]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmParser.cxx
2004-04-28 Jean-Pierre Roux
[gdcm.git] / src / gdcmParser.cxx
index 42db7b9f395e4baa8cc1cc6fbc81bf8608b72dc8..acd248eb3f5230b4cc34ae0c9db1d227d19d87d3 100644 (file)
@@ -1,8 +1,15 @@
 // gdcmParser.cxx
 //-----------------------------------------------------------------------------
+//#define UINT32_MAX    (4294967295U)
+
+
 #include "gdcmParser.h"
+#include "gdcmGlobal.h"
 #include "gdcmUtil.h"
+#include "gdcmDebug.h"
+
 #include <errno.h>
+#include <vector>
 
 // For nthos:
 #ifdef _MSC_VER
    #include <netinet/in.h>
 #endif
 
-#ifdef GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
-#  include <strstream>
-#  define  ostringstream ostrstream
-# else
-#  include <sstream>
-#endif
 #  include <iomanip>
 
 #define UI1_2_840_10008_1_2      "1.2.840.10008.1.2"
 #define UI1_2_840_10008_1_2_2    "1.2.840.10008.1.2.2"
 #define UI1_2_840_10008_1_2_1_99 "1.2.840.10008.1.2.1.99"
 
-   // Fourth semantics:
-   //
-   // ---> Warning : This fourth field is NOT part 
-   //                of the 'official' Dicom Dictionnary
-   //                and should NOT be used.
-   //                (Not defined for all the groups
-   //                 may be removed in a future release)
-   //
-   // CMD      Command        
-   // META     Meta Information 
-   // DIR      Directory
-   // ID
-   // PAT      Patient
-   // ACQ      Acquisition
-   // REL      Related
-   // IMG      Image
-   // SDY      Study
-   // VIS      Visit 
-   // WAV      Waveform
-   // PRC
-   // DEV      Device
-   // NMI      Nuclear Medicine
-   // MED
-   // BFS      Basic Film Session
-   // BFB      Basic Film Box
-   // BIB      Basic Image Box
-   // BAB
-   // IOB
-   // PJ
-   // PRINTER
-   // RT       Radio Therapy
-   // DVH   
-   // SSET
-   // RES      Results
-   // CRV      Curve
-   // OLY      Overlays
-   // PXL      Pixels
-   // DL       Delimiters
-   //
-
-   // Other usefull abreviations :
-   //Radiographic view associated with Patient Position (0018,5100).
-   //  Defined Terms:
-   // 
-   //  AP = Anterior/Posterior 
-   //  PA = Posterior/Anterior 
-   //  LL = Left Lateral 
-   //  RL = Right Lateral 
-   //  RLD = Right Lateral Decubitus 
-   //  LLD  = Left Lateral Decubitus 
-   //  RLO = Right Lateral Oblique 
-   //  LLO = Left Lateral Oblique  
+typedef struct {
+   guint32 totalSQlength;
+   guint32 alreadyParsedlength;
+} pileElem;
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Refer to gdcmParser::CheckSwap()
@@ -92,35 +45,34 @@ const unsigned int gdcmParser::MAX_SIZE_PRINT_ELEMENT_VALUE = 64;
 // Constructor / Destructor
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief constructor  
- * @param   inFilename
- * @param   exception_on_error
+ * \brief   constructor  
+ * @param   inFilename file to be opened for parsing
+ * @param   exception_on_error whether we throw an exception or not
  * @param   enable_sequences = true to allow the header 
- *          to be parsed *inside* the SeQuences, 
+ *          to be parsed *inside* the SeQuences,
  *          when they have an actual length 
- * @param ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
- *           to save memory space.
- * \warning  The TRUE value for this param has to be used 
- *          with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
- *          ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
+ * \warning enable_sequences *has to be* true for reading PAPYRUS 3.0 files 
+ * @param   ignore_shadow to allow skipping the shadow elements, 
+ *          to save memory space.
+ * \warning The TRUE value for this param has to be used 
+ *          with a FALSE value for the 'enable_sequence' param.
+ *          ('public elements' may be embedded in 'shadow Sequences')
  */
 gdcmParser::gdcmParser(const char *inFilename, 
                        bool exception_on_error,
                        bool enable_sequences,
-                      bool ignore_shadow) {
+                       bool ignore_shadow) {
    enableSequences=enable_sequences;
    ignoreShadow   =ignore_shadow;
    
-   SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
+   SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE); 
    filename = inFilename;
    Initialise();
 
    if ( !OpenFile(exception_on_error))
       return;
-   if (ParseHeader()) {
-     LoadHeaderEntries();
-   }
+
+   LoadHeaderEntries();   
    CloseFile();
 
    wasUpdated = 0;  // will be set to 1 if user adds an entry
@@ -133,6 +85,7 @@ gdcmParser::gdcmParser(const char *inFilename,
  * @param   exception_on_error
  */
 gdcmParser::gdcmParser(bool exception_on_error) {
+       (void)exception_on_error;
    enableSequences=0;
 
    SetMaxSizeLoadEntry(MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE);
@@ -156,25 +109,23 @@ gdcmParser::~gdcmParser (void) {
 /**
   * \ingroup gdcmParser
   * \brief   Prints the Header Entries (Dicom Elements)
-  *          both from the H Table and the chained list
+  *          from the chained list
   * @return
   */ 
 void gdcmParser::PrintEntry(std::ostream & os) {
-   std::ostringstream s;   
-          
+
    for (ListTag::iterator i = listEntries.begin();  
-          i != listEntries.end();
-          ++i)
+        i != listEntries.end();
+        ++i)
    {
-          (*i)->SetPrintLevel(printLevel);
-          (*i)->Print(os);   
+      (*i)->SetPrintLevel(printLevel);
+      (*i)->Print(os);   
    } 
-   os<<s.str();
 }
 
+
 /**
-  * \ingroup gdcmParser
-  * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionnry
+  * \brief   Prints The Dict Entries of THE public Dicom Dictionary
   * @return
   */  
 void gdcmParser::PrintPubDict(std::ostream & os) {
@@ -182,8 +133,7 @@ void gdcmParser::PrintPubDict(std::ostream & os) {
 }
 
 /**
-  * \ingroup gdcmParser
-  * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionnry
+  * \brief   Prints The Dict Entries of THE shadow Dicom Dictionary
   * @return
   */
 void gdcmParser::PrintShaDict(std::ostream & os) {
@@ -193,7 +143,6 @@ void gdcmParser::PrintShaDict(std::ostream & os) {
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Public
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Get the public dictionary used
  */
 gdcmDict *gdcmParser::GetPubDict(void) {
@@ -201,7 +150,6 @@ gdcmDict *gdcmParser::GetPubDict(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Get the shadow dictionary used
  */
 gdcmDict *gdcmParser::GetShaDict(void) {
@@ -209,7 +157,6 @@ gdcmDict *gdcmParser::GetShaDict(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Set the shadow dictionary used
  * \param   dict dictionary to use in shadow
  */
@@ -219,7 +166,6 @@ bool gdcmParser::SetShaDict(gdcmDict *dict){
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Set the shadow dictionary used
  * \param   dictName name of the dictionary to use in shadow
  */
@@ -229,7 +175,6 @@ bool gdcmParser::SetShaDict(DictKey dictName){
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief  This predicate, based on hopefully reasonable heuristics,
  *         decides whether or not the current gdcmParser was properly parsed
  *         and contains the mandatory information for being considered as
@@ -249,7 +194,6 @@ bool gdcmParser::IsReadable(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a ImplicitVRLittleEndian one.
  * @return  True when ImplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
@@ -285,7 +229,6 @@ bool gdcmParser::IsExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a DeflatedExplicitVRLittleEndian one.
  * @return  True when DeflatedExplicitVRLittleEndian found. False in all other cases.
@@ -303,7 +246,6 @@ bool gdcmParser::IsDeflatedExplicitVRLittleEndianTransferSyntax(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Determines if the Transfer Syntax was already encountered
  *          and if it corresponds to a Explicit VR Big Endian one.
  * @return  True when big endian found. False in all other cases.
@@ -321,7 +263,6 @@ bool gdcmParser::IsExplicitVRBigEndianTransferSyntax(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief  returns the File Type 
  *         (ACR, ACR_LIBIDO, ExplicitVR, ImplicitVR, Unknown)
  * @return the FileType code
@@ -331,7 +272,6 @@ FileType gdcmParser::GetFileType(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   opens the file
  * @param   exception_on_error
  * @return  
@@ -372,7 +312,6 @@ FILE *gdcmParser::OpenFile(bool exception_on_error)
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief closes the file  
  * @return  TRUE if the close was successfull 
  */
@@ -385,13 +324,12 @@ bool gdcmParser::CloseFile(void) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief writes on disc all the Header Entries (Dicom Elements) 
+ * \brief Writes in a file all the Header Entries (Dicom Elements) 
  *        of the Chained List
  * @param fp file pointer on an already open file
- * @param   type type of the File to be written 
+ * @param type Type of the File to be written 
  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
- * @return  always "True" ?!
+ * \return Always true.
  */
 bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
 // ==============
@@ -404,14 +342,13 @@ bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
    // TODO : move the following lines (and a lot of others, to be written)
    // to a future function CheckAndCorrectHeader
    
-       // Question :
-       // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier DicomV3 ou non
-       // (FileType est un champ de gdcmParser ...)
-       // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
-       // no way 
-        // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
-        // faire un CheckAndCorrectHeader (?)  
-        
+   // Question :
+   // Comment pourrait-on savoir si le DcmHeader vient d'un fichier
+   // DicomV3 ou non (FileType est un champ de gdcmParser ...)
+   // WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
+   // no way 
+   // a moins de se livrer a un tres complique ajout des champs manquants.
+   // faire un CheckAndCorrectHeader (?)  
 
    if (type == ImplicitVR) 
    {
@@ -437,7 +374,11 @@ bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
       SetEntryLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
    }
 
-/* TODO : rewrite later
+/* TODO : rewrite later, if really usefull
+
+--> Warning : un-updated odd groups lengths can causes pb 
+-->           (xmedcon breaks)
+--> to be re- written with future org.
 
    if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
       UpdateGroupLength(false,type);
@@ -447,57 +388,38 @@ bool gdcmParser::Write(FILE *fp, FileType type) {
 
    WriteEntries(fp,type);
    return(true);
- }
+}
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
- *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
- * @param   Value passed as a std::string
- * @param   Group
- * @param   Elem
- * \return  false only if new element creation fails
- */
-bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(std::string Value, 
+ *          when it exists. Create it with the given value when unexistant.
+ * \warning Adds the Header Entry to the HTable, NOT to the chained List
+ * @param   Value Value to be set
+ * @param   Group Group of the Entry 
+ * @param   Elem  Element of the Entry
+ * \return  pointer to the modified/created Header Entry (NULL when creation
+ *          failed).
+ */
+gdcmHeaderEntry * gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(
+                                         std::string Value, 
                                          guint16 Group, 
-                                        guint16 Elem ){
-   if (CheckIfEntryExistByNumber(Group, Elem) == 0) {
-      gdcmHeaderEntry *a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
+                                         guint16 Elem ){
+   gdcmHeaderEntry* a;
+   a = GetHeaderEntryByNumber( Group, Elem);
+   if (a == NULL) {
+      a =NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
       if (a == NULL) 
-         return false;
+         return NULL;
       AddHeaderEntry(a);
    }   
-   SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
-   return(true);
+   //CLEANME SetEntryByNumber(Value, Group, Elem);
+   a->SetValue(Value);
+   return(a);
 }   
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Modifies the value of a given Header Entry (Dicom Element)
- *          if it exists; Creates it with the given value if it doesn't
- * @param   Value passed as a char*
- * @param Group   group of the Entry 
- * @param Elem element of the Entry
- * \return  boolean 
- * 
- */
-bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) {
-   gdcmHeaderEntry* nvHeaderEntry=NewHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
-
-   if(!nvHeaderEntry)
-      return(false);
-
-   AddHeaderEntry(nvHeaderEntry);
-
-   std::string v = Value;      
-   SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
-   return(true);
-}  
-
-/**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Set a new value if the invoked element exists
- *          Seems to be useless !!!
+ * \brief Set a new value if the invoked element exists
+ *        Seems to be useless !!!
  * @param Value new element value
  * @param Group   group of the Entry 
  * @param Elem element of the Entry
@@ -505,7 +427,7 @@ bool gdcmParser::ReplaceOrCreateByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Ele
  */
 bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem ) 
 {
-   std::string v = Value;      
+   std::string v = Value;
    SetEntryByNumber(v, Group, Elem);
    return true;
 } 
@@ -514,7 +436,6 @@ bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem
 // Protected
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Checks if a given Dicom Element exists
  *          within the H table
  * @param   group Group   number of the searched Dicom Element 
@@ -522,8 +443,8 @@ bool gdcmParser::ReplaceIfExistByNumber(char* Value, guint16 Group, guint16 Elem
  * @return  number of occurences
  */
 int gdcmParser::CheckIfEntryExistByNumber(guint16 group, guint16 element ) {
-       std::string key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
-       return (tagHT.count(key));
+   std::string key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element );
+   return (tagHT.count(key));
 }
 
 /**
@@ -564,7 +485,7 @@ std::string gdcmParser::GetEntryVRByName(std::string tagName) {
       return GDCM_UNFOUND;
 
    gdcmHeaderEntry* elem =  GetHeaderEntryByNumber(dictEntry->GetGroup(),
-                                                   dictEntry->GetElement());                                   
+                                                   dictEntry->GetElement());
    return elem->GetVR();
 }
 
@@ -633,7 +554,7 @@ int gdcmParser::GetEntryLengthByNumber(guint16 group, guint16 element) {
 bool gdcmParser::SetEntryByName(std::string content,std::string tagName) {
    gdcmDictEntry *dictEntry = RefPubDict->GetDictEntryByName(tagName); 
    if( dictEntry == NULL)
-      return false;                                
+      return false;    
 
    return(SetEntryByNumber(content,dictEntry->GetGroup(),
                                    dictEntry->GetElement()));
@@ -684,11 +605,11 @@ bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content,
    else if( (vr == "UL") || (vr == "SL") )
       lgr = 4;
    else
-      lgr = l;    
+      lgr = l;   
 
    a->SetLength(lgr);   
    return true;
-}                                        
+}  
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
@@ -704,15 +625,15 @@ bool gdcmParser::SetEntryByNumber(std::string content,
  */
 bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 l, 
                                         guint16 group, 
-                                       guint16 element) 
+                                        guint16 element) 
 {
    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
    if ( ! tagHT.count(key))
       return false;
    if (l%2) l++; // length must be even
-   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l);  
-        
-   return true ;               
+   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetLength(l); 
+
+   return true ;
 }
 
 /**
@@ -725,7 +646,7 @@ bool gdcmParser::SetEntryLengthByNumber(guint32 l,
  */
 size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
 {
-   gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);        
+   gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
    if (!Entry) 
    {
       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
@@ -745,7 +666,7 @@ size_t gdcmParser::GetEntryOffsetByNumber(guint16 Group, guint16 Elem)
  */
 void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem) 
 {
-   gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);        
+   gdcmHeaderEntry* Entry = GetHeaderEntryByNumber(Group, Elem);
    if (!Entry) 
    {
       dbg.Verbose(1, "gdcmParser::GetHeaderEntryByNumber",
@@ -756,7 +677,6 @@ void * gdcmParser::GetEntryVoidAreaByNumber(guint16 Group, guint16 Elem)
 }
 
 /**
- * \ingroup       gdcmParser
  * \brief         Loads (from disk) the element content 
  *                when a string is not suitable
  * @param Group   group of the Entry 
@@ -769,18 +689,18 @@ void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem)
       return NULL;
    size_t o =(size_t)Element->GetOffset();
    fseek(fp, o, SEEK_SET);
-   int l=Element->GetLength();
-   void * a = malloc(l);
+   size_t l=Element->GetLength();
+   char* a = new char[l];
    if(!a) 
-       return NULL;
+      return NULL;
 
    SetEntryVoidAreaByNumber(a, Group, Elem);
    // TODO check the result 
    size_t l2 = fread(a, 1, l ,fp);
    if(l != l2) 
    {
-       free(a);
-       return NULL;
+      delete[] a;
+      return NULL;
    }
 
    return a;  
@@ -796,19 +716,19 @@ void *gdcmParser::LoadEntryVoidArea(guint16 Group, guint16 Elem)
  */
 bool gdcmParser::SetEntryVoidAreaByNumber(void * area,
                                           guint16 group, 
-                                         guint16 element) 
+                                          guint16 element) 
 {
    TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element);
    if ( ! tagHT.count(key))
       return false;
-   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetVoidArea(area);     
+   ( ((tagHT.equal_range(key)).first)->second )->SetVoidArea(area); 
    return true;
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Update the entries with the shadow dictionary. 
- *          Only non even entries are  analyzed       
+ *          Only non even entries are analyzed       
  */
 void gdcmParser::UpdateShaEntries(void) {
    gdcmDictEntry *entry;
@@ -912,7 +832,6 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntrySafe(gdcmHeaderEntry * entry) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Re-computes the length of a ACR-NEMA/Dicom group from a DcmHeader
  * \warning : to be re-written using the chained list instead of the H table.
  * \warning : DO NOT use (doesn't work any longer because of the multimap)
@@ -948,7 +867,7 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
       vr = elem->GetVR(); 
                  
       sprintf(trash, "%04x", gr);
-      key = trash;             // generate 'group tag'
+      key = trash;   // generate 'group tag'
       
       // if the caller decided not to take SEQUENCEs into account 
       // e.g : he wants to write an ACR-NEMA File 
@@ -961,7 +880,7 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
       // since it's at the end of the Hash Table
       // (fffe,e0dd) 
        
-      // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
+      // there is SEQUENCE in ACR-NEMA
       // WARNING : 
       // --> la descente a l'interieur' des SQ 
       // devrait etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
@@ -969,8 +888,8 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
       if ( groupHt.count(key) == 0) // we just read the first elem of a given group
       { 
          if (el == 0x0000) // the first elem is 0x0000
-         {           
-            groupHt[key] = 0;        // initialize group length 
+         {
+            groupHt[key] = 0;      // initialize group length 
          } 
          else 
          {
@@ -998,15 +917,15 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
    { 
       // FIXME: g++ -Wall -Wstrict-prototypes reports on following line:
       //        warning: unsigned int format, different type arg
-      sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
-      tk = g->first + "|0000";                 // generate the element full tag
+      sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid); //FIXME
+      tk = g->first + "|0000";   // generate the element full tag
                      
       if ( tagHT.count(tk) == 0) // if element 0x0000 not found
-      {                
+      {
          gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
          elemZ = new gdcmHeaderEntry(tagZ);
          elemZ->SetLength(4);
-         AddHeaderEntry(elemZ);                                // create it
+         AddHeaderEntry(elemZ);   // create it
       } 
       else 
       {
@@ -1019,158 +938,199 @@ void gdcmParser::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
 }
 
