X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmDicomDir.cxx;h=e5cc92d0d2260d147984c2bba2a8f6325387bb38;hb=8b50829e21f22a3353c83e3d902cdf20bc5367f6;hp=ee3b95c18920c33bb0bf28ac6234044a2d54ea3c;hpb=b3fee8fa021afc8de974944cb58663fb1b49ef9d;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmDicomDir.cxx b/src/gdcmDicomDir.cxx index ee3b95c1..e5cc92d0 100644 --- a/src/gdcmDicomDir.cxx +++ b/src/gdcmDicomDir.cxx @@ -3,8 +3,8 @@ Program: gdcm Module: $RCSfile: gdcmDicomDir.cxx,v $ Language: C++ - Date: $Date: 2004/11/30 17:04:01 $ - Version: $Revision: 1.83 $ + Date: $Date: 2004/12/07 17:28:50 $ + Version: $Revision: 1.89 $ Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche et d'Applications en Traitement de l'Image). All rights reserved. See Doc/License.txt or @@ -20,6 +20,9 @@ #include "gdcmDicomDirStudy.h" #include "gdcmDicomDirSerie.h" #include "gdcmDicomDirImage.h" +#include "gdcmDicomDirPatient.h" +#include "gdcmDicomDirMeta.h" +#include "gdcmDicomDirElement.h" #include "gdcmDirList.h" #include "gdcmUtil.h" #include "gdcmDebug.h" @@ -61,7 +64,6 @@ DicomDir::DicomDir() :Document( ) { Initialize(); // sets all private fields to NULL - std::string pathBidon = "Bidon"; // Sorry, NULL not allowed ... MetaElems = NewMeta(); } @@ -86,7 +88,6 @@ DicomDir::DicomDir(std::string const & fileName, bool parseDir ): Initialize(); // sets all private fields to NULL // if user passed a root directory, sure we didn't get anything - if ( TagHT.begin() == TagHT.end() ) // when user passed a Directory to parse { dbg.Verbose(0, "DicomDir::DicomDir : entry HT empty"); @@ -140,7 +141,6 @@ DicomDir::~DicomDir() SetProgressMethod(NULL); SetEndMethod(NULL); - TagHT.clear(); for(ListDicomDirPatient::iterator cc = Patients.begin(); cc!= Patients.end(); ++cc) @@ -221,7 +221,7 @@ void DicomDir::Initialize() Progress = 0.0; Abort = false; - MetaElems = 0; + MetaElems = NULL; } @@ -390,6 +390,8 @@ bool DicomDir::WriteDicomDir(std::string const& fileName) } fp->close(); + delete fp; + return true; } @@ -427,6 +429,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: " "failure in new Header ", it->c_str() ); + continue; } if( header->IsReadable() ) @@ -436,7 +439,6 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) dbg.Verbose( 1, "DicomDir::CreateDicomDirChainedList: readable ", it->c_str() ); - } else { @@ -451,6 +453,13 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) //for each Header of the chained list, add/update the Patient/Study/Serie/Image info SetElements(tmp, list); CallEndMethod(); + + for(VectDocument::iterator itDoc=list.begin(); + itDoc!=list.end(); + ++itDoc) + { + delete dynamic_cast
(*itDoc); + } } /** @@ -460,7 +469,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDirChainedList(std::string const & path) DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() { - DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta( &TagHT ); + DicomDirMeta *m = new DicomDirMeta(); if ( TagHT.begin() != TagHT.end() ) // after Document Parsing { @@ -472,7 +481,7 @@ DicomDirMeta * DicomDir::NewMeta() cc != lastOneButSequence; ++cc) { - m->AddDocEntry( cc->second ); + m->AddEntry( cc->second ); } } else // after root directory parsing @@ -497,7 +506,7 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() ListDicomDirPatientElem const & elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); - SQItem *s = new SQItem(0); + DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(); // for all the DicomDirPatient Elements for( it = elemList.begin(); it != elemList.end(); ++it ) @@ -509,32 +518,9 @@ DicomDirPatient * DicomDir::NewPatient() entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting entry->SetValue( it->Value ); - // dealing with value length ... - - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe) - { - entry->SetLength(entry->GetValue().length()); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength( 4 ); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - s->AddDocEntry( entry ); + p->AddEntry( entry ); } - DicomDirPatient *p = new DicomDirPatient(s, &TagHT); Patients.push_front( p ); return p; @@ -557,30 +543,57 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, DictEntry *dictEntry; ValEntry *entry; std::string val; - SQItem *si = new SQItem(0); // all the items will be at level 1 + SQItem *si; switch( type ) { case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirImageElements(); + si = new DicomDirImage(); + if( !AddDicomDirImageToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirImageToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirSerieElements(); + si = new DicomDirSerie(); + if( !AddDicomDirSerieToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirSerieToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirStudyElements(); + si = new DicomDirStudy(); + if( !AddDicomDirStudyToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirStudyToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirPatientElements(); + si = new DicomDirPatient(); + if( !AddDicomDirPatientToEnd(static_cast(si)) ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "Add DicomDirPatientToEnd failed"); + } break; - case GDCM_DICOMDIR_META: elemList = Global::GetDicomDirElements()->GetDicomDirMetaElements(); + si = new DicomDirMeta(); + if( MetaElems ) + { + dbg.Verbose(0,"DicomDir::SetElement:", + "MetaElements already exist, they will be destroyed"); + delete MetaElems; + } + MetaElems = static_cast(si); break; - default: return; } @@ -603,7 +616,6 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, entry = new ValEntry( dictEntry ); // Be sure it's never a BinEntry ! entry->SetOffset(0); // just to avoid further missprinting - entry->SetLength(0); // just to avoid further missprinting if( header ) { @@ -647,34 +659,8 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, val = it->Value; } - // GDCM_UNFOUND or not ! - entry->SetValue( val ); // troubles expected when vr=SQ ... - if( dictEntry ) - { - if( dictEntry->GetGroup() == 0xfffe ) - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); // FIXME - } - else if( dictEntry->GetVR() == "UL" || dictEntry->GetVR() == "SL" ) - { - entry->SetLength(4); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "US" || dictEntry->GetVR() == "SS" ) - { - entry->SetLength(2); - } - else if( dictEntry->GetVR() == "SQ" ) - { - entry->SetLength( 0xffffffff ); - } - else - { - entry->SetLength( entry->GetValue().length() ); - } - } - if ( type == GDCM_DICOMDIR_META ) // fusible : should never print ! { std::cout << "GDCM_DICOMDIR_META ?!? should never print that" @@ -682,30 +668,6 @@ void DicomDir::SetElement(std::string const & path, DicomDirType type, } si->AddEntry(entry); } - switch( type ) - { - case GDCM_DICOMDIR_IMAGE: - AddDicomDirImageToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_SERIE: - AddDicomDirSerieToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_STUDY: - AddDicomDirStudyToEnd(si); - break; - - case GDCM_DICOMDIR_PATIENT: - AddDicomDirPatientToEnd(si); - break; - - default: - return; - } - //int count=1; // find a trick to increment - //s->AddEntry(si, count); // Seg Faults - } //----------------------------------------------------------------------------- @@ -790,6 +752,7 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() DocEntry * d; std::string v; + SQItem * si; for( ListSQItem::iterator i = listItems.begin(); i !=listItems.end(); ++i ) { @@ -806,22 +769,26 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() if( v == "PATIENT " ) { - AddDicomDirPatientToEnd( *i ); + si = new DicomDirPatient(); + AddDicomDirPatientToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_PATIENT; } else if( v == "STUDY " ) { - AddDicomDirStudyToEnd( *i ); + si = new DicomDirStudy(); + AddDicomDirStudyToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_STUDY; } else if( v == "SERIES" ) { - AddDicomDirSerieToEnd( *i ); + si = new DicomDirSerie(); + AddDicomDirSerieToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_SERIE; } else if( v == "IMAGE " ) { - AddDicomDirImageToEnd( *i ); + si = new DicomDirImage(); + AddDicomDirImageToEnd( static_cast(si) ); type = DicomDir::GDCM_DICOMDIR_IMAGE; } else @@ -830,20 +797,23 @@ void DicomDir::CreateDicomDir() // neither an 'IMAGE' SQItem. Skip to next item. continue; } + MoveSQItem(si,*i); } + TagHT.clear(); } /** * \ingroup DicomDir * \brief Well ... there is only one occurence */ -void DicomDir::AddDicomDirMeta() +bool DicomDir::AddDicomDirMeta() { if( MetaElems ) { delete MetaElems; } - MetaElems = new DicomDirMeta( &TagHT ); + MetaElems = new DicomDirMeta(); + return true; } /** @@ -851,9 +821,10 @@ void DicomDir::AddDicomDirMeta() * \brief AddDicomDirPatientToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomPatient chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(DicomDirPatient *dd) { - Patients.push_back(new DicomDirPatient(s, &TagHT)); + Patients.push_back(dd); + return true; } /** @@ -861,14 +832,16 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirStudyToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirStudy chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirStudyToEnd(DicomDirStudy *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { ListDicomDirPatient::iterator itp = Patients.end(); itp--; - (*itp)->AddDicomDirStudy(new DicomDirStudy(s, &TagHT)); + (*itp)->AddDicomDirStudy(dd); + return true; } + return false; } /** @@ -876,7 +849,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirPatientToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirSerieToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirSerie chained List */ -void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(DicomDirSerie *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -888,9 +861,11 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) ListDicomDirStudy::const_iterator itst = (*itp)->GetDicomDirStudies().end(); itst--; - (*itst)->AddDicomDirSerie(new DicomDirSerie(s, &TagHT)); + (*itst)->AddDicomDirSerie(dd); + return true; } } + return false; } /** @@ -898,7 +873,7 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) * \brief AddDicomDirImageToEnd * @param s SQ Item to enqueue to the DicomDirImage chained List */ - void DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(SQItem *s) +bool DicomDir::AddDicomDirImageToEnd(DicomDirImage *dd) { if( Patients.size() > 0 ) { @@ -915,10 +890,12 @@ void DicomDir::AddDicomDirSerieToEnd(SQItem *s) { ListDicomDirSerie::const_iterator its = (*itst)->GetDicomDirSeries().end(); its--; - (*its)->AddDicomDirImage(new DicomDirImage(s, &TagHT)); + (*its)->AddDicomDirImage(dd); + return true; } } } + return false; } /** @@ -940,32 +917,38 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) std::string studCurInstanceUID, studCurID; std::string serCurInstanceUID, serCurID; + bool first = true; for( VectDocument::const_iterator it = list.begin(); it != list.end(); ++it ) { // get the current file characteristics - patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); - patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); - studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); - studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); - serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); + patCurName = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0010); + patCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0010,0x0011); + studCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000d); + studCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0010); + serCurInstanceUID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x000e); serCurID = (*it)->GetEntryByNumber(0x0020,0x0011); - if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID) + if( patCurName != patPrevName || patCurID != patPrevID || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_PATIENT, *it); + first = true; } // if new Study Deal with 'STUDY' Elements - if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID ) + if( studCurInstanceUID != studPrevInstanceUID || studCurID != studPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_STUDY, *it); + first = true; } // if new Serie Deal with 'SERIE' Elements - if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID ) + if( serCurInstanceUID != serPrevInstanceUID || serCurID != serPrevID + || first ) { SetElement(path, GDCM_DICOMDIR_SERIE, *it); + first = true; } // Always Deal with 'IMAGE' Elements @@ -977,6 +960,29 @@ void DicomDir::SetElements(std::string const & path, VectDocument const &list) studPrevID = studCurID; serPrevInstanceUID = serCurInstanceUID; serPrevID = serCurID; + first = false; + } +} + +/** + * \ingroup DicomDir + * \brief Move the content of the src SQItem to the dst SQItem + * Only DocEntry's are moved + * + */ +void DicomDir::MoveSQItem(SQItem* dst,SQItem *src) +{ + DocEntry *entry; + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); + while(entry) + { + src->RemoveEntryNoDestroy(entry); + dst->AddEntry(entry); + + src->Initialize(); + entry = src->GetNextEntry(); } }