]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - src/gdcmPixelReadConvert.cxx
Fix mistypings
[gdcm.git] / src / gdcmPixelReadConvert.cxx
index c98ffa17f632c49770815037bb06820321c00056..45aaf812dd75df17a02bc981bebf4232b6f29c06 100644 (file)
@@ -3,8 +3,8 @@
   Program:   gdcm
   Module:    $RCSfile: gdcmPixelReadConvert.cxx,v $
   Language:  C++
-  Date:      $Date: 2005/11/30 11:44:38 $
-  Version:   $Revision: 1.107 $
+  Date:      $Date: 2008/05/20 09:22:03 $
+  Version:   $Revision: 1.128 $
                                                                                 
   Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
   l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
 #include "gdcmDocEntry.h"
 #include "gdcmRLEFramesInfo.h"
 #include "gdcmJPEGFragmentsInfo.h"
+#include "gdcmSegmentedPalette.h"
 
 #include <fstream>
 #include <stdio.h> //for sscanf
 
-namespace gdcm
+#if defined(__BORLANDC__)
+   #include <mem.h> // for memset
+#endif 
+
+namespace GDCM_NAME_SPACE
 {
 
-//bool ReadMPEGFile (std::ifstream *fp, char *inputdata, size_t lenght); 
+//bool ReadMPEGFile (std::ifstream *fp, char *inputdata, size_t lenght);
 bool gdcm_read_JPEG2000_file (void* raw, 
                               char *inputdata, size_t inputlength);
 //-----------------------------------------------------------------------------
@@ -40,7 +45,7 @@ bool gdcm_read_JPEG2000_file (void* raw,
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Constructor / Destructor
 /// Constructor
-PixelReadConvert::PixelReadConvert() 
+PixelReadConvert::PixelReadConvert()
 {
    RGB          = 0;
    RGBSize      = 0;
@@ -66,7 +71,7 @@ PixelReadConvert::~PixelReadConvert()
 // Public
 /**
  * \brief Predicate to know whether the image[s] (once Raw) is RGB.
- * \note See comments of \ref ConvertHandleColor
+ * \note See comments of ConvertHandleColor
  */
 bool PixelReadConvert::IsRawRGB()
 {
@@ -81,8 +86,9 @@ bool PixelReadConvert::IsRawRGB()
 /**
  * \brief Gets various usefull informations from the file header
  * @param file gdcm::File pointer
+ * @param fileHelper gdcm::FileHelper pointer 
  */
-void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file, 
+void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file,
                                                  FileHelper *fileHelper )
 {
    // Number of Bits Allocated for storing a Pixel is defaulted to 16
@@ -92,6 +98,10 @@ void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file,
    {
       BitsAllocated = 16;
    }
+   else if ( BitsAllocated > 8 && BitsAllocated < 16 && BitsAllocated != 12 )
+   {
+      BitsAllocated = 16;
+   }
 
    // Number of "Bits Stored", defaulted to number of "Bits Allocated"
    // when absent from the file.
@@ -111,16 +121,17 @@ void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file,
    XSize           = file->GetXSize();
    YSize           = file->GetYSize();
    ZSize           = file->GetZSize();
+   TSize           = file->GetTSize();   
    SamplesPerPixel = file->GetSamplesPerPixel();
    //PixelSize       = file->GetPixelSize();  Useless
    PixelSign       = file->IsSignedPixelData();
    SwapCode        = file->GetSwapCode();
+
    IsPrivateGETransferSyntax = IsMPEG
              = IsJPEG2000 = IsJPEGLS = IsJPEGLossy  
              = IsJPEGLossless = IsRLELossless 
              = false;
-     
+
    if (! file->IsDicomV3() )  // Should be ACR-NEMA file
    {
       IsRaw = true;
@@ -130,34 +141,38 @@ void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file,
       std::string ts = file->GetTransferSyntax();
 