 /**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief   writes on disc according to the requested format
- *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
- *          using the Chained List
- * \warning does NOT add the missing elements in the header :
- *           it's up to the user doing it !
- *           (function CheckHeaderCoherence to be written)
- * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
- *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
- * \sa WriteEntriesDeprecated (Special temporay method for Theralys)
- * @param   type type of the File to be written 
- *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
- * @param   _fp already open file pointer
+ * \brief Writes in a file (according to the requested format)
+ *        the group, the element, the value representation and the length
+ *        of a single gdcmHeaderEntry passed as argument.
+ * @param tag  pointer on the gdcmHeaderEntry to be written
+ * @param _fp  already open file pointer
+ * @param type type of the File to be written 
  */
-void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
+void gdcmParser::WriteEntryTagVRLength(gdcmHeaderEntry *tag,
+                                       FILE *_fp,
+                                       FileType type)
 {
-   guint16 gr, el;
-   guint32 lgr;
-   std::string value;
-   const char * val;
-   std::string vr;
-   guint32 val_uint32;
-   guint16 val_uint16;
-   guint16 valZero =0;
-   void *voidArea;
-   std::vector<std::string> tokens;
-   
-   // TODO : function CheckHeaderCoherence to be written
-   
-   //  uses now listEntries to iterate, not TagHt!
-   //
-   //        pb : gdcmParser.Add does NOT update listEntries
-   //       TODO : find a trick (in STL?) to do it, at low cost !
+   guint16 group  = tag->GetGroup();
+   std::string vr = tag->GetVR();
+   guint16 el     = tag->GetElement();
+   guint32 lgr    = tag->GetReadLength();
+
+   if ( (group == 0xfffe) && (el == 0x0000) ) 
+     // Fix in order to make some MR PHILIPS images e-film readable
+     // see gdcmData/gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm:
+     // we just *always* ignore spurious fffe|0000 tag !   
+      return; 
+
+   fwrite ( &group,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
+   fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);     //element
+      
+   if ( type == ExplicitVR ) {
 
-   void *ptr;
-   int ff=0xffffffff;
-   // TODO (?) tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
-   int compte =0;
-   
-   for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
-        tag2 != listEntries.end();
-        ++tag2)
-   {
-      // === Deal with the length
-      //     --------------------
-      if(((*tag2)->GetLength())%2==1)
-      { 
-         (*tag2)->SetValue((*tag2)->GetValue()+"\0");
-         (*tag2)->SetLength((*tag2)->GetReadLength()+1);
-      }
+      // Special case of delimiters:
+      if (group == 0xfffe) {
+         // Delimiters have NO Value Representation and have NO length.
+         // Hence we skip writing the VR and length and we pad by writing
+         // 0xffffffff
 
-      gr    = (*tag2)->GetGroup();
-      el    = (*tag2)->GetElement();
-      lgr   = (*tag2)->GetReadLength();
-      val   = (*tag2)->GetValue().c_str();
-      vr    = (*tag2)->GetVR();
-      voidArea = (*tag2)->GetVoidArea();
-      
-      if ( type == ACR ) 
-      { 
-         if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
-         if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
-         if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
-                  // TODO : find a trick to *skip* the SeQuences !
-                  // Not only ignore the SQ element
-         if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
-      } 
+         int ff=0xffffffff;
+         fwrite (&ff,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+         return;
+      }
 
-      fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
-      fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
-      
-      if ( (type == ExplicitVR) || (type == DICOMDIR) ) {
-         // EXPLICIT VR
-         guint16 z=0, shortLgr;
-        
-         if (gr == 0xfffe) { // NO Value Representation for 'delimiters'
-               // no length : write ffffffff           
-            fwrite (&ff,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-            continue;       // NO value for 'delimiters'                           
-        }
-        
-        shortLgr=lgr;   
-         if (vr == "unkn") {     // Unknown was 'written'
-           // deal with Little Endian            
-            fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+      guint16 z=0;
+      guint16 shortLgr = lgr;
+      if (vr == "unkn") {     // Unknown was 'written'
+         // deal with Little Endian            
+         fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+         fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+      } else {
+         fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);                     
+         if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") )
+         {
             fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
+            fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
          } else {
-            fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);                     
-            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ){           
-                  fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-                  fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-            } else {
-              fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-           }
+            fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
          }
-      } 
-      else // IMPLICIT VR 
-      { 
-         fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
       }
+   } 
+   else // IMPLICIT VR 
+   { 
+      fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+   }
+}
       
-      // === Deal with the value
-      //     -------------------
-      if (vr == "SQ")  continue; // no "value" to write for the SEQuences
-      if (gr == 0xfffe)continue; // no "value" to write for the delimiters
+/**
+ * \brief Writes in a file (according to the requested format)
+ *        the value of a single gdcmHeaderEntry passed as argument.
+ * @param tag  Pointer on the gdcmHeaderEntry to be written
+ * @param _fp  Already open file pointer
+ * @param type type of the File to be written
+ */
+void gdcmParser::WriteEntryValue(gdcmHeaderEntry *tag, FILE *_fp,FileType type)
+{
+   (void)type;
+   guint16 group  = tag->GetGroup();
+   std::string vr = tag->GetVR();
+   guint32 lgr    = tag->GetReadLength();
+
+   if (vr == "SQ")
+      // SeQuences have no value:
+      return;
+   if (group == 0xfffe)
+      // Delimiters have no associated value:
+      return;
       
-      if (voidArea != NULL) 
-      { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
-         fwrite ( voidArea,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
-         continue;            
-      }
+   void *voidArea;
+   voidArea = tag->GetVoidArea();
+   if (voidArea != NULL) 
+   { // there is a 'non string' LUT, overlay, etc
+      fwrite ( voidArea,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
+      return;            
+   }
       
