]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmDocument.cxx
* src/gdcmDocEntrySet.[h|cxx], gdcmDocument.[h|cxx] : amelioration of
[gdcm.git] / src / gdcmDocument.cxx
index e561603b8384e10910d82ac1dbbc06568944339c..0d865c24849e1da9478cd33a567c1427f8675d28 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/11/30 16:59:32 $
-  Version:   $Revision: 1.144 $
+  Date:      $Date: 2005/01/06 15:36:48 $
+  Version:   $Revision: 1.157 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 #include "gdcmGlobal.h"
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmDebug.h"
+#include "gdcmTS.h"
+#include "gdcmException.h"
+#include "gdcmDictSet.h"
+#include "gdcmRLEFramesInfo.h"
+#include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
+#include "gdcmDocEntrySet.h"
+#include "gdcmSQItem.h"
 
 #include <vector>
 #include <iomanip>
@@ -175,8 +182,6 @@ Document::Document( std::string const & filename ) : ElementSet(-1)
          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
    }
    // ----------------- End of ACR-LibIDO kludge ------------------ 
-
-   PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
 }
 
 /**
@@ -191,7 +196,6 @@ Document::Document() : ElementSet(-1)
    Initialise();
    SwapCode = 0;
    Filetype = ExplicitVR;
-   PrintLevel = 1;  // 'Medium' print level by default
 }
 
 /**
@@ -215,6 +219,7 @@ Document::~Document ()
   */  
 void Document::PrintPubDict(std::ostream & os)
 {
+   RefPubDict->SetPrintLevel(PrintLevel);
    RefPubDict->Print(os);
 }
 
@@ -224,6 +229,7 @@ void Document::PrintPubDict(std::ostream & os)
   */
 void Document::PrintShaDict(std::ostream & os)
 {
+   RefShaDict->SetPrintLevel(PrintLevel);
    RefShaDict->Print(os);
 }
 
@@ -411,7 +417,11 @@ FileType Document::GetFileType()
  */
 std::ifstream* Document::OpenFile()
 {
-   if (Filename.length() == 0) return 0;
+   if (Filename.length() == 0) 
+   {
+      return 0;
+   }
+
    if(Fp)
    {
       dbg.Verbose( 0,
@@ -420,17 +430,23 @@ std::ifstream* Document::OpenFile()
    }
 
    Fp = new std::ifstream(Filename.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
-
-   if(!Fp)
+   if( ! *Fp )
    {
       dbg.Verbose( 0,
                    "Document::OpenFile cannot open file: ",
                    Filename.c_str());
+      delete Fp;
+      Fp = 0;
       return 0;
    }
  
    uint16_t zero;
-   Fp->read((char*)&zero,  (size_t)2 );
+   Fp->read((char*)&zero, (size_t)2);
+   if( Fp->eof() )
+   {
+      CloseFile();
+      return 0;
+   }
  
    //ACR -- or DICOM with no Preamble; may start with a Shadow Group --
    if( 
@@ -446,6 +462,11 @@ std::ifstream* Document::OpenFile()
    Fp->seekg(126L, std::ios::cur);
    char dicm[4];
    Fp->read(dicm,  (size_t)4);
+   if( Fp->eof() )
+   {
+      CloseFile();
+      return 0;
+   }
    if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
    {
       return Fp;
@@ -514,7 +535,7 @@ void Document::WriteContent(std::ofstream* fp, FileType filetype)
 }
 
 /**
- * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
+ * \brief   Modifies the value of a given Doc Entry (Dicom Element)
  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
  * @param   value (string) Value to be set
  * @param   group   Group number of the Entry 
@@ -523,79 +544,53 @@ void Document::WriteContent(std::ofstream* fp, FileType filetype)
  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
  *          failed).
  */ 
-ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
-                                         std::string const & value, 
-                                         uint16_t group, 
-                                         uint16_t elem,
-                                         TagName const & vr )
+ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(std::string const & value, 
+                                            uint16_t group, 
+                                            uint16_t elem,
+                                            TagName const & vr )
 {
    ValEntry* valEntry = 0;
    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
    
-   if (!currentEntry)
+   if (currentEntry)
    {
-      // check if (group,element) DictEntry exists
-      // if it doesn't, create an entry in DictSet::VirtualEntry
-      // and use it
+      valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(currentEntry);
 
-   // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
-      Dict *pubDict = Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
-      DictEntry* dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
-      if (!dictEntry)
-      {
-         currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem, vr);
-      }
-      else
-      {
-         currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
-      }
+      // Verify the VR
+      if( valEntry )
+         if( valEntry->GetVR()!=vr )
+            valEntry=NULL;
 
-      if (!currentEntry)
+      // if currentEntry doesn't correspond to the requested valEntry
+      if( !valEntry)
       {
-         dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
-                        " NewDocEntryByNumber failed.");
-         return NULL;
+         if (!RemoveEntry(currentEntry))
+         {
+            dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
+                           " of previous DocEntry failed.");
+
+            return NULL;
+         }
       }
+   }
 
-      valEntry = new ValEntry(currentEntry);
-      delete currentEntry;
+   // Create a new valEntry if necessary
+   if (!valEntry)
+   {
+      valEntry = NewValEntryByNumber(group, elem, vr);
 
       if ( !AddEntry(valEntry))
       {
-         delete valEntry;
          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
                         " failed allthough this is a creation.");
+
+         delete valEntry;
          return NULL;
       }
    }
-   else
-   {
-      valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(currentEntry);
-      if ( !valEntry ) // Euuuuh? It wasn't a ValEntry
-                       // then we change it to a ValEntry ?
-                       // Shouldn't it be considered as an error ?
-      {
-         // We need to promote the DocEntry to a ValEntry:
-         valEntry = new ValEntry(currentEntry);
-         if (!RemoveEntry(currentEntry))
-         {
-            delete valEntry;
-            dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
-                           " of previous DocEntry failed.");
-            return NULL;
-         }
-         if ( !AddEntry(valEntry))
-         {
-            delete valEntry;
-            dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
-                           " promoted ValEntry failed.");
-            return NULL;
-         }
-      }
-   }
-
-   SetEntryByNumber(value, group, elem);
 
+   // Set the binEntry value
+   SetEntry(value, valEntry);
    return valEntry;
 }   
 
@@ -606,74 +601,58 @@ ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
  * @param   binArea (binary) value to be set
  * @param   Group   Group number of the Entry 
  * @param   Elem  Element number of the Entry
+ * @param   vr  V(alue) R(epresentation) of the Entry -if private Entry-
  * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
  *          failed).
  */
-BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
-                                         uint8_t* binArea,
-                                         int lgth, 
-                                         uint16_t group, 
-                                         uint16_t elem,
-                                         TagName const & vr )
+BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(uint8_t* binArea,
+                                            int lgth, 
+                                            uint16_t group, 
+                                            uint16_t elem,
+                                            TagName const & vr )
 {
    BinEntry* binEntry = 0;
    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
-   if (!currentEntry)
-   {
-
-      // check if (group,element) DictEntry exists
-      // if it doesn't, create an entry in DictSet::VirtualEntry
-      // and use it
 
-   // Find out if the tag we received is in the dictionaries:
-      Dict *pubDict = Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict();
-      DictEntry *dictEntry = pubDict->GetDictEntryByNumber(group, elem);
-
-      if (!dictEntry)
-      {
-         currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem, vr);
-      }
-      else
-      {
-         currentEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
-      }
-      if (!currentEntry)
-      {
-         dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: call to"
-                        " NewDocEntryByNumber failed.");
-         return NULL;
-      }
-      binEntry = new BinEntry(currentEntry);
-      if ( !AddEntry(binEntry))
-      {
-         dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
-                        " failed allthough this is a creation.");
-      }
-   }
-   else
+   // Verify the currentEntry
+   if (currentEntry)
    {
       binEntry = dynamic_cast< BinEntry* >(currentEntry);
-      if ( !binEntry ) // Euuuuh? It wasn't a BinEntry
-                       // then we change it to a BinEntry ?
-                       // Shouldn't it be considered as an error ?
+
+      // Verify the VR
+      if( binEntry )
+         if( binEntry->GetVR()!=vr )
+            binEntry=NULL;
+
+      // if currentEntry doesn't correspond to the requested valEntry
+      if( !binEntry)
       {
-         // We need to promote the DocEntry to a BinEntry:
-         binEntry = new BinEntry(currentEntry);
          if (!RemoveEntry(currentEntry))
          {
             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
                            " of previous DocEntry failed.");
-            return NULL;
-         }
-         if ( !AddEntry(binEntry))
-         {
-            dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
-                           " promoted BinEntry failed.");
+
             return NULL;
          }
       }
    }
 
+   // Create a new binEntry if necessary
+   if (!binEntry)
+   {
+      binEntry = NewBinEntryByNumber(group, elem, vr);
+
+      if ( !AddEntry(binEntry))
+      {
+         dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
+                        " failed allthough this is a creation.");
+
+         delete binEntry;
+         return NULL;
+      }
+   }
+
+   // Set the binEntry value
    uint8_t *tmpArea;
    if (lgth>0 && binArea)
    {
@@ -684,7 +663,7 @@ BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
    {
       tmpArea = 0;
    }
-   if (!SetEntryByNumber(tmpArea, lgth, group, elem))
+   if (!SetEntry(tmpArea,lgth,binEntry))
    {
       if (tmpArea)
       {
@@ -695,7 +674,6 @@ BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
    return binEntry;
 }  
 
-
 /*
  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
  *          when it exists. Create it when unexistant.
@@ -706,20 +684,48 @@ BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
  */
 SeqEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber( uint16_t group, uint16_t elem)
 {
-   SeqEntry* b = 0;
-   DocEntry* a = GetDocEntryByNumber( group, elem);
-   if (!a)
+   SeqEntry* seqEntry = 0;
+   DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber( group, elem);
+
+   // Verify the currentEntry
+   if (currentEntry)
    {
-      a = NewSeqEntryByNumber(group, elem);
-      if (!a)
+      seqEntry = dynamic_cast< SeqEntry* >(currentEntry);
+
+      // Verify the VR
+      if( seqEntry )
+         if( seqEntry->GetVR()!="SQ" )
+            seqEntry=NULL;
+
+      // if currentEntry doesn't correspond to the requested valEntry
+      if( !seqEntry)
       {
-         return 0;
+         if (!RemoveEntry(currentEntry))
+         {
+            dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
+                           " of previous DocEntry failed.");
+
+            return NULL;
+         }
       }
+   }
 
-      b = new SeqEntry(a, 1); // FIXME : 1 (Depth)
-      AddEntry(b);
-   }   
-   return b;
+   // Create a new seqEntry if necessary
+   if (!seqEntry)
+   {
+      seqEntry = NewSeqEntryByNumber(group, elem);
+
+      if ( !AddEntry(seqEntry))
+      {
+         dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
+                        " failed allthough this is a creation.");
+
+         delete seqEntry;
+         return NULL;
+      }
+   }
+
+   return seqEntry;
 } 
  
 /**
@@ -816,7 +822,6 @@ std::string Document::GetEntryVRByName(TagName const& tagName)
 std::string Document::GetEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
 {
    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
-   /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
    if ( !TagHT.count(key))
    {
       return GDCM_UNFOUND;
@@ -896,42 +901,14 @@ bool Document::SetEntryByName( std::string const & content,
 bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content, 
                                 uint16_t group, uint16_t element) 
 {
-   int c;
-   int l;
-
-   ValEntry* valEntry = GetValEntryByNumber(group, element);
-   if (!valEntry )
+   ValEntry* entry = GetValEntryByNumber(group, element);
+   if (!entry )
    {
       dbg.Verbose(0, "Document::SetEntryByNumber: no corresponding",
                      " ValEntry (try promotion first).");
       return false;
    }
-   // Non even content must be padded with a space (020H)...
-   std::string finalContent = Util::DicomString( content.c_str() );
-   assert( !(finalContent.size() % 2) );
-   valEntry->SetValue(finalContent);
-
-   // Integers have a special treatement for their length:
-
-   l = finalContent.length();
-   if ( l != 0) // To avoid to be cheated by 'zero length' integers
-   {   
-      VRKey vr = valEntry->GetVR();
-      if( vr == "US" || vr == "SS" )
-      {
-         // for multivaluated items
-         c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
-         l = c*2;
-      }
-      else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
-      {
-         // for multivaluated items
-         c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
-         l = c*4;;
-      }
-   }
-   valEntry->SetLength(l);
-   return true;
+   return SetEntry(content,entry);
 } 
 
