X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;ds=sidebyside;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=beb99fd364d5dc826c64b7b4c0ccfe39d9a88276;hb=595f90023c498f01bba240043841088ba5d45872;hp=5cc9841cd77cb397f66ffcdfe04b5d10643d27b4;hpb=1d7f7845726ab0b4e4630575f629a554d5707576;p=gdcm.git

diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx
index 5cc9841c..beb99fd3 100644
--- a/src/gdcmElValSet.cxx
+++ b/src/gdcmElValSet.cxx
@@ -118,90 +118,79 @@ int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 length, string TagName) {
 	return 1 ;		
 }
 
-void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence) {
-	// On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000'
-	// au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu
-	// dans l'image native
-	//
-	// cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c
-				
-	// On fait de l'implicit VR little Endian 
-	// (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
-	// On force le TRANSFERT SYNTAX UID
+
+
+void gdcmElValSet::UpdateGroupLength(bool SkipSequence, FileType type) {
    guint16 gr, el;
    string vr;
-   guint32 lgrCalcGroupe=0;
-   gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
-   guint16 grCourant = 0;
-				
-	TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin();
-	
-	elem = tag->second;
-	gr   = elem->GetGroup();
-	el   = elem->GetElement();
-			
-	if (el != 0x0000) {
-		if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n");
-		gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
-		elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ);	// on le cree
-		elemZPrec->SetLength(4);
-		Add(elemZPrec);				// On l'accroche à sa place
-	} else {
-		elemZPrec = elem;
-		if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n");
-	}
-	lgrCalcGroupe = 0;
-	if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);
-	grCourant = gr;
-	
-	for (tag = ++tagHt.begin();
-		  tag != tagHt.end();
-		  ++tag){
-		  
-		elem = tag->second;
-		gr = elem->GetGroup();
-		el = elem->GetElement();
-      vr = elem->GetVR();
+   
+   gdcmElValue *elem;
+   char trash[10];
+   string str_trash;
+   GroupKey key;
+   GroupHT groupHt;
+   TagKey tk;
+   gdcmElValue *elemZ;
+   
+   for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+        tag2 != tagHt.end();
+        ++tag2){
 
-      if (SkipSequence && vr == "SQ")
+      elem  = tag2->second;
+      gr = elem->GetGroup();
+      el = elem->GetElement();
+      vr = elem->GetVR(); 
+                 
+      sprintf(trash, "%04x", gr);
+      key = trash;
+            
+      if (SkipSequence && vr == "SQ") continue;
          // pas SEQUENCE en ACR-NEMA
-         // WARNING : risque de pb 
+         // WARNING : pb CERTAIN
          //           si on est descendu 'a l'interieur' des SQ 
-         continue;
-            //
-            //
-		if ( (gr != grCourant) /*&&	// On arrive sur un nv Groupe	  
-		     (el != 0xfffe) */	) {
-			    
-			if (el != 0x0000) {
-			 	gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL");
-				elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree
-				elemZ->SetLength(4);
-				Add(elemZ);	 		// On l'accroche à sa place 
-				if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr);
-			} else { 
-				elemZ=elem;
-				if(DEBUG)printf("maj elemZ\n");
-			}
-			
-			ostringstream f;
-			f << lgrCalcGroupe; 
-			//sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe);
-			elemZPrec->SetValue(f.str());
-			if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, f.str().c_str(), grCourant);
-			if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),
-							elemZPrec->GetValue().c_str());
-			if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl;
-			elemZPrec=elemZ;
-			lgrCalcGroupe = 0;
-			grCourant     = gr;	
-			if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr);			
-		} else {			// On n'EST PAS sur un nv Groupe
-			lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength();  // Gr + Num + Lgr + LgrElem
-			if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",
-								elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr);
-		}		
-	}
+         //
+         // --> la descente a l'interieur' des SQ 
+         // devra etre faite avec une liste chainee, pas avec une HTable...
+             
+      if ( groupHt.count(key) == 0) { 
+         if (el ==0x0000) {
+            groupHt[key] = 0;
+         } else {
+            groupHt[key] =2 + 2 + 4 + elem->GetLength();
+         } 
+      } else {       
+         if (type = ExplicitVR) {
+            if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
+               groupHt[key] +=  4;
+            }
+         }
+         groupHt[key] += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); 
+      } 
+   }
+  
+   unsigned short int gr_bid;
+  
+   for (GroupHT::iterator g = groupHt.begin();
+        g != groupHt.end();
+        ++g){ 
+  
+      tk = g->first + "|0000";
+      sscanf(g->first.c_str(),"%x",&gr_bid);
+               
+      if ( tagHt.count(tk) == 0) { 
+         gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr_bid, 0x0000, "UL");       
+         elemZ = new gdcmElValue(tagZ);
+         elemZ->SetLength(4);
+         Add(elemZ);
+      } else {
+         elemZ=GetElementByNumber(gr_bid, 0x0000);
+      }
+      str_trash=trash;
+      elemZ->SetValue(str_trash);
+   }   
+   
+   // Liberer groupHt !
+   
 }
 
 void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
@@ -211,12 +200,15 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
    string vr;
    guint32 val_uint32;
    guint16 val_uint16;
-
+   
    vector<string> tokens;
 
    void *ptr;
 
-   for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
+   // Tout ceci ne marche QUE parce qu'on est sur un proc Little Endian 
+   // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
+
+   for (TagElValueHT::iterator tag2=tagHt.begin();
         tag2 != tagHt.end();
         ++tag2){
 
@@ -233,7 +225,6 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
          if (vr == "SQ" ) continue;
       } 
 
-
       fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //group
       fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);  //element
 
@@ -281,277 +272,38 @@ void gdcmElValSet::WriteElements(FileType type, FILE * _fp) {
    }
 }
 
-// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
+int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp, FileType type) {
 
-int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) {
-
-	guint16 gr, el;
-	guint32 lgr;
-	const char * val;
-	string vr;
-	guint32 val_uint32;
-	guint16 val_uint16;
-	
-	vector<string> tokens;
-	
-	void *ptr;
-	
-	string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
-	SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);	
-   //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
-   //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
-   //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
-	SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); 
-	
-	// Question :
-	// Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
+   if (type == ImplicitVR) {
+      string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2";
+      SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+      
+      //FIXME Refer to standards on page 21, chapter 6.2 "Value representation":
+      //      values with a VR of UI shall be padded with a single trailing null
+      //      Dans le cas suivant on doit pader manuellement avec un 0.
+      SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);
+   }
+   
+   	// Question :
+	// Comment pourrait-on si le DcmHeader vient d'un fichoer DicomV3 ou non ,
 	// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
-	//
-   UpdateGroupLength();
-
-	// restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-	
-	for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
-		  tag2 != tagHt.end();
-		  ++tag2){
-		
-		gr =  tag2->second->GetGroup();
-		el =  tag2->second->GetElement();
-		lgr = tag2->second->GetLength();
-		val = tag2->second->GetValue().c_str();
-		vr =  tag2->second->GetVR();
-		if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
-			
-		fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//group
-		fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//element
-		
-		// si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
-		
-		fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); 	//lgr
-		
-		tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
-		Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-		
-		if (vr == "US" || vr == "SS") {
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint16;
-				fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;	
-		}
-		if (vr == "UL" || vr == "SL") {	
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint32;
-				fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;	
-		}	
-		
-		// Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
-		if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
-		fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
-	}
-		
-	return(1);
-}
-
-
-int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) {
-//
-// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
-//
-
-	guint16 gr, el;
-	guint32 lgr;
-	const char * val;
-	string vr;
-	guint32 val_uint32;
-	guint16 val_uint16;
+	// WARNING : Si on veut ecrire du DICOM V3 a partir d'un DcmHeader ACR-NEMA
+	// no way
 	
-	vector<string> tokens;
 	
-	void *ptr;
-	
-	//string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write
-   //CLEANME Utilisées pour le calcul Group Length
-   //CLEANMEguint32 lgrCalcGroupe=0;
-   //CLEANMEgdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec;
-   //CLEANMEguint16 grCourant = 0;
-  
-   // Question :
-   // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
-   // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
-   //
-   UpdateGroupLength(true);
-
-	// Si on fait de l'implicit VR little Endian 
-	// (pour moins se fairche sur processeur INTEL)
-	// penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID
-	
-	// supprime par rapport à Write		
-	//SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);	
-	//SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas	
-		
-	// restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-	
-	for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
-		  tag2 != tagHt.end();
-		  ++tag2){
-
-		gr =  tag2->second->GetGroup();
-						// saut des groupes speciaux DICOM V3
-		if (gr < 0x0008) continue; 	// ajouté par rapport à Write
-						// saut des groupes impairs
-		if (gr %2) 	 continue; 	// ajouté par rapport à Write
-		
-		el =  tag2->second->GetElement();
-		lgr = tag2->second->GetLength();
-		val = tag2->second->GetValue().c_str();
-		vr =  tag2->second->GetVR();
-			
-		fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//group
-		fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//element
-				
-		// si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr  + VR)
-		
-		fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); 		//lgr
-		
-		tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
-		Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-		
-		if (vr == "US" || vr == "SS") {
-
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint16;
-				fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;
-			
-		}
-		if (vr == "UL" || vr == "SL") {
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint32;
-				fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;				
-			
-		}	
-		
-		// Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
-		if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
-		fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
-	}
-		
-	return(1);
-}
-
-// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today
-
-int gdcmElValSet::WriteExplVR(FILE * _fp) {
+   if (type == ExplicitVR) {
+      string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
+      SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);
+      // See above comment 
+      SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);
+   }
 
-//
-// ATTENTION : fusioner le code avec celui de gdcmElValSet::Write
-//
+   if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) )
+      UpdateGroupLength(false,type);
+   if ( type == ACR)
+      UpdateGroupLength(true,ACR);
 
-	guint16 gr, el;
-	guint32 lgr;
-	const char * val;
-	string vr;
-	guint32 val_uint32;
-	guint16 val_uint16;
-	guint16 z=0, shortLgr;
-	
-	vector<string> tokens;
-	
-	void *ptr;
-
-	string explicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2.1";
-	
-	
-	// Question :
-	// Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
-	// (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
-	//
+   WriteElements(type, _fp);
 
-	// On fait de l'Explicit VR little Endian 
-	
-				
-	SetElValueByNumber(explicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010);	
-	SetElValueLengthByNumber(20, 0x0002, 0x0010);  // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas  // ???	
-			
-   // Question :
-   // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non ,
-   // (FileType est un champ de gdcmHeader ...)
-   //
-   UpdateGroupLength();
-
-		
-	// restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite)
-	
-	for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin();
-		  tag2 != tagHt.end();
-		  ++tag2){
-		
-		gr =  tag2->second->GetGroup();
-		el =  tag2->second->GetElement();
-		lgr = tag2->second->GetLength();
-		val = tag2->second->GetValue().c_str();
-		vr =  tag2->second->GetVR();
-		if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val);
-			
-		fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//group
-		fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); 	//element
-				
-		// On est en EXPLICIT VR
-		if (gr == 0x0002) {
-			fwrite (vr.c_str(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-		
-			if ( (vr == "OB") || (vr == "OW") || (vr == "SQ") ) {
-				fwrite ( &z,  (size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-				fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-
-			} else {
-				shortLgr=lgr;
-				fwrite ( &shortLgr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-		} else {
-			fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-		}
-		
-		tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end());
-		Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\");
-				
-		if (vr == "US" || vr == "SS") {
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint16 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint16;
-				fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;	
-		}
-		if (vr == "UL" || vr == "SL") {	
-			for (unsigned int i=0; i<tokens.size();i++) {
-				val_uint32 = atoi(tokens[i].c_str());		
-				ptr = &val_uint32;
-				fwrite ( ptr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp);
-			}
-			continue;	
-		}	
-		
-		// Les pixels ne sont pas chargés dans l'element !
-		if ((gr == 0x7fe0) && (el == 0x0010) ) break;
-
-		fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem
-	}
-		
-	return(1);
+   return(1);
 }
-
-
-