// gdcmElValSet.cxx
-#include "gdcm.h"
#include "gdcmUtil.h"
+#include "gdcmElValSet.h"
+
+
+#include <vector>
+static void Tokenize (const string& str, vector<string>& tokens, const string& delimiters = " ");
+
TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) {
return tagHt;
}
void ElValSet::Add(ElValue * newElValue) {
- tagHt[newElValue->GetKey()] = newElValue;
+ tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue;
NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue;
}
os << "[" << tag->second->GetName() << "]";
os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl;
}
-}
+}
void ElValSet::PrintByName(ostream & os) {
for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin();
++tag){
os << tag->first << ": ";
os << "[" << tag->second->GetValue() << "]";
- os << "[" << tag->second->GetKey() << "]";
+ os << "[" << tag->second->GetKey() << "]";
os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl;
}
}
return tagHt.find(key)->second->GetValue();
}
+string ElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
+ if ( ! NameHt.count(TagName))
+ return "gdcm::Unfound";
+ if (NameHt.count(TagName) > 1)
+ dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue",
+ "multipe entries for this key (FIXME) !");
+ return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
+}
+
int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) {
TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
if ( ! tagHt.count(key))
dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByNumber",
"multiple entries for this key (FIXME) !");
return (0);
- }
-
+ }
tagHt[key]->SetValue(content);
+
+ // Question : m à j LgrElem ?
+ tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str()));
+
+ // FIXME should we really update the element length ?
+ tagHt[key]->SetLength(content.length());
+
return(1);
}
-string ElValSet::GetElValueByName(string TagName) {
+int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
if ( ! NameHt.count(TagName))
- return "gdcm::Unfound";
- if (NameHt.count(TagName) > 1)
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue",
+ return 0;
+ if (NameHt.count(TagName) > 1) {
+ dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByName",
"multipe entries for this key (FIXME) !");
- return NameHt.find(TagName)->second->GetValue();
+ return 0;
+ }
+ NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content);
+ NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str()));
+ return(1);
}
-int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) {
+
+int ElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, guint32 group, guint32 element) {
+ TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
+ if ( ! tagHt.count(key))
+ return 0;
+ if (tagHt.count(key) > 1) {
+ dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueLengthByNumber",
+ "multiple entries for this key (FIXME) !");
+ return (0);
+ }
+ // m à j LgrElem
+ tagHt[key]->SetLength(l);
+ return(1);
+}
+
+
+int ElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) {
if ( ! NameHt.count(TagName))
return 0;
if (NameHt.count(TagName) > 1) {
- dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValue",
+ dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByName",
"multipe entries for this key (FIXME) !");
return 0;
}
- NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content);
+ NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l);
+ return(1);
+}
+
+
+int ElValSet::Write(FILE * _fp) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ guint16 gr, el;
+ guint32 lgr;
+ const char * val;
+ string vr;
+ guint32 val_uint32;
+ gint32 val_int32;
+ guint16 val_uint16;
+ gint16 val_int16;
+
+ vector<string> tokens;
+
+ void *ptr;
+ char str_lgrCalcGroupe[10];
+
+ string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
+
+ // Utilisées pour le calcul Group Length
+ int deja = 0;
+ guint32 lgrCalcGroupe=0;
+ ElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
+ guint16 grCourant = 0;
+
+ // Question :
+ // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+ // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
+ //
+
+ // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
+ // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
+ // dans l'image native
+ //
+ // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
+
+ if (0) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+ tag != tagHt.end();
+ ++tag){
+
+ elem = tag->second;
+ printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength());
+
+ if ( (elem->GetGroup() != grCourant) &&
+ (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe
+
+ printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement());
+
+ elemZ = elem;
+
+ if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe'
+ // On crée
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL");
+ elemZ = new ElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZ->SetLength(4);
+ Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
+ }
+
+ if (deja) {
+ //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+ elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe);
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ }
+ deja = 1;
+
+ lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe
+ printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe);
+
+ elemZPrec = elemZ;
+ grCourant = elem->GetGroup();
+
+ } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+
+ printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength());
+
+ lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
+
+ printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe);
+ }
+ }
+
+ // Si on fait de l'implicit VR little Endian
+ // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
+ // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+ SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
+
+ // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ tag2 != tagHt.end();
+ ++tag2){
+
+ gr = tag2->second->GetGroup();