       IsRaw = false;
-      while (true) // short to write than if elseif elseif elseif ...
+      while (true) // shorter to write than 'if elseif elseif elseif' ...
       {
          // mind the order : check the most usual first.
-         if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRLittleEndian)         break;
-         if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRLittleEndian )        break;
-         if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRBigEndian)            break;
-         if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRBigEndianPrivateGE)   break;
-         if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::DeflatedExplicitVRLittleEndian) break;
+         if( IsRaw = (Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRLittleEndian))         break;
+         if( IsRaw = (Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRLittleEndian))         break;
+         if( IsRaw = (Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ExplicitVRBigEndian))            break;
+         if( IsRaw = (Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRBigEndianPrivateGE))   break;
+         // DeflatedExplicitVRLittleEndian syntax means the whole Dataset (Header + Pixels) is compressed !
+         // Not dealt with ! (Parser hangs)
+         //if( IsRaw = Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::DeflatedExplicitVRLittleEndian) break;
          break;
       }
       // cache whether this is a strange GE transfer syntax (which uses
       // a little endian transfer syntax for the header and a big endian
-      // transfer syntax for the pixel data). 
+      // transfer syntax for the pixel data).
       IsPrivateGETransferSyntax = 
                 ( Global::GetTS()->GetSpecialTransferSyntax(ts) == TS::ImplicitVRBigEndianPrivateGE );
 
