X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=1d5bed3a7f603d460b6a32cd922da8bf39421fe4;hb=7f798bb2e7e985e1630e4b859154a92eae0d2ee0;hp=1f668e974b5c7da53165b71702cc2b01eac343dc;hpb=7f5f66f57c85e30920d807612d32a65800cb1df0;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index 1f668e97..1d5bed3a 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/12/06 11:37:38 $ - Version: $Revision: 1.87 $ + Date: $Date: 2005/01/17 10:59:52 $ + Version: $Revision: 1.103 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -38,13 +38,13 @@ #include #ifdef _MSC_VER -#define getcwd _getcwd +# define getcwd _getcwd #endif -#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) - #include +#if defined(_MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) +# include #else - #include +# include #endif namespace gdcm @@ -79,20 +79,25 @@ DicomDir::DicomDir() * - false if user passed an already built DICOMDIR file * and wants to use it */ -DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): +DicomDir::DicomDir(std::string const &fileName, bool parseDir ): Document( fileName ) { - // Whatever user passed (a root directory or a DICOMDIR) - // and whatever the value of parseDir was, - // Document is already executed + // At this step, Document constructor is already executed, + // whatever user passed (a root directory or a DICOMDIR) + // and whatever the value of parseDir was. + // (nothing is cheked in Document constructor, to avoid overhead) + Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); + if (!parseDir) + gdcmVerboseMacro( "Entry HT empty for file: "<SetPrintLevel( PrintLevel ); - (*cc)->Print( os ); + (*cc)->SetPrintLevel(PrintLevel); + (*cc)->Print(os); } } @@ -186,16 +191,19 @@ void DicomDir::Print(std::ostream &os) */ bool DicomDir::IsReadable() { - if( !Document::IsReadable() ) + if( Filetype == Unknown) { + gdcmVerboseMacro( "Wrong filetype"); return false; } if( !MetaElems ) { + gdcmVerboseMacro( "Meta Elements missing in DicomDir"); return false; } if( Patients.size() <= 0 ) { + gdcmVerboseMacro( "NO Patient in DicomDir"); return false; } @@ -244,8 +252,8 @@ void DicomDir::ParseDirectory() * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( StartArg && StartMethodArgDelete ) { @@ -264,7 +272,7 @@ void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { StartMethodArgDelete = method; } @@ -278,8 +286,8 @@ void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete ) { @@ -298,7 +306,7 @@ void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { ProgressMethodArgDelete = method; } @@ -311,8 +319,8 @@ void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( EndArg && EndMethodArgDelete ) { @@ -331,7 +339,7 @@ void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, * the class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { EndMethodArgDelete = method; } @@ -348,17 +356,17 @@ void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) * @return false only when fail to open */ -bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) +bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const &fileName) { int i; uint16_t sq[4] = { 0x0004, 0x1220, 0xffff, 0xffff }; uint16_t sqt[4]= { 0xfffe, 0xe0dd, 0xffff, 0xffff }; - std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), + std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary); if( !fp ) { - dbg.Verbose(2, "Failed to open(write) File: ", fileName.c_str()); + gdcmVerboseMacro("Failed to open(write) File: " << fileName.c_str()); return false; } @@ -406,12 +414,14 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) { CallStartMethod(); - DirList fileList(path,1); // gets recursively the file list + DirList dirList(path,1); // gets recursively the file list unsigned int count = 0; VectDocument list; Header *header; - for( DirList::iterator it = fileList.begin(); + DirListType fileList = dirList.GetFilenames(); + + for( DirListType::iterator it = fileList.begin(); it != fileList.end(); ++it ) { @@ -422,14 +432,10 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) break; } -std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); if( !header ) { - dbg.Verbose( 1, - "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " - "failure in new Header ", - it->c_str() ); + gdcmVerboseMacro( "Failure in new Header " << it->c_str() ); continue; } @@ -437,9 +443,7 @@ std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); + gdcmVerboseMacro( "Readable " << it->c_str() ); } else { @@ -450,7 +454,7 @@ std::cerr<<"File : "<c_str()<GetDicomDirMetaElements(); m->FillObject(elemList); } @@ -498,7 +502,7 @@ DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() /** * \brief adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR */ -DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() +DicomDirPatient *DicomDir::NewPatient() { ListDicomDirPatientElem::const_iterator it; uint16_t tmpGr,tmpEl; @@ -514,33 +518,11 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() { tmpGr = it->Group; tmpEl = it->Elem; - dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntry(tmpGr, tmpEl); entry = new ValEntry( dictEntry ); entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting entry->SetValue( it->Value ); - // dealing with value length ... - - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe) - { - entry->SetLength(entry->GetValue().length()); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength( 4 ); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } p->AddEntry( entry ); } @@ -557,7 +539,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() * GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...) * @param header Header of the current file */ -void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, +void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, Document *header) { ListDicomDirElem elemList; //FIXME this is going to be a by copy operation @@ -575,8 +557,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirImage(); if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirImageToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirImageToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_SERIE: @@ -584,8 +565,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirSerie(); if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirSerieToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_STUDY: @@ -593,8 +573,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirStudy(); if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirStudyToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: @@ -602,8 +581,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirPatient(); if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirPatientToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_META: @@ -611,8 +589,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirMeta(); if( MetaElems ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + gdcmVerboseMacro( "MetaElements already exist, they will be destroyed"); delete MetaElems; } MetaElems = static_cast(si); @@ -634,18 +611,17 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, { tmpGr = it->Group; tmpEl = it->Elem; - dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntry(tmpGr, tmpEl); entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting - entry->SetLength(0); // just to avoid further missprinting if( header ) { // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR // or when we add the META elems - val = header->GetEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + val = header->GetEntry(tmpGr, tmpEl); } else { @@ -663,8 +639,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, { if( header->GetFileName().substr(0, path.length()) != path ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::SetElement : the base path" - " of file name is incorrect"); + gdcmVerboseMacro( "The base path of file name is incorrect"); val = header->GetFileName(); } else @@ -679,38 +654,12 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, } else { - if ( header->GetEntryLengthByNumber(tmpGr,tmpEl) == 0 ) + if ( header->GetEntryLength(tmpGr,tmpEl) == 0 ) val = it->Value; } - // GDCM_UNFOUND or not ! - entry->SetValue( val ); // troubles expected when vr=SQ ... - if( dictEntry ) - { - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe ) - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); // FIXME - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength(4); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - } - if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print ! { std::cout << "GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that" @@ -778,42 +727,40 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // + loop to 1 - // Directory record sequence - DocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); + DocEntry *e = GetDocEntry(0x0004, 0x1220); if ( !e ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : NO Directory record" - " sequence (0x0004,0x1220)"); + gdcmVerboseMacro( "NO Directory record sequence (0x0004,0x1220)"); /// \todo FIXME: what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ? return; } - SeqEntry* s = dynamic_cast(e); + SeqEntry *s = dynamic_cast(e); if ( !s ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: no SeqEntry present"); + gdcmVerboseMacro( "No SeqEntry present"); // useless : (0x0004,0x1220) IS a Sequence ! return; } - DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; MetaElems = NewMeta(); ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); - DocEntry * d; + DocEntry *d; std::string v; - SQItem * si; + SQItem *si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { - d = (*i)->GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type - if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(d) ) + d = (*i)->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type + if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast(d) ) { v = valEntry->GetValue(); } else { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: not a ValEntry."); + gdcmVerboseMacro( "Not a ValEntry."); continue; } @@ -821,25 +768,21 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() { si = new DicomDirPatient(); AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { si = new DicomDirStudy(); AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { si = new DicomDirSerie(); AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { si = new DicomDirImage(); AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else { @@ -869,7 +812,7 @@ bool DicomDir::AddDicomDirMeta() /** * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirPatientToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { @@ -880,7 +823,7 @@ bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) /** * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirStudyToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { @@ -897,7 +840,7 @@ bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) /** * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirSerieToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { @@ -921,7 +864,7 @@ bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) /** * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirImageToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { @@ -972,12 +915,12 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); - serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); + patCurName = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000e); + serCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0011); if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { @@ -1020,7 +963,7 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) * Only DocEntry's are moved * */ -void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem *dst,SQItem *src) { DocEntry *entry; @@ -1044,6 +987,34 @@ bool DicomDir::HeaderLessThan(Document *header1, Document *header2) { return *header1 < *header2; } + +/** + * \brief Initialise the visit of the DicomDirPatients of the DicomDir + */ +void DicomDir::InitTraversal() +{ + ItDicomDirPatient = Patients.begin(); +} + +/** + * \brief Get the next entry while visiting the DicomDirPatients + * \return The next DicomDirPatient if found, otherwhise NULL + */ +DicomDirPatient *DicomDir::GetNextEntry() +{ + if (ItDicomDirPatient != Patients.end()) + { + DicomDirPatient *tmp = *ItDicomDirPatient; + ++ItDicomDirPatient; + return tmp; + } + else + { + return NULL; + } +} + + } // end namespace gdcm //-----------------------------------------------------------------------------