]> Creatis software - gdcm.git/blobdiff - vtk/vtkGdcmReader.cxx
FIX : Some images have a wrong length for 0x0000 element of private groups
[gdcm.git] / vtk / vtkGdcmReader.cxx
index dc8662708c825f645b121456b40ceed821f1ccc1..cad97d6873565ba9e835a8b765f3b2ed0ff2d7bc 100644 (file)
@@ -1,4 +1,21 @@
-// vtkGdcmReader.cxx
+/*=========================================================================
+                                                                                
+  Program:   gdcm
+  Module:    $RCSfile: vtkGdcmReader.cxx,v $
+  Language:  C++
+  Date:      $Date: 2005/06/06 08:38:29 $
+  Version:   $Revision: 1.71 $
+                                                                                
+  Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de
+  l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or
+  http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details.
+                                                                                
+     This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
+     the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
+     PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
+                                                                                
+=========================================================================*/
+                                                                                
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // //////////////////////////////////////////////////////////////
 // WARNING TODO CLEANME 
 // header of a file before the corresponding image gets loaded in the
 // ad-hoc vtkData !
 // Here is the process:
-//  1/ First loading happens in ExecuteInformation which in order to
-//     positionate the vtk extents calls CheckFileCoherence. The purpose
+//  1/ First loading happens in ExecuteInformation which, in order to
+//     positionate the vtk extents, calls CheckFileCoherence. The purpose
 //     of CheckFileCoherence is to make sure all the images in the future
-//     stack are "homogenous" (same size, same representation...). This
-//     can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
-//  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings:
+//     stack are "homogenous" (same size, same representation...).
+//     This can only be achieved by parsing all the Dicom headers...
+//     --> to avoid loosing too much time :
+//     If user is 150% sure *all* the files are coherent, that is to say :
+//     they may be open, they are gdcm-readable, they have the same sizes,
+//     they have the same 'pixel' type, they are single frame, 
+//     they have the same color convention ...
+//     he may use SetCheckFileCoherenceLight() to request a 'light' coherence
+//     checking
+//  2/ ExecuteData is then responsible for the next two loadings - 2 ?!?-:
 //  2a/ ExecuteData calls AllocateOutputData that in turn seems to 
 //      (indirectely call) ExecuteInformation which ends up in a second
 //      header parsing
 //      is compared to this new value to find a modification in the class
 //      parameters
 //  2b/ the core of ExecuteData then needs gdcmFile (which in turns
-//      initialises gdcmHeader in the constructor) in order to access
+//      initialises gdcmFile in the constructor) in order to access
 //      the data-image.
 //
 // Possible solution:
 // maintain a list of gdcmFiles (created by say ExecuteInformation) created
-// once and for all accross the life of vtkGdcmHeader (it would only load
+// once and for all accross the life of vtkGdcmFile (it would only load
 // new gdcmFile if the user changes the list). ExecuteData would then use 
 // those gdcmFile and hence avoid calling the construtor:
 //  - advantage: the header of the files would only be parser once.
 //  - drawback: once execute information is called (i.e. on creation of
-//              a vtkGdcmHeader) the gdcmFile structure is loaded in memory.
-//              The average size of a gdcmHeader being of 100Ko, is one
-//              loads 10 stacks of images with say 200 images each, you
-//              end-up with a loss of 200Mo...
+//              a vtkGdcmFile) the gdcmFile structure is loaded in memory.
+//              The average size of a gdcm::File being of 100Ko, 
+//              - 100 Ko ? Better say 1 Mo; we are in 2005 ! - 
+//              if oneloads 10 stacks of images with say 200 images each,
+//              you end-up with a loss of 200Mo...
 //
 // /////// Never unallocated memory:
 // ExecuteData allocates space for the pixel data [which will get pointed
@@ -48,8 +73,8 @@
 // time...
 // //////////////////////////////////////////////////////////////
 
+#include "gdcmFileHelper.h"
 #include "gdcmFile.h"
-#include "gdcmHeaderHelper.h"
 #include "vtkGdcmReader.h"
 
 //#include <stdio.h>
@@ -58,7 +83,7 @@
 #include <vtkPointData.h>
 #include <vtkLookupTable.h>
 
-vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.51 $");
+vtkCxxRevisionMacro(vtkGdcmReader, "$Revision: 1.71 $");
 vtkStandardNewMacro(vtkGdcmReader);
 