-      IsMPEG =  IsJPEG2000 =  IsJPEGLS =  IsJPEGLossy =  IsJPEGLossless = IsRLELossless = false;  
+      IsMPEG =  IsJPEG2000 =  IsJPEGLS =  IsJPEGLossy =  IsJPEGLossless = IsRLELossless = false;
       if (!IsRaw)
-      {     
+      {
          while(true)
          {
             // mind the order : check the most usual first.
-            if( IsJPEGLossy     = Global::GetTS()->IsJPEGLossy(ts) )    break;
-            if( IsJPEGLossless  = Global::GetTS()->IsJPEGLossless(ts) ) break;
-            if( IsRLELossless   = Global::GetTS()->IsRLELossless(ts) )  break;
-            if( IsJPEG2000      = Global::GetTS()->IsJPEG2000(ts) )     break;
-            if( IsMPEG          = Global::GetTS()->IsMPEG(ts) )         break;
-            if( IsJPEGLS        = Global::GetTS()->IsJPEGLS(ts) )       break;
+            if( IsJPEGLossy     = (Global::GetTS()->IsJPEGLossy(ts)))    break;
+            if( IsJPEGLossless  = (Global::GetTS()->IsJPEGLossless(ts))) break;
+            if( IsRLELossless   = (Global::GetTS()->IsRLELossless(ts)))  break;
+            if( IsJPEG2000      = (Global::GetTS()->IsJPEG2000(ts)))     break;
+            if( IsMPEG          = (Global::GetTS()->IsMPEG(ts)))         break;
+            if( IsJPEGLS        = (Global::GetTS()->IsJPEGLS(ts)))       break;
+            // DeflatedExplicitVRLittleEndian is considered as 'Unexpected' 
+            // (we don't know yet how to process !)
             gdcmWarningMacro("Unexpected Transfer Syntax :[" << ts << "]");
             break;
          } 
@@ -181,51 +196,114 @@ void PixelReadConvert::GrabInformationsFromFile( File *file,
    HasLUT = file->HasLUT();
    if ( HasLUT )
    {
-      // Just in case some access to a File element requires disk access.
+/*   
+ C.7.6.3.1.5
+   The three values of Palette Color Lookup Table Descriptor (0028,1101-1103)
+   describe the format of the Lookup Table Data in the corresponding
+   Data Element (0028,1201-1203) or (0028,1221-1223).
+    
+   The first value is the number of entries in the lookup table. 
+   When the number of table entries is equal to 2**16 then this value shall be 0.
+
+   The second value is the first stored pixel value mapped. 
+   This pixel value is mapped to the first entry in the Lookup Table Data. 
+   All image pixel values less than the first entry value mapped are also 
+   mapped to the first entry in the Lookup Table Data. 
+   An image pixel value one greater than the first entry value mapped is 
+   mapped to the second entry in the Lookup Table Data. 
+   Subsequent image pixel values are mapped to the subsequent entries in 
+   the Lookup Table Data up to an image pixel value equal to number of 
+   entries + first entry value mapped - 1 which is mapped to the last entry 
+   in the Lookup Table Data. 
+   Image pixel values greater than or equal to number of entries + first entry
+   value mapped are also mapped to the last entry in the Lookup Table Data.
+
+   The third value specifies the number of bits for each entry in the Lookup 
+   Table Data. It shall take the value of 8 or 16. 
+   The LUT Data shall be stored in a format equivalent to 8 or 16 bits 
+   allocated where the high bit is equal to bits allocated-1.
+
+   When the Palette Color Lookup Table Descriptor (0028,1101-1103) are used as
+   part of the Palette Color Lookup Table Module, the third value shall be 
+   equal to 16.
+
+    Note: A value of 16 indicates the Lookup Table Data will range from (0,0,0)
+    minimum intensity to (65535,65535,65535) maximum intensity. 
+
+*/ 
+
+     // Just in case some access to a File element requires disk access.
       LutRedDescriptor   = file->GetEntryString( 0x0028, 0x1101 );
       LutGreenDescriptor = file->GetEntryString( 0x0028, 0x1102 );
       LutBlueDescriptor  = file->GetEntryString( 0x0028, 0x1103 );
-   
-      // FIXME : The following comment is probabely meaningless, since LUT are *always*
-      // loaded at parsing time, whatever their length is.
-         
-      // Depending on the value of Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
-      // [ refer to invocation of Document::SetMaxSizeLoadEntry() in
-      // Document::Document() ], the loading of the value (content) of a
-      // [Bin|Val]Entry occurence migth have been hindered (read simply NOT
-      // loaded). Hence, we first try to obtain the LUTs data from the file
-      // and when this fails we read the LUTs data directly from disk.
-      // \TODO Reading a [Bin|Val]Entry directly from disk is a kludge.
-      //       We should NOT bypass the [Bin|Val]Entry class. Instead
-      //       an access to an UNLOADED content of a [Bin|Val]Entry occurence
-      //       (e.g. DataEntry::GetBinArea()) should force disk access from
-      //       within the [Bin|Val]Entry class itself. The only problem
-      //       is that the [Bin|Val]Entry is unaware of the FILE* is was
-      //       parsed from. Fix that. FIXME.
