]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmHeader.cxx
* src/gdcmFile.cxx : bug fix. Omitted a Push in the DocEntryArchive when
[gdcm.git] / src / gdcmHeader.cxx
index c46ddb0f91c78decda2c1e17121b5c7d911625d7..5eb5b5f2b60d15a6d626aa6d89511993f521bb60 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmHeader.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2004/11/30 16:24:31 $
-  Version:   $Revision: 1.209 $
+  Date:      $Date: 2004/12/10 14:35:58 $
+  Version:   $Revision: 1.216 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
@@ -106,7 +106,7 @@ bool Header::Write(std::string fileName,FileType filetype)
 {
    std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), 
                                          std::ios::out | std::ios::binary);
-   if (fp == NULL)
+   if (*fp == NULL)
    {
       dbg.Verbose(2, "Failed to open (write) File: " , fileName.c_str());
       return false;
@@ -369,12 +369,12 @@ float Header::GetZSpacing()
    //   Si le Spacing Between Slices est absent, 
    //   on suppose que les coupes sont jointives
    
-   std::string strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
+   const std::string &strSpacingBSlices = GetEntryByNumber(0x0018,0x0088);
 
    if ( strSpacingBSlices == GDCM_UNFOUND )
    {
       dbg.Verbose(0, "Header::GetZSpacing: unfound StrSpacingBSlices");
-      std::string strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);       
+      const std::string &strSliceThickness = GetEntryByNumber(0x0018,0x0050);       
       if ( strSliceThickness == GDCM_UNFOUND )
       {
          return 1.;
@@ -388,11 +388,8 @@ float Header::GetZSpacing()
          return (float)atof( strSliceThickness.c_str() );
       }
    }
-   else
-   {
-      return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
-   }
-   return 1.;
+   //else
+   return (float)atof( strSpacingBSlices.c_str() );
 }
 
 /**
@@ -403,7 +400,7 @@ float Header::GetRescaleIntercept()
 {
    float resInter = 0.;
    /// 0028 1052 DS IMG Rescale Intercept
-   std::string strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
+   const std::string &strRescInter = GetEntryByNumber(0x0028,0x1052);
    if ( strRescInter != GDCM_UNFOUND )
    {
       if( sscanf( strRescInter.c_str(), "%f", &resInter) != 1 )
@@ -982,7 +979,7 @@ std::string Header::GetPixelType()
    {
       return "FD";
    }
-   if ( bitsAlloc == "12" )
+   else if ( bitsAlloc == "12" )
    {
       // It will be unpacked
       bitsAlloc = "16";
@@ -1000,7 +997,7 @@ std::string Header::GetPixelType()
       dbg.Verbose(0, "Header::GetPixelType: unfound Pixel Representation");
       bitsAlloc = "0";
    }
-   if ( sign == "0" )
+   else if ( sign == "0" )
    {
       sign = "U";
    }
@@ -1309,58 +1306,48 @@ void Header::InitializeDefaultHeader()
       uint16_t elem;
    } DICOM_DEFAULT_VALUE;
 
-   const char *date = Util::GetCurrentDate().c_str();
-   const char *time = Util::GetCurrentTime().c_str();
-   const char *uid  = Util::CreateUniqueUID().c_str();
+   std::string date = Util::GetCurrentDate();
+   std::string time = Util::GetCurrentTime();
+   std::string uid = Util::CreateUniqueUID();
+   std::string uidMedia = uid;
+   std::string uidClass = uid + ".1";
+   std::string uidInst  = uid + ".10";
+   std::string uidStudy = uid + ".100";
+   std::string uidSerie = uid + ".1000";
 
