]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmFileHelper.cxx
ENH: Try to sync gdcm CVS and gdcm 1.2. ~2000 lines of changes, please be gentle...
[gdcm.git] / src / gdcmFileHelper.cxx
index 40dd9d0b647efe8d463d4edbe2a1eb0f98585102..62cc53dce36b3722f22117eb17423f4ab24afd0a 100644 (file)
@@ -4,8 +4,8 @@
   Module:    $RCSfile: gdcmFileHelper.cxx,v $
   Language:  C++
 
-  Date:      $Date: 2005/10/27 17:25:04 $
-  Version:   $Revision: 1.77 $
+  Date:      $Date: 2006/02/16 20:06:14 $
+  Version:   $Revision: 1.93 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 #include "gdcmPixelWriteConvert.h"
 #include "gdcmDocEntryArchive.h"
 #include "gdcmDictSet.h"
+#include "gdcmOrientation.h"
+
+#if defined(__BORLANDC__)
+   #include <mem.h> // for memset
+#endif 
 
 #include <fstream>
 
@@ -113,6 +118,7 @@ fh1->Write(newFileName);
 
 namespace gdcm 
 {
+typedef std::map<uint16_t, int> GroupHT;    //  Hash Table
 //-------------------------------------------------------------------------
 // Constructor / Destructor
 /**
@@ -157,7 +163,7 @@ FileHelper::FileHelper(File *header)
    Initialize();
    if ( FileInternal->IsReadable() )
    {
-      PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
+      PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal, this );
    }
 }
 
@@ -218,18 +224,17 @@ bool FileHelper::Load()
    if ( !FileInternal->Load() )
       return false;
 
-   PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal );
+   PixelReadConverter->GrabInformationsFromFile( FileInternal, this );
    return true;
 }
 
 /**
- * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
- *          through it's (group, element) and modifies it's content with
- *          the given value.
+ * \brief   Accesses an existing DataEntry through it's (group, element) 
+ *          and modifies it's content with the given value.
  * @param   content new value (string) to substitute with
  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
- * \return  false if DocEntry not found
+ * \return  false if DataEntry not found
  */
 bool FileHelper::SetEntryString(std::string const &content,
                                     uint16_t group, uint16_t elem)
@@ -239,14 +244,13 @@ bool FileHelper::SetEntryString(std::string const &content,
 
 
 /**
- * \brief   Accesses an existing DocEntry (i.e. a Dicom Element)
- *          through it's (group, element) and modifies it's content with
- *          the given value.
+ * \brief   Accesses an existing DataEntry through it's (group, element) 
+ *          and modifies it's content with the given value.
  * @param   content new value (void*  -> uint8_t*) to substitute with
  * @param   lgth new value length
  * @param   group  group number of the Dicom Element to modify
  * @param   elem element number of the Dicom Element to modify
- * \return  false if DocEntry not found
+ * \return  false if DataEntry not found
  */
 bool FileHelper::SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
                                      uint16_t group, uint16_t elem)
@@ -255,12 +259,12 @@ bool FileHelper::SetEntryBinArea(uint8_t *content, int lgth,
 }
 
 /**
- * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
- *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
- * @param   content (string)value to be set
+ * \brief   Modifies the value of a given DataEntry when it exists.
+ *          Creates it with the given value when unexistant.
+ * @param   content (string) value to be set
  * @param   group   Group number of the Entry 
  * @param   elem  Element number of the Entry
- * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
+ * \return  pointer to the modified/created DataEntry (NULL when creation
  *          failed).
  */ 
 DataEntry *FileHelper::InsertEntryString(std::string const &content,
@@ -270,14 +274,14 @@ DataEntry *FileHelper::InsertEntryString(std::string const &content,
 }
 
 /**
- * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
- *          when it exists. Creates it with the given value when unexistant.
+ * \brief   Modifies the value of a given DataEntry when it exists.
+ *          Creates it with the given value when unexistant.
  *          A copy of the binArea is made to be kept in the Document.
  * @param   binArea (binary)value to be set
  * @param   lgth new value length
  * @param   group   Group number of the Entry 
  * @param   elem  Element number of the Entry
- * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
+ * \return  pointer to the modified/created DataEntry (NULL when creation
  *          failed).
  */
 DataEntry *FileHelper::InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
@@ -287,11 +291,11 @@ DataEntry *FileHelper::InsertEntryBinArea(uint8_t *binArea, int lgth,
 }
 
 /**
- * \brief   Modifies the value of a given DocEntry (Dicom entry)
- *          when it exists. Creates it, empty (?!) when unexistant.
+ * \brief   Adds an empty SeqEntry 
+ *          (remove any existing entry with same group,elem)
  * @param   group   Group number of the Entry 
  * @param   elem  Element number of the Entry
- * \return  pointer to the modified/created Dicom entry (NULL when creation
+ * \return  pointer to the created SeqEntry (NULL when creation
  *          failed).
  */
 SeqEntry *FileHelper::InsertSeqEntry(uint16_t group, uint16_t elem)
@@ -377,7 +381,7 @@ uint8_t *FileHelper::GetImageData()
  *          - DOES NOT transform Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane
  * @return  Pointer to newly allocated pixel data.
  *          (uint8_t is just for prototyping. feel free to cast)
- *          NULL if alloc fails 
+ *          NULL if alloc fails
  */
 uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 {
@@ -386,7 +390,7 @@ uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
 
 #ifndef GDCM_LEGACY_REMOVE
 /*
- * \ brief   Useless function, since PixelReadConverter forces us 
+ * \brief   Useless function, since PixelReadConverter forces us 
  *          copy the Pixels anyway.  
  *          Reads the pixels from disk (uncompress if necessary),
  *          Transforms YBR pixels, if any, into RGB pixels
@@ -394,7 +398,7 @@ uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
  *          Transforms single Grey plane + 3 Palettes into a RGB Plane   
  *          Copies at most MaxSize bytes of pixel data to caller allocated
  *          memory space.
- * \ warning This function allows people that want to build a volume
+ * \warning This function allows people that want to build a volume
  *          from an image stack *not to* have, first to get the image pixels, 
  *          and then move them to the volume area.
  *          It's absolutely useless for any VTK user since vtk chooses 
@@ -403,12 +407,12 @@ uint8_t *FileHelper::GetImageDataRaw ()
  *          to load the image line by line, starting from the end.
  *          VTK users have to call GetImageData
  *     
- * @ param   destination Address (in caller's memory space) at which the
+ * @param   destination Address (in caller's memory space) at which the
  *          pixel data should be copied
- * @ param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
+ * @param   maxSize Maximum number of bytes to be copied. When MaxSize
  *          is not sufficient to hold the pixel data the copy is not
  *          executed (i.e. no partial copy).
- * @ return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
+ * @return  On success, the number of bytes actually copied. Zero on
  *          failure e.g. MaxSize is lower than necessary.
  */
 size_t FileHelper::GetImageDataIntoVector (void *destination, size_t maxSize)
@@ -680,7 +684,6 @@ bool FileHelper::Write(std::string const &fileName)
          break;
       case JPEG:
          SetWriteFileTypeToJPEG();
-         std::cerr << "Writting as JPEG" << std::endl;
          break;
    }
    CheckMandatoryElements();
@@ -996,7 +999,7 @@ void FileHelper::SetWriteFileTypeToACR()
 }
 
 /**
- * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"   
+ * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'JPEG'
  */ 
 void FileHelper::SetWriteFileTypeToJPEG()
 {
@@ -1010,6 +1013,9 @@ void FileHelper::SetWriteFileTypeToJPEG()
    tss->Delete();
 }
 
+/**
+ * \brief Sets in the File the TransferSyntax to 'Explicit VR Little Endian"   
+ */ 
 void FileHelper::SetWriteFileTypeToExplicitVR()
 {
    std::string ts = Util::DicomString( 
@@ -1146,10 +1152,10 @@ DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 
 /**
  * \brief   This method is called automatically, just before writting
- *         in order to produce a 'True Dicom V3' image
- *         We cannot know *how* the user made the File (reading an old ACR-NEMA
- *         file or a not very clean DICOM file ...) 
- *          
+ *         in order to produce a 'True Dicom V3' image.
+ *
+ *         We cannot know *how* the user made the File :
+ *         (reading an old ACR-NEMA file or a not very clean DICOM file ...) 
  *          Just before writting :
  *             - we check the Entries
  *             - we create the mandatory entries if they are missing
@@ -1157,7 +1163,8 @@ DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
  *             - we push the sensitive entries to the Archive
  *          The writing process will restore the entries as they where before 
  *          entering FileHelper::CheckMandatoryElements, so the user will always
- *          see the entries just as he left them.
+ *          see the entries just as they were before he decided to write.
+ *
  * \note
  *       -  Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
  *       -  Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
@@ -1167,7 +1174,8 @@ DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
  *                             with an optional value
  *       -  Entries whose type is 3 are optional
  * 
- * \todo : - warn the user if we had to add some entries :
+ * \todo 
+ *         - warn the user if we had to add some entries :
  *         even if a mandatory entry is missing, we add it, with a default value
  *         (we don't want to give up the writting process if user forgot to
  *         specify Lena's Patient ID, for instance ...)
@@ -1181,17 +1189,94 @@ DataEntry *FileHelper::CopyDataEntry(uint16_t group, uint16_t elem,
 /* -------------------------------------------------------------------------------------
 To be moved to User's guide / WIKI  ?
 
+We have to deal with 4 *very* different cases :
+-1) user created ex nihilo his own image  and wants to write it as a Dicom image.
+-2) user modified the pixels of an existing image.
+-3) user created a new image, using existing images (eg MIP, MPR, cartography image)
+-4) user anonymized an image without processing the pixels.
+
+gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements() deals automatically with these cases.
+
+1)2)3)4)
+0008 0012 Instance Creation Date
+0008 0013 Instance Creation Time
+0008 0018 SOP Instance UID
+are *always* created with the current values; user has *no* possible intervention on
+them.
+
+'Serie Instance UID'(0x0020,0x000e)
+'Study Instance UID'(0x0020,0x000d) are kept as is if already exist,
+                                    created  if it doesn't.
+ The user is allowed to create his own Series/Studies, 
+     keeping the same 'Serie Instance UID' / 'Study Instance UID' for various images
+ Warning :     
+ The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
+     but there is no way no to allowed him to do that
+     
+ None of the 'shadow elements' are droped out.
+     
+
+1)
+'Modality' (0x0008,0x0060)       is defaulted to "OT" (other) if missing.
+'Conversion Type (0x0008,0x0064) is forced to 'SYN' (Synthetic Image).
+'Study Date', 'Study Time' are defaulted to current Date and Time.
+1)2)3)
+'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
+'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016) are set to 
+                                               [Secondary Capture Image Storage]
+'Image Type'                  (0x0008,0x0008) is forced to  "DERIVED\PRIMARY"
+Conversion Type               (0x0008,0x0064) is forced to 'SYN' (Synthetic Image)
+
+2)4)
+If 'SOP Class UID' exists in the native image  ('true DICOM' image)
+    we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry (0x0008, 0x2112)    
+    --> 'Referenced SOP Class UID' (0x0008, 0x1150)
+         whose value is the original 'SOP Class UID'
+    --> 'Referenced SOP Instance UID' (0x0008, 0x1155)
+         whose value is the original 'SOP Class UID'
+
+3) TODO : find a trick to allow user to pass to the writter the list of the Dicom images 
+          or the Series, (or the Study ?) he used to created his image 
+          (MIP, MPR, cartography image, ...)
+           These info should be stored (?)
+          0008 1110 SQ 1 Referenced Study Sequence
+          0008 1115 SQ 1 Referenced Series Sequence
+          0008 1140 SQ 1 Referenced Image Sequence
+       
+4) When user *knows* he didn't modified the pixels, he may ask the writer to keep some
+informations unchanged :
+'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
+'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016)
+'Image Type'                  (0x0008,0x0008)
+'Conversion Type'             (0x0008,0x0064)
+He has to use gdcm::FileHelper::SetKeepMediaStorageSOPClassUID(true)
+(probabely name has to be changed)
+
+
+Bellow follows the full description (hope so !) of the consistency checks performed 
+by gdcm::FileHelper::CheckMandatoryElements()
+
 