-   
-      // //// Red round
-      file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1201);
-      LutRedData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1201 );
-      if ( ! LutRedData )
-      {
-         gdcmWarningMacro("Unable to read Red Palette Color Lookup Table data");
-      }
-
-      // //// Green round:
-      file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1202);
-      LutGreenData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea(0x0028, 0x1202 );
-      if ( ! LutGreenData)
-      {
-         gdcmWarningMacro("Unable to read Green Palette Color Lookup Table data");
-      }
-
-      // //// Blue round:
-      file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1203);
-      LutBlueData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1203 );
-      if ( ! LutBlueData )
-      {
-         gdcmWarningMacro("Unable to read Blue Palette Color Lookup Table data");
-      }
+      // Is it a Segmented Palette ? Check if we find the red one:
+      if( file->GetDocEntry(0x0028,0x1221) ) // no need to check for blue & green
+        {
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_RedPaletteColorLookupTableDescriptor (0x0028, 0x1101);
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_GreenPaletteColorLookupTableDescriptor (0x0028, 0x1102);
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_BluePaletteColorLookupTableDescriptor (0x0028, 0x1103);
+
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_SegmentedRedPaletteColorLookupTableData (0x0028, 0x1221);
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_SegmentedGreenPaletteColorLookupTableData (0x0028, 0x1222);
+        GDCM_NAME_SPACE::TagKey DCM_SegmentedBluePaletteColorLookupTableData (0x0028, 0x1223);
+
+
+        LutRedData = new uint8_t[65535*2]; // FIXME: leak
+        LutGreenData = new uint8_t[65535*2];
+        LutBlueData = new uint8_t[65535*2];
+        // TODO need to check file is indeed PALETTE COLOR:
+        ReadPaletteInto(file, DCM_RedPaletteColorLookupTableDescriptor,
+          DCM_SegmentedRedPaletteColorLookupTableData,LutRedData);
+        ReadPaletteInto(file, DCM_GreenPaletteColorLookupTableDescriptor,
+          DCM_SegmentedGreenPaletteColorLookupTableData,LutGreenData);
+        ReadPaletteInto(file, DCM_BluePaletteColorLookupTableDescriptor,
+          DCM_SegmentedBluePaletteColorLookupTableData,LutBlueData);
+
+        }
+      else
+        {
+
+        // FIXME : The following comment is probabely meaningless, since LUT are *always*
+        // loaded at parsing time, whatever their length is.
+
+        // Depending on the value of Document::MAX_SIZE_LOAD_ELEMENT_VALUE
+        // [ refer to invocation of Document::SetMaxSizeLoadEntry() in
+        // Document::Document() ], the loading of the value (content) of a
+        // [Bin|Val]Entry occurence migth have been hindered (read simply NOT
+        // loaded). Hence, we first try to obtain the LUTs data from the file
+        // and when this fails we read the LUTs data directly from disk.
+        // \TODO Reading a [Bin|Val]Entry directly from disk is a kludge.
+        //       We should NOT bypass the [Bin|Val]Entry class. Instead
+        //       an access to an UNLOADED content of a [Bin|Val]Entry occurence
+        //       (e.g. DataEntry::GetBinArea()) should force disk access from
+        //       within the [Bin|Val]Entry class itself. The only problem
+        //       is that the [Bin|Val]Entry is unaware of the FILE* is was
+        //       parsed from. Fix that. FIXME.
+
+        // //// Red round
+        file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1201);
+        LutRedData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1201 );
+        if ( ! LutRedData )
+          {
+          gdcmWarningMacro("Unable to read Red Palette Color Lookup Table data");
+          }
+
+        // //// Green round:
+        file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1202);
+        LutGreenData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea(0x0028, 0x1202 );
+        if ( ! LutGreenData)
+          {
+          gdcmWarningMacro("Unable to read Green Palette Color Lookup Table data");
+          }
+
+        // //// Blue round:
+        file->LoadEntryBinArea(0x0028, 0x1203);
+        LutBlueData = (uint8_t*)file->GetEntryBinArea( 0x0028, 0x1203 );
+        if ( ! LutBlueData )
+          {
+          gdcmWarningMacro("Unable to read Blue Palette Color Lookup Table data");
+          }
+        }
    }
    FileInternal = file;   
    FH = fileHelper;
@@ -263,7 +341,8 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
    unsigned int count = 0;
    unsigned int frameSize;
    unsigned int bitsAllocated = BitsAllocated;
-   if(bitsAllocated == 12)
+   //if(bitsAllocated == 12)
+   if(bitsAllocated > 8 && bitsAllocated < 16)
       bitsAllocated = 16;
    frameSize = XSize*YSize*SamplesPerPixel*bitsAllocated/8;
    
