]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmDocument.cxx
* Test/TestUtil.cxx : reformat the source code
[gdcm.git] / src / gdcmDocument.cxx
index 2fbb8bd7884047ffeea053322bebef07c1510fc7..62d542d2ecb414ab3b015dd0d410e91fe465d18a 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/11/16 10:25:53 $
-  Version:   $Revision: 1.125 $
+  Date:      $Date: 2004/12/07 13:39:33 $
+  Version:   $Revision: 1.149 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 #include "gdcmGlobal.h"
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmDebug.h"
+#include "gdcmTS.h"
+#include "gdcmException.h"
+#include "gdcmDictSet.h"
+#include "gdcmRLEFramesInfo.h"
+#include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
+#include "gdcmDocEntrySet.h"
+#include "gdcmSQItem.h"
 
 #include <vector>
 #include <iomanip>
 
 namespace gdcm 
 {
+//-----------------------------------------------------------------------------
 static const char *TransferSyntaxStrings[] =  {
   // Implicit VR Little Endian
   "1.2.840.10008.1.2",
+  // Implicit VR Little Endian DLX G.E?
+  "1.2.840.113619.5.2",
   // Explicit VR Little Endian
   "1.2.840.10008.1.2.1",
   // Deflated Explicit VR Little Endian
@@ -68,10 +78,10 @@ static const char *TransferSyntaxStrings[] =  {
   // Unknown
   "Unknown Transfer Syntax"
 };
-
+                                                                                
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Refer to Document::CheckSwap()
-const unsigned int Document::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
+//const unsigned int Document::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
 
 // Refer to Document::SetMaxSizeLoadEntry()
 const unsigned int Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 0xfff; // 4096
@@ -98,19 +108,19 @@ Document::Document( std::string const & filename ) : ElementSet(-1)
 
    dbg.Verbose(0, "Document::Document: starting parsing of file: ",
                   Filename.c_str());
-   Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg( 0,  std::ios::beg);
    
-   Fp->seekg(0,  std::ios_base::end);
+   Fp->seekg(0,  std::ios::end);
    long lgt = Fp->tellg();
            
-   Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg( 0,  std::ios::beg);
    CheckSwap();
    long beg = Fp->tellg();
    lgt -= beg;
    
    ParseDES( this, beg, lgt, false); // le Load sera fait a la volee
 
-   Fp->seekg( 0,  std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg( 0,  std::ios::beg);
    
    // Load 'non string' values
       
@@ -199,13 +209,6 @@ Document::~Document ()
    RefPubDict = NULL;
    RefShaDict = NULL;
 
-   // Recursive clean up of sequences
-   for (TagDocEntryHT::const_iterator it = TagHT.begin(); 
-                                      it != TagHT.end(); ++it )
-   { 
-      //delete it->second; //temp remove
-   }
-   TagHT.clear();
    delete RLEInfo;
    delete JPEGInfo;
 }
@@ -323,7 +326,7 @@ TransferSyntaxType Document::GetTransferSyntax()
          // for brain damaged headers
          return UnknownTS;
       }
-      while ( !isdigit(transfer[transfer.length()-1]) )
+      while ( !isdigit((unsigned char)transfer[transfer.length()-1]) )
       {
          transfer.erase(transfer.length()-1, 1);
       }
@@ -415,7 +418,11 @@ FileType Document::GetFileType()
  */
 std::ifstream* Document::OpenFile()
 {
-   if (Filename.length() == 0) return 0;
+   if (Filename.length() == 0) 
+   {
+      return 0;
+   }
+
    if(Fp)
    {
       dbg.Verbose( 0,
@@ -424,28 +431,43 @@ std::ifstream* Document::OpenFile()
    }
 
    Fp = new std::ifstream(Filename.c_str(), std::ios::in | std::ios::binary);
-
-   if(!Fp)
+   if( ! *Fp )
    {
       dbg.Verbose( 0,
                    "Document::OpenFile cannot open file: ",
                    Filename.c_str());
+      delete Fp;
+      Fp = 0;
       return 0;
    }
  
    uint16_t zero;
-   Fp->read((char*)&zero,  (size_t)2 );
+   Fp->read((char*)&zero, (size_t)2);
+   if( Fp->eof() )
+   {
+      CloseFile();
+      return 0;
+   }
  
-   //ACR -- or DICOM with no Preamble --
-   if( zero == 0x0008 || zero == 0x0800 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200 )
+   //ACR -- or DICOM with no Preamble; may start with a Shadow Group --
+   if( 
+       zero == 0x0001 || zero == 0x0100 || zero == 0x0002 || zero == 0x0200 ||
+       zero == 0x0003 || zero == 0x0300 || zero == 0x0004 || zero == 0x0400 ||
+       zero == 0x0005 || zero == 0x0500 || zero == 0x0006 || zero == 0x0600 ||
+       zero == 0x0007 || zero == 0x0700 || zero == 0x0008 || zero == 0x0800 )
    {
       return Fp;
    }
  
    //DICOM
-   Fp->seekg(126L, std::ios_base::cur);
+   Fp->seekg(126L, std::ios::cur);
    char dicm[4];
    Fp->read(dicm,  (size_t)4);
+   if( Fp->eof() )
+   {
+      CloseFile();
+      return 0;
+   }
    if( memcmp(dicm, "DICM", 4) == 0 )
    {
       return Fp;
@@ -482,41 +504,22 @@ bool Document::CloseFile()
  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
  * \return Always true.
  */
-void Document::Write(std::ofstream* fp, FileType filetype)
+void Document::WriteContent(std::ofstream* fp, FileType filetype)
 {
    /// \todo move the following lines (and a lot of others, to be written)
    /// to a future function CheckAndCorrectHeader  
    /// (necessary if user wants to write a DICOM V3 file
    /// starting from an  ACR-NEMA (V2)  Header
 
-   if (filetype == ImplicitVR) 
+   if ( filetype == ImplicitVR || filetype == ExplicitVR )
    {
-      std::string ts = 
-         Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ImplicitVRLittleEndian] );
-      ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010);
-      
-      /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
-      ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
-      ///       padded with a single trailing null
-      ///       in the following case we have to padd manually with a 0
-      
-      SetEntryLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
-   } 
-
-   if (filetype == ExplicitVR)
-   {
-      std::string ts = 
-         Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ExplicitVRLittleEndian] );
-      ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010); //LEAK
-      
-      /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
-      ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
-      ///       padded with a single trailing null
-      ///       Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
-      
-      SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
+      // writing Dicom File Preamble
+      char filePreamble[128];
+      memset(filePreamble, 0, 128);
+      fp->write(filePreamble, 128);
+      fp->write("DICM", 4);
    }
-  
+
 /**
  * \todo rewrite later, if really usefull
  *       - 'Group Length' element is optional in DICOM
@@ -529,8 +532,7 @@ void Document::Write(std::ofstream* fp, FileType filetype)
  *    UpdateGroupLength(true,ACR);
  */
  
-   ElementSet::Write(fp, filetype); // This one is recursive
-
+   ElementSet::WriteContent(fp, filetype); // This one is recursive
 }
 
 /**
@@ -576,16 +578,17 @@ ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
                         " NewDocEntryByNumber failed.");
          return NULL;
       }
+
       valEntry = new ValEntry(currentEntry);
+      delete currentEntry;
+
       if ( !AddEntry(valEntry))
       {
          delete valEntry;
          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
                         " failed allthough this is a creation.");
+         return NULL;
       }
-      // This is the reason why NewDocEntryByNumber are a real
-      // bad habit !!! FIXME
-      delete currentEntry;
    }
    else
    {
@@ -621,6 +624,7 @@ ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
 /*
  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
  *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
+ *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
  * @param   binArea (binary) value to be set
  * @param   Group   Group number of the Entry 
  * @param   Elem  Element number of the Entry
@@ -667,6 +671,7 @@ BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
                         " failed allthough this is a creation.");
       }
+      delete currentEntry;
    }
    else
    {
@@ -692,7 +697,23 @@ BinEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
       }
    }
 
-   SetEntryByNumber(binArea, lgth, group, elem);
+   uint8_t *tmpArea;
+   if (lgth>0 && binArea)
+   {
+      tmpArea = new uint8_t[lgth];
+      memcpy(tmpArea,binArea,lgth);
+   }
+   else
+   {
+      tmpArea = 0;
+   }
+   if (!SetEntryByNumber(tmpArea, lgth, group, elem))
+   {
+      if (tmpArea)
+      {
+         delete[] tmpArea;
+      }
+   }
 
    return binEntry;
 }  
@@ -740,6 +761,11 @@ bool Document::ReplaceIfExistByNumber(std::string const & value,
    return true;
 } 
 
+std::string Document::GetTransferSyntaxValue(TransferSyntaxType type)
+{
+   return TransferSyntaxStrings[type];
+}
+
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Protected
 
@@ -813,7 +839,6 @@ std::string Document::GetEntryVRByName(TagName const& tagName)
 std::string Document::GetEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
 {
    TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
-   /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
    if ( !TagHT.count(key))
    {
       return GDCM_UNFOUND;
@@ -893,9 +918,6 @@ bool Document::SetEntryByName( std::string const & content,
 bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content, 
                                 uint16_t group, uint16_t element) 
 {
-   int c;
-   int l;
-
    ValEntry* valEntry = GetValEntryByNumber(group, element);
    if (!valEntry )
    {
@@ -904,30 +926,7 @@ bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content,
       return false;
    }
    // Non even content must be padded with a space (020H)...
-   std::string finalContent = Util::DicomString( content.c_str() );
-   assert( !(finalContent.size() % 2) );
-   valEntry->SetValue(finalContent);
-
-   // Integers have a special treatement for their length:
-
-   l = finalContent.length();
-   if ( l != 0) // To avoid to be cheated by 'zero length' integers
-   {   
-      VRKey vr = valEntry->GetVR();
-      if( vr == "US" || vr == "SS" )
-      {
-         // for multivaluated items
-         c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
-         l = c*2;
-      }
-      else if( vr == "UL" || vr == "SL" )
-      {
-         // for multivaluated items
-         c = Util::CountSubstring(content, "\\") + 1;
-         l = c*4;;
-      }
-   }
-   valEntry->SetLength(l);
+   valEntry->SetValue(content);
    return true;
 } 
 
@@ -957,61 +956,14 @@ bool Document::SetEntryByNumber(uint8_t*content, int lgth,
       //content = content + '\0'; // fing a trick to enlarge a binary field?
    }
 */      
-   BinEntry* a = (BinEntry *)TagHT[key];           
-   a->SetBinArea(content);  
-   a->SetLength(lgth);
-   a->SetValue(GDCM_BINLOADED);
+   BinEntry* entry = (BinEntry *)TagHT[key];           
+   entry->SetBinArea(content);  
+   entry->SetLength(lgth);
+   entry->SetValue(GDCM_BINLOADED);
 
    return true;
 } 
 
-/**
- * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
- *          in the PubDocEntrySet of this instance
- *          through it's (group, element) and modifies it's length with
- *          the given value.
- * \warning Use with extreme caution.
- * @param l new length to substitute with
- * @param group     group number of the Entry to modify
- * @param element element number of the Entry to modify
- * @return  true on success, false otherwise.
- */
-bool Document::SetEntryLengthByNumber(uint32_t l, 
-                                      uint16_t group, uint16_t element) 
-{
-   /// \todo use map methods, instead of multimap JPR
-   TagKey key = DictEntry::TranslateToKey(group, element);
-   if ( !TagHT.count(key) )
-   {
-      return false;
-   }
-   if ( l % 2 )
-   {
-      l++; // length must be even
-   }
-   ( ((TagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l); 
-
-   return true ;
-}
-
-/**
- * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
- *          (LoadElementValues has already be executed)
- * @param group   group number of the Entry 
- * @param elem  element number of the Entry
- * @return File Offset of the Element Value 
- */
-size_t Document::GetEntryOffsetByNumber(uint16_t group, uint16_t elem) 
-{
-   DocEntry* entry = GetDocEntryByNumber(group, elem);
-   if (!entry) 
-   {
-      dbg.Verbose(1, "Document::GetDocEntryByNumber: no entry present.");
-      return 0;
-   }
-   return entry->GetOffset();
-}
-
 /**
  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
  *          (LoadElementValues has already be executed)  
@@ -1048,31 +1000,13 @@ void Document::LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem)
    if ( !docElement )
       return;
 
