]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmHeader.cxx
some more doxygenation
[gdcm.git] / src / gdcmHeader.cxx
index 1cbb7aac60104300053f3df47ced89f754be8c57..04c501ac428fe735bb535efa7ed7a16803210d98 100644 (file)
@@ -9,40 +9,60 @@
 #include "gdcmUtil.h"
 #include "gdcmTS.h"
 
-//-----------------------------------------------------------------------------
-// Refer to gdcmHeader::CheckSwap()
-//const unsigned int gdcmHeader::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
-
-// Refer to gdcmHeader::SetMaxSizeLoadEntry()
-//const unsigned int gdcmHeader::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE = 4096;
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Constructor / Destructor
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
- * \brief   
+ * \brief  Constructor 
  * @param   InFilename
  * @param   exception_on_error
  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
  *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
  *          when they have an actual length 
  * @param   ignore_shadow = true if user wants to skip shadow groups 
-            during parsing, to save memory space
- *\TODO : may be we need one more bool, 
- *         to allow skipping the private elements while parsing the header
- *         in order to save space        
+ *           during parsing, to save memory space        
  */
 gdcmHeader::gdcmHeader(const char *InFilename, 
                        bool exception_on_error,
                        bool enable_sequences, 
                       bool ignore_shadow):
    gdcmParser(InFilename,exception_on_error,enable_sequences,ignore_shadow)
-{
+{ 
+   
+   // for some ACR-NEMA images GrPixel, NumPixel is *not* 7fe0,0010
+   // We may encounter the 'RETired' (0x0028, 0x0200) tag
+   // (Image Location") . This Element contains the number of
+   // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
+   // is found by indirection through the "Image Location").
+   // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
+   // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
+   // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
+   
+   // This IS the right place for the code
+      std::string ImageLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
+      if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) { // Image Location
+         GrPixel = 0x7fe0;                   // default value
+      } else {
+         GrPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
+      }   
+      if (GrPixel == 0xe07f) // sometimes Image Location value doesn't follow 
+         GrPixel = 0x7fe0;   // the supposed processor endianity. 
+                             // see gdcmData/cr172241.dcm      
+      if (GrPixel != 0x7fe0) 
+         // This is a kludge for old dirty Philips imager.
+         NumPixel = 0x1010;
+      else
+         NumPixel = 0x0010;
+        
+      TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(GrPixel, NumPixel);
+      countGrPixel = GetEntry().count(key);
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
- * \brief   
+ * \brief Constructor  
  * @param   exception_on_error
  */
 gdcmHeader::gdcmHeader(bool exception_on_error) :
@@ -60,8 +80,10 @@ gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Print
 
+// see gdcmParser.cxx
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Public
+
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
@@ -72,13 +94,12 @@ gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
  *         false otherwise. 
  */
 bool gdcmHeader::IsReadable(void) {
-   if(!gdcmParser::IsReadable())
+   if(!gdcmParser::IsReadable()) {
       return(false);
-
+   }
    std::string res = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0005);
    if ( res != GDCM_UNFOUND && atoi(res.c_str()) > 4 ) 
       return false; // Image Dimensions
-
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028, 0x0100) )
       return false; // "Bits Allocated"
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028, 0x0101) )
@@ -86,7 +107,7 @@ bool gdcmHeader::IsReadable(void) {
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028, 0x0102) )
       return false; // "High Bit"
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028, 0x0103) )
-      return false; // "Pixel Representation"
+      return false; // "Pixel Representation" i.e. 'Sign'
    return true;
 }
 