-      if (vr == "US" || vr == "SS") 
+   if (vr == "US" || vr == "SS") 
+   {
+      // some 'Short integer' fields may be mulivaluated
+      // each single value is separated from the next one by '\'
+      // we split the string and write each value as a short int
+      std::vector<std::string> tokens;
+      tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
+      Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
+      for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
       {
-         tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
-         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
-         {
-            val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
-            ptr = &val_uint16;
-            fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-         }
-         tokens.clear();
-         continue;
+         guint16 val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
+         void *ptr = &val_uint16;
+         fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
       }
-      if (vr == "UL" || vr == "SL") 
+      tokens.clear();
+      return;
+   }
+      // some 'Integer' fields may be mulivaluated
+      // each single value is separated from the next one by '\'
+      // we split the string and write each value as an int
+   if (vr == "UL" || vr == "SL") 
+   {
+      std::vector<std::string> tokens;
+      tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
+      Tokenize (tag->GetValue(), tokens, "\\");
+      for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
       {
-         tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize ((*tag2)->GetValue(), tokens, "\\");
-         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) 
-         {
-            val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
-            ptr = &val_uint32;
-            fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-         }
-         tokens.clear();
-         continue;
-      } 
-          
-      // Pixels are never loaded in the element !
-      // we stop writting when Pixel are processed
-      // FIX : we loose trailing elements (RAB, right now)           
-            
-      if ((gr == GrPixel) && (el == NumPixel) ) {
-         compte++;
-         if (compte == countGrPixel) // we passed *all* the GrPixel,NumPixel   
-            break;
-      }       
-      fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
+         guint32 val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
+         void *ptr = &val_uint32;
+         fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
+      }
+      tokens.clear();
+      return;
+   }           
+   fwrite (tag->GetValue().c_str(), (size_t)lgr ,(size_t)1, _fp); // Elem value
+}
+
+/**
+ * \brief Writes in a file (according to the requested format)
+ *        a single gdcmHeaderEntry passed as argument.
+ * \sa    WriteEntryValue, WriteEntryTagVRLength.
+ * @param tag  Pointer on the gdcmHeaderEntry to be written
+ * @param _fp  Already open file pointer
+ * @param type type of the File to be written
+ */
+
+bool gdcmParser::WriteEntry(gdcmHeaderEntry *tag, FILE *_fp,FileType type)
+{
+   guint32 length = tag->GetLength();
+
+   // The value of a tag MUST (see the DICOM norm) be an odd number of
+   // bytes. When this is not the case, pad with an additional byte:
+   if(length%2==1)
+   { 
+      tag->SetValue(tag->GetValue()+"\0");
+      tag->SetLength(tag->GetReadLength()+1);
    }
+
+   WriteEntryTagVRLength(tag, _fp, type);
+   WriteEntryValue(tag, _fp, type);
+   return true;
 }
 
+/**
+ * \brief   writes on disc according to the requested format
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR) the image
+ *          using the Chained List
+ * \warning does NOT add the missing elements in the header :
+ *           it's up to the user doing it !
+ *           (function CheckHeaderCoherence to be written)
+ * \warning DON'T try, right now, to write a DICOM image
+ *           from an ACR Header (meta elements will be missing!)
+ * \sa WriteEntriesDeprecated (Special temporary method for Theralys)
+ * @param   type type of the File to be written 
+ *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
+ * @param   _fp already open file pointer
+ */
+
+bool gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
+{   
+   // TODO (?) check write failures (after *each* fwrite)
+     
+   for (ListTag::iterator tag2=listEntries.begin();
+                          tag2 != listEntries.end();
+                          ++tag2)
+   {
+      if ( type == ACR ){ 
+         if ((*tag2)->GetGroup() < 0x0008)
+            // Ignore pure DICOM V3 groups
+            continue;
+         if ((*tag2)->GetElement() %2)
+            // Ignore the "shadow" groups
+            continue;
+         if ((*tag2)->GetVR() == "SQ" ) // ignore Sequences
+            continue;
+         if ((*tag2)->GetSQDepthLevel() != 0) // Not only ignore the SQ element
+            continue;      
+      } 
+      if (! WriteEntry(*tag2,_fp,type) )
+         return false;
+   }
+   return true;
+}   
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
@@ -1190,93 +1150,23 @@ void gdcmParser::WriteEntries(FILE *_fp,FileType type)
  *          (ACR-NEMA, ExplicitVR, ImplicitVR)
  */
 void gdcmParser::WriteEntriesDeprecated(FILE *_fp,FileType type) {
-   guint16 gr, el;
-   guint32 lgr;
-   const char * val;
-   std::string vr;
-   guint32 val_uint32;
-   guint16 val_uint16;
-   
-   std::vector<std::string> tokens;
 
-   void *ptr;
-
-   // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian 
    // restent a tester les echecs en ecriture (apres chaque fwrite)
 
    for (TagHeaderEntryHT::iterator tag2=tagHT.begin();
         tag2 != tagHT.end();
         ++tag2){
-
-      gr =  tag2->second->GetGroup();
-      el =  tag2->second->GetElement();
-      lgr = tag2->second->GetLength();
-      val = tag2->second->GetValue().c_str();
-      vr =  tag2->second->GetVR();
-      
-     // std::cout << "Tag "<< std::hex << gr << " " << el << std::endl;
-
-      if ( type == ACR ) { 
-         if (gr < 0x0008)   continue; // ignore pure DICOM V3 groups
-         if (gr %2)         continue; // ignore shadow groups
-         if (vr == "SQ" )   continue; // ignore Sequences
-         if (gr == 0xfffe ) continue; // ignore delimiters
-      } 
-
-      fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
-      fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
-
-      if ( (type == ExplicitVR) && (gr <= 0x0002) ) {
-         // EXPLICIT VR
-         guint16 z=0, shortLgr;
-         fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-
-         if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
-            fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-            fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-
-         } else {
-            shortLgr=lgr;
-            fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-         }
-      } else { // IMPLICIT VR
-         fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-      }
-
-      if (vr == "US" || vr == "SS") {
-         tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-            val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());
-            ptr = &val_uint16;
-            fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-         }
-         tokens.clear();
-         continue;
+      if ( type == ACR ){ 
+         if ((*tag2->second).GetGroup() < 0x0008)    continue; // ignore pure DICOM V3 groups
+         if ((*tag2->second).GetElement() %2)        continue; // ignore shadow groups
+         if ((*tag2->second).GetVR() == "SQ" )       continue; // ignore Sequences
+         if ((*tag2->second).GetSQDepthLevel() != 0) continue; // Not only ignore the SQ element          
       }
-      if (vr == "UL" || vr == "SL") {
-         tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); // clean any previous value
-         Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-         for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-            val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());
-            ptr = &val_uint32;
-            fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-         }
-         tokens.clear();
-         continue;
-      }     
-      // Pixels are never loaded in the element !
-      if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
-      fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); // Elem value
+      if ( ! WriteEntry(tag2->second,_fp,type))
+         break;
    }
 }
 