 //-----------------------------------------------------------------------------
@@ -67,6 +92,7 @@ vtkGdcmReader::vtkGdcmReader()
 {
    this->LookupTable = NULL;
    this->AllowLookupTable = 0;
+   this->LightChecking = false;
 }
 
 vtkGdcmReader::~vtkGdcmReader()
@@ -110,7 +136,7 @@ void vtkGdcmReader::AddFileName(const char* name)
 {
    // We need to bypass the const pointer [since list<>.push_bash() only
    // takes a char* (but not a const char*)] by making a local copy:
-   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
+   char *LocalName = new char[strlen(name) + 1];
    strcpy(LocalName, name);
    this->FileNameList.push_back(LocalName);
    delete[] LocalName;
@@ -126,11 +152,20 @@ void vtkGdcmReader::SetFileName(const char *name)
    // Since we maintain a list of filenames, when building a volume,
    // (see vtkGdcmReader::AddFileName), we additionaly need to purge
    // this list when we manually positionate the filename.
-   vtkDebugMacro("Clearing all files given with AddFileName");
+   vtkDebugMacro(<< "Clearing all files given with AddFileName");
    this->FileNameList.clear();
    this->Modified();
 }
 
+/*
+ * Ask for a 'light' checking - actually : just initializing-
+ *if you are 150% sure *all* the files are coherent
+ */
+void vtkGdcmReader::SetCheckFileCoherenceLight()
+{
+   LightChecking = true;
+}
+
 //-----------------------------------------------------------------------------
 // Protected
 /*
@@ -140,10 +175,14 @@ void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
 {
    if(this->MTime>this->fileTime)
    {
-      this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
+      if ( this->LightChecking )
+         this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherenceLight();
+      else
+          this->TotalNumberOfPlanes = this->CheckFileCoherence();
+
       if ( this->TotalNumberOfPlanes == 0)
       {
-         vtkErrorMacro("File set is not coherent. Exiting...");
+         vtkErrorMacro(<< "File set is not coherent. Exiting...");
          return;
       }
       
@@ -168,7 +207,7 @@ void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
              (this->DataVOI[4] < 0) ||
              (this->DataVOI[5] >= this->TotalNumberOfPlanes ))
          {
-            vtkWarningMacro("The requested VOI is larger than expected extent.");
+            vtkWarningMacro(<< "The requested VOI is larger than expected extent.");
             this->DataVOI[0] = 0;
             this->DataVOI[1] = this->NumColumns - 1;
             this->DataVOI[2] = 0;
@@ -192,39 +231,38 @@ void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
       // But we do need to set up the data type for downstream filters:
       if      ( ImageType == "8U" )
       {
-         vtkDebugMacro("8 bits unsigned image");
+         vtkDebugMacro(<< "8 bits unsigned image");
          this->SetDataScalarTypeToUnsignedChar(); 
       }
       else if ( ImageType == "8S" )
       {
-         vtkErrorMacro("Cannot handle 8 bit signed files");
+         vtkErrorMacro(<< "Cannot handle 8 bit signed files");
          return;
       }
       else if ( ImageType == "16U" )
       {
-         vtkDebugMacro("16 bits unsigned image");
+         vtkDebugMacro(<< "16 bits unsigned image");
          this->SetDataScalarTypeToUnsignedShort();
       }
       else if ( ImageType == "16S" )
       {
-         vtkDebugMacro("16 bits signed image");
+         vtkDebugMacro(<< "16 bits signed image");
          this->SetDataScalarTypeToShort();
-         //vtkErrorMacro("Cannot handle 16 bit signed files");
       }
       else if ( ImageType == "32U" )
       {
-         vtkDebugMacro("32 bits unsigned image");
-         vtkDebugMacro("WARNING: forced to signed int !");
+         vtkDebugMacro(<< "32 bits unsigned image");
+         vtkDebugMacro(<< "WARNING: forced to signed int !");
          this->SetDataScalarTypeToInt();
       }
       else if ( ImageType == "32S" )
       {
-         vtkDebugMacro("32 bits signed image");
+         vtkDebugMacro(<< "32 bits signed image");
          this->SetDataScalarTypeToInt();
       }
       else if ( ImageType == "FD" )
       {
-         vtkDebugMacro("64 bits Double image");
+         vtkDebugMacro(<< "64 bits Double image");
          this->SetDataScalarTypeToDouble();
       }
       //Set number of scalar components:
@@ -240,18 +278,19 @@ void vtkGdcmReader::ExecuteInformation()
  * Update => ouput->Update => UpdateData => Execute => ExecuteData 
  * (see vtkSource.cxx for last step).
  * This function (redefinition of vtkImageReader::ExecuteData, see 
- * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The datas
+ * VTK/IO/vtkImageReader.cxx) reads a data from a file. The data
  * extent/axes are assumed to be the same as the file extent/order.
  */
 void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
 {
    if (this->InternalFileNameList.empty())
    {
-      vtkErrorMacro("A least a valid FileName must be specified.");
+      vtkErrorMacro(<< "A least a valid FileName must be specified.");
       return;
    }
 
    // FIXME : extraneous parsing of header is made when allocating OuputData
+   //         --> ?!?
    vtkImageData *data = this->AllocateOutputData(output);
    data->SetExtent(this->DataExtent);
    data->GetPointData()->GetScalars()->SetName("DicomImage-Volume");
@@ -277,8 +316,8 @@ void vtkGdcmReader::ExecuteData(vtkDataObject *output)
       // The actual advance measure:
       unsigned long UpdateProgressCount = 0;
 
-      // Feeling the allocated memory space with each image/volume:
-      unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetPointData()->GetScalars()->GetVoidPointer(0);
+      // Filling the allocated memory space with each image/volume:
+      unsigned char *Dest = (unsigned char *)data->GetScalarPointer();
       for (std::list<std::string>::iterator filename  = InternalFileNameList.begin();
            filename != InternalFileNameList.end();
            ++filename)
@@ -328,36 +367,36 @@ void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
 
    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FileName )
    {
-      vtkErrorMacro("Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
-      vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
+      vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFileName schemes were used");
+      vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
       return;
    }
 
    if ((! this->FileNameList.empty()) && this->FilePrefix )
    {
-      vtkErrorMacro("Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
-      vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
+      vtkErrorMacro(<< "Both AddFileName and SetFilePrefix schemes were used");
+      vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
       return;
    }
 
    if (this->FileName && this->FilePrefix)
    {
-      vtkErrorMacro("Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
-      vtkErrorMacro("No images loaded ! ");
+      vtkErrorMacro(<< "Both SetFileName and SetFilePrefix schemes were used");
+      vtkErrorMacro(<< "No images loaded ! ");
       return;
    }
 
    if (! this->FileNameList.empty()  )
    {
-      vtkDebugMacro("Using the AddFileName specified files");
+      vtkDebugMacro(<< "Using the AddFileName specified files");
       this->InternalFileNameList=this->FileNameList;
       return;
    }
 
    if (!this->FileName && !this->FilePrefix)
    {
-      vtkErrorMacro("FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
-      vtkErrorMacro("specify a FileName or FilePrefix.");
+      vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set. Either use AddFileName() or");
+      vtkErrorMacro(<< "specify a FileName or FilePrefix.");
       return;
    }
 
@@ -366,7 +405,7 @@ void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
       // Single file loading (as given with ::SetFileName()):
       // Case of multi-frame file considered here
       this->ComputeInternalFileName(this->DataExtent[4]);
-      vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
+      vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
       this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
    }
    else
@@ -375,7 +414,7 @@ void vtkGdcmReader::BuildFileListFromPattern()
       for (int idx = this->DataExtent[4]; idx <= this->DataExtent[5]; ++idx)
       {
          this->ComputeInternalFileName(idx);
-         vtkDebugMacro("Adding file " << this->InternalFileName);
+         vtkDebugMacro(<< "Adding file " << this->InternalFileName);
          this->AddInternalFileName(this->InternalFileName);
       }
    }
@@ -404,7 +443,7 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
    this->BuildFileListFromPattern();
    if (this->InternalFileNameList.empty())
    {
-      vtkErrorMacro("FileNames are not set.");
+      vtkErrorMacro(<< "FileNames are not set.");
       return 0;
    }
 
@@ -426,6 +465,10 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
       ReturnedTotalNumberOfPlanes += 1;
 
       /////// Stage 0: check for file name:
+
+      // fixme : how can the filename be equal to "GDCM_UNREADABLE"
+      //         right now ?!?
+
       if(*filename == std::string("GDCM_UNREADABLE"))
          continue;
 
@@ -435,8 +478,8 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
       fp = fopen(filename->c_str(),"rb");
       if (!fp)
       {
-         vtkErrorMacro("Unable to open file " << filename->c_str());
-         vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
+         vtkErrorMacro(<< "Unable to open file " << filename->c_str());
+         vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
                      << filename->c_str());
          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
          continue;
@@ -444,34 +487,42 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
       fclose(fp);
 
