// gdcmFile.cxx
-#include "gdcm.h"
+#include "gdcmFile.h"
static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
- * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
- * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- * \Note: the in-memory representation of all available tags found in
- * \the DICOM header is post-poned to first header information access.
- * \This avoid a double parsing of public part of the header when
- * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- * \seen as a side effect).
+ * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note the in-memory representation of all available tags found in
+ * the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ * This avoid a double parsing of public part of the header when
+ * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ * seen as a side effect).
*
- * @param
+ * @param filename file to be opened for parsing
*
* @return
*/
/////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FIXME JPR: comments in English please !
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
return (lgrTotale);
-
}
+
+
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
- * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
- * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING
*
- * @param rien
+ * @param
*
- * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus
+ * @return
*/
void * gdcmFile::GetImageData (void) {
-
- char* _Pixels;
-
- int nb, nbu, highBit, signe;
- string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
-
- unsigned short int mask = 0xffff;
-
- // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
- str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
-
- if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
- nb = 16;
- } else {
- nb = atoi(str_nb.c_str() );
- }
-
- // Nombre de Bits Utilises
- str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
-
- if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
- nbu = nb;
- } else {
- nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
- }
-
- // Position du Bit de Poids Fort
- str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
-
- if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
- highBit = nb - 1;
- } else {
- highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
- }
-
- // Signe des Pixels 0 : Unsigned
- str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
-
- if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
- signe = 1;
- } else {
- signe = atoi(str_signe.c_str() );
- }
-
+ char * _Pixels;
// Longueur en Octets des Pixels a lire
- size_t _lgrTotale = GetImageDataSize();
+ size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
+ _Pixels = (char *) malloc(taille);
+ GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
- //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale);
- _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale);
+ // On l'affecte à un champ du dcmFile
+ Pixels = _Pixels;
+ lgrTotale = taille;
- GetPixels(lgrTotale, _Pixels);
-
- // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
- if (nb != 8) {
- int _sw = GetSwapCode();
-
- _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb);
- }
-
- // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
- //
- // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
- // avec moins de 32 bits utilises
- // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
- // --> ne marchera pas dans ce cas
- if (nbu!=nb){
- mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)_lgrTotale/(nb/8);
- unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels;
- for(int i=0;i<l;i++) {
- *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
- deb ++;
- }
- }
- // On l'affecte à un champ du dcmFile
-
- Pixels = _Pixels;
- lgrTotale = _lgrTotale;
-
- // et on le retourne
// ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
- return (_Pixels);
+ return(_Pixels);
}
+
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
* @return
*/
-int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) {
+int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
// Question :
-// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose?
+// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose?
// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
// Longueur en Octets des Pixels a lire
size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
- // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR
+ // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
+ // -> on résoud à la goret
- lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData
- //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData
+ if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
- GetPixels(lgrTotale, Pixels);
-
-
+ GetPixels(MaxSize, destination);
+
// Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
signe = atoi(str_signe.c_str() );
}
-
// On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
if (nb != 8) {
int _sw = GetSwapCode();
- _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb);
+ _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
}
// On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
// --> ne marchera pas dans ce cas
if (nbu!=nb){
mask = mask >> (nb-nbu);
- int l=(int)lgrTotale/(nb/8);
+ int l=(int)MaxSize/(nb/8);
unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
for(int i=0;i<l;i++) {
*deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
// VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
- //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData
return 1;
}
+
//
// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
//
return;
}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) {
+
+ SetImageDataSize(ExpectedSize);
+
+ Pixels = Data;
+ lgrTotale = ExpectedSize;
+
+ return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
+
+ string content1;
+ string content2;
+ char car[20];
+
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content2=car;
+ SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
+
+ ImageDataSize+=8;
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content1=car;
+ SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+}
+
+
/////////////////////////////////////////////////////////////////
/**
* \ingroup gdcmFile
* \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
* \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
* \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
- * \ Equivalent a IdImaWriteRawFile)
+ * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
*
* @param
*
* \ingroup gdcmFile
* \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
* \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
- * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement.
+ * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
* \ (Equivalent a IdDcmWrite)
*
* @param
int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
-
// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
FILE * fp1;
fwrite("DICM",4,1,fp1);
// un accesseur de + est obligatoire ???
- // pourtant le ElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
// ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
GetPubElVals().Write(fp1);
return(1);
}
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
+ * \ (a l'attention des logiciels cliniques
+ * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \ si un header DICOM est fourni en entree,
+ * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff