X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;ds=sidebyside;f=octave_packages%2Fimage-1.0.15%2Fbwmorph.m;fp=octave_packages%2Fimage-1.0.15%2Fbwmorph.m;h=f7ef70ce911a5e3292c79592b073a85368fa4c3d;hb=c880e8788dfc484bf23ce13fa2787f2c6bca4863;hp=0000000000000000000000000000000000000000;hpb=1705066eceaaea976f010f669ce8e972f3734b05;p=CreaPhase.git
diff --git a/octave_packages/image-1.0.15/bwmorph.m b/octave_packages/image-1.0.15/bwmorph.m
new file mode 100644
index 0000000..f7ef70c
--- /dev/null
+++ b/octave_packages/image-1.0.15/bwmorph.m
@@ -0,0 +1,624 @@
+## Copyright (C) 2004 Josep Mones i Teixidor
+##
+## This program is free software; you can redistribute it and/or modify
+## it under the terms of the GNU General Public License as published by
+## the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
+## (at your option) any later version.
+##
+## This program is distributed in the hope that it will be useful,
+## but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+## MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
+## GNU General Public License for more details.
+##
+## You should have received a copy of the GNU General Public License
+## along with this program; If not, see .
+
+## -*- texinfo -*-
+## @deftypefn {Function File} {@var{BW2} = } bwmorph (@var{BW},@var{operation})
+## @deftypefnx {Function File} {@var{BW2} = } bwmorph (@var{BW},@var{operation},@var{n})
+## Perform a morphological operation on a binary image.
+##
+## BW2=bwmorph(BW,operation) performs a morphological operation
+## specified by @var{operation} on binary image @var{BW}. All possible
+## operations and their meaning are specified in a table below.
+##
+## BW2=bwmorph(BW,operation,n) performs a morphological operation
+## @var{n} times. Keep in mind that it has no sense to apply some
+## operations more than once, since some of them return the same result
+## regardless how many iterations we request. Those return a warning if
+## are called with n>1 and they compute the result for n=1.
+##
+## @var{n}>1 is actually used for the following operations: diag,
+## dilate, erode, majority, shrink, skel, spur, thicken and thin.
+##
+## @table @code
+## @item 'bothat'
+## Performs a bottom hat operation, a closing operation (which is a
+## dilation followed by an erosion) and finally substracts the original
+## image.
+##
+## @item 'bridge'
+## Performs a bridge operation. Sets a pixel to 1 if it has two nonzero
+## neighbours which are not connected, so it "bridges" them. There are
+## 119 3-by-3 patterns which trigger setting a pixel to 1.
+##
+## @item 'clean'
+## Performs an isolated pixel remove operation. Sets a pixel to 0 if all
+## of its eight-connected neighbours are 0.
+##
+## @item 'close'
+## Performs closing operation, which is a dilation followed by erosion.
+## It uses a ones(3) matrix as structuring element for both operations.
+##
+## @item 'diag'
+## Performs a diagonal fill operation. Sets a pixel to 1 if that
+## eliminates eight-connectivity of the background.
+##
+## @item 'dilate'
+## Performs a dilation operation. It uses ones(3) as structuring element.
+##
+## @item 'erode'
+## Performs an erosion operation. It uses ones(3) as structuring element.
+##
+## @item 'fill'
+## Performs a interior fill operation. Sets a pixel to 1 if all
+## four-connected pixels are 1.
+##
+## @item 'hbreak'
+## Performs a H-break operation. Breaks (sets to 0) pixels that are
+## H-connected.
+##
+## @item 'majority'
+## Performs a majority black operation. Sets a pixel to 1 if five
+## or more pixels in a 3-by-3 window are 1. If not it is set to 0.
+##
+## @item 'open'
+## Performs an opening operation, which is an erosion followed by a
+## dilation. It uses ones(3) as structuring element.
+##
+## @item 'remove'
+## Performs a iterior pixel remove operation. Sets a pixel to 0 if
+## all of its four-connected neighbours are 1.
