#include <netinet/in.h>
#endif
#include <map>
+#include <sstream>
+#include "gdcmUtil.h"
#define LGR_ENTETE_A_LIRE 256 // on ne lit plus que le debut
-#define DEBUG 1
//FIXME: this looks dirty to me...
#define str2num(str, typeNum) *((typeNum *)(str))
VRHT * gdcmHeader::dicom_vr = (VRHT*)0;
+gdcmDictSet* gdcmHeader::Dicts = new gdcmDictSet();
-gdcmHeader::gdcmHeader () {
+void gdcmHeader::Initialise(void) {
if (!gdcmHeader::dicom_vr)
InitVRDict();
bool grPixelTrouve = false;
PixelPosition = (size_t)0;
PixelsTrouves = false;
+ RefPubDict = gdcmHeader::Dicts->GetDefaultPublicDict();
+ RefShaDict = (gdcmDict*)0;
+}
+
+gdcmHeader::gdcmHeader (char* InFilename) {
+ filename = InFilename;
+ Initialise();
+ fp=fopen(InFilename,"rw");
+ dbg.Error(!fp, "gdcmHeader::gdcmHeader cannot open file", InFilename);
+ BuildHeader();
+ fclose(fp);
+}
+
+gdcmHeader::~gdcmHeader (void) {
+ return;
}
void gdcmHeader::InitVRDict (void) {
- if (dicom_vr && DEBUG) {
- printf ("InitVRDict : VR dictionary allready set\n");
+ if (dicom_vr) {
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::InitVRDict:", "VR dictionary allready set");
return;
}
VRHT *vr = new VRHT;
entCur = deb+128;
if(memcmp(entCur, "DICM", (size_t)4) == 0) {
filetype = TrueDicom;
- if (DEBUG) printf ("_IdDcmCheckSwap : C est du DICOM actuel \n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:", "looks like DICOM Version3");
} else {
filetype = Unknown;
- if (DEBUG) printf ("_IdDcmCheckSwap : Ce n'est PAS du DICOM actuel\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:", "not a DICOM Version3 file");
}
if(filetype == TrueDicom) {
if(memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) {
// les 2 premiers octets de la lgr peuvent valoir UL --> Explicit VR
filetype = ExplicitVR;
- if (DEBUG) printf ("_IdDcmCheckSwap : Explicit VR\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "explicit Value Representation");
} else {
filetype = ImplicitVR;
- if (DEBUG) printf ("_IdDcmCheckSwap : PAS Explicit VR\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "not an explicit Value Representation");
}
if (net2host) { // HostByteOrder is different from NetworkByteOrder
sw = 0; // on est sur PC ou DEC --> LITTLE-ENDIAN -> Rien a faire
- if (DEBUG) printf("HostByteOrder = NetworkByteOrder\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "HostByteOrder = NetworkByteOrder");
} else { /* on est sur une Sun ou une SGI */
sw = 4321;
- if (DEBUG) printf("HostByteOrder != NetworkByteOrder\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "HostByteOrder != NetworkByteOrder");
}
rewind(fp);
switch (s) {
case 0x00040000 :
- sw=3412; if(DEBUG) printf("s : %08x sw : %d\n",s,sw);
+ sw=3412;
filetype = ACR;
break;
case 0x04000000 :
- sw=4321; if(DEBUG) printf("s : %08x sw : %d\n",s,sw);
+ sw=4321;
filetype = ACR;
break;
case 0x00000400 :
- sw=2143; if(DEBUG) printf("s : %08x sw : %d\n",s,sw);
+ sw=2143;
filetype = ACR;
break;
case 0x00000004 :
- sw=0; if(DEBUG) printf("s : %08x sw : %d\n",s,sw);
+ sw=0;
filetype = ACR;
break;
default :
sw = -1;
- if (DEBUG) printf (" Pas trouve l info de Swap; On va parier\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "unfound swap info (time to raise bets)");
}
if(sw!=-1) {
rewind(fp); // les info commencent au debut
// * si on est sur une DEC ou un PC alors swap=0,
// * si on est sur SUN ou SGI, alors swap=4321
// Si c'est du RAW, ca degagera + tard
- if (DEBUG) printf("On force la chance \n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::CheckSwap:",
+ "time for wild guesses...");
if (x!=ntohs(x)) // HostByteOrder is different from NetworkByteOrder
// on est sur PC ou DEC --> LITTLE-ENDIAN -> Rien a faire
* @return longueur retenue pour le champ
*/
-// FIXME sw n'est plus un argument necessaire
-long int gdcmHeader::RecupLgr(
- ElValue *pleCourant,
- int *skippedLength)
-{
+long int gdcmHeader::RecupLgr( ElValue *pleCourant, int *skippedLength) {
guint32 l_gr;
unsigned short int l_gr_2;
int i;
// mais ce n'est pas un code connu ...
// On reconstitue la longueur
- if(DEBUG)
- printf("IdDcmRecupLgr : Explicit VR, mais pas de code connu\n");
+ dbg.Verbose(1, "gdcmHeader::RecupLgr:",
+ "Explicit VR, but no known code");
memcpy(&l_gr, VR,(size_t)2);
-
lgrLue=fread ( ((char*)&l_gr)+2, (size_t)2, (size_t)1, fp);
-
- l_gr = SWAP_LONG((guint32)l_gr);
-
- if(DEBUG)
- printf("IdDcmRecupLgr : lgr deduite : %08x , %d\n",l_gr,l_gr);
-
+ l_gr = SwapLong((guint32)l_gr);
pleCourant->SetLgrLue(l_gr);
if ( (int)l_gr == -1)
l_gr=0;
*skippedLength = 4;
- if (DEBUG)
- printf(" 1 : lgr %08x (%d )skippedLength %d\n",
- l_gr,l_gr, *skippedLength);
return(l_gr);
}
// On repart dans la sequence 'sensee'
-
- if(DEBUG)
- printf("VR : [%01x , %01x] (%c%c) en position %d du tableau\n",
- VR[0],VR[1],VR[0],VR[1],i);
-
if ( (!memcmp( VR,"OB",(size_t)2 )) ||
(!memcmp( VR,"OW",(size_t)2 )) ||
(!memcmp( VR,"SQ",(size_t)2 )) ||
(!memcmp( VR,"UN",(size_t)2 )) ) {
// les 2 octets suivants sont reserves: on les saute
- if(DEBUG)
- printf("IdDcmRecupLgr : les 2 octets suivants sont reserves\n");
fseek(fp, 2L,SEEK_CUR);
//on lit la lgr sur QUATRE octets
lgrLue=fread (&l_gr, (size_t)4,(size_t)1, fp);
- l_gr = SWAP_LONG((guint32)l_gr);
+ l_gr = SwapLong((guint32)l_gr);
*skippedLength = 8;
} else {
//on lit la lgr sur DEUX octets
lgrLue=fread (&l_gr_2, (size_t)2,(size_t)1, fp);
- if(sw) l_gr_2 = SWAP_SHORT((unsigned short)l_gr_2);
+ if(sw) l_gr_2 = SwapShort((unsigned short)l_gr_2);
pleCourant->SetLgrLue(l_gr_2);
-
if ( l_gr_2 == 0xffff) {
l_gr = 0;
} else {
lgrLue=fread (&l_gr, (size_t)4,(size_t)1, fp);
- l_gr= SWAP_LONG((long)l_gr);
+ l_gr= SwapLong((long)l_gr);
*skippedLength = 4;
}
if(!memcmp( VR,"SQ",(size_t)2 )) { // ca annonce une SEQUENCE d'items ?!
l_gr=0; // on lira donc les items de la sequence
- if (DEBUG) printf(" SQ trouve : lgr %d \n",l_gr);
}
- if (DEBUG)
- printf(" 2 : lgr %08x (%d) skippedLength %d\n",l_gr,l_gr, *skippedLength);
return(l_gr);
}
* @return longueur retenue pour le champ
*/
-guint32 gdcmHeader::SWAP_LONG(guint32 a) {
+guint32 gdcmHeader::SwapLong(guint32 a) {
// FIXME: il pourrait y avoir un pb pour les entiers negatifs ...
switch (sw) {
+ case 0 :
+ break;
case 4321 :
a=( ((a<<24) & 0xff000000) | ((a<<8) & 0x00ff0000) |
((a>>8) & 0x0000ff00) | ((a>>24) & 0x000000ff) );
a=( ((a<<8) & 0xff00ff00) | ((a>>8) & 0x00ff00ff) );
break;
default :
- printf("\n\n\n *******\n erreur code swap ?!?\n\n\n");
+ dbg.Error(" gdcmHeader::SwapLong : unset swap code");
a=0;
}
return(a);
* @return longueur retenue pour le champ
*/
-short int gdcmHeader::SWAP_SHORT(short int a) {
+short int gdcmHeader::SwapShort(short int a) {
if ( (sw==4321) || (sw==2143) )
a =(((a<<8) & 0x0ff00) | ((a>>8)&0x00ff));
return (a);
//CLEANME DICOM_ELEMENTS *t;
ElValue * nouvDcmElem;
- if (DEBUG) printf(" ===> entree ds _IdDcmReadNextElement\n");
-
// FIXME la probabilte pour depasser sans s'en rendre compte
// est grande avec le test d'egalite' suivant !
if(offsetCourant == taille_fich) { // On a atteint la fin du fichier
- if (DEBUG) printf(" On a atteint la fin du fichier\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: EOF reached");
return(NULL);
- } else {
- if (DEBUG) {
- posFich = ftell(fp);
- printf("lgrFich %f positionDsFich %f offset courant %f\n",
- (float)taille_fich,
- (float)posFich,
- (float)offsetCourant);
- }
- }
+ }
// ------------------------- Lecture Num group : g
lgrLue=fread (&g, (size_t)2,(size_t)1, fp);
if (feof(fp)) {
- if (DEBUG) printf("_IdDcmReadNextElement : eof trouve\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: EOF encountered");
return (NULL);
}
if (ferror(fp)){
- if (DEBUG) printf(" IdDcmReadNextElement : echec lecture NumGr\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: failed to read NumGr");
return (NULL);
}
- if (DEBUG) printf("_IdDcmReadNextElement : gr %04x\n",g );
+ if (sw) g= SwapShort(((short)g));
- if (sw) g= SWAP_SHORT(((short)g));
-
- //CLEANME nouvDcmElem->Gr=g;
- //FIXME this might be usefull for detecting at parse time that
- //something is screwy in the file
- //e->__NumeroGroupePrecedent =g;
-
-
// ------------------------- Lecture Num Elem : n
lgrLue=fread (&n, (size_t)2,(size_t)1, fp);
if (feof(fp)) {
- if (DEBUG) printf("_IdDcmReadNextElement : eof trouve\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: EOF encountered");
return (NULL);
}
if (ferror(fp)){
- if (DEBUG) printf(" IdDcmReadNextElement : echec lecture NumElem\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: failed to read NumElem");
return (NULL);
}
- if (DEBUG) printf("_IdDcmReadNextElement : num %04x\n",n );
-
- if(sw) n= SWAP_SHORT(((short)n));
- //CLEANMEnouvDcmElem->Num=n;
+ if(sw) n= SwapShort(((short)n));
// Find out if the tag we encountered is in the dictionaries:
- DictEntry * NewTag = IsInDicts(g, n);
+ gdcmDictEntry * NewTag = IsInDicts(g, n);
if (!NewTag)
- NewTag = new DictEntry(g, n, "Unknown", "Unknown");
+ NewTag = new gdcmDictEntry(g, n, "Unknown", "Unknown", "Unkown");
nouvDcmElem = new ElValue(NewTag);
if (!nouvDcmElem) {
- printf("Echec alloc ElValue *nouvDcmElem\n");
+ dbg.Verbose(1, "ReadNextElement: failed to allocate ElValue");
return(NULL);
}
nouvDcmElem->LgrElem=l;
- if (DEBUG)
- if (n!=0)
- printf("_IdDcmReadNextElement : "
- " gr %04x\tnum %04x\tlong %08x (%d)\n", g,n,l,l);
-
// ------------------------- Lecture Valeur element
// FIXME The exact size should be l if we move to strings or whatever
if(NewValue) {
NewValue[l]= 0;
} else {
- if (DEBUG)
- printf(" IdDcmReadNextElement : echec Alloc valeurElem lgr : %d\n",l);
return (NULL);
}
// ------------------------- Doit-on le Swapper ?
if ((n==0) && sw) { // n=0 : lgr du groupe : guint32
- *(guint32 *) NewValue = SWAP_LONG ((*(guint32 *) NewValue));
+ *(guint32 *) NewValue = SwapLong ((*(guint32 *) NewValue));
} else {
if(sw) {
if ( (g/2)*2-g==0) { /* on ne teste pas les groupes impairs */
if ((l==4)||(l==2)) { // pour eviter de swapper les chaines
// de lgr 2 ou 4
- if (DEBUG)
- printf("Consultation Dictionary DICOM g %04x n %0xx l %d\n",
- g,n,l);
// FIXME make reference to nouvDcmElem->GetTag
string VR = NewTag->GetVR();
if(l==4) {
*(guint32 *) NewValue =
- SWAP_LONG ((*(guint32 *) NewValue));
+ SwapLong ((*(guint32 *) NewValue));
} else {
if(l==2)
*(unsigned short *) NewValue =
- SWAP_SHORT ((*(unsigned short *)NewValue));
+ SwapShort ((*(unsigned short *)NewValue));
}
}
} /* fin if l==2 ==4 */
} /* fin sw */
}
nouvDcmElem->value = NewValue;
- SetAsidePixelData(nouvDcmElem);
+ // CLEAN ME: simply trash the following line and postpone the process !
+ // SetAsidePixelData(nouvDcmElem);
return nouvDcmElem;
}
grPixel = 0x7FE0;
numPixel = 0x0010;
grPixelTrouve = true;
- if (DEBUG)
- printf("------------------------grPixel %04x numPixel %04x\n",
- grPixel,numPixel);
}
} else { // on est sur (28,200)
if (g == 0x0028) {
*((char*)(&grPixel)+i) = *(NewValue+i);
elem->SetValue(NewValue);
- if (DEBUG)
- printf("------------------------GrPixel %04x\n", grPixel);
-
if (grPixel != 0x7FE0) // Vieux pb Philips
numPixel = 0x1010; // encore utile ??
else
numPixel = 0x0010;
- if (DEBUG)
- printf("------------------------grPixel %04x numPixel %04x\n",
- grPixel,numPixel);
}
}
}
if (n == numPixel) {
PixelPosition = elem->Offset;
PixelsTrouves = true;
- if (DEBUG)
- printf(" \t===> Pixels Trouves\n");
+ dbg.Verbose(0, "gdcmHeader::SetAsidePixelData:",
+ "Pixel data found");
}
}
}
}
-DictEntry * gdcmHeader::IsInDicts(guint32 group, guint32 element) {
- DictEntry * found = (DictEntry*)0;
+gdcmDictEntry * gdcmHeader::IsInDicts(guint32 group, guint32 element) {
+ gdcmDictEntry * found = (gdcmDictEntry*)0;
if (!RefPubDict && !RefShaDict) {
//FIXME build a default dictionary !
printf("FIXME in gdcmHeader::IsInDicts\n");
}
return found;
}
+
+string gdcmHeader::GetPubElValByNumber(unsigned short, unsigned short) {
+}
+
+/**
+ * \ingroup gdcmHeader
+ * \brief renvoie un pointeur sur le ID_DCM_HDR correspondant au fichier
+ * @param filename Nom du fichier ACR / LibIDO / DICOM
+ * @return le ID_DCM_HDR
+ */
+
+void gdcmHeader::BuildHeader(void) {
+ ElValue * newElValue = (ElValue *)0;
+
+ rewind(fp);
+ fseek(fp, 0L, SEEK_END);
+ /*
+ * obtains the current value of the file-position
+ * indicator for the stream pointed to by stream
+ */
+ taille_fich = ftell(fp);
+ rewind(fp);
+ CheckSwap();
+ while ( (newElValue = ReadNextElement()) ) {
+ PubElVals.Add(newElValue);
+ }
+ setAcrLibido();
+}
+
+int gdcmHeader::PrintPubElVal(ostream & os) {
+ return PubElVals.Print(os);
+}
+
+void gdcmHeader::PrintPubDict(ostream & os) {
+ RefPubDict->Print(os);
+}
git://git.creatis.insa-lyon.fr / gdcm.git / blobdiff