// gdcmFile.cxx
-#include "gdcm.h"
+#include "gdcmFile.h"
-gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
- :gdcmHeader(filename.c_str())
+static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb);
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant
+ * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write)
+ * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ * for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ * \Note the in-memory representation of all available tags found in
+ * the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ * This avoid a double parsing of public part of the header when
+ * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ * seen as a side effect).
+ *
+ * @param filename file to be opened for parsing
+ *
+ * @return
+ */
+
+gdcmFile::gdcmFile(string & filename)
+ :gdcmHeader(filename.c_str())
{
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+// FIXME JPR: comments in English please !
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image
+ * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe
+ * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels
+ * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens).
+ *
+ * @param void Rien en entree
+ *
+ * @return longueur a allouer
+ */
+
+size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) {
+ int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb;
+ string str_nbFrames, str_nb;
+ // Nombre de Lignes
+ nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str());
+ // Nombre de Colonnes
+ nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str());
+
+ // Nombre de Frames
+ str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008);
+
+ if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) {
+ nbFrames = 1;
+ } else {
+ nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() );
+ }
+
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
+ nb = 16;
+ } else {
+ nb = atoi(str_nb.c_str() );
+ }
+
+ size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8);
+ return (lgrTotale);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+void * gdcmFile::GetImageData (void) {
+ char * _Pixels;
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker?
+ _Pixels = (char *) malloc(taille);
+ GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille);
+
+ // On l'affecte à un champ du dcmFile
+ Pixels = _Pixels;
+ lgrTotale = taille;
+
+ // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça
+
+ return(_Pixels);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur
+ * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE
+ * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) {
+
+// Question :
+// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose?
+// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize?
+// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize?
+
+
+ void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData
+
+ int nb, nbu, highBit, signe;
+ string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe;
+
+ unsigned short int mask = 0xffff;
+
+ // Longueur en Octets des Pixels a lire
+ size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker?
+
+ // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb
+ // -> on résoud à la goret
+
+ if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale;
+
+ GetPixels(MaxSize, destination);
+
+ // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel
+ str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100);
+
+ if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) {
+ nb = 16;
+ } else {
+ nb = atoi(str_nb.c_str() );
+ }
+
+ // Nombre de Bits Utilises
+ str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101);
+
+ if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) {
+ nbu = nb;
+ } else {
+ nbu = atoi(str_nbu.c_str() );
+ }
+
+ // Position du Bit de Poids Fort
+ str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102);
+
+ if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) {
+ highBit = nb - 1;
+ } else {
+ highBit = atoi(str_highBit.c_str() );
+ }
+
+ // Signe des Pixels
+ str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103);
+
+ if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) {
+ signe = 1;
+ } else {
+ signe = atoi(str_signe.c_str() );
+ }
+
+ // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est
+ if (nb != 8) {
+ int _sw = GetSwapCode();
+
+ _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb);
+ }
+
+ // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est
+ //
+ // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits
+ // avec moins de 32 bits utilises
+ // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ...
+ // --> ne marchera pas dans ce cas
+ if (nbu!=nb){
+ mask = mask >> (nb-nbu);
+ int l=(int)MaxSize/(nb/8);
+ unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels;
+ for(int i=0;i<l;i++) {
+ *deb = (*deb >> (nbu-highBit-1)) & mask;
+ deb ++;
+ }
+ }
+
+ // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader
+
+ return 1;
+}
+
+
+//
+// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs
+//
+
+static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) {
+guint32 s32;
+guint16 fort,faible;
+int i;
+
+if(nb == 16)
+
+ switch(swap) {
+ case 0:
+ case 12:
+ case 1234:
+ break;
+
+ case 21:
+ case 3412:
+ case 2143:
+ case 4321:
+
+ for(i=0;i<lgr;i++)
+ ((unsigned short int*)im)[i]= ((((unsigned short int*)im)[i])>>8)
+ | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8);
+ break;
+
+ default:
+ printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap);
+ }
+
+if( nb == 32 )
+
+ switch (swap) {
+ case 0:
+ case 1234:
+ break;
+
+ case 4321:
+ for(i=0;i<lgr;i++) {
+ faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 4321 */
+ fort =((unsigned long int*)im)[i]>>16;
+ fort= (fort>>8) | (fort<<8);
+ faible=(faible>>8) | (faible<<8);
+ s32=faible;
+ ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
+ }
+ break;
+
+ case 2143:
+ for(i=0;i<lgr;i++) {
+ faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 2143 */
+ fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
+ fort= (fort>>8) | (fort<<8);
+ faible=(faible>>8) | (faible<<8);
+ s32=fort;
+ ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible;
+ }
+ break;
+
+ case 3412:
+ for(i=0;i<lgr;i++) {
+ faible= ((unsigned long int*)im)[i]&0x0000ffff; /* 3412 */
+ fort=((unsigned long int*)im)[i]>>16;
+ s32=faible;
+ ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort;
+ }
+ break;
+
+ default:
+ printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap);
+ }
+return;
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) {
+ SetImageDataSize(ExpectedSize);
+
+ Pixels = Data;
+ lgrTotale = ExpectedSize;
+
+ return(1);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief TODO
+ * \
+ * \warning WARNING doit-etre etre publique ?
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
+
+ string content1;
+ string content2;
+ char car[20];
+
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content2=car;
+ SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010);
+
+ ImageDataSize+=8;
+ sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
+ content1=car;
+ SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+}
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image
+ * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement
+ * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) {
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1);
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom
+ * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ char* filePreamble;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // Ecriture Dicom File Preamble
+ filePreamble=(char*)calloc(128,1);
+ fwrite(filePreamble,128,1,fp1);
+ fwrite("DICM",4,1,fp1);
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElVals().Write(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
+}
+
+/////////////////////////////////////////////////////////////////
+/**
+ * \ingroup gdcmFile
+ * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA
+ * \ (a l'attention des logiciels cliniques
+ * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ...
+ * \ si un header DICOM est fourni en entree,
+ * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores)
+ * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur.
+ * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel
+ * \ (Equivalent a IdDcmWrite)
+ *
+ * @param
+ *
+ * @return
+ */
+
+int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) {
+
+// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution)
+
+ FILE * fp1;
+ fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb");
+ if (fp1 == NULL) {
+ printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str());
+ return (0);
+ }
+
+ // un accesseur de + est obligatoire ???
+ // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader
+ // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?)
+
+ GetPubElVals().WriteAcr(fp1);
+
+ fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1);
+
+ fclose (fp1);
+ return(1);
}
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff