X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=cc41e96dd951fbe7bb27058dcc6448bd4ef11642;hb=8a69df0f4018beae8c78a35bef30590e318128e5;hp=7ab7f7d6d3c3b7c0f6add43c6d8de4c5044b6f46;hpb=d31dacbd4792e49cccecc51ffd9d93fd71541561;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index 7ab7f7d6..cc41e96d 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/12/07 13:39:33 $ - Version: $Revision: 1.88 $ + Date: $Date: 2005/01/19 08:57:14 $ + Version: $Revision: 1.106 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -38,13 +38,13 @@ #include #ifdef _MSC_VER -#define getcwd _getcwd +# define getcwd _getcwd #endif -#if defined( _MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) - #include +#if defined(_MSC_VER) || defined(__BORLANDC__) +# include #else - #include +# include #endif namespace gdcm @@ -57,7 +57,6 @@ namespace gdcm // Constructor / Destructor /** - * \ingroup DicomDir * \brief Constructor : creates an empty DicomDir */ DicomDir::DicomDir() @@ -79,20 +78,25 @@ DicomDir::DicomDir() * - false if user passed an already built DICOMDIR file * and wants to use it */ -DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): +DicomDir::DicomDir(std::string const &fileName, bool parseDir ): Document( fileName ) { - // Whatever user passed (a root directory or a DICOMDIR) - // and whatever the value of parseDir was, - // Document is already executed + // At this step, Document constructor is already executed, + // whatever user passed (a root directory or a DICOMDIR) + // and whatever the value of parseDir was. + // (nothing is cheked in Document constructor, to avoid overhead) + Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); + if (!parseDir) + gdcmVerboseMacro( "Entry HT empty for file: "<SetPrintLevel( PrintLevel ); - (*cc)->Print( os ); + (*cc)->SetPrintLevel(PrintLevel); + (*cc)->Print(os); } } @@ -186,16 +190,19 @@ void DicomDir::Print(std::ostream &os) */ bool DicomDir::IsReadable() { - if( !Document::IsReadable() ) + if( Filetype == Unknown) { + gdcmVerboseMacro( "Wrong filetype"); return false; } if( !MetaElems ) { + gdcmVerboseMacro( "Meta Elements missing in DicomDir"); return false; } if( Patients.size() <= 0 ) { + gdcmVerboseMacro( "NO Patient in DicomDir"); return false; } @@ -226,7 +233,6 @@ void DicomDir::Initialize() /** - * \ingroup DicomDir * \brief fills the whole structure, starting from a root Directory */ void DicomDir::ParseDirectory() @@ -236,7 +242,6 @@ void DicomDir::ParseDirectory() } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the start method to call when the parsing of the * directory starts. * @param method Method to call @@ -244,8 +249,8 @@ void DicomDir::ParseDirectory() * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( StartArg && StartMethodArgDelete ) { @@ -258,19 +263,17 @@ void DicomDir::SetStartMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument * The argument is destroyed when the method is changed or when the * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { StartMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the progress method to call when the parsing of the * directory progress * @param method Method to call @@ -278,8 +281,8 @@ void DicomDir::SetStartMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( ProgressArg && ProgressMethodArgDelete ) { @@ -292,27 +295,25 @@ void DicomDir::SetProgressMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument * The argument is destroyed when the method is changed or when the * class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetProgressMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { ProgressMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the end method to call when the parsing of the directory ends * @param method Method to call * @param arg Argument to pass to the method * @param argDelete Argument * \warning In python : the arg parameter isn't considered */ -void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, - DicomDir::Method* argDelete ) +void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method *method, void *arg, + DicomDir::Method *argDelete ) { if( EndArg && EndMethodArgDelete ) { @@ -325,19 +326,17 @@ void DicomDir::SetEndMethod( DicomDir::Method* method, void* arg, } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Set the method to delete the argument * The argument is destroyed when the method is changed or when * the class is destroyed * @param method Method to call to delete the argument */ -void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) +void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method *method ) { EndMethodArgDelete = method; } /** - * \ingroup DicomDir * \brief writes on disc a DICOMDIR * \ warning does NOT add the missing elements in the header : * it's up to the user doing it ! @@ -348,17 +347,17 @@ void DicomDir::SetEndMethodArgDelete( DicomDir::Method* method ) * @return false only when fail to open */ -bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) +bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const &fileName) { int i; uint16_t sq[4] = { 0x0004, 0x1220, 0xffff, 0xffff }; uint16_t sqt[4]= { 0xfffe, 0xe0dd, 0xffff, 0xffff }; - std::ofstream* fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), + std::ofstream *fp = new std::ofstream(fileName.c_str(), std::ios::out | std::ios::binary); if( !fp ) { - dbg.Verbose(2, "Failed to open(write) File: ", fileName.c_str()); + gdcmVerboseMacro("Failed to open(write) File: " << fileName.c_str()); return false; } @@ -399,19 +398,20 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) // Protected /** - * \ingroup DicomDir * \brief create a Document-like chained list from a root Directory * @param path entry point of the tree-like structure */ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) { CallStartMethod(); - DirList fileList(path,1); // gets recursively the file list + DirList dirList(path,1); // gets recursively the file list unsigned int count = 0; VectDocument list; Header *header; - for( DirList::iterator it = fileList.begin(); + DirListType fileList = dirList.GetFilenames(); + + for( DirListType::iterator it = fileList.begin(); it != fileList.end(); ++it ) { @@ -422,14 +422,10 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) break; } -std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); if( !header ) { - dbg.Verbose( 1, - "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " - "failure in new Header ", - it->c_str() ); + gdcmVerboseMacro( "Failure in new Header " << it->c_str() ); continue; } @@ -437,9 +433,7 @@ std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str() ); + gdcmVerboseMacro( "Readable " << it->c_str() ); } else { @@ -450,7 +444,7 @@ std::cerr<<"File : "<c_str()<c_str()<GetDicomDirMetaElements(); m->FillObject(elemList); } @@ -498,7 +491,7 @@ DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() /** * \brief adds a new Patient (with the basic elements) to a partially created DICOMDIR */ -DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() +DicomDirPatient *DicomDir::NewPatient() { ListDicomDirPatientElem::const_iterator it; uint16_t tmpGr,tmpEl; @@ -514,7 +507,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() { tmpGr = it->Group; tmpEl = it->Elem; - dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntry(tmpGr, tmpEl); entry = new ValEntry( dictEntry ); entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting entry->SetValue( it->Value ); @@ -535,7 +528,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() * GDCM_DICOMDIR_STUDY, GDCM_DICOMDIR_SERIE ...) * @param header Header of the current file */ -void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, +void DicomDir::SetElement(std::string const &path, DicomDirType type, Document *header) { ListDicomDirElem elemList; //FIXME this is going to be a by copy operation @@ -553,8 +546,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirImage(); if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirImageToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirImageToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_SERIE: @@ -562,8 +554,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirSerie(); if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirSerieToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_STUDY: @@ -571,8 +562,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirStudy(); if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirStudyToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: @@ -580,8 +570,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirPatient(); if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + gdcmVerboseMacro( "Add DicomDirPatientToEnd failed"); } break; case GDCM_DICOMDIR_META: @@ -589,8 +578,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, si = new DicomDirMeta(); if( MetaElems ) { - dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", - "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + gdcmVerboseMacro( "MetaElements already exist, they will be destroyed"); delete MetaElems; } MetaElems = static_cast(si); @@ -612,7 +600,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, { tmpGr = it->Group; tmpEl = it->Elem; - dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + dictEntry = GetPubDict()->GetDictEntry(tmpGr, tmpEl); entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! @@ -622,7 +610,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, { // NULL when we Build Up (ex nihilo) a DICOMDIR // or when we add the META elems - val = header->GetEntryByNumber(tmpGr, tmpEl); + val = header->GetEntry(tmpGr, tmpEl); } else { @@ -640,8 +628,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, { if( header->GetFileName().substr(0, path.length()) != path ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::SetElement : the base path" - " of file name is incorrect"); + gdcmVerboseMacro( "The base path of file name is incorrect"); val = header->GetFileName(); } else @@ -656,7 +643,7 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, } else { - if ( header->GetEntryLengthByNumber(tmpGr,tmpEl) == 0 ) + if ( header->GetEntryLength(tmpGr,tmpEl) == 0 ) val = it->Value; } @@ -687,7 +674,6 @@ void DicomDir::CallStartMethod() //----------------------------------------------------------------------------- /** - * \ingroup DicomDir * \brief CallProgressMethod */ void DicomDir::CallProgressMethod() @@ -700,7 +686,6 @@ void DicomDir::CallProgressMethod() //----------------------------------------------------------------------------- /** - * \ingroup DicomDir * \brief CallEndMethod */ void DicomDir::CallEndMethod() @@ -715,7 +700,6 @@ void DicomDir::CallEndMethod() //----------------------------------------------------------------------------- // Private /** - * \ingroup DicomDir * \brief create a 'DicomDir' from a DICOMDIR Header */ void DicomDir::CreateDicomDir() @@ -729,42 +713,40 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // + loop to 1 - // Directory record sequence - DocEntry *e = GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1220); + DocEntry *e = GetDocEntry(0x0004, 0x1220); if ( !e ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : NO Directory record" - " sequence (0x0004,0x1220)"); + gdcmVerboseMacro( "NO Directory record sequence (0x0004,0x1220)"); /// \todo FIXME: what to do when the parsed file IS NOT a DICOMDIR file ? return; } - SeqEntry* s = dynamic_cast(e); + SeqEntry *s = dynamic_cast(e); if ( !s ) { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: no SeqEntry present"); + gdcmVerboseMacro( "No SeqEntry present"); // useless : (0x0004,0x1220) IS a Sequence ! return; } - DicomDirType type; // = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_META; MetaElems = NewMeta(); ListSQItem listItems = s->GetSQItems(); - DocEntry * d; + DocEntry *d; std::string v; - SQItem * si; + SQItem *si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { - d = (*i)->GetDocEntryByNumber(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type - if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast< ValEntry* >(d) ) + d = (*i)->GetDocEntry(0x0004, 0x1430); // Directory Record Type + if ( ValEntry* valEntry = dynamic_cast(d) ) { v = valEntry->GetValue(); } else { - dbg.Verbose(0, "DicomDir::CreateDicomDir: not a ValEntry."); + gdcmVerboseMacro( "Not a ValEntry."); continue; } @@ -772,25 +754,21 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() { si = new DicomDirPatient(); AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { si = new DicomDirStudy(); AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { si = new DicomDirSerie(); AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { si = new DicomDirImage(); AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); - type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else { @@ -804,7 +782,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() } /** - * \ingroup DicomDir * \brief Well ... there is only one occurence */ bool DicomDir::AddDicomDirMeta() @@ -818,9 +795,8 @@ bool DicomDir::AddDicomDirMeta() } /** - * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirPatientToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { @@ -829,9 +805,8 @@ bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) } /** - * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirStudyToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { @@ -846,9 +821,8 @@ bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) } /** - * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirSerieToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { @@ -870,9 +844,8 @@ bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) } /** - * \ingroup DicomDir * \brief AddDicomDirImageToEnd - * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List + * @param dd SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { @@ -900,7 +873,6 @@ bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) } /** - * \ingroup DicomDir * \brief for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info * @param path path of the root directory * @param list chained list of Headers @@ -923,12 +895,12 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); - serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); + patCurName = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntry(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x000e); + serCurID = (*it)->GetEntry(0x0020,0x0011); if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { @@ -966,35 +938,62 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) } /** - * \ingroup DicomDir - * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem + * \brief Move the content of the source SQItem to the destination SQItem * Only DocEntry's are moved - * + * @param dst destination SQItem + * @param src source SQItem */ -void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem *dst,SQItem *src) { DocEntry *entry; - src->Initialize(); - entry = src->GetNextEntry(); + entry = src->GetFirstEntry(); while(entry) { src->RemoveEntryNoDestroy(entry); dst->AddEntry(entry); - - src->Initialize(); entry = src->GetNextEntry(); } } /** - * \ingroup DicomDir * \brief compares two dgcmHeaders */ bool DicomDir::HeaderLessThan(Document *header1, Document *header2) { return *header1 < *header2; } + + +/** + * \brief Get the first entry while visiting the DicomDirPatients + * \return The first DicomDirPatient if found, otherwhise NULL + */ +DicomDirPatient *DicomDir::GetFirstEntry() +{ + ItDicomDirPatient = Patients.begin(); + if ( ItDicomDirPatient != Patients.end() ) + return *ItDicomDirPatient; + return NULL; +} + +/** + * \brief Get the next entry while visiting the DicomDirPatients + * \note : meaningfull only if GetFirstEntry already called + * \return The next DicomDirPatient if found, otherwhise NULL + */ +DicomDirPatient *DicomDir::GetNextEntry() +{ + gdcmAssertMacro (ItDicomDirPatient != Patients.end()); + { + ++ItDicomDirPatient; + if ( ItDicomDirPatient != Patients.end() ) + return *ItDicomDirPatient; + } + return NULL; +} + + } // end namespace gdcm //-----------------------------------------------------------------------------