// gdcmFile.cxx
-#include "gdcm.h"
-
-static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
+#include "gdcmFile.h"
+#include "gdcmUtil.h"
+#include "iddcmjpeg.h"
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
- * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
- * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
- * \This avoid a double parsing of public part of the header when
- * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- * \seen as a side effect).
+ * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note the in-memory representation of all available tags found in
+ * the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ * This avoid a double parsing of public part of the header when
+ * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ * seen as a side effect).
*
- * @param
+ * @param filename file to be opened for parsing
*
* @return
*/
-gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
- :gdcmHeader(filename.c_str())
+gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
+ :gdcmHeader(filename.c_str())
+{
+ SetPixelDataSizeFromHeader();
+}
+
+gdcmFile::gdcmFile(const char * filename)
+ :gdcmHeader(filename)
{
+ SetPixelDataSizeFromHeader();
}
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
- * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
- * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
- * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
- * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
- *
- * @param void Rien en entree
+ * \brief calcule la longueur (in bytes) A ALLOUER pour recevoir les
+ * pixels de l'image
+ * ou DES images dans le cas d'un multiframe
+ * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
+ * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
*
* @return longueur a allouer
*/
+void gdcmFile::SetPixelDataSizeFromHeader(void) {
+ int nb;
+ string str_nb;
+
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
+ nb = 16;
+ } else {
+ nb = atoi(str_nb.c_str() );
+ if (nb == 12) nb =16;
+ }
+ lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() * (nb/8);
+}
+
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Accessor
+ */
size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
- int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
- string str_nbFrames, str_nb;
- // Nombre de Lignes
- nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
- // Nombre de Colonnes
- nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
- // Nombre de Frames
- str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
-
- if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
- nbFrames = 1;
- } else {
- nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
- }
-
- // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
- str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ return (lgrTotale);
+}
- if (str_nb == "UNFOUND" ) {
- nb = 16;
- } else {
- nb = atoi(str_nb.c_str() );
- }
- size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
- return (lgrTotale);
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Read pixel data from disk (optionaly decompressing) into the
+ * caller specified memory location.
+ * @param destination Where the pixel data should be stored.
+ *
+ */
+bool gdcmFile::ReadPixelData(void* destination) {
+ if ( !OpenFile())
+ return false;
+ if ( fseek(fp, GetPixelOffset(), SEEK_SET) == -1 ) {
+ CloseFile();
+ return false;
+ }
+ if (IsJPEGLossless()) {
+ destination = _IdDcmJpegRead(fp);
+ } else {
+ size_t ItemRead = fread(destination, lgrTotale, 1, fp);
+ if ( ItemRead != 1 ) {
+ CloseFile();
+ return false;
+ }
+ }
+ CloseFile();
+ return true;
+}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Allocates necessary memory, copies the pixel data
+ * (image[s]/volume[s]) to newly allocated zone and return a
+ * pointer to it:
+ */
+void * gdcmFile::GetImageData (void) {
+ PixelData = (void *) malloc(lgrTotale);
+ GetImageDataIntoVector(PixelData, lgrTotale);
+ return(PixelData);
}
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
- * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
- * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
+ * les Pixels d'une image
*
- * @param rien
+ * @param destination
+ * @param MaxSize
*
- * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
+ * @return The number of bytes actually copied.
*/
-void * gdcmFile::GetImageData (void) {
-
- char* Pixels;
- int nbLignes, nbCol;
-
- int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe;
- string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
-
- unsigned short int mask = 0xffff;
-
- // Nombre de Lignes
- nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
- // Nombre de Colonnes
- nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
-
- // Nombre de Frames
- str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
+size_t gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
+ int nb, nbu, highBit, signe;
+ string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
+
+ if ( lgrTotale > MaxSize ) {
+ dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: pixel data bigger"
+ "than caller's expected MaxSize");
+ return (size_t)0;
+ }
- if (str_nbFrames == "UNFOUND" ) {
- nbFrames = 1;
- } else {
- nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
- }
-
- // Nombre de Bits Alloues
- str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
-
- if (str_nb == "UNFOUND" ) {
+ (void)ReadPixelData(destination);
+
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb = GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
nb = 16;
} else {
nb = atoi(str_nb.c_str() );
}
- // Nombre de Bits Utilises
+ // Nombre de Bits Utilises
str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
-
- if (str_nbu == "UNFOUND" ) {
+ if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
nbu = nb;
} else {
nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
}
- // Position du Bit de Poids Fort
+ // Position du Bit de Poids Fort
str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
-
- if (str_highBit == "UNFOUND" ) {
+ if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
highBit = nb - 1;
} else {
highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
// Signe des Pixels
str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
-
- if (str_signe == "UNFOUND" ) {
+ if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
signe = 1;
} else {
signe = atoi(str_signe.c_str() );
}
-
- // Longueur en Octets des Pixels a lire
- size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
-
- //Pixels = (char *) g_malloc(lgrTotale);
- Pixels = (char *) malloc(lgrTotale);
-
- GetPixels(lgrTotale, Pixels);
-
- // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
- if (nb != 8) {
- int _sw = GetSwapCode();
- _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); // A REMETTRE
- }
-
- // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
- //
- // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
- // avec moins de 32 bits utilises
- // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
- // --> ne marchera pas dans ce cas
- if (nbu!=nb){
- mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
- unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
- for(int i=0;i<l;i++) {
- *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
- deb ++;
- }
- }
-
- printf ("on est sorti\n");
-
- // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
-
- return (Pixels);
+ // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
+ if (nb != 8)
+ SwapZone(destination, GetSwapCode(), lgrTotale, nb);
+
+ // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
+ if (nbu != nb){
+ int l = (int)lgrTotale / (nb/8);
+ if (nb == 16) {
+ guint16 mask = 0xffff;
+ mask = mask >> (nb-nbu);
+ guint16 *deb = (guint16 *)destination;
+ for(int i = 0; i<l; i++) {
+ *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
+ deb ++;
+ }
+ } else if (nb == 32 ) {
+ guint32 mask = 0xffffffff;
+ mask = mask >> (nb-nbu);
+ guint32 *deb = (guint32 *)destination;
+ for(int i = 0; i<l; i++) {
+ *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
+ deb ++;
+ }
+ } else {
+ dbg.Verbose(0, "gdcmFile::GetImageDataIntoVector: wierd image");
+ return (size_t)0;
+ }
+ }
+ return lgrTotale;
}
// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
//
-static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
+void gdcmFile::SwapZone(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
guint32 s32;
guint16 fort,faible;
int i;
return;
}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO JPR
+ * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR
+ *
+ * @param Data TODO JPR
+ * @param ExpectedSize TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+int gdcmFile::SetImageData(void * inData, size_t ExpectedSize) {
+ SetImageDataSize(ExpectedSize);
+ PixelData = inData;
+ lgrTotale = ExpectedSize;
+ return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO JPR
+ * \
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR
+ *
+ * @param ImageDataSize TODO JPR
+ *
+ */
+
+void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
+
+ string content1;
+ string content2;
+ char car[20];
+
+ // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ...
+
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content2=car;
+ SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
+
+ ImageDataSize+=8;
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content1=car;
+ SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
+ * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
+ * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+
+int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ fwrite (PixelData,lgrTotale, 1, fp1);
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
+ * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcmImplVR (string nomFichier) {
+ return WriteBase(nomFichier, ImplicitVR);
+}
+
+int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* nomFichier) {
+ return WriteDcmImplVR (string (nomFichier));
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) {
+ return WriteBase(nomFichier, ExplicitVR);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit au format ACR-NEMA sur disque l'entete et les pixels
+ * (a l'attention des logiciels cliniques
+ * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \warning si un header DICOM est fourni en entree,
+ * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \warning Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param nomFichier TODO JPR
+ *
+ * @return TODO JPR
+ */
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+ return WriteBase(nomFichier, ACR);
+}
+int gdcmFile::WriteBase (string nomFichier, FileType type) {
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) {
+ char * filePreamble;
+ // Ecriture Dicom File Preamble
+ filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+ fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+ fwrite("DICM",4,1,fp1);
+ }
+
+ gdcmHeader::Write(fp1, type);
+ fwrite(PixelData, lgrTotale, 1, fp1);
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
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