 /**
@@ -946,74 +923,56 @@ bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content,
 bool Document::SetEntryByNumber(uint8_t*content, int lgth, 
                                 uint16_t group, uint16_t element) 
 {
-   (void)lgth;  //not used
-   TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
-   if ( !TagHT.count(key))
+   BinEntry* entry = GetBinEntryByNumber(group, element);
+   if (!entry )
    {
+      dbg.Verbose(0, "Document::SetEntryByNumber: no corresponding",
+                     " ValEntry (try promotion first).");
       return false;
    }
 
-/* Hope Binary field length is *never* wrong    
-   if(lgth%2) // Non even length are padded with a space (020H).
-   {  
-      lgth++;
-      //content = content + '\0'; // fing a trick to enlarge a binary field?
-   }
-*/      
-   BinEntry* entry = (BinEntry *)TagHT[key];           
-   entry->SetBinArea(content);  
-   entry->SetLength(lgth);
-   entry->SetValue(GDCM_BINLOADED);
-
-   return true;
+   return SetEntry(content,lgth,entry);
 } 
 
 /**
  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
- *          in the PubDocEntrySet of this instance
- *          through it's (group, element) and modifies it's length with
- *          the given value.
- * \warning Use with extreme caution.
- * @param l new length to substitute with
- * @param group     group number of the Entry to modify
- * @param element element number of the Entry to modify
- * @return  true on success, false otherwise.
+ *          and modifies it's content with the given value.
+ * @param   content new value (string) to substitute with
  */
-/*bool Document::SetEntryLengthByNumber(uint32_t l, 
-                                      uint16_t group, uint16_t element) 
+bool Document::SetEntry(std::string const & content,ValEntry* entry)
 {
-   /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
-   TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
-   if ( !TagHT.count(key) )
+   if(entry)
    {
-      return false;
-   }
-   if ( l % 2 )
-   {
-      l++; // length must be even
+      entry->SetValue(content);
+      return true;
    }
-   ( ((TagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l); 
-
-   return true ;
-}*/
+   return false;
+}
 
 /**
- * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
- *          (LoadElementValues has already be executed)
- * @param group   group number of the Entry 
- * @param elem  element number of the Entry
- * @return File Offset of the Element Value 
+ * \brief   Accesses an existing BinEntry (i.e. a Dicom Element)
+ *          and modifies it's content with the given value.
+ * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
+ * @param   lgth new value length
  */
-/*size_t Document::GetEntryOffsetByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
+bool Document::SetEntry(uint8_t* content, int lgth,BinEntry* entry)
 {
-   DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
-   if (!entry) 
+   if(entry)
    {
-      dbg.Verbose(1, "Document::GetDocEntryByNumber: no entry present.");
-      return 0;
+      // Hope Binary field length is *never* wrong    
+      /*if(lgth%2) // Non even length are padded with a space (020H).
+      {  
+         lgth++;
+         //content = content + '\0'; // fing a trick to enlarge a binary field?
+      }*/
+      
+      entry->SetBinArea(content);  
+      entry->SetLength(lgth);
+      entry->SetValue(GDCM_BINLOADED);
+      return true;
    }
-   return entry->GetOffset();
-}*/
+   return false;
+}
 
 /**
  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
@@ -1122,54 +1081,6 @@ void Document::LoadEntryBinArea(BinEntry* element)
    return false;
 }*/
 
-/**
- * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
- *          Only non even entries are analyzed       
- */
-void Document::UpdateShaEntries()
-{
-   //DictEntry *entry;
-   std::string vr;
-   
-   /// \todo TODO : still any use to explore recursively the whole structure?
-/*
-   for(ListTag::iterator it=listEntries.begin();
-       it!=listEntries.end();
-       ++it)
-   {
-      // Odd group => from public dictionary
-      if((*it)->GetGroup()%2==0)
-         continue;
-
-      // Peer group => search the corresponding dict entry
-      if(RefShaDict)
-         entry=RefShaDict->GetDictEntryByNumber((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement());
-      else
-         entry=NULL;
-
-      if((*it)->IsImplicitVR())
-         vr="Implicit";
-      else
-         vr=(*it)->GetVR();
-
-      (*it)->SetValue(GetDocEntryUnvalue(*it));  // to go on compiling
-      if(entry){
-         // Set the new entry and the new value
-         (*it)->SetDictEntry(entry);
-         CheckDocEntryVR(*it,vr);
-
-         (*it)->SetValue(GetDocEntryValue(*it));    // to go on compiling
-      }
-      else
-      {
-         // Remove precedent value transformation
-         (*it)->SetDictEntry(NewVirtualDictEntry((*it)->GetGroup(),(*it)->GetElement(),vr));
-      }
-   }
-*/   
-}
-
 /**
  * \brief   Searches within the Header Entries for a Dicom Element of
  *          a given tag.
@@ -1221,15 +1132,37 @@ ValEntry* Document::GetValEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
    {
       return 0;
    }
-   if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast<ValEntry*>(currentEntry) )
+   if ( ValEntry* entry = dynamic_cast<ValEntry*>(currentEntry) )
    {
-      return valEntry;
+      return entry;
    }
    dbg.Verbose(0, "Document::GetValEntryByNumber: unfound ValEntry.");
 