 -->'Media Storage SOP Class UID' (0x0002,0x0002)
 -->'SOP Class UID'               (0x0008,0x0016) are set to 
                                                [Secondary Capture Image Storage]
    (Potentialy, the image was modified by user, and post-processed; 
     it's no longer a 'native' image)
+  Except if user told he wants to keep MediaStorageSOPClassUID,
+  when *he* knows he didn't modify the image (e.g. : he just anonymized the file)
 
 --> 'Image Type'  (0x0008,0x0008)
      is forced to  "DERIVED\PRIMARY"
      (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
-     
+  Except if user told he wants to keep MediaStorageSOPClassUID,
+  when *he* knows he didn't modify the image (e.g. : he just anonymized the file)
+   
+ -->  Conversion Type (0x0008,0x0064)
+     is forced to 'SYN' (Synthetic Image)
+  Except if user told he wants to keep MediaStorageSOPClassUID,
+  when *he* knows he didn't modify the image (e.g. : he just anonymized the file)
+            
 --> 'Modality' (0x0008,0x0060)   
     is defaulted to "OT" (other) if missing.   
     (a fully user created image belongs to *no* modality)
@@ -1209,26 +1294,30 @@ To be moved to User's guide / WIKI  ?
      Warning :     
      The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
      but there is no way no to allowed him to do that 
-
              
 --> If 'SOP Class UID' exists in the native image  ('true DICOM' image)
     we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry (0x0008, 0x2112)
     
     --> 'Referenced SOP Class UID' (0x0008, 0x1150)
          whose value is the original 'SOP Class UID'
-    ---> 'Referenced SOP Instance UID' (0x0008, 0x1155)
+    --> 'Referenced SOP Instance UID' (0x0008, 0x1155)
          whose value is the original 'SOP Class UID'
     
 --> Bits Stored, Bits Allocated, Hight Bit Position are checked for consistency
 --> Pixel Spacing     (0x0028,0x0030) is defaulted to "1.0\1.0"
 --> Samples Per Pixel (0x0028,0x0002) is defaulted to 1 (grayscale)
 
---> Instance Creation Date, Instance Creation Time, Study Date, Study Time
-    are force to current Date and Time
-    
--->  Conversion Type (0x0008,0x0064)
-     is forced to 'SYN' (Synthetic Image)
-     
+--> Imager Pixel Spacing (0x0018,0x1164) : defaulted to Pixel Spacing value
+
+--> Instance Creation Date, Instance Creation Time are forced to current Date and Time
+
+--> Study Date, Study Time are defaulted to current Date and Time
+   (they remain unchanged if they exist)
+
+--> Patient Orientation : (0x0020,0x0020), if not present, is deduced from 
+    Image Orientation (Patient) : (0020|0037) or from
+    Image Orientation (RET)     : (0020 0035)
+   
 --> Study ID, Series Number, Instance Number, Patient Orientation (Type 2)
     are created, with empty value if there are missing.
 