-   size_t o =(size_t)docElement->GetOffset();
-   Fp->seekg( o, std::ios_base::beg);
-   size_t l = docElement->GetLength();
-   uint8_t* a = new uint8_t[l];
-   if(!a)
-   {
-      dbg.Verbose(0, "Document::LoadEntryBinArea cannot allocate a");
-      return;
-   }
-
-   // Read the value
-   Fp->read((char*)a, l);
-   if( Fp->fail() || Fp->eof() )//Fp->gcount() == 1
-   {
-      delete[] a;
+   BinEntry *binElement = dynamic_cast<BinEntry *>(docElement);
+   if( !binElement )
       return;
-   }
 
-   // Set the value to the DocEntry
-   if( !SetEntryBinAreaByNumber( a, group, elem ) )
-   {
-      delete[] a;
-      dbg.Verbose(0, "Document::LoadEntryBinArea setting failed.");
-   }
+   LoadEntryBinArea(binElement);
 }
+
 /**
  * \brief         Loads (from disk) the element content 
  *                when a string is not suitable
@@ -1080,8 +1014,16 @@ void Document::LoadEntryBinArea(uint16_t group, uint16_t elem)
  */
 void Document::LoadEntryBinArea(BinEntry* element) 
 {
+   if(element->GetBinArea())
+      return;
+
+   bool openFile = !Fp;
+   if(openFile)
+      OpenFile();
+
    size_t o =(size_t)element->GetOffset();
-   Fp->seekg(o, std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg(o, std::ios::beg);
+
    size_t l = element->GetLength();
    uint8_t* a = new uint8_t[l];
    if( !a )
@@ -1098,7 +1040,10 @@ void Document::LoadEntryBinArea(BinEntry* element)
       return;
    }
 
-   element->SetBinArea((uint8_t*)a);
+   element->SetBinArea(a);
+
+   if(openFile)
+      CloseFile();
 }
 
 /**
@@ -1108,7 +1053,7 @@ void Document::LoadEntryBinArea(BinEntry* element)
  * @param   element Element number of the searched Dicom Element 
  * @return  
  */
-bool Document::SetEntryBinAreaByNumber(uint8_t* area,
+/*bool Document::SetEntryBinAreaByNumber(uint8_t* area,
                                        uint16_t group, uint16_t element) 
 {
    DocEntry* currentEntry = GetDocEntryByNumber(group, element);
@@ -1124,7 +1069,7 @@ bool Document::SetEntryBinAreaByNumber(uint8_t* area,
    }
 
    return false;
-}
+}*/
 
 /**
  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
@@ -1243,9 +1188,12 @@ ValEntry* Document::GetValEntryByNumber(uint16_t group, uint16_t element)
  */
 void Document::LoadDocEntrySafe(DocEntry * entry)
 {
-   long PositionOnEntry = Fp->tellg();
-   LoadDocEntry(entry);
-   Fp->seekg(PositionOnEntry, std::ios_base::beg);
+   if(Fp)
+   {
+      long PositionOnEntry = Fp->tellg();
+      LoadDocEntry(entry);
+      Fp->seekg(PositionOnEntry, std::ios::beg);
+   }
 }
 
 /**
@@ -1322,10 +1270,10 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
                         long l_max, bool delim_mode)
 {
    DocEntry *newDocEntry = 0;
-   
+
    while (true)
-   { 
-      if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
+   {
+      if ( !delim_mode && ((long)(Fp->tellg())-offset) >= l_max)
       {
          break;
       }
@@ -1362,18 +1310,22 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
                                    + newValEntry->GetKey() );
             }
              
+            LoadDocEntry( newValEntry );
+            bool delimitor=newValEntry->IsItemDelimitor();
             if( !set->AddEntry( newValEntry ) )
             {
               // If here expect big troubles
               delete newValEntry; //otherwise mem leak
             }
-            LoadDocEntry( newValEntry );
-            if (newValEntry->IsItemDelimitor())
+
+            if (delimitor)
             {
+               delete newDocEntry;
                break;
             }
-            if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
+            if ( !delim_mode && ((long)(Fp->tellg())-offset) >= l_max)
             {
+               delete newDocEntry;
                break;
             }
          }
@@ -1387,9 +1339,7 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
             }
 
          //////////////////// BinEntry or UNKOWN VR:
-            BinEntry* newBinEntry =
-               new BinEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );  //LEAK
-            newBinEntry->Copy( newDocEntry );
+            BinEntry* newBinEntry = new BinEntry( newDocEntry );  //LEAK
 
