X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;ds=sidebyside;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=58e58b631a8692475feabaffbb23a362f5059a6d;hb=ba78e6c6d47d6db1528e8e88e5ebde7296a26692;hp=5c264bf26b06875a1973b1948a5b7c49fa2941c8;hpb=2f27193f6cbd42d1143738e40563b4a4bd4a0c8a;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index 5c264bf2..58e58b63 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/10/25 04:47:43 $ - Version: $Revision: 1.76 $ + Date: $Date: 2004/12/03 20:16:57 $ + Version: $Revision: 1.85 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -20,6 +20,9 @@ #include "gdcmDicomDirStudy.h" #include "gdcmDicomDirSerie.h" #include "gdcmDicomDirImage.h" +#include "gdcmDicomDirPatient.h" +#include "gdcmDicomDirMeta.h" +#include "gdcmDicomDirElement.h" #include "gdcmDirList.h" #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmDebug.h" @@ -34,11 +37,16 @@ #include #include -#ifdef _MSC_VER +#ifdef _MSC_VER +#define getcwd _getcwd +#endif + +#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) #include #else #include #endif + namespace gdcm { @@ -56,7 +64,6 @@ DicomDir::DicomDir() :Document( ) { Initialize(); // sets all private fields to NULL - std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ... MetaElems = NewMeta(); } @@ -81,7 +88,6 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything - if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); @@ -121,7 +127,8 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): /// \todo FIXME : what do we do when the parsed file IS NOT a /// DICOMDIR file ? } - CreateDicomDir(); + else + CreateDicomDir(); } } @@ -133,6 +140,7 @@ DicomDir::~DicomDir() SetStartMethod(NULL); SetProgressMethod(NULL); SetEndMethod(NULL); + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); cc!= Patients.end(); ++cc) @@ -213,7 +221,7 @@ void DicomDir::Initialize() Progress = 0.0; Abort = false; - MetaElems = 0; + MetaElems = NULL; } @@ -229,14 +237,15 @@ void DicomDir::ParseDirectory() /** * \ingroup DicomDir - * \brief Set the start method to call when the parsing of the directory starts + * \brief Set the start method to call when the parsing of the + * directory starts. * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetStartMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( StartArg && StartMethodArgDelete ) { @@ -255,21 +264,22 @@ void DicomDir::SetStartMethod(Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetStartMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { StartMethodArgDelete = method; } /** * \ingroup DicomDir - * \brief Set the progress method to call when the parsing of the directory progress + * \brief Set the progress method to call when the parsing of the + * directory progress * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetProgressMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete ) { @@ -288,7 +298,7 @@ void DicomDir::SetProgressMethod(Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { ProgressMethodArgDelete = method; } @@ -301,8 +311,8 @@ void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete(Method* method) * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetEndMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( EndArg && EndMethodArgDelete ) { @@ -317,18 +327,18 @@ void DicomDir::SetEndMethod(Method* method, void* arg, /** * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument - * The argument is destroyed when the method is changed or when the class - * is destroyed + * The argument is destroyed when the method is changed or when + * the class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetEndMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { EndMethodArgDelete = method; } /** * \ingroup DicomDir - * \brief writes on disc a DICOMDIR + * \brief writes on disc a DICOMDIR * \ warning does NOT add the missing elements in the header : * it's up to the user doing it ! * \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure @@ -340,6 +350,7 @@ void DicomDir::SetEndMethodArgDelete(Method* method) bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) { + int i; uint16_t sq[4] = { 0x0004, 0x1220, 0xffff, 0xffff }; uint16_t sqt[4]= { 0xfffe, 0xe0dd, 0xffff, 0xffff }; @@ -347,32 +358,40 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) std::ios::out | std::ios::binary); if( !fp ) { - printf("Failed to open(write) File [%s] \n", fileName.c_str()); + dbg.Verbose(2, "Failed to open(write) File: ", fileName.c_str()); return false; } - uint8_t filePreamble[128]; + char filePreamble[128]; memset(filePreamble, 0, 128); - fp->write((char*)filePreamble, 128); - fp->write("DICM",4); + fp->write(filePreamble, 128); //FIXME + binary_write( *fp, "DICM"); DicomDirMeta *ptrMeta = GetDicomDirMeta(); - ptrMeta->Write(fp, ExplicitVR); + ptrMeta->WriteContent(fp, ExplicitVR); // force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within DicomDirMeta - fp->write((char*)&sq[0],8); + for(i=0;i<4;++i) + { + binary_write(*fp, sq[i]); + } for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); cc != Patients.end(); ++cc ) { - (*cc)->Write( fp, ExplicitVR ); + (*cc)->WriteContent( fp, ExplicitVR ); } // force writing Sequence Delimitation Item - fp->write((char*)&sqt[0],8); // fffe e0dd ffff ffff + for(i=0;i<4;++i) + { + binary_write(*fp, sqt[i]); // fffe e0dd ffff ffff + } fp->close(); + delete fp; + return true; } @@ -392,9 +411,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) VectDocument list; Header *header; - TagHT.clear(); - Patients.clear(); - for( DirList::iterator it = fileList.begin(); it != fileList.end(); ++it ) @@ -406,6 +422,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) break; } +std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); if( !header ) { @@ -413,6 +430,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " "failure in new Header ", it->c_str() ); + continue; } if( header->IsReadable() ) @@ -422,7 +440,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) dbg.Verbose( 1, "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ", it->c_str() ); - } else { @@ -437,6 +454,13 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info SetElements(tmp, list); CallEndMethod(); + + for(VectDocument::iterator it=list.begin(); + it!=list.end(); + ++it) + { + delete dynamic_cast
(*it); + } } /** @@ -446,7 +470,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() { - DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta( &TagHT ); + DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta(); if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing { @@ -483,7 +507,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() ListDicomDirPatientElem const & elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); - SQItem *s = new SQItem(0); + DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(); // for all the DicomDirPatient Elements for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it ) @@ -517,13 +541,12 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() { entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); } - s->AddDocEntry( entry ); + p->AddDocEntry( entry ); } - DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(s, &TagHT); Patients.push_front( p ); - return p; + return p; } /** @@ -543,29 +566,57 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, DictEntry *dictEntry; ValEntry *entry; std::string val; - SQItem *si = new SQItem(0); // all the items will be at level 1 + SQItem *si; + switch( type ) { case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); + si = new DicomDirImage(); + if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirImageToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); + si = new DicomDirSerie(); + if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); + si = new DicomDirStudy(); + if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + si = new DicomDirPatient(); + if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_META: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + si = new DicomDirMeta(); + if( MetaElems ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + delete MetaElems; + } + MetaElems = static_cast(si); break; - default: return; } @@ -667,30 +718,6 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, } si->AddEntry(entry); } - switch( type ) - { - case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: - AddDicomDirImageToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: - AddDicomDirSerieToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: - AddDicomDirStudyToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: - AddDicomDirPatientToEnd(si); - break; - - default: - return; - } - //int count=1; // find a trick to increment - //s->AddEntry(si, count); // Seg Faults - } //----------------------------------------------------------------------------- @@ -768,13 +795,14 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() return; } - DicomDirType type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; + DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; MetaElems = NewMeta(); ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); DocEntry * d; std::string v; + SQItem * si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { @@ -791,22 +819,26 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() if( v == "PATIENT " ) { - AddDicomDirPatientToEnd( *i ); + si = new DicomDirPatient(); + AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { - AddDicomDirStudyToEnd( *i ); + si = new DicomDirStudy(); + AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { - AddDicomDirSerieToEnd( *i ); + si = new DicomDirSerie(); + AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { - AddDicomDirImageToEnd( *i ); + si = new DicomDirImage(); + AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else @@ -815,20 +847,23 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item. continue; } + MoveSQItem(si,*i); } + TagHT.clear(); } /** * \ingroup DicomDir * \brief Well ... there is only one occurence */ -void DicomDir::AddDicomDirMeta() +bool DicomDir::AddDicomDirMeta() { if( MetaElems ) { delete MetaElems; } - MetaElems = new DicomDirMeta( &TagHT ); + MetaElems = new DicomDirMeta(); + return true; } /** @@ -836,9 +871,10 @@ void DicomDir::AddDicomDirMeta() * \brief AddDicomDirPatientToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { - Patients.push_back(new DicomDirPatient(s, &TagHT)); + Patients.push_back(dd); + return true; } /** @@ -846,14 +882,16 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirStudyToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; - (*itp)->AddDicomDirStudy(new DicomDirStudy(s, &TagHT)); + (*itp)->AddDicomDirStudy(dd); + return true; } + return false; } /** @@ -861,7 +899,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirSerieToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -873,9 +911,11 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) ListDicomDirStudy::const_iterator itst = (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); itst--; - (*itst)->AddDicomDirSerie(new DicomDirSerie(s, &TagHT)); + (*itst)->AddDicomDirSerie(dd); + return true; } } + return false; } /** @@ -883,7 +923,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirImageToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -900,10 +940,12 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) { ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); its--; - (*its)->AddDicomDirImage(new DicomDirImage(s, &TagHT)); + (*its)->AddDicomDirImage(dd); + return true; } } } + return false; } /** @@ -914,6 +956,9 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) */ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) { + TagHT.clear(); + Patients.clear(); + std::string patPrevName = "", patPrevID = ""; std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = ""; std::string serPrevInstanceUID = "", serPrevID = ""; @@ -922,32 +967,38 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) std::string studCurInstanceUID, studCurID; std::string serCurInstanceUID, serCurID; + bool first = true; for( VectDocument::const_iterator it = list.begin(); it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); + patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); - if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID) + if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it); + first = true; } // if new Study Deal with 'STUDY' Elements - if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID ) + if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it); + first = true; } // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements - if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID ) + if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it); + first = true; } // Always Deal with 'IMAGE' Elements @@ -959,6 +1010,29 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) studPrevID = studCurID; serPrevInstanceUID = serCurInstanceUID; serPrevID = serCurID; + first = false; + } +} + +/** + * \ingroup DicomDir + * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem + * Only DocEntry's are moved + * + */ +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +{ + DocEntry *entry; + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); + while(entry) + { + src->RemoveEntryNoDestroy(entry); + dst->AddEntry(entry); + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); } }