X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;ds=sidebyside;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=a586dc7dc935aa1bd34481b27ff84984c052cde7;hb=bb267016446eab423df841903f11dff35e4898f8;hp=d5a85294a273a84c6cbeeb003b3f20e322339962;hpb=e06d61ba347d7f5f692a682434e089d939f85653;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index d5a85294..a586dc7d 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,9 +1,492 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" +#include "gdcmFile.h" -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). + * + * @param filename file to be opened for parsing + * + * @return + */ + +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) { +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +// FIXME JPR: comments in English please ! +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image + * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe + * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels + * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). + * + * @param void Rien en entree + * + * @return longueur a allouer + */ + +size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { + int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb; + string str_nbFrames, str_nb; + // Nombre de Lignes + nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); + // Nombre de Colonnes + nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); + + // Nombre de Frames + str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); + + if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { + nbFrames = 1; + } else { + nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); + } + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + } + + size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); + return (lgrTotale); + +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param rien + * + * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + */ + +/* +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + + char* _Pixels; + + int nb, nbu, highBit, signe; + string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; + + unsigned short int mask = 0xffff; + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + } + + // Nombre de Bits Utilises + str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); + + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { + nbu = nb; + } else { + nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); + } + + // Position du Bit de Poids Fort + str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); + + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { + highBit = nb - 1; + } else { + highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); + } + + // Signe des Pixels 0 : Unsigned + str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); + + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { + signe = 1; + } else { + signe = atoi(str_signe.c_str() ); + } + + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); + + //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); + _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); + + GetPixels(lgrTotale, _Pixels); + + // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nb != 8) { + int _sw = GetSwapCode(); + + _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb); + } + + // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est + // + // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits + // avec moins de 32 bits utilises + // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... + // --> ne marchera pas dans ce cas + if (nbu!=nb){ + mask = mask >> (nb-nbu); + int l=(int)_lgrTotale/(nb/8); + unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels; + for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } + // On l'affecte à un champ du dcmFile + + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = _lgrTotale; + + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return (_Pixels); +} + +*/ + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param rien + * + * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus + */ + +void * gdcmFile::GetImageData (void) { + char * _Pixels; + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); + + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; + + // et on le retourne + // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça + + return(_Pixels); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur + * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la Maxize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + + + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData + + int nb, nbu, highBit, signe; + string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; + unsigned short int mask = 0xffff; + + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? + + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret + + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; + + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + + if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { + nb = 16; + } else { + nb = atoi(str_nb.c_str() ); + } + + // Nombre de Bits Utilises + str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); + + if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { + nbu = nb; + } else { + nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); + } + + // Position du Bit de Poids Fort + str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); + + if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { + highBit = nb - 1; + } else { + highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); + } + + // Signe des Pixels + str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); + + if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { + signe = 1; + } else { + signe = atoi(str_signe.c_str() ); + } + + // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est + if (nb != 8) { + int _sw = GetSwapCode(); + + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); + } + + // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est + // + // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits + // avec moins de 32 bits utilises + // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... + // --> ne marchera pas dans ce cas + if (nbu!=nb){ + mask = mask >> (nb-nbu); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); + unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; + for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; + deb ++; + } + } + + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader + + return 1; +} + + +// +// Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs +// + +static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb) { +guint32 s32; +guint16 fort,faible; +int i; + +if(nb == 16) + + switch(swap) { + case 0: + case 12: + case 1234: + break; + + case 21: + case 3412: + case 2143: + case 4321: + + for(i=0;i>8) + | ((((unsigned short int*)im)[i])<<8); + break; + + default: + printf("valeur de SWAP (16 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } + +if( nb == 32 ) + + switch (swap) { + case 0: + case 1234: + break; + + case 4321: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; + + case 2143: + for(i=0;i>16; + fort= (fort>>8) | (fort<<8); + faible=(faible>>8) | (faible<<8); + s32=fort; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|faible; + } + break; + + case 3412: + for(i=0;i>16; + s32=faible; + ((unsigned long int*)im)[i]=(s32<<16)|fort; + } + break; + + default: + printf("valeur de SWAP (32 bits) non autorisee : %d\n", swap); + } +return; +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image + * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * \ (Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + fwrite (Pixels,lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +} + + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom + * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + char* filePreamble; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().Write(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); +} + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * \ (a l'attention des logiciels cliniques + * \ qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * \ si un header DICOM est fourni en entree, + * \ les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * \ Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * \ Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * \ (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param + * + * @return + */ + +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + // un accesseur de + est obligatoire ??? + // pourtant le gdcmElValSet contenu dans le gdcmHeader + // ne devrait pas être visible par l'utilisateur final (?) + + GetPubElVals().WriteAcr(fp1); + + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + + fclose (fp1); + return(1); }