// gdcmFile.cxx
-#include "gdcm.h"
+#include "gdcmFile.h"
static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
- * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
- * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
- * \This avoid a double parsing of public part of the header when
- * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- * \seen as a side effect).
+ * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note the in-memory representation of all available tags found in
+ * the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ * This avoid a double parsing of public part of the header when
+ * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ * seen as a side effect).
*
- * @param
+ * @param filename file to be opened for parsing
*
* @return
*/
-gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
- :gdcmHeader(filename.c_str())
+gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
+ :gdcmHeader(filename.c_str())
{
}
/////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FIXME JPR: comments in English please !
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
// Nombre de Frames
str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
- if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
+ if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
nbFrames = 1;
} else {
nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
// Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
- if (str_nb == "UNFOUND" ) {
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
nb = 16;
} else {
nb = atoi(str_nb.c_str() );
* @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
*/
+/*
void * gdcmFile::GetImageData (void) {
- char* Pixels;
- int nbLignes, nbCol;
+ char* _Pixels;
- int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
+ int nb, nbu, highBit, signe;
string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
unsigned short int mask = 0xffff;
-
- // Nombre de Lignes
- nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
- // Nombre de Colonnes
- nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
- // Nombre de Frames
- str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
+ nb = 16;
+ } else {
+ nb = atoi(str_nb.c_str() );
+ }
+
+ // Nombre de Bits Utilises
+ str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
+
+ if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
+ nbu = nb;
+ } else {
+ nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
+ }
- if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
- nbFrames = 1;
+ // Position du Bit de Poids Fort
+ str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
+
+ if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
+ highBit = nb - 1;
} else {
- nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
+ highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
+ }
+
+ // Signe des Pixels 0 : Unsigned
+ str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
+
+ if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
+ signe = 1;
+ } else {
+ signe = atoi(str_signe.c_str() );
}
- // Nombre de Bits Alloues
- str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();
+
+ //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
+ _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
+
+ GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
+
+ // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
+ if (nb != 8) {
+ int _sw = GetSwapCode();
- if (str_nb == "UNFOUND" ) {
+ _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
+ }
+
+ // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
+ //
+ // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
+ // avec moins de 32 bits utilises
+ // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
+ // --> ne marchera pas dans ce cas
+ if (nbu!=nb){
+ mask = mask >> (nb-nbu);
+ int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
+ unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
+ for(int i=0;i<l;i++) {
+ *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
+ deb ++;
+ }
+ }
+ // On l'affecte à un champ du dcmFile
+
+ Pixels = _Pixels;
+ lgrTotale = _lgrTotale;
+
+ // et on le retourne
+ // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
+
+ return (_Pixels);
+}
+
+*/
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
+ * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ *
+ * @param rien
+ *
+ * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
+ */
+
+void * gdcmFile::GetImageData (void) {
+ char * _Pixels;
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
+ _Pixels = (char *) malloc(taille);
+ GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
+
+ // On l'affecte à un champ du dcmFile
+ Pixels = _Pixels;
+ lgrTotale = taille;
+
+ // et on le retourne
+ // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
+
+ return(_Pixels);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
+ * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
+ * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
+
+// Question :
+// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose?
+// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
+// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
+
+
+ void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
+
+ int nb, nbu, highBit, signe;
+ string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
+
+ unsigned short int mask = 0xffff;
+
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
+
+ // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
+ // -> on résoud à la goret
+
+ if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
+
+ GetPixels(MaxSize, destination);
+
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
nb = 16;
} else {
nb = atoi(str_nb.c_str() );
// Nombre de Bits Utilises
str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
- if (str_nbu == "UNFOUND" ) {
+ if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
nbu = nb;
} else {
nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
// Position du Bit de Poids Fort
str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
- if (str_highBit == "UNFOUND" ) {
+ if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
highBit = nb - 1;
} else {
highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
// Signe des Pixels
str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
- if (str_signe == "UNFOUND" ) {
+ if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
signe = 1;
} else {
signe = atoi(str_signe.c_str() );
}
-
- // Longueur en Octets des Pixels a lire
- size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
-
- //Pixels = (char *) g_malloc(lgrTotale);
- Pixels = (char *) malloc(lgrTotale);
-
- GetPixels(lgrTotale, Pixels);
// On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
if (nb != 8) {
int _sw = GetSwapCode();
- _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); // A REMETTRE
+ _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
}
// On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
// --> ne marchera pas dans ce cas
if (nbu!=nb){
mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
+ int l=(int)MaxSize/(nb/8);
unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
for(int i=0;i<l;i++) {
*deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
deb ++;
}
}
-
- printf ("on est sorti\n");
-
+
// VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
- return (Pixels);
+ return 1;
}
return;
}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
+ * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
+ * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
+ * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ char* filePreamble;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // Ecriture Dicom File Preamble
+ filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+ fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+ fwrite("DICM",4,1,fp1);
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElVals().Write(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
+ * \ (a l'attention des logiciels cliniques
+ * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \ si un header DICOM est fourni en entree,
+ * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
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