]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmFileHelper.cxx
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[gdcm.git] / src / gdcmFileHelper.cxx
index 0a35393d8d55f234dbfc8b14c6bdcae6ca4721bd..0bf7bf7d11f499ad4859da40f8853edfe54b1e18 100644 (file)
@@ -4,8 +4,8 @@
   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   Language:  C++
 
-  Date:      $Date: 2005/03/04 16:24:19 $
-  Version:   $Revision: 1.27 $
+  Date:      $Date: 2005/07/23 01:59:21 $
+  Version:   $Revision: 1.50 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -145,25 +145,6 @@ FileHelper::FileHelper(File *header)
    Initialize();
 }
 
-/**
- * \brief Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
- *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
- *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
- *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
- *        It will be up to the user to load the pixels into memory
- * \note  the in-memory representation of all available tags found in
- *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
- *        This avoid a double parsing of public part of the header when
- *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
- *        seen as a side effect).   
- * @param filename file to be opened for parsing
- */
-FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
-{
-   FileInternal = new File( filename );
-   SelfHeader = true;
-   Initialize();
-}
 
 /**
  * \brief canonical destructor
@@ -172,20 +153,20 @@ FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
  */
 FileHelper::~FileHelper()
 { 
-   if( PixelReadConverter )
+   if ( PixelReadConverter )
    {
       delete PixelReadConverter;
    }
-   if( PixelWriteConverter )
+   if ( PixelWriteConverter )
    {
       delete PixelWriteConverter;
    }
-   if( Archive )
+   if ( Archive )
    {
       delete Archive;
    }
 
-   if( SelfHeader )
+   if ( SelfHeader )
    {
       delete FileInternal;
    }
@@ -194,6 +175,39 @@ FileHelper::~FileHelper()
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Public
+
+/**
+ * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File as a boolean string. 
+ *        NO_SEQ, NO_SHADOW, NO_SHADOWSEQ
+ *... (nothing more, right now)
+ *        WARNING : before using NO_SHADOW, be sure *all* your files
+ *        contain accurate values in the 0x0000 element (if any) 
+ *        of *each* Shadow Group. The parser will fail if the size is wrong !
+ * @param   loadMode Load mode to be used    
+ */
+void FileHelper::SetLoadMode(int loadMode) 
+{ 
+   GetFile()->SetLoadMode( loadMode ); 
+}
+/**
+ * \brief Sets the LoadMode of the internal gdcm::File
+ * @param  fileName name of the file to be open  
+ */
+void FileHelper::SetFileName(std::string const &fileName)
+{
+   FileInternal->SetFileName( fileName );
+}
+
+/**
+ * \brief   Loader  
+ * @return false if file cannot be open or no swap info was found,
+ *         or no tag was found.
+ */
+bool FileHelper::Load()
+{ 
+   return FileInternal->Load();
+}
+
 /**
  * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
  *          through it's (group, element) and modifies it's content with
@@ -238,7 +252,7 @@ bool FileHelper::SetBinEntry(uint8_t *content, int lgth,
 ValEntry *FileHelper::InsertValEntry(std::string const &content,
                                      uint16_t group, uint16_t elem)
 {
-   return FileInternal->InsertValEntry(content,group,elem);
+   return FileInternal->InsertValEntry(content, group, elem);
 }
 
 /**
@@ -285,7 +299,6 @@ size_t FileHelper::GetImageDataSize()
    {
       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
    }
-
    return PixelReadConverter->GetRGBSize();
 }
 
@@ -302,7 +315,6 @@ size_t FileHelper::GetImageDataRawSize()
    {
       return PixelWriteConverter->GetUserDataSize();
    }
-
    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 }
 
@@ -407,7 +419,7 @@ size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
       return 0;
    }
    memcpy( destination,
-           (void*)PixelReadConverter->GetRaw(),
+           (void *)PixelReadConverter->GetRaw(),
            PixelReadConverter->GetRawSize() );
    return PixelReadConverter->GetRawSize();
 }
@@ -502,9 +514,27 @@ size_t FileHelper::GetRawDataSize()
  */
 uint8_t* FileHelper::GetLutRGBA()
 {
+   if ( PixelReadConverter->GetLutRGBA() ==0 )
+      PixelReadConverter->BuildLUTRGBA();
    return PixelReadConverter->GetLutRGBA();
 }
 
+/**
+ * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Number
+ */
+int FileHelper::GetLutItemNumber()
+{
+   return PixelReadConverter->GetLutItemNumber();
+}
+
+/**
+ * \brief Access to the underlying \ref PixelReadConverter RGBA LUT Item Size
+ */
+int FileHelper::GetLutItemSize()
+{
+   return PixelReadConverter->GetLutItemSize();
+}
+
 /**
  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file
  *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
@@ -522,19 +552,19 @@ bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
       return false;
    }
 
-   if( PixelWriteConverter->GetUserData() )
+   if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
    {
-      fp1.write( (char*)PixelWriteConverter->GetUserData(), 
+      fp1.write( (char *)PixelWriteConverter->GetUserData(), 
                  PixelWriteConverter->GetUserDataSize() );
    }
    else if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
    {
-      fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRGB(), 
+      fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRGB(), 
                  PixelReadConverter->GetRGBSize());
    }
    else if ( PixelReadConverter->GetRaw() )
    {
-      fp1.write( (char*)PixelReadConverter->GetRaw(), 
+      fp1.write( (char *)PixelReadConverter->GetRaw(), 
                  PixelReadConverter->GetRawSize());
    }
    else
@@ -550,7 +580,7 @@ bool FileHelper::WriteRawData(std::string const &fileName)
 /**
  * \brief Writes on disk A SINGLE Dicom file, 
  *        using the Implicit Value Representation convention
- *        NO test is performed on  processor "Endiannity".
+ *        NO test is performed on  processor "Endianity".
  * @param fileName name of the file to be created
  *                 (any already existing file is overwritten)
  * @return false if write fails
@@ -609,20 +639,26 @@ bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
    {
       case ImplicitVR:
          SetWriteFileTypeToImplicitVR();
-         CheckMandatoryElements();
          break;
+      case Unknown:  // should never happen; ExplicitVR is the default value
       case ExplicitVR:
          SetWriteFileTypeToExplicitVR();
-         CheckMandatoryElements();
          break;
       case ACR:
       case ACR_LIBIDO:
+      // NOTHING is done here just for LibIDO.
+      // Just to avoid further trouble if user creates a file ex-nihilo,
+      // wants to write it as an ACR-NEMA file,
+      // and forgets to create any Entry belonging to group 0008
+      // (shame on him !)
+      // We add Recognition Code (RET)
+        if ( ! FileInternal->GetValEntry(0x0008, 0x0010) )
+            FileInternal->InsertValEntry("", 0x0008, 0x0010);
          SetWriteFileTypeToACR();
+        // SetWriteFileTypeToImplicitVR(); // ACR IS implicit VR !
          break;
-      default:
-         SetWriteFileTypeToExplicitVR();
-         CheckMandatoryElements();
    }
+   CheckMandatoryElements();
 
    // --------------------------------------------------------------
    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
@@ -632,7 +668,8 @@ bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
    // just before writting ...
    /// \todo the best trick would be *change* the recognition code
    ///       but pb expected if user deals with, e.g. COMPLEX images
-   if( WriteType == ACR_LIBIDO )
+   
+   if ( WriteType == ACR_LIBIDO )
    {
       SetWriteToLibido();
    }
@@ -653,13 +690,14 @@ bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
    }
 
    bool check = CheckWriteIntegrity(); // verifies length
-   if(check)
+   if (check)
    {
       check = FileInternal->Write(fileName,WriteType);
    }
 
    RestoreWrite();
    RestoreWriteFileType();
+   RestoreWriteMandatory();
 
    // --------------------------------------------------------------
    // Special Patch to allow gdcm to re-write ACR-LibIDO formated images
@@ -684,27 +722,30 @@ bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
  */
 bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
 {
-   if(PixelWriteConverter->GetUserData())
+   if ( PixelWriteConverter->GetUserData() )
    {
       int numberBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
       if ( numberBitsAllocated == 0 || numberBitsAllocated == 12 )
       {
+         gdcmWarningMacro( "numberBitsAllocated changed from " 
+                          << numberBitsAllocated << " to 16 " 
+                          << " for consistency purpose" );
          numberBitsAllocated = 16;
       }
 
       size_t decSize = FileInternal->GetXSize()
-                    * FileInternal->GetYSize() 
-                    * FileInternal->GetZSize()
-                    * ( numberBitsAllocated / 8 )
-                    * FileInternal->GetSamplesPerPixel();
+                     * FileInternal->GetYSize() 
+                     * FileInternal->GetZSize()
+                     * FileInternal->GetSamplesPerPixel()
+                     * ( numberBitsAllocated / 8 );
       size_t rgbSize = decSize;
-      if( FileInternal->HasLUT() )
+      if ( FileInternal->HasLUT() )
          rgbSize = decSize * 3;
 
       switch(WriteMode)
       {
          case WMODE_RAW :
-            if( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
+            if ( decSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
             {
                gdcmWarningMacro( "Data size (Raw) is incorrect. Should be " 
                            << decSize << " / Found :" 
@@ -713,7 +754,7 @@ bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
             }
             break;
          case WMODE_RGB :
-            if( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
+            if ( rgbSize!=PixelWriteConverter->GetUserDataSize() )
             {
                gdcmWarningMacro( "Data size (RGB) is incorrect. Should be " 
                           << decSize << " / Found " 
@@ -722,8 +763,7 @@ bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
             }
             break;
       }
-   }
-   
+   }   
    return true;
 }
 
@@ -734,15 +774,15 @@ bool FileHelper::CheckWriteIntegrity()
  */ 
 void FileHelper::SetWriteToRaw()
 {
-   if( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3 
-    && !FileInternal->HasLUT())
+   if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents() == 3 
+    && !FileInternal->HasLUT() )
    {
       SetWriteToRGB();
    } 
    else
    {
       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
-      if(FileInternal->HasLUT())
+      if (FileInternal->HasLUT() )
       {
          photInt->SetValue("PALETTE COLOR ");
       }
@@ -755,9 +795,9 @@ void FileHelper::SetWriteToRaw()
                                        PixelReadConverter->GetRawSize());
 
       std::string vr = "OB";
-      if( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
+      if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
          vr = "OW";
-      if( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files 
+      if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files 
          vr = "OB";
       BinEntry *pixel = 
          CopyBinEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
@@ -779,7 +819,7 @@ void FileHelper::SetWriteToRaw()
  */ 
 void FileHelper::SetWriteToRGB()
 {
-   if(FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3)
+   if ( FileInternal->GetNumberOfScalarComponents()==3 )
    {
       PixelReadConverter->BuildRGBImage();
       
@@ -792,7 +832,7 @@ void FileHelper::SetWriteToRGB()
       ValEntry *photInt = CopyValEntry(0x0028,0x0004);
       photInt->SetValue("RGB ");
 
-      if(PixelReadConverter->GetRGB())
+      if ( PixelReadConverter->GetRGB() )
       {
          PixelWriteConverter->SetReadData(PixelReadConverter->GetRGB(),
                                           PixelReadConverter->GetRGBSize());
@@ -804,9 +844,9 @@ void FileHelper::SetWriteToRGB()
       }
 
       std::string vr = "OB";
-      if( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
+      if ( FileInternal->GetBitsAllocated()>8 )
          vr = "OW";
-      if( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files 
+      if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 ) // For RGB ACR files 
          vr = "OB";
       BinEntry *pixel = 
          CopyBinEntry(GetFile()->GetGrPixel(),GetFile()->GetNumPixel(),vr);
@@ -827,10 +867,13 @@ void FileHelper::SetWriteToRGB()
       Archive->Push(0x0028,0x1202);
       Archive->Push(0x0028,0x1203);
 
+      // push out Palette Color Lookup Table UID, if any
+      Archive->Push(0x0028,0x1199);
+
       // For old '24 Bits' ACR-NEMA
       // Thus, we have a RGB image and the bits allocated = 24 and 
       // samples per pixels = 1 (in the read file)
-      if(FileInternal->GetBitsAllocated()==24
+      if ( FileInternal->GetBitsAllocated()==24 
       {
          ValEntry *bitsAlloc = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
          bitsAlloc->SetValue("8 ");
@@ -875,6 +918,10 @@ void FileHelper::RestoreWrite()
    Archive->Restore(0x0028,0x1202);
    Archive->Restore(0x0028,0x1203);
 
+   // For the Palette Color Lookup Table UID
+   Archive->Restore(0x0028,0x1203); 
+
+
    // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes 
    Archive->Restore(0x0002,0x0000);
    Archive->Restore(0x0002,0x0001);
@@ -943,17 +990,6 @@ void FileHelper::SetWriteFileTypeToImplicitVR()
  */ 
 void FileHelper::RestoreWriteFileType()
 {
-   // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes 
-   Archive->Restore(0x0002,0x0000);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0001);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0002);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0003);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0010);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0012);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0013);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0016);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0100);
-   Archive->Restore(0x0002,0x0102);
 }
 
 /**
@@ -966,7 +1002,7 @@ void FileHelper::SetWriteToLibido()
    ValEntry *oldCol = dynamic_cast<ValEntry *>
                 (FileInternal->GetDocEntry(0x0028, 0x0011));
    
-   if( oldRow && oldCol )
+   if ( oldRow && oldCol )
    {
       std::string rows, columns; 
 
@@ -995,9 +1031,9 @@ void FileHelper::SetWriteToNoLibido()
 {
    ValEntry *recCode = dynamic_cast<ValEntry *>
                 (FileInternal->GetDocEntry(0x0008,0x0010));
-   if( recCode )
+   if ( recCode )
    {
-      if( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
+      if ( recCode->GetValue() == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" )
       {
          ValEntry *libidoCode = CopyValEntry(0x0008,0x0010);
          libidoCode->SetValue("");
@@ -1014,6 +1050,12 @@ void FileHelper::RestoreWriteOfLibido()
    Archive->Restore(0x0028,0x0010);
    Archive->Restore(0x0028,0x0011);
    Archive->Restore(0x0008,0x0010);
+
+   // Restore 'LibIDO-special' entries, if any
+   Archive->Restore(0x0028,0x0015);
+   Archive->Restore(0x0028,0x0016);
+   Archive->Restore(0x0028,0x0017);
+   Archive->Restore(0x0028,0x00199);
 }
 
 /**
@@ -1027,7 +1069,7 @@ ValEntry *FileHelper::CopyValEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
    ValEntry *newE;
 
-   if( oldE )
+   if ( oldE )
    {
       newE = new ValEntry(oldE->GetDictEntry());
       newE->Copy(oldE);
@@ -1054,17 +1096,11 @@ BinEntry *FileHelper::CopyBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
    DocEntry *oldE = FileInternal->GetDocEntry(group, elem);
    BinEntry *newE;
 
-   if( oldE )  // Is this really usefull?
-      if( oldE->GetVR()!=vr )
-      {
-      gdcmWarningMacro( " Unconsistent VR for Bin Entry : [" << oldE->GetVR() 
-                        << "] vs [" << vr << "] for " <<
-                        std::hex << group << "|" << elem);
-      //delete oldE;
-      oldE = NULL;  // Revert temporary to old code to avoid Seg Fault
-      /// \ todo fixme 
-      } 
-   if( oldE )
+   if ( oldE ) 
+      if ( oldE->GetVR()!=vr )
+         oldE = NULL;
+
+   if ( oldE )
    {
       newE = new BinEntry(oldE->GetDictEntry());
       newE->Copy(oldE);
@@ -1106,7 +1142,10 @@ BinEntry *FileHelper::CopyBinEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 void FileHelper::CheckMandatoryElements()
 {
    // just to remember : 'official' 0002 group
-
+   if ( WriteType != ACR && WriteType != ACR_LIBIDO )
+   {
+     // Group 000002 (Meta Elements) already pushed out
+  
    //0002 0000 UL 1 Meta Group Length
    //0002 0001 OB 1 File Meta Information Version
    //0002 0002 UI 1 Media Stored SOP Class UID
@@ -1121,45 +1160,42 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    // Create them if not found
    // Always modify the value
    // Push the entries to the archive.
-
-   ValEntry *e_0002_0000 = CopyValEntry(0x0002,0x0000);
+      ValEntry *e_0002_0000 = CopyValEntry(0x0002,0x0000);
       e_0002_0000->SetValue("0"); // for the moment
       Archive->Push(e_0002_0000);
   
-   BinEntry *e_0002_0001 = CopyBinEntry(0x0002,0x0001, "OB");
+      BinEntry *e_0002_0001 = CopyBinEntry(0x0002,0x0001, "OB");
       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
                                false);
       e_0002_0001->SetLength(2);
+      Archive->Push(e_0002_0001);
 
-   ValEntry *e_0002_0002 = CopyValEntry(0x0002,0x0002);
+   // 'Media Stored SOP Class UID' 
+      ValEntry *e_0002_0002 = CopyValEntry(0x0002,0x0002);
       // [Secondary Capture Image Storage]
       e_0002_0002->SetValue("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"); 
       Archive->Push(e_0002_0002);
  
    // 'Media Stored SOP Instance UID'   
-   ValEntry *e_0002_0003 = CopyValEntry(0x0002,0x0003);
+      ValEntry *e_0002_0003 = CopyValEntry(0x0002,0x0003);
       e_0002_0003->SetValue(Util::CreateUniqueUID());
       Archive->Push(e_0002_0003); 
 
-   ValEntry *e_0002_0010 = CopyValEntry(0x0002,0x0010);
-      //[Explicit VR - Little Endian] 
-      e_0002_0010->SetValue("1.2.840.10008.1.2.1"); 
-      Archive->Push(e_0002_0010);
    // 'Implementation Class UID'
-   ValEntry *e_0002_0012 = CopyValEntry(0x0002,0x0012);
+      ValEntry *e_0002_0012 = CopyValEntry(0x0002,0x0012);
       e_0002_0012->SetValue(Util::CreateUniqueUID());
       Archive->Push(e_0002_0012); 
 
    // 'Implementation Version Name'
-   ValEntry *e_0002_0013 = CopyValEntry(0x0002,0x0013);
-      e_0002_0013->SetValue("GDCM 1.0");
+      ValEntry *e_0002_0013 = CopyValEntry(0x0002,0x0013);
+      e_0002_0013->SetValue("GDCM 1.1");
       Archive->Push(e_0002_0013);
 
    //'Source Application Entity Title' Not Mandatory
    //ValEntry *e_0002_0016 = CopyValEntry(0x0002,0x0016);
    //   e_0002_0016->SetValue("1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");
    //   Archive->Push(e_0002_0016);
+   }
 
    // Push out 'LibIDO-special' entries, if any
    Archive->Push(0x0028,0x0015);
@@ -1167,7 +1203,58 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    Archive->Push(0x0028,0x0017);
    Archive->Push(0x0028,0x00199);
 
-   // --- Check UID-related Entries ---
+   // Deal with the pb of (Bits Stored = 12)
+   // - we're gonna write the image as Bits Stored = 16
+   if ( FileInternal->GetEntryValue(0x0028,0x0100) ==  "12")
+   {
+      ValEntry *e_0028_0100 = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
+      e_0028_0100->SetValue("16");
+      Archive->Push(e_0028_0100);
+   }
+
+   // Check if user wasn't drunk ;-)
+
+   std::ostringstream s;
+   // check 'Bits Allocated' vs decent values
+   int nbBitsAllocated = FileInternal->GetBitsAllocated();
+   if ( nbBitsAllocated == 0 || nbBitsAllocated > 32)
+   {
+      ValEntry *e_0028_0100 = CopyValEntry(0x0028,0x0100);
+      e_0028_0100->SetValue("16");
+      Archive->Push(e_0028_0100); 
+      gdcmWarningMacro("(0028,0100) changed from "
+         << nbBitsAllocated << " to 16 for consistency purpose");
+      nbBitsAllocated = 16; 
+   }
+   // check 'Bits Stored' vs 'Bits Allocated'   
+   int nbBitsStored = FileInternal->GetBitsStored();
+   if ( nbBitsStored == 0 || nbBitsStored > nbBitsAllocated )
+   {
+      s << nbBitsAllocated;
+      ValEntry *e_0028_0101 = CopyValEntry(0x0028,0x0101);
+      e_0028_0101->SetValue( s.str() );
+      Archive->Push(e_0028_0101);
+      gdcmWarningMacro("(0028,0101) changed from "
+                       << nbBitsStored << " to " << nbBitsAllocated
+                       << " for consistency purpose" );
+      nbBitsStored = nbBitsAllocated; 
+    }
+   // check 'Hight Bit Position' vs 'Bits Allocated' and 'Bits Stored'
+   int highBitPosition = FileInternal->GetHighBitPosition();
+   if ( highBitPosition == 0 || 
+        highBitPosition > nbBitsAllocated-1 ||
+        highBitPosition < nbBitsStored-1  )
+   {
+      ValEntry *e_0028_0102 = CopyValEntry(0x0028,0x0102);
+
+      s << nbBitsStored - 1; 
+      e_0028_0102->SetValue( s.str() );
+      Archive->Push(e_0028_0102);
+      gdcmWarningMacro("(0028,0102) changed from "
+                       << highBitPosition << " to " << nbBitsAllocated-1
+                       << " for consistency purpose");
+   }
+  // --- Check UID-related Entries ---
 
    // If 'SOP Class UID' exists ('true DICOM' image)
    // we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry
@@ -1177,7 +1264,7 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    if ( e_0008_0016 != 0 )
    {
       // Create 'Source Image Sequence' SeqEntry
-      SeqEntry *s = new SeqEntry (
+      SeqEntry *sis = new SeqEntry (
             Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0008, 0x2112) );
       SQItem *sqi = new SQItem(1);
       // (we assume 'SOP Instance UID' exists too) 
@@ -1194,9 +1281,9 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
       e_0008_1155->SetValue( e_0008_0018->GetValue());
       sqi->AddEntry(e_0008_1155);
 
-      s->AddSQItem(sqi,1); 
+      sis->AddSQItem(sqi,1); 
       // temporarily replaces any previous 'Source Image Sequence' 
-      Archive->Push(s);
+      Archive->Push(sis);
  
       // 'Image Type' (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
       ValEntry *e_0008_0008 = CopyValEntry(0x0008,0x0008);
@@ -1314,17 +1401,7 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
       Archive->Push(e_0010_0010);
    } 
 
-   // Patient's ID : if missing, we set it to 'GDCM_Patient_ID'
-   ValEntry *e_0010_0020 = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0020);
-   if ( !e_0010_0020 )
-   {
-      e_0010_0020 = new ValEntry(
-            Global::GetDicts()->GetDefaultPubDict()->GetEntry(0x0010, 0x0020) );
-      e_0010_0020->SetValue("GDCM_Patient_ID");
-      Archive->Push(e_0010_0020);
-   }
-
-   // Patient's Birth Date :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
+   // Patient's Birth Date : 'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
    ValEntry *e_0010_0030 = FileInternal->GetValEntry(0x0010, 0x0030);
    if ( !e_0010_0030 )
    {
@@ -1366,6 +1443,42 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    }
 } 
  
+/**
+ * \brief Restore in the File the initial group 0002
+ */
+void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
+{
+   // group 0002 may be pushed out for ACR-NEMA writting purposes 
+   Archive->Restore(0x0002,0x0000);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0001);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0002);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0003);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0010);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0012);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0013);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0016);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0100);
+   Archive->Restore(0x0002,0x0102);
+
+   Archive->Restore(0x0008,0x0012);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0013);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0016);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0018);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0060);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0070);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0080);
+   Archive->Restore(0x0008,0x0090);
+   Archive->Restore(0x0008,0x2112);
+
+   Archive->Restore(0x0010,0x0010);
+   Archive->Restore(0x0010,0x0030);
+   Archive->Restore(0x0010,0x0040);
+
+   Archive->Restore(0x0020,0x000d);
+   Archive->Restore(0x0020,0x000e);
+
+}
+
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Private
 /**
@@ -1387,7 +1500,10 @@ void FileHelper::Initialize()
 }
 
 /**
- * \brief   
+ * \brief Reads/[decompresses] the pixels, 
+ *        *without* making RGB from Palette Colors 
+ * @return the pixels area, whatever its type 
+ *         (uint8_t is just for prototyping : feel free to Cast it) 
  */ 
 uint8_t *FileHelper::GetRaw()
 {
@@ -1397,7 +1513,7 @@ uint8_t *FileHelper::GetRaw()
       // The Raw image migth not be loaded yet:
       std::ifstream *fp = FileInternal->OpenFile();
       PixelReadConverter->ReadAndDecompressPixelData( fp );
-      if(fp
+      if ( fp 
          FileInternal->CloseFile();
 
       raw = PixelReadConverter->GetRaw();
@@ -1407,12 +1523,15 @@ uint8_t *FileHelper::GetRaw()
          return 0;
       }
    }
-
    return raw;
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
-// Print
+/**
+ * \brief   Prints the common part of ValEntry, BinEntry, SeqEntry
+ * @param   os ostream we want to print in
+ * @param indent (unused)
+ */
 void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
 {
    FileInternal->SetPrintLevel(PrintLevel);
@@ -1422,5 +1541,30 @@ void FileHelper::Print(std::ostream &os, std::string const &)
    PixelReadConverter->Print(os);
 }
 
+#ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
+/**
+ * \brief 
+ *        Constructor dedicated to deal with the *pixels* area of a ACR/DICOMV3
+ *        file (gdcm::File only deals with the ... header)
+ *        Opens (in read only and when possible) an existing file and checks
+ *        for DICOM compliance. Returns NULL on failure.
+ *        It will be up to the user to load the pixels into memory
+ * \note  the in-memory representation of all available tags found in
+ *        the DICOM header is post-poned to first header information access.
+ *        This avoid a double parsing of public part of the header when
+ *        one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be
+ *        seen as a side effect).   
+ * @param filename file to be opened for parsing
+ * @deprecated  use SetFilename() + Load() methods
+ */
+FileHelper::FileHelper(std::string const &filename )
+{
+   FileInternal = new File( );
+   FileInternal->SetFileName( filename );
+   FileInternal->Load();
+   SelfHeader = true;
+   Initialize();
+}
+#endif
 //-----------------------------------------------------------------------------
 } // end namespace gdcm