}
void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) {
+
+ // TODO : reecrire entierement : une HTable dans la quelle on stocke les groupes, puis leur lgr
+ // Voir juste apres
+
// On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
// au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
// dans l'image native
el = elem->GetElement();
vr = elem->GetVR();
- if (SkipSequence && vr == "SQ")
+ if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
// pas SEQUENCE en ACR-NEMA
- // WARNING : risque de pb
+ // WARNING : pb CERTAIN
// si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
- continue;
- //
- //
- if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
- (el != 0xfffe) */ ) {
+
+ if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe
+ (el != 0xfffe) */ ) {
if (el != 0x0000) {
gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
elemZPrec=elemZ;
lgrCalcGroupe = 0;
- grCourant = gr;
+ grCourant = gr;
+ // BUG :
+ // calcule lgr erronnée si ExplicitVR et VR =OB, SQ, etc
+ //
if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
} else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe
lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem
elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
}
}
+
+ // BUG :
+ // Ecriture incorrecte si (7FE0 0000) absent et aucun element apres groupe 7FE0 :-(
+ // A JETTER !
+ //
+}
+
+//
+// Remplacera UpdateGroupLength
+// Commite par precaution.
+// Ne pas utiliser
+//
+
+void gdcmElValSet::UpdateGroupLengthNew(bool SkipSequence, FileType type) {
+ guint16 gr, el;
+ string vr;
+
+ gdcmElValue *elem;
+ char trash[10];
+ GroupKey key;
+ GroupHT groupHt;
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ tag2 != tagHt.end();
+ ++tag2){
+
+ elem = tag2->second;
+ gr = elem->GetGroup();
+ el = elem->GetElement();
+ vr = elem->GetVR();
+
+ sprintf(trash, "%04x", gr);
+ key = trash;
+
+ if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
+ // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
+ // WARNING : pb CERTAIN
+ // si on est descendu 'a l'interieur' des SQ
+ //
+ // --> la descente a l'interieur' des SQ
+ // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
+
+ if ( groupHt.count(key) == 0) {
+ groupHt[key] = 2 + 2 + 4 + 4; // creation automatique, par affectation ???
+ } else {
+ if (type = ExplicitVR) {
+ if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
+ groupHt[key] += 4;
+ }
+ }
+ groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
+ }
+ }
+
+ // Liberer groupHt !
}
+
+
void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
guint16 gr, el;
guint32 lgr;
string vr;
guint32 val_uint32;
guint16 val_uint16;
-
+
vector<string> tokens;
void *ptr;
- for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+ // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian
+ // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+ for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
tag2 != tagHt.end();
++tag2){
if (vr == "SQ" ) continue;
}
-
fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
}
}
-// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
-
-int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
+int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
- guint16 gr, el;
- guint32 lgr;
- const char * val;
- string vr;
- guint32 val_uint32;
- guint16 val_uint16;
-
- vector<string> tokens;
-
- void *ptr;
-
- string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
- SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
- //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
- // values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
- // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
- SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
-
- // Question :
- // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+ if (type == ImplicitVR) {
+ string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
+ SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+
+ //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
+ // values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
+ // Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
+ SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
+ }
+
+ // Question :
+ // Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non ,
// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
- //
- UpdateGroupLength();
-
- // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-
- for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
- tag2 != tagHt.end();
- ++tag2){
-
- gr = tag2->second->GetGroup();
- el = tag2->second->GetElement();
- lgr = tag2->second->GetLength();
- val = tag2->second->GetValue().c_str();
- vr = tag2->second->GetVR();
- if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
-
- fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
- fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
-
- // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
-
- fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
-
- tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
- Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-
- if (vr == "US" || vr == "SS") {
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint16;
- fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
- }
- if (vr == "UL" || vr == "SL") {
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint32;
- fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
- }
-
- // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
- if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
- fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
- }
-
- return(1);
-}
-
-
-int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
-//
-// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
-//
-
- guint16 gr, el;
- guint32 lgr;
- const char * val;
- string vr;
- guint32 val_uint32;
- guint16 val_uint16;
+ // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
+ // no way
- vector<string> tokens;
-
- void *ptr;
-
- //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
- //CLEANME Utilisées pour le calcul Group Length
- //CLEANMEguint32 lgrCalcGroupe=0;
- //CLEANMEgdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
- //CLEANMEguint16 grCourant = 0;
-
- // Question :
- // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
- // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
- //
- UpdateGroupLength(true);
-
- // Si on fait de l'implicit VR little Endian
- // (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
- // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
- // supprime par rapport à Write
- //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
- //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas
-
- // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-
- for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
- tag2 != tagHt.end();
- ++tag2){
-
- gr = tag2->second->GetGroup();
- // saut des groupes speciaux DICOM V3
- if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write
- // saut des groupes impairs
- if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write
-
- el = tag2->second->GetElement();
- lgr = tag2->second->GetLength();
- val = tag2->second->GetValue().c_str();
- vr = tag2->second->GetVR();
-
- fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
- fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
-
- // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR)
-
- fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr
-
- tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
- Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-
- if (vr == "US" || vr == "SS") {
-
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint16;
- fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
-
- }
- if (vr == "UL" || vr == "SL") {
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint32;
- fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
-
- }
-
- // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
- if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
- fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
- }
-
- return(1);
-}
-
-// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
-
-int gdcmElValSet::WriteExplVR(FILE * _fp) {
-
-//
-// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
-//
-
- guint16 gr, el;
- guint32 lgr;
- const char * val;
- string vr;
- guint32 val_uint32;
- guint16 val_uint16;
- guint16 z=0, shortLgr;
-
- vector<string> tokens;
-
- void *ptr;
+ if (type == ExplicitVR) {
+ string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
+ SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+ // See above comment
+ SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
+ }
- string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
-
-
- // Question :
- // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
- // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
- //
+ if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
+ UpdateGroupLength();
+ if ( type == ACR)
+ UpdateGroupLength(true);
- // On fait de l'Explicit VR little Endian
-
-
- SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
- SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas // ???
-
- // Question :
- // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
- // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
- //
- UpdateGroupLength();
-
-
- // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-
- for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
- tag2 != tagHt.end();
- ++tag2){
-
- gr = tag2->second->GetGroup();
- el = tag2->second->GetElement();
- lgr = tag2->second->GetLength();
- val = tag2->second->GetValue().c_str();
- vr = tag2->second->GetVR();
- if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
-
- fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group
- fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element
-
- // On est en EXPLICIT VR
- if (gr == 0x0002) {
- fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-
- if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
- fwrite ( &z, (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
- fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-
- } else {
- shortLgr=lgr;
- fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- } else {
- fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
-
- tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
- Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-
- if (vr == "US" || vr == "SS") {
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint16;
- fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
- }
- if (vr == "UL" || vr == "SL") {
- for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
- val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
- ptr = &val_uint32;
- fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
- }
- continue;
- }
-
- // Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
- if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
+ WriteElements(type, _fp);
- fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
- }
-
- return(1);
+ return(1);
}
-
-
-
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