-
-
-
-
-
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   Swaps back the bytes of 4-byte long integer accordingly to
@@ -1340,11 +1230,11 @@ guint16 gdcmParser::UnswapShort(guint16 a) {
 // Private
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Parses the header of the file but WITHOUT loading element values.
+ * \brief   Parses the header of the file and load element values.
  * @return  false if file is not ACR-NEMA / DICOM
  */
-bool gdcmParser::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
-   
+bool gdcmParser::LoadHeaderEntries(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
+   (void)exception_on_error;
    rewind(fp);
    if (!CheckSwap())
       return false;
@@ -1354,28 +1244,13 @@ bool gdcmParser::ParseHeader(bool exception_on_error) throw(gdcmFormatError) {
      SkipHeaderEntry(newHeaderEntry);
      if ( (ignoreShadow==0) || (newHeaderEntry->GetGroup()%2) == 0) { 
         AddHeaderEntry(newHeaderEntry); 
-     }      
-   }
-   return true;
-}
-
-/**
- * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Loads the element values of all the Header Entries pointed in the
- *          public Chained List.
- */
-void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
-   rewind(fp);
-   for (ListTag::iterator i = GetListEntry().begin();
-      i != GetListEntry().end();
-      ++i)
-   {
-      LoadHeaderEntry(*i);
+       LoadHeaderEntry(newHeaderEntry); 
+     }     
    }
-            
    rewind(fp);
 
-   // Load 'non string' values   
+   // Load 'non string' values
+      
    std::string PhotometricInterpretation = GetEntryByNumber(0x0028,0x0004);   
    if( PhotometricInterpretation == "PALETTE COLOR " ) {
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1200);  // gray LUT   
@@ -1387,7 +1262,7 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1222);  // Segmented Green Palette Color LUT Data
       LoadEntryVoidArea(0x0028,0x1223);  // Segmented Blue  Palette Color LUT Data
    } 
-   //FIXME : how to use it?
+   //FIXME later : how to use it?
    LoadEntryVoidArea(0x0028,0x3006);  //LUT Data (CTX dependent)     
    
    // --------------------------------------------------------------
@@ -1396,7 +1271,7 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
    // if recognition code tells us we deal with a LibIDO image
    // we switch lineNumber and columnNumber
    //
-   std::string RecCode;        
+   std::string RecCode;
    RecCode = GetEntryByNumber(0x0008, 0x0010); // recognition code
    if (RecCode == "ACRNEMA_LIBIDO_1.1" ||
        RecCode == "CANRME_AILIBOD1_1." ) 
@@ -1407,7 +1282,8 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntries(void) {
          SetEntryByNumber(columns, 0x0028, 0x0010);
          SetEntryByNumber(rows   , 0x0028, 0x0011);
    }
-   // ----------------- End of Special Patch ----------------
+   // ----------------- End of Special Patch ----------------   
+   return true;
 }
 
 /**
@@ -1421,25 +1297,14 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
    guint16 group  = Entry->GetGroup();
    std::string  vr= Entry->GetVR();
    guint32 length = Entry->GetLength();
-   bool SkipLoad  = false;
 
    fseek(fp, (long)Entry->GetOffset(), SEEK_SET);
-   
-   // the test was commented out to 'go inside' the SeQuences
-   // we don't any longer skip them !
-    
-   // if( vr == "SQ" )  //  (DO NOT remove this comment)
-   //    SkipLoad = true;
 
    // A SeQuence "contains" a set of Elements.  
    //          (fffe e000) tells us an Element is beginning
    //          (fffe e00d) tells us an Element just ended
    //          (fffe e0dd) tells us the current SeQuence just ended
-   if( group == 0xfffe )
-      SkipLoad = true;
-
-   if ( SkipLoad ) {
-      Entry->SetLength(0);
+   if( group == 0xfffe ) {
       Entry->SetValue("gdcm::Skipped");
       return;
    }
@@ -1462,18 +1327,16 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
       Entry->SetValue(s.str());
       return;
    }
-   
-   // When integer(s) are expected, read and convert the following 
-   // n *(two or four bytes)
-   // properly i.e. as integers as opposed to strings. 
-   // Elements with Value Multiplicity > 1
-   // contain a set of integers (not a single one) 
-       
+    
    // Any compacter code suggested (?)
    if ( IsHeaderEntryAnInteger(Entry) ) {   
       guint32 NewInt;
       std::ostringstream s;
       int nbInt;
+   // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
+   // n *two characters properly i.e. as short integers as opposed to strings.
+   // Elements with Value Multiplicity > 1
+   // contain a set of integers (not a single one)       
       if (vr == "US" || vr == "SS") {
          nbInt = length / 2;
          NewInt = ReadInt16();
@@ -1484,8 +1347,12 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
                NewInt = ReadInt16();
                s << NewInt;
             }
-         }                     
+         }
       }
+   // When integer(s) are expected, read and convert the following 
+   // n * four characters properly i.e. as integers as opposed to strings.
+   // Elements with Value Multiplicity > 1
+   // contain a set of integers (not a single one)           
       else if (vr == "UL" || vr == "SL") {
          nbInt = length / 4;
          NewInt = ReadInt32();
@@ -1503,7 +1370,7 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
 #endif //GDCM_NO_ANSI_STRING_STREAM
 
       Entry->SetValue(s.str());
-      return;  
+      return;
    }
    
    // We need an additional byte for storing \0 that is not on disk
@@ -1516,7 +1383,7 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
    }
 
    if( (vr == "UI") ) // Because of correspondance with the VR dic
-      Entry->SetValue(NewValue.c_str()); // ??? JPR ???
+      Entry->SetValue(NewValue.c_str());
    else
       Entry->SetValue(NewValue);
 }
@@ -1524,7 +1391,7 @@ void gdcmParser::LoadHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *Entry)  {
 /**
  * \ingroup gdcmParser
  * \brief   add a new Dicom Element pointer to 
- *          the H Table and to the chained List
+ *          the H Table and at the end of the chained List
  * \warning push_bash in listEntries ONLY during ParseHeader
  * \todo    something to allow further Elements addition,
  *          (at their right place in the chained list)
@@ -1544,16 +1411,10 @@ void gdcmParser::AddHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *newHeaderEntry) {
  */
  void gdcmParser::FindHeaderEntryLength (gdcmHeaderEntry *Entry) {
    guint16 element = Entry->GetElement();
-   guint16 group   = Entry->GetGroup();
+   //guint16 group   = Entry->GetGroup(); //FIXME
    std::string  vr = Entry->GetVR();
    guint16 length16;
-   
-   if( (element == NumPixel) && (group == GrPixel) ) 
-   {
-      dbg.SetDebug(GDCM_DEBUG);
-      dbg.Verbose(2, "gdcmParser::FindLength: ",
-                     "we reached (GrPixel,NumPixel)");
-   }   
+       
    
    if ( (filetype == ExplicitVR) && (! Entry->IsImplicitVR()) ) 
    {
@@ -1677,7 +1538,7 @@ void gdcmParser::FindHeaderEntryVR( gdcmHeaderEntry *Entry)
    // is in explicit VR and try to fix things if it happens not to be
    // the case.
    
-   int lgrLue=fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp); // lgrLue not used
+   (void)fread (&VR, (size_t)2,(size_t)1, fp);
    VR[2]=0;
    if(!CheckHeaderEntryVR(Entry,VR))
    {
@@ -1736,7 +1597,7 @@ bool gdcmParser::CheckHeaderEntryVR(gdcmHeaderEntry *Entry, VRKey vr)
          gdcmDictEntry* NewEntry = NewVirtualDictEntry(
                                    Entry->GetGroup(),Entry->GetElement(),
                                    "UL","FIXME","Group Length");
-         Entry->SetDictEntry(NewEntry);                                                                              
+         Entry->SetDictEntry(NewEntry);     
       }
       return(false);
    }
@@ -1783,6 +1644,13 @@ std::string gdcmParser::GetHeaderEntryValue(gdcmHeaderEntry *Entry)
       std::ostringstream s;
       int nbInt;
 
+   // When short integer(s) are expected, read and convert the following 
+   // n * 2 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
+   // (each single value is separated fromthe next one by '\'
+   // as usual for standard multivaluated filels
+   // Elements with Value Multiplicity > 1
+   // contain a set of short integers (not a single one) 
+   
       if (vr == "US" || vr == "SS")
       {
          guint16 NewInt16;
@@ -1798,6 +1666,12 @@ std::string gdcmParser::GetHeaderEntryValue(gdcmHeaderEntry *Entry)
          }
       }
 
+   // When integer(s) are expected, read and convert the following 
+   // n * 4 bytes properly i.e. as a multivaluated strings
+   // (each single value is separated fromthe next one by '\'
+   // as usual for standard multivaluated filels
+   // Elements with Value Multiplicity > 1
+   // contain a set of integers (not a single one) 
       else if (vr == "UL" || vr == "SL")
       {
          guint32 NewInt32;
@@ -1895,8 +1769,7 @@ void gdcmParser::SkipHeaderEntry(gdcmHeaderEntry *entry)
  */
 void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 FoundLength) 
 {
-   Entry->SetReadLength(FoundLength); // will be updated only if a bug is found
-                    
+   Entry->SetReadLength(FoundLength); // will be updated only if a bug is found        
    if ( FoundLength == 0xffffffff) {
       FoundLength = 0;
    }
@@ -1912,7 +1785,7 @@ void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 Found
    }
       
    // Sorry for the patch!  
-   // XMedCom did the trick to read some nasty GE images ...
+   // XMedCom did the trick to read some naughty GE images ...
    if (FoundLength == 13) {
       // The following 'if' will be removed when there is no more
       // images on Creatis HDs with a 13 length for Manufacturer...
@@ -1932,40 +1805,30 @@ void gdcmParser::FixHeaderEntryFoundLength(gdcmHeaderEntry *Entry, guint32 Found
       Entry->SetReadLength(4); // a bug is to be fixed 
    } 
    // end of fix
-        
    // to try to 'go inside' SeQuences (with length), and not to skip them        
    else if ( Entry->GetVR() == "SQ") 
    { 
       if (enableSequences)    // only if the user does want to !
-         FoundLength =0;      // ReadLength is unchanged        
+         FoundLength =0;      // ReadLength is unchanged 
    } 
     
-   // a SeQuence Element is beginning                                          
-   // Let's forget it's length                                                 
-   // (we want to 'go inside')  
-
-   // Pb : *normaly*  fffe|e000 is just a marker, its length *should be* zero
-   // in gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm we find lengthes as big as 28800
-   // if we set the length to zero IsHeaderEntryAnInteger() breaks...
-   // if we don't, we lost 28800 characters from the Header :-(
-                                                 
+   // we found a 'delimiter' element                                         
+   // fffe|xxxx is just a marker, we don't take its length into account                                                   
    else if(Entry->GetGroup() == 0xfffe)
-   { 
-  // cout << "ReadLength " <<Entry->GetReadLength() << " UsableLength " << FoundLength << endl;  
-  //   Entry->Print();                                                           
-                       // sometimes, length seems to be wrong                                      
-      FoundLength =0;  // some more clever checking to be done !
-                       // I give up!
-                      // only  gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
-                      // causes troubles :-(                  
-   }     
-    
+   {    
+                                         // *normally, fffe|0000 doesn't exist ! 
+     if( Entry->GetElement() != 0x0000 ) // gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm
+                                         // causes extra troubles :-(                                                                  
+        FoundLength =0;
+   } 
+           
    Entry->SetUsableLength(FoundLength);
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   Apply some heuristics to predict wether the considered 
+ * \brief   Apply some heuristics to predict whether the considered 
  *          element value contains/represents an integer or not.
  * @param   Entry The element value on which to apply the predicate.
  * @return  The result of the heuristical predicate.
@@ -1985,22 +1848,21 @@ bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
       else 
       {
          std::ostringstream s;
-        int filePosition = ftell(fp);
+         int filePosition = ftell(fp);
          s << "Erroneous Group Length element length  on : (" \
            << std::hex << group << " , " << element 
-          << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
-          << "lgt : " << length;
-       // These 2 lines commented out : a *very dirty* patch
-       // to go on PrintHeader'ing gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.
-       // have a glance at offset  x(8336) ...
-       // For *regular* headers, the test is useless..
-       // lets's print a warning message and go on, 
-       // instead of giving up with an error message
-       
-       //std::cout << s.str().c_str() << std::endl;
-       
-        // dbg.Error("gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger",
-        //    s.str().c_str());     
+           << ") -before- position x(" << filePosition << ")"
+           << "lgt : " << length;
+         // These 2 lines commented out : a *very dirty* patch
+         // to go on PrintHeader'ing gdcm-MR-PHILIPS-16-Multi-Seq.dcm.
+         // have a glance at offset  x(8336) ...
+         // For *regular* headers, the test is useless..
+         // lets's print a warning message and go on, 
+         // instead of giving up with an error message
+
+         //std::cout << s.str().c_str() << std::endl;
+         // dbg.Error("gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger",
+         //           s.str().c_str());     
       }
    }
    if ( (vr == "UL") || (vr == "US") || (vr == "SL") || (vr == "SS") )
@@ -2032,7 +1894,7 @@ bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
          return 0;
       TotalLength += 4;  // We even have to decount the group and element 
      