+##
+## @item 'shrink'
+## Performs a shrink operation. Sets pixels to 0 such that an object
+## without holes erodes to a single pixel (set to 1) at or near its
+## center of mass. An object with holes erodes to a connected ring lying
+## midway between each hole and its nearest outer boundary. It preserves
+## Euler number.
+##
+## @item 'skel'
+## Performs a skeletonization operation. It calculates a "median axis
+## skeleton" so that points of this skeleton are at the same distance of
+## its nearby borders. It preserver Euler number. Please read
+## compatibility notes for more info.
+##
+## It uses the same algorithm as skel-pratt but this could change for
+## compatibility in the future.
+##
+## @item 'skel-lantuejol'
+## Performs a skeletonization operation as described in Gonzalez & Woods
+## "Digital Image Processing" pp 538-540. The text references Lantuejoul
+## as authour of this algorithm.
+##
+## It has the beauty of being a clean and simple approach, but skeletons
+## are thicker than they need to and, in addition, not guaranteed to be
+## connected.
+##
+## This algorithm is iterative. It will be applied the minimum value of
+## @var{n} times or number of iterations specified in algorithm
+## description. It's most useful to run this algorithm with @code{n=Inf}.
+##
+## @item 'skel-pratt'
+## Performs a skeletonization operation as described by William K. Pratt
+## in "Digital Image Processing".
+##
+## @item 'spur'
+## Performs a remove spur operation. It sets pixel to 0 if it has only
+## one eight-connected pixel in its neighbourhood.
+##
+## @item 'thicken'
+## Performs a thickening operation. This operation "thickens" objects
+## avoiding their fusion. Its implemented as a thinning of the
+## background. That is, thinning on negated image. Finally a diagonal
+## fill operation is performed to avoid "eight-connecting" objects.
+##
+## @item 'thin'
+## Performs a thinning operation. When n=Inf, thinning sets pixels to 0
+## such that an object without holes is converted to a stroke
+## equidistant from its nearest outer boundaries. If the object has
+## holes it creates a ring midway between each hole and its near outer
+## boundary. This differ from shrink in that shrink converts objects
+## without holes to a single pixels and thin to a stroke. It preserves
+## Euler number.
+##
+## @item 'tophat'
+## Performs a top hat operation, a opening operation (which is an
+## erosion followed by a dilation) and finally substracts the original
+## image.
+## @end table
+##
+## Some useful concepts to understant operators:
+##
+## Operations are defined on 3-by-3 blocks of data, where the pixel in
+## the center of the block. Those pixels are numerated as follows:
+##
+## @multitable @columnfractions 0.05 0.05 0.05
+## @item X3 @tab X2 @tab X1
+## @item X4 @tab X @tab X0
+## @item X5 @tab X6 @tab X7
+## @end multitable
+##
+## @strong{Neighbourhood definitions used in operation descriptions:}
+## @table @code
+## @item 'four-connected'
+## It refers to pixels which are connected horizontally or vertically to
+## X: X1, X3, X5 and X7.
+## @item 'eight-connected'
+## It refers to all pixels which are connected to X: X0, X1, X2, X3, X4,
+## X5, X6 and X7.
+## @end table
+##
+## @strong{Compatibility notes:}
+## @table @code
+## @item 'fill'
+## Checking MATLAB behaviour is needed because its documentation doesn't
+## make clear if it creates a black pixel if all eight-connected pixels
+## are black or if four-connected suffice (as we do currently following
+## Pratt's book).
+## @item 'skel'
+## Algorithm used here is described in Pratt's book. When applying it to
+## the "circles" image in MATLAB documentation, results are not the
+## same. Perhaps MATLAB uses Blum's algoritm (for further info please
+## read comments in code).
+## @item 'skel-pratt'
+## This option is not available in MATLAB.
+## @item 'skel-lantuejoul'
+## This option is not available in MATLAB.
+## @item 'thicken'
+## This implementation also thickens image borders. This can easily be
+## avoided i necessary. MATLAB documentation doesn't state how it behaves.
