X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=094974503232cc230538aa109c08c5b4ddc2fa26;hb=153db29d779f82893684c6aac08b0a565dd84334;hp=dc2093e28b01c671d058a73985a97eac8587f9eb;hpb=551b84c1dc82294c4fc7356da0b5b1b3d74f7645;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index dc2093e2..09497450 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -1,29 +1,54 @@ // gdcmElValSet.cxx -#include "gdcm.h" +#include #include "gdcmUtil.h" +#include "gdcmElValSet.h" -TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) { + +TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; } -void ElValSet::Add(ElValue * newElValue) { +void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) { + cout << "#### gdcmElValSet::Add" << newElValue->GetKey() << newElValue->GetName() << endl; tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue; NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; } -void ElValSet::Print(ostream & os) { +// TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon + +void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) { + + TagKey key = newElValue->GetKey(); + + if (tagHt.count(key) > 1) + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", + "multiple entries for this key (FIXME) !"); + + if (tagHt.count(key)) { + tagHt.erase(key); + tagHt.erase(newElValue->GetName()); + } + + tagHt [key] = newElValue; + NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; +} + + +void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ os << tag->first << ": "; os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; + os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; + os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); + os << endl; } } -void ElValSet::PrintByName(ostream & os) { +void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) { for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin(); tag != NameHt.end(); ++tag){ @@ -34,50 +59,51 @@ void ElValSet::PrintByName(ostream & os) { } } -ElValue* ElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) - return (ElValue*)0; + return (gdcmElValue*)0; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElementByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second; } -ElValue* ElValSet::GetElementByName(string TagName) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) - return (ElValue*)0; + return (gdcmElValue*)0; if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElement", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second; } -string ElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { +string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return "gdcm::Unfound"; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValueByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second->GetValue(); } -string ElValSet::GetElValueByName(string TagName) { +string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return "gdcm::Unfound"; if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); } -int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) { +int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, + guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return (0); } @@ -92,11 +118,11 @@ int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) return(1); } -int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByName", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return 0; } @@ -105,27 +131,44 @@ int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { return(1); } +/** + * \ingroup gdcmElValSet + * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present + * in the TagHt dictionary. One of the potential usage is + * to add gdcm generated additional informartion to the ElValSet + * (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements). + * @param group The generated tag must belong to this group. + * @return The element of tag with given group which is fee. + */ +guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) { + for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem); + if (tagHt.count(key) == 0) + return elem; + } + return UINT32_MAX; +} -int ElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, guint32 group, guint32 element) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, + guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueLengthByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return (0); } - // m à j LgrElem tagHt[key]->SetLength(l); return(1); } -int ElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByName", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return 0; } @@ -133,8 +176,10 @@ int ElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { return(1); } +// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today +#define DEBUG 0 -int ElValSet::Write(FILE * _fp) { +int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { // ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) @@ -142,17 +187,23 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { guint32 lgr; const char * val; string vr; - guint32 val_int32; - guint16 val_int16; + guint32 val_uint32; + gint32 val_int32; + guint16 val_uint16; + gint16 val_int16;; + + vector tokens; + void *ptr; char str_lgrCalcGroupe[10]; + string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // Utilisées pour le calcul Group Length - int deja = 0; + int deja = 0, prem=0; guint32 lgrCalcGroupe=0; - ElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; guint16 grCourant = 0; // Question : @@ -166,96 +217,287 @@ int ElValSet::Write(FILE * _fp) { // // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); +if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! + + // On fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // On force le TRANSFERT SYNTAX UID + + SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ - + elem = tag->second; - printf("gr %04x el %04x lgr %d\n",elem->GetGroup(), elem->GetElement(), elem->GetLength()); - - if ( (elem->GetGroup() != grCourant) && - (elem->GetGroup() != 0xfffe) ) { // On arrive sur un nv Groupe - - printf("Nouv Groupegr %04x el %04x \n",elem->GetGroup(), elem->GetElement()); - - elemZ = elem; - - if(elemZ->GetElement() != 0x0000) { // pas d'element 'Lgr groupe' - // On crée - gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(grCourant, 0x0000, "UL"); - elemZ = new ElValue(tagZ); // on le cree + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree elemZ->SetLength(4); - Add(elemZ); // On l'accroche à sa place - } - - if (deja) { - sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); - elemZPrec->SetValue(str_lgrCalcGroupe); - lgrCalcGroupe = 0; + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); } - deja = 1; - lgrCalcGroupe = 12; //2 + 2 + 4 + 4; // Gr + Num + Lgr + LgrGroupe - printf ("lgrCalcGroupe %d\n",lgrCalcGroupe); + ostringstream fock; + fock << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(fock.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + +} // fin if (1) + + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); - elemZPrec = elemZ; - grCourant = elem->GetGroup(); - - } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - printf ("lgrCalcGroupe avant : %d LgrElem %d\n",lgrCalcGroupe,elem->GetLength()); + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; iGetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + + + +int gdcmElValSet::WriteAcr(FILE * _fp) { + + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) +// ATTENTION : fusioner le code avec celui de lValSet::Write + + + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + gint32 val_int32; + guint16 val_uint16; + gint16 val_int16; + + vector tokens; + + void *ptr; + char str_lgrCalcGroupe[10]; + + //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write + + // Utilisées pour le calcul Group Length + int deja = 0; + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); - printf ("lgrCalcGroupe apres %d\n",lgrCalcGroupe); + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); + } + + ostringstream fock; + fock << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(fock.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); } } // Si on fait de l'implicit VR little Endian // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID - - SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); - SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + // supprime par rapport à Write + //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ - // Question : - // peut-on se passer des affectations? - // - passer l'adresse du resultat d'une fonction (???) - // - acceder au champ sans passer par un accesseur ? + gr = tag2->second->GetGroup(); + // saut des groupes speciaux DICOM V3 + if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write + // saut des groupes impairs + if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write - gr = tag->second->GetGroup(); - el = tag->second->GetElement(); - lgr = tag->second->GetLength(); - val = tag->second->GetValue().c_str(); - vr = tag->second->GetVR(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR - + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); if (vr == "US" || vr == "SS") { - val_int16 = atoi(val); - ptr = &val_int16; - fwrite ( ptr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); + + for (unsigned int i=0; i