@@ -94,7 +115,6 @@ bool gdcmHeader::IsReadable(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a JPEGBaseLineProcess1 one.
- *
  * @return  True when JPEGBaseLineProcess1found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmHeader::IsJPEGBaseLineProcess1TransferSyntax(void) {
@@ -113,7 +133,6 @@ bool gdcmHeader::IsJPEGBaseLineProcess1TransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a JPEGExtendedProcess2-4 one.
- *
  * @return  True when JPEGExtendedProcess2-4 found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess2_4TransferSyntax(void) {
@@ -121,18 +140,13 @@ bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess2_4TransferSyntax(void) {
    if ( !Element )
       return false;
    LoadHeaderEntrySafe(Element);
-
-   std::string Transfer = Element->GetValue();
-   if ( Transfer == "1.2.840.10008.1.2.4.51" )
-      return true;
-   return false;
+   return ( Element->GetValue() == "1.2.840.10008.1.2.4.51" );
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a JPEGExtendeProcess3-5 one.
- *
  * @return  True when JPEGExtendedProcess3-5 found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess3_5TransferSyntax(void) {
@@ -151,7 +165,6 @@ bool gdcmHeader::IsJPEGExtendedProcess3_5TransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a JPEGSpectralSelectionProcess6-8 one.
- *
  * @return  True when JPEGSpectralSelectionProcess6-8 found. False in all
  *          other cases.
  */
@@ -171,7 +184,6 @@ bool gdcmHeader::IsJPEGSpectralSelectionProcess6_8TransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a RLE Lossless one.
- *
  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
  *          other cases.
  */
@@ -192,7 +204,6 @@ bool gdcmHeader::IsRLELossLessTransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief  Determines if Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a JPEG Lossless one. 
- *
  * @return  True when RLE Lossless found. False in all
  *          other cases. 
  */
@@ -214,8 +225,7 @@ bool gdcmHeader::IsJPEGLossless(void) {
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
- *          and if it corresponds to a JPEG200 one.0
- *
+ *          and if it corresponds to a JPEG2000 one
  * @return  True when JPEG2000 (Lossly or LossLess) found. False in all
  *          other cases.
  */
@@ -239,6 +249,9 @@ bool gdcmHeader::IsJPEG2000(void) {
  */
 bool gdcmHeader::IsDicomV3(void) {
    // Checking if Transfert Syntax exists is enough
+   // Anyway, it's to late check if the 'Preamble' was found ...
+   // And ... would it be a rich idea to check ?
+   // (some 'no Preamble' DICOM images exist !)
    return (GetHeaderEntryByNumber(0x0002, 0x0010) != NULL);
 }
 
@@ -261,7 +274,7 @@ int gdcmHeader::GetXSize(void) {
  * \brief   Retrieve the number of lines of image.
  * \warning The defaulted value is 1 as opposed to gdcmHeader::GetXSize()
  * @return  The encountered size when found, 1 by default 
- *          (The file contains a Signal, not an Image).
+ *          (The ACR-MEMA file contains a Signal, not an Image).
  */
 int gdcmHeader::GetYSize(void) {
    std::string StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0010);
@@ -281,7 +294,7 @@ int gdcmHeader::GetYSize(void) {
  *          of frames of a multiframe.
  * \warning When present we consider the "Number of Frames" as the third
  *          dimension. When absent we consider the third dimension as
- *          being the "Planes" tag content.
+ *          being the ACR-NEMA "Planes" tag content.
  * @return  The encountered size when found, 1 by default (single image).
  */
 int gdcmHeader::GetZSize(void) {
@@ -291,9 +304,7 @@ int gdcmHeader::GetZSize(void) {
    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
       return atoi(StrSize.c_str());
 
-   // We then consider the "Planes" entry as the third dimension [we
-   // cannot retrieve by name since "Planes tag is present both in
-   // IMG (0028,0012) and OLY (6000,0012) sections of the dictionary]. 
+   // We then consider the "Planes" entry as the third dimension 
    StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0012);
    if (StrSize != GDCM_UNFOUND)
       return atoi(StrSize.c_str());
@@ -304,11 +315,10 @@ int gdcmHeader::GetZSize(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Retrieve the number of Bits Stored (actually used)
  *          (as opposite to number of Bits Allocated)
- * 
  * @return  The encountered number of Bits Stored, 0 by default.
  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
  */
-int gdcmHeader::GetBitsStored(void) { 
+int gdcmHeader::GetBitsStored(void) {  
    std::string StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0101);
    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
       return 0;  // It's supposed to be mandatory
@@ -320,11 +330,10 @@ int gdcmHeader::GetBitsStored(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Retrieve the number of Bits Allocated
  *          (8, 12 -compacted ACR-NEMA files, 16, ...)
- * 
  * @return  The encountered number of Bits Allocated, 0 by default.
  *          0 means the file is NOT USABLE. The caller has to check it !
  */
-int gdcmHeader::GetBitsAllocated(void) { 
+int gdcmHeader::GetBitsAllocated(void) {
    std::string StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0100);
    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
       return 0; // It's supposed to be mandatory
@@ -336,15 +345,14 @@ int gdcmHeader::GetBitsAllocated(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Retrieve the number of Samples Per Pixel
  *          (1 : gray level, 3 : RGB -1 or 3 Planes-)
- * 
  * @return  The encountered number of Samples Per Pixel, 1 by default.
  *          (Gray level Pixels)
  */
-int gdcmHeader::GetSamplesPerPixel(void) { 
+int gdcmHeader::GetSamplesPerPixel(void) {
    std::string StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0002);
    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
       return 1; // Well, it's supposed to be mandatory ...
-                // but sometimes it's missing : we assume Gray pixels
+                // but sometimes it's missing : *we* assume Gray pixels
    return atoi(StrSize.c_str());
 }
 
@@ -352,10 +360,9 @@ int gdcmHeader::GetSamplesPerPixel(void) {
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Retrieve the Planar Configuration for RGB images
  *          (0 : RGB Pixels , 1 : R Plane + G Plane + B Plane)
- * 
  * @return  The encountered Planar Configuration, 0 by default.
  */
-int gdcmHeader::GetPlanarConfiguration(void) { 
+int gdcmHeader::GetPlanarConfiguration(void) {
    std::string StrSize = GetEntryByNumber(0x0028,0x0006);
    if (StrSize == GDCM_UNFOUND)
       return 0;
@@ -376,6 +383,8 @@ int gdcmHeader::GetPixelSize(void) {
       return 2;
    if (PixelType == "32U" || PixelType == "32S")
       return 4;
+   if (PixelType == "FD")
+      return 8;         
    dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelSize: Unknown pixel type");
    return 0;
 }
@@ -390,16 +399,19 @@ int gdcmHeader::GetPixelSize(void) {
  *          - 16S   signed 16 bit,
  *          - 32U unsigned 32 bit,
  *          - 32S   signed 32 bit,
+ *          - FD floating double 64 bits (Not kosher DICOM, but so usefull!)
  * \warning 12 bit images appear as 16 bit.
- * \        24 bit images appear as 8 bit
+ *          24 bit images appear as 8 bit
  * @return  0S if nothing found. NOT USABLE file. The caller has to check
  */
-std::string gdcmHeader::GetPixelType(void) {
+std::string gdcmHeader::GetPixelType(void) { 
    std::string BitsAlloc = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0100); // Bits Allocated
    if (BitsAlloc == GDCM_UNFOUND) {
       dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::GetPixelType: unfound Bits Allocated");
       BitsAlloc = std::string("16");
    }
+   if (BitsAlloc == "64")            // )
+      return ("FD");
    if (BitsAlloc == "12")            // It will be unpacked
       BitsAlloc = std::string("16");
    else if (BitsAlloc == "24")       // (in order no to be messed up
@@ -418,107 +430,66 @@ std::string gdcmHeader::GetPixelType(void) {
    return( BitsAlloc + Signed);
 }
 
+
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Recover the offset (from the beginning of the file) 
- * \        of *image* pixels (not *icone* pixels, if any !)
+ *          of *image* pixels (not *icone image* pixels, if any !)
+ * @return Pixel Offset
  */
-size_t gdcmHeader::GetPixelOffset(void) {
-   // If this file complies with the norm we should encounter the
-   // "Image Location" tag (0x0028, 0x0200). This tag contains the
-   // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
-   // is found by indirection through the "Image Location").
-   // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
-   // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
-   // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
+size_t gdcmHeader::GetPixelOffset(void) { 
+   //
    // If the element (0x0088,0x0200) 'icone image sequence' is found
    // (grPixel,numPixel) is stored twice : the first one for the icon
    // the second one for the image ...
    // pb : sometimes , (0x0088,0x0200) exists, but doesn't contain *anything*
    // see gdcmData/MxTwinLossLess.dcm ...
-   guint16 grPixel;
-   guint16 numPixel;
-   std::string ImageLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
 