+## @end table
+##
+## References:
+## W. K. Pratt, "Digital Image Processing"
+## Gonzalez and Woods, "Digital Image Processing"
+##
+## @seealso{dilate, erode, makelut, applylut}
+## @end deftypefn
+
+
+## TODO: As soon as Octave doesn't segfault when assigning values to a
+## TODO: bool matrix, remove all conversions from lut to logical and
+## TODO: just create it as a logical from the beginning.
+
+## TODO: n behaviour should be tested in all cases for compatibility.
+
+## Author: Josep Mones i Teixidor
+
+function BW2 = bwmorph(BW, operation, n)
+ if(nargin<2 || nargin>3)
+ usage("BW2=bwmorph(BW, operation [,n])");
+ endif
+ if(nargin<3)
+ n=1;
+ endif
+ if(n<0)
+ error("bwmorph: n should be > 0");
+ elseif(n==0) ## we'll just return the same matrix (check this!)
+ BW2=BW;
+ endif
+
+ ## post processing command
+ postcmd="";
+
+ switch(operation)
+ case('bothat')
+ se=ones(3);
+ BW2=erode(dilate(BW, se), se)-BW;
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok. Should I just ignore it
+ ## TODO: without a warning?
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('bridge')
+ ## see __bridge_lut_fun__ for rules
+ ## lut=makelut("__bridge_lut_fun__",3);
+ lut=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ BW2=applylut(BW, lut);
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('clean')
+ ## BW(j,k)=X&&(X0||X1||...||X7)
+ ## lut=makelut(inline("x(2,2)&&any((x.*[1,1,1;1,0,1;1,1,1])(:))","x"),3);
+ ## which is the same as...
+ lut=repmat([zeros(16,1);ones(16,1)],16,1); ## identity
+ lut(17)=0; ## isolated to 0
+ ## I'd prefer to create lut directly as a logical, but assigning a
+ ## value to a logical segfaults 2.1.57. We'll change it as soon as
+ ## it works.
+ BW2=applylut(BW, logical(lut));
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('close')
+ se=ones(3);
+ BW2=erode(dilate(BW, se), se);
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('diag')
+ ## see __diagonal_fill_lut_fun__ for rules
+ ## lut=makelut("__diagonal_fill_lut_fun__",3);
+ lut=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ cmd="BW2=applylut(BW, lut);";
+
+
+ case('dilate')
+ cmd="BW2=dilate(BW, ones(3));";
+
+ case('erode')
+ cmd="BW2=erode(BW, ones(3));";
+
+ case('fill')
+ ## lut=makelut(inline("x(2,2)||(sum((x&[0,1,0;1,0,1;0,1,0])(:))==4)","x"),3);
+ ## which is the same as...
+ lut=repmat([zeros(16,1);ones(16,1)],16,1); ## identity
+ ## 16 exceptions
+ lut([171,172,175,176,235,236,239,240,427,428,431,432,491,492,495,496])=1;
+ BW2=applylut(BW, logical(lut));
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+
+ case('hbreak')
+ ## lut=makelut(inline("x(2,2)&&!(all(x==[1,1,1;0,1,0;1,1,1])||all(x==[1,0,1;1,1,1;1,0,1]))","x"),3);
+ ## which is the same as
+ lut=repmat([zeros(16,1);ones(16,1)],16,1); ## identity
+ lut([382,472])=0; ## the 2 exceptions
+ BW2=applylut(BW, logical(lut));
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('majority')
+ ## lut=makelut(inline("sum((x&ones(3,3))(:))>=5"),3);
+ lut=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ cmd="BW2=applylut(BW, lut);";
+
+ case('open')
+ se=ones(3);
+ BW2=dilate(erode(BW, se), se);
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('remove')
+ ## lut=makelut(inline("x(2,2)&&!(sum((x&[0,1,0;1,1,1;0,1,0])(:))==5)","x"),3);
+ lut=repmat([zeros(16,1);ones(16,1)],16,1); ## identity
+ ## 16 qualifying patterns
+ lut([187,188,191,192,251,252,255,256,443,444,447,448,507,508,511,512])=0;
+ BW2=applylut(BW, logical(lut));
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+ case('shrink')
+ ## lut1=makelut("__conditional_mark_patterns_lut_fun__",3,"S");
+ lut1=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;1;0;1;1;1;1;0;1;0;0;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;0;0;1;1;0;0]);
+ ## lut2=makelut(inline("!m(2,2)||__unconditional_mark_patterns_lut_fun__(m,'S')","m"),3);
+ lut2=logical([1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;1;0;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;0;1;1;1;0;1;0;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ cmd="BW2=BW&applylut(applylut(BW, lut1), lut2);";
+
+ case({'skel','skel-pratt'})
+ ## WARNING: Result doesn't look as MATLAB's sample. It has been
+ ## WARNING: coded following Pratt's guidelines for what he calls
+ ## WARNING: is a "reasonably close approximation". I couldn't find
+ ## WARNING: any bug.
