]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmParser.cxx
tiny patch to make e-film readable some e-film breaker MR Philips images
[gdcm.git] / src / gdcmParser.cxx
index 7f6384f85edb59a4aa795a984ceface39f445775..5bee740526e38d34d2cb0e458c0d05aa83d3873a 100644 (file)
@@ -1,4 +1,4 @@
-// gdcmHeader.cxx
+// gdcmParser.cxx
 //-----------------------------------------------------------------------------
 #include "gdcmParser.h"
 #include "gdcmUtil.h"
    // DL       Delimiters
    //
 
+   // Other usefull abreviations :
+   // Radiographic view associated with Patient Position (0018,5100).
+   // Defined Terms:
+   // 
+   //  AP = Anterior/Posterior 
+   //  PA = Posterior/Anterior 
+   //  LL = Left Lateral 
+   //  RL = Right Lateral 
+   //  RLD = Right Lateral Decubitus 
+   //  LLD  = Left Lateral Decubitus 
+   //  RLO = Right Lateral Oblique 
+   //  LLO = Left Lateral Oblique  
+
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Refer to gdcmParser::CheckSwap()
 const unsigned int gdcmParser::HEADER_LENGTH_TO_READ = 256;
@@ -77,11 +90,12 @@ const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Constructor / Destructor
+
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
- * @param   InFilename
- * @param   exception_on_error
+ * \brief constructor  
+ * @param   inFilename
+ * @param   exception_on_error whether we throw an exception or not
  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
  *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
  *          when they have an actual length 
@@ -91,7 +105,7 @@ const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
  *          with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
  *          ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
  */
-gdcmParser::gdcmParser(const char *InFilename, 
+gdcmParser::gdcmParser(const char *inFilename, 
                        bool exception_on_error,
                        bool enable_sequences,
                       bool ignore_shadow) {
@@ -99,7 +113,7 @@ gdcmParser::gdcmParser(const char *InFilename,
    ignoreShadow   =ignore_shadow;
    
    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
-   filename = InFilename;
+   filename = inFilename;
    Initialise();
 
    if ( !OpenFile(exception_on_error))
@@ -115,7 +129,7 @@ gdcmParser::gdcmParser(const char *InFilename,
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief  constructor 
  * @param   exception_on_error
  */
 gdcmParser::gdcmParser(bool exception_on_error) {
@@ -238,7 +252,6 @@ bool gdcmParser::IsReadable(void) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
- *
  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmParser::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
@@ -257,7 +270,6 @@ bool gdcmParser::IsImplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a ExplicitVRLittleEndian one.
- *
  * @return  True when ExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
@@ -276,7 +288,6 @@ bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
- *
  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
@@ -295,7 +306,6 @@ bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
- *
  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
  */
 bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
@@ -314,7 +324,7 @@ bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief  returns the File Type 
  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
- * @return 
+ * @return the FileType code
  */
 FileType gdcmParser::GetFileType(void) {
    return(filetype);
@@ -376,7 +386,8 @@ bool gdcmParser::CloseFile(void) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief 
+ * \brief writes on disc all the Header Entries (Dicom Elements) 
+ *        of the Chained List
  * @param fp file pointer on an already open file
  * @param   type type of the File to be written 
  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
@@ -442,22 +453,28 @@ bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
+ * \warning : adds the Header Entry to the HTable, NOT to the chained List
  * @param   Value passed as a std::string
- * @param   Group
- * @param   Elem
- * \return  boolean
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem element of the Entry
+ * \return  pointer to the created Header Entry
+ *          NULL if creation failed
  */
-bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, 
+gdcmHeaderEntry * gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(
+                                         std::string Value, 
                                          guint16 Group, 
-                                        guint16 Elem ){
-   if (CheckIfEntryExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
+                                        guint16 Elem ){                                         
+   gdcmHeaderEntry* a;
+   a = GetHeaderEntryByNumber( Group, Elem);                                    
+   if (a == NULL) {
       gdcmHeaderEntry *a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
       if (a == NULL) 
-         return false;
+         return NULL;
       AddHeaderEntry(a);
    }   
-   SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
-   return(true);
+   //SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
+   a->SetValue(Value);
+   return(a);
 }   
 