       // Stage 1.2: check for Gdcm parsability
-      gdcm::Header GdcmHeader(filename->c_str() );
-      if (!GdcmHeader.IsReadable())
+
+      //gdcm::File GdcmFile( filename->c_str() );
+      // to save some parsing time.
+      gdcm::File GdcmFile;
+      // Some images have a wrong length for 0x0000 element of private groups
+      // Better we don't use NO_SHADOW as a default option
+      //GdcmFile.SetLoadMode( NO_SEQ | NO_SHADOW );
+      GdcmFile.SetLoadMode( NO_SEQ );
+      GdcmFile.Load(filename->c_str() );
+      if (!GdcmFile.IsReadable())
       {
-         vtkErrorMacro("Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
-         vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
+         vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
+         vtkErrorMacro(<< "Removing this file from read files: "
                         << filename->c_str());
          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
          continue;
       }
 
       // Stage 1.3: further gdcm compatibility on PixelType
-      std::string type = GdcmHeader.GetPixelType();
+      std::string type = GdcmFile.GetPixelType();
       if (   (type !=  "8U") && (type !=  "8S")
           && (type != "16U") && (type != "16S")
           && (type != "32U") && (type != "32S") )
       {
-         vtkErrorMacro("Bad File Type for file" << filename->c_str());
-         vtkErrorMacro("                      " << type.c_str());
-         vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
-                        << filename->c_str());
+         vtkErrorMacro(<< "Bad File Type for file " << filename->c_str() << "\n"
+                       << "   File type found : " << type.c_str() 
+                       << " (might be 8U, 8S, 16U, 16S, 32U, 32S) \n"
+                       << "   Removing this file from readed files");
          *filename = "GDCM_UNREADABLE";
          continue;
       }
 
       // Stage 2: check coherence of the set of files
-      int NX = GdcmHeader.GetXSize();
-      int NY = GdcmHeader.GetYSize();
-      int NZ = GdcmHeader.GetZSize();
+      int NX = GdcmFile.GetXSize();
+      int NY = GdcmFile.GetYSize();
+      int NZ = GdcmFile.GetZSize();
       if (FoundReferenceFile) 
       {
          // Stage 2.1: mandatory coherence stage:
@@ -479,9 +530,9 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
              || ( NY   != this->NumLines )
              || ( type != this->ImageType ) ) 
          {
-            vtkErrorMacro("This file is not coherent with previous ones"
+            vtkErrorMacro(<< "This file is not coherent with previous ones: "
                            << filename->c_str());
-            vtkErrorMacro("Removing this file from readed files "
+            vtkErrorMacro(<< "Removing this file from readed files: "
                            << filename->c_str());
             *filename = "GDCM_UNREADABLE";
             continue;
@@ -490,20 +541,19 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
          // Stage 2.2: optional coherence stage
          if ( NZ != ReferenceNZ )
          {
-            vtkErrorMacro("File is not coherent in Z with previous ones"
+            vtkErrorMacro(<< "File is not coherent in Z with previous ones: "
                            << filename->c_str());
          }
          else
          {
-            vtkDebugMacro("File is coherent with previous ones"
+            vtkDebugMacro(<< "File is coherent with previous ones: "
                            << filename->c_str());
          }
 
-         // Stage 2.3: when the file contains a volume (as opposed to an image),
-         // notify the caller.
+         // Stage 2.3: when the file is 'multiframe', notify the caller.
          if (NZ > 1)
          {
-            vtkErrorMacro("This file contains multiple planes (images)"
+            vtkErrorMacro(<< "This file is a 'Multiframe' one: "
                            << filename->c_str());
          }
 
@@ -516,42 +566,35 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
       } 
       else 
       {
-         // We didn't have a workable reference file yet. Set this one
-         // as the reference.
+         // We didn't have a workable reference file yet. 
+         // Set this one as the reference.
          FoundReferenceFile = true;
-         vtkDebugMacro("This file taken as coherence reference:"
-                        << filename->c_str());
-         vtkDebugMacro("Image dimension of reference file as read from Gdcm:" 
-                        << NX << " " << NY << " " << NZ);
-         vtkDebugMacro("Number of planes added to the stack: " << NZ);
+         vtkDebugMacro(<< "This file taken as coherence reference:"
+                       << filename->c_str());
+         vtkDebugMacro(<< "Image dimensions of reference file as read from Gdcm:" 
+                       << NX << " " << NY << " " << NZ);
+         vtkDebugMacro(<< "Number of planes added to the stack: " << NZ);
          // Set aside the size of the image
          this->NumColumns = NX;
          this->NumLines   = NY;
          ReferenceNZ      = NZ;
          ReturnedTotalNumberOfPlanes += NZ - 1; // First plane already added
          this->ImageType = type;
-         this->PixelSize = GdcmHeader.GetPixelSize();
+         this->PixelSize = GdcmFile.GetPixelSize();
 
-         if( GdcmHeader.HasLUT() && this->AllowLookupTable )
+         if( GdcmFile.HasLUT() && this->AllowLookupTable )
          {
             // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
-            this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
+            this->NumComponents = GdcmFile.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
          }
          else
          {
-            this->NumComponents = GdcmHeader.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
-         }
-       
+            this->NumComponents = GdcmFile.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
+         }             
          //Set image spacing
-         this->DataSpacing[0] = GdcmHeader.GetXSpacing();
-         this->DataSpacing[1] = GdcmHeader.GetYSpacing();
-         this->DataSpacing[2] = GdcmHeader.GetZSpacing();
-
-         //Set image origin
-         this->DataOrigin[0] = GdcmHeader.GetXOrigin();
-         this->DataOrigin[1] = GdcmHeader.GetYOrigin();
-         this->DataOrigin[2] = GdcmHeader.GetZOrigin();
-
+         this->DataSpacing[0] = GdcmFile.GetXSpacing();
+         this->DataSpacing[1] = GdcmFile.GetYSpacing();
+         this->DataSpacing[2] = GdcmFile.GetZSpacing();
       }
    } // End of loop on filename
 
@@ -567,14 +610,14 @@ int vtkGdcmReader::CheckFileCoherence()
          NumberCoherentFiles++;
       }
    }
-   vtkDebugMacro("Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
+   vtkDebugMacro(<< "Number of coherent files: " << NumberCoherentFiles);
 
    if (ReturnedTotalNumberOfPlanes == 0)
    {
-      vtkErrorMacro("No loadable file.");
+      vtkErrorMacro(<< "No loadable file.");
    }
 
-   vtkDebugMacro("Total number of planes on the stack: "
+   vtkDebugMacro(<< "Total number of planes on the stack: "
                   << ReturnedTotalNumberOfPlanes);
    
    return ReturnedTotalNumberOfPlanes;
@@ -593,9 +636,9 @@ void vtkGdcmReader::RemoveAllInternalFileName(void)
 /*
  * Adds a file name to the internal list of images to read.
  */
-void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const charname)
+void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char *name)
 {
-   char * LocalName = new char[strlen(name) + 1];
+   char *LocalName = new char[strlen(name) + 1];
    strcpy(LocalName, name);
    this->InternalFileNameList.push_back(LocalName);
    delete[] LocalName;
@@ -607,12 +650,12 @@ void vtkGdcmReader::AddInternalFileName(const char* name)
  */
 size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
              std::string fileName, 
-             unsigned char * dest,
+             unsigned char *dest,
              const unsigned long updateProgressTarget,
              unsigned long & updateProgressCount)
 {
-   vtkDebugMacro("Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
-   gdcm::File file( fileName.c_str() );
+   vtkDebugMacro(<< "Copying to memory image [" << fileName.c_str() << "]");
+   gdcm::FileHelper file( fileName.c_str() );
    size_t size;
 
    // If the data structure of vtk for image/volume representation
@@ -622,18 +665,19 @@ size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
    // line comes first (for some axis related reasons?). Hence we need
    // to load the image line by line, starting from the end.
 
-   int numColumns = file.GetHeader()->GetXSize();
-   int numLines   = file.GetHeader()->GetYSize();
-   int numPlanes  = file.GetHeader()->GetZSize();
-   int lineSize   = NumComponents * numColumns * file.GetHeader()->GetPixelSize();
+   int numColumns = file.GetFile()->GetXSize();
+   int numLines   = file.GetFile()->GetYSize();
+   int numPlanes  = file.GetFile()->GetZSize();
+   int lineSize   = NumComponents * numColumns * file.GetFile()->GetPixelSize();
+   int planeSize  = lineSize * numLines;
 
-   unsigned char * source;
+   unsigned char *src;
    
-   if( file.GetHeader()->HasLUT() && AllowLookupTable )
+   if( file.GetFile()->HasLUT() && AllowLookupTable )
    {
-      size               = file.GetImageDataSizeRaw();
-      source             = (unsigned char*) file.GetImageDataRaw();
-      unsigned char *lut =                  file.GetHeader()->GetLUTRGBA();
+      size               = file.GetImageDataSize();
+      src                = (unsigned char*) file.GetImageDataRaw();
+      unsigned char *lut = (unsigned char*) file.GetLutRGBA();
 
       if(!this->LookupTable)
       {
@@ -656,21 +700,19 @@ size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
    }
    else
    {
-      size        = file.GetImageDataSize();
-      source      = (unsigned char*)file.GetImageData();
+      size = file.GetImageDataSize();
+      src  = (unsigned char*)file.GetImageData();
    } 
-   
-   unsigned char * pSource     = source; //pointer for later deletion
-   unsigned char * destination = dest + size - lineSize;
 
+   unsigned char *dst = dest + planeSize - lineSize;
    for (int plane = 0; plane < numPlanes; plane++)
    {
       for (int line = 0; line < numLines; line++)
       {
          // Copy one line at proper destination:
-         memcpy((void*)destination, (void*)source, lineSize);
-         source      += lineSize;
-         destination -= lineSize;
+         memcpy((void*)dst, (void*)src, lineSize);
+         src += lineSize;
+         dst -= lineSize;
          // Update progress related:
          if (!(updateProgressCount%updateProgressTarget))
          {
@@ -678,20 +720,65 @@ size_t vtkGdcmReader::LoadImageInMemory(
          }
          updateProgressCount++;
       }
-   }
-   
-// DO NOT remove this commented out code .
-// Nobody knows what's expecting you ...
-// Just to 'see' what was actually read on disk :-(
-
-//   FILE * f2;
-//   f2 = fopen("SpuriousFile.RAW","wb");
-//   fwrite(Dest,size,1,f2);
-//   fclose(f2); 
-   
-   //GetImageData allocate a (void*)malloc, remove it:
-   delete[] pSource;
+      dst += 2 * planeSize;
+   }   
    return size;
 }
 
+// -------------------------------------------------------------------------
+
+// We assume the use *does* know all the files whose names 
+//  are in InternalFileNameList exist, may be open, are gdcm-readable
+//  have the same sizes, have the same 'pixel' type, are single frame
+//  have the same color convention, ..., anything else ? 
+
+int vtkGdcmReader::CheckFileCoherenceLight()
+{
+   std::list<std::string>::iterator filename = InternalFileNameList.begin();
+
+   gdcm::File GdcmFile;
+   GdcmFile.SetLoadMode( NO_SEQ | NO_SHADOW );
+   GdcmFile.Load(filename->c_str() );
+   if (!GdcmFile.IsReadable())
+   {
+      vtkErrorMacro(<< "Gdcm cannot parse file " << filename->c_str());
+      vtkErrorMacro(<< "you should try vtkGdcmReader::CheckFileCoherence "
+                    << "instead of try vtkGdcmReader::CheckFileCoherenceLight");
+      return 0;
+   }
+   int NX           = GdcmFile.GetXSize();
+   int NY           = GdcmFile.GetYSize();
+   // CheckFileCoherenceLight should be called *only* when user knows
+   // he deals with single frames files.
+   // Z size is then the number of files.
+   int NZ           = InternalFileNameList.size();
+   std::string type = GdcmFile.GetPixelType();
+   vtkDebugMacro(<< "The first file is taken as reference: "
+                 << filename->c_str());
+   vtkDebugMacro(<< "Image dimensions of reference file as read from Gdcm:" 
+                 << NX << " " << NY << " " << NZ);
+   vtkDebugMacro(<< "Number of planes added to the stack: " << NZ);
+   // Set aside the size of the image
+   this->NumColumns = NX;
+   this->NumLines   = NY;
+   this->ImageType  = type;
+   this->PixelSize  = GdcmFile.GetPixelSize();
+
+   if( GdcmFile.HasLUT() && this->AllowLookupTable )
+   {
+      // I could raise an error is AllowLookupTable is on and HasLUT() off
+      this->NumComponents = GdcmFile.GetNumberOfScalarComponentsRaw();
+   }
+   else
+   {
+      this->NumComponents = GdcmFile.GetNumberOfScalarComponents(); //rgb or mono
+   }
+       
+   //Set image spacing
+   this->DataSpacing[0] = GdcmFile.GetXSpacing();
+   this->DataSpacing[1] = GdcmFile.GetYSpacing();
+   this->DataSpacing[2] = GdcmFile.GetZSpacing();
+
+   return InternalFileNameList.size();
+}
 //-----------------------------------------------------------------------------