@@ -282,7 +361,7 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
       if ( PixelDataLength != RawSize )
       {
          gdcmWarningMacro( "Mismatch between PixelReadConvert : "
-                              << PixelDataLength << " and RawSize : " << RawSize );
+                            << PixelDataLength << " and RawSize : " << RawSize );
       }
       
       //todo : is it the right patch?
@@ -309,15 +388,6 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
       }
       if (remainingLength !=0 )
         fp->read( raw, remainingLength);
-                 
-      //if ( PixelDataLength > RawSize )
-      //{
-      //   fp->read( (char*)Raw, RawSize); // Read all the frames with a single fread    
-      //}
-      //else
-      //{
-      //   fp->read( (char*)Raw, PixelDataLength); // Read all the frames with a single fread
-      //}
 
       if ( fp->fail() || fp->eof())
       {
@@ -328,7 +398,7 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressPixelData( std::ifstream *fp )
    else if ( IsRLELossless )
    {
       if ( ! RLEInfo->DecompressRLEFile
-                               ( fp, Raw, XSize, YSize, ZSize, BitsAllocated ) )
+                               ( fp, Raw, XSize, YSize, ZSize, TSize, BitsAllocated ) )
       {
          gdcmWarningMacro( "RLE decompressor failed." );
          return false;
@@ -376,9 +446,9 @@ void PixelReadConvert::Squeeze()
       delete [] Raw;
    Raw = 0;
 
-   if ( LutRGBA )
-      delete [] LutRGBA;
-   LutRGBA = 0;
+   //if ( LutRGBA )
+   //   delete [] LutRGBA;
+   //LutRGBA = 0;
 }
 
 /**
@@ -450,7 +520,8 @@ bool PixelReadConvert::BuildRGBImage()
 void PixelReadConvert::ReadAndDecompress12BitsTo16Bits( std::ifstream *fp )
                throw ( FormatError )
 {
-   int nbPixels = XSize * YSize;
+   /// \todo Fix the 3D, 4D pb
+   int nbPixels = XSize * YSize * TSize;
    uint16_t *localDecompres = (uint16_t*)Raw;
 
    for( int p = 0; p < nbPixels; p += 2 )
@@ -507,33 +578,60 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream *fp )
      // jpeg2000 stream to use jasper:
      // I don't think we'll ever be able to deal with multiple fragments properly
 
-      unsigned long inputlength = 0;
-      JPEGFragment *jpegfrag = JPEGInfo->GetFirstFragment();
-      while( jpegfrag )
-      {
+     if( ZSize == 1 )
+       {
+       unsigned long inputlength = 0;
+       JPEGFragment *jpegfrag = JPEGInfo->GetFirstFragment();
+       while( jpegfrag )
+         {
          inputlength += jpegfrag->GetLength();
          jpegfrag = JPEGInfo->GetNextFragment();
-      }
-      gdcmAssertMacro( inputlength != 0);
-      uint8_t *inputdata = new uint8_t[inputlength];
-      char *pinputdata = (char*)inputdata;
-      jpegfrag = JPEGInfo->GetFirstFragment();
-      while( jpegfrag )
-      {
+         }
+       gdcmAssertMacro( inputlength != 0);
+       uint8_t *inputdata = new uint8_t[inputlength];
+       char *pinputdata = (char*)inputdata;
+       jpegfrag = JPEGInfo->GetFirstFragment();
+       while( jpegfrag )
+         {
          fp->seekg( jpegfrag->GetOffset(), std::ios::beg);
          fp->read(pinputdata, jpegfrag->GetLength());
          pinputdata += jpegfrag->GetLength();
          jpegfrag = JPEGInfo->GetNextFragment();
-      }
-      // Warning the inputdata buffer is delete in the function
-      if ( ! gdcm_read_JPEG2000_file( Raw, 
-          (char*)inputdata, inputlength ) )
-      {
+         }
+       // Warning the inputdata buffer is deleted in the function
+       if ( gdcm_read_JPEG2000_file( Raw,
+           (char*)inputdata, inputlength ) )
+         {
          return true;
-      }
-      // wow what happen, must be an error
-      gdcmWarningMacro( "gdcm_read_JPEG2000_file() failed "); 
-      return false;
+         }
+       // wow what happen, must be an error
+       gdcmWarningMacro( "gdcm_read_JPEG2000_file() failed "); 
+       return false;
+       }
+     else
+       {
+       if( (unsigned int)ZSize != JPEGInfo->GetFragmentCount() )
+         {
+         gdcmErrorMacro( "Sorry GDCM does not handle this type of fragments" );
+         return false;
+         }
+       // Hopefully every dicom fragment is *exactly* the j2k stream
+       JPEGFragment *jpegfrag = JPEGInfo->GetFirstFragment();
+       char *praw = (char*)Raw;
+       while( jpegfrag )
+         {
+         unsigned long inputlength = jpegfrag->GetLength();
+         char *inputdata = new char[inputlength];
+         fp->seekg( jpegfrag->GetOffset(), std::ios::beg);
+         fp->read(inputdata, jpegfrag->GetLength());
+         // Warning the inputdata buffer is deleted in the function
+         gdcm_read_JPEG2000_file( praw, 
+           inputdata, inputlength) ;
+         praw += XSize*YSize*SamplesPerPixel*(BitsAllocated/8);
+         jpegfrag = JPEGInfo->GetNextFragment();
+         }
+       return true;
+       }
    }
    else if ( IsJPEGLS )
    {
@@ -581,17 +679,25 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream *fp )
 //    if ( ! gdcm_read_JPEGLS_file( fp,Raw ) )
          return false;
    }
-   else
+   else if( JPEGInfo )
    {
      // make sure this is the right JPEG compression
      assert( !IsJPEGLS || !IsJPEG2000 );
      // Precompute the offset localRaw will be shifted with
-     int length = XSize * YSize * SamplesPerPixel;
+     int length = XSize * YSize * ZSize * SamplesPerPixel;
      int numberBytes = BitsAllocated / 8;
 