@@ -1265,22 +1354,29 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    // Always modify the value
    // Push the entries to the archive.
       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0000,"0");
-  
       DataEntry *e_0002_0001 = CopyDataEntry(0x0002,0x0001, "OB");
       e_0002_0001->SetBinArea((uint8_t*)Util::GetFileMetaInformationVersion(),
                                false);
       e_0002_0001->SetLength(2);
       Archive->Push(e_0002_0001);
-      e_0002_0001->Delete();
+      e_0002_0001->Delete(); 
 
-   // Potentialy post-processed image --> [Secondary Capture Image Storage]
-   // 'Media Storage SOP Class UID' 
-      CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");    
+      if ( KeepMediaStorageSOPClassUID)      
+   // It up to the use to *know* whether he modified the pixels or not.
+   // he is allowed to keep the original 'Media Storage SOP Class UID'
+         CheckMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");    
+      else
+   // Potentialy this is a post-processed image 
+   // 'Media Storage SOP Class UID'  --> [Secondary Capture Image Storage]
+         CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0002,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");    
+       
    // 'Media Storage SOP Instance UID'   
       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0003,sop);
       
    // 'Implementation Class UID'
+   // FIXME : in all examples we have, 0x0002,0x0012 is not so long :
+   //         semms to be Root UID + 4 digits (?)
       CopyMandatoryEntry(0x0002,0x0012,Util::CreateUniqueUID());
 
    // 'Implementation Version Name'
@@ -1340,17 +1436,24 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
                        << " for consistency purpose");
    }
 
-    // Imager Pixel Spacing : defaulted to 1.0\1.0
-    // --> This one is the *legal* one !
-   CheckMandatoryEntry(0x0018,0x1164,"1.0\\1.0");
-    // Pixel Spacing : defaulted to 1.0\1.0
-   CheckMandatoryEntry(0x0028,0x0030,"1.0\\1.0");
-
+   std::string pixelSpacing = FileInternal->GetEntryString(0x0028,0x0030);
+   if ( pixelSpacing == GDCM_UNFOUND )
+   {
+      pixelSpacing = "1.0\\1.0";
+       // if missing, Pixel Spacing forced to "1.0\1.0"
+      CopyMandatoryEntry(0x0028,0x0030,pixelSpacing);
+   }
+   
+   // 'Imager Pixel Spacing' : defaulted to 'Pixel Spacing'
+   // --> This one is the *legal* one !
+   // FIXME : we should write it only when we are *sure* the image comes from
+   //         an imager (see also 0008,0x0064)          
+   CheckMandatoryEntry(0x0018,0x1164,pixelSpacing);
+   
    // Samples Per Pixel (type 1) : default to grayscale 
    CheckMandatoryEntry(0x0028,0x0002,"1");
-    
    
-  // --- Check UID-related Entries ---
+   // --- Check UID-related Entries ---
 
    // If 'SOP Class UID' exists ('true DICOM' image)
    // we create the 'Source Image Sequence' SeqEntry
@@ -1387,9 +1490,16 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
       sis->Delete();
  
       // FIXME : is 'Image Type' *really* depending on the presence of'SOP Class UID'?
-      
-      // 'Image Type' (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
+       if ( KeepMediaStorageSOPClassUID)      
+   // It up to the use to *know* whether he modified the pixels or not.
+   // he is allowed to keep the original 'Media Storage SOP Class UID'
+   // and 'Image Type' as well
+         CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0008,"DERIVED\\PRIMARY");    
+      else
+   // Potentialy this is a post-processed image 
+   // (The written image is no longer an 'ORIGINAL' one)
       CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0008,"DERIVED\\PRIMARY");
+
    }
 
    // At the end, not to overwrite the original ones,
@@ -1397,12 +1507,47 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    // 'SOP Instance UID'  
    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0018,sop);
    
-   // whether a 'SOP Class UID' already exists or not in the original image
-   // the gdcm written image *is* a [Secondary Capture Image Storage] !
-   // 'SOP Class UID' : [Secondary Capture Image Storage]
-   CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7"); 
-             
-// ---- The user will never have to take any action on the following ----.
+   // the gdcm written image is a [Secondary Capture Image Storage]
+   // except if user told us he dind't modify the pixels, and, therefore
+   // he want to keep the 'Media Storage SOP Class UID'
+   
+      // 'Media Storage SOP Class UID' : [Secondary Capture Image Storage]
+   if ( KeepMediaStorageSOPClassUID)
+   {      
+      // It up to the use to *know* whether he modified the pixels or not.
+      // he is allowed to keep the original 'Media Storage SOP Class UID'
+      CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");    
+   }
+   else
+   {
+       // Potentialy this is a post-processed image 
+       // 'Media Storage SOP Class UID'  --> [Secondary Capture Image Storage]
+      CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0016,"1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7");    
+
+       // FIXME : Must we Force Value, or Default value ?
+       // Is it Type 1 for any Modality ?
+       //    --> Answer seems to be NO :-(
+       // FIXME : we should write it only when we are *sure* the image 
+       //         *does not* come from an imager (see also 0018,0x1164)
+
+       // Conversion Type.
+       // Other possible values are :
+       // See PS 3.3, Page 408
+   
+       // DV = Digitized Video
+       // DI = Digital Interface   
+       // DF = Digitized Film
+       // WSD = Workstation
+       // SD = Scanned Document
+       // SI = Scanned Image
+       // DRW = Drawing
+       // SYN = Synthetic Image
+     
+      CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0064,"SYN");
+   }   
+           
+   // ---- The user will never have to take any action on the following ----
+   
    // new value for 'SOP Instance UID'
    //SetMandatoryEntry(0x0008,0x0018,Util::CreateUniqueUID());
 
@@ -1415,46 +1560,30 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0013,time);
 
    // Study Date
-   CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0020,date);
+   CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0020,date);
    // Study Time
-   CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0030,time);
+   CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0030,time);
 
    // Accession Number
-   CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0050,"");
+   //CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0050,"");
+   CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0050,"");
    
-   // Conversion Type.
-   // Other possible values are :
-   // See PS 3.3, Page 408
-   
-   // DV = Digitized Video
-   // DI = Digital Interface   
-   // DF = Digitized Film
-   // WSD = Workstation
-   // SD = Scanned Document
-   // SI = Scanned Image
-   // DRW = Drawing
-   // SYN = Synthetic Image
-
-   // FIXME : Must we Force Value, or Default value ?
-   // Is it Type 1 for any Modality ?
-   //    --> Answer seems to be NO :-(
-   CopyMandatoryEntry(0x0008,0x0064,"SYN");
-
-// ----- Add Mandatory Entries if missing ---
-    // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
-    // Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
-    //                          with a mandatory value
-    // Entries whose type is 2 are mandatory, with an optional value
-    // Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence,
-    //                          with an optional value
-    // Entries whose type is 3 are optional
+
+   // ----- Add Mandatory Entries if missing ---
+   // Entries whose type is 1 are mandatory, with a mandatory value
+   // Entries whose type is 1c are mandatory-inside-a-Sequence,
+   //                          with a mandatory value
+   // Entries whose type is 2 are mandatory, with an optional value
+   // Entries whose type is 2c are mandatory-inside-a-Sequence,
+   //                          with an optional value
+   // Entries whose type is 3 are optional
 
    // 'Study Instance UID'
    // Keep the value if exists
    // The user is allowed to create his own Study, 
    //          keeping the same 'Study Instance UID' for various images
    // The user may add images to a 'Manufacturer Study',
-   //          adding new series to an already existing Study 
+   //          adding new Series to an already existing Study 
    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000d,Util::CreateUniqueUID());
 
    // 'Serie Instance UID'
@@ -1462,7 +1591,7 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    // The user is allowed to create his own Series, 
    // keeping the same 'Serie Instance UID' for various images
    // The user shouldn't add any image to a 'Manufacturer Serie'
-   // but there is no way no to allowed him to do that 
+   // but there is no way no to prevent him for doing that 
    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x000e,Util::CreateUniqueUID());
 
    // Study ID
@@ -1473,9 +1602,16 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
 
    // Instance Number
    CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0013,"");
-
-   // Patient Orientation FIXME 1\0\0\0\1\0 or empty ?
-   CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0020,"");
+   
+   // Patient Orientation
+   // Can be computed from (0020|0037) :  Image Orientation (Patient)
+   gdcm::Orientation *o = gdcm::Orientation::New();
+   std::string ori = o->GetOrientation ( FileInternal );
+   o->Delete();
+   if (ori != "\\" && ori != GDCM_UNFOUND)
+      CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0020,ori);
+   else   
+      CheckMandatoryEntry(0x0020,0x0020,"");
    
    // Modality : if missing we set it to 'OTher'
    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0060,"OT");
@@ -1501,16 +1637,23 @@ void FileHelper::CheckMandatoryElements()
    // Referring Physician's Name :'type 2' entry -> must exist, value not mandatory
    CheckMandatoryEntry(0x0008,0x0090,"");
    
-   // Remove some inconstencies (probably some more will be added)
-
-   // if (0028 0008)Number of Frames exists
-   //    Push out (0020 0052),Frame of Reference UID
-   //    (only meaningfull within a Serie)
-   DataEntry *e_0028_0008 = FileInternal->GetDataEntry(0x0028, 0x0008);
-   if ( !e_0028_0008 )
-   {
-      Archive->Push(0x0020, 0x0052);
-   }
+   // Deal with element 0x0000 (group length) of each group.
+   // First stage : get all the different Groups
+ /*
+  GroupHT grHT;
+  DocEntry *d = FileInternal->GetFirstEntry();
+  while(d)
+  {
+    grHT[d->GetGroup()] = 0;
+    d=FileInternal->GetNextEntry();
+  }
+  // Second stage : add the missing ones (if any)
+  for (GroupHT::iterator it = grHT.begin(); it != grHT.end(); ++it)  
+  {
+      CheckMandatoryEntry(it->first, 0x0000, "0"); 
+  }    
+  // Third stage : update all 'zero level' groups length
+*/   
 } 
 
 void FileHelper::CheckMandatoryEntry(uint16_t group,uint16_t elem,std::string value)
@@ -1558,6 +1701,8 @@ void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
    Archive->Restore(0x0002,0x0100);
    Archive->Restore(0x0002,0x0102);
 
+   // FIXME : Check if none is missing !
+   
    Archive->Restore(0x0008,0x0012);
    Archive->Restore(0x0008,0x0013);
    Archive->Restore(0x0008,0x0016);
@@ -1576,6 +1721,34 @@ void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
    Archive->Restore(0x0020,0x000e);
 }
 
+
+/**
+ * \brief   CallStartMethod
+ */
+void FileHelper::CallStartMethod()
+{
+   Progress = 0.0f;
+   Abort    = false;
+   CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_STARTPROGRESS);
+}
+
+/**
+ * \brief   CallProgressMethod
+ */
+void FileHelper::CallProgressMethod()
+{
+   CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_PROGRESS);
+}
+
+/**
+ * \brief   CallEndMethod
+ */
+void FileHelper::CallEndMethod()
+{
+   Progress = 1.0f;
+   CommandManager::ExecuteCommand(this,CMD_ENDPROGRESS);
+}
+
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Private
 /**
@@ -1584,7 +1757,8 @@ void FileHelper::RestoreWriteMandatory()
 void FileHelper::Initialize()
 {
    UserFunction = 0;
-
+   KeepMediaStorageSOPClassUID = false;
+   
    WriteMode = WMODE_RAW;
    WriteType = ExplicitVR;