]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmFile.cxx
ENH: Solve problem with Theralys images
[gdcm.git] / src / gdcmFile.cxx
index 3484aecf075b7f470081797e839877fc5ff296f3..6276a5bcd1f5dad974f59d271a14636f6d06621a 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/10/12 04:35:46 $
-  Version:   $Revision: 1.139 $
+  Date:      $Date: 2004/11/05 21:23:46 $
+  Version:   $Revision: 1.152 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -18,7 +18,7 @@
 
 #include "gdcmFile.h"
 #include "gdcmDebug.h"
-#include "gdcmPixelConvert.h"
+#include <fstream>
 
 namespace gdcm 
 {
@@ -73,6 +73,7 @@ File::File(std::string const & filename )
  */
 void File::Initialise()
 {
+   PixelConverter = NULL; //just in case
    if ( HeaderInternal->IsReadable() )
    {
       ImageDataSizeRaw = ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader();
@@ -84,6 +85,9 @@ void File::Initialise()
       {
          ImageDataSize = ImageDataSizeRaw;
       }
+
+      PixelConverter = new PixelConvert;  //LEAK !
+      PixelConverter->GrabInformationsFromHeader( HeaderInternal );
    }
    SaveInitialValues();
 }
@@ -102,6 +106,11 @@ File::~File()
    HeaderInternal = 0;
 
    DeleteInitialValues();
+   if( PixelConverter )
+   {
+      //delete PixelConverter;
+   }
+
 }
 
 /**
@@ -266,9 +275,12 @@ int File::ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader()
    // 0028|1202 [US]   [Green Palette Color Lookup Table Data]
    // 0028|1203 [US]   [Blue Palette Color Lookup Table Data]
 
-   // Number of "Bits Allocated"
    int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
-   if ( ( numberBitsAllocated == 0 ) || ( numberBitsAllocated == 12 ) )
+   // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when:
+   //  - it is not defined (i.e. it's value is 0)
+   //  - it's 12, since we will expand the image to 16 bits (see
+   //    PixelConvert::ConvertDecompress12BitsTo16Bits() )
+   if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
    {
       numberBitsAllocated = 16;
    } 
@@ -294,33 +306,86 @@ int File::ComputeDecompressedPixelDataSizeFromHeader()
  */
 uint8_t* File::GetImageData()
 {
-   // FIXME (Mathieu)
-   // I need to deallocate Pixel_Data before doing any allocation:
-   
-   if ( Pixel_Data )
-     if ( LastAllocatedPixelDataLength != ImageDataSize ) 
-        free(Pixel_Data);
-   if ( !Pixel_Data )
-      Pixel_Data = new uint8_t[ImageDataSize];
-    
-   if ( Pixel_Data )
+   if ( ! GetDecompressed() )
+   {
+      // If the decompression failed nothing can be done.
+      return 0;
+   }
+                                                                                
+   uint8_t* pixelData;
+   if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
+   {
+      pixelData = PixelConverter->GetRGB();
+   }
+   else
    {
-      LastAllocatedPixelDataLength = ImageDataSize;
+      // When no LUT or LUT conversion fails, return the decompressed
+      pixelData = PixelConverter->GetDecompressed();
+   }
 
-      // we load the pixels (and transform grey level + LUT into RGB)
-      GetImageDataIntoVector(Pixel_Data, ImageDataSize);
+// PIXELCONVERT CLEANME
+   // Restore the header in a disk-consistent state
+   // (if user asks twice to get the pixels from disk)
+   if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
+   {
+      RestoreInitialValues();
+   }
+   if ( PixelConverter->GetRGB() )
+   {
+      // now, it's an RGB image
+      // Lets's write it in the Header
+      std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
+      std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
+      std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
+      PixelRead = 0; // no PixelRaw
+   }
+   else
+   {
+      if ( HeaderInternal->HasLUT() )
+      {
+         // The LUT interpretation failed
+         std::string photometricInterpretation = "MONOCHROME1 ";
+         HeaderInternal->SetEntryByNumber( photometricInterpretation,
+                                           0x0028, 0x0004 );
+         PixelRead = 0; // no PixelRaw
+      }
+      else
+      {
+         if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
+         {
+            ///////////////////////////////////////////////////
+            // now, it's an RGB image
+            // Lets's write it in the Header
+            // Droping Palette Color out of the Header
+            // has been moved to the Write process.
+            // TODO : move 'values' modification to the write process
+            //      : save also (in order to be able to restore)
+            //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
+            //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
+            std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
+            std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
+            std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
+            HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
+            HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
+            HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
+         }
+         PixelRead = 1; // PixelRaw
+      } 
+   }
 
-      // We say the value *is* loaded.
-      GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
-         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
+   // We say the value *is* loaded.
+   GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
+      GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
 
-      // Will be 7fe0, 0010 in standard case
-      GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber( Pixel_Data, 
-         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel()); 
-   }      
-   PixelRead = 0; // no PixelRaw
+   // Will be 7fe0, 0010 in standard case
+   GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber( pixelData, 
+      GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel()); 
+// END PIXELCONVERT CLEANME
 
-   return Pixel_Data;
+   return pixelData;
 }
 
 /**
@@ -350,60 +415,37 @@ uint8_t* File::GetImageData()
  */
 size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 {
-   GetImageDataIntoVectorRaw (destination, maxSize);
-   PixelRead = 0 ; // =0 : no ImageDataRaw 
-   if ( !HeaderInternal->HasLUT() )
+   if ( ! GetDecompressed() )
    {
-      return ImageDataSize;
+      // If the decompression failed nothing can be done.
+      return 0;
    }
-                            
-   // from Lut R + Lut G + Lut B
-   uint8_t *newDest = new uint8_t[ImageDataSize];
-   uint8_t *a       = (uint8_t *)destination;
-   uint8_t *lutRGBA = HeaderInternal->GetLUTRGBA();
 
-   if ( lutRGBA )
+   if ( HeaderInternal->HasLUT() && PixelConverter->BuildRGBImage() )
    {
-      int j;
-      // move Gray pixels to temp area  
-      memmove(newDest, destination, ImageDataSizeRaw);
-      for (size_t i=0; i<ImageDataSizeRaw; ++i) 
+      if ( PixelConverter->GetRGBSize() > maxSize )
       {
-         // Build RGB Pixels
-         j    = newDest[i]*4;
-         *a++ = lutRGBA[j];
-         *a++ = lutRGBA[j+1];
-         *a++ = lutRGBA[j+2];
+         dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
+                        "than caller's expected MaxSize");
+         return 0;
       }
-      delete[] newDest;
-    
-   // now, it's an RGB image
-   // Lets's write it in the Header
-
-   // FIXME : Better use CreateOrReplaceIfExist ?
-
-   std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
-   std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
-   std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
-
+      memmove( destination,
+               (void*)PixelConverter->GetRGB(),
+               PixelConverter->GetRGBSize() );
+      return PixelConverter->GetRGBSize();
    }
-   else  // GetLUTRGBA() failed
-   { 
-      // (gdcm-US-ALOKA-16.dcm), contains Segmented xxx Palette Color 
-      // that are *more* than 65535 long ?!? 
-      // No idea how to manage such an image !
-      // Need to make RGB Pixels (?) from grey Pixels (?!) and Gray Lut  (!?!)
-      // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
-        
-      std::string photomInterp = "MONOCHROME1 ";  // Photometric Interpretation
-      HeaderInternal->SetEntryByNumber(photomInterp,0x0028,0x0004);
-   } 
 
-   /// \todo Drop Palette Color out of the Header?
-   return ImageDataSize; 
+   // Either no LUT conversion necessary or LUT conversion failed
+   if ( PixelConverter->GetDecompressedSize() > maxSize )
+   {
+      dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
+                     "than caller's expected MaxSize");
+      return 0;
+   }
+   memmove( destination,
+            (void*)PixelConverter->GetDecompressed(),
+            PixelConverter->GetDecompressedSize() );
+   return PixelConverter->GetDecompressedSize();
 }
 