    return 0;
 }
 
+/**
+ * \brief  Same as \ref Document::GetDocEntryByNumber except it only
+ *         returns a result when the corresponding entry is of type
+ *         BinEntry.
+ * @return When present, the corresponding BinEntry. 
+ */
+BinEntry* Document::GetBinEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
+{
+   DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
+   if ( !currentEntry )
+   {
+      return 0;
+   }
+   if ( BinEntry* entry = dynamic_cast<BinEntry*>(currentEntry) )
+   {
+      return entry;
+   }
+   dbg.Verbose(0, "Document::GetBinEntryByNumber: unfound BinEntry.");
+
+   return 0;
+}
+
 /**
  * \brief         Loads the element while preserving the current
  *                underlying file position indicator as opposed to
@@ -1870,14 +1803,10 @@ void Document::FindDocEntryLength( DocEntry *entry )
  * \brief     Find the Value Representation of the current Dicom Element.
  * @param     entry
  */
-void Document::FindDocEntryVR( DocEntry *entry )
+std::string Document::FindDocEntryVR()
 {
    if ( Filetype != ExplicitVR )
-   {
-      return;
-   }
-
-   char vr[3];
+      return(GDCM_UNKNOWN);
 
    long positionOnEntry = Fp->tellg();
    // Warning: we believe this is explicit VR (Value Representation) because
@@ -1887,24 +1816,17 @@ void Document::FindDocEntryVR( DocEntry *entry )
    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
    // the case.
-   
+
+   char vr[3];
    Fp->read (vr, (size_t)2);
    vr[2] = 0;
 
-   if( !CheckDocEntryVR(entry, vr) )
+   if( !CheckDocEntryVR(vr) )
    {
       Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
-      // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
-      // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
-      // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
-      // we know now our assumption on expliciteness is not furfilled.
-      // avoid  .
-      if ( entry->IsVRUnknown() )
-      {
-         entry->SetVR("Implicit");
-      }
-      entry->SetImplicitVR();
+      return(GDCM_UNKNOWN);
    }
+   return(vr);
 }
 
 /**
@@ -1916,76 +1838,13 @@ void Document::FindDocEntryVR( DocEntry *entry )
  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
  *            otherwise, it returns true
 */
-bool Document::CheckDocEntryVR(DocEntry *entry, VRKey vr)
+bool Document::CheckDocEntryVR(VRKey vr)
 {
-   std::string msg;
-   bool realExplicit = true;
-
-   // Assume we are reading a falsely explicit VR file i.e. we reached
-   // a tag where we expect reading a VR but are in fact we read the
-   // first to bytes of the length. Then we will interogate (through find)
-   // the dicom_vr dictionary with oddities like "\004\0" which crashes
-   // both GCC and VC++ implementations of the STL map. Hence when the
-   // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
-   // we hit falsely explicit VR tag.
-
-   if ( !isalpha((unsigned char)vr[0]) && !isalpha((unsigned char)vr[1]) )
-   {
-      realExplicit = false;
-   }
-
    // CLEANME searching the dicom_vr at each occurence is expensive.
    // PostPone this test in an optional integrity check at the end
    // of parsing or only in debug mode.
-   if ( realExplicit && !Global::GetVR()->Count(vr) )
-   {
-      realExplicit = false;
-   }
-
-   if ( !realExplicit ) 
-   {
-      // We thought this was explicit VR, but we end up with an
-      // implicit VR tag. Let's backtrack.   
-      msg = Util::Format("Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
-                    entry->GetGroup(), entry->GetElement());
-      dbg.Verbose(1, "Document::FindVR: ", msg.c_str());
-
-      if( entry->GetGroup() % 2 && entry->GetElement() == 0x0000)
-      {
-         // Group length is UL !
-         DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
-                                   entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
-                                   "UL", "FIXME", "Group Length");
-         entry->SetDictEntry( newEntry );
-      }
+   if ( !Global::GetVR()->IsValidVR(vr) )
       return false;
-   }
-
-   if ( entry->IsVRUnknown() )
-   {
-      // When not a dictionary entry, we can safely overwrite the VR.
-      if( entry->GetElement() == 0x0000 )
-      {
-         // Group length is UL !
-         entry->SetVR("UL");
-      }
-      else
-      {
-         entry->SetVR(vr);
-      }
-   }
-   else if ( entry->GetVR() != vr ) 
-   {
-      // The VR present in the file and the dictionary disagree. We assume
-      // the file writer knew best and use the VR of the file. Since it would
-      // be unwise to overwrite the VR of a dictionary (since it would
-      // compromise it's next user), we need to clone the actual DictEntry
-      // and change the VR for the read one.
-      DictEntry* newEntry = NewVirtualDictEntry(
-                                entry->GetGroup(), entry->GetElement(),
-                                vr, "FIXME", entry->GetName());
-      entry->SetDictEntry(newEntry);
-   }
 
    return true; 
 }
@@ -2266,8 +2125,7 @@ bool Document::IsDocEntryAnInteger(DocEntry *entry)
    if ( vr == "UL" || vr == "US" || vr == "SL" || vr == "SS" )
    {
       return true;
-   }
-   
+   }   
    return false;
 }
 
@@ -2397,6 +2255,7 @@ void Document::Initialise()
    RefShaDict = NULL;
    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
+   Filetype = Unknown;
 }
 
 /**
@@ -2690,7 +2549,6 @@ void Document::HandleBrokenEndian(uint16_t group, uint16_t elem)
      reversedEndian--;
      SwitchSwapToBigEndian();
    }
-
 }
 
 /**
@@ -2719,8 +2577,22 @@ DocEntry* Document::ReadNextDocEntry()
    }
 
    HandleBrokenEndian(group, elem);
-   DocEntry *newEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem);
-   FindDocEntryVR(newEntry);
+   std::string vr=FindDocEntryVR();
+
+   DocEntry *newEntry = NewDocEntryByNumber(group, elem, vr);
+   if( vr == GDCM_UNKNOWN )
+   {
+      if( Filetype == ExplicitVR )
+      {
+         // We thought this was explicit VR, but we end up with an
+         // implicit VR tag. Let's backtrack.   
+         std::string msg;
+         msg = Util::Format("Falsely explicit vr file (%04x,%04x)\n", 
+                       newEntry->GetGroup(), newEntry->GetElement());
+         dbg.Verbose(1, "Document::FindVR: ", msg.c_str());
+      }
+      newEntry->SetImplicitVR();
+   }
 
    try
    {
@@ -3180,6 +3052,52 @@ bool Document::operator<(Document &document)
    return false;
 }
 
+
+/**
+ * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
+ * @param filetype Type of the File to be written 
+ */
+int Document::ComputeGroup0002Length( FileType filetype ) 
+{
+   uint16_t gr, el;
+   std::string vr;
+   
+   int groupLength = 0;
+   bool found0002 = false;   
+  
+   // for each zero-level Tag in the DCM Header
+   DocEntry *entry;
+
+   Initialize();
+   entry = GetNextEntry();
+   while(entry)
+   {
+      gr = entry->GetGroup();
+
+      if (gr == 0x0002)
+      {
+         found0002 = true;
+
+         el = entry->GetElement();
+         vr = entry->GetVR();            
+         if (filetype == ExplicitVR) 
+         {
+            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) 
+            {
+               groupLength +=  4; // explicit VR AND OB, OW, SQ : 4 more bytes
+            }
+         }
+         groupLength += 2 + 2 + 4 + entry->GetLength();   
+      }
+      else if (found0002 )
+         break;
+
+      entry = GetNextEntry();
+   }
+   return groupLength; 
+}
+
 } // end namespace gdcm
 
 //-----------------------------------------------------------------------------