             // When "this" is a Document the Key is simply of the
             // form ( group, elem )...
@@ -1407,12 +1357,12 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
                                    + newBinEntry->GetKey() );
             }
 
+            LoadDocEntry( newBinEntry );
             if( !set->AddEntry( newBinEntry ) )
             {
               //Expect big troubles if here
               delete newBinEntry;
             }
-            LoadDocEntry( newBinEntry );
          }
 
          if (    ( newDocEntry->GetGroup()   == 0x7fe0 )
@@ -1422,21 +1372,22 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
              if ( ts == RLELossless ) 
              {
                 long PositionOnEntry = Fp->tellg();
-                Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios_base::beg );
+                Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios::beg );
                 ComputeRLEInfo();
-                Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios_base::beg );
+                Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios::beg );
              }
              else if ( IsJPEG() )
              {
                 long PositionOnEntry = Fp->tellg();
-                Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios_base::beg );
+                Fp->seekg( newDocEntry->GetOffset(), std::ios::beg );
                 ComputeJPEGFragmentInfo();
-                Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios_base::beg );
+                Fp->seekg( PositionOnEntry, std::ios::beg );
              }
          }
     
          // Just to make sure we are at the beginning of next entry.
          SkipToNextDocEntry(newDocEntry);
+         //delete newDocEntry;
       }
       else
       {
@@ -1486,8 +1437,9 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
                      l, delim_mode);
          }
          set->AddEntry( newSeqEntry );
-         if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
+         if ( !delim_mode && ((long)(Fp->tellg())-offset) >= l_max)
          {
+            delete newDocEntry;
             break;
          }
       }
@@ -1517,13 +1469,14 @@ void Document::ParseSQ( SeqEntry* seqEntry,
       {
          if ( newDocEntry->IsSequenceDelimitor() )
          {
-            seqEntry->SetSequenceDelimitationItem( newDocEntry );
+            seqEntry->SetSequenceDelimitationItem( newDocEntry ); 
             break;
          }
       }
-      if ( !delim_mode && (Fp->tellg()-offset) >= l_max)
+      if ( !delim_mode && ((long)(Fp->tellg())-offset) >= l_max)
       {
-          break;
+         delete newDocEntry;
+         break;
       }
 
       SQItem *itemSQ = new SQItem( seqEntry->GetDepthLevel() );
@@ -1545,10 +1498,11 @@ void Document::ParseSQ( SeqEntry* seqEntry,
       }
    
       ParseDES(itemSQ, newDocEntry->GetOffset(), l, dlm_mod);
+      delete newDocEntry;
       
       seqEntry->AddEntry( itemSQ, SQItemNumber ); 
       SQItemNumber++;
-      if ( !delim_mode && ( Fp->tellg() - offset ) >= l_max )
+      if ( !delim_mode && ((long)(Fp->tellg())-offset ) >= l_max )
       {
          break;
       }
@@ -1566,7 +1520,7 @@ void Document::LoadDocEntry(DocEntry* entry)
    std::string  vr = entry->GetVR();
    uint32_t length = entry->GetLength();
 
-   Fp->seekg((long)entry->GetOffset(), std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg((long)entry->GetOffset(), std::ios::beg);
 
    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
@@ -1620,7 +1574,7 @@ void Document::LoadDocEntry(DocEntry* entry)
 
       // to be sure we are at the end of the value ...
       Fp->seekg((long)entry->GetOffset()+(long)entry->GetLength(),
-                std::ios_base::beg);
+                std::ios::beg);
       return;
    }
 
@@ -1748,7 +1702,7 @@ void Document::FindDocEntryLength( DocEntry *entry )
          // The following reserved two bytes (see PS 3.5-2003, section
          // "7.1.2 Data element structure with explicit vr", p 27) must be
          // skipped before proceeding on reading the length on 4 bytes.
-         Fp->seekg( 2L, std::ios_base::cur);
+         Fp->seekg( 2L, std::ios::cur);
          uint32_t length32 = ReadInt32();
 
