X-Git-Url: https://git.creatis.insa-lyon.fr/pubgit/?a=blobdiff_plain;f=src%2FgdcmElValSet.cxx;h=184513937ae20f2cb8680e81c5c217d3c05ae638;hb=a5d92ab54014d69e1c37116eb923dc3c5dc2e21f;hp=6cdcc310cac9d592d7d9ac2e8afe76a85f526965;hpb=55f3727f18aa712ea6d349de40b6a22ba2b6516d;p=gdcm.git diff --git a/src/gdcmElValSet.cxx b/src/gdcmElValSet.cxx index 6cdcc310..18451393 100644 --- a/src/gdcmElValSet.cxx +++ b/src/gdcmElValSet.cxx @@ -1,86 +1,53 @@ // gdcmElValSet.cxx -#include "gdcm.h" +#include #include "gdcmUtil.h" +#include "gdcmElValSet.h" -TagElValueHT & ElValSet::GetTagHt(void) { + +TagElValueHT & gdcmElValSet::GetTagHt(void) { return tagHt; } -void ElValSet::Add(ElValue * newElValue) { - tagHt[newElValue->GetKey()] = newElValue; +void gdcmElValSet::Add(gdcmElValue * newElValue) { + tagHt [newElValue->GetKey()] = newElValue; NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; } -void ElValSet::Print(ostream & os) { - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ - os << tag->first << ": "; - os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; - os << "[" << tag->second->GetVR() << "]" << endl; - } -} - +// TODO : faire un gdcmElValSet::ReplaceOrCreate qui remplace si ça existe, qui cree sinon -int ElValSet::Write(FILE * _fp) { +void gdcmElValSet::ReplaceOrCreate(gdcmElValue * newElValue) { -// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + TagKey key = newElValue->GetKey(); - guint16 gr, el; - guint32 lgr; - const char * val; - - // A FAIRE : - // parcourir la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' - // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu - // dans l'image native - // - // cf : code IdDcmWriteFile - -/* - for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); - tag != tagHt.end(); - ++tag){ + if (tagHt.count(key) > 1) + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", + "multiple entries for this key (FIXME) !"); + + if (tagHt.count(key)) { + tagHt.erase(key); + tagHt.erase(newElValue->GetName()); + } + tagHt [key] = newElValue; + NameHt[newElValue->GetName()] = newElValue; +} - } -*/ - // resteront à tester les echecs en écriture + +void gdcmElValSet::Print(ostream & os) { for (TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); tag != tagHt.end(); ++tag){ - - // Question : - // peut-on se passer des affectations? - // - passer l'adresse du resultat d'une fonction (???) - // - acceder au champ sans passer par un accesseur ? - gr = tag->second->GetGroup(); - el = tag->second->GetElement(); - lgr = tag->second->GetLength(); - val = tag->second->GetValue().c_str(); - - fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group - fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element - - //fwrite ( tag->second->GetVR(),(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR - // voir pb lgr + VR - - fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr - - // ATTENTION - // voir pb des int16 et int32 : les identifier, les convertir, modifier la longueur - // ou alors stocker la valeur 16 ou 32 bits, + un indicateur : char, int16, int32 - - fwrite ( val,(size_t)lgr ,(size_t)1 ,_fp); //valeur Elem + os << tag->first << ": "; + os << "[" << tag->second->GetValue() << "]"; + os << "[" << tag->second->GetName() << "]"; + os << "[" << tag->second->GetVR() << "]"; + os << " lgr : " << tag->second->GetLength(); + os << endl; } - return(1); -} - - +} -void ElValSet::PrintByName(ostream & os) { +void gdcmElValSet::PrintByName(ostream & os) { for (TagElValueNameHT::iterator tag = NameHt.begin(); tag != NameHt.end(); ++tag){ @@ -91,67 +58,452 @@ void ElValSet::PrintByName(ostream & os) { } } -ElValue* ElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) - return (ElValue*)0; + return (gdcmElValue*)0; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElementByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElementByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second; } -ElValue* ElValSet::GetElementByName(string TagName) { +gdcmElValue* gdcmElValSet::GetElementByName(string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) - return (ElValue*)0; + return (gdcmElValue*)0; if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElement", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElement", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return NameHt.find(TagName)->second; } -string ElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { +string gdcmElValSet::GetElValueByNumber(guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return "gdcm::Unfound"; if (tagHt.count(key) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValueByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return tagHt.find(key)->second->GetValue(); } -int ElValSet::SetElValueByNumber(string content, guint32 group, guint32 element) { +string gdcmElValSet::GetElValueByName(string TagName) { + if ( ! NameHt.count(TagName)) + return "gdcm::Unfound"; + if (NameHt.count(TagName) > 1) + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::GetElValue", + "multipe entries for this key (FIXME) !"); + return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); +} + +int gdcmElValSet::SetElValueByNumber(string content, + guint32 group, guint32 element) { TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); if ( ! tagHt.count(key)) return 0; if (tagHt.count(key) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValueByNumber", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByNumber", "multiple entries for this key (FIXME) !"); return (0); - } - + } tagHt[key]->SetValue(content); + + // Question : m à j LgrElem ? + tagHt[key]->SetLength(strlen(content.c_str())); + + // FIXME should we really update the element length ? + tagHt[key]->SetLength(content.length()); + return(1); } -string ElValSet::GetElValueByName(string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) - return "gdcm::Unfound"; - if (NameHt.count(TagName) > 1) - dbg.Verbose(0, "ElValSet::GetElValue", + return 0; + if (NameHt.count(TagName) > 1) { + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", "multipe entries for this key (FIXME) !"); - return NameHt.find(TagName)->second->GetValue(); + return 0; + } + NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content); + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(strlen(content.c_str())); + return(1); +} + +/** + * \ingroup gdcmElValSet + * \brief Generate a free TagKey i.e. a TagKey that is not present + * in the TagHt dictionary. One of the potential usage is + * to add gdcm generated additional informartion to the ElValSet + * (see gdcmHeader::AddAndDefaultElements). + * @param group The generated tag must belong to this group. + * @return The element of tag with given group which is fee. + */ +guint32 gdcmElValSet::GenerateFreeTagKeyInGroup(guint32 group) { + for (guint32 elem = 0; elem < UINT32_MAX; elem++) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, elem); + if (tagHt.count(key) == 0) + return elem; + } + return UINT32_MAX; } -int ElValSet::SetElValueByName(string content, string TagName) { +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber(guint32 l, + guint32 group, guint32 element) { + TagKey key = gdcmDictEntry::TranslateToKey(group, element); + if ( ! tagHt.count(key)) + return 0; + if (tagHt.count(key) > 1) { + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueLengthByNumber", + "multiple entries for this key (FIXME) !"); + return (0); + } + tagHt[key]->SetLength(l); + return(1); +} + + +int gdcmElValSet::SetElValueLengthByName(guint32 l, string TagName) { if ( ! NameHt.count(TagName)) return 0; if (NameHt.count(TagName) > 1) { - dbg.Verbose(0, "ElValSet::SetElValue", + dbg.Verbose(0, "gdcmElValSet::SetElValueByName", "multipe entries for this key (FIXME) !"); return 0; } - NameHt.find(TagName)->second->SetValue(content); + NameHt.find(TagName)->second->SetLength(l); + return(1); +} + +// Sorry for the DEBUG's, but tomorow is gonna be hoter than today +#define DEBUG 0 + +int gdcmElValSet::Write(FILE * _fp) { + +// ATTENTION : fonction non terminée (commitée a titre de precaution) + + guint16 gr, el; + guint32 lgr; + const char * val; + string vr; + guint32 val_uint32; + gint32 val_int32; + guint16 val_uint16; + gint16 val_int16;; + + vector tokens; + + void *ptr; + char str_lgrCalcGroupe[10]; + + + string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; + + // Utilisées pour le calcul Group Length + int deja = 0, prem=0; + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + +if (1) { // Risque de pb dans le calcul des lgr de chaque groupe. On le saute pour le moment! + + // On fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // On force le TRANSFERT SYNTAX UID + + SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); + } + + ostringstream fock; + fock << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(fock.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + +} // fin if (1) + + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s] : [%s]\n",gr, el, vr.c_str(), val); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + //fwrite ( vr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //VR + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + //if (tokens.size() > 1) { printf ("size : %d\n",tokens.size());} + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + for (unsigned int i=0; i tokens; + + void *ptr; + char str_lgrCalcGroupe[10]; + + //string implicitVRTransfertSyntax = "1.2.840.10008.1.2"; // supprime par rapport à Write + + // Utilisées pour le calcul Group Length + int deja = 0; + guint32 lgrCalcGroupe=0; + gdcmElValue *elem, *elemZ, *elemZPrec; + guint16 grCourant = 0; + + // Question : + // Comment pourrait-on tester si on est TrueDicom ou non , + // (FileType est un champ de gdcmHeader ...) + // + + // On parcourt la table pour recalculer la longueur des 'elements 0x0000' + // au cas ou un tag ai été ajouté par rapport à ce qui a été lu + // dans l'image native + // + // cf : code IdDcmWriteFile dans libido/src/dcmwrite.c + + + + TagElValueHT::iterator tag = tagHt.begin(); + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if (el != 0x0000) { + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO premiere fois\n"); + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZPrec = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZPrec->SetLength(4); + Add(elemZPrec); // On l'accroche à sa place + } else { + elemZPrec = elem; + if(DEBUG)printf("Pas d'ajout elem OOOO premiere fois\n"); + } + lgrCalcGroupe = 0; + if(DEBUG)printf("init-1 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + grCourant = gr; + + for (tag = ++tagHt.begin(); + tag != tagHt.end(); + ++tag){ + + elem = tag->second; + gr = elem->GetGroup(); + el = elem->GetElement(); + + if ( (gr != grCourant) /*&& // On arrive sur un nv Groupe + (el != 0xfffe) */ ) { + + if (el != 0x0000) { + gdcmDictEntry * tagZ = new gdcmDictEntry(gr, 0x0000, "UL"); + elemZ = new gdcmElValue(tagZ); // on le cree + elemZ->SetLength(4); + Add(elemZ); // On l'accroche à sa place + if(DEBUG)printf("ajout elem OOOO pour gr %04x\n",gr); + } else { + elemZ=elem; + if(DEBUG)printf("maj elmeZ\n"); + } + + ostringstream fock; + fock << lgrCalcGroupe; + //sprintf(str_lgrCalcGroupe,"%d",lgrCalcGroupe); + elemZPrec->SetValue(fock.str()); + if(DEBUG)printf("ecriture lgr (%d, %s) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, fock.str().c_str(), grCourant); + if(DEBUG)printf ("%04x %04x [%s]\n",elemZPrec->GetGroup(), elemZPrec->GetElement(),elemZPrec->GetValue().c_str()); + if(DEBUG)cout << "Addresse elemZPrec " << elemZPrec<< endl; + elemZPrec=elemZ; + lgrCalcGroupe = 0; + grCourant = gr; + if(DEBUG)printf("init-2 lgr (%d) pour gr %04x\n",lgrCalcGroupe, gr); + } else { // On n'EST PAS sur un nv Groupe + lgrCalcGroupe += 2 + 2 + 4 + elem->GetLength(); // Gr + Num + Lgr + LgrElem + if(DEBUG)printf("increment (%d) el %04x-->lgr (%d) pour gr %04x\n",elem->GetLength(), el, lgrCalcGroupe, gr); + } + } + + // Si on fait de l'implicit VR little Endian + // (pour moins se fairche sur processeur INTEL) + // penser a forcer le TRANSFERT SYNTAX UID + + // supprime par rapport à Write + //SetElValueByNumber(implicitVRTransfertSyntax, 0x0002, 0x0010); + //SetElValueLengthByNumber(18, 0x0002, 0x0010); // Le 0 de fin de chaine doit etre stocké, dans ce cas + + // restent à tester les echecs en écriture (apres chaque fwrite) + + for (TagElValueHT::iterator tag2 = tagHt.begin(); + tag2 != tagHt.end(); + ++tag2){ + + gr = tag2->second->GetGroup(); + // saut des groupes speciaux DICOM V3 + if (gr < 0x0008) continue; // ajouté par rapport à Write + // saut des groupes impairs + if (gr %2) continue; // ajouté par rapport à Write + + el = tag2->second->GetElement(); + lgr = tag2->second->GetLength(); + val = tag2->second->GetValue().c_str(); + vr = tag2->second->GetVR(); + + fwrite ( &gr,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //group + fwrite ( &el,(size_t)2 ,(size_t)1 ,_fp); //element + + // si on n'est pas en IMPLICIT VR voir pb (lgr + VR) + + fwrite ( &lgr,(size_t)4 ,(size_t)1 ,_fp); //lgr + + tokens.erase(tokens.begin(),tokens.end()); + Tokenize (tag2->second->GetValue(), tokens, "\\"); + + if (vr == "US" || vr == "SS") { + + for (unsigned int i=0; i