#include <sstream>
#include "gdcmUtil.h"
#include "gdcmElValSet.h"
+using namespace std;
-#define DEBUG 0
-
+gdcmElValSet::~gdcmElValSet() {
+ for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag) {
+ gdcmElValue* EntryToDelete = tag->second;
+ if ( EntryToDelete )
+ delete EntryToDelete;
+ }
+ tagHt.clear();
+ // Since Add() adds symetrical in both tagHt and NameHt we can
+ // assume all the pointed gdcmElValues are allready cleaned-up when
+ // we cleaned tagHt.
+ NameHt.clear();
+}
TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) {
return tagHt;
TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
if ( ! tagHt.count(key))
return 0;
- tagHt[key]->SetValue(content);
- tagHt[key]->SetLength(content.length());
+ tagHt[key]->SetValue(content);
+ string vr = tagHt[key]->GetVR();
+ guint32 lgr;
+
+ if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
+ lgr = 2;
+ else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
+ lgr = 4;
+ else
+ lgr = content.length();
+ tagHt[key]->SetLength(lgr);
return 1;
}
if ( ! NameHt.count(TagName))
return 0;
NameHt[TagName]->SetValue(content);
- NameHt[TagName]->SetLength(content.length());
+ string vr = NameHt[TagName]->GetVR();
+ guint32 lgr;
+
+ if( (vr == "US") || (vr == "SS") )
+ lgr = 2;
+ else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
+ lgr = 4;
+ else
+ lgr = content.length();
+
+// TODO : WARNING: le cas de l'element des pixels (7fe0,0010) n'est pas traite
+// par SetElValueByName
+// il faudra utiliser SetElValueByNumber
+
+ NameHt[TagName]->SetLength(lgr);
return 1;
}
return 1 ;
}
-void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) {
- // TODO : reecrire entierement : une HTable dans la quelle on stocke les groupes, puis leur lgr
- // Voir juste apres
- // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
- // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
- // dans l'image native
- //
- // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
-
- // On fait de l'implicit VR little Endian
- // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
- // On force le TRANSFERT SYNTAX UID
- guint16 gr, el;
- string vr;
- guint32 lgrCalcGroupe=0;
- gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
- guint16 grCourant = 0;
-
- TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
-
- elem = tag->second;
- gr = elem->GetGroup();
- el = elem->GetElement();
-
- if (el != 0x0000) {
- if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
- gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
- elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
- elemZPrec->SetLength(4);
- Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place
- } else {
- elemZPrec = elem;
- if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
- }
- lgrCalcGroupe = 0;
- if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
- grCourant = gr;
-
- for (tag = ++tagHt.begin();
- tag != tagHt.end();
- ++tag){
-
- elem = tag->second;
- gr = elem->GetGroup();
- el = elem->GetElement();
- vr = elem->GetVR();
-
- if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
- // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
- // WARNING : pb CERTAIN
- // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
-
- if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
- (el != 0xfffe) */ ) {
-
- if (el != 0x0000) {
- gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
- elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
- elemZ->SetLength(4);
- Add(elemZ); // On l'accroche à sa place
- if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
- } else {
- elemZ=elem;
- if(DEBUG)printf("maj elemZ\n");
- }
-
- ostringstream f;
- f << lgrCalcGroupe;
- //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
- elemZPrec->SetValue(f.str());
- if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
- if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),
- elemZPrec->GetValue().c_str());
- if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
- elemZPrec=elemZ;
- lgrCalcGroupe = 0;
- grCourant = gr;
- // BUG :
- // calcule lgr erronnée si ExplicitVR et VR =OB, SQ, etc
- //
- if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
- } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
- lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
- if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",
- elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
- }
- }
-
- // BUG :
- // Ecriture incorrecte si (7FE0 0000) absent et aucun element apres groupe 7FE0 :-(
- // A JETTER !
- //
-}
-
-//
-// Remplacera UpdateGroupLength
-// Commite par precaution.
-// Ne pas utiliser
-//
-
-void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) {
+void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
guint16 gr, el;
string vr;
gdcmElValue *elem;
char trash[10];
+ string str_trash;
GroupKey key;
GroupHT groupHt;
+ TagKey tk;
+ gdcmElValue *elemZ;
for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
tag2 != tagHt.end();
gr = elem->GetGroup();
el = elem->GetElement();
vr = elem->GetVR();
-
+
sprintf(trash, "%04x", gr);
key = trash;
-
+
if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
// pas SEQUENCE en ACR-NEMA
// WARNING : pb CERTAIN
// devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
if ( groupHt.count(key) == 0) {
- groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + 4; // creation automatique, par affectation ???
+ if (el ==0x0000) {
+ groupHt[key] = 0;
+ } else {
+ groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
+ }
} else {
if (type = ExplicitVR) {
if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
}
}
groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
- }
+ }
}
-
- // Liberer groupHt !
+
+ if(0)
+ for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
+ g != groupHt.end();
+ ++g){
+ printf("groupKey %s : %d\n",g->first.c_str(),g->second);
+ }
+
+
+ unsigned short int gr_bid;
+
+ for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
+ g != groupHt.end();
+ ++g){
+
+ sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
+ tk = g->first + "|0000";
+
+ if ( tagHt.count(tk) == 0) {
+ gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");
+ elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
+ elemZ->SetLength(4);
+ Add(elemZ);
+ } else {
+ elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
+ }
+ sprintf(trash ,"%d",g->second);
+ str_trash=trash;
+ elemZ->SetValue(str_trash);
+ }
}
-
-
void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
guint16 gr, el;
guint32 lgr;
lgr = tag2->second->GetLength();
val = tag2->second->GetValue().c_str();
vr = tag2->second->GetVR();
- if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
if ( type == ACR ) {
if (gr < 0x0008) continue;
}
continue;
}
+ tokens.clear();
// Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
//FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
// values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
- // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
+ // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0
+
SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
}
// Question :
- // Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non ,
+ // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non ,
// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
// WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
// no way
}
if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
- UpdateGroupLength();
+ UpdateGroupLength(false,type);
if ( type == ACR)
- UpdateGroupLength(true);
+ UpdateGroupLength(true,ACR);
WriteElements(type, _fp);
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff