]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmHeader.cxx
* src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
[gdcm.git] / src / gdcmHeader.cxx
index 62b38d4934bb007d0a275870b7d12129251d6c16..5eb5b5f2b60d15a6d626aa6d89511993f521bb60 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/12/03 16:57:49 $
-  Version:   $Revision: 1.211 $
+  Date:      $Date: 2004/12/10 14:35:58 $
+  Version:   $Revision: 1.216 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -106,7 +106,7 @@ bool Header::Write(std::string fileName,FileType filetype)
 {
    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), 
                                          std::ios::out | std::ios::binary);
-   if (fp == NULL)
+   if (*fp == NULL)
    {
       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
       return false;
@@ -369,12 +369,12 @@ float Header::GetZSpacing()
    //   Si le Spacing Between Slices est absent, 
    //   on suppose que les coupes sont jointives
    
-   std::string strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
+   const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 
    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
    {
       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
-      std::string strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);       
+      const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);       
       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
       {
          return 1.;
@@ -388,11 +388,8 @@ float Header::GetZSpacing()
          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
       }
    }
-   else
-   {
-      return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
-   }
-   return 1.;
+   //else
+   return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 }
 
 /**
@@ -403,7 +400,7 @@ float Header::GetRescaleIntercept()
 {
    float resInter = 0.;
    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
-   std::string strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
+   const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
    {
       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
@@ -982,7 +979,7 @@ std::string Header::GetPixelType()
    {
       return "FD";
    }
-   if ( bitsAlloc == "12" )
+   else if ( bitsAlloc == "12" )
    {
       // It will be unpacked
       bitsAlloc = "16";
@@ -1000,7 +997,7 @@ std::string Header::GetPixelType()
       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
       bitsAlloc = "0";
    }
-   if ( sign == "0" )
+   else if ( sign == "0" )
    {
       sign = "U";
    }
@@ -1311,56 +1308,46 @@ void Header::InitializeDefaultHeader()
 
    std::string date = Util::GetCurrentDate();
    std::string time = Util::GetCurrentTime();
-   std::string uid  = Util::CreateUniqueUID();
+   std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
+   std::string uidMedia = uid;
+   std::string uidClass = uid + ".1";
+   std::string uidInst  = uid + ".10";
+   std::string uidStudy = uid + ".100";
+   std::string uidSerie = uid + ".1000";
 
    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
-    { "76", 0x0002, 0x0000},         // MetaElementGroup Length // FIXME: how to recompute ?
-    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002},  // MediaStorageSOPInstanceUID (CT Image Storage)
-    { uid.c_str(), 0x0002, 0x0012},  // META Implementation Class UID
-    { "ISO_IR 100",0x0008, 0x0005},  // Specific Character Set
-    { "DERIVED\\SECONDARY\\OTHER\\GDCM", 0x0008, 0x0008},  // Image Type    
-    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016},  // SOP Class UID
-    { "",          0x0008, 0x0050},  // Accession Number
-    { "GDCM",      0x0008, 0x0070},  // Manufacturer
-    { "GDCM",      0x0008, 0x0080},  // Institution Name
-    { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
-    { "",          0x0008, 0x0090},  // Refering Physician Name
-    { "",          0x0008, 0x1030},  // Study Description
-    { "",          0x0008, 0x1050},  // Performing Physician's Name
-    { "",          0x0008, 0x1060},  // Name of Physician(s) Reading Study
-    { "",          0x0010, 0x0040},  // Patient's Sex
-    { uid.c_str(), 0x0020, 0x000d},  // StudyInstanceUID
-    { uid.c_str(), 0x0020, 0x000e},  // SeriesInstanceUID
-    { "",          0x0020, 0x0011},   // AcquisitionNumber
-    { "1\\0\\0\\0\\1\\0", 0x0020, 0x0037},  // Image Orientation Patient
-    { "1",         0x0028, 0x0002},  // Samples per pixel 1 or 3
-    { "MONOCHROME2",0x0028, 0x0004},  // photochromatic interpretation
-
-// Date and timeG
-
-    { date.c_str(), 0x0008, 0x0012 } ,  // Instance Creation Date
-    { time.c_str(), 0x0008, 0x0013 } ,  // Instance Creation Time
-    { date.c_str(), 0x0008, 0x0020 } ,  // Study Date
-    { date.c_str(), 0x0008, 0x0022 } ,  // Acquisition Date
-    { date.c_str(), 0x0008, 0x0023 } ,  // Content Date
-    { time.c_str(), 0x0008, 0x0030 } ,  // Study Time
-    { "CT",         0x0008, 0x0060 } ,  // Modality    
-    { "GDCM",       0x0010, 0x0010 } ,  // Patient's Name
-    { "GDCMID",     0x0010, 0x0020 } ,  // Patient ID
-    { "1",          0x0020, 0x0010 } ,  // StudyID
-    { "1",          0x0020, 0x0011 } ,  // SeriesNumber
-    { "1.0",        0x0018, 0x0050 } ,  // slice Thickness
-    { "1.0",        0x0018, 0x0088 } ,  // space between slices
-    { "1.0\\1.0",   0x0028, 0x0030 } ,  // pixelSpacing
-    { "64",         0x0028, 0x0010 } ,  // nbRows
-    { "64",         0x0028, 0x0011 } ,  // nbCols
-    { "16",         0x0028, 0x0100 } ,  // BitsAllocated 8 or 16
-    { "12",         0x0028, 0x0101 } ,  // BitsStored    8 or 12
-    { "11",         0x0028, 0x0102 } ,  // HighBit       7 or 11
-    { "0",          0x0028, 0x0103 } ,  // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
-    { "1000.0",     0x0028, 0x1051 } ,  // Window Width
-    { "500.0",      0x0028, 0x1050 } ,  // Window Center
-    {  0, 0, 0 }
+    { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
+    { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
+
+    { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
+    { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
+    { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
+    { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality    
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
+    { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
+
+    { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
+    { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
+
+    { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
+    { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
+    { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
+    { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
+
+    { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
+    { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
+    { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
+    { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
+    { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 16
+    { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    8 or 12 or 16
+    { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       7 or 11 or 15
+    { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
+    { 0, 0, 0 }
    };
 
    // default value
@@ -1374,8 +1361,7 @@ void Header::InitializeDefaultHeader()
    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
    while( current.value )
    {
-      std::string value = Util::DicomString( current.value ); //pad the string properly
-      ReplaceOrCreateByNumber(value, current.group, current.elem);
+      ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
       current = defaultvalue[++i];
    }
 }