          if ( (vr == "OB" || vr == "OW") && length32 == 0xffffffff ) 
@@ -1768,9 +1722,9 @@ void Document::FindDocEntryLength( DocEntry *entry )
                // until the end of the file. Hence we artificially fix the
                // the length and proceed.
                long currentPosition = Fp->tellg();
-               Fp->seekg(0L,std::ios_base::end);
-               long lengthUntilEOF = Fp->tellg() - currentPosition;
-               Fp->seekg(currentPosition, std::ios_base::beg);
+               Fp->seekg(0L,std::ios::end);
+               long lengthUntilEOF = (long)(Fp->tellg())-currentPosition;
+               Fp->seekg(currentPosition, std::ios::beg);
                entry->SetLength(lengthUntilEOF);
                return;
             }
@@ -1882,13 +1836,12 @@ void Document::FindDocEntryVR( DocEntry *entry )
    // within an explicit VR file. Hence we make sure the present tag
    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
    // the case.
-   
    Fp->read (vr, (size_t)2);
    vr[2] = 0;
 
    if( !CheckDocEntryVR(entry, vr) )
    {
-      Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
+      Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
       // When this element is known in the dictionary we shall use, e.g. for
       // the semantics (see the usage of IsAnInteger), the VR proposed by the
       // dictionary entry. Still we have to flag the element as implicit since
@@ -1924,7 +1877,7 @@ bool Document::CheckDocEntryVR(DocEntry *entry, VRKey vr)
    // expected VR read happens to be non-ascii characters we consider
    // we hit falsely explicit VR tag.
 
-   if ( !isalpha(vr[0]) && !isalpha(vr[1]) )
+   if ( !isalpha((unsigned char)vr[0]) && !isalpha((unsigned char)vr[1]) )
    {
       realExplicit = false;
    }
@@ -2133,8 +2086,8 @@ void Document::SkipDocEntry(DocEntry *entry)
  */
 void Document::SkipToNextDocEntry(DocEntry *entry) 
 {
-   Fp->seekg((long)(entry->GetOffset()),     std::ios_base::beg);
-   Fp->seekg( (long)(entry->GetReadLength()), std::ios_base::cur);
+   Fp->seekg((long)(entry->GetOffset()),     std::ios::beg);
+   Fp->seekg( (long)(entry->GetReadLength()), std::ios::cur);
 }
 
 /**
@@ -2302,7 +2255,7 @@ uint32_t Document::FindDocEntryLengthOB()
       {
          dbg.Verbose(1, "Document::FindDocEntryLengthOB: neither an Item "
                         "tag nor a Sequence delimiter tag."); 
-         Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
+         Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
          throw FormatUnexpected("Document::FindDocEntryLengthOB()",
                                 "Neither an Item tag nor a Sequence "
                                 "delimiter tag.");
@@ -2323,7 +2276,7 @@ uint32_t Document::FindDocEntryLengthOB()
          break;
       }
    }
-   Fp->seekg( positionOnEntry, std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg( positionOnEntry, std::ios::beg);
    return totalLength;
 }
 
@@ -2379,7 +2332,7 @@ uint32_t Document::ReadInt32()
 void Document::SkipBytes(uint32_t nBytes)
 {
    //FIXME don't dump the returned value
-   Fp->seekg((long)nBytes, std::ios_base::cur);
+   Fp->seekg((long)nBytes, std::ios::cur);
 }
 
 /**
@@ -2392,6 +2345,7 @@ void Document::Initialise()
    RefShaDict = NULL;
    RLEInfo  = new RLEFramesInfo;
    JPEGInfo = new JPEGFragmentsInfo;
+   Filetype = Unknown;
 }
 
 /**
@@ -2414,7 +2368,7 @@ bool Document::CheckSwap()
    uint32_t  s32;
    uint16_t  s16;
        
-   char deb[256]; //HEADER_LENGTH_TO_READ];
+   char deb[256];
     
    // First, compare HostByteOrder and NetworkByteOrder in order to
    // determine if we shall need to swap bytes (i.e. the Endian type).
@@ -2429,7 +2383,7 @@ bool Document::CheckSwap()
          
    // The easiest case is the one of a DICOM header, since it possesses a
    // file preamble where it suffice to look for the string "DICM".
-   Fp->read(deb, HEADER_LENGTH_TO_READ);
+   Fp->read(deb, 256);
    
    char *entCur = deb + 128;
    if( memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0 )
@@ -2493,8 +2447,8 @@ bool Document::CheckSwap()
       
       // Position the file position indicator at first tag (i.e.
       // after the file preamble and the "DICM" string).
-      Fp->seekg(0, std::ios_base::beg);
-      Fp->seekg ( 132L, std::ios_base::beg);
+      Fp->seekg(0, std::ios::beg);
+      Fp->seekg ( 132L, std::ios::beg);
       return true;
    } // End of DicomV3
 
@@ -2502,7 +2456,7 @@ bool Document::CheckSwap()
    // preamble. We can reset the file position indicator to where the data
    // is (i.e. the beginning of the file).
    dbg.Verbose(1, "Document::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
-   Fp->seekg(0, std::ios_base::beg);
+   Fp->seekg(0, std::ios::beg);
 
    // Our next best chance would be to be considering a 'clean' ACR/NEMA file.
    // By clean we mean that the length of the first tag is written down.
@@ -2514,7 +2468,7 @@ bool Document::CheckSwap()
    // representation of a 32 bits integer. Hence the following dirty
    // trick :
    s32 = *((uint32_t *)(entCur));
-      
+
    switch( s32 )
    {
       case 0x00040000 :
@@ -2539,13 +2493,13 @@ bool Document::CheckSwap()
          // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
          //  i.e. the 'group length' element is not present :     
          
-         //  check the supposed to be 'group number'
-         //  0x0002 or 0x0004 or 0x0008
+         //  check the supposed-to-be 'group number'
+         //  in ( 0x0001 .. 0x0008 )
          //  to determine ' SwapCode' value .
          //  Only 0 or 4321 will be possible 
          //  (no oportunity to check for the formerly well known
          //  ACR-NEMA 'Bad Big Endian' or 'Bad Little Endian' 
-         //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -4, 8-) 
+         //  if unsuccessfull (i.e. neither 0x0002 nor 0x0200 etc -3, 4, ..., 8-) 
          //  the file IS NOT ACR-NEMA nor DICOM V3
          //  Find a trick to tell it the caller...
       
@@ -2553,22 +2507,32 @@ bool Document::CheckSwap()
       
          switch ( s16 )
          {
+            case 0x0001 :
             case 0x0002 :
+            case 0x0003 :
             case 0x0004 :
-            case 0x0008 :      
+            case 0x0005 :
+            case 0x0006 :
+            case 0x0007 :
+            case 0x0008 :
                SwapCode = 0;
                Filetype = ACR;
                return true;
+            case 0x0100 :
             case 0x0200 :
+            case 0x0300 :
             case 0x0400 :
-            case 0x0800 : 
+            case 0x0500 :
+            case 0x0600 :
+            case 0x0700 :
+            case 0x0800 :
                SwapCode = 4321;
                Filetype = ACR;
                return true;
             default :
                dbg.Verbose(0, "Document::CheckSwap:",
-                     "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
-               Filetype = Unknown;     
+                     "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)");
+               Filetype = Unknown;
                return false;
          }
          // Then the only info we have is the net2host one.
@@ -2580,6 +2544,8 @@ bool Document::CheckSwap()
    }
 }
 
+
+
 /**
  * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
  *        and the dictionary entry depending on them. 
@@ -2785,7 +2751,7 @@ bool Document::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
       s << "  at address: " << (unsigned)currentPosition << std::endl;
       dbg.Verbose(0, "Document::ReadItemTagLength: wrong Item Tag found:");
       dbg.Verbose(0, s.str().c_str());
-      Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios_base::beg);
+      Fp->seekg(positionOnEntry, std::ios::beg);
 
       return false;
    }
@@ -2919,7 +2885,7 @@ void Document::ComputeRLEInfo()
          dbg.Verbose(0, "Document::ComputeRLEInfo: too many segments.");
       }
  
-      uint32_t rleSegmentOffsetTable[15];
+      uint32_t rleSegmentOffsetTable[16];
       for( int k = 1; k <= 15; k++ )
       {
          rleSegmentOffsetTable[k] = ReadInt32();
@@ -3071,7 +3037,7 @@ void Document::BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT& builtHT,
  *        Document.
  *
  *        The structure used by a Document (through \ref ElementSet),
- *        in order to old the parsed entries of a Dicom header, is a recursive
+ *        in order to hold the parsed entries of a Dicom header, is a recursive
  *        one. This is due to the fact that the sequences (when present)
  *        can be nested. Additionaly, the sequence items (represented in
  *        gdcm as \ref SQItem) add an extra complexity to the data