf3087ade1545b..535e3bc99267a3446588b3c8f9db86085c81ffc2 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmDocEntry.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2005/08/25 13:12:43 $
-  Version:   $Revision: 1.64 $
+  Date:      $Date: 2006/02/16 20:06:14 $
+  Version:   $Revision: 1.81 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -17,6 +17,7 @@
 =========================================================================*/
 
 #include "gdcmDocEntry.h"
+#include "gdcmDataEntry.h"
 #include "gdcmTS.h"
 #include "gdcmVR.h"
 #include "gdcmGlobal.h"
@@ -39,18 +40,30 @@ DocEntry::DocEntry(DictEntry *in)
 {
    ImplicitVR = false;
    DicomDict  = in;
-   SetKey( in->GetKey( ) );
    Offset     = 0 ; // To avoid further missprinting
 
    // init some variables
    ReadLength = 0;
    Length = 0;
+
+   gdcmAssertMacro(DicomDict);
+   DicomDict->Register();
+}
+
+/**
+ * \brief   Destructor from a given DictEntry
+ */
+DocEntry::~DocEntry()
+{
+   gdcmAssertMacro(DicomDict);
+
+   DicomDict->Unregister();
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Public
 /**
- * \brief   Writes the common part of any ValEntry, BinEntry, SeqEntry
+ * \brief   Writes the common part of any DataEntry, SeqEntry
  * @param fp already open ofstream pointer
  * @param filetype type of the file (ACR, ImplicitVR, ExplicitVR, ...)
  */
@@ -58,33 +71,47 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
 {
    uint32_t ffff  = 0xffffffff;
    uint16_t group = GetGroup();
+
+   ///\todo allow skipping Shadow groups 
    VRKey vr       = GetVR();
-   uint16_t el    = GetElement();
+   uint16_t elem  = GetElement();
    uint32_t lgth  = GetLength();
 
-   if ( group == 0xfffe && el == 0x0000 )
+   if ( group == 0xfffe && elem == 0x0000 )
    {
      // Fix in order to make some MR PHILIPS images e-film readable
      // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm:
      // we just *always* ignore spurious fffe|0000 tag !   
       return;
    }
+
    //
    // ----------- Writes the common part
    //
+    // To avoid gdcm to propagate oddities.
+    // --> Don't forget to *write* an even length value   
+   if (lgth%2)
+      lgth ++;
+   
+ // ----------- Writes the common part : the Tag   
    binary_write( *fp, group); //group number
-   binary_write( *fp, el);    //element number
+   binary_write( *fp, elem);  //element number
 
-   if ( filetype == ExplicitVR )
+   // Dicom V3 group 0x0002 is *always* Explicit VR !
+   if ( filetype == ExplicitVR || filetype == JPEG || group == 0x0002 )
    {
+// ----------- Writes the common part : the VR + the length 
+  
       // Special case of delimiters:
       if (group == 0xfffe)
       {
          // Delimiters have NO Value Representation
          // Hence we skip writing the VR.
+         //
          // In order to avoid further troubles, we choose to write them
          // as 'no-length' Item Delimitors (we pad by writing 0xffffffff)
-         // We shall force the end of a given Item by writting 
+         // We shall force the end of a given SeqItem by writting 
          //  a Item Delimitation Item (fffe, e00d)
 
          uint32_t ff = 0xffffffff;
@@ -92,24 +119,25 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
          return;
       }
 
-      uint16_t z = 0;
+      uint16_t zero = 0;
       uint16_t shortLgr = (uint16_t)lgth;
 
-      if (vr == GDCM_UNKNOWN)
+      if( IsVRUnknown() )
       {
-         // Unknown was 'written'
-         // deal with Little Endian            
-         binary_write(*fp, shortLgr);
-         binary_write(*fp, z);
+         // GDCM_VRUNKNOWN was stored in the Entry VR;
+         // deal with Entry as if TS were Implicit VR
+         binary_write(*fp, lgth);
       }
       else
       {
-         binary_write(*fp, vr);
-         gdcmAssertMacro( vr.size() == 2 );
-                  
-         if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") || (vr == "UN") )
+         binary_write(*fp, vr.str());
+
+         // See PS 3.5-2004 page 33, 36                  
+         if ( (vr == "SQ") || (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "OF") 
+          ||  (vr == "UN") || (vr == "UT") )
          {
-            binary_write(*fp, z);
+            binary_write(*fp, zero);
             if (vr == "SQ")
             {
                // we set SQ length to ffffffff
@@ -130,6 +158,7 @@ void DocEntry::WriteContent(std::ofstream *fp, FileType filetype)
    } 
    else // IMPLICIT VR 
    { 
+// ----------- Writes the common part : the VR  
       if (vr == "SQ")
       {
          binary_write(*fp, ffff);
@@ -194,7 +223,7 @@ bool DocEntry::IsSequenceDelimitor()
 }
 
 /**
- * \brief   Copies all the attributes from an other DocEntry 
+ * \brief Copies all the attributes from an other DocEntry 
  * @param doc entry to copy from
  */
 void DocEntry::Copy(DocEntry *doc)
@@ -214,7 +243,7 @@ void DocEntry::Copy(DocEntry *doc)
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Print
 /**
- * \brief   Prints the common part of ValEntry, BinEntry, SeqEntry
+ * \brief   Prints the common part of DataEntry, SeqEntry
  * @param   os ostream we want to print in
  * @param indent Indentation string to be prepended during printing
  */
@@ -223,27 +252,28 @@ void DocEntry::Print(std::ostream &os, std::string const & )
    size_t o;
    std::string st;
    TSKey v;
-   std::string d2, vr;
+   std::string d2;
+   VRKey vr;
    std::ostringstream s;
    uint32_t lgth;
 
    o  = GetOffset();
    vr = GetVR();
-   if ( vr==GDCM_UNKNOWN )
-      vr="  ";
+   if ( vr == GDCM_VRUNKNOWN )
+      vr = "  ";
 
    s << DictEntry::TranslateToKey(GetGroup(),GetElement()); 
 
    if (PrintLevel >= 2)
    {
       s << " lg : ";
-      lgth = GetReadLength(); // ReadLength, as opposed to Length
+      lgth = GetReadLength(); // ReadLength, as opposed to (usable) Length
       if (lgth == 0xffffffff)
       {
          st = " ffff ";
          s.setf(std::ios::left);
          s << std::setw(4);  
-         s << "   x(ffff) ";
+         s << "    x(ffff) ";
          s.setf(std::ios::left);
          s << std::setw(8) << "-1"; 
       }
@@ -251,17 +281,19 @@ void DocEntry::Print(std::ostream &os, std::string const & )
       {
          st = Util::Format("x(%x)",lgth); // we may keep it
          s.setf(std::ios::left);
-         s << std::setw(10-st.size()) << " ";
+         s << std::setw(11-st.size()) << " ";
          s << st << " ";
          s.setf(std::ios::left);
          s << std::setw(8) << lgth; 
       }
       s << " Off.: ";
       st = Util::Format("x(%x)",o);  // we may keep it
-      s << std::setw(10-st.size()) << " ";
+      s << std::setw(11-st.size()) << " ";
       s << st << " ";
       s << std::setw(8) << o; 
    }
+   if (PrintLevel >= 1)
+      s << " ";
 
    s << "[" << vr  << "] ";