-   if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) { // Image Location
-      grPixel = 0x7fe0;                   // default value
-   } else {
-      grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
-   }
-   
-   if (grPixel == 0xe07f) // sometimes Image Location value doesn't follow 
-      grPixel = 0x7fe0;   // the supposed processor endianity. 
-                          // see gdcmData/cr172241.dcm
-      
-   if (grPixel != 0x7fe0) 
-      // This is a kludge for old dirty Philips imager.
-      numPixel = 0x1010;
-   else
-      numPixel = 0x0010;
-      
-   IterHT it = GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);          
    //std::string icone = GetEntryByNumber(0x0088,0x0200); //icone image sequence
-   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(grPixel,numPixel);
+      
+   IterHT it = GetHeaderEntrySameNumber(GrPixel,NumPixel);          
+   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(GrPixel,NumPixel);
    gdcmHeaderEntry* PixelElement;
-  
-   if (tagHT.count(key) == 1)   
+   if (countGrPixel == 1)   
       PixelElement = (it.first)->second;
-   else
-      PixelElement = (++it.first)->second;
-   
+   else {
+      PixelElement = (++it.first)->second; // hope there are no more than 2 !
+   } 
    if (PixelElement) {
       return PixelElement->GetOffset();
-   }
-   else
+   } else {
+/*      std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
+                << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
+                << std::endl;  */
       return 0;
+   }     
 }
 // TODO : unify those two (previous one and next one)
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
  * \brief   Recover the pixel area length (in Bytes)
- *  @return 0 by default. NOT USABLE file. The caller has to check.
+ * @return Pixel Element Length, as stored in the header
+ *         (NOT the memory space necessary to hold the Pixels 
+ *          -in case of embeded compressed image-)
+ *         0 : NOT USABLE file. The caller has to check.
  */
-size_t gdcmHeader::GetPixelAreaLength(void) {
-   // If this file complies with the norm we should encounter the
-   // "Image Location" tag (0x0028,  0x0200). This tag contains the
-   // the group that contains the pixel data (hence the "Pixel Data"
-   // is found by indirection through the "Image Location").
-   // Inside the group pointed by "Image Location" the searched element
-   // is conventionally the element 0x0010 (when the norm is respected).
-   // When the "Image Location" is absent we default to group 0x7fe0.
-   guint16 grPixel;
-   guint16 numPixel;
-   std::string ImageLocation = GetEntryByNumber(0x0028, 0x0200);
-   if ( ImageLocation == GDCM_UNFOUND ) { // Image Location
-      grPixel = 0x7fe0;                   // default value
-   } else {
-      grPixel = (guint16) atoi( ImageLocation.c_str() );
-   }
-   if (grPixel == 0xe07f) // sometimes group doesn't follow 
-      grPixel = 0x7fe0;   // the supposed processor endianity. see cr172241.dcm
-      
-   if (grPixel != 0x7fe0)
-      // This is a kludge for old dirty Philips imager.
-      numPixel = 0x1010;
-   else
-      numPixel = 0x0010;
-              
-   IterHT it = GetHeaderEntrySameNumber(grPixel,numPixel);          
-   //std::string icone = GetEntryByNumber(0x0088,0x0200); //icone image sequence
-   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(grPixel,numPixel);
+size_t gdcmHeader::GetPixelAreaLength(void) { 
+          
+   IterHT it = GetHeaderEntrySameNumber(GrPixel,NumPixel);          
+   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(GrPixel,NumPixel);
    gdcmHeaderEntry* PixelElement;
   
-   if (tagHT.count(key) == 1)   
+  if (countGrPixel==1)  
       PixelElement = (it.first)->second;
    else
       PixelElement = (++it.first)->second;
-   
-   if (PixelElement)
+
+   if (PixelElement) {
       return PixelElement->GetLength();
-   else {
-      std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
-                << std::hex << grPixel<<","<< numPixel<< ") NOT found" 
-                << std::endl;
+   else {
+/*      std::cout << "Big trouble : Pixel Element ("
+                << std::hex << GrPixel<<","<< NumPixel<< ") NOT found"
+                << std::endl;*/
       return 0;
    }
 }
@@ -527,14 +498,14 @@ size_t gdcmHeader::GetPixelAreaLength(void) {
   * \ingroup gdcmHeader
   * \brief tells us if LUT are used
   * \warning Right now, 'Segmented xxx Palette Color Lookup Table Data'
-  * \        are NOT considered as LUT, since nobody knows
-  * \        how to deal with them
-  * @return a Boolean 
+  *          are NOT considered as LUT, since nobody knows
+  *          how to deal with them
+  *          Please warn me if you know sbdy that *does* know ... jprx
+  * @return true if LUT Descriptors and LUT Tables were found 
   */
 bool gdcmHeader::HasLUT(void) {
 
