X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=7eb67e4af159aed227c28cecbc381c59cf50bde5;hb=1dd2c40c0da9098b444ad53b0e3c23da808997fa;hp=7dd1f1f3418aba02120419ccd0e5662528e4a5f4;hpb=4232b5a5f55d15830b02d9639ef6b6f9cc267a5d;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index 7dd1f1f3..7eb67e4a 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2005/01/20 11:33:44 $ - Version: $Revision: 1.110 $ + Date: $Date: 2005/01/29 11:43:05 $ + Version: $Revision: 1.122 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -27,7 +27,7 @@ #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmDebug.h" #include "gdcmGlobal.h" -#include "gdcmHeader.h" +#include "gdcmFile.h" #include "gdcmSeqEntry.h" #include "gdcmSQItem.h" #include "gdcmValEntry.h" @@ -89,7 +89,8 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const &fileName, bool parseDir ): Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything - if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse + + if ( GetFirstEntry() == 0 ) // when user passed a Directory to parse { if (!parseDir) gdcmVerboseMacro( "Entry HT empty for file: "<c_str() ); + header = new File( it->c_str() ); if( !header ) { - gdcmVerboseMacro( "Failure in new Header " << it->c_str() ); + gdcmVerboseMacro( "Failure in new gdcm::File " << it->c_str() ); continue; } if( header->IsReadable() ) { - // Add the file header to the chained list: + // Add the file to the chained list: list.push_back(header); gdcmVerboseMacro( "Readable " << it->c_str() ); } @@ -450,7 +447,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) std::sort(list.begin(), list.end(), DicomDir::HeaderLessThan ); std::string tmp = dirList.GetDirName(); - //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info + //for each File of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info SetElements(tmp, list); CallEndMethod(); @@ -458,58 +455,68 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) itDoc!=list.end(); ++itDoc) { - delete dynamic_cast
(*itDoc); + delete dynamic_cast(*itDoc); } } /** * \brief adds *the* Meta to a partially created DICOMDIR - */ - -DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() + */ +DicomDirMeta *DicomDir::NewMeta() { if( MetaElems ) delete MetaElems; - MetaElems = new DicomDirMeta(); - - if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing + DocEntry *entry = GetFirstEntry(); + if( entry ) { - TagDocEntryHT::iterator lastOneButSequence = TagHT.end(); - lastOneButSequence --; - // ALL the 'out of Sequence' Tags belong to Meta Elems - // (we skip 0004|1220 [Directory record sequence] ) - for ( TagDocEntryHT::iterator cc = TagHT.begin(); - cc != lastOneButSequence; - ++cc) + MetaElems = new DicomDirMeta(true); + + entry = GetFirstEntry(); + while( entry ) { - MetaElems->AddEntry( cc->second ); + if( dynamic_cast(entry) ) + break; + + RemoveEntryNoDestroy(entry); + MetaElems->AddEntry(entry); + + entry = GetFirstEntry(); } } else // after root directory parsing { - ListDicomDirMetaElem const &elemList = - Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); - MetaElems->FillObject(elemList); + MetaElems = new DicomDirMeta(false); } MetaElems->SetSQItemNumber(0); // To avoid further missprinting return MetaElems; } /** - * \brief adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR + * \brief adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created + * DICOMDIR */ DicomDirPatient *DicomDir::NewPatient() { - ListDicomDirPatientElem const & elemList = - Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(); - p->FillObject(elemList); - AddPatientToEnd( p ); return p; } +/** + * \brief Remove all Patients + */ +void DicomDir::ClearPatient() +{ + for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); + cc!= Patients.end(); + ++cc) + { + delete *cc; + } + Patients.clear(); +} + /** * \brief adds to the HTable * the Entries (Dicom Elements) corresponding to the given type @@ -533,7 +540,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, { case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); - si = new DicomDirImage(); + si = new DicomDirImage(true); if( !AddImageToEnd(static_cast(si)) ) { delete si; @@ -542,7 +549,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, break; case GDCM_DICOMDIR_SERIE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); - si = new DicomDirSerie(); + si = new DicomDirSerie(true); if( !AddSerieToEnd(static_cast(si)) ) { delete si; @@ -551,7 +558,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, break; case GDCM_DICOMDIR_STUDY: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); - si = new DicomDirStudy(); + si = new DicomDirStudy(true); if( !AddStudyToEnd(static_cast(si)) ) { delete si; @@ -560,7 +567,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, break; case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); - si = new DicomDirPatient(); + si = new DicomDirPatient(true); if( !AddPatientToEnd(static_cast(si)) ) { delete si; @@ -569,7 +576,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, break; case GDCM_DICOMDIR_META: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); - si = new DicomDirMeta(); + si = new DicomDirMeta(true); if( MetaElems ) { delete MetaElems; @@ -594,7 +601,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, { tmpGr = it->Group; tmpEl = it->Elem; - dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntry(tmpGr, tmpEl); + dictEntry = GetPubDict()->GetEntry(tmpGr, tmpEl); entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! @@ -604,7 +611,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, { // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR // or when we add the META elems - val = header->GetEntry(tmpGr, tmpEl); + val = header->GetEntryValue(tmpGr, tmpEl); } else { @@ -718,7 +725,7 @@ void DicomDir::Initialize() */ void DicomDir::CreateDicomDir() { - // The list is parsed. + // The SeqEntries of "Directory Record Sequence" are parsed. // When a DicomDir tag ("PATIENT", "STUDY", "SERIE", "IMAGE") is found : // 1 - we save the beginning iterator // 2 - we continue to parse @@ -730,7 +737,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() DocEntry *e = GetDocEntry(0x0004, 0x1220); if ( !e ) { - gdcmVerboseMacro( "NO Directory record sequence (0x0004,0x1220)"); + gdcmVerboseMacro( "No Directory Record Sequence (0004,1220) found"); /// \todo FIXME: what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ? return; } @@ -738,14 +745,11 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() SeqEntry *s = dynamic_cast(e); if ( !s ) { - gdcmVerboseMacro( "No SeqEntry present"); - // useless : (0x0004,0x1220) IS a Sequence ! + gdcmVerboseMacro( "Element (0004,1220) is not a Sequence ?!?"); return; } NewMeta(); - - //ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); DocEntry *d; std::string v; @@ -767,7 +771,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() if( v == "PATIENT " ) { - si = new DicomDirPatient(); + si = new DicomDirPatient(true); if( !AddPatientToEnd( static_cast(si)) ) { delete si; @@ -777,7 +781,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() } else if( v == "STUDY " ) { - si = new DicomDirStudy(); + si = new DicomDirStudy(true); if( !AddStudyToEnd( static_cast(si)) ) { delete si; @@ -787,7 +791,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() } else if( v == "SERIES" ) { - si = new DicomDirSerie(); + si = new DicomDirSerie(true); if( !AddSerieToEnd( static_cast(si)) ) { delete si; @@ -797,7 +801,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() } else if( v == "IMAGE " ) { - si = new DicomDirImage(); + si = new DicomDirImage(true); if( !AddImageToEnd( static_cast(si)) ) { delete si; @@ -811,13 +815,12 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item. continue; } - if( si ) MoveSQItem(si,tmpSI); tmpSI=s->GetNextSQItem(); } - TagHT.clear(); + ClearEntry(); } /** @@ -863,14 +866,6 @@ bool DicomDir::AddSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) study->AddSerie(dd); return true; } -/* if( (*itp)->GetDicomDirStudies().size() > 0 ) - { - ListDicomDirStudy::const_iterator itst = - (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); - itst--; - (*itst)->AddSerie(dd); - return true; - }*/ } return false; } @@ -896,20 +891,6 @@ bool DicomDir::AddImageToEnd(DicomDirImage *dd) return true; } } -/* if( (*itp)->GetDicomDirStudies().size() > 0 ) - { - ListDicomDirStudy::const_iterator itst = - (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); - itst--; - - if( (*itst)->GetDicomDirSeries().size() > 0 ) - { - ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); - its--; - (*its)->AddImage(dd); - return true; - } - }*/ } return false; } @@ -921,8 +902,8 @@ bool DicomDir::AddImageToEnd(DicomDirImage *dd) */ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) { - TagHT.clear(); - Patients.clear(); + ClearEntry(); + ClearPatient(); std::string patPrevName = "", patPrevID = ""; std::string studPrevInstanceUID = "", studPrevID = ""; @@ -937,12 +918,12 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000e); - serCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0011); + patCurName = (*it)->GetEntryValue(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntryValue(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryValue(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntryValue(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryValue(0x0020,0x000e); + serCurID = (*it)->GetEntryValue(0x0020,0x0011); if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { @@ -985,7 +966,7 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) * @param dst destination SQItem * @param src source SQItem */ -void DicomDir::MoveSQItem(SQItem *dst,SQItem *src) +void DicomDir::MoveSQItem(DocEntrySet *dst,DocEntrySet *src) { DocEntry *entry; @@ -1000,7 +981,7 @@ void DicomDir::MoveSQItem(SQItem *dst,SQItem *src) } /** - * \brief compares two dgcmHeaders + * \brief compares two files */ bool DicomDir::HeaderLessThan(Document *header1, Document *header2) {