 /**
@@ -417,274 +459,71 @@ size_t File::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
  */
 uint8_t* File::GetImageDataRaw ()
 {
-   size_t imgDataSize;
-   if ( HeaderInternal->HasLUT() )
-      /// \todo Let Header user a chance to get the right value
-      imgDataSize = ImageDataSizeRaw;
-   else 
-      imgDataSize = ImageDataSize;
-    
-   // FIXME (Mathieu)
-   // I need to deallocate Pixel_Data before doing any allocation:
-   
-   if ( Pixel_Data )
-      if ( LastAllocatedPixelDataLength != imgDataSize )
-         free(Pixel_Data);
-   if ( !Pixel_Data ) 
-      Pixel_Data = new uint8_t[imgDataSize];
-
-   if ( Pixel_Data )
-   {
-      LastAllocatedPixelDataLength = imgDataSize;
-      
-      // we load the pixels ( grey level or RGB, but NO transformation)
-       GetImageDataIntoVectorRaw(Pixel_Data, imgDataSize);
-
-      // We say the value *is* loaded.
-      GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
-         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
-      // will be 7fe0, 0010 in standard cases
-      GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber(Pixel_Data, 
-         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
-   } 
-   PixelRead = 1; // PixelRaw
-
-   return Pixel_Data;
-}
-
-/**
- * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
- *          memory space.
- * \warning This function was designed to avoid people that want to build
- *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels 
- *          and then move them to the volume area.
- *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses 
- *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
- *          (for some axis related reasons?). Hence he will have 
- *          to load the image line by line, starting from the end.
- *          VTK users hace to call GetImageData
- * \warning DOES NOT transform the Grey Plane + Palette Color (if any) 
- *                   into a single RGB Pixels Plane
- *          the (VTK) user will manage the palettes
- *     
- * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
- *          pixel data should be copied
- * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
- *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
- *          executed (i.e. no partial copy).
- * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
- *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
- */
-size_t File::GetImageDataIntoVectorRaw (void* destination, size_t maxSize)
-{
-  // we save the initial values of the following
-  // in order to be able to restore the header in a disk-consistent state
-  // (if user asks twice to get the pixels from disk)
-
-   if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
-   {  
-      RestoreInitialValues(); 
-   }
-   
-   PixelRead = 1 ; // PixelRaw
-    
-   if ( ImageDataSize > maxSize )
-   {
-      dbg.Verbose(0, "File::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
-                     "than caller's expected MaxSize");
-      return (size_t)0;
-   }
-
-   ReadPixelData( destination );
-
-   // Number of Bits Allocated for storing a Pixel
-   int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
-   if ( numberBitsAllocated == 0 )
-   {
-      numberBitsAllocated = 16;
-   }
-
-   // Number of Bits actually used
-   int numberBitsStored = HeaderInternal->GetBitsStored();
-   if ( numberBitsStored == 0 )
+   uint8_t* decompressed = GetDecompressed();
+   if ( ! decompressed )
    {
-      numberBitsStored = numberBitsAllocated;
+      return 0;
    }
 
-   // High Bit Position
-   int highBitPosition = HeaderInternal->GetHighBitPosition();
-   if ( highBitPosition == 0 )
-   {
-      highBitPosition = numberBitsAllocated - 1;
-   }
-
-   bool signedPixel = HeaderInternal->IsSignedPixelData();
-
-   PixelConvert::ConvertReorderEndianity(
-                         (uint8_t*) destination,
-                         ImageDataSize,
-                         numberBitsStored,
-                         numberBitsAllocated,
-                         HeaderInternal->GetSwapCode(),
-                         signedPixel );
-
-   PixelConvert::ConvertReArrangeBits(
-                         (uint8_t*) destination,
-                         ImageDataSize,
-                         numberBitsStored,
-                         numberBitsAllocated,
-                         highBitPosition );
-
-#ifdef GDCM_DEBUG
-   FILE*  DebugFile;
-   DebugFile = fopen( "SpuriousFile.RAW", "wb" );
-   fwrite( PixelConvertor.GetUncompressed(),
-           PixelConvertor.GetUncompressedsSize(),
-           1, DebugFile );
-   fclose( DebugFile );
-#endif //GDCM_DEBUG
-
-// SPLIT ME
-//////////////////////////////////
-// Deal with the color
-   
-   // Monochrome pictures don't require color intervention
-   if ( HeaderInternal->IsMonochrome() )
+// PIXELCONVERT CLEANME
+   // Restore the header in a disk-consistent state
+   // (if user asks twice to get the pixels from disk)
+   if ( PixelRead != -1 ) // File was "read" before
    {
-      return ImageDataSize; 
+      RestoreInitialValues();
    }
-      
-   // Planar configuration = 0 : Pixels are already RGB
-   // Planar configuration = 1 : 3 planes : R, G, B
-   // Planar configuration = 2 : 1 gray Plane + 3 LUT
-
-   // Well ... supposed to be !
-   // See US-PAL-8-10x-echo.dcm: PlanarConfiguration=0,
-   //                            PhotometricInterpretation=PALETTE COLOR
-   // and heuristic has to be found :-( 
-
-   int planConf = HeaderInternal->GetPlanarConfiguration();
-
-   // Planar configuration = 2 ==> 1 gray Plane + 3 LUT
-   //   ...and...
-   // whatever the Planar Configuration might be, "PALETTE COLOR "
-   // implies that we deal with the palette. 
-   if ( ( planConf == 2 ) || HeaderInternal->IsPaletteColor() )
+   if ( PixelConverter->IsDecompressedRGB() )
    {
-      return ImageDataSize;
+      ///////////////////////////////////////////////////
+      // now, it's an RGB image
+      // Lets's write it in the Header
+      // Droping Palette Color out of the Header
+      // has been moved to the Write process.
+      // TODO : move 'values' modification to the write process
+      //      : save also (in order to be able to restore)
+      //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
+      //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
+      std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
+      std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
+      std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
+      HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
    }
 
-   // When planConf is 0, pixels are allready in RGB
-
-   if ( planConf == 1 )
-   {
-      uint8_t* newDest = new uint8_t[ImageDataSize];
-      // Warning : YBR_FULL_422 acts as RGB
-      if ( HeaderInternal->IsYBRFull() )
-      {
-         ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels((uint8_t*)destination, newDest);
-      }
-      else
-      {
-         ConvertRGBPlanesToRGBPixels((uint8_t*)destination, newDest);
-      }
-      memmove(destination, newDest, ImageDataSize);
-      delete[] newDest;
-   }
-
-///////////////////////////////////////////////////
-   // now, it's an RGB image
-   // Lets's write it in the Header
+   // We say the value *is* loaded.
+   GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
+   GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
  
-   // Droping Palette Color out of the Header
-   // has been moved to the Write process.
-
-   // TODO : move 'values' modification to the write process
-   //      : save also (in order to be able to restore)
-   //      : 'high bit' -when not equal to 'bits stored' + 1
-   //      : 'bits allocated', when it's equal to 12 ?!
-
-   std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
-   std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
-   std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
-     
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
-   HeaderInternal->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
+   // will be 7fe0, 0010 in standard cases
+   GetHeader()->SetEntryBinAreaByNumber( decompressed,
+   GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
  
-   return ImageDataSize; 
+   PixelRead = 1; // PixelRaw
+// END PIXELCONVERT CLEANME
+
+   return decompressed;
 }
 
-/**
- * \brief   Convert (Y plane, cB plane, cR plane) to RGB pixels
- * \warning Works on all the frames at a time
- */
-void File::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels(uint8_t* source,
-                                             uint8_t* destination)
+uint8_t* File::GetDecompressed()
 {
-   // to see the tricks about YBR_FULL, YBR_FULL_422, 
-   // YBR_PARTIAL_422, YBR_ICT, YBR_RCT have a look at :
-   // ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
-   // and be *very* affraid
-   //
-   int l        = HeaderInternal->GetXSize() * HeaderInternal->GetYSize();
-   int nbFrames = HeaderInternal->GetZSize();
-
-   uint8_t* a = source;
-   uint8_t* b = source + l;
-   uint8_t* c = source + l + l;
-   double R, G, B;
-
-   /// \todo : Replace by the 'well known' integer computation
-   ///         counterpart. Refer to
-   ///            http://lestourtereaux.free.fr/papers/data/yuvrgb.pdf
-   ///         for code optimisation.
-   for (int i = 0; i < nbFrames; i++)
+   uint8_t* decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
+   if ( ! decompressed )
    {
-      for (int j = 0; j < l; j++)
+      // The decompressed image migth not be loaded yet:
+      std::ifstream* fp = HeaderInternal->OpenFile();
+      PixelConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
+      HeaderInternal->CloseFile();
+      decompressed = PixelConverter->GetDecompressed();
+      if ( ! decompressed )
       {
-         R = 1.164 *(*a-16) + 1.596 *(*c -128) + 0.5;
-         G = 1.164 *(*a-16) - 0.813 *(*c -128) - 0.392 *(*b -128) + 0.5;
-         B = 1.164 *(*a-16) + 2.017 *(*b -128) + 0.5;
-
-         if (R < 0.0)   R = 0.0;
-         if (G < 0.0)   G = 0.0;
-         if (B < 0.0)   B = 0.0;
-         if (R > 255.0) R = 255.0;
-         if (G > 255.0) G = 255.0;
-         if (B > 255.0) B = 255.0;
-
-         *(destination++) = (uint8_t)R;
-         *(destination++) = (uint8_t)G;
-         *(destination++) = (uint8_t)B;
-         a++;
-         b++;
-         c++;  
+        dbg.Verbose(0, "File::GetDecompressed: read/decompress of "
+                       "pixel data apparently went wrong.");
+         return 0;
       }
    }
-}
-
-/**
- * \brief   Convert (Red plane, Green plane, Blue plane) to RGB pixels
- * \warning Works on all the frames at a time
- */
-void File::ConvertRGBPlanesToRGBPixels(uint8_t* source,
-                                           uint8_t* destination)
-{
-   int l = HeaderInternal->GetXSize() * HeaderInternal->GetYSize() * HeaderInternal->GetZSize();
-
-   uint8_t* a = source;
-   uint8_t* b = source + l;
-   uint8_t* c = source + l + l;
 
-   for (int j = 0; j < l; j++)
-   {
-      *(destination++) = *(a++);
-      *(destination++) = *(b++);
-      *(destination++) = *(c++);
-   }
+   return decompressed;
 }
 
 /**
@@ -722,14 +561,14 @@ bool File::SetImageData(uint8_t* inData, size_t expectedSize)
 
 bool File::WriteRawData(std::string const & fileName)
 {
-   FILE* fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
-   if (fp1 == NULL)
+  std::ofstream fp1(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary );
+   if (!fp1)
    {
-      printf("Fail to open (write) file [%s] \n", fileName.c_str());
+      dbg.Verbose(2, "Fail to open (write) file:", fileName.c_str());
       return false;
    }
-   fwrite (Pixel_Data, ImageDataSize, 1, fp1);
-   fclose (fp1);
+   fp1.write((char*)Pixel_Data, ImageDataSize);
+   fp1.close();
 
    return true;
 }
@@ -797,22 +636,21 @@ bool File::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
       return false;
    }
 
-   FILE* fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
+   std::ofstream* fp1 = new std::ofstream(fileName.c_str(), 
+                              std::ios::out | std::ios::binary);
    if (fp1 == NULL)
    {
-      printf("Failed to open (write) File [%s] \n", fileName.c_str());
+      dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
       return false;
    }
 
    if ( type == ImplicitVR || type == ExplicitVR )
    {
       // writing Dicom File Preamble
-      uint8_t* filePreamble = new uint8_t[128];
+      char filePreamble[128];
       memset(filePreamble, 0, 128);
-      fwrite(filePreamble, 128, 1, fp1);
-      fwrite("DICM", 4, 1, fp1);
-
-      delete[] filePreamble;
+      fp1->write(filePreamble, 128);
+      fp1->write("DICM", 4);
    }
 