-     JPEGInfo->DecompressFromFile(fp, Raw, BitsStored, numberBytes, length );
+      // to avoid major troubles when BitsStored == 8 && BitsAllocated==16 !
+     int dummy;
+     if (BitsStored == 8 && BitsAllocated==16)
+        dummy = 16;
+     else
+        dummy = BitsStored;
+     JPEGInfo->DecompressFromFile(fp, Raw, dummy, numberBytes, length );
      return true;
    }
+   //else (not sure how get there...), must be one of those crazy DICOM file
+   return false;
 }
 
 /**
@@ -600,7 +706,7 @@ bool PixelReadConvert::ReadAndDecompressJPEGFile( std::ifstream *fp )
  *         and
  *         - (0028,1101),(0028,1102),(0028,1102)
  *            xxx Palette Color Lookup Table Descriptor are found
- *          and 
+ *          and
  *         - (0028,1201),(0028,1202),(0028,1202)
  *           xxx Palette Color Lookup Table Data - are found
  * \warning does NOT deal with :
@@ -817,7 +923,7 @@ void PixelReadConvert::BuildLUTRGBA()
          *a16 = 1; // Alpha component
          a16 += 4;
       }
-/* Just to 'see' the LUT, at debug time
+// Just to 'see' the LUT, at debug time
 // Don't remove this commented out code.
 
       a16=(uint16_t*)LutRGBA;
@@ -827,17 +933,17 @@ void PixelReadConvert::BuildLUTRGBA()
                    << *(a16+2) << " " << *(a16+3) << std::endl;
          a16+=4;
       }
-*/
+
    }
 }
 