+ ## WARNING: Perhaps MATLAB uses Blum's algorithm (which Pratt
+ ## WARNING: refers to) in: H. Blum, "A Transformation for
+ ## WARNING: Extracting New Descriptors of Shape", Symposium Models
+ ## WARNING: for Perception of Speech and Visual Form, W.
+ ## WARNING: Whaten-Dunn, Ed. MIT Press, Cambridge, MA, 1967.
+
+ ## lut1=makelut("__conditional_mark_patterns_lut_fun__",3,"K");
+ lut1=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;0;1;1;1;1;0]);
+
+ ## lut2=makelut(inline("!m(2,2)||__unconditional_mark_patterns_lut_fun__(m,'K')","m"),3);
+ lut2=logical([1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;0;1;0;0;0;1;0;1;1;0;0;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;0;0;0;1;1;0;0;1;1;0;0;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;0;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;1;1;0;1;1;1;0;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;0;1;1;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;1;1;0;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ cmd="BW2=BW&applylut(applylut(BW, lut1), lut2);";
+ postcmd="BW2=bwmorph(BW2,'bridge');";
+
+ case('skel-lantuejoul')
+ ## init values
+ se=ones(3,3); ## structuring element used everywhere
+ BW2=zeros(size(BW)); ## skeleton result
+ eBW=BW; ## eBW will hold k-times eroded BW
+ i=1;
+ while i<=n
+ if(!any(eBW)) ## if erosion result is 0-matrix then
+ break; ## we are over
+ endif
+ BW2|=eBW-dilate(erode(eBW, se), se); ## eBW - opening operation on eBW
+ ## contributes to skeleton
+ eBW=erode(eBW,se);
+ i++;
+ endwhile
+ return; ## no general loop in this case
+
+ case('spur')
+ ## lut=makelut(inline("xor(x(2,2),(sum((x&[0,1,0;1,0,1;0,1,0])(:))==0)&&(sum((x&[1,0,1;0,0,0;1,0,1])(:))==1)&&x(2,2))","x"),3);
+ ## which is the same as
+ lut=repmat([zeros(16,1);ones(16,1)],16,1); ## identity
+ lut([18,21,81,273])=0; ## 4 qualifying patterns
+ lut=logical(lut);
+ cmd="BW2=applylut(BW, lut);";
+
+ case('thicken')
+ ## This implementation also "thickens" the border. To avoid this,
+ ## a simple solution could be to add a border of 1 to the reversed
+ ## image.
+ BW2=bwmorph(!BW,'thin',n);
+ BW2=bwmorph(BW2,'diag');
+ return;
+
+ case('thin')
+ ## lut1=makelut("__conditional_mark_patterns_lut_fun__",3,"T");
+ lut1=logical([0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;1;1;0;0;1;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;1;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;0;0;0;0;0;0;0;0;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;0;0;0;0;1;1;0;1;0;0;0;1;
+ 0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0;1;0;0;0;1;0;1;1;1;1;0;0;1;1;0;0]);
+ ## lut2=makelut(inline("!m(2,2)||__unconditional_mark_patterns_lut_fun__(m,'T')","m"),3);
+ lut2=logical([1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;1;0;1;0;1;1;0;0;0;0;1;0;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;1;1;0;0;0;0;0;1;1;0;0;1;0;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;1;1;1;0;0;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;0;0;1;0;1;0;0;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;1;1;0;1;0;0;1;0;1;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;0;1;0;1;1;1;0;1;0;1;0;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;1;0;1;0;0;1;0;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;0;0;1;0;1;0;0;1;0;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;0;1;1;1;1;1;1;1;
+ 1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1;1]);
+ cmd="BW2=BW&applylut(applylut(BW, lut1), lut2);";
+
+
+ case('tophat')
+ se=ones(3);
+ BW2=BW-dilate(erode(BW, se), se);
+ if(n>1)
+ ## TODO: check if ignoring n>1 is ok.