    // --------------------------------------------------------------
@@ -867,101 +705,18 @@ bool File::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
       HeaderInternal->SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0011);
    }
    // ----------------- End of Special Patch ----------------
-   
-   // fwrite(Pixel_Data, ImageDataSize, 1, fp1);  // should be useless, now
-   fclose (fp1);
+   fp1->close ();
+   delete fp1;
 
    return true;
 }
 
-//-----------------------------------------------------------------------------
-// Private
 /**
- * \brief   Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
- *          caller specified memory location.
- * @param   destination where the pixel data should be stored.
- *
+ * \brief Access to the underlying \ref PixelConverter RGBA LUT
  */
-bool File::ReadPixelData(void* destination) 
+uint8_t* File::GetLutRGBA()
 {
-   FILE* fp = HeaderInternal->OpenFile();
-
-   if ( !fp )
-   {
-      return false;
-   }
-   if ( fseek(fp, HeaderInternal->GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 )
-   {
-      HeaderInternal->CloseFile();
-      return false;
-   }
-
-   if ( HeaderInternal->GetBitsAllocated() == 12 )
-   {
-      PixelConvert::ConvertDecompress12BitsTo16Bits(
-                                       (uint8_t*)destination, 
-                                       HeaderInternal->GetXSize(),
-                                       HeaderInternal->GetYSize(),
-                                       fp);
-      HeaderInternal->CloseFile();
-      return true;
-   }
-
-   // ----------------------  Uncompressed File
-   if ( !HeaderInternal->IsDicomV3()                             ||
-        HeaderInternal->IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
-        HeaderInternal->IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() ||
-        HeaderInternal->IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax()    ||
-        HeaderInternal->IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax() )
-   {
-      size_t ItemRead = fread(destination, HeaderInternal->GetPixelAreaLength(), 1, fp);
-      HeaderInternal->CloseFile();
-      if ( ItemRead != 1 )
-      {
-         return false;
-      }
-      else
-      {
-         return true;
-      }
-   }
-
-   // ---------------------- Run Length Encoding
-   if ( HeaderInternal->IsRLELossLessTransferSyntax() )
-   {
-      bool res = PixelConvert::ReadAndDecompressRLEFile(
-                                      destination,
-                                      HeaderInternal->GetXSize(),
-                                      HeaderInternal->GetYSize(),
-                                      HeaderInternal->GetZSize(),
-                                      HeaderInternal->GetBitsAllocated(),
-                                      &(HeaderInternal->RLEInfo),
-                                      fp );
-      HeaderInternal->CloseFile();
-      return res; 
-   }  
-    
-   // --------------- SingleFrame/Multiframe JPEG Lossless/Lossy/2000 
-   int numberBitsAllocated = HeaderInternal->GetBitsAllocated();
-   if ( ( numberBitsAllocated == 0 ) || ( numberBitsAllocated == 12 ) )
-   {
-      numberBitsAllocated = 16;
-   }
-
-   bool res = PixelConvert::ReadAndDecompressJPEGFile(
-                                   (uint8_t*)destination,
-                                   HeaderInternal->GetXSize(),
-                                   HeaderInternal->GetYSize(),
-                                   HeaderInternal->GetBitsAllocated(),
-                                   HeaderInternal->GetBitsStored(),
-                                   HeaderInternal->GetSamplesPerPixel(),
-                                   HeaderInternal->GetPixelSize(),
-                                   HeaderInternal->IsJPEG2000(),
-                                   HeaderInternal->IsJPEGLossless(),
-                                   &(HeaderInternal->JPEGInfo),
-                                   fp );
-   HeaderInternal->CloseFile();
-   return res;
+   return PixelConverter->GetLutRGBA();
 }
 
 } // end namespace gdcm