-      if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) /*for bogus header */ 
+      if ( g != 0xfffe && g!=0xb00c ) //for bogus header  
       {
          char msg[100]; // for sprintf. Sorry
          sprintf(msg,"wrong group (%04x) for an item sequence (%04x,%04x)\n",g, g,n);
@@ -2040,7 +1902,7 @@ bool gdcmParser::IsHeaderEntryAnInteger(gdcmHeaderEntry *Entry) {
          errno = 1;
          return 0;
       }
-      if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) /* for bogus header  */ 
+      if ( n == 0xe0dd || ( g==0xb00c && n==0x0eb6 ) ) // for bogus header 
          FoundSequenceDelimiter = true;
       else if ( n != 0xe000 )
       {
@@ -2104,7 +1966,7 @@ guint32 gdcmParser::ReadInt32(void) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief skips bytes inside the source file 
  * \warning NOT end user intended method !
  * @return 
  */
@@ -2115,7 +1977,8 @@ void gdcmParser::SkipBytes(guint32 NBytes) {
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief Loads all the needed Dictionaries
+ * \warning NOT end user intended method !   
  */
 void gdcmParser::Initialise(void) 
 {
@@ -2182,18 +2045,17 @@ bool gdcmParser::CheckSwap() {
      
       // FIXME : FIXME:
       // Sometimes (see : gdcmData/icone.dcm) group 0x0002 *is* Explicit VR,
-      // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is *Implicit* VR.
-      // -and it is !- 
+      // but elem 0002,0010 (Transfert Syntax) tells us the file is
+      // *Implicit* VR.  -and it is !- 
       
       if( (memcmp(entCur, "UL", (size_t)2) == 0) ||
-         (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
-         (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) ||       
-         (memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0) )  // CS, to remove later
-                                                   // when Write DCM *adds*
+          (memcmp(entCur, "OB", (size_t)2) == 0) ||
+          (memcmp(entCur, "UI", (size_t)2) == 0) ||
+          (memcmp(entCur, "CS", (size_t)2) == 0) )  // CS, to remove later
+                                                    // when Write DCM *adds*
       // FIXME
       // Use gdcmParser::dicom_vr to test all the possibilities
-      // instead of just checking for UL, OB and UI !?                                             // group 0000 
-                                                    
+      // instead of just checking for UL, OB and UI !? group 0000 
       {
          filetype = ExplicitVR;
          dbg.Verbose(1, "gdcmParser::CheckSwap:",
@@ -2261,7 +2123,7 @@ bool gdcmParser::CheckSwap() {
          filetype = ACR;
          return true;
       default :
-        
+
       // We are out of luck. It is not a DicomV3 nor a 'clean' ACR/NEMA file.
       // It is time for despaired wild guesses. 
       // So, let's check if this file wouldn't happen to be 'dirty' ACR/NEMA,
@@ -2291,26 +2153,27 @@ bool gdcmParser::CheckSwap() {
       case 0x0800 : 
          sw = 4321;
          filetype = ACR;
-        return true;
+         return true;
       default :
          dbg.Verbose(0, "gdcmParser::CheckSwap:",
                      "ACR/NEMA unfound swap info (Really hopeless !)"); 
          filetype = Unknown;     
          return false;
       }
-        
-      // Then the only info we have is the net2host one.        
-        //if (! net2host )
+      
+      // Then the only info we have is the net2host one.
+      //if (! net2host )
          //   sw = 0;
          //else
          //  sw = 4321;
-         //return;                             
+         //return;
    }
 }
 
 /**
  * \ingroup gdcmParser
- * \brief   
+ * \brief Restore the unproperly loaded values i.e. the group, the element
+ *        and the dictionary entry depending on them. 
  */
 void gdcmParser::SwitchSwapToBigEndian(void) 
 {
@@ -2455,19 +2318,19 @@ gdcmHeaderEntry *gdcmParser::ReadNextHeaderEntry(void) {
       // header parsing has to be considered as finished.
       return (gdcmHeaderEntry *)0;
 
-/ Pb : how to propagate the element length (used in SkipHeaderEntry)
+// Pb : how to propagate the element length (used in SkipHeaderEntry)
 //       direct call to SkipBytes ?
    
-   if (ignoreShadow == 1 && g%2 ==1)  //JPR
+//   if (ignoreShadow == 1 && g%2 ==1)
       // if user wants to skip shadow groups
       // and current element *is* a shadow element
       // we don't create anything
-      return (gdcmHeaderEntry *)1; // to tell caller it's NOT finished
-*/   
+//      return (gdcmHeaderEntry *)1; // to tell caller it's NOT finished
+  
    NewEntry = NewHeaderEntryByNumber(g, n);
    FindHeaderEntryVR(NewEntry);
    FindHeaderEntryLength(NewEntry);
-       
+
    if (errno == 1) {
       // Call it quits
       return NULL;