X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;ds=sidebyside;f=src%2FgdcmFile.cxx;h=ae8c02b063d49042dd17212981fb78973822bc9c;hb=4ea2f357cc50dd9238c6bdf4f29c275aab1aa1a9;hp=11f9b015aebae994137936a80914bb1a0b00d583;hpb=d0e0404925f8a3dc6f771ed598c75f9dea95912d;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmFile.cxx b/src/gdcmFile.cxx index 11f9b015..ae8c02b0 100644 --- a/src/gdcmFile.cxx +++ b/src/gdcmFile.cxx @@ -1,8 +1,6 @@ // gdcmFile.cxx -#include "gdcm.h" - -#define DEBUG 1 +#include "gdcmFile.h" static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); @@ -10,24 +8,28 @@ static void _Swap(void* im, int swap, int lgr, int nb); /** * \ingroup gdcmFile * \brief Constructor dedicated to writing a new DICOMV3 part10 compliant - * \file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) - * \Opens (in read only and when possible) an existing file and checks - * \for DICOM compliance. Returns NULL on failure. - * \Note: the in-memory representation of all available tags found in - * \the DICOM header is post-poned to first header information access. - * \This avoid a double parsing of public part of the header when - * \one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be - * \seen as a side effect). + * file (see SetFileName, SetDcmTag and Write) + * Opens (in read only and when possible) an existing file and checks + * for DICOM compliance. Returns NULL on failure. + * \Note the in-memory representation of all available tags found in + * the DICOM header is post-poned to first header information access. + * This avoid a double parsing of public part of the header when + * one sets an a posteriori shadow dictionary (efficiency can be + * seen as a side effect). * - * @param + * @param filename file to be opened for parsing * * @return */ -gdcmFile::gdcmFile(string & filename) - :gdcmHeader(filename.c_str()) +gdcmFile::gdcmFile(string & filename) + :gdcmHeader(filename.c_str()) +{ +} + +gdcmFile::gdcmFile(const char * filename) + :gdcmHeader(filename) { - if (DEBUG) printf("On a echappe a gdcmHeader !\n"); } @@ -35,209 +37,96 @@ gdcmFile::gdcmFile(string & filename) /** * \ingroup gdcmFile * \brief Renvoie la longueur A ALLOUER pour recevoir les pixels de l'image - * \ ou DES images dans le cas d'un multiframe - * \ ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels - * \ (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). - * - * @param void Rien en entree + * ou DES images dans le cas d'un multiframe + * ATTENTION : il ne s'agit PAS de la longueur du groupe des Pixels + * (dans le cas d'images compressees, elle n'a pas de sens). * * @return longueur a allouer */ size_t gdcmFile::GetImageDataSize(void) { - int nbLignes, nbCol, nbFrames, nb; - string str_nbFrames, str_nb; - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); + int nb; + string str_nb; -printf("nbCol %d\n",nbCol); -printf("nbLig %d\n",nbLignes); - - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } -printf("nbFrames %d\n",nbFrames); - - // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; } else { nb = atoi(str_nb.c_str() ); + if (nb == 12) nb =16; } -printf("nb %d\n",nb); - - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); + size_t lgrTotale = GetXSize() * GetYSize() * GetZSize() *(nb/8); return (lgrTotale); - } + + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile - * \brief amene en mémoire les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image - * - * @param rien + * \brief TODO + * \warning WARNING * - * @return Pointeur sur la zone mémoire contenant les Pixels lus */ - void * gdcmFile::GetImageData (void) { - - char* _Pixels; - int nbLignes, nbCol; - - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; - string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; - - unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); - - if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { - nb = 16; - } else { - nb = atoi(str_nb.c_str() ); - } - - // Nombre de Bits Utilises - str_nbu=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0101); - - if (str_nbu == "gdcm::Unfound" ) { - nbu = nb; - } else { - nbu = atoi(str_nbu.c_str() ); - } - - // Position du Bit de Poids Fort - str_highBit=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0102); - - if (str_highBit == "gdcm::Unfound" ) { - highBit = nb - 1; - } else { - highBit = atoi(str_highBit.c_str() ); - } - - // Signe des Pixels 0 : Unsigned - str_signe=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0103); - - if (str_signe == "gdcm::Unfound" ) { - signe = 1; - } else { - signe = atoi(str_signe.c_str() ); - } - + char * _Pixels; // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t _lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - //Pixels = (char *) g_malloc(_lgrTotale); - _Pixels = (char *) malloc(_lgrTotale); - - GetPixels(lgrTotale, _Pixels); - - // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est - if (nb != 8) { - int _sw = GetSwapCode(); - - _Swap (_Pixels, _sw, _lgrTotale, nb); - } - - // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est - // - // ATTENTION : Jamais confronté a des pixels stockes sur 32 bits - // avec moins de 32 bits utilises - // et dont le bit de poids fort ne serait pas la ou on l'attend ... - // --> ne marchera pas dans ce cas - if (nbu!=nb){ - mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)_lgrTotale/(nb/8); - unsigned short *deb = (unsigned short *)_Pixels; - for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; - deb ++; - } - } - - printf ("on est sorti\n"); - - // On l'affecte à un champ du dcmFile + size_t taille = GetImageDataSize();// ne faudrait-il pas la stocker? + _Pixels = (char *) malloc(taille); + GetImageDataIntoVector(_Pixels, taille); - Pixels = _Pixels; - lgrTotale = _lgrTotale; + // On l'affecte à un champ du dcmFile + Pixels = _Pixels; + lgrTotale = taille; - // et on le retourne // ca fait double emploi, il faudra nettoyer ça - return (_Pixels); + return(_Pixels); } + ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief amene en mémoire dans une zone précisee par l'utilisateur - * \les Pixels d'une image NON COMPRESSEE - * \Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image + * les Pixels d'une image NON COMPRESSEE + * \Warning Aucun test n'est fait pour le moment sur le caractere compresse ou non de l'image * - * @param + * @param destination + * @param MaxSize * - * @return + * @return TODO JPR */ -int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { +int gdcmFile::GetImageDataIntoVector (void* destination, size_t MaxSize) { + +// Question : +// dans quel cas la MaxSize sert-elle a quelque chose? +// que fait-on si la taille de l'image est + gde que Maxize? +// que fait-on si la taille de l'image est + petite que Maxize? + void * Pixels = destination; // pour garder le code identique avec GetImageData - int nbLignes, nbCol; - int nbFrames, nb, nbu, highBit, signe; + int nb, nbu, highBit, signe; string str_nbFrames, str_nb, str_nbu, str_highBit, str_signe; unsigned short int mask = 0xffff; - - // Nombre de Lignes - nbLignes=atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0010).c_str()); - // Nombre de Colonnes - nbCol =atoi(GetPubElValByNumber(0x0028,0x0011).c_str()); - - // Nombre de Frames - str_nbFrames=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0008); - - if (str_nbFrames == "gdcm::Unfound" ) { - nbFrames = 1; - } else { - nbFrames = atoi(str_nbFrames.c_str() ); - } + // Longueur en Octets des Pixels a lire + size_t _lgrTotale = GetImageDataSize(); // ne faudrait-il pas la stocker? + + // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb + // -> on résoud à la goret + + if ( _lgrTotale < MaxSize ) MaxSize = _lgrTotale; - // Nombre de Bits Alloues - str_nb=GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); + GetPixels(MaxSize, destination); + + // Nombre de Bits Alloues pour le stockage d'un Pixel + str_nb=gdcmHeader::GetPubElValByNumber(0x0028,0x0100); if (str_nb == "gdcm::Unfound" ) { nb = 16; @@ -271,22 +160,12 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { } else { signe = atoi(str_signe.c_str() ); } - - // Longueur en Octets des Pixels a lire - size_t lgrTotale = nbFrames*nbLignes*nbCol*(nb/8); - - // si lgrTotale < MaxSize ==> Gros pb . A VOIR - - lgrTotale = MaxSize; // pour garder le code identique avec GetImageData - //Pixels = (char *) malloc(lgrTotale); // pour garder le code identique avec GetImageData - - GetPixels(lgrTotale, Pixels); // On remet les Octets dans le bon ordre si besoin est if (nb != 8) { int _sw = GetSwapCode(); - _Swap (Pixels, _sw, lgrTotale, nb); + _Swap (destination, _sw, _lgrTotale, nb); } // On remet les Bits des Octets dans le bon ordre si besoin est @@ -297,22 +176,20 @@ int gdcmFile::PutImageDataHere (void* destination, size_t MaxSize) { // --> ne marchera pas dans ce cas if (nbu!