+ disp("WARNING: n>1 has no sense here. Using n=1. Please fill a bug if you think this behaviour is not correct");
+ endif
+ return;
+
+
+ otherwise
+ error("bwmorph: unknown operation type requested.");
+ endswitch
+
+ ## we use this assignment because of the swap operation inside the
+ ## while.
+ BW2=BW;
+
+ ## if it doesn't change we don't need to process it further
+ i=1;
+ while(i<=n) ## for wouldn't work because n can be Inf
+ [BW,BW2]=swap(BW,BW2);
+ eval(cmd);
+ if(all((BW2==BW)(:)))
+ break
+ endif
+ i+=1;
+ endwhile
+
+ ## process post processing commands if needed
+ if (isempty (postcmd))
+ eval(postcmd);
+ endif
+
+endfunction
+
+function [b, a] = swap (a, b)
+endfunction
+
+%!demo
+%! bwmorph(ones(11),'shrink', Inf)
+%! # Should return 0 matrix with 1 pixel set to 1 at (6,6)
+
+## TODO: code tests
+
+
+## Test skel-lantuejoul using Gozalez&Woods example (fig 8.39)
+%!shared slBW, rslBW
+%! uint8(0); # fail for 2.1.57 or less instead of crashing later
+%! slBW=logical(zeros(12,7));
+%! slBW(2,2)=true;
+%! slBW(3:4,3:4)=true;
+%! rslBW=slBW;
+%! slBW(5:6,3:5)=true;
+%! slBW(7:11,2:6)=true;
+%! rslBW([6,7,9],4)=true;
+
+%!assert(bwmorph(slBW,'skel-lantuejoul',1),[rslBW(1:5,:);logical(zeros(7,7))]);
+%!assert(bwmorph(slBW,'skel-lantuejoul',2),[rslBW(1:8,:);logical(zeros(4,7))]);
+%!assert(bwmorph(slBW,'skel-lantuejoul',3),rslBW);
+%!assert(bwmorph(slBW,'skel-lantuejoul',Inf),rslBW);
+
+
+%
+% $Log$
+% Revision 1.4 2007/03/23 16:14:36 adb014
+% Update the FSF address
+%
+% Revision 1.3 2007/01/04 23:41:47 hauberg
+% Minor changes in help text
+%
+% Revision 1.2 2006/10/15 08:04:55 hauberg
+% Fixed texinfo in bwmorph
+%
+% Revision 1.1 2006/08/20 12:59:32 hauberg
+% Changed the structure to match the package system
+%
+% Revision 1.6 2004/09/16 02:14:40 pkienzle
+% Use frivolous uint8() call to block tests for version 2.1.57 and earlier
+%
+% Revision 1.5 2004/09/15 20:36:57 jmones
+% logical(1) => true
+%
+% Revision 1.4 2004/09/15 20:00:00 jmones
+% Updated tests to match Gonzalez&Woods example
+%
+% Revision 1.3 2004/09/15 13:51:10 pkienzle
+% Use logical in tests; reduce number of shared variables in tests.
+%
+% Revision 1.2 2004/09/01 22:35:47 jmones
+% Added Lantuejoul skeletonizing algorithm from Gonzalez&Woods
+%
+% Revision 1.1 2004/08/15 19:47:04 jmones
+% bwmorph added: Perform a morphological operation on a binary image
+%
+%