]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmDocument.cxx
ENH: Solve problem with Theralys images
[gdcm.git] / src / gdcmDocument.cxx
index 25fac9debfc836e27845097f265d1d54794410b3..ab150ec1196e13b5ab4c52f2f0e2dae1c8305131 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmDocument.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/10/24 03:33:40 $
-  Version:   $Revision: 1.111 $
+  Date:      $Date: 2004/11/05 21:23:46 $
+  Version:   $Revision: 1.118 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -201,6 +201,8 @@ Document::~Document ()
       //delete it->second; //temp remove
    }
    TagHT.clear();
+   delete RLEInfo;
+   delete JPEGInfo;
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
@@ -476,7 +478,8 @@ void Document::Write(std::ofstream* fp, FileType filetype)
 
    if (filetype == ImplicitVR) 
    {
-      std::string ts = TransferSyntaxStrings[ImplicitVRLittleEndian];
+      std::string ts = 
+         Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ImplicitVRLittleEndian] );
       ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010);
       
       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
@@ -489,8 +492,9 @@ void Document::Write(std::ofstream* fp, FileType filetype)
 
    if (filetype == ExplicitVR)
    {
-      std::string ts = TransferSyntaxStrings[ExplicitVRLittleEndian];
-      ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010);
+      std::string ts = 
+         Util::DicomString( TransferSyntaxStrings[ExplicitVRLittleEndian] );
+      ReplaceOrCreateByNumber(ts, 0x0002, 0x0010); //LEAK
       
       /// \todo Refer to standards on page 21, chapter 6.2
       ///       "Value representation": values with a VR of UI shall be
@@ -562,9 +566,13 @@ ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
       valEntry = new ValEntry(currentEntry);
       if ( !AddEntry(valEntry))
       {
+         delete valEntry;
          dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: AddEntry"
                         " failed allthough this is a creation.");
       }
+      // This is the reason why NewDocEntryByNumber are a real
+      // bad habit !!! FIXME
+      delete currentEntry;
    }
    else
    {
@@ -577,12 +585,14 @@ ValEntry* Document::ReplaceOrCreateByNumber(
          valEntry = new ValEntry(currentEntry);
          if (!RemoveEntry(currentEntry))
          {
+            delete valEntry;
             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: removal"
                            " of previous DocEntry failed.");
             return NULL;
          }
          if ( !AddEntry(valEntry))
          {
+            delete valEntry;
             dbg.Verbose(0, "Document::ReplaceOrCreateByNumber: adding"
                            " promoted ValEntry failed.");
             return NULL;
@@ -729,7 +739,7 @@ bool Document::ReplaceIfExistByNumber(std::string const & value,
 bool Document::CheckIfEntryExistByNumber(uint16_t group, uint16_t element )
 {
    const std::string &key = DictEntry::TranslateToKey(group, element );
-   return TagHT.count(key);
+   return TagHT.count(key) != 0;
 }
 
 /**
@@ -881,13 +891,10 @@ bool Document::SetEntryByNumber(std::string const& content,
       return false;
    }
    // Non even content must be padded with a space (020H)...
-   std::string finalContent = content;
-   if( finalContent.length() % 2 )
-   {
-      finalContent += '\0';  // ... therefore we padd with (000H) .!?!
-   }      
+   std::string finalContent = Util::DicomString( content.c_str() );
+   assert( !(finalContent.size() % 2) );
    valEntry->SetValue(finalContent);
-   
+
    // Integers have a special treatement for their length:
 
    l = finalContent.length();
@@ -1359,7 +1366,7 @@ void Document::ParseDES(DocEntrySet *set, long offset,
 
          //////////////////// BinEntry or UNKOWN VR:
             BinEntry* newBinEntry =
-               new BinEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );
+               new BinEntry( newDocEntry->GetDictEntry() );  //LEAK
             newBinEntry->Copy( newDocEntry );
 
             // When "this" is a Document the Key is simply of the
@@ -1586,7 +1593,8 @@ void Document::LoadDocEntry(DocEntry* entry)
       }
 
       // to be sure we are at the end of the value ...
-      Fp->seekg((long)entry->GetOffset()+(long)entry->GetLength(),std::ios_base::beg);
+      Fp->seekg((long)entry->GetOffset()+(long)entry->GetLength(),
+                std::ios_base::beg);
       return;
    }
 
@@ -1648,15 +1656,28 @@ void Document::LoadDocEntry(DocEntry* entry)
       return;
    }
    
-   // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
+  // FIXME: We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
    char *str = new char[length+1];
    Fp->read(str, (size_t)length);
-   str[length] = '\0';
-   std::string newValue = str;
+   str[length] = '\0'; //this is only useful when length is odd
+   // Special DicomString call to properly handle \0 and even length
+   std::string newValue;
+   if( length % 2 )
+   {
+      newValue = Util::DicomString(str, length+1);
+      //dbg.Verbose(0, "Warning: bad length: ", length );
+      dbg.Verbose(0, "For string :",  newValue.c_str()); 
+      // Since we change the length of string update it length
+      entry->SetReadLength(length+1);
+   }
+   else
+   {
+      newValue = Util::DicomString(str, length);
+   }
    delete[] str;
 
    if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast<ValEntry* >(entry) )
-   {  
+   {
       if ( Fp->fail() || Fp->eof())//Fp->gcount() == 1
       {
          dbg.Verbose(1, "Document::LoadDocEntry",
@@ -2180,7 +2201,7 @@ bool Document::IsDocEntryAnInteger(DocEntry *entry)
 {
    uint16_t element = entry->GetElement();
    uint16_t group   = entry->GetGroup();
-   std::string  vr  = entry->GetVR();
+   const std::string & vr  = entry->GetVR();
    uint32_t length  = entry->GetLength();
 
    // When we have some semantics on the element we just read, and if we
@@ -2292,7 +2313,7 @@ uint16_t Document::ReadInt16()
    Fp->read ((char*)&g, (size_t)2);
    if ( Fp->fail() )
    {
-          throw FormatError( "Document::ReadInt16()", " file error." );
+      throw FormatError( "Document::ReadInt16()", " file error." );
    }
    if( Fp->eof() )
    {
@@ -2685,8 +2706,18 @@ bool Document::ReadTag(uint16_t testGroup, uint16_t testElement)
 
    //// Read the Item Tag group and element, and make
    // sure they are what we expected:
-   uint16_t itemTagGroup   = ReadInt16();
-   uint16_t itemTagElement = ReadInt16();
+   uint16_t itemTagGroup;
+   uint16_t itemTagElement;
+   try
+   {
+      itemTagGroup   = ReadInt16();
+      itemTagElement = ReadInt16();
+   }
+   catch ( FormatError e )
+   {
+      //std::cerr << e << std::endl;
+      return false;
+   }
    if ( itemTagGroup != testGroup || itemTagElement != testElement )
    {
       std::ostringstream s;
@@ -2932,15 +2963,15 @@ void Document::BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT& builtHT,
 { 
    if (ElementSet* elementSet = dynamic_cast< ElementSet* > ( set ) )
    {
-      TagDocEntryHT* currentHT = elementSet->GetTagHT();
-      for( TagDocEntryHT::const_iterator i  = currentHT->begin();
-                                         i != currentHT->end();
+      TagDocEntryHT const & currentHT = elementSet->GetTagHT();
+      for( TagDocEntryHT::const_iterator i  = currentHT.begin();
+                                         i != currentHT.end();
                                        ++i)
       {
          DocEntry* entry = i->second;
          if ( SeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<SeqEntry*>(entry) )
          {
-            ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
+            const ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
                                             item != items.end();
                                           ++item)
@@ -2956,15 +2987,15 @@ void Document::BuildFlatHashTableRecurse( TagDocEntryHT& builtHT,
 
    if (SQItem* SQItemSet = dynamic_cast< SQItem* > ( set ) )
    {
-      ListDocEntry& currentList = SQItemSet->GetDocEntries();
-      for (ListDocEntry::iterator i  = currentList.begin();
-                                  i != currentList.end();
-                                ++i)
+      const ListDocEntry& currentList = SQItemSet->GetDocEntries();
+      for (ListDocEntry::const_iterator i  = currentList.begin();
+                                        i != currentList.end();
+                                      ++i)
       {
          DocEntry* entry = *i;
          if ( SeqEntry* seqEntry = dynamic_cast<SeqEntry*>(entry) )
          {
-            ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
+            const ListSQItem& items = seqEntry->GetSQItems();
             for( ListSQItem::const_iterator item  = items.begin();
                                             item != items.end();
                                           ++item)