=nb){ mask = mask >> (nb-nbu); - int l=(int)lgrTotale/(nb/8); + int l=(int)MaxSize/(nb/8); unsigned short *deb = (unsigned short *)Pixels; for(int i=0;i> (nbu-highBit-1)) & mask; deb ++; } } - - printf ("on est sorti\n"); - + // VOIR s'il ne faudrait pas l'affecter à un champ du dcmHeader - //return (Pixels); // pour garder le code identique avec GetImageData return 1; } + // // Je laisse le code integral, au cas ça puisse etre reutilise ailleurs // @@ -388,20 +265,69 @@ if( nb == 32 ) return; } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \warning doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param Data TODO JPR + * @param ExpectedSize TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ +int gdcmFile::SetImageData(void * Data, size_t ExpectedSize) { + + SetImageDataSize(ExpectedSize); + + Pixels = Data; + lgrTotale = ExpectedSize; + + return(1); +} + + +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief TODO JPR + * \ + * \warning WARNING doit-etre etre publique ? FIXME JPR + * + * @param ImageDataSize TODO JPR + * + */ +void gdcmFile::SetImageDataSize(size_t ImageDataSize) { + + string content1; + string content2; + char car[20]; + + // suppose que le ElValue (0x7fe0, 0x0010) existe ... + + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content2=car; + SetPubElValByNumber(content2, 0x7fe0, 0x0010); + + ImageDataSize+=8; + sprintf(car,"%d",ImageDataSize); + content1=car; + SetPubElValByNumber(content1, 0x7fe0, 0x0000); +} ///////////////////////////////////////////////////////////////// /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque les pixels d'UNE image - * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. - * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \ Equivalent a IdImaWriteRawFile) + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement + * (Equivalent a IdImaWriteRawFile) FIXME JPR * - * @param + * @param nomFichier TODO JPR * - * @return + * @return TODO JPR */ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { @@ -424,40 +350,76 @@ int gdcmFile::WriteRawData (string nomFichier) { /** * \ingroup gdcmFile * \brief Ecrit sur disque UNE image Dicom - * \Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. - * \Ca sera à l'utilisateur d'appeler son Reader correctement - * \ Equivalent a IdDcmWrite) + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) FIXME JPR * - * @param + * @param nomFichier TODO JPR * - * @return + * @return TODO JPR */ -int gdcmFile::WriteDcm (string nomFichier) { - - -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ImplicitVR); +} - FILE * fp1; - char* filePreamble; - fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); - if (fp1 == NULL) { - printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); - return (0); - } +int gdcmFile::WriteDcmImplVR (const char* nomFichier) { + return WriteDcmImplVR (string (nomFichier)); +} - // Ecriture Dicom File Preamble - //filePreamble=(char*)g_malloc0(128); // voir pourquoi ca ne passe pas a la compile - filePreamble=(char*)calloc(128,1); - fwrite(filePreamble,128,1,fp1); - fwrite("DICM",4,1,fp1); - if(DEBUG) printf("Ecriture File Preamble\n"); - - // un accesseur de + est obligatoire ??? - GetPubElVals().Write(fp1); +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ - fclose (fp1); - return(1); +int gdcmFile::WriteDcmExplVR (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ExplicitVR); } +///////////////////////////////////////////////////////////////// +/** + * \ingroup gdcmFile + * \brief Ecrit sur disque UNE image ACR-NEMA + * (a l'attention des logiciels cliniques + * qui ne prennent en entrée QUE des images ACR ... + * si un header DICOM est fourni en entree, + * les groupes < 0x0008 et les groupes impairs sont ignores) + * Aucun test n'est fait sur l'"Endiannerie" du processeur. + * Ca fonctionnera correctement (?) sur processeur Intel + * (Equivalent a IdDcmWrite) + * + * @param nomFichier TODO JPR + * + * @return TODO JPR + */ +int gdcmFile::WriteAcr (string nomFichier) { + return WriteBase(nomFichier, ACR); +} + +int gdcmFile::WriteBase (string nomFichier, FileType type) { + + FILE * fp1; + fp1 = fopen(nomFichier.c_str(),"wb"); + if (fp1 == NULL) { + printf("Echec ouverture (ecriture) Fichier [%s] \n",nomFichier.c_str()); + return (0); + } + + if ( (type == ImplicitVR) || (type == ExplicitVR) ) { + char * filePreamble; + // Ecriture Dicom File Preamble + filePreamble=(char*)calloc(128,1); + fwrite(filePreamble,128,1,fp1); + fwrite("DICM",4,1,fp1); + } + + gdcmHeader::Write(fp1, type); + fwrite(Pixels, lgrTotale, 1, fp1); + fclose (fp1); + return(1); +}