+ el = tag2->second->GetElement();
+ lgr = tag2->second->GetLength();
+ val = tag2->second->GetValue().c_str();
+ vr = tag2->second->GetVR();
+
+ fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
+ fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
+
+ //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR
+
+ // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
+
+ fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
+
+ tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+ Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
+
+ //printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
+ //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());}
+
+
+ if (vr == "US" || vr == "SS") {
+ /*
+ val_int16 = atoi(val);
+ ptr = &val_int16;
+ fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+ continue;
+ */
+
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint16;
+ fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+
+ }
+ if (vr == "UL" || vr == "SL") {
+ /*
+ val_int32 = atoi(val);
+ ptr = &val_int32;
+ fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+ continue;
+ */
+
+
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint32;
+ fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+
+ }
+
+ // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
+ if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
+
+ fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
+ }
+
+ return(1);
+}
+
+
+
+
+int ElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
+
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write
+
+
+ guint16 gr, el;
+ guint32 lgr;
+ const char * val;
+ string vr;
+ guint32 val_uint32;
+ gint32 val_int32;
+ guint16 val_uint16;
+ gint16 val_int16;
+
+ vector<string> tokens;
+
+ void *ptr;
+ char str_lgrCalcGroupe[10];
+
+ //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
+
+ // Utilisées pour le calcul Group Length
+ int deja = 0;
+ guint32 lgrCalcGroupe=0;
+ ElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
+ guint16 grCourant = 0;
+
+ // Question :
+ // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+ // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
+ //
+
+ // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
+ // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
+ // dans l'image native
+ //
+ // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
+
+ if (1) // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment!
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
+ tag != tagHt.end();
+ ++tag){
+
+ elem = tag->second;
+ //printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength());
+
+ if ( (elem->GetGroup() != grCourant) &&
+ (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe
+
+ //printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement());
+
+ elemZ = elem;
+
+ if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe'
+ // On crée
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL");
+ elemZ = new ElValue(tagZ); // on le cree
+ elemZ->SetLength(4);
+ Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
+ }
+
+ if (deja) {
+ //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
+ elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe);
+ lgrCalcGroupe = 0;
+ }
+ deja = 1;
+
+ lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe
+ //printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe);
+
+ elemZPrec = elemZ;
+ grCourant = elem->GetGroup();
+
+ } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
+
+ //printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength());
+
+ lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
+
+ //printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe);
+ }
+ }
+
+ // Si on fait de l'implicit VR little Endian
+ // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
+ // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+ // supprime par rapport à Write
+ //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
+
+ // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ tag2 != tagHt.end();
+ ++tag2){
+
+ gr = tag2->second->GetGroup();
+ // saut des groupes speciaux DICOM V3
+ if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write
+ // saut des groupes impairs
+ if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write
+
+ el = tag2->second->GetElement();
+ lgr = tag2->second->GetLength();
+ val = tag2->second->GetValue().c_str();
+ vr = tag2->second->GetVR();
+
+ fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
+ fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
+
+ // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
+
+ fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
+
+ tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
+ Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
+
+ if (vr == "US" || vr == "SS") {
+
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint16;
+ fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+
+ }
+ if (vr == "UL" || vr == "SL") {
+ for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
+ val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
+ ptr = &val_uint32;
+ fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+ }
+ continue;
+
+ }
+
+ // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
+ if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
+
+ fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
+ }
+
+ return(1);
}
+
+
+// mettre ça dans une bibliothèque d'utilitaires ?
+// ca peut servir
+
+static void Tokenize (const string& str, vector<string>& tokens, const string& delimiters = " ") {
+ string::size_type lastPos = str.find_first_not_of(delimiters,0);
+ string::size_type pos = str.find_first_of(delimiters,lastPos);
+ while (string::npos != pos || string::npos != lastPos) {
+ tokens.push_back(str.substr(lastPos, pos - lastPos));
+ lastPos = str.find_first_not_of(delimiters, pos);
+ pos = str.find_first_of(delimiters, lastPos);
+ }
+}
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