]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmFile.cxx
FIX: icc could not build otherwise
[gdcm.git] / src / gdcmFile.cxx
index c7a8b5d17bf833122a67576f48cd283cf3a21c56..b3eb62e680299e2f8d0ba6a44de98e652057a7ed 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmFile.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/06/26 04:09:33 $
-  Version:   $Revision: 1.111 $
+  Date:      $Date: 2004/09/10 18:54:38 $
+  Version:   $Revision: 1.124 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 
 typedef std::pair<TagDocEntryHT::iterator,TagDocEntryHT::iterator> IterHT;
 
-//-----------------------------------------------------------------------------
+//-------------------------------------------------------------------------
 // Constructor / Destructor
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
- * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
+ *        file (gdcmHeader only deals with the ... header)
  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ *        It will be up to the user to load the pixels into memory
+ *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
- *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ *        user sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  *        seen as a side effect).   
- * @param header file to be opened for reading datas
- * @return
+ * @param header already built gdcmHeader
  */
 gdcmFile::gdcmFile(gdcmHeader *header)
 {
    Header     = header;
    SelfHeader = false;
-   PixelRead  = -1; // no ImageData read yet.
-
-   if (Header->IsReadable())
-   {
-      SetPixelDataSizeFromHeader();
-   }
+   SetInitialValues();
 }
 
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
- * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- *        file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
+ *        file (gdcmHeader only deals with the ... header)
  *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
  *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ *        It will be up to the user to load the pixels into memory
+ *        (see GetImageData, GetImageDataRaw)
  * \note  the in-memory representation of all available tags found in
  *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
  *        This avoid a double parsing of public part of the header when
  *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
  *        seen as a side effect).   
  * @param filename file to be opened for parsing
- * @param   exception_on_error whether we throw an exception or not
- * @param   enable_sequences = true to allow the header 
- *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
- *          when they have an actual length 
- * \warning enable_sequences *has to be* true for reading PAPYRUS 3.0 files
- * @param   ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
- *          to save memory space.
- * \warning The TRUE value for this param has to be used 
- *          with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
- *          ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
  */
-gdcmFile::gdcmFile(std::string const & filename, 
-                   bool exception_on_error,
-                   bool enable_sequences, 
-                   bool ignore_shadow)
+gdcmFile::gdcmFile(std::string const & filename )
 {
-   Header = new gdcmHeader( filename,
-                            exception_on_error,
-                            enable_sequences,
-                            ignore_shadow );
+   Header = new gdcmHeader( filename );
    SelfHeader = true;
+   SetInitialValues();
+}
+
+/**
+ * \ingroup   gdcmFile
+ * \brief Sets some initial for the Constructor
+ */
+void gdcmFile::SetInitialValues()
+{   
    PixelRead  = -1; // no ImageData read yet.
+   LastAllocatedPixelDataLength = 0;
+   Pixel_Data = 0;
 
+   InitialSpp = "";     
+   InitialPhotInt = "";
+   InitialPlanConfig = "";
+   InitialBitsAllocated = "";
+  
+   InitialRedLUTDescr   = 0;
+   InitialGreenLUTDescr = 0;
+   InitialBlueLUTDescr  = 0;
+   InitialRedLUTData    = 0;
+   InitialGreenLUTData  = 0;
+   InitialBlueLUTData   = 0; 
+                
    if ( Header->IsReadable() )
    {
       SetPixelDataSizeFromHeader();
+      
+      // the following values *may* be modified 
+      // by gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw
+      // we save their initial value.
+      InitialSpp           = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
+      InitialPhotInt       = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
+      InitialPlanConfig    = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
+      InitialBitsAllocated = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
+               
+      // the following entries *may* be removed
+      // by gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw  
+      // we save them.
+
+     // we SHALL save them !
+     // (some troubles, now)
+     /*
+      InitialRedLUTDescr   = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1101);
+      InitialGreenLUTDescr = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1102);
+      InitialBlueLUTDescr  = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1103);
+      InitialRedLUTData    = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1201);
+      InitialGreenLUTData  = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1202);
+      InitialBlueLUTData   = Header->GetDocEntryByNumber(0x0028,0x1203); 
+      
+      if (InitialRedLUTData == NULL)
+         std::cout << "echec InitialRedLUTData " << std::endl;
+      else  
+      { 
+         printf("%p\n",InitialRedLUTData);
+         InitialRedLUTData->Print(); std::cout <<std::endl;
+      }
+     */        
    }
 }
 
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
  * \brief canonical destructor
- * \note  If the gdcmHeader is created by the gdcmFile, it is destroyed
- *        by the gdcmFile
+ * \note  If the gdcmHeader was created by the gdcmFile constructor,
+ *        it is destroyed by the gdcmFile
  */
 gdcmFile::~gdcmFile()
-{
+{ 
    if( SelfHeader )
    {
       delete Header;
    }
    Header = 0;
+
+   if ( InitialRedLUTDescr )           
+      delete InitialRedLUTDescr;
+     
+   if ( InitialGreenLUTDescr )
+      delete InitialGreenLUTDescr;
+      
+   if ( InitialBlueLUTDescr )      
+      delete InitialBlueLUTDescr; 
+          
+/* LATER ...
+       
+   if ( InitialRedLUTData )      
+      delete InitialRedLUTData;
+   
+   if ( InitialGreenLUTData != NULL)
+      delete InitialGreenLUTData;
+      
+   if ( InitialBlueLUTData != NULL)      
+      delete InitialBlueLUTData;      
+*/  
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
@@ -114,11 +171,11 @@ gdcmFile::~gdcmFile()
 
 /**
  * \ingroup   gdcmFile
- * \brief     computes the length (in bytes) to ALLOCATE to receive the
+ * \brief     computes the length (in bytes) we must ALLOCATE to receive the
  *            image(s) pixels (multiframes taken into account) 
  * \warning : it is NOT the group 7FE0 length
  *          (no interest for compressed images).
- * @return length to allocate
+ * \warning : not end user intended ?
  */
 void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader()
 {
@@ -164,12 +221,13 @@ void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader()
          nb =16;
       }
    }
-   ImageDataSize =  ImageDataSizeRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() 
+   ImageDataSize =
+   ImageDataSizeRaw = Header->GetXSize() * Header->GetYSize() 
                 * Header->GetZSize() * (nb/8) * Header->GetSamplesPerPixel();
    std::string str_PhotometricInterpretation = 
                              Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
     
-   /*if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " )*/
+   // if ( str_PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ),
    // pb when undealt Segmented Palette Color
    
    if ( Header->HasLUT() )
@@ -178,63 +236,59 @@ void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader()
    }
 }
 
-/**
- * \ingroup   gdcmFile
- * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
- *            the pixel data represented in this file.
- * @return    The size of pixel data in bytes.
- */
-size_t gdcmFile::GetImageDataSize()
-{
-   return ImageDataSize;
-}
-
-/**
- * \ingroup   gdcmFile
- * \brief     Returns the size (in bytes) of required memory to hold
- *            the pixel data represented in this file, when user DOESN'T want 
- *            to get RGB pixels image when it's stored as a PALETTE COLOR image
- *            -the (vtk) user is supposed to know how deal with LUTs- 
- * \warning   to be used with GetImagePixelsRaw()
- * @return    The size of pixel data in bytes.
- */
-size_t gdcmFile::GetImageDataSizeRaw()
-{
-   return ImageDataSizeRaw;
-}
-
 /**
  * \ingroup gdcmFile
- * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
- *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
- *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
- *          Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
- *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
+ * \brief   - Allocates necessary memory, 
+ *          - Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
+ *          - Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
+ *          - Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
+ *          - Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
+ *          - Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
  *          NULL if alloc fails 
  */
 void *gdcmFile::GetImageData()
 {
-   // FIXME
-   // I need to deallocate PixelData before doing any allocation:
-   PixelData = new uint8_t[ImageDataSize];
-   if ( PixelData )
+   // FIXME (Mathieu)
+   // I need to deallocate Pixel_Data before doing any allocation:
+   
+   if ( Pixel_Data )
+     if ( LastAllocatedPixelDataLength != ImageDataSize ) 
+        free(Pixel_Data);
+   if ( !Pixel_Data )
+      Pixel_Data = new uint8_t[ImageDataSize];
+    
+   if ( Pixel_Data )
    {
-      GetImageDataIntoVector(PixelData, ImageDataSize);
-      GetHeader()->SetEntryVoidAreaByNumber( PixelData, 
+      LastAllocatedPixelDataLength = ImageDataSize;
+
+      // we load the pixels (and transform grey level + LUT into RGB)
+      GetImageDataIntoVector(Pixel_Data, ImageDataSize);
+
+      // We say the value *is* loaded.
+      GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
+         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
+
+      // Will be 7fe0, 0010 in standard case
+      GetHeader()->SetEntryVoidAreaByNumber( Pixel_Data, 
          GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel()); 
    }      
    PixelRead = 0; // no PixelRaw
 
-   return PixelData;
+   return Pixel_Data;
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmFile
- * \brief   Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller's
+ * \brief
+ *          Read the pixels from disk (uncompress if necessary),
+ *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
+ *          Transforms 3 planes R, G, B, if any, into a single RGB Plane
+ *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane   
+ *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
  *          memory space.
- * \warning This function was designed to avoid people that want to build
- *          a volume from an image stack to need first to get the image pixels 
+ * \warning This function allows people that want to build a volume
+ *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels, 
  *          and then move them to the volume area.
  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses 
  *          to invert the lines of an image, that is the last line comes first
@@ -244,7 +298,7 @@ void *gdcmFile::GetImageData()
  *     
  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
  *          pixel data should be copied
- * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
+ * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
  *          executed (i.e. no partial copy).
  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
@@ -252,9 +306,8 @@ void *gdcmFile::GetImageData()
  */
 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 {
-   //size_t l = GetImageDataIntoVectorRaw (destination, maxSize);
    GetImageDataIntoVectorRaw (destination, maxSize);
-   PixelRead = 0 ; // no PixelRaw
+   PixelRead = 0 ; // =0 : no ImageDataRaw 
    if ( !Header->HasLUT() )
    {
       return ImageDataSize;
@@ -263,12 +316,11 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
    // from Lut R + Lut G + Lut B
    uint8_t *newDest = new uint8_t[ImageDataSize];
    uint8_t *a       = (uint8_t *)destination;
-   uint8_t *lutRGBA =  Header->GetLUTRGBA();
+   uint8_t *lutRGBA = Header->GetLUTRGBA();
 
    if ( lutRGBA )
    {
       int j;
-      //int l = ImageDataSizeRaw;  //loss of precision
       // move Gray pixels to temp area  
       memmove(newDest, destination, ImageDataSizeRaw);
       for (size_t i=0; i<ImageDataSizeRaw; ++i) 
@@ -284,30 +336,26 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
    // now, it's an RGB image
    // Lets's write it in the Header
 
-         // CreateOrReplaceIfExist ?
+   // FIXME : Better use CreateOrReplaceIfExist ?
 
    std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
    Header->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
-   std::string rgb= "RGB ";      // Photometric Interpretation
+   std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
    Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
    std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
    Header->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
 
    }
-   else  //why is there a 'else' when an allocation failed ?
-   {
-      // need to make RGB Pixels (?)
-      //    from grey Pixels (?!)
-      //     and Gray Lut  (!?!) 
-      //    or Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data and so on
-      // Oops! I get one (gdcm-US-ALOKA-16.dcm)
-      // No idea how to manage such an image 
+   else  // GetLUTRGBA() failed
+   { 
+      // (gdcm-US-ALOKA-16.dcm), contains Segmented xxx Palette Color 
+      // that are *more* than 65535 long ?!? 
+      // No idea how to manage such an image !
+      // Need to make RGB Pixels (?) from grey Pixels (?!) and Gray Lut  (!?!)
       // It seems that *no Dicom Viewer* has any idea :-(
-      // Segmented xxx Palette Color are *more* than 65535 long ?!?
-  
-      std::string rgb = "MONOCHROME1 ";      // Photometric Interpretation
-      Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
+        
+      std::string photomInterp = "MONOCHROME1 ";  // Photometric Interpretation
+      Header->SetEntryByNumber(photomInterp,0x0028,0x0004);
    } 
 
    /// \todo Drop Palette Color out of the Header?
@@ -316,10 +364,10 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t maxSize)
 
 /**
  * \ingroup gdcmFile
- * \brief   Allocates necessary memory, copies the pixel data
- *          (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone.
- *          Transforms YBR pixels into RGB pixels if any
- *          Transforms 3 planes R, G, B into a single RGB Plane
+ * \brief   Allocates necessary memory, 
+ *          Transforms YBR pixels (if any) into RGB pixels
+ *          Transforms 3 planes R, G, B  (if any) into a single RGB Plane
+ *          Copies the pixel data (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone. 
  *          DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
  * \        NULL if alloc fails 
@@ -328,24 +376,38 @@ void * gdcmFile::GetImageDataRaw ()
 {
    size_t imgDataSize;
    if ( Header->HasLUT() )
-   {
       /// \todo Let gdcmHeader user a chance to get the right value
-      // ImageDataSize /= 3;  //dangerous
       imgDataSize = ImageDataSizeRaw;
-   }
+   else 
+      imgDataSize = ImageDataSize;
+    
+   // FIXME (Mathieu)
+   // I need to deallocate Pixel_Data before doing any allocation:
+   
+   if ( Pixel_Data )
+      if ( LastAllocatedPixelDataLength != imgDataSize )
+         free(Pixel_Data);
+   if ( !Pixel_Data ) 
+      Pixel_Data = new uint8_t[imgDataSize];
 
-   // FIXME
-   // I need to deallocate PixelData before doing any allocation:
-   PixelData = new uint8_t[imgDataSize];
-   if ( PixelData )
+   if ( Pixel_Data )
    {
-      GetImageDataIntoVectorRaw(PixelData, ImageDataSize);
-      GetHeader()->SetEntryVoidAreaByNumber(PixelData, 
-         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel()); 
+      LastAllocatedPixelDataLength = imgDataSize;
+      
+      // we load the pixels ( grey level or RGB, but NO transformation)
+       GetImageDataIntoVectorRaw(Pixel_Data, imgDataSize);
+
+      // We say the value *is* loaded.
+      GetHeader()->SetEntryByNumber( GDCM_BINLOADED,
+         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
+      // will be 7fe0, 0010 in standard cases
+      GetHeader()->SetEntryVoidAreaByNumber(Pixel_Data, 
+         GetHeader()->GetGrPixel(), GetHeader()->GetNumPixel());
    } 
    PixelRead = 1; // PixelRaw
 
-   return PixelData;
+   return Pixel_Data;
 }
 
 /**
@@ -366,7 +428,7 @@ void * gdcmFile::GetImageDataRaw ()
  *     
  * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
  *          pixel data should be copied
- * @param   MaxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
+ * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
  *          executed (i.e. no partial copy).
  * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
@@ -375,8 +437,30 @@ void * gdcmFile::GetImageDataRaw ()
 size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void *destination, size_t maxSize)
 {
    int nb, nbu, highBit, sign;
+
+  // we save the initial values of the following
+  // in order to be able to restore the header in a disk-consistent state
+  // (if user asks twice to get the pixels from disk)
+
+   if ( PixelRead == -1 ) // File was never "read" before
+   {  
+      InitialSpp           = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
+      InitialPhotInt       = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);
+      InitialPlanConfig    = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
+      InitialBitsAllocated = Header->GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
+   }
+   else // File was already "read", the following *may* have been modified
+        // we restore them to be in a disk-consistent state
+   {
+       // FIXME : What happened with the LUTs ?
+       Header->SetEntryByNumber(InitialSpp,0x0028,0x0002);
+       Header->SetEntryByNumber(InitialPhotInt,0x0028,0x0004);
+       Header->SetEntryByNumber(InitialPlanConfig,0x0028,0x0006);
+       Header->SetEntryByNumber(InitialBitsAllocated,0x0028,0x0100);   
+   }
+   
    PixelRead = 1 ; // PixelRaw
+    
    if ( ImageDataSize > maxSize )
    {
       dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
@@ -473,9 +557,9 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void *destination, size_t maxSize)
       }
       else if ( nb == 32 )
       {
-         guint32 mask = 0xffffffff;
+         uint32_t mask = 0xffffffff;
          mask         = mask >> (nb - nbu);
-         guint32 *deb = (guint32 *)destination;
+         uint32_t *deb = (uint32_t *)destination;
          for(int i = 0; i<l; i++)
          {
             *deb = (*deb >> (nbu - highBit - 1)) & mask;
@@ -615,12 +699,14 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void *destination, size_t maxSize)
 
    // CreateOrReplaceIfExist ?
 
-   std::string spp = "3";        // Samples Per Pixel
-   std::string rgb = "RGB ";     // Photometric Interpretation
-   std::string planConfig = "0"; // Planar Configuration
+   std::string spp = "3";            // Samples Per Pixel
+   std::string photInt = "RGB ";     // Photometric Interpretation
+   std::string planConfig = "0";     // Planar Configuration
+
 
+     
    Header->SetEntryByNumber(spp,0x0028,0x0002);
-   Header->SetEntryByNumber(rgb,0x0028,0x0004);
+   Header->SetEntryByNumber(photInt,0x0028,0x0004);
    Header->SetEntryByNumber(planConfig,0x0028,0x0006);
  
    /// \todo Drop Palette Color out of the Header? 
@@ -632,20 +718,21 @@ size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVectorRaw (void *destination, size_t maxSize)
  * \brief performs a shalow copy (not a deep copy) of the user given
  *        pixel area.
  *        'image' Pixels are presented as C-like 2D arrays : line per line.
- *        'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : lane per plane 
+ *        'volume'Pixels are presented as C-like 3D arrays : plane per plane 
  * \warning user is kindly requested NOT TO 'free' the Pixel area
  * @param inData user supplied pixel area
- * @param ExpectedSize total image size, in Bytes
+ * @param expectedSize total image size, in Bytes
  *
  * @return boolean
  */
 bool gdcmFile::SetImageData(void *inData, size_t expectedSize)
 {
    Header->SetImageDataSize( expectedSize );
-   PixelData     = inData;
-   ImageDataSize = expectedSize;
+// FIXME : if already allocated, memory leak !
+   Pixel_Data     = inData;
+   ImageDataSize = ImageDataSizeRaw = expectedSize;
    PixelRead     = 1;
-
+// FIXME : 7fe0, 0010 IS NOT set ...
    return true;
 }
 
@@ -661,14 +748,13 @@ bool gdcmFile::SetImageData(void *inData, size_t expectedSize)
 
 bool gdcmFile::WriteRawData(std::string const & fileName)
 {
-   FILE *fp1;
-   fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
+   FILE *fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
    if (fp1 == NULL)
    {
       printf("Fail to open (write) file [%s] \n", fileName.c_str());
       return false;
    }
-   fwrite (PixelData,ImageDataSize, 1, fp1);
+   fwrite (Pixel_Data, ImageDataSize, 1, fp1);
    fclose (fp1);
 
    return true;
@@ -736,14 +822,12 @@ bool gdcmFile::WriteAcr (std::string const & fileName)
  */
 bool gdcmFile::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
 {
-   FILE *fp1;
-
    if ( PixelRead == -1 && type != gdcmExplicitVR)
    {
       return false;
    }
 
