X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=7ab7f7d6d3c3b7c0f6add43c6d8de4c5044b6f46;hb=d31dacbd4792e49cccecc51ffd9d93fd71541561;hp=196156a7d7c8010705cd44eb6d631f88a1dc9509;hpb=e62d57cbd05c8e864fd2ba197a271cdcac9a2128;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index 196156a7..7ab7f7d6 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,12 +3,12 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/09/24 11:39:21 $ - Version: $Revision: 1.69 $ + Date: $Date: 2004/12/07 13:39:33 $ + Version: $Revision: 1.88 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or - http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.htm for details. + http://www.creatis.insa-lyon.fr/Public/Gdcm/License.html for details. This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR @@ -16,20 +16,13 @@ =========================================================================*/ -#include -#include -#include - -#ifdef _MSC_VER - #include -#else - #include -#endif - #include "gdcmDicomDir.h" #include "gdcmDicomDirStudy.h" #include "gdcmDicomDirSerie.h" #include "gdcmDicomDirImage.h" +#include "gdcmDicomDirPatient.h" +#include "gdcmDicomDirMeta.h" +#include "gdcmDicomDirElement.h" #include "gdcmDirList.h" #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmDebug.h" @@ -39,6 +32,24 @@ #include "gdcmSQItem.h" #include "gdcmValEntry.h" +#include +#include +#include +#include + +#ifdef _MSC_VER +#define getcwd _getcwd +#endif + +#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) + #include +#else + #include +#endif + +namespace gdcm +{ + //----------------------------------------------------------------------------- // For full DICOMDIR description, see: // PS 3.3-2003, pages 731-750 @@ -46,15 +57,14 @@ // Constructor / Destructor /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief Constructor : creates an empty gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir + * \brief Constructor : creates an empty DicomDir */ -gdcmDicomDir::gdcmDicomDir() - :gdcmDocument( ) +DicomDir::DicomDir() + :Document( ) { Initialize(); // sets all private fields to NULL - std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ... - metaElems = NewMeta(); + MetaElems = NewMeta(); } /** @@ -69,35 +79,33 @@ gdcmDicomDir::gdcmDicomDir() * - false if user passed an already built DICOMDIR file * and wants to use it */ -gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): - gdcmDocument( fileName ) +DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): + Document( fileName ) { // Whatever user passed (a root directory or a DICOMDIR) // and whatever the value of parseDir was, - // gdcmDocument is already executed + // Document is already executed Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything - if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : entry HT empty"); + dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); if ( fileName.size() == 1 && fileName[0] == '.' ) { // user passed '.' as Name // we get current directory name - char* dummy = new char[1000]; + char dummy[1000]; getcwd(dummy, (size_t)1000); SetFileName( dummy ); // will be converted into a string - delete[] dummy; // no longer needed } if ( parseDir ) // user asked for a recursive parsing of a root directory { - metaElems = NewMeta(); + MetaElems = NewMeta(); - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : Parse directory" + dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : Parse directory" " and create the DicomDir"); ParseDirectory(); } @@ -111,35 +119,37 @@ gdcmDicomDir::gdcmDicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): else // Only if user passed a DICOMDIR { // Directory record sequence - gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); + DocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); if ( !e ) { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record" + dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : NO Directory record" " sequence (0x0004,0x1220)"); /// \todo FIXME : what do we do when the parsed file IS NOT a /// DICOMDIR file ? } - CreateDicomDir(); + else + CreateDicomDir(); } } /** * \brief Canonical destructor */ -gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir() +DicomDir::~DicomDir() { SetStartMethod(NULL); SetProgressMethod(NULL); SetEndMethod(NULL); - for(ListDicomDirPatient::iterator cc = patients.begin(); - cc!= patients.end(); + + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); + cc!= Patients.end(); ++cc) { delete *cc; } - if ( metaElems ) + if ( MetaElems ) { - delete metaElems; + delete MetaElems; } } @@ -148,15 +158,15 @@ gdcmDicomDir::~gdcmDicomDir() /** * \brief Canonical Printer */ -void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os) +void DicomDir::Print(std::ostream &os) { - if(metaElems) + if( MetaElems ) { - metaElems->SetPrintLevel(PrintLevel); - metaElems->Print(os); + MetaElems->SetPrintLevel(PrintLevel); + MetaElems->Print(os); } - for(ListDicomDirPatient::iterator cc = patients.begin(); - cc != patients.end(); + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); + cc != Patients.end(); ++cc) { (*cc)->SetPrintLevel( PrintLevel ); @@ -171,20 +181,20 @@ void gdcmDicomDir::Print(std::ostream &os) * decides whether or not the current header was properly parsed * and contains the mandatory information for being considered as * a well formed and usable DicomDir. - * @return true when gdcmDocument is the one of a reasonable DicomDir, + * @return true when Document is the one of a reasonable DicomDir, * false otherwise. */ -bool gdcmDicomDir::IsReadable() +bool DicomDir::IsReadable() { - if( !gdcmDocument::IsReadable() ) + if( !Document::IsReadable() ) { return false; } - if( !metaElems ) + if( !MetaElems ) { return false; } - if( patients.size() <= 0 ) + if( Patients.size() <= 0 ) { return false; } @@ -196,137 +206,139 @@ bool gdcmDicomDir::IsReadable() * \brief Sets all fields to NULL */ -void gdcmDicomDir::Initialize() +void DicomDir::Initialize() { - startMethod = NULL; - progressMethod = NULL; - endMethod = NULL; - startMethodArgDelete = NULL; - progressMethodArgDelete = NULL; - endMethodArgDelete = NULL; - startArg = NULL; - progressArg = NULL; - endArg = NULL; - - progress = 0.0; - abort = false; - - metaElems = 0; + StartMethod = NULL; + ProgressMethod = NULL; + EndMethod = NULL; + StartMethodArgDelete = NULL; + ProgressMethodArgDelete = NULL; + EndMethodArgDelete = NULL; + StartArg = NULL; + ProgressArg = NULL; + EndArg = NULL; + + Progress = 0.0; + Abort = false; + + MetaElems = NULL; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief fills the whole structure, starting from a root Directory */ -void gdcmDicomDir::ParseDirectory() +void DicomDir::ParseDirectory() { CreateDicomDirChainedList( GetFileName() ); CreateDicomDir(); } /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief Set the start method to call when the parsing of the directory starts + * \ingroup DicomDir + * \brief Set the start method to call when the parsing of the + * directory starts. * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void gdcmDicomDir::SetStartMethod(gdcmMethod* method, void* arg, - gdcmMethod* argDelete ) +void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { - if( startArg && startMethodArgDelete ) + if( StartArg && StartMethodArgDelete ) { - startMethodArgDelete( startArg ); + StartMethodArgDelete( StartArg ); } - startMethod = method; - startArg = arg; - startMethodArgDelete = argDelete; + StartMethod = method; + StartArg = arg; + StartMethodArgDelete = argDelete; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument * The argument is destroyed when the method is changed or when the * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void gdcmDicomDir::SetStartMethodArgDelete(gdcmMethod* method) +void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { - startMethodArgDelete = method; + StartMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief Set the progress method to call when the parsing of the directory progress + * \ingroup DicomDir + * \brief Set the progress method to call when the parsing of the + * directory progress * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void gdcmDicomDir::SetProgressMethod(gdcmMethod* method, void* arg, - gdcmMethod* argDelete ) +void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { - if( progressArg && progressMethodArgDelete ) + if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete ) { - progressMethodArgDelete( progressArg ); + ProgressMethodArgDelete( ProgressArg ); } - progressMethod = method; - progressArg = arg; - progressMethodArgDelete = argDelete; + ProgressMethod = method; + ProgressArg = arg; + ProgressMethodArgDelete = argDelete; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument * The argument is destroyed when the method is changed or when the * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void gdcmDicomDir::SetProgressMethodArgDelete(gdcmMethod* method) +void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { - progressMethodArgDelete = method; + ProgressMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief Set the end method to call when the parsing of the directory ends * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void gdcmDicomDir::SetEndMethod(gdcmMethod* method, void* arg, - gdcmMethod* argDelete ) +void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { - if( endArg && endMethodArgDelete ) + if( EndArg && EndMethodArgDelete ) { - endMethodArgDelete( endArg ); + EndMethodArgDelete( EndArg ); } - endMethod = method; - endArg = arg; - endMethodArgDelete = argDelete; + EndMethod = method; + EndArg = arg; + EndMethodArgDelete = argDelete; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument - * The argument is destroyed when the method is changed or when the class - * is destroyed + * The argument is destroyed when the method is changed or when + * the class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void gdcmDicomDir::SetEndMethodArgDelete(gdcmMethod* method) +void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { - endMethodArgDelete = method; + EndMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief writes on disc a DICOMDIR + * \ingroup DicomDir + * \brief writes on disc a DICOMDIR * \ warning does NOT add the missing elements in the header : * it's up to the user doing it ! * \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure @@ -336,39 +348,50 @@ void gdcmDicomDir::SetEndMethodArgDelete(gdcmMethod* method) * @return false only when fail to open */ -bool gdcmDicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) +bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) { + int i; uint16_t sq[4] = { 0x0004, 0x1220, 0xffff, 0xffff }; uint16_t sqt[4]= { 0xfffe, 0xe0dd, 0xffff, 0xffff }; - FILE* fp = fopen(fileName.c_str(), "wb"); + std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), + std::ios::out | std::ios::binary); if( !fp ) { - printf("Failed to open(write) File [%s] \n", fileName.c_str()); + dbg.Verbose(2, "Failed to open(write) File: ", fileName.c_str()); return false; } - uint8_t* filePreamble = new uint8_t[128]; + char filePreamble[128]; memset(filePreamble, 0, 128); - fwrite(filePreamble,128,1,fp); - fwrite("DICM",4,1,fp); - delete[] filePreamble; + fp->write(filePreamble, 128); //FIXME + binary_write( *fp, "DICM"); - gdcmDicomDirMeta *ptrMeta = GetDicomDirMeta(); - ptrMeta->Write(fp, gdcmExplicitVR); + DicomDirMeta *ptrMeta = GetDicomDirMeta(); + ptrMeta->WriteContent(fp, ExplicitVR); - // force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within gdcmDicomDirMeta - fwrite(&sq[0],8,1,fp); // 0004 1220 ffff ffff + // force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within DicomDirMeta + for(i=0;i<4;++i) + { + binary_write(*fp, sq[i]); + } - for(ListDicomDirPatient::iterator cc = patients.begin();cc!=patients.end();++cc) + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); + cc != Patients.end(); + ++cc ) { - (*cc)->Write( fp, gdcmExplicitVR ); + (*cc)->WriteContent( fp, ExplicitVR ); } // force writing Sequence Delimitation Item - fwrite(&sqt[0],8,1,fp); // fffe e0dd ffff ffff + for(i=0;i<4;++i) + { + binary_write(*fp, sqt[i]); // fffe e0dd ffff ffff + } + + fp->close(); + delete fp; - fclose( fp ); return true; } @@ -376,39 +399,38 @@ bool gdcmDicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) // Protected /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief create a gdcmDocument-like chained list from a root Directory + * \ingroup DicomDir + * \brief create a Document-like chained list from a root Directory * @param path entry point of the tree-like structure */ -void gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) +void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) { CallStartMethod(); - gdcmDirList fileList(path,1); // gets recursively the file list + DirList fileList(path,1); // gets recursively the file list unsigned int count = 0; VectDocument list; - gdcmHeader *header; + Header *header; - TagHT.clear(); - patients.clear(); - - for( gdcmDirList::iterator it = fileList.begin(); + for( DirList::iterator it = fileList.begin(); it != fileList.end(); ++it ) { - progress = (float)(count+1)/(float)fileList.size(); + Progress = (float)(count+1)/(float)fileList.size(); CallProgressMethod(); - if( abort ) + if( Abort ) { break; } - header = new gdcmHeader( it->c_str() ); +std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); if( !header ) { dbg.Verbose( 1, - "gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList: " + "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " "failure in new Header ", it->c_str() ); + continue; } if( header->IsReadable() ) @@ -416,9 +438,8 @@ void gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) // Add the file header to the chained list: list.push_back(header); dbg.Verbose( 1, - "gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ", + "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ", it->c_str() ); - } else { @@ -427,22 +448,29 @@ void gdcmDicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) count++; } // sorts Patient/Study/Serie/ - std::sort(list.begin(), list.end(), gdcmDicomDir::HeaderLessThan ); + std::sort(list.begin(), list.end(), DicomDir::HeaderLessThan ); std::string tmp = fileList.GetDirName(); //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info SetElements(tmp, list); CallEndMethod(); + + for(VectDocument::iterator itDoc=list.begin(); + itDoc!=list.end(); + ++itDoc) + { + delete dynamic_cast
(*itDoc); + } } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief adds *the* Meta to a partially created DICOMDIR */ -gdcmDicomDirMeta * gdcmDicomDir::NewMeta() +DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() { - gdcmDicomDirMeta *m = new gdcmDicomDirMeta( &TagHT ); + DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta(); if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing { @@ -454,15 +482,15 @@ gdcmDicomDirMeta * gdcmDicomDir::NewMeta() cc != lastOneButSequence; ++cc) { - m->AddDocEntry( cc->second ); + m->AddEntry( cc->second ); } } else // after root directory parsing { - std::list elemList; - elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); - m->FillObject(elemList); - } + ListDicomDirMetaElem const & elemList = + Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + m->FillObject(elemList); + } m->SetSQItemNumber(0); // To avoid further missprinting return m; } @@ -470,98 +498,103 @@ gdcmDicomDirMeta * gdcmDicomDir::NewMeta() /** * \brief adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR */ -gdcmDicomDirPatient * gdcmDicomDir::NewPatient() +DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() { - std::list::iterator it; + ListDicomDirPatientElem::const_iterator it; uint16_t tmpGr,tmpEl; - gdcmDictEntry *dictEntry; - gdcmValEntry *entry; + DictEntry *dictEntry; + ValEntry *entry; - std::list elemList; - elemList=gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); - gdcmSQItem *s = new gdcmSQItem(0); + ListDicomDirPatientElem const & elemList = + Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(); // for all the DicomDirPatient Elements for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it ) { - tmpGr = it->group; - tmpEl = it->elem; + tmpGr = it->Group; + tmpEl = it->Elem; dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); - entry = new gdcmValEntry( dictEntry ); + entry = new ValEntry( dictEntry ); entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting - entry->SetValue( it->value ); + entry->SetValue( it->Value ); - // dealing with value length ... - - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe) - { - entry->SetLength(entry->GetValue().length()); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength( 4 ); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - s->AddDocEntry( entry ); + p->AddEntry( entry ); } - gdcmDicomDirPatient *p = new gdcmDicomDirPatient(s, &TagHT); - patients.push_front( p ); + Patients.push_front( p ); - return p; + return p; } /** * \brief adds to the HTable - * the gdcmEntries (Dicom Elements) corresponding to the given type + * the Entries (Dicom Elements) corresponding to the given type * @param path full path file name (only used when type = GDCM_DICOMDIR_IMAGE - * @param type gdcmDicomDirObject type to create (GDCM_DICOMDIR_PATIENT, + * @param type DicomDirObject type to create (GDCM_DICOMDIR_PATIENT, * GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...) - * @param header gdcmHeader of the current file + * @param header Header of the current file */ -void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type, - gdcmDocument *header) +void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, + Document *header) { - std::list elemList; - std::list::iterator it; + ListDicomDirElem elemList; //FIXME this is going to be a by copy operation + ListDicomDirElem::const_iterator it; uint16_t tmpGr, tmpEl; - gdcmDictEntry *dictEntry; - gdcmValEntry *entry; + DictEntry *dictEntry; + ValEntry *entry; std::string val; - gdcmSQItem *si = new gdcmSQItem(0); // all the items will be at level 1 + SQItem *si; + switch( type ) { case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: - elemList = gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); + elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); + si = new DicomDirImage(); + if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirImageToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: - elemList = gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); + elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); + si = new DicomDirSerie(); + if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: - elemList = gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); + elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); + si = new DicomDirStudy(); + if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: - elemList = gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + si = new DicomDirPatient(); + if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_META: - elemList = gdcmGlobal::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + si = new DicomDirMeta(); + if( MetaElems ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + delete MetaElems; + } + MetaElems = static_cast(si); break; - default: return; } @@ -577,76 +610,58 @@ void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type, for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it) { - tmpGr = it->group; - tmpEl = it->elem; + tmpGr = it->Group; + tmpEl = it->Elem; dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); - entry = new gdcmValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! + entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting - entry->SetLength(0); // just to avoid further missprinting - if( header ) // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR - // or when we add the META elems + if( header ) + { + // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR + // or when we add the META elems val = header->GetEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + } else + { val = GDCM_UNFOUND; + } if( val == GDCM_UNFOUND) { if( tmpGr == 0x0004 && tmpEl == 0x1130 ) // File-set ID { // force to the *end* File Name - val = GetName( path ); + val = Util::GetName( path ); } else if( tmpGr == 0x0004 && tmpEl == 0x1500 ) // Only used for image { if( header->GetFileName().substr(0, path.length()) != path ) { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::SetElement : the base path" + dbg.Verbose(0, "DicomDir::SetElement : the base path" " of file name is incorrect"); val = header->GetFileName(); } else + { val = &(header->GetFileName().c_str()[path.length()]); + } } else - val = it->value; + { + val = it->Value; + } } else { if ( header->GetEntryLengthByNumber(tmpGr,tmpEl) == 0 ) - val = it->value; + val = it->Value; } - // GDCM_UNFOUND or not ! - entry->SetValue( val ); // troubles expected when vr=SQ ... - if( dictEntry ) - { - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe ) - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); // FIXME - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength(4); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - } - if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print ! { std::cout << "GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that" @@ -654,77 +669,56 @@ void gdcmDicomDir::SetElement(std::string &path,gdcmDicomDirType type, } si->AddEntry(entry); } - switch( type ) - { - case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: - AddDicomDirImageToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: - AddDicomDirSerieToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: - AddDicomDirStudyToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: - AddDicomDirPatientToEnd(si); - break; - - default: - return; - } - //int count=1; // find a trick to increment - //s->AddEntry(si, count); // Seg Faults - } +//----------------------------------------------------------------------------- /** * \brief CallStartMethod */ -void gdcmDicomDir::CallStartMethod() +void DicomDir::CallStartMethod() { - progress = 0.0f; - abort = false; - if( startMethod ) + Progress = 0.0f; + Abort = false; + if( StartMethod ) { - startMethod( startArg ); + StartMethod( StartArg ); } } +//----------------------------------------------------------------------------- /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief CallProgressMethod */ -void gdcmDicomDir::CallProgressMethod() +void DicomDir::CallProgressMethod() { - if( progressMethod ) + if( ProgressMethod ) { - progressMethod( progressArg ); + ProgressMethod( ProgressArg ); } } +//----------------------------------------------------------------------------- /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief CallEndMethod */ -void gdcmDicomDir::CallEndMethod() +void DicomDir::CallEndMethod() { - progress = 1.0f; - if( endMethod ) + Progress = 1.0f; + if( EndMethod ) { - endMethod( endArg ); + EndMethod( EndArg ); } } //----------------------------------------------------------------------------- // Private /** - * \ingroup gdcmDicomDir - * \brief create a 'gdcmDicomDir' from a DICOMDIR gdcmHeader + * \ingroup DicomDir + * \brief create a 'DicomDir' from a DICOMDIR Header */ -void gdcmDicomDir::CreateDicomDir() +void DicomDir::CreateDicomDir() { // The list is parsed. // When a DicomDir tag ("PATIENT", "STUDY", "SERIE", "IMAGE") is found : @@ -735,63 +729,68 @@ void gdcmDicomDir::CreateDicomDir() // + loop to 1 - // Directory record sequence - gdcmDocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); + DocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); if ( !e ) { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::gdcmDicomDir : NO Directory record" + dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : NO Directory record" " sequence (0x0004,0x1220)"); /// \todo FIXME: what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ? return; } - gdcmSeqEntry* s = dynamic_cast(e); + SeqEntry* s = dynamic_cast(e); if ( !s ) { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::CreateDicomDir: no SeqEntry present"); + dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: no SeqEntry present"); // useless : (0x0004,0x1220) IS a Sequence ! return; } - gdcmDicomDirType type = gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; - metaElems = NewMeta(); + DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; + MetaElems = NewMeta(); ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); - gdcmDocEntry * d; + DocEntry * d; std::string v; + SQItem * si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { d = (*i)->GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type - if ( gdcmValEntry* ValEntry = dynamic_cast< gdcmValEntry* >(d) ) + if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(d) ) { - v = ValEntry->GetValue(); + v = valEntry->GetValue(); } else { - dbg.Verbose(0, "gdcmDicomDir::CreateDicomDir: not a ValEntry."); + dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: not a ValEntry."); continue; } if( v == "PATIENT " ) { - AddDicomDirPatientToEnd( *i ); - type = gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; + si = new DicomDirPatient(); + AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); + type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { - AddDicomDirStudyToEnd( *i ); - type = gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; + si = new DicomDirStudy(); + AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); + type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { - AddDicomDirSerieToEnd( *i ); - type = gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; + si = new DicomDirSerie(); + AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); + type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { - AddDicomDirImageToEnd( *i ); - type = gdcmDicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; + si = new DicomDirImage(); + AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); + type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else { @@ -799,103 +798,118 @@ void gdcmDicomDir::CreateDicomDir() // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item. continue; } + MoveSQItem(si,*i); } + TagHT.clear(); } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief Well ... there is only one occurence */ -void gdcmDicomDir::AddDicomDirMeta() +bool DicomDir::AddDicomDirMeta() { - if( metaElems ) + if( MetaElems ) { - delete metaElems; + delete MetaElems; } - metaElems = new gdcmDicomDirMeta( &TagHT ); + MetaElems = new DicomDirMeta(); + return true; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirPatientToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ -void gdcmDicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(gdcmSQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { - patients.push_back(new gdcmDicomDirPatient(s, &TagHT)); + Patients.push_back(dd); + return true; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirStudyToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ - void gdcmDicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(gdcmSQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { - if( patients.size() > 0 ) + if( Patients.size() > 0 ) { - ListDicomDirPatient::iterator itp = patients.end(); + ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; - (*itp)->AddDicomDirStudy(new gdcmDicomDirStudy(s, &TagHT)); + (*itp)->AddDicomDirStudy(dd); + return true; } + return false; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirSerieToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ -void gdcmDicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(gdcmSQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { - if( patients.size() > 0 ) + if( Patients.size() > 0 ) { - ListDicomDirPatient::iterator itp = patients.end(); + ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; if( (*itp)->GetDicomDirStudies().size() > 0 ) { - ListDicomDirStudy::iterator itst=(*itp)->GetDicomDirStudies().end(); + ListDicomDirStudy::const_iterator itst = + (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); itst--; - (*itst)->AddDicomDirSerie(new gdcmDicomDirSerie(s, &TagHT)); + (*itst)->AddDicomDirSerie(dd); + return true; } } + return false; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirImageToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ - void gdcmDicomDir::AddDicomDirImageToEnd(gdcmSQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { - if( patients.size() > 0 ) + if( Patients.size() > 0 ) { - ListDicomDirPatient::iterator itp = patients.end(); + ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; if( (*itp)->GetDicomDirStudies().size() > 0 ) { - ListDicomDirStudy::iterator itst = (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); + ListDicomDirStudy::const_iterator itst = + (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); itst--; if( (*itst)->GetDicomDirSeries().size() > 0 ) { - ListDicomDirSerie::iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); + ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); its--; - (*its)->AddDicomDirImage(new gdcmDicomDirImage(s, &TagHT)); + (*its)->AddDicomDirImage(dd); + return true; } } } + return false; } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info * @param path path of the root directory * @param list chained list of Headers */ -void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path, VectDocument &list) +void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) { + TagHT.clear(); + Patients.clear(); + std::string patPrevName = "", patPrevID = ""; std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = ""; std::string serPrevInstanceUID = "", serPrevID = ""; @@ -904,32 +918,38 @@ void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path, VectDocument &list) std::string studCurInstanceUID, studCurID; std::string serCurInstanceUID, serCurID; - for( VectDocument::iterator it = list.begin(); - it != list.end(); ++it ) + bool first = true; + for( VectDocument::const_iterator it = list.begin(); + it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); + patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); - if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID) + if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it); + first = true; } // if new Study Deal with 'STUDY' Elements - if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID ) + if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it); + first = true; } // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements - if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID ) + if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it); + first = true; } // Always Deal with 'IMAGE' Elements @@ -941,16 +961,40 @@ void gdcmDicomDir::SetElements(std::string &path, VectDocument &list) studPrevID = studCurID; serPrevInstanceUID = serCurInstanceUID; serPrevID = serCurID; + first = false; + } +} + +/** + * \ingroup DicomDir + * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem + * Only DocEntry's are moved + * + */ +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +{ + DocEntry *entry; + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); + while(entry) + { + src->RemoveEntryNoDestroy(entry); + dst->AddEntry(entry); + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); } } /** - * \ingroup gdcmDicomDir + * \ingroup DicomDir * \brief compares two dgcmHeaders */ -bool gdcmDicomDir::HeaderLessThan(gdcmDocument *header1, gdcmDocument *header2) +bool DicomDir::HeaderLessThan(Document *header1, Document *header2) { return *header1 < *header2; } +} // end namespace gdcm //-----------------------------------------------------------------------------