 /**
- * \brief Swap the bytes, according to \ref SwapCode.
+ * \brief Swap the bytes, according to SwapCode.
  */
 void PixelReadConvert::ConvertSwapZone()
 {
    unsigned int i;
-   
+
    // If this file is 'ImplicitVR BigEndian PrivateGE Transfer Syntax', 
    // then the header is in little endian format and the pixel data is in 
    // big endian format.  When reading the header, GDCM has already established
@@ -1059,27 +1165,38 @@ bool PixelReadConvert::ConvertReArrangeBits() throw ( FormatError )
       {
          // pmask : to mask the 'unused bits' (may contain overlays)
          uint16_t pmask = 0xffff;
-         pmask = pmask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
+
+         // It's up to the user to decide if he wants to ignore overlays (if any),
+         // not to gdcm, without asking.
+         // default is NOT TO LOAD, in order not to confuse ITK users (and others!).
+
+         if ( !FH->GetKeepOverlays() ) // mask spurious bits ! (overlay are NOT loaded!)
+         {
+            pmask = pmask >> ( BitsAllocated - BitsStored );
+         }
+         // else : it's up to the user to manage the 'pixels + overlays' he just loaded!
 
          uint16_t *deb = (uint16_t*)Raw;
 
          if ( !PixelSign )  // Pixels are unsigned
          {
             for(int i = 0; i<l; i++)
-            {   
+            {  
                *deb = (*deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1)) & pmask;
                deb++;
             }
          }
          else // Pixels are signed
          {
+            // Hope there is never ACR-NEMA-like overlays within signed pixels (?!?)
+
             // smask : to check the 'sign' when BitsStored != BitsAllocated
             uint16_t smask = 0x0001;
             smask = smask << ( 16 - (BitsAllocated - BitsStored + 1) );
             // nmask : to propagate sign bit on negative values
             int16_t nmask = (int16_t)0x8000;  
             nmask = nmask >> ( BitsAllocated - BitsStored - 1 );
+
             for(int i = 0; i<l; i++)
             {
                *deb = *deb >> (BitsStored - HighBitPosition - 1);
@@ -1181,9 +1298,9 @@ void PixelReadConvert::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
   // except for the few patches of color on the image.
   // On such images, RLE achieves a compression ratio that is much better 
   // than the compression ratio on an equivalent RGB image. 
+
    gdcmWarningMacro("--> ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels");
-   
+
    uint8_t *localRaw = Raw;
    uint8_t *copyRaw = new uint8_t[ RawSize ];
    memmove( copyRaw, localRaw, RawSize );
@@ -1193,7 +1310,9 @@ void PixelReadConvert::ConvertYcBcRPlanesToRGBPixels()
    // ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup61_ft.pdf
    // and be *very* affraid
    //
-   int l        = XSize * YSize;
+
+   /// \todo : find an example to see how 3rd dim and 4th dim work together
+   int l        = XSize * YSize * TSize;
    int nbFrames = ZSize;
 
    uint8_t *a = copyRaw + 0;
@@ -1327,13 +1446,13 @@ void PixelReadConvert::ComputeRawAndRGBSizes()
    int bitsAllocated = BitsAllocated;
    // Number of "Bits Allocated" is fixed to 16 when it's 12, since
    // in this case we will expand the image to 16 bits (see
-   //    \ref ReadAndDecompress12BitsTo16Bits() )
+   //    ReadAndDecompress12BitsTo16Bits() )
    if (  BitsAllocated == 12 )
    {
       bitsAllocated = 16;
    }
                                                                                 
-   RawSize =  XSize * YSize * ZSize
+   RawSize =  XSize * YSize * ZSize * TSize
                      * ( bitsAllocated / 8 )
                      * SamplesPerPixel;
    if ( HasLUT )
@@ -1344,6 +1463,8 @@ void PixelReadConvert::ComputeRawAndRGBSizes()
    {
       RGBSize = RawSize;
    }
+   RawSize += RawSize%2;
+   RGBSize += RGBSize%2;
 }
 
 /// Allocates room for RGB Pixels
@@ -1433,7 +1554,6 @@ void PixelReadConvert::CallEndMethod()
    CommandManager::ExecuteCommand(FH,CMD_ENDPROGRESS);
 }
 
-
 //-----------------------------------------------------------------------------
 } // end namespace gdcm