 /**
@@ -465,31 +482,35 @@ bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value,
  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
  *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
  * @param   Value passed as a char*
- * @param   Group
- * @param   Elem
- * \return  boolean 
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem element of the Entry
+ * \return  pointer to the created Header Entry
+ *          NULL if creation failed 
  * 
  */
-bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
+gdcmHeaderEntry *  gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(
+                                     char* Value, 
+                                     guint16 Group, 
+                                     guint16 Elem ) {
    gdcmHeaderEntry* nvHeaderEntry=NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
 
    if(!nvHeaderEntry)
-      return(false);
+      return(NULL);
 
    AddHeaderEntry(nvHeaderEntry);
 
    std::string v = Value;      
    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
-   return(true);
+   return(nvHeaderEntry);
 }  
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Set a new value if the invoked element exists
  *          Seems to be useless !!!
- * @param   Value
- * @param   Group
- * @param   Elem
+ * @param Value new element value
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem element of the Entry
  * \return  boolean 
  */
 bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) 
@@ -501,10 +522,11 @@ bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Protected
+
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists
- * \        within the H table
+ *          within the H table
  * @param   group Group   number of the searched Dicom Element 
  * @param   element  Element number of the searched Dicom Element 
  * @return  number of occurences
@@ -556,6 +578,7 @@ std::string gdcmParser::GetEntryVRByName(std::string tagName) {
    return elem->GetVR();
 }
 
+
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
@@ -595,6 +618,21 @@ std::string gdcmParser::GetEntryVRByNumber(guint16 group, guint16 element) {
    return elem->GetVR();
 }
 
+/**
+ * \ingroup gdcmParser
+ * \brief   Searches within Header Entries (Dicom Elements) parsed with 
+ *          the public and private dictionaries 
+ *          for the value length of a given tag..
+ * @param   group Group of the searched tag.
+ * @param   element Element of the searched tag.
+ * @return  Corresponding element length; -2 if not found
+ */
+int gdcmParser::GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element) {
+   gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(group, element);
+   if ( !elem )
+      return -2;
+   return elem->GetLength();
+}
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Sets the value (string) of the Header Entry (Dicom Element)
@@ -629,7 +667,7 @@ bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content,
    if ( ! tagHT.count(key))
       return false;
    int l = content.length();
-   if(l%2) // Odd length are padded with a space (020H).
+   if(l%2) // Non even length are padded with a space (020H).
    {  
       l++;
       content = content + '\0';
@@ -669,21 +707,20 @@ bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content,
  *          through it's (group, element) and modifies it's length with
  *          the given value.
  * \warning Use with extreme caution.
- * @param   length new length to substitute with
- * @param   group   group of the entry to modify
- * @param   element element of the Entry to modify
- * @return  1 on success, 0 otherwise.
+ * @param l new length to substitute with
+ * @param group   group of the Entry to modify
+ * @param element element of the Entry to modify
+ * @return  true on success, false otherwise.
  */
-
-bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 length, 
+bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 l, 
                                         guint16 group, 
                                        guint16 element) 
 {
    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
    if ( ! tagHT.count(key))
       return false;
-   if (length%2) length++; // length must be even
-   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(length);     
+   if (l%2) l++; // length must be even
+   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l);  
         
    return true ;               
 }
@@ -691,9 +728,9 @@ bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 length,
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Gets (from Header) the offset  of a 'non string' element value 
- * \        (LoadElementValues has already be executed)
- * @param   Group
- * @param   Elem
+ *          (LoadElementValues has already be executed)
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem  element of the Entry
  * @return File Offset of the Element Value 
  */
 size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
@@ -711,9 +748,9 @@ size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem)
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Gets (from Header) a 'non string' element value 
- * \        (LoadElementValues has already be executed)  
- * @param   Group
- * @param   Elem
+ *          (LoadElementValues has already be executed)  
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem element of the Entry
  * @return Pointer to the 'non string' area
  */
 void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
@@ -732,8 +769,8 @@ void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem)
  * \ingroup       gdcmParser
  * \brief         Loads (from disk) the element content 
  *                when a string is not suitable
- * @param   Group
- * @param   Elem
+ * @param Group   group of the Entry 
+ * @param Elem element of the Entry
  */
 void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem) 
 {
@@ -780,8 +817,8 @@ bool gdcmParser::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. Only odd entries are
- *          analized
+ * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
+ *          Only non even entries are analyzed       
  */
 void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
    gdcmDictEntry *entry;
@@ -841,7 +878,7 @@ void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief  retrieves a Dicom Element (the first one) using (group, element)
- * \ warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
+ * \warning (group, element) IS NOT an identifier inside the Dicom Header
  *           if you think it's NOT UNIQUE, check the count number
  *           and use iterators to retrieve ALL the Dicoms Elements within
  *           a given couple (group, element)
@@ -851,7 +888,7 @@ void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
  */
 gdcmHeaderEntry* gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber(guint16 group, guint16 element) 
 {
-   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
+   TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);   
    if ( ! tagHT.count(key))
       return NULL;
    return tagHT.find(key)->second;
@@ -994,20 +1031,18 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   writes on disc according to the requested format
- * \        (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
- * \ warning does NOT add the missing elements in the header :
- * \         it's up to the user doing it !
- * \         (function CheckHeaderCoherence to be written)
- * \ warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
- * \         from an ACR Header (meta elements will be missing!)
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) ONE
+ *          gdcmHeaderEntry 
+ * @param   tag pointer on the gdcmHeaderEntry to be written
  * @param   type type of the File to be written 
  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
  * @param   _fp already open file pointer
  */
-void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
+void gdcmParser::WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag, FILE *_fp,FileType type)
 {
    guint16 gr, el;
    guint32 lgr;
+   std::string value;
    const char * val;
    std::string vr;
    guint32 val_uint32;
@@ -1015,75 +1050,72 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
    guint16 valZero =0;
    void *voidArea;
    std::vector<std::string> tokens;
-   
-   // TODO : function CheckHeaderCoherence to be written
-   
-   //  uses now listEntries to iterate, not TagHt!
-   //
-   //        pb : gdcmParser.Add does NOT update listEntries
-   //       TODO : find a trick (in STL?) to do it, at low cost !
 
    void *ptr;
-      
+   int ff=0xffffffff;
    // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
    int compte =0;
-   
-   for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
-        tag2 != listEntries.end();
-        ++tag2)
-   {
-      gr =  (*tag2)->GetGroup();
-      el =  (*tag2)->GetElement();
-      lgr = (*tag2)->GetReadLength();
-      val = (*tag2)->GetValue().c_str();
-      vr =  (*tag2)->GetVR();
-      voidArea = (*tag2)->GetVoidArea();
+   itsTimeToWritePixels = false;
+
+      gr    = tag->GetGroup();
+      el    = tag->GetElement();
+      lgr   = tag->GetReadLength();
+      val   = tag->GetValue().c_str();
+      vr    = tag->GetVR();
+      voidArea = tag->GetVoidArea();
+           
+      // === Deal with the length
+      //     --------------------
+      if((tag->GetLength())%2==1)
+      { 
+         tag->SetValue(tag->GetValue()+"\0");
+         tag->SetLength(tag->GetReadLength()+1);
+      }
       
       if ( type == ACR ) 
       { 
-         if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
-         if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
-         if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
+         if (gr < 0x0008)   return; // ignore pure DICOM V3 groups
+         if (gr %2)         return; // ignore shadow groups
+         if (vr == "SQ" )   return; // ignore Sequences
                   // TODO : find a trick to *skip* the SeQuences !
                   // Not only ignore the SQ element
-         if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
+         if (gr == 0xfffe ) return; // ignore delimiters
       } 
 
       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
       
-      // === Deal with the length
-      //     --------------------
-      
-      // if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) // ?!?  < 2  
-      if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) )      
-      {
+      if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) ) {
          // EXPLICIT VR
          guint16 z=0, shortLgr;
-        if (vr == "unkn") { // Unknown was 'written'    
-            shortLgr=lgr;
-            fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-            fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-        } else {        
-            if (gr != 0xfffe) { // NO value for 'delimiters'
-             if (vr == "unkn") // Unknown was 'written'
-                fwrite(&z,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-             else       
-                 fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-            }
         
-            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") || gr == 0xfffe)
-            {
-               if (gr != 0xfffe)
-                 fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-               fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-            } 
-            else 
-            {
-               shortLgr=lgr;
-               fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-            }
+         if (gr == 0xfffe) { // NO Value Representation for 'delimiters'
+                             // no length : write ffffffff
+                                                    
+                                        // special patch to make some MR PHILIPS
+             if (el == 0x0000) return;  // images e-film readable                                      // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
+                                       // from Hospital Guy de Chauliac,
+                                        // Montpellier
+                                       // we just ignore spurious fffe|0000 tag !
+                       
+            fwrite (&ff,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+            return;       // NO value for 'delimiters'                     
         }
+        
+        shortLgr=lgr;   
+         if (vr == "unkn") {     // Unknown was 'written'
+           // deal with Little Endian            
+            fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+            fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+         } else {
+            fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);                     
+            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ){           
+                  fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+                  fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+            } else {
+              fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+           }
+         }
       } 
       else // IMPLICIT VR 
       { 
@@ -1092,18 +1124,19 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
       
       // === Deal with the value
       //     -------------------
-      if (vr == "SQ")  continue; // no "value" to write for the SEQuences
-      if (gr == 0xfffe)continue;
+      if (vr == "SQ")  return; // no "value" to write for the SEQuences
+      if (gr == 0xfffe)return; // no "value" to write for the delimiters
       
-      if (voidArea != NULL) { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
+      if (voidArea != NULL) 
+      { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
          fwrite ( voidArea,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
-        continue;            
+         return;            
       }
       
       if (vr == "US" || vr == "SS") 
       {
          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
+         Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
          {
             val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
@@ -1111,12 +1144,12 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
             fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
          }
          tokens.clear();
-         continue;
+         return;
       }
       if (vr == "UL" || vr == "SL") 
       {
          tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
+         Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
          for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
          {
             val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
@@ -1124,7 +1157,7 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
             fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
          }
          tokens.clear();
-         continue;
+         return;
       } 
           
       // Pixels are never loaded in the element !
@@ -1133,10 +1166,71 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
             
       if ((gr == GrPixel) && (el == NumPixel) ) {
          compte++;
-        if (compte == countGrPixel) // we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
-            break;
+         if (compte == countGrPixel) {// we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
+            itsTimeToWritePixels = true;
+           return;
+        }
       }       
       fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
+}
+
+/**
+ * \ingroup gdcmParser
+ * \brief   writes on disc according to the requested format
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
+ *          using the Chained List
+ * \warning does NOT add the missing elements in the header :
+ *           it's up to the user doing it !
+ *           (function CheckHeaderCoherence to be written)
+ * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
+ *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
+ * \sa WriteEntriesDeprecated (Special temporary method for Theralys)
+ * @param   type type of the File to be written 
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
+ * @param   _fp already open file pointer
+ */
+
+void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
+{   
+   // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
+   
+   for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
+                          tag2 != listEntries.end();
+                          ++tag2)
+   {
+   WriteEntry(*tag2,_fp,type);
+   if (itsTimeToWritePixels) 
+      break;
+   }
+}   
+
+/**
+ * \ingroup gdcmParser
+ * \brief   writes on disc according to the requested format
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image,
+ *          using only the last synonym of each mutimap H Table post.
+ * \warning Uses the H Table, instead of the Chained List
+ *          in order to be compliant with the old way to proceed
+ *         (added elements taken in to account)
+ *         Only THERALYS, during a transitory phase is supposed
+ *         to use this method !!!
+ * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
+ *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
+ * \sa WriteEntries
+ * @param   _fp already open file pointer
+ * @param   type type of the File to be written 
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
+ */
+void gdcmParser::WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type) {
+
+   // restent a tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
+
+   for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2=tagHT.begin();
+        tag2 != tagHT.end();
+        ++tag2){
+      WriteEntry(tag2->second,_fp,type);
+      if (itsTimeToWritePixels) 
+         break;
    }
 }
 
@@ -1387,10 +1481,11 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   add a new Dicom Element pointer to 
- *          the H Table and to the chained List
+ *          the H Table and at the end of the chained List
  * \warning push_bash in listEntries ONLY during ParseHeader
- * \TODO    something to allow further Elements addition,
- * \        when position to be taken care of     
+ * \todo    something to allow further Elements addition,
+ *          (at their right place in the chained list)
+ *          when position to be taken care of     
  * @param   newHeaderEntry
  */
 void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
@@ -1401,19 +1496,18 @@ void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
- * @param   Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
-
- * @return 
+ * \brief  Find the value Length of the passed Header Entry
+ * @param  Entry Header Entry whose length of the value shall be loaded. 
  */
  void gdcmParser::FindHeaderEntryLength (gdcmHeaderEntry *Entry) {
    guint16 element = Entry->GetElement();
    guint16 group   = Entry->GetGroup();
    std::string  vr = Entry->GetVR();
    guint16 length16;
+   
    if( (element == NumPixel) && (group == GrPixel) ) 
    {
-      dbg.SetDebug(-1);
+      dbg.SetDebug(GDCM_DEBUG);
       dbg.Verbose(2, "gdcmParser::FindLength: ",
                      "we reached (GrPixel,NumPixel)");
    }   
@@ -1502,18 +1596,18 @@ void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
          // Actually, length= 0xffff means that we deal with
          // Unknown Sequence Length 
       }
-
       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, (guint32)length16);
       return;
    }
    else
    {
-      // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see not below) explicit
+      // Either implicit VR or a non DICOM conformal (see note below) explicit
       // VR that ommited the VR of (at least) this element. Farts happen.
       // [Note: according to the part 5, PS 3.5-2001, section 7.1 p25
       // on Data elements "Implicit and Explicit VR Data Elements shall
       // not coexist in a Data Set and Data Sets nested within it".]
       // Length is on 4 bytes.
+      
       FixHeaderEntryFoundLength(Entry, ReadInt32());
       return;
    }
@@ -1561,8 +1655,8 @@ void gdcmParser::FindHeaderEntryVR( gdcmHeaderEntry *Entry)
  * \brief     Check the correspondance between the VR of the header entry
  *            and the taken VR. If they are different, the header entry is 
  *            updated with the new VR.
- * @param     Entry
- * @param     VR
+ * @param     Entry Header Entry to check
+ * @param     vr    Dicom Value Representation
  * @return    false if the VR is incorrect of if the VR isn't referenced
  *            otherwise, it returns true
 */
@@ -1768,8 +1862,10 @@ void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 Found
    guint16 el =Entry->GetElement(); 
      
    if (FoundLength%2) {
-      std::cout << "Warning : Tag with uneven length " << FoundLength 
-         <<  " in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::endl;
+      std::ostringstream s;
+      s << "Warning : Tag with uneven length " << FoundLength 
+         <<  " in x(" << std::hex << gr << "," << el <<")" << std::dec;
+      dbg.Verbose(0,s.str().c_str());
    }
       
    // Sorry for the patch!  
@@ -1802,29 +1898,20 @@ void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 Found
    } 
     
