// gdcmElValSet.cxx
-#include "gdcm.h"
+#include <sstream>
#include "gdcmUtil.h"
+#include "gdcmElValSet.h"
-TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) {
+
+TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
return tagHt;
}
-void ElValSet::Add(ElValue * newElValue) {
+void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) {
+ cout << "#### gdcmElValSet::Add" << newElValue->GetKey() << newElValue->GetName() << endl;
tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue;
NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
}
-void ElValSet::Print(ostream & os) {
+// TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon
+
+void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) {
+
+ TagKey key = newElValue->GetKey();
+
+ if (tagHt.count(key) > 1)
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
+ "multiple entries for this key (FIXME) !");
+
+ if (tagHt.count(key)) {
+ tagHt.erase(key);
+ tagHt.erase(newElValue->GetName());
+ }
+
+ tagHt [key] = newElValue;
+ NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
+}
+
+
+void gdcmElValSet::Print(ostream & os) {
for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
tag != tagHt.end();
++tag){
os << tag->first << ": ";
os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
os << "[" << tag->second->GetName() << "]";
- os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl;
+ os << "[" << tag->second->GetVR() << "]";
+ os << " lgr : " << tag->second->GetLength();
+ os << endl;
}
}
-void ElValSet::PrintByName(ostream & os) {
+void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) {
for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
tag != NameHt.end();
++tag){
}
}
-ElValue* ElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) {
+gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) {
TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
if ( ! tagHt.count(key))
- return (ElValue*)0;
+ return (gdcmElValue*)0;
if (tagHt.count(key) > 1)
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElementByNumber",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber",
"multiple entries for this key (FIXME) !");
return tagHt.find(key)->second;
}
-ElValue* ElValSet::GetElementByName(string TagName) {
+gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) {
if ( ! NameHt.count(TagName))
- return (ElValue*)0;
+ return (gdcmElValue*)0;
if (NameHt.count(TagName) > 1)
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElement",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement",
"multipe entries for this key (FIXME) !");
return NameHt.find(TagName)->second;
}
-string ElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) {
+string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) {
TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
if ( ! tagHt.count(key))
return "gdcm::Unfound";
if (tagHt.count(key) > 1)
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValueByNumber",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber",
"multiple entries for this key (FIXME) !");
return tagHt.find(key)->second->GetValue();
}
-string ElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
+string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
if ( ! NameHt.count(TagName))
return "gdcm::Unfound";
if (NameHt.count(TagName) > 1)
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue",
"multipe entries for this key (FIXME) !");
return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
}
-int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) {
+int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content,
+ guint32 group, guint32 element) {
TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
if ( ! tagHt.count(key))
return 0;
if (tagHt.count(key) > 1) {
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByNumber",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber",
"multiple entries for this key (FIXME) !");
return (0);
}
tagHt[key]->SetValue(content);
+
// Question : m à j LgrElem ?
tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str()));
- // Ou trouver les fonctions d'une classe donnée?
- // lgr d'une string, p.ex
+
+ // FIXME should we really update the element length ?
+ tagHt[key]->SetLength(content.length());
+
return(1);
}
-
-int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
+int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
if ( ! NameHt.count(TagName))
return 0;
if (NameHt.count(TagName) > 1) {
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValue",
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
"multipe entries for this key (FIXME) !");
return 0;
}
return(1);
}
+/**
+ * \ingroup gdcmElValSet
+ * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present
+ * in the TagHt dictionary. One of the potential usage is
+ * to add gdcm generated additional informartion to the ElValSet
+ * (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements).
+ * @param group The generated tag must belong to this group.
+ * @return The element of tag with given group which is fee.
+ */
+guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) {
+ for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) {
+ TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem);
+ if (tagHt.count(key) == 0)
+ return elem;
+ }
+ return UINT32_MAX;
+}
+
+int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l,
+ guint32 group, guint32 element) {
+ TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
+ if ( ! tagHt.count(key))
+ return 0;
+ if (tagHt.count(key) > 1) {
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber",
+ "multiple entries for this key (FIXME) !");
+ return (0);
+ }
+ tagHt[key]->SetLength(l);
+ return(1);
+}
+
+
+int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) {
+ if ( ! NameHt.count(TagName))
+ return 0;
+ if (NameHt.count(TagName) > 1) {
+ dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName",
+ "multipe entries for this key (FIXME) !");
+ return 0;
+ }
+ NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l);
+ return(1);
+}
+// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
+#define DEBUG 0
-int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
+int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
guint32 lgr;
const char * val;
string vr;
- guint32 val_int32;
- guint16 val_int16;
+ guint32 val_uint32;
+ gint32 val_int32;
+ guint16 val_uint16;
+ gint16 val_int16;;
+
+ vector<string> tokens;
+
void *ptr;
+ char str_lgrCalcGroupe[10];
+
string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
-/* // Utilisées pour le calcul Group Length
- int deja = 0;
- guint32 lgrCalcGroupe;
- ElValue * elemZ, *elemZPrec;
+ // Utilisées pour le calcul Group Length
+ int deja = 0, prem=0;
+ guint32 lgrCalcGroupe=0;
+ gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
guint16 grCourant = 0;
-*/
-
// Question :
- // Comment pourrait-on tester si on est TRueDicom ou non ,
+ // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
//
// au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
// dans l'image native
//
- // cf : code IdDcmWriteFile
-
-/*
- // Pas le temps de finir
- // voir libido/src/dcmwrite.c
- //
- // mais avant ... voir si le 'group length', lorsqu'il est present
- // sert encore a qq chose
- // patcher une image DICOM, mettre une lgr erronnée
- // et voir si e-film la reconnait ...
+ // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
+if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
- for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+ // On fait de l'implicit VR little Endian
+ // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
+ // On force le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+ SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
+
+ TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+
+ elem = tag->second;
+ gr = elem->GetGroup();
+ el = elem->GetElement();
+
+ if (el != 0x0000) {
+ if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
+ elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZPrec->SetLength(4);
+ Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
+ } else {
+ elemZPrec = elem;
+ if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
+ }
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
+ grCourant = gr;
+
+ for (tag = ++tagHt.begin();
tag != tagHt.end();
++tag){
- elemZ = tag->second;
-
- if ( (elemZ->GetGroup() != grCourant) &&
- (elemZ->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe
-
- if(elemZ->GetNum != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe'
- // On le crée
- gdcmDictEntry * tagZ = IsInDicts(tag->second->GetGroup(), 0);
- elemZ = new (ElValue(tagZ)); // on le cree
- elemZ.SetLength(4);
- Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
- }
+ elem = tag->second;
+ gr = elem->GetGroup();
+ el = elem->GetElement();
+
+ if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
+ (el != 0xfffe) */ ) {
+
+ if (el != 0x0000) {
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
+ elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZ->SetLength(4);
+ Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
+ if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
+ } else {
+ elemZ=elem;
+ if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
+ }
- if (deja) {
+ ostringstream fock;
+ fock << lgrCalcGroupe;
+ //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+ elemZPrec->SetValue(fock.str());
+ if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
+ if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
+ if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
+ elemZPrec=elemZ;
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ grCourant = gr;
+ if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
+ } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+ lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
+ if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
+ }
+ }
+
+} // fin if (1)
+
+
+ // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ tag2 != tagHt.end();
+ ++tag2){
+
+ gr = tag2->second->GetGroup();
+ el = tag2->second->GetElement();
+ lgr = tag2->second->GetLength();
+ val = tag2->second->GetValue().c_str();
+ vr = tag2->second->GetVR();
+ if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
- // A FINIR
+ fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
+ fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
+
+ //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR
+
+ // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
+
+ fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
+
+ tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+ Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
+
+ //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
+
+ if (vr == "US" || vr == "SS") {
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint16;
+ fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+ }
+ if (vr == "UL" || vr == "SL") {
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint32;
+ fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
}
- deja = 1;
- elemZPrec = elemZ;
- grCourant = elemZ->GetGroup();
- lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // lgr (Gr + Num + LgrElem + LgrGroupe)
-
- } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+ continue;
+ }
- lgrCalcGroupe += 2 + 2; // lgr (Gr + Num )
+ // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
+ if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
+
+ fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
+ }
- if (IsVrUnknowkn()) {
+ return(1);
+}
+
+
+
+
+int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
+
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write
+
+
+ guint16 gr, el;
+ guint32 lgr;
+ const char * val;
+ string vr;
+ guint32 val_uint32;
+ gint32 val_int32;
+ guint16 val_uint16;
+ gint16 val_int16;
+
+ vector<string> tokens;
+
+ void *ptr;
+ char str_lgrCalcGroupe[10];
+
+ //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
+
+ // Utilisées pour le calcul Group Length
+ int deja = 0;
+ guint32 lgrCalcGroupe=0;
+ gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
+ guint16 grCourant = 0;
+
+ // Question :
+ // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+ // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
+ //
+
+ // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
+ // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
+ // dans l'image native
+ //
+ // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
+
+
- // A FINIR
+ TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+
+ elem = tag->second;
+ gr = elem->GetGroup();
+ el = elem->GetElement();
+ if (el != 0x0000) {
+ if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
+ elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZPrec->SetLength(4);
+ Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
+ } else {
+ elemZPrec = elem;
+ if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
+ }
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
+ grCourant = gr;
+
+ for (tag = ++tagHt.begin();
+ tag != tagHt.end();
+ ++tag){
+
+ elem = tag->second;
+ gr = elem->GetGroup();
+ el = elem->GetElement();
+
+ if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
+ (el != 0xfffe) */ ) {
+
+ if (el != 0x0000) {
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
+ elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZ->SetLength(4);
+ Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
+ if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
+ } else {
+ elemZ=elem;
+ if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n");
}
- // A FINIR
+ ostringstream fock;
+ fock << lgrCalcGroupe;
+ //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+ elemZPrec->SetValue(fock.str());
+ if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant);
+ if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str());
+ if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
+ elemZPrec=elemZ;
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ grCourant = gr;
+ if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
+ } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+ lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
+ if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
+ }
}
-
-*/
- // Si on fait de l'implicit VR littele Endian
+ // Si on fait de l'implicit VR little Endian
// (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
- // penser a forcer le SYNTAX TRANSFERT UID
-
- SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+ // supprime par rapport à Write
+ //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
// restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
- for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
- tag != tagHt.end();
- ++tag){
+ for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ tag2 != tagHt.end();
+ ++tag2){
- // Question :
- // peut-on se passer des affectations?
- // - passer l'adresse du resultat d'une fonction (???)
- // - acceder au champ sans passer par un accesseur ?
+ gr = tag2->second->GetGroup();
+ // saut des groupes speciaux DICOM V3
+ if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write
+ // saut des groupes impairs
+ if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write
- gr = tag->second->GetGroup();
- el = tag->second->GetElement();
- lgr = tag->second->GetLength();
- val = tag->second->GetValue().c_str();
- vr = tag->second->GetVR();
+ el = tag2->second->GetElement();
+ lgr = tag2->second->GetLength();
+ val = tag2->second->GetValue().c_str();
+ vr = tag2->second->GetVR();
fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
-
- //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR
-
+
// si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
- fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
+ fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
+
+ tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+ Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
if (vr == "US" || vr == "SS") {
- val_int16 = atoi(val);
- ptr = &val_int16;
- fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint16;
+ fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
continue;
+
}
if (vr == "UL" || vr == "SL") {
- val_int32 = atoi(val);
- ptr = &val_int32;
- fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
- continue;
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint32;
+ fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+
}
// Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
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