-   fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
+   FILE *fp1 = fopen(fileName.c_str(), "wb");
    if (fp1 == NULL)
    {
       printf("Failed to open (write) File [%s] \n", fileName.c_str());
@@ -781,45 +865,24 @@ bool gdcmFile::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
       Header->SetEntryByNumber(rows   ,  0x0028, 0x0011);
    }
    // ----------------- End of Special Patch ----------------
-   
-   /// \todo get the grPixel, numPixel values (for some ACR-NEMA images only)
-   
+      
    uint16_t grPixel  = Header->GetGrPixel();
    uint16_t numPixel = Header->GetNumPixel();;
-    
-   // Update Pixel Data Length
-   // the *last* of the (GrPixel, NumPixel), if many.
           
-   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(grPixel, numPixel); 
-   TagDocEntryHT::iterator p2;
-   gdcmDocEntry* PixelElement;
-   
-   IterHT it = Header->GetEntry().equal_range(key); // get a pair of iterators first-last synonym   
-
-   if ( Header->GetEntry().count(key) == 1 ) // only the first is significant
-   {
-      p2 = it.first; // iterator on the first (unique) synonym
-   }
-   else
-   {
-      p2 = it.second;// iterator on the last synonym
-   }
-   
-   PixelElement = p2->second;        // H Table target column (2-nd col)
-  // PixelElement->SetPrintLevel(2);
-  // PixelElement->Print();      
+   gdcmDocEntry* PixelElement = 
+      GetHeader()->GetDocEntryByNumber(grPixel, numPixel);  
  
    if ( PixelRead == 1 )
    {
+      // we read pixel 'as is' (no tranformation LUT -> RGB)
       PixelElement->SetLength( ImageDataSizeRaw );
    }
    else if ( PixelRead == 0 )
    {
+      // we tranformed GrayLevel pixels + LUT into RGB Pixel
       PixelElement->SetLength( ImageDataSize );
    }
-   
-   //PixelElement->SetPrintLevel(2);
-   //PixelElement->Print();    
    Header->Write(fp1, type);
 
    // --------------------------------------------------------------
@@ -835,7 +898,7 @@ bool gdcmFile::WriteBase (std::string const & fileName, FileType type)
    }
    // ----------------- End of Special Patch ----------------
    
-   // fwrite(PixelData, ImageDataSize, 1, fp1);  // should be useless, now
+   // fwrite(Pixel_Data, ImageDataSize, 1, fp1);  // should be useless, now
    fclose (fp1);
 
    return true;
@@ -871,7 +934,7 @@ void gdcmFile::SwapZone(void *im, int swap, int lgr, int nb)
          case 4321:
             for(i=0; i < lgr/2; i++)
             {
-            im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
+               im16[i]= (im16[i] >> 8) | (im16[i] << 8 );
             }
             break;
          default:
@@ -1000,7 +1063,7 @@ bool gdcmFile::ReadPixelData(void *destination)
    // ---------------------- Run Length Encoding
    if ( Header->IsRLELossLessTransferSyntax() )
    {
-      bool res = (bool)gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
+      bool res = gdcm_read_RLE_file (fp,destination);
       Header->CloseFile();
       return res; 
    }  
@@ -1080,7 +1143,7 @@ bool gdcmFile::ReadPixelData(void *destination)
       if ( jpg2000 )
       {
       // JPEG 2000 :    call to ???
-      res = (bool)gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written 
+      res = gdcm_read_JPEG2000_file (fp,destination);  // Not Yet written 
       // ------------------------------------- endif (JPEG2000)
       }
       else if (jpgLossless)
@@ -1098,12 +1161,12 @@ bool gdcmFile::ReadPixelData(void *destination)
          if ( Header->GetBitsStored() == 8)
          {
             // Reading Fragment pixels
-            res = (bool)gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);
+            res = gdcm_read_JPEG_file (fp,destination);
          }
          else
          {
             // Reading Fragment pixels
-            res = (bool)gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);
+            res = gdcm_read_JPEG_file12 (fp,destination);
          }
          // ------------------------------------- endif (JPEGLossy)
       }