    // a SeQuence Element is beginning                                          
-   // Let's forget it's length                                                 
-   // (we want to 'go inside')  
-
-   // Pb : *normaly*  fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero
-   // in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm we find lengthes as big as 28800
-   // if we set the length to zero IsHeaderEntryAnInteger() breaks...
-   // if we don't, we lost 28800 characters from the Header :-(
-                                                 
+   // fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero                                               
    else if(Entry->GetGroup() == 0xfffe)
    { 
-                       // sometimes, length seems to be wrong                                      
-      FoundLength =0;  // some more clever checking to be done !
-                       // I give up!
-                      // only  gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
-                      // causes troubles :-(                                                     
-   }     
-    
+                                         // *normally, fffe|0000 doesn't exist ! 
+     if( Entry->GetElement() != 0x0000 ) // gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
+                                        // causes extra troubles :-(                                                        
+         FoundLength =0;
+   }         
    Entry->SetUsableLength(FoundLength);
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered 
+ * \brief   Apply some heuristics to predict whether the considered 
  *          element value contains/represents an integer or not.
  * @param   Entry The element value on which to apply the predicate.
  * @return  The result of the heuristical predicate.
@@ -1867,13 +1954,13 @@ bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
    
    return false;
 }
-
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
- *
+ * \brief  Find the Length till the next sequence delimiter
+ * \warning NOT end user intended method !
  * @return 
  */
+
  guint32 gdcmParser::FindHeaderEntryLengthOB(void)  {
    // See PS 3.5-2001, section A.4 p. 49 on encapsulation of encoded pixel data.
    guint16 g;
@@ -1922,8 +2009,7 @@ bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief Reads a supposed to be 16 Bits integer
- * \     (swaps it depending on processor endianity) 
- *
+ *       (swaps it depending on processor endianity) 
  * @return read value
  */
 guint16 gdcmParser::ReadInt16(void) {
@@ -1944,8 +2030,7 @@ guint16 gdcmParser::ReadInt16(void) {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief  Reads a supposed to be 32 Bits integer
- * \       (swaps it depending on processor endianity)  
- *
+ *         (swaps it depending on processor endianity)  
  * @return read value
  */
 guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
@@ -1965,8 +2050,8 @@ guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
- *
+ * \brief skips bytes inside the source file 
+ * \warning NOT end user intended method !
  * @return 
  */
 void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
@@ -1976,7 +2061,8 @@ void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief Loads all the needed Dictionaries
+ * \warning NOT end user intended method !   
  */
 void gdcmParser::Initialise(void) 
 {
@@ -2171,7 +2257,8 @@ bool gdcmParser::CheckSwap() {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
+ *        and the dictionary entry depending on them. 
  */
 void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void) 
 {
@@ -2198,7 +2285,7 @@ void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void)
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief  during parsing, Header Elements too long are not loaded in memory 
  * @param NewSize
  */
 void gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry(long NewSize) 
@@ -2216,8 +2303,9 @@ void gdcmParser::SetMaxSizeLoadEntry(long NewSize)
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief
- * \warning TODO : not yet usable 
+ * \brief Header Elements too long will not be printed
+ * \warning 
+ * \todo : not yet usable 
  *          (see MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE 
  *           in gdcmHeaderEntry gdcmLoadEntry)
  *             
@@ -2307,7 +2395,6 @@ gdcmDictEntry *gdcmParser::GetDictEntryByNumber(guint16 group,guint16 element)
 gdcmHeaderEntry *gdcmParser::ReadNextHeaderEntry(void) {
    guint16 g,n;
    gdcmHeaderEntry *NewEntry;
-   
    g = ReadInt16();
    n = ReadInt16();
       
@@ -2364,7 +2451,7 @@ gdcmHeaderEntry *gdcmParser::NewHeaderEntryByName(std::string Name)
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Request a new virtual dict entry to the dict set
  * @param   group  group   of the underlying DictEntry
- * @param   elem   element of the underlying DictEntry
+ * @param   element  element of the underlying DictEntry
  * @param   vr     VR of the underlying DictEntry
  * @param   fourth owner group
  * @param   name   english name