-   // Check the presence of the LUT Descriptors 
-   
+   // Check the presence of the LUT Descriptors, and LUT Tables    
    // LutDescriptorRed    
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028,0x1101) )
       return false;
@@ -543,11 +514,7 @@ bool gdcmHeader::HasLUT(void) {
       return false;
    // LutDescriptorBlue 
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028,0x1103) )
-      return false;
-      
-   //  It is not enough
-   //  we check also 
-   
+      return false;   
    // Red Palette Color Lookup Table Data
    if ( !GetHeaderEntryByNumber(0x0028,0x1201) )
       return false; 
@@ -563,9 +530,10 @@ bool gdcmHeader::HasLUT(void) {
 /**
   * \ingroup gdcmHeader
   * \brief gets the info from 0028,1101 : Lookup Table Desc-Red
-  * \           else 0
+  *             else 0
   * @return Lookup Table number of Bits , 0 by default
-  * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ] 
+  *          when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
+  * @ return bit number of each LUT item 
   */
 int gdcmHeader::GetLUTNbits(void) {
    std::vector<std::string> tokens;
@@ -589,17 +557,17 @@ int gdcmHeader::GetLUTNbits(void) {
 /**
   * \ingroup gdcmHeader
   * \brief builts Red/Green/Blue/Alpha LUT from Header
-  * \       when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
-  * \        and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)  
-  * \          - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
-  * \        and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202) 
-  * \          - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found 
+  *         when (0028,0004),Photometric Interpretation = [PALETTE COLOR ]
+  *          and (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)  
+  *            - xxx Palette Color Lookup Table Descriptor - are found
+  *          and (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202) 
+  *            - xxx Palette Color Lookup Table Data - are found 
   * \warning does NOT deal with :
-  * \ 0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
-  * \ 0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
-  * \ 0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
-  * \ 0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data 
-  * \ no known Dicom reader deals with them :-(
+  *   0028 1100 Gray Lookup Table Descriptor (Retired)
+  *   0028 1221 Segmented Red Palette Color Lookup Table Data
+  *   0028 1222 Segmented Green Palette Color Lookup Table Data
+  *   0028 1223 Segmented Blue Palette Color Lookup Table Data 
+  *   no known Dicom reader deals with them :-(
   * @return a RGBA Lookup Table 
   */ 
 unsigned char * gdcmHeader::GetLUTRGBA(void) {
@@ -687,7 +655,8 @@ unsigned char * gdcmHeader::GetLUTRGBA(void) {
    // if it works, we shall have to check the 3 Palettes
    // to see which byte is ==0 (first one, or second one)
    // and fix the code
-   // We give up the checking to avoid some overhead 
+   // We give up the checking to avoid some (useless ?)overhead 
+   // (optimistic asumption)
    unsigned char *a;      
    int i;
 
@@ -713,16 +682,15 @@ unsigned char * gdcmHeader::GetLUTRGBA(void) {
    } 
    
    //How to free the now useless LUTs?
-
    //free(LutR); free(LutB); free(LutG); // Seg Fault when used
    return(LUTRGBA);   
 } 
 
 /**
  * \ingroup gdcmHeader
- * \brief gets the info from 0002,0010 : Transfert Syntax
- * \      else 1.
- * @return Transfert Syntax Name (as oposite to Transfert Syntax UID)
+ * \brief gets the info from 0002,0010 : Transfert Syntax and gdcmTS
+ *        else 1.
+ * @return the full Transfert Syntax Name (as oposite to Transfert Syntax UID)
  */
 std::string gdcmHeader::GetTransfertSyntaxName(void) { 
    // use the gdcmTS (TS : Transfert Syntax)
@@ -739,34 +707,161 @@ std::string gdcmHeader::GetTransfertSyntaxName(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup   gdcmFile
+ * \ingroup   gdcmHeader
  * \brief Sets the Pixel Area size in the Header
  *        --> not-for-rats function
- * 
- * \warning WARNING doit-etre etre publique ? 
- * TODO : y aurait il un inconvenient à fusionner ces 2 fonctions
- *
  * @param ImageDataSize new Pixel Area Size
  *        warning : nothing else is checked
  */
 void gdcmHeader::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) {
    std::string content1;
-   char car[20];       
-   // Assumes HeaderEntry (0x7fe0, 0x0010) exists ...  
+   char car[20];
+       
+   // Assumes HeaderEntry (GrPixel, NumPixel) is unique ...   
+   // TODO deal with multiplicity (see gdcmData/icone.dcm)     
    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
  
-   gdcmHeaderEntry *a = GetHeaderEntryByNumber(0x7fe0, 0x0010);
+   gdcmHeaderEntry *a = GetHeaderEntryByNumber(GrPixel, NumPixel);
    a->SetLength(ImageDataSize);
                
    ImageDataSize+=8;
    sprintf(car,"%d",ImageDataSize);
    content1=car;       
-   SetEntryByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000);
+   SetEntryByNumber(content1, GrPixel, NumPixel);
+}
+
+
+/**
+ * \ingroup   gdcmHeader
+ * \brief compares 2 Headers, according to DICOMDIR rules
+ *        --> not-for-rats function
+ * \warning does NOT work with ACR-NEMA files
+ * \todo find a trick to solve the pb (use RET fields ?)
+ * @param header 
+ * @return true if 'smaller'
+ */
+ bool gdcmHeader::operator<(gdcmHeader &header){
+   std::string s1,s2;
+
+   // Patient Name
+   s1=this->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
+   s2=header.GetEntryByNumber(0x0010,0x0010);
+   if(s1 < s2)
+          return(true);
+   else if(s1 > s2)
+          return(false);
+   else
+   {
+      // Patient ID
+      s1=this->GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
+      s2=header.GetEntryByNumber(0x0010,0x0020);
+      if (s1 < s2)
+             return(true);
+      else if (s1 > s2)
+         return(1);
+      else
+      {
+             // Study Instance UID
+         s1=this->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
+         s2=header.GetEntryByNumber(0x0020,0x000d);
+         if (s1 < s2)
+                return(true);
+         else if(s1 > s2)
+                return(false);
+         else
+         {
+                // Serie Instance UID          
+            s1=this->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
+            s2=header.GetEntryByNumber(0x0020,0x000e);
+            if (s1 < s2)
+               return(true);
+            else if(s1 > s2)
+               return(false);
+         }
+      }
+   }
+   return(false);
 }
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Protected
 
+/**
+ * \ingroup   gdcmHeader
+ * \brief anonymize a Header (removes Patient's personal info)
+ *        (read the code to see which ones ...)
+ * @param 
+ */
+bool gdcmHeader::anonymizeHeader() {
+
+  gdcmHeaderEntry *patientNameHE = GetHeaderEntryByNumber (0x0010, 0x0010);
+ // gdcmHeaderEntry *patientIDHE   = GetHeaderEntryByNumber (0x0010, 0x0020); 
+    
+  ReplaceIfExistByNumber ("  ",0x0010, 0x2154); // Telephone   
+  ReplaceIfExistByNumber ("  ",0x0010, 0x1040); // Adress
+  ReplaceIfExistByNumber ("  ",0x0010, 0x0020); // Patient ID
+  
+  if (patientNameHE) {
+     std::string StudyInstanceUID =  GetEntryByNumber (0x0020, 0x000d);
+     if (StudyInstanceUID !=GDCM_UNFOUND)
+        ReplaceOrCreateByNumber(StudyInstanceUID, 0x0010, 0x0010);
+     else
+        ReplaceOrCreateByNumber("anonymised", 0x0010, 0x0010);            
+  }
+  
+  // Just for fun :-(
+  // (if any) remove or replace all the stuff that contains a Date
+  
+//0008 0012 DA ID Instance Creation Date
+//0008 0020 DA ID Study Date
+//0008 0021 DA ID Series Date
+//0008 0022 DA ID Acquisition Date
+//0008 0023 DA ID Content Date
+//0008 0024 DA ID Overlay Date
+//0008 0025 DA ID Curve Date
+//0008 002a DT ID Acquisition Datetime
+//0018 9074 DT ACQ Frame Acquisition Datetime
+//0018 9151 DT ACQ Frame Reference Datetime
+//0018 a002 DT ACQ Contribution Date Time
+//0020 3403 SH REL Modified Image Date (RET)
+//0032 0032 DA SDY Study Verified Date
+//0032 0034 DA SDY Study Read Date
+//0032 1000 DA SDY Scheduled Study Start Date
+//0032 1010 DA SDY Scheduled Study Stop Date
+//0032 1040 DA SDY Study Arrival Date
+//0032 1050 DA SDY Study Completion Date
+//0038 001a DA VIS Scheduled Admission Date
+//0038 001c DA VIS Scheduled Discharge Date
+//0038 0020 DA VIS Admitting Date
+//0038 0030 DA VIS Discharge Date
+//0040 0002 DA PRC Scheduled Procedure Step Start Date
+//0040 0004 DA PRC Scheduled Procedure Step End Date
+//0040 0244 DA PRC Performed Procedure Step Start Date
+//0040 0250 DA PRC Performed Procedure Step End Date
+//0040 2004 DA PRC Issue Date of Imaging Service Request
+//0040 4005 DT PRC Scheduled Procedure Step Start Date and Time
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+//300e 0004 DA RT Review Date
+ return true;  
+ }
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Private