    static DICOM_DEFAULT_VALUE defaultvalue[] = {
-    "76", 0x0002, 0x0000,  // MetaElementGroup Length // FIXME: how to recompute ?
-    "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002,  // MediaStorageSOPInstanceUID (CT Image Storage)
-    uid,      0x0002, 0x0012,  // META Implementation Class UID
-    "ISO_IR 100", 0x0008, 0x0005,  // Specific Character Set
-    "DERIVED\\SECONDARY\\OTHER\\GDCM", 0x0008, 0x0008,  // Image Type    
-    "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016,  // SOP Class UID
-    "",       0x0008, 0x0050,  // Accession Number
-    "GDCM",   0x0008, 0x0070,  // Manufacturer
-    "GDCM",   0x0008, 0x0080,  // Institution Name
-    "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/", 0x0008, 0x0081,  // Institution Address
-    "",       0x0008, 0x0090,  // Refering Physician Name
-    "",       0x0008, 0x1030,  // Study Description
-    "",       0x0008, 0x1050,  // Performing Physician's Name
-    "",       0x0008, 0x1060,  // Name of Physician(s) Reading Study
-    "",       0x0010, 0x0040,  // Patient's Sex
-    uid,      0x0020, 0x000d,  // StudyInstanceUID
-    uid,      0x0020, 0x000e,  // SeriesInstanceUID
-    "",       0x0020, 0x0011,   // AcquisitionNumber
-    "1\\0\\0\\0\\1\\0", 0x0020, 0x0037,  // Image Orientation Patient
-    "1",      0x0028, 0x0002,  // Samples per pixel 1 or 3
-    "MONOCHROME2", 0x0028, 0x0004,  // photochromatic interpretation
-
-// Date and time
-
-    date,       0x0008, 0x0012,  // Instance Creation Date
-    time,       0x0008, 0x0013,  // Instance Creation Time
-    date,       0x0008, 0x0020,  // Study Date
-    date,       0x0008, 0x0022,  // Acquisition Date
-    date,       0x0008, 0x0023,  // Content Date
-    time,       0x0008, 0x0030,  // Study Time
-    "CT",       0x0008, 0x0060,  // Modality    
-    "GDCM",     0x0010, 0x0010,  // Patient's Name
-    "GDCMID",   0x0010, 0x0020,  // Patient ID
-    "1",        0x0020, 0x0010,  // StudyID
-    "1",        0x0020, 0x0011,  // SeriesNumber
-    "1.0",      0x0018, 0x0050,  // slice Thickness
-    "1.0",      0x0018, 0x0088,  // space between slices
-    "1.0\\1.0", 0x0028, 0x0030,  // pixelSpacing
-    "64",       0x0028, 0x0010,  // nbRows
-    "64",       0x0028, 0x0011,  // nbCols
-    "16",       0x0028, 0x0100,  // BitsAllocated 8 or 16
-    "12",       0x0028, 0x0101,  // BitsStored    8 or 12
-    "11",       0x0028, 0x0102,  // HighBit       7 or 11
-    "0",        0x0028, 0x0103,  // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
-    "1000.0",   0x0028, 0x1051,  // Window Width
-    "500.0",    0x0028, 0x1050,  // Window Center
-     0, 0, 0
+    { "146 ",                      0x0002, 0x0000}, // Meta Element Group Length // FIXME: how to recompute ?
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0002, 0x0002}, // Media Storage SOP Class UID (CT Image Storage)
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0003}, // Media Storage SOP Instance UID
+    { uidClass.c_str(),            0x0002, 0x0012}, // META Implementation Class UID
+    { "GDCM",                      0x0002, 0x0016}, // Source Application Entity Title
+
+    { date.c_str(),                0x0008, 0x0012}, // Instance Creation Date
+    { time.c_str(),                0x0008, 0x0013}, // Instance Creation Time
+    { "1.2.840.10008.5.1.4.1.1.2", 0x0008, 0x0016}, // SOP Class UID
+    { uidInst.c_str(),             0x0008, 0x0018}, // SOP Instance UID
+    { "CT",                        0x0008, 0x0060}, // Modality    
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0070}, // Manufacturer
+    { "GDCM",                      0x0008, 0x0080}, // Institution Name
+    { "http://www-creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm", 0x0008, 0x0081},  // Institution Address
+
+    { "GDCM",                      0x0010, 0x0010}, // Patient's Name
+    { "GDCMID",                    0x0010, 0x0020}, // Patient ID
+
+    { uidStudy.c_str(),            0x0020, 0x000d}, // Study Instance UID
+    { uidSerie.c_str(),            0x0020, 0x000e}, // Series Instance UID
+    { "1",                         0x0020, 0x0010}, // StudyID
+    { "1",                         0x0020, 0x0011}, // SeriesNumber
+
+    { "1",                         0x0028, 0x0002}, // Samples per pixel 1 or 3
+    { "MONOCHROME1",               0x0028, 0x0004}, // photochromatic interpretation
+    { "0",                         0x0028, 0x0010}, // nbRows
+    { "0",                         0x0028, 0x0011}, // nbCols
+    { "8",                         0x0028, 0x0100}, // BitsAllocated 8 or 16
+    { "8",                         0x0028, 0x0101}, // BitsStored    8 or 12 or 16
+    { "7",                         0x0028, 0x0102}, // HighBit       7 or 11 or 15
+    { "0",                         0x0028, 0x0103}, // Pixel Representation 0(unsigned) or 1(signed)
+    { 0, 0, 0 }
    };
 
    // default value
@@ -1374,8 +1361,7 @@ void Header::InitializeDefaultHeader()
    DICOM_DEFAULT_VALUE current = defaultvalue[i];
    while( current.value )
    {
-      std::string value = Util::DicomString( current.value ); //pad the string properly
-      ReplaceOrCreateByNumber(value, current.group, current.elem);
+      ReplaceOrCreateByNumber(current.value, current.group, current.elem);
       current = defaultvalue[++i];
    }
 }