// gdcmFile.cxx
-#include "gdcm.h"
-
-#define DEBUG 1
+#include "gdcmFile.h"
static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
- * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
- * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
- * \This avoid a double parsing of public part of the header when
- * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- * \seen as a side effect).
+ * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note the in-memory representation of all available tags found in
+ * the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ * This avoid a double parsing of public part of the header when
+ * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ * seen as a side effect).
*
- * @param
+ * @param filename file to be opened for parsing
*
* @return
*/
-gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
- :gdcmHeader(filename.c_str())
+gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
+ :gdcmHeader(filename.c_str())
{
- if (DEBUG) printf("On a echappe a gdcmHeader !\n");
}
/////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FIXME JPR: comments in English please !
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
- * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
- * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
- * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
- *
- * @param void Rien en entree
+ * ou DES images dans le cas d'un multiframe
+ * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
+ * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
*
* @return longueur a allouer
*/
// Nombre de Colonnes
nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-printf("nbCol %d\n",nbCol);
-printf("nbLig %d\n",nbLignes);
-
-
// Nombre de Frames
str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
} else {
nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
}
-printf("nbFrames %d\n",nbFrames);
// Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
nb = atoi(str_nb.c_str() );
}
-printf("nb %d\n",nb);
-
size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
return (lgrTotale);
-
}
+
+
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
- * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
- * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
- *
- * @param rien
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING
*
- * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
*/
-
void * gdcmFile::GetImageData (void) {
-
- char* _Pixels;
- int nbLignes, nbCol;
-
- int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
- string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
-
- unsigned short int mask = 0xffff;
-
- // Nombre de Lignes
- nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
- // Nombre de Colonnes
- nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
- // Nombre de Frames
- str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
-
-
- if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
- nbFrames = 1;
- } else {
- nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
- }
-
- // Nombre de Bits Alloues
- str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
-
- if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
- nb = 16;
- } else {
- nb = atoi(str_nb.c_str() );
- }
-
- // Nombre de Bits Utilises
- str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
-
- if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
- nbu = nb;
- } else {
- nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
- }
-
- // Position du Bit de Poids Fort
- str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
-
- if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
- highBit = nb - 1;
- } else {
- highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
- }
-
- // Signe des Pixels 0 : Unsigned
- str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
-
- if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
- signe = 1;
- } else {
- signe = atoi(str_signe.c_str() );
- }
-
+ char * _Pixels;
// Longueur en Octets des Pixels a lire
- size_t _lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
+ size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
+ _Pixels = (char *) malloc(taille);
+ GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
- //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
- _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
-
- GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
-
- // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
- if (nb != 8) {
- int _sw = GetSwapCode();
-
- _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
- }
+ // On l'affecte à un champ du dcmFile
+ Pixels = _Pixels;
+ lgrTotale = taille;
- // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
- //
- // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
- // avec moins de 32 bits utilises
- // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
- // --> ne marchera pas dans ce cas
- if (nbu!=nb){
- mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
- unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
- for(int i=0;i<l;i++) {
- *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
- deb ++;
- }
- }
-
- printf ("on est sorti\n");
-
- // On l'affecte à un champ du dcmFile
-
- Pixels = _Pixels;
- lgrTotale = _lgrTotale;
-
- // et on le retourne
// ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
- return (_Pixels);
+ return(_Pixels);
}
+
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
- * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
- * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
+ * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
*
- * @param
+ * @param destination
+ * @param MaxSize
*
- * @return
+ * @return TODO JPR
*/
-int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
+int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
+
+// Question :
+// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose?
+// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
+// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
+
void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
- int nbLignes, nbCol;
- int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
+ int nb, nbu, highBit, signe;
string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
unsigned short int mask = 0xffff;
-
- // Nombre de Lignes
- nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
- // Nombre de Colonnes
- nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
- // Nombre de Frames
- str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
-
- if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
- nbFrames = 1;
- } else {
- nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
- }
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
- // Nombre de Bits Alloues
- str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
+ // -> on résoud à la goret
+
+ if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
+
+ GetPixels(MaxSize, destination);
+
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
nb = 16;
} else {
signe = atoi(str_signe.c_str() );
}
-
- // Longueur en Octets des Pixels a lire
- size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
-
- // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR
-
- lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData
- //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData
-
- GetPixels(lgrTotale, Pixels);
// On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
if (nb != 8) {
int _sw = GetSwapCode();
- _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb);
+ _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
}
// On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
// --> ne marchera pas dans ce cas
if (nbu!=nb){
mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
+ int l=(int)MaxSize/(nb/8);
unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
for(int i=0;i<l;i++) {
*deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
deb ++;
}
}
-
- printf ("on est sorti\n");
-
+
// VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
- //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData
return 1;
}
+
//
// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
//
return;
}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO JPR
+ * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR
+ *
+ * @param Data TODO JPR
+ * @param ExpectedSize TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) {
+
+ SetImageDataSize(ExpectedSize);
+
+ Pixels = Data;
+ lgrTotale = ExpectedSize;
+
+ return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO JPR
+ * \
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR
+ *
+ * @param ImageDataSize TODO JPR
+ *
+ */
+void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
+
+ string content1;
+ string content2;
+ char car[20];
+
+ // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ...
+
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content2=car;
+ SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
+
+ ImageDataSize+=8;
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content1=car;
+ SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+}
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
- * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
- * \ C'est à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
- * \(Equivalent a IdImaWriteRawFile)
+ * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
+ * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR
*
- * @param
+ * @param nomFichier TODO JPR
*
- * @return
+ * @return TODO JPR
*/
int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
fclose (fp1);
+ return(1);
}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
+ * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ char* filePreamble;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+ // Ecriture Dicom File Preamble
+ filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+ fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+ fwrite("DICM",4,1,fp1);
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElValSet().Write(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \ TODO
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+ FILE * fp1;
+ char* filePreamble;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // Ecriture Dicom File Preamble
+ filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+ fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+ fwrite("DICM",4,1,fp1);
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElValSet().WriteExplVR(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
+ * (a l'attention des logiciels cliniques
+ * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * si un header DICOM est fourni en entree,
+ * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElValSet().WriteAcr(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff