X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=7ab7f7d6d3c3b7c0f6add43c6d8de4c5044b6f46;hb=d31dacbd4792e49cccecc51ffd9d93fd71541561;hp=b7f4cb00d04bfa18f3376856c1c2f893daaad918;hpb=559c3639fc5b255b36a951f352db1addead9f78f;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index b7f4cb00..7ab7f7d6 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/11/03 20:52:13 $ - Version: $Revision: 1.77 $ + Date: $Date: 2004/12/07 13:39:33 $ + Version: $Revision: 1.88 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -20,6 +20,9 @@ #include "gdcmDicomDirStudy.h" #include "gdcmDicomDirSerie.h" #include "gdcmDicomDirImage.h" +#include "gdcmDicomDirPatient.h" +#include "gdcmDicomDirMeta.h" +#include "gdcmDicomDirElement.h" #include "gdcmDirList.h" #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmDebug.h" @@ -34,11 +37,16 @@ #include #include -#ifdef _MSC_VER +#ifdef _MSC_VER +#define getcwd _getcwd +#endif + +#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) #include #else #include #endif + namespace gdcm { @@ -56,7 +64,6 @@ DicomDir::DicomDir() :Document( ) { Initialize(); // sets all private fields to NULL - std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ... MetaElems = NewMeta(); } @@ -81,7 +88,6 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything - if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); @@ -121,7 +127,8 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): /// \todo FIXME : what do we do when the parsed file IS NOT a /// DICOMDIR file ? } - CreateDicomDir(); + else + CreateDicomDir(); } } @@ -133,6 +140,7 @@ DicomDir::~DicomDir() SetStartMethod(NULL); SetProgressMethod(NULL); SetEndMethod(NULL); + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); cc!= Patients.end(); ++cc) @@ -213,7 +221,7 @@ void DicomDir::Initialize() Progress = 0.0; Abort = false; - MetaElems = 0; + MetaElems = NULL; } @@ -229,14 +237,15 @@ void DicomDir::ParseDirectory() /** * \ingroup DicomDir - * \brief Set the start method to call when the parsing of the directory starts + * \brief Set the start method to call when the parsing of the + * directory starts. * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetStartMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( StartArg && StartMethodArgDelete ) { @@ -255,21 +264,22 @@ void DicomDir::SetStartMethod(Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetStartMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { StartMethodArgDelete = method; } /** * \ingroup DicomDir - * \brief Set the progress method to call when the parsing of the directory progress + * \brief Set the progress method to call when the parsing of the + * directory progress * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetProgressMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete ) { @@ -288,7 +298,7 @@ void DicomDir::SetProgressMethod(Method* method, void* arg, * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { ProgressMethodArgDelete = method; } @@ -301,8 +311,8 @@ void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete(Method* method) * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetEndMethod(Method* method, void* arg, - Method* argDelete ) +void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, + DicomDir::Method* argDelete ) { if( EndArg && EndMethodArgDelete ) { @@ -317,18 +327,18 @@ void DicomDir::SetEndMethod(Method* method, void* arg, /** * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument - * The argument is destroyed when the method is changed or when the class - * is destroyed + * The argument is destroyed when the method is changed or when + * the class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetEndMethodArgDelete(Method* method) +void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) { EndMethodArgDelete = method; } /** * \ingroup DicomDir - * \brief writes on disc a DICOMDIR + * \brief writes on disc a DICOMDIR * \ warning does NOT add the missing elements in the header : * it's up to the user doing it ! * \todo : to be re-written using the DICOMDIR tree-like structure @@ -358,7 +368,7 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) binary_write( *fp, "DICM"); DicomDirMeta *ptrMeta = GetDicomDirMeta(); - ptrMeta->Write(fp, ExplicitVR); + ptrMeta->WriteContent(fp, ExplicitVR); // force writing 0004|1220 [SQ ], that CANNOT exist within DicomDirMeta for(i=0;i<4;++i) @@ -370,7 +380,7 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) cc != Patients.end(); ++cc ) { - (*cc)->Write( fp, ExplicitVR ); + (*cc)->WriteContent( fp, ExplicitVR ); } // force writing Sequence Delimitation Item @@ -380,6 +390,8 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) } fp->close(); + delete fp; + return true; } @@ -399,9 +411,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) VectDocument list; Header *header; - TagHT.clear(); - Patients.clear(); - for( DirList::iterator it = fileList.begin(); it != fileList.end(); ++it ) @@ -413,6 +422,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) break; } +std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); if( !header ) { @@ -420,6 +430,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " "failure in new Header ", it->c_str() ); + continue; } if( header->IsReadable() ) @@ -429,7 +440,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) dbg.Verbose( 1, "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ", it->c_str() ); - } else { @@ -444,6 +454,13 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info SetElements(tmp, list); CallEndMethod(); + + for(VectDocument::iterator itDoc=list.begin(); + itDoc!=list.end(); + ++itDoc) + { + delete dynamic_cast
(*itDoc); + } } /** @@ -453,7 +470,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() { - DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta( &TagHT ); + DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta(); if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing { @@ -465,7 +482,7 @@ DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() cc != lastOneButSequence; ++cc) { - m->AddDocEntry( cc->second ); + m->AddEntry( cc->second ); } } else // after root directory parsing @@ -490,7 +507,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() ListDicomDirPatientElem const & elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); - SQItem *s = new SQItem(0); + DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(); // for all the DicomDirPatient Elements for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it ) @@ -502,35 +519,12 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting entry->SetValue( it->Value ); - // dealing with value length ... - - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe) - { - entry->SetLength(entry->GetValue().length()); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength( 4 ); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - s->AddDocEntry( entry ); + p->AddEntry( entry ); } - DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(s, &TagHT); Patients.push_front( p ); - return p; + return p; } /** @@ -550,29 +544,57 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, DictEntry *dictEntry; ValEntry *entry; std::string val; - SQItem *si = new SQItem(0); // all the items will be at level 1 + SQItem *si; + switch( type ) { case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); + si = new DicomDirImage(); + if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirImageToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); + si = new DicomDirSerie(); + if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); + si = new DicomDirStudy(); + if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + si = new DicomDirPatient(); + if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_META: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + si = new DicomDirMeta(); + if( MetaElems ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + delete MetaElems; + } + MetaElems = static_cast(si); break; - default: return; } @@ -595,7 +617,6 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting - entry->SetLength(0); // just to avoid further missprinting if( header ) { @@ -639,34 +660,8 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, val = it->Value; } - // GDCM_UNFOUND or not ! - entry->SetValue( val ); // troubles expected when vr=SQ ... - if( dictEntry ) - { - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe ) - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); // FIXME - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength(4); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - } - if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print ! { std::cout << "GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that" @@ -674,30 +669,6 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, } si->AddEntry(entry); } - switch( type ) - { - case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: - AddDicomDirImageToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: - AddDicomDirSerieToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: - AddDicomDirStudyToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: - AddDicomDirPatientToEnd(si); - break; - - default: - return; - } - //int count=1; // find a trick to increment - //s->AddEntry(si, count); // Seg Faults - } //----------------------------------------------------------------------------- @@ -775,13 +746,14 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() return; } - DicomDirType type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; + DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; MetaElems = NewMeta(); ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); DocEntry * d; std::string v; + SQItem * si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { @@ -798,22 +770,26 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() if( v == "PATIENT " ) { - AddDicomDirPatientToEnd( *i ); + si = new DicomDirPatient(); + AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { - AddDicomDirStudyToEnd( *i ); + si = new DicomDirStudy(); + AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { - AddDicomDirSerieToEnd( *i ); + si = new DicomDirSerie(); + AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { - AddDicomDirImageToEnd( *i ); + si = new DicomDirImage(); + AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else @@ -822,20 +798,23 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item. continue; } + MoveSQItem(si,*i); } + TagHT.clear(); } /** * \ingroup DicomDir * \brief Well ... there is only one occurence */ -void DicomDir::AddDicomDirMeta() +bool DicomDir::AddDicomDirMeta() { if( MetaElems ) { delete MetaElems; } - MetaElems = new DicomDirMeta( &TagHT ); + MetaElems = new DicomDirMeta(); + return true; } /** @@ -843,9 +822,10 @@ void DicomDir::AddDicomDirMeta() * \brief AddDicomDirPatientToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { - Patients.push_back(new DicomDirPatient(s, &TagHT)); + Patients.push_back(dd); + return true; } /** @@ -853,14 +833,16 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirStudyToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; - (*itp)->AddDicomDirStudy(new DicomDirStudy(s, &TagHT)); + (*itp)->AddDicomDirStudy(dd); + return true; } + return false; } /** @@ -868,7 +850,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirSerieToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -880,9 +862,11 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) ListDicomDirStudy::const_iterator itst = (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); itst--; - (*itst)->AddDicomDirSerie(new DicomDirSerie(s, &TagHT)); + (*itst)->AddDicomDirSerie(dd); + return true; } } + return false; } /** @@ -890,7 +874,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirImageToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -907,10 +891,12 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) { ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); its--; - (*its)->AddDicomDirImage(new DicomDirImage(s, &TagHT)); + (*its)->AddDicomDirImage(dd); + return true; } } } + return false; } /** @@ -921,6 +907,9 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) */ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) { + TagHT.clear(); + Patients.clear(); + std::string patPrevName = "", patPrevID = ""; std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = ""; std::string serPrevInstanceUID = "", serPrevID = ""; @@ -929,32 +918,38 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) std::string studCurInstanceUID, studCurID; std::string serCurInstanceUID, serCurID; + bool first = true; for( VectDocument::const_iterator it = list.begin(); it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); + patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); - if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID) + if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it); + first = true; } // if new Study Deal with 'STUDY' Elements - if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID ) + if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it); + first = true; } // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements - if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID ) + if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it); + first = true; } // Always Deal with 'IMAGE' Elements @@ -966,6 +961,29 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) studPrevID = studCurID; serPrevInstanceUID = serCurInstanceUID; serPrevID = serCurID; + first = false; + } +} + +/** + * \ingroup DicomDir + * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem + * Only DocEntry's are moved + * + */ +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +{ + DocEntry *entry; + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); + while(entry) + { + src->RemoveEntryNoDestroy(entry); + dst->AddEntry(entry); + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); } }